2G4AA

Solution structure of a bromodomain from ring3 protein
Total Genus 28
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
28
sequence length
108
structure length
108
Chain Sequence
EQLKHCNVILKELLSKKHAAYAWPFYKPVDASALGLHDYHDIIKHPMDLSTVKRKMENRDYRDAQEFAADVRLMFSNCYKYNPPDHDVVAMARKLQDVFEFRYAKMPD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Gene regulation
source organism Homo sapiens
publication title Solution structure of a Bromodomain from RING3
rcsb
molecule keywords Bromodomain-containing protein 2
total genus 28
structure length 108
sequence length 108
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-02-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 2g4aA00
3UV4A 2DVRA 5A5QA 5CUBA 5FFYA 5FE3A 4TQNA 4MEPA 4O74A 4CLBA 5CY9A 3JVLA 2R10A 4Z93A 3MXFA 4NRAA 4O7FA 5A5NA 4TZ8A 5FG4A 4IR4A 4MR5A 5BT3A 5EISA 5CQ6A 5F5ZA 3LQJA 5L99A 5FE4A 5C7NA 5DKHA 4TT6A 5EGUA 4QY4A 5HM0A 4UYEA 4KV4A 4IORA 4A9KA 4FLPA 4NUCA 3GG3A 5CP5A 3U5PA 5HENA 4KV1A 2YEMA 5FB0A 5E9VA 4YH4A 2DATA 5C8GA 4YABA 4CL9A 5A7CA 4UIWA 4YY4A 4BW1A 5D3LA 5CQ3A 2DVVA 5CTLA 4QC1A 5HFQA 5CQ5A 5JI8A 5D26A 5FE9A 2YDWA 5FE1A 4UIYA 4A9JA 2RO1A 5E3GA 5ENJA 5ETDA 3UV5A 3P1EA 4TTEA 4LYSA 5FFWA 5K29A 5C89A 1X0JA 5EU1A 3UVXA 2D82A 2DVSA 3HMFA 4KCXA 4UYFA 3MB4A 5DLXA 5H1TA 5DFCA 4O7CA 4HXPA 4PS5A 4QYLA 4HXLA 4QUUA 4WHUA 2L84A 3LXJA 3UVWA 4QBMA 4HBYA 4UIVA 5L97A 4CFLA 4QSSA 5LUUA 4LZSA 4YATA 4YYDA 4NS5A 4TU4A 5EQ1A 4QB3A 5E9MA 5DYAA 5DW2A 1ZS5A 2F6NA 4CUQA 5EPSA 4IOOA 3QZSA 3UW9A 5FE8A 4LR6A 5FDZA 4J0RA 3RCWA 4TU6A 2YW5A 2NXBA 5CUCA 5I80A 4C67A 4NR7A 4NR4A 5IG6A 5DLZA 2YQDA 4ZW1A 2OO1A 5TCMA 4BW2A 5A81A 4UYFB 4XYAA 5F3AA 4NXJA 2I8NA 5D7XA 3O33A 4GPJA 5HQ6A 5DW1A 5C87A 4QR4A 4IR6A 5LKUA 5EWHA 5A85A 4O76A 4QR3A 4YYNA 5HCLA 5C4QA 2WP1A 2YELA 3P5OA 4YYKA 2E7OA 4LC2A 2RFJA 4X2IA 