5E7DA

Crystal structure of the fifth bromodomain of human pb1 in complex with a hydroxyphenyl ligand
Total Genus 35
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
35
sequence length
111
structure length
111
Chain Sequence
KYMTPMQQKLNEVYEAVKNYTDKRGRRLSAIFLRLPSRSELPDYYLTIKKPMDMEKIRSHMMANKYQDIDSMVEDFVMMFNNACTYNEPESLIYKDALVLHKVLLETRRDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Crystal Structure of the fifth bromodomain of human PB1 in complex with a hydroxyphenyl ligand
rcsb
molecule keywords Protein polybromo-1
molecule tags Transcription
source organism Homo sapiens
total genus 35
structure length 111
sequence length 111
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-10-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5e7dA00
3NXBA 4NXJA 4LYWA 5FH7A 4IORA 5EA1A 5ENFA 4UIVA 5HLSA 4A9EA 4NRBA 1ZS5A 4QUUA 2YYNA 5DW2A 2RNYA 3HMHA 5I7XA 3TLPA 4YBSA 5EPSA 5IGMA 4TU6A 4KV1A 2YDWA 4UYFB 3G0JA 4QC1A 5F63A 4LC2A 3GG3A 4J3IA 5CGPA 4NR7A 5CQAA 5ENGA 5EPRA 5EP7A 4F3IA 5ENJA 3SVHA 5HELA 4NYVA 4UITA 5DLXA 2D82A 4PCEA 5KO4A 5EWHA 4TTEA 4MEOA 4MEPA 4NR9A 5CU8A 5G4SA 5A5OA 5E3DA 2YEMA 4IOOA 5KTUA 5F1HA 5D7XA 4Z1QA 3MXFA 5D0CA 3MULA 5A7CA 3P5OA 5HM0A 4RVRA 2DKWA 2WP2A 4J0RA 4N4FA 5I7YA 4Q0NA 5H85A 1N72A 5LKXA 5LKZA 5FE3A 5DLZA 5I40A 4A9OA 5EICA 5D3HA 5D3SA 3U5NA 5DFCA 5HENA 4NUEA 4YYDA 5LJ1A 5AMFA 3UV4A 2I7KA 4C67A 2E7NA 5E9KA 4MR4A 5EV9A 4O76A 4QYLA 5KTXA 2R0YA 2L5EA 5EVAA 5C87A 4ZW1A 2E3KA 3LXJA 5CQ8A 4CUQA 4PY6A 3UVWA 4NR4A 4QR3A 5HQ7A 5E9VA 4YYMA 5F2PA 2DATA 5F36A 5E9LA 4YYNA 4UYGA 5CQ6A 4YYKA 5ENEA 3IU5A 2KTBB 4MR6A 2OUOA 5L99A 5FBXA 5EK9A 4O7AA 4UIYA 5AMEA 5FE2A 4CUPA 3ZYUA 5CQTA 5CUDA 5E3GA 5EISA 5I83A 5EM3A 4UYDA 4AKNA 4A9KA 5EPBA 2G4AA 5H1UA 5C89A 4TT2A 5EI4A 4N4GA 5DFBA 5FG5A 5C4QA 5DKHA 4TYLA 4QZSA 4YYIA 3IU6A 2D9EA 3S91A 3K2JA 4A9JA 