5EWWA

Crystal structure of the human brpf1 bromodomain in complex with seed21
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
113
structure length
113
Chain Sequence
EMQLTPFLILLRKTLEQLQEKDTGNIFSEPVPLSEVPDYLDHIKKPMDFFTMKQNLEAYRYLNFDDFEEDFNLIVSNCLKYNAKDTIFYRAAVRLREQGGAVLRQARRQAEKM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Dna binding protein
molecule keywords Peregrin
publication title Crystal structure of the human BRPF1 bromodomain in complex with SEED21
rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 41
structure length 113
sequence length 113
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-11-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5ewwA00
2LSPB 4QSXA 5FE0A 4YYGA 3MQMA 4Z1SA 4QBMA 4YAXA 5AD3A 4O7BA 5I83A 5D7XA 5BT5A 5C7NA 2RI7A 4YY6A 5HQ5A 4PKLA 4QEWA 5A5SA 5BT3A 4HXOA 3O34A 2RO1A 2DVSA 4UYFB 3I3JA 5A5NA 4TT4A 5E73A 5E9KA 4YYKA 5IIDA 4BW3A 2H60A 4YK0A 4BW4A 5F1HA 2I7KA 5IG6A 2E7NA 5HELA 2WP1A 4RVRA 5AMFA 4IORA 4XUBA 5LUUA 4Z93A 4NQNA 5DYXA 5I80A 5D3JA 5CGPA 5LKXA 5E3GA 4NS5A 3ONIA 5H85A 5FFYA 4AKNA 3K2JA 4TYLA 2E7OA 5LKUA 5F25A 5HRWA 4N4IA 1WUGA 2YELA 3G0JA 3HMFA 4KV4A 5K29A 4UIWA 5HEMA 5EVAA 4QYDA 3Q2EA 4HXKA 4QSSA 4IOOA 4J0SA 3P1DA 4BJXA 5D3PA 5CRZA 4O77A 4NYWA 5A5QA 5CUBA 3IU5A 5FE4A 3U5LA 5AMEA 5CUAA 5C85A 2DVQA 4O75A 4HBXA 4LR6A 2D82A 5LVQA 4HBWA 4KCXA 5A82A 3JVLA 2GRCA 2RS9B 4UYFA 4A9OA 5DBMA 4YYJA 5A5PA 5DFDA 2YW5A 4NRAA 4TU4A 5I89A 4LZSA 2KTBB 3TLPA 4YYDA 4UYHA 5D3SA 5I88A 5D3NA 3MB3A 5D3TA 3S91A 4O70A 4MR5A 4MR4A 5CTLA 4Z6HA 4NQMA 4NUEA 2N9GA 5L96A 3JVKA 4ALHA 4CFLA 4HXRA 2D9EA 4BW2A 1E6IA 2F6NA 5F3AA 2DKWA 5FFVA 5ENBA 3U5JA 5J0DA 5F63A 5DFBA 4PS5A 4NUCA 4Q0OA 4MEOA 5CPEA 4IR4A 3LQJA 5A5RA 5FDZA 5CP5A 4CL9A 5DYUA 5CQ6A 5DY7A 5EISA 5LJ2A 5ENCA 5FH7A 3O33A 4CFKA 4QUTA 4OGIA 4CUTA 4NR9A 