5D3PA

First bromodomain of brd4 bound to inhibitor xd41
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title 4-Acyl Pyrrole Derivatives Yield Novel Vectors for Designing Inhibitors of the Acetyl-Lysine Recognition Site of BRD4(1).
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription
total genus 41
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5d3pA01
4OGJA 4X2IA 5CFWA 5G4SA 3I3JA 4A9MA 4IORA 3UW9A 4PTBA 4NR7A 4O77A 5C87A 4TU4A 2L5EA 4WIVA 4TT4A 3MB4A 4PY6A 5AMFA 4Y03A 4HXMA 2RS9B 5J0DA 4HXSA 5E9YA 4TU6A 5FB1A 5C8GA 5ENGA 5F25A 5FE8A 5CQ4A 4A9JA 5EWHA 2F6JA 4QSTA 3S91A 4YYKA 4GPJA 4NYWA 5CQ8A 5CY9A 5EWDA 4NS5A 5HENA 5E9LA 5D3LA 4YABA 4Z6IA 5LVRA 5E9VA 3U5OA 5IGMA 4TZ2A 3UVWA 5DKDA 4ALHA 5H1UA 3LJWA 4LR6A 5I7XA 5D3HA 5FE9A 3LQJA 4QYDA 5CUDA 2OSSA 3UVDA 4YY6A 5D3TA 5DKCA 5HELA 4AKNA 5EPSA 4LZSA 5CUAA 4CL9A 1JM4B 4QC3A 4UYHA 5CS8A 5FE2A 4NUCA 3Q2FA 5FFYA 4QBMA 3RCWA 4YBTA 4MEOA 2OUOA 2DVQA 4Z6HA 2DATA 5FE6A 4QUUA 4OGIA 4QEVA 5E9KA 4YYHA 1WUMA 3HMFA 3AQAA 5HCLA 4A9EA 3MQMA 2WP2A 5L96A 5D3PA 3UVYA 5ENIA 3P5OA 2KTBB 5CQ5A 5A7CA 2N9GA 2D9EA 5A85A 5I83A 5BT5A 4QSPA 3DWYA 4YH4A 2I7KA 4YBSA 4A9OA 4UYFA 5E3DA 5HEMA 5FE0A 2H60A 5E3GA 4ZC9A 4O76A 5E9MA 2F6NA 4XUAA 5D3NA 4CUTA 4LRGA 5IBNA 5E73A 5HFRA 5ENHA 4J3IA 5CRZA 4NUDA 4QUTA 4TQNA 5E0RA 2I8NA 5DFCA 3U5NA 5JI8A 2RNXA 5F36A 5AD2A 5EQ1A 4YAXA 5A81A 5ENEA 1X0JA 3LQIA 3O35A 5F3AA 2R0SA 4HXOA 5F5ZA 5CGPA 5F60A 5EICA 4Q0OA 5EISA 4O70A 4A9IA 4O7CA 5A5SA 2DVRA 3QZVA 5BT3A 4PCIA 1N72A 3QZTA 3ONIA 4QSSA 4NYVA 4KCXA 4O7EA 5DW2A 4YYJA 5EV9A 5LKXA 5LKZA 5FFVA 3HMEA 4MR6A 5FH6A 4HBXA 4NRCA 3O36A 4IR6A 5IG6A 4J0SA 3S92A 4HXKA 4IOQA 3JVMA 5HQ5A 4QSVA 3HMHA 4BW1A 4NR4A 5I1QA 2YQDA 2DWWA 4HXLA 4NUEA 4MR5A 5DX4A 4UYDA 5DLXA 4PS5A 3P1DA 5CTLA 4Z93A 5I88A 5ENBA 5JWMA 5EPRA 5HLSA 5I40A 5CUGA 4BW2A 4QSXA 4YYDA 5L8UA 5CP5A 5L98A 4A9FA 2RI7A 5CQ7A 4XYAA 4MR3A 4O7BA 3TLPA 4J1PA 5LVQA 3U5PA 4O72A 4NQMA 4HXPA 