2RO1A

Nmr solution structures of human kap1 phd finger-bromodomain
Total Genus 32
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
32
sequence length
189
structure length
189
Chain Sequence
SATICRVCQKPGDLVMCNQCEFCFHLDCHLPALQDVPGEEWSCSLCHVLPDLKEEDGSLSLDGADSTGVVAKLSPANQRKCERVLLALFCHEPCRPLHQLATDSTFSLDQPGGTLDLTLIRARLQEKLSPPYSSPQEFAQDVGRMFKQFNKLTEDKADVQSIIGLQRFFETRMNEAFGDTKFSAVLVEP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transcription
source organism Homo sapiens
publication title Structural insights into human KAP1 PHD finger-bromodomain and its role in gene silencing
pubmed doi rcsb
molecule keywords Transcription intermediary factor 1-beta
total genus 32
structure length 189
sequence length 189
ec nomenclature ec 2.3.2.27: RING-type E3 ubiquitin transferase.
pdb deposition date 2008-03-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00628 PHD PHD-finger
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 2ro1A00
4X2IA 4A9LA 3SVGA 2E3KA 5CY9A 4WHWA 4BJXA 3MULA 4F3IA 4CLBA 3U5JA 2N9GA 4A9JA 4QC1A 2L85A 5L96A 4OGIA 1JM4B 4O76A 4XY8A 5CUAA 4YYNA 2L84A 2YEKA 2D82A 2RNWA 5FE5A 4MR6A 4TU4A 4QR3A 3O33A 4QYLA 4LYIA 4IR4A 5L99A 3P5OA 3HMEA 5D3RA 4QSRA 5F61A 4MR3A 3I3JA 5A7CA 4HBWA 4O7CA 3U5MA 4FLPA 2NXBA 5A5RA 4XYAA 4O72A 2WP2A 4HXSA 5DKDA 5EWVA 4QBMA 4LDFA 4QUTA 5A5QA 4NS5A 2LSPB 3LQJA 5HRXA 4MR5A 4QSVA 2RI7A 3P1FA 4UIVA 5I7XA 4PCIA 3NXBA 5F60A 5D3LA 4A9FA 5D25A 4QSTA 5HJCA 5C4QA 4O70A 4J0SA 5KTUA 4CFLA 2OUOA 3G0LA 4HXMA 5EA1A 5A83A 4RVRA 4QB3A 3MXFA 4OGJA 4YYIA 5DYXA 5EU1A 4UITA 5E9YA 5FH8A 4A9EA 5A85A 5AMFA 5LVQA 4TT6A 2DVQA 4PS5A 5A81A 4NYXA 5HLSA 1ZS5A 1X0JA 4MR4A 4N4GA 5ENIA 4PKLA 5I86A 5HRVA 3UV4A 4QYDA 4J3IA 4O78A 4QC3A 5EM3A 5F1HA 2RNXA 5KTXA 4XUBA 5E7DA 5C8GA 4ZW1A 5ENJA 5AD2A 3K2JA 5EQ1A 5IGKA 4NYVA 5I83A 5HFRA 2KTBB 4N4HA 4NQMA 4QY4A 4WIVA 3QZSA 5II1A 5CPEA 2H60A 2YEMA 3UVWA 4MEPA 4YYGA 3SVHA 5LJ0A 2WP1A 3G0JA 4QR4A 4PTBA 3MQMA 5I88A 5CQAA 4BHWA 5I80A 5FG6A 2DWWA 4IORA 2R0YA 2FSAA 3O36A 5DW1A 4UIUA 5CFWA 5HENA 5D0CA 3MUKA 4LYWA 5F63A 5L8UA 3LJWA 5TB6A 5DFBA 