5G4RA 4XUAA 4QR5A 4N4HA 5E9LA 5H1VA 2R0YA 5C89A 5DLZA 3QZSA 4PY6A 5F61A 5CQ7A 4NXJA 3NXBA 5CS8A 3GG3A 5HFRA 4QC1A 3P5OA 5EWDA 4BW1A 4YATA 5HQ6A 5FE6A 5EGUA 5CQ4A 2OSSA 4NR6A 3MULA 5F2PA 4QSWA 5CQTA 4NR7A 3UVDA 4HXLA 4UITA 3HMHA 4YH3A 3U5KA 4PTBA 2R0VA 1EQFA 4HXPA 3AQAA 5FB1A 5L8UA 3QZVA 5F36A 5LKTA 5CZGA 4UYDA 5CUEA 5JI8A 5E9MA 1ZS5A 4YBMA 4QEUA 4QSVA 2YEKA 2OO1A 4NR5A 5F5ZA 3MUKA 5KO4A 5FE5A 4N4FA 5DW1A 3MB4A 5KHMA 5DYCA 3ZYUA 5II2A 4LRGA 5FB0A 5CRMA 5E9VA 4YYMA 5LJ0A 4HXSA 5C87A 5CUDA 3LJWA 4IR6A 5EWVA 4ZQLA 2L85A 5EU1A 3U5MA 3SVGA 4F3IA 5EWCA 3U5OA 2RFJA 2YDWA 3LXJA 4LDFA 4UIYA 4MR6A 3S92A 5KU3A 4ALGA 4J0RA 5JWMA 5ENHA 4QYLA 4YY4A 5ACYA 3JVMA 3DAIA 4TZ2A 4UYEA 5EICA 5FE3A 5L98A 4MR3A 5ENJA 5CFWA 4QC3A 4XYAA 4LZ2A 3UVYA 4O7CA 5I29A 4Q0NA 4NUDA 1JM4B 4OGJA 2DVVA 5CUCA 5FG6A 5IGMA 4A9NA 5CQ8A 4QR3A 3QZTA 5A81A 4A9HA 1X0JA 5IBNA 3UV5A 4CLBA 5DLXA 3DWYA 5E0RA 5FH6A 4CURA 2DVRA 5EPRA 5L99A 5DX4A 1WUMA 3LQIA 5CU8A 4YYNA 5EQ1A 4WHUA 4UYGA 4OUFA 4LYSA 3MXFA 5HRXA 4QSQA 5FE9A 5F60A 5CQ3A 5FFWA 5EK9A 5KTUA 4A9IA 4LZRA 5D25A 3O36A 5HLSA 3UVWA 5DKHA 2DWWA 5F1LA 2L5EA 4TZ8A 4N4GA 3P1FA 4PCIA 4YABA 3LQHA 4HXMA 4BHWA 4QUUA 2I8NA 4YYHA 2E3KA 5FG4A 4QSUA 5IGKA 4UIUA 2RNXA 5E7DA 4QZSA 2DATA 5FE2A 5A83A 3HMEA 2R10A 3UW9A 4O7AA 5ENFA 5D3LA 4TT2A 5IGLA 5HCLA 3AADA 2F6JA 5D3HA 3O37A 3RCWA 3U5PA 4MEPA 4O78A 4TTEA 4TQNA 5ETBA 5COIA 4A9LA 2WP2A 3U5NA 4IR3A 4YBSA 5H1TA 5DYAA 4X2IA 4YYIA 5FE7A 3UV4A 2MJVB 5DKCA 2YYNA 3P1CA 4C67A 4KV1A 4YC9A 5I86A 5E9YA 2L84A 2YEMA 5A5OA 1F68A 4Y03A 3JVJA 5DW2A 5ETDA 4Z6IA 4YADA 5FBXA 4N3WA 2NXBA 4A9EA 5F62A 5D0CA 3SVFA 2RNWA 2R0SA 5DKDA 5L8TA 5EM3A 4HXNA 5E9IA 3IU6A 3Q2FA 5EPBA 3FKMX 1JSPB 2G4AA 4Z1QA 4TT6A 4QSPA 5CQ5A 4LYWA 4CUUA 5FG5A 4A9JA 4ZW1A 5ENGA 5LKZA 4QB3A 3O35A 4QSTA 4IOQA 5H1UA 5A85A 4UIXA 4HBVA 5C4QA 5LVRA 3P1EA 