5D3PA

First bromodomain of brd4 bound to inhibitor xd41
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transcription
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title 4-Acyl Pyrrole Derivatives Yield Novel Vectors for Designing Inhibitors of the Acetyl-Lysine Recognition Site of BRD4(1).
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 41
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-08-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5d3pA01
4MR5A 2L84A 4OGJA 5A7CA 5FH8A 4NR8A 5FB0A 4QC1A 4O71A 4XYAA 2DWWA 4HXKA 4LDFA 5FE6A 4ZW1A 2E7NA 4HBWA 2RO1A 3HMHA 4J3IA 5CQ3A 3LQIA 3SVHA 4CUUA 3MB3A 3ZYUA 5FE5A 5DBMA 5H1TA 4O7CA 5FG5A 2D82A 5F61A 5EU1A 4UYEA 5FE2A 5G4RA 4NRAA 4YK0A 1JSPB 5HQ5A 5IGMA 5CUCA 2E7OA 4IR6A 5HQ6A 2WP1A 5I7XA 5KTUA 4QSPA 4O78A 4BW1A 4NR6A 5I89A 4LZ2A 3P5OA 4YYJA 1WUMA 3MB4A 4QNSA 2WP2A 4NQNA 3UVXA 2I8NA 4IR4A 4HXLA 3QZTA 5HENA 4TQNA 5FE0A 3UVDA 4GPJA 4Z1QA 4UIZA 5E0RA 4PCEA 4N4HA 4Q0OA 2YEMA 5C4QA 4ALHA 5EWWA 4MEPA 5CQAA 4UIXA 3RCWA 4HXRA 5LKUA 5CS8A 5LVRA 5HJCA 3ONIA 4QSQA 4IR3A 4LZSA 3HMEA 5L98A 4A9HA 4C67A 4YBSA 3LJWA 2RNXA 4YYDA 4O74A 5LKXA 4UYHA 3JVMA 4YC9A 4WHWA 5FFWA 5I86A 4TYLA 5F1HA 5D24A 4CUTA 5DFBA 5ENJA 4QBMA 4QB3A 4UYFB 5AD3A 4LYSA 4MEOA 5EI4A 4OUFA 3S91A 5EPRA 5EVAA 5EV9A 4KCXA 5I80A 4IR5A 4CURA 4TZ8A 3LQHA 5CQ8A 5HCLA 5II2A 4NYWA 5H1UA 5E3DA 5DY7A 2N9GA 4O77A 4HXPA 5HRVA 5D3SA 2OO1A 3QZSA 3S92A 5CRZA 4TZ2A 5LUUA 3O34A 4NYXA 5ENCA 5CU8A 2DVRA 3P1CA 4A9IA 5L8UA 5FB1A 3UVWA 1JM4B 5E9MA 4UYFA 5EPSA 5L96A 5CQ7A 5D3TA 4TS8A 4PKLA 5EA1A 5EICA 5F63A 5FFYA 5CUBA 4MR4A 4WHUA 5D3PA 5FE1A 5E9VA 5LJ1A 4BW2A 2E3KA 2GRCA 5HFRA 5FG6A 5H85A 2DVVA 5E73A 5COIA 4PS5A 5IGLA 4C66A 4F3IA 5F60A 5ENHA 2DVSA 5D26A 5FH7A 4BJXA 5F36A 4QSWA 5FBXA 2RFJA 3AQAA 4YY4A 4O7FA 4XY8A 4XUAA 4A9JA 4QZSA 5A5QA 5I7YA 4HXMA 3TLPA 5A5SA 4UYGA 5II1A 5KTWA 4J0SA 4NUDA 5E9LA 3SVGA 2L85A 5HLSA 5G4SA 3U5OA 5C89A 5A85A 4UYDA 4CUSA 2DVQA 3P1FA 4NR9A 3K2JA 5IIDA 4NR7A 5TB6A 4J1PA 4OGIA 3JVLA 4PCIA 5F2PA 4DONA 5EM3A 4RVRA 4TU6A 5CRMA 5CQ6A 4XY9A 4TT4A 5KO4A 5C87A 5L99A 