3MUKA 3UV2A 4MEQA 3UV5A 4CL9A 3U5PA 4NQMA 5FFYA 5K29A 4QC3A 5I80A 4NUCA 4XYAA 4O78A 4HBXA 5LVRA 4NR5A 5DKDA 5CY9A 4QSSA 3MB3A 4CUSA 4QB3A 4BW3A 5HRVA 2F6JA 4GPJA 4HXOA 5LJ2A 5D25A 4LZRA 3MB4A 5COIA 5ETBA 2R0VA 4FLPA 5F61A 4XUAA 5A85A 5DYAA 5DY7A 5DKCA 5EWVA 4OUFA 5J0DA 3P1DA 4UYFA 5TB6A 3P1EA 3I3JA 4YABA 5CQ3A 4OGJA 4NUDA 4QSTA 3LQIA 3LQJA 2MJVB 5KHMA 3Q2FA 3JVJA 4MENA 3D7CA 5HQ5A 5CUCA 3AADA 4WHWA 5D3JA 4N3WA 5FB1A 4BJXA 5FE9A 5II1A 4LZSA 4LRGA 3SVFA 5FE6A 3QZSA 4QEWA 4A9IA 5F1LA 3LQHA 5JI8A 5L98A 2OO1A 2R10A 5BT4A 4IOQA 5CRZA 4QYDA 5EGUA 5LVQA 4O74A 4Q0OA 4XUBA 5HRWA 4ZC9A 3UVXA 5FE1A 4A9FA 4BHWA 5FE7A 5HRXA 5D3PA 4A9MA 5A5RA 5L8UA 3S92A 4YADA 5D3TA 5D3RA 5FH6A 4QSVA 4Z93A 5AD3A 5EQ1A 3QZVA 4TZ8A 5C85A 1E6IA 4Z6IA 4TZ2A 2OSSA 4YYJA 4YH4A 5EU1A 5CUEA 4PTBA 5C8GA 4QSPA 5A82A 5E9MA 2RI7A 4IR4A 4UIWA 4OGIA 2DVVA 2DVQA 5F3AA 5TCMA 4QSRA 2YQDA 4HXRA 5E73A 5A5SA 2YELA 4HXLA 4YH3A 4IR5A 4YYHA 5HCLA 3UW9A 4CUUA 4O7EA 5JWMA 4HBYA 4NYXA 2RNWA 3JVKA 5L97A 4LYSA 3U5KA 1JSPB 4BW1A 4NR6A 5CQ7A 5DW1A 4BW4A 5A5NA 5ACYA 5I29A 5D3NA 3SVGA 5LJ0A 4TQNA 4CUTA 4QUTA 4UIZA 4KCXA 2L84A 4O71A 4IR6A 4TT4A 5HFQA 5A83A 4A9HA 5LUUA 4XY9A 5D24A 4YY6A 4O7FA 5A81A 5FDZA 2RO1A 2RNXA 4QEVA 4O7CA 3Q2EA 5F60A 4NYWA 4IR3A 4HXKA 5HJCA 5E9YA 2H60A 4NQNA 5FB0A 5BT3A 1EQFA 4HBVA 4UIXA 5DBMA 3P1FA 5DX4A 5FE8A 5ENBA 2YEKA 4O77A 1F68A 3U5LA 5CUGA 4O7BA 2DWWA 2WP1A 5CQ4A 1X0JA 5LKUA 2LSPB 3DWYA 5EWCA 5A5PA 4QR5A 4YC9A 4ALGA 2I8NA 2RS9B 5E0RA 5FE0A 5E74A 4QEUA 3QZTA 3JVMA 3ONIA 4O72A 2FSAA 4PKLA 2F6NA 4YBTA 1JM4B 5DYUA 4QSWA 3LJWA 4O75A 5CUBA 4QBMA 5D3LA 5CUAA 4YK0A 5ENIA 4YAXA 4HXNA 5F62A 4NRCA 5G4RA 3UVDA 5FE5A 3DAIA 4J0SA 5FFWA 4CFKA 5CRMA 5CP5A 2RFJA 4HXSA 4UYEA 3JVLA 4KV4A 4O70A 4UYHA 4TU4A 3P1CA 2R0SA 2N9GA 4HXPA 3RCWA 5F5ZA 3UVYA 5HQ6A 5BT5A 4X2IA 5CQ5A 4YATA 5FG4A 5HEMA 5HFRA 2NXBA 