3IU6A 4N3WA 5L8TA 5E9MA 4YC9A 5DLXA 3Q2EA 4O71A 4O77A 3HMHA 5CUEA 4LRGA 5E9VA 5F5ZA 3TLPA 2MJVB 4GPJA 5JWMA 5FE3A 3P1CA 5A5PA 3P1EA 4ALGA 2R0SA 5F3AA 2YW5A 5KU3A 4BW2A 5AD3A 3MB3A 2YYNA 3JVKA 4N4FA 5FFWA 4YATA 4NRBA 3GG3A 5EVAA 3S92A 1WUMA 5CQ5A 4ALHA 3S91A 5CQ4A 2DVRA 4HXRA 4O7AA 4CUSA 3LQIA 4LZRA 4UIZA 5ETDA 5F2PA 4QUUA 4OUFA 5D3NA 4NR6A 5HM0A 3LXJA 5E3GA 5E73A 4LC2A 3DAIA 4XY9A 5HQ6A 5CQ6A 4LZ2A 4J1PA 5FFYA 5FB0A 5EWWA 2E7OA 4Z6IA 4UYFB 4QEVA 5E9IA 3UV5A 5FE4A 4CUTA 5ENCA 5ENBA 5DKHA 5CGPA 5FFVA 2OSSA 5A82A 1F68A 5CTLA 5DW2A 4HXOA 4YYMA 5D24A 4Z1QA 2L5EA 4HXKA 5IG6A 5I89A 5HELA 4TZ8A 3D7CA 2G4AA 5D3TA 4IOOA 3O34A 4LYSA 1EQFA 3AQAA 5C89A 5F36A 5BT3A 5FB1A 5DYAA 4AKNA 5C7NA 5FH7A 5HRWA 2GRCA 3JVLA 5LVRA 3FKMX 4HBVA 4NUCA 5LKZA 4QSXA 2R0VA 5DFDA 3UV2A 4A9OA 5EPBA 3U5OA 5KHMA 4NUEA 5D3JA 5A5NA 4A9KA 4NR8A 2YDWA 4NR9A 5EWDA 4YK0A 4YYKA 4NYWA 3QZTA 5EPRA 4IR5A 5EI4A 5ENGA 4Q0OA 5I7YA 1E6IA 4UIXA 5CS8A 5G4SA 1N72A 5E9KA 5CQ3A 3U5LA 4NQNA 5CU8A 5FE0A 5D3SA 2DVVA 5CRMA 4CUQA 4UYGA 5EPSA 4A9HA 4C66A 5CQTA 4CL9A 5ENHA 5I40A 5H85A 5EISA 4MEQA 3DWYA 3ZYUA 5IGLA 5IIDA 5HCLA 2OO1A 5H1TA 3O37A 5F25A 5K29A 4KV1A 5AMEA 5I1QA 5EV9A 4CURA 5FE9A 5CQ7A 4LR6A 4QR5A 2DATA 4CUPA 4YYHA 5G4RA 4UYDA 5H1UA 5EK9A 5CUCA 3JVMA 4HBXA 5DKCA 4O7FA 4A9MA 4KCXA 5II2A 5CQ8A 4YBSA 5J0DA 4TT2A 5HEMA 4N4IA 4E96A 2F6NA 4NR4A 5EGUA 4C67A 4QZSA 5LJ2A 4TT4A 4QSUA 5FBXA 3RCWA 1WUGA 5ENEA 4YY4A 5CZGA 5C87A 4ZQLA 2RFJA 4HXPA 5F1LA 4UIYA 5EWCA 5LKTA 4QEWA 4DONA 5D3HA 4MENA 4IR6A 5L97A 5COIA 4BW3A 3QZVA 3HMFA 5A5OA 5CUGA 4J0RA 3UW9A 5HQ7A 5BT4A 5KO4A 5DBMA 2I8NA 3U5PA 5D3PA 4MEOA 4XUAA 4IR3A 4YADA 4Y03A 2DKWA 4O74A 3AADA 5ACYA 5EICA 4BW1A 4NR7A 2D9EA 3IU5A 3JVJA 5E3DA 3U5NA 4YBMA 5IGMA 3P1DA 4YBTA 5ETBA 4O7BA 4Q0NA 2I7KA 4HBYA 1JSPB 3UVXA 5D26A 2RS9B 4NRCA 2R10A 5KTWA 5CP5A 4YH3A 2E7NA 5LUUA 5FE7A 4UYHA 5FE6A 4HXLA 4O7EA 5FE1A 5LKXA 3LQHA 4UIWA 4WHUA 5LJ1A 5FE8A 5H1VA 4Z93A 4QSSA 5TCMA 5FH6A 5ENFA 4TZ2A 4O75A 4CUUA 5A5SA 5DYCA 5FG4A 5CRZA 4YH4A 4TU6A 4Z6HA 4QSWA 4BW4A 5LKUA 3MB4A 3UVDA 5HFQA 3O35A 4TYLA 4QEUA 4QSQA 2YELA 5DX4A 2RNYA 