5EWWA

Crystal structure of the human brpf1 bromodomain in complex with seed21
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
113
structure length
113
Chain Sequence
EMQLTPFLILLRKTLEQLQEKDTGNIFSEPVPLSEVPDYLDHIKKPMDFFTMKQNLEAYRYLNFDDFEEDFNLIVSNCLKYNAKDTIFYRAAVRLREQGGAVLRQARRQAEKM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Crystal structure of the human BRPF1 bromodomain in complex with SEED21
rcsb
molecule tags Dna binding protein
source organism Homo sapiens
molecule keywords Peregrin
total genus 41
structure length 113
sequence length 113
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-11-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5ewwA00
4NR6A 4O7AA 4CUQA 5EICA 5F1LA 4UYDA 4LC2A 5C8GA 5L98A 4BJXA 4NRCA 5KTXA 4QEWA 4Z93A 3O33A 3IU6A 4YK0A 4Z6IA 5IGKA 5A83A 5DYXA 4UYGA 1EQFA 3RCWA 5H85A 5F63A 4TS8A 4C66A 5F1HA 5D3HA 5ENIA 4QBMA 4UIZA 4ZC9A 5HJCA 1WUGA 5CUGA 5HRXA 5D3TA 3U5PA 5ENGA 4NUEA 3O37A 5DYUA 5E9YA 4QY4A 3O36A 4MR3A 4MR4A 5CUEA 5DFDA 2F6NA 5CPEA 4CUSA 5DLXA 5A5OA 4IR6A 4TQNA 5CP5A 5CUDA 5DYAA 4NXJA 4O75A 4A9LA 4NQNA 5I40A 5EVAA 3Q2FA 4NYXA 5KTUA 4YY6A 4DONA 5D25A 4CURA 5I29A 4LZSA 4O77A 3I3JA 5CQ7A 4QB3A 4QZSA 4MEOA 4NRAA 2D9EA 2E7OA 5EWCA 4A9MA 5DYCA 4Y03A 4YYDA 3JVKA 4QC1A 2RNYA 3UV4A 4IR3A 5CQ6A 3ZYUA 3UVXA 2YELA 5G4RA 4WIVA 5KTWA 4J0SA 3JVMA 4E96A 4PCEA 2R10A 5HRVA 5E3DA 5HQ6A 2WP2A 3UV5A 4HXOA 2L5EA 5ETBA 3G0JA 5L97A 5LJ1A 5AMEA 4ZW1A 5A5SA 5F5ZA 5CQ5A 5HQ5A 5H1VA 3D7CA 4HXPA 4J3IA 4YH4A 2D82A 4Q0NA 4YY4A 4YBMA 4UIYA 5I1QA 3QZVA 4HBXA 2DVSA 2OSSA 4MR5A 4TT2A 4A9OA 3P1FA 4O7CA 5A5RA 4OUFA 5FFYA 4PCIA 4A9EA 4XYAA 2YDWA 3U5OA 5CFWA 5A7CA 4YADA 5HCLA 5JWMA 5A5PA 5IBNA 5CQTA 4XUBA 4GPJA 2RI7A 4N4IA 4O7FA 5II2A 2DWWA 4HBYA 5HQ7A 5DKDA 4LDFA 4TYLA 4XUAA 5F36A 1JSPB 5FE1A 4A9FA 4N4GA 4UIUA 4LRGA 4Q0OA 5E9IA 2GRCA 5DX4A 4HXMA 4CUPA 5LKTA 5LKXA 5FE4A 4LZ2A 4UYFB 5F62A 5F3AA 4PS5A 4YYJA 3SVHA 4XY9A 4IOOA 3S92A 4N4HA 5FH6A 5FB0A 4NR7A 5FG5A 5FH7A 4IOQA 4BW1A 4OGIA 5H1UA 2YYNA 4MR6A 5D24A 