4XY9A 4ZC9A 3FKMX 4BW4A 5KO4A 2DWWA 3U5OA 4IR3A 4A9LA 5TB6A 4N4IA 3JVKA 5FE2A 4PCEA 5D3RA 4A9HA 5FFVA 3G0JA 5CUGA 4YBMA 4Q0OA 5EWVA 4UIUA 5CPEA 5FBXA 3AADA 5I40A 4NR8A 4HBWA 3S92A 5CGPA 4MR6A 5D3JA 5D25A 5EM3A 5CQ8A 4UYHA 4QSQA 3IU6A 4QSVA 5L8UA 5FH7A 4QSTA 4HXKA 4NRCA 3LJWA 1N72A 5HRVA 5H85A 5KTXA 4UYDA 5E9IA 4QSWA 4OGJA 3JVMA 5I1QA 4YK0A 4QSXA 4TZ2A 3MUKA 5A5RA 5CFWA 5I29A 3MB3A 4NQMA 5E9KA 5ENEA 2R0VA 4O70A 1JM4B 4F3IA 4PKLA 5HELA 5LKZA 4IR5A 5IGLA 5DBMA 3U5LA 5CUEA 5I86A 5KHMA 4MEOA 3O34A 5E0RA 4YYIA 5F62A 1EQFA 3JVJA 4Z1QA 5LVQA 4O77A 4ZQLA 4CUSA 3U5MA 4YYMA 5EV9A 5A5OA 4CURA 5DFBA 4N4FA 5CS8A 5AMFA 4PTBA 5L96A 4QEWA 4NR6A 5HFRA 4LDFA 4LZ2A 5D3HA 5H1UA 5EP7A 5D0CA 4NUEA 5HJCA 5C85A 3Q2FA 3QZVA 4NR5A 5JWMA 5EPRA 4E96A 5FE6A 4RVRA 4O78A 2RS9B 5DYUA 2DKWA 4HBXA 3TLPA 5FE5A 4QSRA 3DWYA 4LZRA 2G4AA 5F60A 4TT4A 4NQNA 4HXSA 4LYWA 1F68A 4HBVA 5D3NA 4YADA 3UVYA 4YY6A 5G4RA 4XUBA 5F1LA 5HQ7A 4HXMA 4OGIA 5IGKA 4TYLA 3O36A 3K2JA 4YH3A 4C66A 4DONA 5F63A 3MULA 4BW3A 3LQHA 5CQTA 3U5KA 3HMHA 5CQ7A 5D3TA 3UV2A 4AKNA 3I3JA 4CUTA 5I7YA 5IGNA 5ENIA 5FE0A 3NXBA 2FSAA 4O7BA 5IBNA 2E7NA 5L8TA 5LVRA 2WP2A 4IOQA 4N4GA 2RNXA 5D24A 5E9LA 5CU8A 4UITA 5IGMA 3P1CA 4TS8A 5DFDA 4QSUA 2L5EA 4YYJA 4J3IA 4ALHA 5CRMA 3LQIA 4A9MA 4QEUA 4NUDA 2L85A 5L98A 5FH6A 4O75A 3O35A 5LJ0A 4UYGA 4A9EA 5DY7A 4MENA 1JSPB 3QZTA 4LYIA 5DYCA 5ETBA 4Q0NA 4XY8A 3ZYUA 4QNSA 2MJVB 5AMEA 5FH8A 5EI4A 5DYXA 3DAIA 4A9IA 4J1PA 5DKDA 5COIA 5CQ4A 4QC3A 5A5SA 5A5PA 5KTUA 5EA1A 5I83A 4Y03A 5A82A 5EWWA 4YYHA 5ENBA 3HMEA 4YBTA 3D7CA 5EICA 2OUOA 4Z6HA 5EWCA 5EPBA 4OUFA 4QYDA 2KTBB 4O71A 3U5NA 4QSPA 5D3SA 4XUAA 5LKTA 4A9OA 5II2A 5DKCA 3S91A 2RNYA 3ONIA 4BJXA 5AD2A 5ENCA 5LJ2A 2OSSA 5D3PA 1WUMA 5FE7A 5F2PA 2DVQA 5I88A 4CFKA 2D9EA 5IIDA 4QZSA 4NYVA 2YEKA 4J0SA 4N4HA 2RNWA 4Z1SA 2GRCA 5E74A 1WUGA 2R0YA 