5DFCA 5D26A 5EWHA 5E74A 4CUSA 4CUQA 4NRBA 4WHWA 5CY9A 4QR4A 2YQDA 5EWWA 4HBYA 4NR4A 5IGNA 5L97A 3SVHA 4O74A 5D24A 5BT4A 5ENEA 5TCMA 5TB6A 2FSAA 4J3IA 5C8GA 4ZC9A 4QEVA 5I1QA 5D3RA 4YBTA 4QNSA 5KTWA 4O7FA 5E3DA 5II1A 3D7CA 5HENA 4TS8A 4CUPA 5G4SA 5KTXA 4O76A 4C66A 4NRCA 5HJCA 4UIVA 4LYIA 5HQ7A 4A9KA 4J1PA 3UV2A 3G0LA 4XY8A 4UIZA 4MEQA 5CUGA 5FH8A 4A9MA 5AD2A 2RNYA 4IR5A 5HM0A 4NYVA 4TU6A 5EP7A 4QY4A 4NR8A 5HFQA 4XY9A 4MENA 5I7XA 5I7YA 2OUOA 4GPJA 5FE1A 4WIVA 5HRVA 4PCEA 4QSRA 4A9FA 4DONA 4LC2A 5EA1A 5EV9A 5LJ1A 4E96A 4O72A 1N72A 4NYXA 5I40A 5EPSA 4O7EA 5A7CA 5CQAA 5EI4A 3UVXA 4YH4A 5FE8A 5ENIA 4O71A 4FLPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2LSPB 4QSXA 5FE0A 4YYGA 3MQMA 4Z1SA 4QBMA 4YAXA 1ZKRA 5AD3A 4O7BA 5I83A 5D7XA 5BT5A 5C7NA 2RI7A 4YY6A 5HQ5A 4PKLA 4QEWA 5A5SA 5BT3A 4HXOA 3O34A 2RO1A 2DVSA 4UYFB 3I3JA 5A5NA 4TT4A 5E73A 5E9KA 4YYKA 5IIDA 4BW3A 2H60A 4YK0A 4BW4A 5F1HA 2I7KA 5IG6A 2E7NA 5HELA 2WP1A 4RVRA 5AMFA 4IORA 4XUBA 5LUUA 4Z93A 4NQNA 5DYXA 5I80A 5D3JA 5CGPA 5LKXA 5E3GA 4NS5A 3ONIA 5H85A 5FFYA 4AKNA 3K2JA 4TYLA 2E7OA 5LKUA 3D1DA 5F25A 5HRWA 4N4IA 1WUGA 2YELA 3G0JA 3HMFA 4KV4A 5K29A 4UIWA 5HEMA 5EVAA 4QYDA 3Q2EA 4HXKA 4QSSA 4IOOA 4J0SA 3P1DA 4BJXA 5D3PA 5CRZA 4O77A 4NYWA 5A5QA 5CUBA 3IU5A 5FE4A 3U5LA 5AMEA 5CUAA 5C85A 2DVQA 4O75A 4HBXA 4LR6A 2D82A 5LVQA 4HBWA 4KCXA 5A82A 3JVLA 2GRCA 2RS9B 4UYFA 4A9OA 5DBMA 4YYJA 5A5PA 5DFDA 2YW5A 4NRAA 4TU4A 5I89A 4LZSA 2KTBB 3TLPA 4YYDA 4UYHA 5D3SA 5I88A 5D3NA 3MB3A 5D3TA 3S91A 4O70A 4MR5A 4MR4A 5CTLA 4Z6HA 4NQMA 4NUEA 2N9GA 5L96A 3JVKA 4ALHA 4CFLA 4HXRA 2D9EA 4BW2A 1E6IA 2F6NA 5F3AA 2DKWA 5FFVA 5ENBA 3U5JA 5J0DA 5F63A 2EJNA 5DFBA 4PS5A 4NUCA 4Q0OA 4MEOA 5CPEA 4IR4A 3LQJA 5A5RA 5FDZA 5CP5A 4CL9A 5DYUA 5CQ6A 5DY7A 5EISA 5LJ2A 5ENCA 5FH7A 3O33A 4CFKA 4QUTA 4OGIA 4CUTA 4NR9A 5G4RA 4XUAA 