5DY7A 4RVRA 4LR6A 4YYNA 4LZRA 4QR5A 4A9KA 4CFLA 3MQMA 2RS9B 2RNXA 4YYMA 4Z1SA 3TLPA 4QR3A 4YBSA 2DVVA 3Q2EA 4ALHA 5TB6A 4YBTA 5LVRA 5HENA 4YYKA 5K29A 5FE2A 4QYLA 2R0YA 5FE0A 5E7DA 2DVRA 5ENBA 4CLBA 3MULA 4MENA 4N4FA 5DFCA 3UVDA 5G4SA 5E74A 5C87A 5EP7A 3LXJA 4O72A 4KV1A 5HFRA 3DWYA 4NUDA 5EV9A 4PY6A 5DKCA 5D26A 5AMFA 5CUAA 5BT4A 5CGPA 4FLPA 4Z1QA 4QUTA 4QSRA 5IIDA 5LVQA 4UIVA 2R0SA 5H1TA 5CQ8A 3MB3A 4HBVA 4J0RA 5FFVA 5D3PA 4NR8A 5HEMA 4O7BA 5I88A 4BW3A 4NYVA 3G0LA 5AD3A 2F6JA 1JM4B 5FG4A 2KTBB 4ZQLA 4LYWA 5A82A 4WHUA 4UIWA 5EA1A 3HMEA 5L99A 5KU3A 4O7EA 4HXNA 4PTBA 4O71A 5DFBA 2H60A 3U5JA 2I7KA 5DLZA 2DKWA 5EISA 5CS8A 5LKUA 4HBWA 2G4AA 4YH3A 3U5NA 5DW1A 2YEMA 4UYHA 4A9HA 5ENJA 3SVFA 2I8NA 4UYEA 5CUCA 3S91A 3QZSA 4UITA 4YABA 4CFKA 5CRZA 5CZGA 5LJ0A 5ENCA 5EU1A 3U5KA 4F3IA 4UIXA 5FB1A 4KCXA 3LQHA 3LQIA 5C89A 4QEUA 5FE9A 3UV2A 4QSSA 5DW2A 2YW5A 5F60A 5EWWA 4YYHA 5COIA 5D3NA 4LYSA 4Z6HA 4UYFA 4MEQA 5C85A 4YYGA 5ENEA 5D3LA 5EWVA 3MB4A 4QYDA 5E9MA 4QSQA 2RO1A 4IORA 5A5QA 5FFWA 3P5OA 4QSXA 2DATA 2FSAA 5FE6A 4MEPA 5F2PA 5IGNA 5D7XA 4YYIA 5IGLA 3IU5A 2RFJA 5CU8A 4NUCA 5EWHA 4O76A 2L85A 4QR4A 4XY8A 5E73A 5AD2A 4NQMA 2MJVB 5CQ4A 5ENHA 3P1EA 3JVJA 4QSVA 4IR4A 4QUUA 5EGUA 4LYIA 3MXFA 5BT5A 4NRBA 5C4QA 4A9IA 3UW9A 5I7XA 5II1A 3AQAA 4CUTA 3LJWA 2N9GA 4TZ2A 4NYWA 4QSWA 4TU6A 5I86A 5KHMA 1F68A 5BT3A 3LQJA 5EI4A 4O74A 5FH8A 5HFQA 3HMHA 4TU4A 5CUBA 3O35A 4BW4A 4WHWA 5I83A 3UVYA 4HXLA 1WUMA 5E9VA 5LUUA 4HXSA 3ONIA 5IG6A 2DVQA 5D0CA 5DKHA 4BHWA 5CQ3A 5D3JA 5HM0A 5EPRA 2WP1A 4QSTA 4YATA 4IR5A 5L8UA 1E6IA 5HELA 5I80A 4CUUA 3QZTA 5F61A 2NXBA 5A85A 4HXRA 4NS5A 2OUOA 5HRWA 5CRMA 4NR5A 2YEKA 4O70A 4AKNA 5EK9A 3HMFA 5I89A 4YAXA 5FDZA 4BW2A 4TT6A 3DAIA 5EM3A 5ETDA 5ACYA 5L8TA 3JVLA 4QSUA 5CY9A 5CTLA 2YQDA 1N72A 4O78A 5E0RA 3U5MA 2L84A 5F25A 3U5LA 4NR4A 4PKLA 3O34A 4TZ8A 2E3KA 5FE5A 4CL9A 5E3GA 5FBXA 3UVWA 5HLSA 2OO1A 5IGMA 3MUKA 3NXBA 5A5NA 4HXKA 5CQAA 5FE3A 5FG6A 3SVGA 4KV4A 4C67A 5LKZA 4A9JA 4TT4A 5I7YA 1X0JA 4N3WA 4OGJA 5EQ1A 5FE8A 2R0VA 5C7NA 