5HRWA 4WHWA 4NYXA 4QEVA 5KU3A 1E6IA 5ENFA 5HQ5A 4Z6IA 4YC9A 4MR3A 5F1HA 4HXOA 4NYWA 3P1DA 2LSPB 3SVGA 2F6JA 4UIZA 5F25A 4LRGA 4A9FA 5EWDA 5FB1A 3SVFA 5FG6A 5LJ1A 5HEMA 4CUPA 3G0LA 4PY6A 5CQAA 5CUAA 4NR9A 5H1VA 5KTWA 4MR4A 5BT4A 5HRXA 5E3DA 5CRZA 5I7XA 5CUDA 4YAXA 5CZGA 3U5JA 5J0DA 5II1A 2N9GA 4BHWA 5G4SA 4MEQA 4YYGA 3AQAA 4YBSA 5F61A 5EVAA 2RI7A 5AD3A 5ACYA 4TT2A 4WIVA 5ENHA 4ALGA 5ENGA 3SVHA 4CUUA 5E73A 2I7KA 4O72A 4PCIA 4A9NA 5LKXA 3UVDA 4UIXA 3MQMA 5E7DA 5I89A 3IU5A 3O37A 5E9YA 5A83A 5HLSA 4QUTA 5BT5A 3P1FA 4HXRA 5DX4A 5F36A 2R0SA 4O7EA 5EK9A 2YYNA 5FG5A 2E3KA 2H60A 4HXNA 4NRBA 4N3WA 4O7AA 3Q2EA 4QR5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3UV4A 2DVRA 5A5QA 5CUBA 5FFYA 5FE3A 4TQNA 4MEPA 4O74A 4CLBA 5CY9A 3JVLA 2R10A 4Z93A 3MXFA 4NRAA 4O7FA 5A5NA 4TZ8A 5FG4A 4IR4A 4MR5A 5BT3A 5EISA 5CQ6A 5F5ZA 3LQJA 5L99A 5FE4A 5C7NA 5DKHA 4TT6A 5EGUA 4QY4A 5HM0A 4UYEA 4KV4A 4IORA 4A9KA 4FLPA 4NUCA 3GG3A 5CP5A 3U5PA 5HENA 4KV1A 2YEMA 5FB0A 5E9VA 4YH4A 2DATA 5C8GA 4YABA 4CL9A 5A7CA 4UIWA 4YY4A 4BW1A 5D3LA 5CQ3A 2DVVA 5CTLA 4QC1A 5HFQA 5CQ5A 5JI8A 5D26A 5FE9A 2YDWA 5FE1A 4UIYA 4A9JA 2RO1A 5E3GA 5ENJA 5ETDA 3UV5A 3P1EA 4AKHA 4TTEA 4LYSA 5FFWA 5K29A 5C89A 1X0JA 5EU1A 3UVXA 2D82A 2DVSA 3HMFA 4KCXA 4UYFA 3MB4A 5DLXA 5H1TA 5DFCA 4O7CA 4HXPA 4PS5A 4QYLA 4HXLA 4QUUA 4WHUA 2L84A 3LXJA 3UVWA 4QBMA 4HBYA 4UIVA 5L97A 4CFLA 4QSSA 5LUUA 4LZSA 4YATA 4YYDA 4NS5A 4TU4A 5EQ1A 4QB3A 5E9MA 5DYAA 5DW2A 1ZS5A 2F6NA 4CUQA 5EPSA 4IOOA 3QZSA 3UW9A 5FE8A 4LR6A 5FDZA 4J0RA 3RCWA 3ERRA 2YW5A 4TU6A 2NXBA 5CUCA 5I80A 4C67A 4NR7A 4NR4A 5IG6A 5DLZA 2YQDA 4ZW1A 2OO1A 5TCMA 4BW2A 5A81A 4UYFB 4XYAA 5F3AA 4NXJA 2I8NA 5D7XA 3O33A 4GPJA 5HQ6A 5DW1A 5C87A 4QR4A 4IR6A 5LKUA 5EWHA 5A85A 4O76A 4QR3A 4YYNA 5HCLA 5C4QA 2WP1A 2YELA 3P5OA 4YYKA 2E7OA 4LC2A 2RFJA 4X2IA 4XY9A 4ZC9A 3FKMX 