4ZW1A 4TZ8A 3IU5A 3P1EA 4QEWA 4YYNA 4O78A 5CUCA 5DYAA 4YC9A 4QR5A 4QC1A 4NQNA 4OUFA 2G4AA 2YELA 4YH3A 4BW4A 5C4QA 5FE7A 4QEUA 5AMEA 5FE1A 4LZ2A 4PKLA 3QZSA 3UV5A 5CUBA 5CU8A 5F62A 3GG3A 5DFBA 5HFQA 4N3WA 2L84A 4YADA 5FB0A 5K29A 5F1LA 4O75A 4TT6A 4WHWA 5HRXA 4IR5A 4MEQA 4C66A 4C67A 4IR4A 4WHUA 5ENJA 5KHMA 5DYCA 4QYLA 1WUGA 4XY8A 4QSUA 5I29A 4QSWA 2E7OA 4A9LA 5TB6A 5LJ2A 5EI4A 5FE5A 5D7XA 5FFWA 5FH7A 4O71A 5DYUA 5D25A 4XY9A 4QSQA 5AD3A 2R0VA 3O33A 3SVHA 4YBMA 3JVJA 5KTUA 2E7NA 2D82A 5EU1A 5EA1A 2DVSA 5HJCA 4NR9A 3LQHA 5I86A 2RO1A 3MB3A 5DBMA 5L99A 5FE4A 5D3JA 4UYFB 4HXRA 5ENCA 5A83A 3SVGA 4YYIA 5A82A 3G0JA 5E9IA 3UVXA 5DY7A 4YK0A 4CURA 4UIUA 3JVLA 5F1HA 5G4RA 5LKTA 5HQ7A 4HXNA 5I89A 5C85A 5COIA 4LC2A 2RNWA 2MJVB 2GRCA 4MR4A 4QR4A 5KTWA 3NXBA 2NXBA 3AADA 4A9KA 5FDZA 4NRBA 4ZQLA 2FSAA 5LJ1A 5CQTA 5L97A 5I7YA 4LDFA 2DKWA 4J0RA 4LYIA 5LKUA 3U5MA 5DLZA 2YEMA 4NR5A 3FKMX 4ALGA 5E7DA 3P1FA 4QZSA 4CUPA 2YDWA 5CUEA 4LZRA 5CQAA 5DFDA 1EQFA 5C89A 4UYGA 4UITA 5II2A 5ENFA 3MXFA 4NR6A 5EWCA 5IGKA 5EPBA 5FH8A 5TCMA 4PCEA 4A9NA 4F3IA 5H1TA 5DKHA 5H85A 2OO1A 4LYSA 5HQ6A 5F2PA 4RVRA 5A5OA 4CLBA 5H1VA 4NXJA 5D3SA 5A5QA 4TYLA 5HRWA 3MULA 4Q0NA 5LUUA 5EK9A 4CFKA 5II1A 4TTEA 5DYXA 5EGUA 5CPEA 5ACYA 5EVAA 4Z1SA 4MENA 3JVKA 4DONA 1E6IA 5D3RA 5EWVA 4UYEA 3Q2EA 4NRAA 4IOOA 5BT4A 5CQ3A 3LXJA 5IGLA 5HM0A 3MUKA 4NYXA 4KV1A 1ZS5A 4HBWA 2YEKA 5CQ6A 5D24A 4CUQA 4BJXA 4O74A 4YATA 5KO4A 2YW5A 4YYGA 4IR3A 5KTXA 2R0YA 5A5RA 5FG6A 4HBYA 4CFLA 5L8TA 5C7NA 5CZGA 2E3KA 4LYWA 4NR8A 4A9HA 5F63A 3U5LA 4O7AA 4QNSA 4UIYA 3K2JA 4N4HA 3SVFA 3U5KA 1JSPB 3IU6A 2R10A 4N4IA 4UIXA 4E96A 5D0CA 3UV4A 4UIWA 4QB3A 4FLPA 4QR3A 5DW1A 4CUUA 5ETBA 4BW3A 2WP1A 4QSRA 5E74A 4YY4A 4TS8A 3D7CA 5EP7A 4YYMA 5EWWA 5I80A 5LJ0A 4UIZA 5A5NA 3ZYUA 5F61A 2L85A 3O37A 5IGNA 3O34A 3G0LA 5FG4A 3DAIA 5D26A 4BHWA 4QY4A 5FBXA 4N4FA 4O7FA 5IIDA 2YYNA 4HBVA 4MEPA 2RFJA 3P1CA 4N4GA 5HRVA 4UIVA 1F68A 4Z1QA 5FE3A 2LSPB 4CUSA 3UV2A 