4UIUA 2DVRA 4Z1SA 5LKTA 5D26A 5KTWA 1WUMA 5CS8A 5EWDA 5FFVA 2DVSA 4CURA 4N4IA 4LDFA 5H1TA 5I88A 5KU3A 4E96A 5EWWA 3FKMX 4NS5A 5ENHA 2YW5A 5FG6A 5IBNA 4QNSA 4PCIA 2L85A 4N4HA 5H1VA 5I86A 4LYIA 5L8TA 5IGLA 3AQAA 4QY4A 4NR8A 5FH8A 4WIVA 5CTLA 3U5MA 4CLBA 2GRCA 5DYXA 5CFWA 5IGKA 4LZ2A 4Y03A 4BW2A 2E7OA 4MR5A 5ETDA 5E9IA 4MR3A 5C7NA 5CPEA 5CZGA 4QSQA 3O37A 1WUGA 4J1PA 5ENCA 4QR4A 3O36A 4A9NA 4TS8A 4NRAA 5DFDA 4C66A 5FE4A 5L96A 5A5QA 4CFLA 5IG6A 5II2A 5AD2A 3O33A 3O35A 4Z6HA 4WHUA 3O34A 5I89A 3HMEA 5F25A 3HMFA 3U5JA 5IGNA 5IIDA 4YYGA 4PS5A 4DONA 5DYCA 4YBMA 3MQMA 4HXMA 3U5OA 4ALHA 4XY8A 4QSXA 5E7DA 4LR6A 4A9LA 4HBWA 4ZQLA 5I1QA 4QSUA 4YY4A 3G0LA 4TT6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3NXBA 4NXJA 4LYWA 5FH7A 4IORA 5EA1A 5ENFA 4UIVA 5HLSA 4A9EA 4NRBA 1ZS5A 4QUUA 2YYNA 5DW2A 2RNYA 3HMHA 5I7XA 3TLPA 4YBSA 5EPSA 5IGMA 4TU6A 4KV1A 2YDWA 4UYFB 3VKHA 3G0JA 4QC1A 5F63A 4LC2A 3GG3A 4J3IA 5CGPA 4NR7A 5CQAA 5ENGA 5EPRA 5EP7A 4F3IA 5ENJA 3SVHA 5HELA 4NYVA 4UITA 5DLXA 2D82A 4PCEA 5KO4A 5EWHA 4TTEA 4MEOA 4MEPA 4NR9A 5CU8A 5G4SA 5A5OA 5E3DA 2YEMA 4IOOA 5KTUA 5F1HA 5D7XA 4Z1QA 3MXFA 5D0CA 3MULA 5A7CA 3P5OA 5HM0A 4RVRA 2DKWA 2WP2A 4J0RA 4N4FA 5I7YA 4Q0NA 5H85A 1N72A 5LKXA 5LKZA 5FE3A 5DLZA 5I40A 4A9OA 5EICA 5D3HA 5D3SA 3U5NA 5DFCA 5HENA 4NUEA 4YYDA 5LJ1A 5AMFA 3UV4A 2I7KA 4C67A 2E7NA 5E9KA 4MR4A 5EV9A 4O76A 4QYLA 5KTXA 2R0YA 2L5EA 5EVAA 5C87A 4ZW1A 2E3KA 3LXJA 5CQ8A 4CUQA 4PY6A 3UVWA 4NR4A 4QR3A 5HQ7A 5E9VA 4YYMA 5F2PA 2DATA 5F36A 5E9LA 3VKGA 4YYNA 4UYGA 5CQ6A 4YYKA 5ENEA 3IU5A 2KTBB 4MR6A 2OUOA 5L99A 5FBXA 4AKGA 5EK9A 4O7AA 4UIYA 5AMEA 5FE2A 4CUPA 3ZYUA 5CQTA 5CUDA 5E3GA 5EISA 5I83A 5EM3A 4UYDA 4AKNA 4A9KA 5EPBA 2G4AA 5H1UA 4AKHA 5C89A 4TT2A 5EI4A 4N4GA 5DFBA 2EJNA 5FG5A 5C4QA 5DKHA 4TYLA 4QZSA 4YYIA 3IU6A 2D9EA 3S91A 3K2JA 4A9JA 3MUKA 3UV2A 4MEQA 3UV5A 