4QR5A 4N4HA 5E9LA 5H1VA 2R0YA 5C89A 5DLZA 3QZSA 4PY6A 5F61A 5CQ7A 4NXJA 3NXBA 5CS8A 3GG3A 5HFRA 4QC1A 3P5OA 5EWDA 4BW1A 4YATA 5HQ6A 5FE6A 5EGUA 5CQ4A 2OSSA 4NR6A 3MULA 5F2PA 4QSWA 5CQTA 4NR7A 3UVDA 3VKHA 4HXLA 4UITA 3HMHA 4YH3A 3U5KA 4PTBA 2R0VA 1EQFA 4HXPA 3AQAA 5FB1A 5L8UA 3QZVA 5F36A 5LKTA 5CZGA 4UYDA 5CUEA 5JI8A 5E9MA 1ZS5A 4YBMA 4QEUA 4QSVA 2YEKA 2OO1A 4NR5A 5F5ZA 3MUKA 5KO4A 5FE5A 4N4FA 5DW1A 3MB4A 5KHMA 5DYCA 3ZYUA 5II2A 4LRGA 5FB0A 5CRMA 5E9VA 4YYMA 5LJ0A 4HXSA 5C87A 5CUDA 3LJWA 4IR6A 5EWVA 4ZQLA 2L85A 5EU1A 3U5MA 3SVGA 4F3IA 5EWCA 3U5OA 2RFJA 2YDWA 3LXJA 4AKIA 4LDFA 4UIYA 4MR6A 3S92A 5KU3A 4ALGA 4J0RA 5JWMA 5ENHA 4QYLA 3ERRA 4YY4A 5ACYA 3JVMA 3DAIA 4TZ2A 4UYEA 5EICA 5FE3A 5L98A 4MR3A 5ENJA 5CFWA 4QC3A 4XYAA 4LZ2A 3UVYA 4O7CA 5I29A 4Q0NA 4NUDA 1JM4B 4OGJA 2DVVA 5CUCA 5FG6A 5IGMA 4A9NA 5CQ8A 4QR3A 3QZTA 4AKGA 5A81A 4A9HA 4AKHA 1X0JA 5IBNA 3UV5A 4CLBA 5DLXA 3DWYA 5E0RA 5FH6A 4CURA 2DVRA 5EPRA 5L99A 5DX4A 1WUMA 3LQIA 5CU8A 4YYNA 5EQ1A 4WHUA 4UYGA 4OUFA 4LYSA 3MXFA 5HRXA 4QSQA 5FE9A 5F60A 5CQ3A 5FFWA 5EK9A 5KTUA 4A9IA 4LZRA 5D25A 3O36A 5HLSA 3UVWA 5DKHA 2DWWA 5F1LA 2L5EA 4TZ8A 4N4GA 3P1FA 4PCIA 4YABA 3LQHA 4HXMA 4BHWA 4QUUA 2I8NA 4YYHA 2E3KA 5FG4A 4QSUA 5IGKA 4UIUA 2RNXA 5E7DA 4QZSA 2DATA 5FE2A 5A83A 3HMEA 2R10A 3UW9A 4O7AA 5ENFA 5D3LA 4TT2A 5IGLA 5HCLA 3AADA 2F6JA 5D3HA 3O37A 3RCWA 3U5PA 4MEPA 4O78A 4TTEA 4TQNA 5ETBA 5COIA 4A9LA 2WP2A 3U5NA 4IR3A 4YBSA 5H1TA 5DYAA 4X2IA 4YYIA 5FE7A 3UV4A 2MJVB 5DKCA 2YYNA 3P1CA 4C67A 4KV1A 4YC9A 5I86A 5E9YA 2L84A 2YEMA 5A5OA 1F68A 4Y03A 3JVJA 5DW2A 5ETDA 4Z6IA 4YADA 5FBXA 4N3WA 2NXBA 4A9EA 5F62A 5D0CA 3SVFA 2RNWA 2R0SA 5DKDA 5L8TA 5EM3A 4HXNA 5E9IA 3IU6A 3Q2FA 5EPBA 3FKMX 1JSPB 2G4AA 4Z1QA 4TT6A 4QSPA 3D1BA 5CQ5A 4LYWA 4CUUA 5FG5A 4A9JA 4ZW1A 5ENGA 5LKZA 4QB3A 3O35A 4QSTA 4AI6A 4IOQA 5H1UA 5A85A 