4XUBA 4TT2A 2DVVA 2RNYA 5A5PA 3U5JA 5EM3A 5KU3A 4KV4A 5FG5A 5CRMA 5ETDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4OGJA 4X2IA 5CFWA 5G4SA 3I3JA 4A9MA 4IORA 3UW9A 4PTBA 4NR7A 4O77A 5C87A 4TU4A 2L5EA 4WIVA 4TT4A 3MB4A 4PY6A 5AMFA 4Y03A 4HXMA 2RS9B 5J0DA 4HXSA 5E9YA 4TU6A 5FB1A 5C8GA 2EJNA 5ENGA 5F25A 5FE8A 5CQ4A 4A9JA 5EWHA 2F6JA 4QSTA 3S91A 4YYKA 4GPJA 4NYWA 5CQ8A 5CY9A 5EWDA 4NS5A 5HENA 5E9LA 5D3LA 4YABA 4Z6IA 5LVRA 5E9VA 3U5OA 5IGMA 4TZ2A 3UVWA 5DKDA 4ALHA 5H1UA 3LJWA 4LR6A 5I7XA 5D3HA 5FE9A 4AI6A 3LQJA 4QYDA 5CUDA 2OSSA 3UVDA 4YY6A 5D3TA 5DKCA 5HELA 4AKNA 5EPSA 4LZSA 5CUAA 4CL9A 1JM4B 4QC3A 4UYHA 5CS8A 5FE2A 4NUCA 3Q2FA 5FFYA 4QBMA 3RCWA 4YBTA 4MEOA 2OUOA 2DVQA 4Z6HA 2DATA 5FE6A 4QUUA 4OGIA 4QEVA 5E9KA 4YYHA 1WUMA 3HMFA 3AQAA 5HCLA 4A9EA 3MQMA 2WP2A 5L96A 5D3PA 3UVYA 5ENIA 3P5OA 2KTBB 5CQ5A 5A7CA 2N9GA 2D9EA 5A85A 5I83A 5BT5A 4QSPA 3DWYA 4YH4A 2I7KA 4YBSA 4A9OA 4UYFA 5E3DA 5HEMA 5FE0A 2H60A 5E3GA 4ZC9A 4O76A 5E9MA 2F6NA 4XUAA 5D3NA 4CUTA 4LRGA 5IBNA 5E73A 5HFRA 5ENHA 4J3IA 5CRZA 4NUDA 4QUTA 4TQNA 5E0RA 2I8NA 5DFCA 3U5NA 5JI8A 2RNXA 5F36A 5AD2A 5EQ1A 4YAXA 5A81A 5ENEA 1X0JA 3LQIA 3O35A 5F3AA 2R0SA 4HXOA 5F5ZA 5CGPA 5F60A 5EICA 4Q0OA 5EISA 4O70A 4A9IA 4O7CA 5A5SA 2DVRA 3QZVA 5BT3A 3D1BA 4PCIA 1N72A 3QZTA 3ONIA 4QSSA 4NYVA 4KCXA 4O7EA 5DW2A 4YYJA 5EV9A 5LKXA 5LKZA 5FFVA 3HMEA 4MR6A 5FH6A 4HBXA 4NRCA 3O36A 4IR6A 5IG6A 4J0SA 3S92A 4HXKA 4IOQA 3JVMA 5HQ5A 4QSVA 3HMHA 4BW1A 4NR4A 5I1QA 2YQDA 2DWWA 4HXLA 4NUEA 4MR5A 5DX4A 4UYDA 5DLXA 4PS5A 3P1DA 5CTLA 4Z93A 5I88A 5ENBA 5JWMA 5EPRA 5HLSA 5I40A 5CUGA 4BW2A 4QSXA 4YYDA 5L8UA 5CP5A 5L98A 4A9FA 2RI7A 5CQ7A 4XYAA 4MR3A 4O7BA 3TLPA 4J1PA 5LVQA 3U5PA 4O72A 4NQMA 4HXPA 4ZW1A 4TZ8A 3IU5A 3P1EA 4QEWA 4YYNA 4O78A 5CUCA 5DYAA 4YC9A 4QR5A 4QC1A 4NQNA 4OUFA 2G4AA 2YELA 4YH3A 4BW4A 5C4QA 5FE7A 4QEUA 5AMEA 5FE1A 4LZ2A 4PKLA 3QZSA 3UV5A 5CUBA 5CU8A 5F62A 3GG3A 5DFBA 3ERRA 5HFQA 4N3WA 4AKGA 2L84A 4YADA 5FB0A 