4ALGA 1ZS5A 5KO4A 2LSPB 3P1DA 4X2IA 5EPBA 2E7NA 5FE7A 3AADA 3GG3A 4QEVA 4TTEA 5E9LA 4NR9A 5LJ2A 5TCMA 5EPSA 5E9KA 5A81A 4QSPA 4QC3A 5D3SA 4A9NA 5EWDA 5DBMA 5L96A 5J0DA 5D3RA 4YC9A 3P1CA 5JI8A 3FKMX 2RNWA 4J1PA 5ENFA 3K2JA 4QNSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4NR6A 4O7AA 4CUQA 5EICA 5F1LA 4UYDA 4LC2A 5C8GA 5L98A 4BJXA 4NRCA 5KTXA 4QEWA 4Z93A 3O33A 3IU6A 4YK0A 4Z6IA 5IGKA 5A83A 4AKIA 5DYXA 4UYGA 1EQFA 3RCWA 5H85A 5F63A 4TS8A 4C66A 5F1HA 5D3HA 5ENIA 4QBMA 4UIZA 4ZC9A 5HJCA 1WUGA 5CUGA 5HRXA 5D3TA 3U5PA 5ENGA 4NUEA 3O37A 5DYUA 5E9YA 4QY4A 3O36A 4MR3A 4MR4A 5CUEA 5DFDA 2F6NA 5CPEA 4CUSA 5DLXA 5A5OA 4IR6A 4TQNA 5CP5A 5CUDA 5DYAA 4NXJA 4O75A 4A9LA 4NQNA 5I40A 5EVAA 3Q2FA 4NYXA 5KTUA 4YY6A 4DONA 4AKGA 5D25A 4CURA 5I29A 4LZSA 4O77A 3D1BA 3I3JA 5CQ7A 4QB3A 4QZSA 4MEOA 4NRAA 2D9EA 2E7OA 5EWCA 4A9MA 5DYCA 4Y03A 4YYDA 3JVKA 4QC1A 2RNYA 3UV4A 4IR3A 5CQ6A 3ZYUA 3UVXA 2YELA 5G4RA 4WIVA 5KTWA 4J0SA 3JVMA 4E96A 4PCEA 2R10A 5HRVA 5E3DA 5HQ6A 2WP2A 3UV5A 4HXOA 2L5EA 5ETBA 3G0JA 5L97A 5LJ1A 5AMEA 4ZW1A 5A5SA 5F5ZA 5CQ5A 5HQ5A 5H1VA 3D7CA 4HXPA 4J3IA 4YH4A 2D82A 4Q0NA 4YY4A 4YBMA 4UIYA 5I1QA 3QZVA 4HBXA 2DVSA 2OSSA 4MR5A 4TT2A 4A9OA 3P1FA 4O7CA 5A5RA 4OUFA 5FFYA 4PCIA 4A9EA 4XYAA 2YDWA 3U5OA 5CFWA 5A7CA 4YADA 5HCLA 5JWMA 5A5PA 5IBNA 5CQTA 4XUBA 4GPJA 2RI7A 4N4IA 4O7FA 5II2A 2DWWA 4HBYA 4AI6A 5HQ7A 5DKDA 4LDFA 4TYLA 4XUAA 5F36A 1JSPB 5FE1A 4A9FA 4N4GA 4UIUA 4LRGA 4Q0OA 5E9IA 2GRCA 5DX4A 4HXMA 1ZKRA 4CUPA 5LKTA 5LKXA 5FE4A 4LZ2A 4UYFB 5F62A 5F3AA 4PS5A 4YYJA 3SVHA 4XY9A 4IOOA 3S92A 4N4HA 5FH6A 5FB0A 4NR7A 5FG5A 5FH7A 4IOQA 4BW1A 4OGIA 5H1UA 2YYNA 4MR6A 5D24A 5DY7A 4RVRA 4LR6A 4YYNA 4LZRA 4QR5A 3D1DA 4A9KA 4CFLA 3MQMA 2RS9B 2RNXA 4YYMA 4Z1SA 2EJNA 3TLPA 4QR3A 4YBSA 2DVVA 3Q2EA 4ALHA 5TB6A 4YBTA 5LVRA 5HENA 4YYKA 5K29A 5FE2A 4QYLA 2R0YA 5FE0A 5E7DA 2DVRA 5ENBA 4CLBA 3MULA 4MENA 4N4FA 5DFCA 3UVDA 5G4SA 5E74A 5C87A 5EP7A 3LXJA 4O72A 4KV1A 5HFRA 3DWYA 4NUDA 5EV9A 4PY6A 5DKCA 5D26A 5AMFA 5CUAA 5BT4A 5CGPA 4FLPA 4Z1QA 4QUTA 4QSRA 