1PUOA 4UIXA 4HBVA 5C4QA 5LVRA 3P1EA 5DFCA 5D26A 5EWHA 5E74A 4CUSA 4CUQA 4NRBA 4WHWA 5CY9A 4QR4A 2YQDA 5EWWA 4HBYA 4NR4A 5IGNA 5L97A 3SVHA 4O74A 5D24A 5BT4A 5ENEA 5TCMA 5TB6A 2FSAA 4J3IA 5C8GA 4ZC9A 4QEVA 5I1QA 5D3RA 4YBTA 4QNSA 5KTWA 4O7FA 5E3DA 5II1A 3D7CA 5HENA 4TS8A 4CUPA 5G4SA 5KTXA 4O76A 4C66A 4NRCA 5HJCA 4UIVA 4LYIA 5HQ7A 4A9KA 4J1PA 3UV2A 3G0LA 4XY8A 4UIZA 4MEQA 5CUGA 5FH8A 4A9MA 5AD2A 2RNYA 4IR5A 5HM0A 4NYVA 4TU6A 5EP7A 4QY4A 4NR8A 3VKGA 5HFQA 4XY9A 4MENA 5I7XA 5I7YA 2OUOA 4GPJA 5FE1A 4WIVA 5HRVA 4PCEA 4QSRA 4A9FA 4DONA 4LC2A 5EA1A 5EV9A 5LJ1A 4E96A 4O72A 1N72A 4NYXA 5I40A 5EPSA 4O7EA 5A7CA 5CQAA 5EI4A 3UVXA 4YH4A 5FE8A 5ENIA 4O71A 4FLPA
chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2LSP B;  4QSX A;  5FE0 A;  4YYG A;  3MQM A;  4Z1S A;  4QBM A;  4YAX A;  5AD3 A;  4O7B A;  5I83 A;  5D7X A;  5BT5 A;  5C7N A;  2RI7 A;  4YY6 A;  5HQ5 A;  4PKL A;  4QEW A;  5A5S A;  5BT3 A;  4HXO A;  3O34 A;  2RO1 A;  2DVS A;  4UYF B;  3I3J A;  5A5N A;  4TT4 A;  5E73 A;  5E9K A;  4YYK A;  5IID A;  4BW3 A;  2H60 A;  4YK0 A;  4BW4 A;  5F1H A;  2I7K A;  5IG6 A;  2E7N A;  5HEL A;  2WP1 A;  4RVR A;  5AMF A;  4IOR A;  4XUB A;  5LUU A;  4Z93 A;  4NQN A;  5DYX A;  5I80 A;  5D3J A;  5CGP A;  5LKX A;  5E3G A;  4NS5 A;  3ONI A;  5H85 A;  5FFY A;  4AKN A;  3K2J A;  4TYL A;  2E7O A;  5LKU A;  5F25 A;  5HRW A;  4N4I A;  1WUG A;  2YEL A;  3G0J A;  3HMF A;  4KV4 A;  5K29 A;  4UIW A;  5HEM A;  5EVA A;  4QYD A;  3Q2E A;  4HXK A;  4QSS A;  4IOO A;  4J0S A;  3P1D A;  4BJX A;  5D3P A;  5CRZ A;  4O77 A;  4NYW A;  5A5Q A;  5CUB A;  3IU5 A;  5FE4 A;  3U5L A;  5AME A;  5CUA A;  5C85 A;  2DVQ A;  4O75 A;  4HBX A;  4LR6 A;  2D82 A;  5LVQ A;  4HBW A;  4KCX A;  5A82 A;  3JVL A;  2GRC A;  2RS9 B;  4UYF A;  4A9O A;  5DBM A; 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