5K29A 5F1LA 4O75A 4TT6A 4WHWA 5HRXA 4IR5A 4MEQA 4C66A 4C67A 4IR4A 4WHUA 5ENJA 5KHMA 5DYCA 4QYLA 1WUGA 4XY8A 4QSUA 5I29A 4QSWA 2E7OA 4A9LA 5TB6A 5LJ2A 5EI4A 5FE5A 5D7XA 5FFWA 4AKIA 5FH7A 4O71A 5DYUA 5D25A 4XY9A 4AKHA 4QSQA 5AD3A 2R0VA 3O33A 3SVHA 4YBMA 3JVJA 5KTUA 2E7NA 2D82A 5EU1A 5EA1A 2DVSA 5HJCA 4NR9A 3LQHA 5I86A 2RO1A 3MB3A 5DBMA 5L99A 5FE4A 3VKHA 5D3JA 4UYFB 4HXRA 5ENCA 5A83A 3SVGA 4YYIA 5A82A 3G0JA 5E9IA 3UVXA 5DY7A 4YK0A 4CURA 4UIUA 3JVLA 5F1HA 5G4RA 5LKTA 5HQ7A 4HXNA 5I89A 5C85A 5COIA 4LC2A 2RNWA 2MJVB 2GRCA 4MR4A 4QR4A 5KTWA 3NXBA 2NXBA 3AADA 4A9KA 5FDZA 4NRBA 4ZQLA 2FSAA 5LJ1A 5CQTA 5L97A 5I7YA 4LDFA 2DKWA 4J0RA 4LYIA 5LKUA 3U5MA 5DLZA 2YEMA 1ZKRA 4NR5A 1PUOA 3FKMX 4ALGA 5E7DA 3P1FA 4QZSA 4CUPA 2YDWA 5CUEA 4LZRA 5CQAA 5DFDA 1EQFA 5C89A 4UYGA 4UITA 5II2A 5ENFA 3MXFA 4NR6A 5EWCA 5IGKA 5EPBA 5FH8A 5TCMA 4PCEA 4A9NA 4F3IA 5H1TA 5DKHA 5H85A 2OO1A 4LYSA 5HQ6A 5F2PA 4RVRA 5A5OA 4CLBA 5H1VA 4NXJA 5D3SA 5A5QA 4TYLA 5HRWA 3MULA 4Q0NA 5LUUA 5EK9A 4CFKA 5II1A 4TTEA 5DYXA 5EGUA 5CPEA 5ACYA 5EVAA 4Z1SA 4MENA 3JVKA 4DONA 1E6IA 5D3RA 5EWVA 4UYEA 3Q2EA 4NRAA 4IOOA 5BT4A 5CQ3A 3LXJA 5IGLA 5HM0A 3MUKA 4NYXA 4KV1A 1ZS5A 4HBWA 2YEKA 5CQ6A 5D24A 4CUQA 4BJXA 3VKGA 4O74A 4YATA 5KO4A 2YW5A 4YYGA 4IR3A 5KTXA 2R0YA 5A5RA 5FG6A 4HBYA 4CFLA 5L8TA 5C7NA 5CZGA 2E3KA 4LYWA 4NR8A 4A9HA 5F63A 3U5LA 4O7AA 4QNSA 4UIYA 3K2JA 4N4HA 3SVFA 3U5KA 1JSPB 3IU6A 2R10A 4N4IA 4UIXA 4E96A 5D0CA 3UV4A 4UIWA 4QB3A 4FLPA 4QR3A 5DW1A 4CUUA 5ETBA 4BW3A 2WP1A 4QSRA 5E74A 4YY4A 4TS8A 3D7CA 5EP7A 4YYMA 5EWWA 5I80A 5LJ0A 4UIZA 3D1DA 5A5NA 3ZYUA 5F61A 2L85A 3O37A 5IGNA 3O34A 3G0LA 5FG4A 3DAIA 5D26A 4BHWA 4QY4A 5FBXA 4N4FA 4O7FA 5IIDA 2YYNA 4HBVA 4MEPA 2RFJA 3P1CA 4N4GA 5HRVA 4UIVA 1F68A 4Z1QA 5FE3A 2LSPB 4CUSA 3UV2A 4XUBA 4TT2A 2DVVA 2RNYA 5A5PA 3U5JA 5EM3A 5KU3A 4KV4A 5FG5A 5CRMA 5ETDA
chains in the Genus database with same CATH topology
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