4CL9A 3U5PA 4NQMA 5FFYA 5K29A 4QC3A 5I80A 4NUCA 4XYAA 4O78A 4HBXA 5LVRA 4NR5A 5DKDA 5CY9A 4QSSA 3MB3A 4CUSA 4QB3A 4BW3A 5HRVA 2F6JA 4GPJA 4HXOA 5LJ2A 5D25A 4LZRA 3MB4A 5COIA 5ETBA 2R0VA 4FLPA 5F61A 4XUAA 5A85A 5DYAA 5DY7A 5DKCA 5EWVA 4OUFA 5J0DA 3P1DA 4UYFA 5TB6A 3P1EA 3I3JA 4YABA 5CQ3A 4OGJA 4NUDA 4QSTA 3LQIA 3LQJA 2MJVB 5KHMA 3Q2FA 3JVJA 4MENA 3D7CA 5HQ5A 5CUCA 3AADA 4WHWA 5D3JA 4N3WA 5FB1A 4BJXA 5FE9A 5II1A 4LZSA 4LRGA 3SVFA 5FE6A 3QZSA 4QEWA 4A9IA 5F1LA 3LQHA 5JI8A 5L98A 2OO1A 2R10A 5BT4A 4IOQA 5CRZA 4QYDA 5EGUA 5LVQA 4O74A 4Q0OA 4XUBA 5HRWA 4ZC9A 3UVXA 5FE1A 4A9FA 4BHWA 5FE7A 5HRXA 5D3PA 4A9MA 5A5RA 5L8UA 3S92A 4YADA 5D3TA 5D3RA 5FH6A 4AKIA 4QSVA 4Z93A 5AD3A 5EQ1A 3QZVA 4TZ8A 5C85A 1E6IA 4Z6IA 4TZ2A 2OSSA 4YYJA 4YH4A 5EU1A 5CUEA 4PTBA 5C8GA 4QSPA 5A82A 5E9MA 2RI7A 4IR4A 4UIWA 4OGIA 2DVVA 2DVQA 5F3AA 5TCMA 4QSRA 2YQDA 4HXRA 5E73A 5A5SA 2YELA 4HXLA 4YH3A 4IR5A 4YYHA 5HCLA 3UW9A 4CUUA 4O7EA 5JWMA 4HBYA 1ZKRA 4NYXA 2RNWA 3JVKA 5L97A 4LYSA 3U5KA 1JSPB 4BW1A 4NR6A 5CQ7A 5DW1A 4BW4A 5A5NA 5ACYA 5I29A 5D3NA 3SVGA 5LJ0A 4TQNA 4CUTA 4QUTA 4UIZA 4KCXA 2L84A 4O71A 4IR6A 4TT4A 5HFQA 5A83A 4A9HA 5LUUA 4XY9A 5D24A 4YY6A 4O7FA 5A81A 5FDZA 2RO1A 2RNXA 4QEVA 4O7CA 4AI6A 3Q2EA 5F60A 4NYWA 4IR3A 4HXKA 5HJCA 5E9YA 2H60A 4NQNA 5FB0A 5BT3A 1EQFA 4HBVA 4UIXA 5DBMA 3P1FA 5DX4A 5FE8A 5ENBA 2YEKA 4O77A 1F68A 3U5LA 5CUGA 4O7BA 1PUOA 2DWWA 2WP1A 5CQ4A 1X0JA 5LKUA 2LSPB 3DWYA 5EWCA 5A5PA 4QR5A 4YC9A 4ALGA 2I8NA 2RS9B 5E0RA 5FE0A 5E74A 4QEUA 3QZTA 3JVMA 3ONIA 4O72A 2FSAA 4PKLA 2F6NA 4YBTA 1JM4B 5DYUA 4QSWA 3LJWA 4O75A 5CUBA 4QBMA 5D3LA 5CUAA 4YK0A 5ENIA 4YAXA 4HXNA 5F62A 4NRCA 5G4RA 3UVDA 5FE5A 3DAIA 4J0SA 5FFWA 4CFKA 5CRMA 5CP5A 2RFJA 4HXSA 4UYEA 3JVLA 4KV4A 4O70A 4UYHA 4TU4A 3P1CA 2R0SA 2N9GA 3D1DA 4HXPA 3RCWA 5F5ZA 3UVYA 5HQ6A 5BT5A 4X2IA 5CQ5A 4YATA 5FG4A 5HEMA 5HFRA 2NXBA 