5A5RA 4CFKA 4PTBA 4LR6A 4ALGA 4NR4A 2OSSA 4CFLA 5AMEA 5CPEA 4YYMA 5IGNA 5CUGA 3LQJA 5LKZA 5HEMA 5L97A 5CUEA 1E6IA 3MUKA 4O72A 4IOOA 2NXBA 3U5JA 2R0YA 5FE7A 5HM0A 5E74A 4CUPA 5KTXA 4BHWA 1ZS5A 3JVJA 5EWDA 5C7NA 4MR6A 5DYUA 4NYVA 4LC2A 5C8GA 2I7KA 4UIYA 2RNWA 5F1LA 3HMFA 5IG6A 4NXJA 4O7BA 3U5KA 3UV5A 5ENIA 5DKDA 2RS9B 2G4AA 5D25A 4TU4A 2R0VA 5KHMA 5FE9A 3Q2FA 3JVKA 5HFQA 5IGKA 5KU3A 4O76A 2L5EA 2YEKA 3O35A 4QY4A 4UITA 5ETBA 4A9MA 4NUEA 3DAIA 5ACYA 4YAXA 4LRGA 5EPBA 4BW4A 5CGPA 4ZC9A 4YATA 4Z6IA 4LYIA 1WUGA 4QR5A 2YYNA 2YQDA 4MEQA 4MR3A 4QSXA 5BT3A 2OUOA 5DFCA 5EWHA 5DW1A 4X2IA 4QSSA 3G0JA 4QEVA 3IU5A 4HXOA 4N4IA 3P1EA 4CL9A 4N4FA 5EISA 5DYAA 4O70A 4CUQA 3U5PA 4HBXA 4QR3A 4HBVA 4UIUA 4YYKA 2D9EA 4MENA 4N4GA 1N72A 5AMFA 3U5MA 4WIVA 3O37A 3Q2EA 4HBYA 5E9IA 5CFWA 5I40A 3U5NA 5FG4A 5ENBA 5HELA 4QUTA 2MJVB 2FSAA 4IORA 5CY9A 4NS5A 5F62A 4AKNA 5LVQA 4QSVA 4HXNA 4YYGA 5D3LA 5HRWA 5C85A 5FE4A 4QSTA 3NXBA 2YW5A 4YABA 4BW3A 5EWVA 3I3JA 3AADA 5LJ0A 5D0CA 4HXSA 3G0LA 4QYDA 5F25A 5A83A 4J0RA 4KV1A 5DW2A 5ENEA 4NRBA 4YYNA 1F68A 5JWMA 2H60A 5D7XA 4A9NA 4Q0NA 5DKHA 4FLPA 3D7CA 4PY6A 4A9EA 3O36A 4Z93A 5H1VA 5ENFA 5CUAA 4LZRA 5I83A 5A5OA 3QZVA 1EQFA 5AD2A 5LJ2A 5D3NA 2RI7A 4QC3A 5DFDA 3MQMA 4YY6A 4QYLA 5I88A 5IBNA 2F6NA 4YADA 4QUUA 4YH4A 1X0JA 3UV4A 4YYHA 5CP5A 5E7DA 5CQ4A 4N3WA 4A9FA 5JI8A 4KV4A 4LYWA 5LKTA 5FFVA 4A9KA 5EWCA 5E9YA 3SVFA 3MXFA 5BT4A 4QEUA 5D3JA 5DLXA 5FDZA 4Z1SA 4ZQLA 4YH3A 4XUBA 4A9OA 3LXJA 4Y03A 5A81A 5K29A 4UIVA 5I1QA 4YYIA 5DX4A 5EK9A 5A5PA 2YDWA 3MULA 5D3RA 3UV2A 5E9KA 2R10A 4NRCA 4NQMA 4NUCA 4QR4A 5CZGA 5TCMA 3UVYA 5FH6A 5FE3A 5ENGA 5F5ZA 4QSRA 5CQTA 5E3GA 4O7EA 5A82A 3FKMX 3O33A 3GG3A 4O75A 5CQ5A 5FE8A 5EP7A 3P1DA 2DATA 4YBTA 4IOQA 5J0DA 4E96A 4UIWA 2LSPB 2F6JA 5ETDA 3IU6A 4CLBA 2KTBB 4Z6HA 5A5NA 5DYCA 5F3AA 5EGUA 5EQ1A 4TT2A 3DWYA 4QEWA 4QSUA 4NR5A 2RNYA 5DYXA 3UW9A 5CTLA 4YBMA 5BT5A 4TT6A 5L8TA 4TTEA 5DKCA 5HQ7A 5D3HA 2YELA 2R0SA 4O7AA 5DLZA 5CUDA 4A9LA 5I29A 2DKWA 5HRXA 3U5LA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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