4BW4A 5KO4A 2DWWA 3U5OA 4IR3A 4A9LA 5TB6A 4N4IA 3JVKA 5FE2A 4PCEA 5D3RA 4A9HA 5FFVA 3G0JA 5CUGA 4YBMA 4Q0OA 5EWVA 4UIUA 5CPEA 5FBXA 3AADA 5I40A 4NR8A 4HBWA 3S92A 5CGPA 4MR6A 5D3JA 5D25A 5EM3A 5CQ8A 4UYHA 4QSQA 3IU6A 4QSVA 5L8UA 5FH7A 4QSTA 4HXKA 4NRCA 3LJWA 1N72A 3VKHA 5HRVA 5H85A 5KTXA 4UYDA 5E9IA 4QSWA 4OGJA 3JVMA 5I1QA 4YK0A 4QSXA 4TZ2A 3MUKA 5A5RA 5CFWA 5I29A 3MB3A 4NQMA 5E9KA 5ENEA 2R0VA 4O70A 1JM4B 4F3IA 4PKLA 5HELA 5LKZA 4IR5A 5IGLA 5DBMA 3U5LA 5CUEA 5I86A 5KHMA 4MEOA 3O34A 5E0RA 4YYIA 5F62A 1EQFA 3JVJA 4Z1QA 5LVQA 4O77A 4ZQLA 4CUSA 3U5MA 4YYMA 5EV9A 5A5OA 4CURA 1ZKRA 4N4FA 5CS8A 5DFBA 5AMFA 4PTBA 5L96A 4QEWA 4NR6A 5HFRA 4LDFA 4LZ2A 5D3HA 5H1UA 5EP7A 5D0CA 4NUEA 5HJCA 5C85A 3Q2FA 3QZVA 4NR5A 5JWMA 5EPRA 4E96A 5FE6A 4RVRA 4O78A 2RS9B 5DYUA 2DKWA 4HBXA 3TLPA 5FE5A 4QSRA 3DWYA 4LZRA 2G4AA 5F60A 4TT4A 4NQNA 4HXSA 4LYWA 1F68A 4HBVA 5D3NA 4YADA 3UVYA 4YY6A 5G4RA 4XUBA 5F1LA 5HQ7A 4HXMA 4OGIA 5IGKA 4TYLA 3O36A 3K2JA 4YH3A 4C66A 4DONA 5F63A 3MULA 4BW3A 2EJNA 3LQHA 5CQTA 3U5KA 3HMHA 5CQ7A 5D3TA 3UV2A 4AKNA 3I3JA 4CUTA 5I7YA 5IGNA 5ENIA 5FE0A 3NXBA 2FSAA 4O7BA 5IBNA 2E7NA 5L8TA 5LVRA 2WP2A 4IOQA 4N4GA 2RNXA 5D24A 5E9LA 5CU8A 4UITA 5IGMA 3P1CA 4TS8A 1PUOA 5DFDA 4QSUA 2L5EA 4YYJA 4J3IA 4ALHA 5CRMA 3LQIA 4A9MA 4QEUA 4NUDA 2L85A 5L98A 5FH6A 4O75A 3O35A 5LJ0A 4UYGA 4A9EA 4AI6A 5DY7A 4MENA 1JSPB 3QZTA 4LYIA 5DYCA 5ETBA 4Q0NA 4XY8A 3ZYUA 4QNSA 2MJVB 5AMEA 5FH8A 5EI4A 5DYXA 3DAIA 4A9IA 4J1PA 5DKDA 5COIA 5CQ4A 4QC3A 5A5SA 5A5PA 5KTUA 5EA1A 5I83A 4Y03A 5A82A 5EWWA 4YYHA 5ENBA 3HMEA 4YBTA 3D7CA 5EICA 2OUOA 4Z6HA 5EWCA 5EPBA 4OUFA 4QYDA 2KTBB 4O71A 4AKIA 3U5NA 4QSPA 5D3SA 4XUAA 5LKTA 4A9OA 5II2A 5DKCA 3S91A 2RNYA 3ONIA 4BJXA 5AD2A 5ENCA 5LJ2A 2OSSA 5D3PA 4AKGA 1WUMA 5FE7A 5F2PA 2DVQA 5I88A 4CFKA 2D9EA 5IIDA 4QZSA 4NYVA 2YEKA 4J0SA 4N4HA 2RNWA 4Z1SA 