4UIUA 2DVRA 4Z1SA 5LKTA 5D26A 5KTWA 1WUMA 5CS8A 5EWDA 3ERRA 5FFVA 2DVSA 4CURA 4N4IA 4LDFA 5H1TA 5I88A 5KU3A 4E96A 5EWWA 3FKMX 4NS5A 5ENHA 2YW5A 5FG6A 5IBNA 4QNSA 4PCIA 2L85A 4N4HA 5H1VA 5I86A 4LYIA 5L8TA 5IGLA 3AQAA 4QY4A 4NR8A 5FH8A 4WIVA 5CTLA 3U5MA 4CLBA 2GRCA 5DYXA 5CFWA 5IGKA 4LZ2A 4Y03A 4BW2A 2E7OA 4MR5A 5ETDA 5E9IA 4MR3A 5C7NA 5CPEA 5CZGA 4QSQA 3O37A 1WUGA 4J1PA 5ENCA 4QR4A 3O36A 4A9NA 4TS8A 4NRAA 5DFDA 4C66A 5FE4A 5L96A 5A5QA 4CFLA 5IG6A 5II2A 5AD2A 3O33A 3O35A 4Z6HA 4WHUA 3O34A 5I89A 3HMEA 5F25A 3HMFA 3U5JA 5IGNA 5IIDA 4YYGA 4PS5A 4DONA 5DYCA 4YBMA 3D1BA 3MQMA 4HXMA 3U5OA 4ALHA 4XY8A 4QSXA 5E7DA 4LR6A 4A9LA 4HBWA 4ZQLA 5I1QA 4QSUA 4YY4A 3G0LA 4TT6A
chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3NXB A;  4NXJ A;  4LYW A;  5FH7 A;  4IOR A;  5EA1 A;  5ENF A;  4UIV A;  5HLS A;  4A9E A;  4NRB A;  1ZS5 A;  4QUU A;  2YYN A;  5DW2 A;  2RNY A;  3HMH A;  5I7X A;  3TLP A;  4YBS A;  5EPS A;  5IGM A;  4TU6 A;  4KV1 A;  2YDW A;  4UYF B;  3G0J A;  4QC1 A;  5F63 A;  4LC2 A;  3GG3 A;  4J3I A;  5CGP A;  4NR7 A;  5CQA A;  5ENG A;  5EPR A;  5EP7 A;  4F3I A;  5ENJ A;  3SVH A;  5HEL A;  4NYV A;  4UIT A;  5DLX A;  2D82 A;  4PCE A;  5KO4 A;  5EWH A;  4TTE A;  4MEO A;  4MEP A;  4NR9 A;  5CU8 A;  5G4S A;  5A5O A;  5E3D A;  2YEM A;  4IOO A;  5KTU A;  5F1H A;  5D7X A;  4Z1Q A;  3MXF A;  5D0C A;  3MUL A;  5A7C A;  3P5O A;  5HM0 A;  4RVR A;  2DKW A;  2WP2 A;  4J0R A;  4N4F A;  5I7Y A;  4Q0N A;  5H85 A;  1N72 A;  5LKX A;  5LKZ A;  5FE3 A;  5DLZ A;  5I40 A;  4A9O A;  5EIC A;  5D3H A;  5D3S A;  3U5N A;  5DFC A;  5HEN A;  4NUE A;  4YYD A;  5LJ1 A;  5AMF A;  3UV4 A;  2I7K A;  4C67 A;  2E7N A;  5E9K A;  4MR4 A;  5EV9 A;  4O76 A;  4QYL A;  5KTX A;  2R0Y A;  2L5E A;  5EVA A;  5C87 A;  4ZW1 A;  2E3K A;  3LXJ A;  5CQ8 A; 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