5BT5A 5E74A 2F6JA 4CFKA 4NRAA 4YYDA 4IOQA 5JI8A 4TTEA 4KV4A 5FG5A 2DVSA 4NXJA 5DFCA 4YY6A 3SVFA 4TS8A 5FE2A 4TQNA 5DYUA 2YQDA 5IBNA 4YYJA 4QSPA 4YAXA 4ZC9A 3Q2FA 4LZSA 4PCEA 5L98A 5D7XA 5DY7A 4UYFA 5F62A 4YABA 4A9IA 5DLZA 5EWHA 4Z1SA 3UVYA 4PY6A 5E9LA 5HQ5A 5EP7A 4UYEA 3U5KA 2RO1A 4A9NA 5IGNA 3ONIA 4NUDA 4HXNA 5CUBA 5C85A 5FDZA 4QNSA 4NR5A 5I29A 5CUDA 5E0RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4X2IA 4A9LA 3SVGA 4AKIA 2E3KA 5CY9A 4WHWA 4BJXA 3MULA 4F3IA 4CLBA 3U5JA 2N9GA 4A9JA 4QC1A 3D1BA 2L85A 5L96A 4OGIA 1JM4B 4O76A 4XY8A 5CUAA 4YYNA 2L84A 2YEKA 2D82A 4AKHA 2RNWA 5FE5A 4MR6A 4TU4A 4QR3A 3O33A 4QYLA 4LYIA 4IR4A 5L99A 3P5OA 3HMEA 5D3RA 4QSRA 5F61A 4MR3A 3I3JA 5A7CA 4HBWA 4O7CA 3U5MA 4FLPA 2NXBA 5A5RA 4XYAA 4O72A 2WP2A 4HXSA 5DKDA 5EWVA 4AKGA 4QBMA 4LDFA 4QUTA 5A5QA 4NS5A 2LSPB 3LQJA 5HRXA 4MR5A 3ERRA 4QSVA 2RI7A 3P1FA 4UIVA 5I7XA 4PCIA 3NXBA 5F60A 5D3LA 4A9FA 5D25A 4QSTA 3D1DA 5HJCA 5C4QA 4O70A 4J0SA 5KTUA 4CFLA 2OUOA 3G0LA 4AI6A 4HXMA 5EA1A 5A83A 3VKGA 4RVRA 4QB3A 3MXFA 4OGJA 4YYIA 5DYXA 5EU1A 4UITA 5E9YA 5FH8A 4A9EA 5A85A 5AMFA 3VKHA 5LVQA 4TT6A 2DVQA 4PS5A 5A81A 4NYXA 5HLSA 1ZS5A 1X0JA 4MR4A 4N4GA 5ENIA 4PKLA 5I86A 5HRVA 3UV4A 4QYDA 4J3IA 4O78A 4QC3A 5EM3A 5F1HA 2RNXA 5KTXA 4XUBA 5E7DA 5C8GA 4ZW1A 5ENJA 5AD2A 3K2JA 5EQ1A 5IGKA 4NYVA 5I83A 5HFRA 2KTBB 4N4HA 4NQMA 4QY4A 4WIVA 1ZKRA 2EJNA 3QZSA 5II1A 5CPEA 2H60A 2YEMA 3UVWA 4MEPA 4YYGA 3SVHA 5LJ0A 2WP1A 3G0JA 4QR4A 4PTBA 3MQMA 5I88A 5CQAA 4BHWA 5I80A 5FG6A 2DWWA 4IORA 2R0YA 2FSAA 3O36A 5DW1A 4UIUA 5CFWA 5HENA 5D0CA 3MUKA 4LYWA 5F63A 5L8UA 3LJWA 5TB6A 5DFBA 3IU6A 4N3WA 5L8TA 5E9MA 4YC9A 5DLXA 3Q2EA 4O71A 4O77A 3HMHA 5CUEA 4LRGA 5E9VA 5F5ZA 3TLPA 2MJVB 4GPJA 5JWMA 5FE3A 3P1CA 5A5PA 3P1EA 4ALGA 2R0SA 5F3AA 2YW5A 5KU3A 4BW2A 5AD3A 3MB3A 2YYNA 3JVKA 4N4FA 5FFWA 4YATA 4NRBA 3GG3A 5EVAA 3S92A 1WUMA 5CQ5A 4ALHA 3S91A 5CQ4A 2DVRA 4HXRA 4O7AA 4CUSA 3LQIA 4LZRA 4UIZA 5ETDA 5F2PA 4QUUA 4OUFA 5D3NA 4NR6A 5HM0A 3LXJA 5E3GA 5E73A 4LC2A 3DAIA 4XY9A 5HQ6A 5CQ6A 4LZ2A 4J1PA 5FFYA 5FB0A 5EWWA 2E7OA 4Z6IA 4UYFB 4QEVA 5E9IA 3UV5A 5FE4A 4CUTA 