2GRCA 5E74A 1WUGA 2R0YA 5HRWA 3VKGA 4WHWA 4NYXA 4QEVA 5KU3A 1E6IA 5ENFA 5HQ5A 4Z6IA 4YC9A 4MR3A 5F1HA 4HXOA 4NYWA 3P1DA 2LSPB 3D1BA 3SVGA 2F6JA 4UIZA 5F25A 4LRGA 4A9FA 5EWDA 5FB1A 3SVFA 5FG6A 5LJ1A 5HEMA 4CUPA 3D1DA 3G0LA 4PY6A 5CQAA 5CUAA 4NR9A 5H1VA 5KTWA 4MR4A 5BT4A 5HRXA 5E3DA 5CRZA 5I7XA 5CUDA 4YAXA 5CZGA 3U5JA 5J0DA 5II1A 2N9GA 4BHWA 5G4SA 4MEQA 4YYGA 3AQAA 4YBSA 5F61A 5EVAA 2RI7A 5AD3A 5ACYA 4TT2A 4WIVA 5ENHA 4ALGA 5ENGA 3SVHA 4CUUA 5E73A 2I7KA 4O72A 4PCIA 4A9NA 5LKXA 3UVDA 4UIXA 3MQMA 5E7DA 5I89A 3IU5A 3O37A 5E9YA 5A83A 5HLSA 4QUTA 5BT5A 3P1FA 4HXRA 5DX4A 5F36A 2R0SA 4O7EA 5EK9A 2YYNA 5FG5A 2E3KA 2H60A 4HXNA 4NRBA 4N3WA 4O7AA 3Q2EA 4QR5A
chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3UV4 A;  2DVR A;  5A5Q A;  5CUB A;  5FFY A;  5FE3 A;  4TQN A;  4MEP A;  4O74 A;  4CLB A;  5CY9 A;  3JVL A;  2R10 A;  4Z93 A;  3MXF A;  4NRA A;  4O7F A;  5A5N A;  4TZ8 A;  5FG4 A;  4IR4 A;  4MR5 A;  5BT3 A;  5EIS A;  5CQ6 A;  5F5Z A;  3LQJ A;  5L99 A;  5FE4 A;  5C7N A;  5DKH A;  4TT6 A;  5EGU A;  4QY4 A;  5HM0 A;  4UYE A;  4KV4 A;  4IOR A;  4A9K A;  4FLP A;  4NUC A;  3GG3 A;  5CP5 A;  3U5P A;  5HEN A;  4KV1 A;  2YEM A;  5FB0 A;  5E9V A;  4YH4 A;  2DAT A;  5C8G A;  4YAB A;  4CL9 A;  5A7C A;  4UIW A;  4YY4 A;  4BW1 A;  5D3L A;  5CQ3 A;  2DVV A;  5CTL A;  4QC1 A;  5HFQ A;  5CQ5 A;  5JI8 A;  5D26 A;  5FE9 A;  2YDW A;  5FE1 A;  4UIY A;  4A9J A;  2RO1 A;  5E3G A;  5ENJ A;  5ETD A;  3UV5 A;  3P1E A;  4TTE A;  4LYS A;  5FFW A;  5K29 A;  5C89 A;  1X0J A;  5EU1 A;  3UVX A;  2D82 A;  2DVS A;  3HMF A;  4KCX A;  4UYF A;  3MB4 A;  5DLX A;  5H1T A;  5DFC A;  4O7C A;  4HXP A;  4PS5 A;  4QYL A;  4HXL A;  4QUU A;  4WHU A;  2L84 A;  3LXJ A;  3UVW A;  4QBM A;  4HBY A;  4UIV A;  5L97 A;  4CFL A;  4QSS A;  5LUU A; 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