5IIDA 5LVQA 4UIVA 2R0SA 5H1TA 5CQ8A 3MB3A 4HBVA 4J0RA 5FFVA 5D3PA 4NR8A 5HEMA 4O7BA 5I88A 4BW3A 4NYVA 3G0LA 5AD3A 2F6JA 1JM4B 5FG4A 2KTBB 4ZQLA 4LYWA 5A82A 4WHUA 4UIWA 5EA1A 3HMEA 5L99A 5KU3A 4O7EA 4HXNA 4PTBA 4O71A 5DFBA 2H60A 3U5JA 2I7KA 5DLZA 2DKWA 5EISA 5CS8A 5LKUA 4HBWA 2G4AA 4YH3A 3U5NA 5DW1A 2YEMA 4UYHA 4A9HA 5ENJA 3SVFA 2I8NA 4UYEA 5CUCA 3S91A 3QZSA 4UITA 4YABA 4CFKA 5CRZA 5CZGA 5LJ0A 5ENCA 5EU1A 3U5KA 4F3IA 4UIXA 5FB1A 4KCXA 3LQHA 3LQIA 5C89A 4QEUA 5FE9A 3UV2A 4QSSA 5DW2A 2YW5A 5F60A 5EWWA 4YYHA 5COIA 5D3NA 4LYSA 4Z6HA 4UYFA 4MEQA 5C85A 4YYGA 5ENEA 5D3LA 5EWVA 3MB4A 4QYDA 5E9MA 4QSQA 2RO1A 4IORA 5A5QA 5FFWA 3P5OA 4QSXA 2DATA 2FSAA 5FE6A 4MEPA 5F2PA 5IGNA 5D7XA 4YYIA 5IGLA 3IU5A 2RFJA 5CU8A 4NUCA 5EWHA 4O76A 2L85A 4QR4A 4XY8A 5E73A 5AD2A 4NQMA 2MJVB 5CQ4A 5ENHA 3P1EA 3JVJA 4QSVA 4IR4A 4QUUA 5EGUA 4LYIA 3MXFA 5BT5A 4NRBA 5C4QA 4A9IA 3UW9A 5I7XA 5II1A 3AQAA 4CUTA 3LJWA 2N9GA 4TZ2A 4NYWA 4QSWA 4TU6A 5I86A 5KHMA 1F68A 5BT3A 3LQJA 5EI4A 4O74A 5FH8A 5HFQA 3HMHA 4TU4A 5CUBA 3O35A 4BW4A 4WHWA 5I83A 3UVYA 4HXLA 1WUMA 5E9VA 5LUUA 4HXSA 3ONIA 5IG6A 2DVQA 5D0CA 5DKHA 4BHWA 5CQ3A 5D3JA 5HM0A 5EPRA 2WP1A 4QSTA 4YATA 4IR5A 5L8UA 1E6IA 5HELA 5I80A 4CUUA 3QZTA 5F61A 2NXBA 5A85A 4HXRA 4NS5A 2OUOA 5HRWA 5CRMA 4NR5A 2YEKA 4O70A 4AKNA 5EK9A 3HMFA 5I89A 4YAXA 5FDZA 4BW2A 4TT6A 3DAIA 5EM3A 5ETDA 5ACYA 5L8TA 3JVLA 4QSUA 5CY9A 5CTLA 2YQDA 1N72A 4O78A 5E0RA 3U5MA 2L84A 5F25A 3U5LA 4NR4A 3ERRA 4PKLA 3O34A 4TZ8A 2E3KA 5FE5A 4AKHA 4CL9A 5E3GA 5FBXA 3VKHA 3UVWA 5HLSA 2OO1A 5IGMA 3MUKA 3NXBA 5A5NA 4HXKA 5CQAA 3VKGA 5FE3A 5FG6A 3SVGA 4KV4A 4C67A 5LKZA 4A9JA 4TT4A 5I7YA 1X0JA 4N3WA 4OGJA 5EQ1A 5FE8A 2R0VA 5C7NA 4ALGA 1ZS5A 5KO4A 2LSPB 3P1DA 4X2IA 5EPBA 2E7NA 5FE7A 3AADA 3GG3A 4QEVA 4TTEA 5E9LA 4NR9A 5LJ2A 5TCMA 5EPSA 5E9KA 5A81A 5D3SA 4QC3A 4QSPA 4A9NA 5EWDA 1PUOA 5DBMA 5L96A 5J0DA 5D3RA 4YC9A 3P1CA 5JI8A 3FKMX 2RNWA 4J1PA 5ENFA 3K2JA 4QNSA
chains in the Genus database with same CATH topology
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