5ENCA 5ENBA 5DKHA 5CGPA 5FFVA 2OSSA 5A82A 1F68A 5CTLA 5DW2A 4HXOA 4YYMA 5D24A 4Z1QA 2L5EA 4HXKA 5IG6A 5I89A 5HELA 4TZ8A 3D7CA 2G4AA 5D3TA 4IOOA 3O34A 4LYSA 1EQFA 3AQAA 5C89A 5F36A 5BT3A 5FB1A 5DYAA 4AKNA 5C7NA 5FH7A 5HRWA 2GRCA 3JVLA 5LVRA 3FKMX 4HBVA 4NUCA 5LKZA 4QSXA 2R0VA 5DFDA 3UV2A 4A9OA 5EPBA 3U5OA 5KHMA 4NUEA 5D3JA 5A5NA 4A9KA 4NR8A 2YDWA 4NR9A 5EWDA 4YK0A 4YYKA 4NYWA 3QZTA 5EPRA 4IR5A 5EI4A 5ENGA 4Q0OA 5I7YA 1E6IA 4UIXA 5CS8A 5G4SA 1N72A 5E9KA 5CQ3A 3U5LA 4NQNA 5CU8A 5FE0A 5D3SA 2DVVA 5CRMA 4CUQA 4UYGA 5EPSA 4A9HA 4C66A 5CQTA 4CL9A 5ENHA 5I40A 5H85A 5EISA 4MEQA 3DWYA 3ZYUA 5IGLA 5IIDA 5HCLA 2OO1A 5H1TA 3O37A 5F25A 5K29A 4KV1A 5AMEA 5I1QA 5EV9A 4CURA 5FE9A 5CQ7A 4LR6A 4QR5A 2DATA 4CUPA 4YYHA 5G4RA 4UYDA 5H1UA 5EK9A 5CUCA 3JVMA 4HBXA 1PUOA 5DKCA 4O7FA 4A9MA 4KCXA 5II2A 5CQ8A 4YBSA 5J0DA 4TT2A 5HEMA 4N4IA 4E96A 2F6NA 4NR4A 5EGUA 4C67A 4QZSA 5LJ2A 4TT4A 4QSUA 5FBXA 3RCWA 1WUGA 5ENEA 4YY4A 5CZGA 5C87A 4ZQLA 2RFJA 4HXPA 5F1LA 4UIYA 5EWCA 5LKTA 4QEWA 4DONA 5D3HA 4MENA 4IR6A 5L97A 5COIA 4BW3A 3QZVA 3HMFA 5A5OA 5CUGA 4J0RA 3UW9A 5HQ7A 5BT4A 5KO4A 2I8NA 5DBMA 3U5PA 5D3PA 4MEOA 4XUAA 4IR3A 4YADA 4Y03A 2DKWA 4O74A 3AADA 5ACYA 5EICA 4BW1A 4NR7A 2D9EA 3IU5A 3JVJA 5E3DA 3U5NA 4YBMA 5IGMA 3P1DA 4YBTA 5ETBA 4O7BA 4Q0NA 2I7KA 4HBYA 1JSPB 3UVXA 5D26A 2RS9B 4NRCA 2R10A 5KTWA 5CP5A 4YH3A 2E7NA 5LUUA 5FE7A 4UYHA 5FE6A 4HXLA 4O7EA 5FE1A 5LKXA 3LQHA 4UIWA 4WHUA 5LJ1A 5FE8A 5H1VA 4Z93A 4QSSA 5TCMA 5FH6A 5ENFA 4TZ2A 4O75A 4CUUA 5A5SA 5DYCA 5FG4A 5CRZA 4YH4A 4TU6A 4Z6HA 4QSWA 4BW4A 5LKUA 3MB4A 3UVDA 5HFQA 3O35A 4TYLA 4QEUA 4QSQA 2YELA 5DX4A 2RNYA 5BT5A 5E74A 2F6JA 4CFKA 4NRAA 4YYDA 4IOQA 5JI8A 4TTEA 4KV4A 5FG5A 2DVSA 4NXJA 5DFCA 4YY6A 3SVFA 4TS8A 5FE2A 4TQNA 5DYUA 2YQDA 5IBNA 4YYJA 4QSPA 4YAXA 4ZC9A 3Q2FA 4LZSA 4PCEA 5L98A 5D7XA 5DY7A 4UYFA 5F62A 4YABA 4A9IA 5DLZA 5EWHA 4Z1SA 3UVYA 4PY6A 5E9LA 5HQ5A 5EP7A 4UYEA 3U5KA 2RO1A 4A9NA 5IGNA 3ONIA 4NUDA 4HXNA 5CUBA 5C85A 5FDZA 4QNSA 4NR5A 5I29A 5CUDA 5E0RA
chains in the Genus database with same CATH topology
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