5AD2A

Bivalent binding to bet bromodomains
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transcription
source organism Homo sapiens
publication title Potent and Selective Bivalent Inhibitors of Bet Bromodomains
pubmed doi rcsb
molecule keywords BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 4
total genus 41
structure length 127
sequence length 127
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-08-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5ad2A01
5EA1A 4LYIA 4PKLA 4QR3A 5D3TA 4HXMA 4TT6A 5H1TA 5EWVA 2MJVB 4Z1QA 4QC1A 5DKDA 5CZGA 5A5RA 3ONIA 2RO1A 4HBYA 5DYAA 5LKUA 3JVJA 5LKZA 4YBTA 4A9IA 2DVVA 5F3AA 4Q0NA 5F1HA 5BT5A 3MULA 5EU1A 4KV1A 5HEMA 5LJ2A 5E0RA 4IOOA 4TYLA 4MR4A 4CURA 4NS5A 5IGNA 3K2JA 5L8UA 4Y03A 3U5KA 2NXBA 4UYEA 4IORA 5DLXA 4C66A 2DVQA 4NXJA 4YYJA 4WIVA 5KTUA 4QYLA 4QEWA 3UVYA 5D3SA 5E9KA 4C67A 5CQTA 4XY8A 4NR7A 5EGUA 3MUKA 3UV5A 5CUGA 5HJCA 3RCWA 5DX4A 2LSPB 4YYHA 5FE5A 3U5MA 2R0YA 2N9GA 5K29A 3O34A 4TT2A 4KV4A 5DW1A 3U5PA 3LQIA 5FE7A 3P1CA 4NR4A 4NRAA 4AKNA 4UYHA 5HELA 2FSAA 5F60A 3DAIA 4QEVA 5FE4A 4NYVA 4J0RA 3Q2EA 4MEOA 5A5PA 4N4IA 1WUGA 4UYDA 5HQ6A 3IU5A 5LUUA 4CLBA 3ZYUA 4QSSA 4YYDA 5ENIA 4YY6A 4TU4A 5ACYA 5AMEA 5D7XA 4NQMA 5CQ5A 4ALHA 4HBVA 5LKXA 3O35A 2WP1A 5FH8A 1F68A 4CFLA 4CUUA 5A83A 2G4AA 5H1VA 4TU6A 5HQ7A 5LJ0A 5EICA 4O7CA 1WUMA 4YBSA 3P1DA 2YW5A 5EWWA 5LVRA 5J0DA 5A82A 5ENBA 4A9JA 4QSVA 3MQMA 4QUTA 5ENHA 4WHWA 3S92A 4CUPA 5KTWA 1ZS5A 4A9EA 4NR6A 5E74A 5FE8A 3UW9A 5FBXA 5AD2A 5KO4A 5C85A 4O7FA 5EP7A 4FLPA 4LYWA 3UVXA 4O7EA 4PY6A 4YATA 2I7KA 2KTBB 5DYCA 5LKTA 5FB0A 4IR5A 4YBMA 5JI8A 3Q2FA 5EVAA 4NYWA 2DVSA 5HCLA 3U5JA 4YYNA 4OGJA 5FH7A 4Z1SA 2RNWA 4BJXA 5EPSA 1JSPB 4O70A 5EWDA 4IR4A 2E7OA 5C8GA 3HMEA 5EI4A 2RI7A 5ETDA 5DBMA 4OUFA 4TTEA 5HFRA 5CQ3A 4NR5A 2R0SA 5EPBA 5CQ8A 5HM0A 5CQ6A 5EISA 2OUOA 4Q0OA 5II2A 4TZ8A 4MENA 4NRBA 4CUSA 4BW2A 4E96A 4WHUA 3HMFA 4YK0A 5EQ1A 3D7CA 3UV2A 2DKWA 5DFDA 4QNSA 5EWHA 5LJ1A 1N72A 5A5NA 5D3NA 5IGLA 5I1QA 1X0JA 4QUUA 4ZC9A 4QY4A 5D26A 4QR4A 4YY4A 4QSTA 5CQ7A 5EM3A 4QSRA 4O74A 5CQAA 5E9YA 2L84A 5I89A 5CPEA 5II1A 5I88A 4CUTA 4BHWA 5DFCA 4O75A 5A7CA 5D3HA 4X2IA 5CGPA 5DY7A 2YYNA 3P5OA 5FE2A 2RFJA 5IGMA 3G0JA 4HXSA 5EWCA 2DVRA 5CP5A 5HQ5A 5E9LA 2I8NA 5L96A 4LZSA 5FE0A 5E9MA 4QSQA 2DATA 5CY9A 4O72A 4IOQA 4UIXA 5BT4A 4XY9A 1EQFA 2H60A 2WP2A 5CRMA 4YADA 4A9NA 2DWWA 4QSPA 4UIYA 4HXNA 5F61A 4IR6A 4NUEA 4MR3A 5G4SA 5CUCA 4UIZA 4YYKA 4NUCA 5HLSA 4ALGA 5A5OA 2F6NA 4O7BA 5DYUA 4NR8A 5CUBA 5ETBA 5FE1A 5ENJA 5A5QA 4LDFA 5KU3A 2GRCA 4DONA 3SVHA 4LYSA 4ZW1A 4UITA 5D3PA 5KTXA 4O76A 5AMFA 3I3JA 3MXFA 4QSXA 4YYIA 4QSWA 5COIA 4CFKA 5D0CA 5AD3A 5H1UA 2YQDA 4QBMA 3LJWA 5F5ZA 5L99A 4N4GA 5IGKA 5HENA 5DLZA 4KCXA 5CU8A 4CUQA 5EV9A 5FH6A 4YABA 4F3IA 2OO1A 4BW3A 3DWYA 3FKMX 5HRXA 5IG6A 4A9HA 3HMHA 4A9MA 3JVLA 4N3WA 4YH3A 4LZRA 3U5NA 1JM4B 5BT3A 4LZ2A 5FB1A 5C89A 4QB3A 5FFVA 2YEMA 4YYGA 3LXJA 4UIWA 3NXBA 3UVWA 5DW2A 4N4FA 5IBNA 3MB3A 5FE9A 5CRZA 3S91A 2L5EA 4O78A 5ENEA 2E3KA 4LRGA 4UIUA 3O36A 4Z93A 3U5LA 5C7NA 3MB4A 4ZQLA 4NR9A 5ENCA 5F1LA 4YAXA 5CUEA 3AADA 5D25A 3O33A 4A9KA 4BW4A 4O71A 5C4QA 5D3RA 5F63A 3JVMA 5D3JA 5CS8A 4HXRA 5L8TA 4HXPA 5E9VA 5CQ4A 5A85A 4PS5A 3P1EA 5FFYA 3QZVA 5I7XA 5D24A 4TS8A 5ENFA 5DKHA 4QSUA 4LC2A 4XYAA 5D3LA 4IR3A 3JVKA 4NUDA 5E3GA 5L97A 5A5SA 4RVRA 5CUDA 5F2PA 3IU6A 3QZSA 5HFQA 5TB6A 5G4RA 5I80A 4XUAA 5CUAA 2RNXA 3AQAA 4HBXA 3LQHA 4N4HA 4MR6A 5E3DA 5DYXA 4UIVA 4QR5A 4A9OA 4PCEA 4CL9A 4A9FA 5I40A 4YH4A 5I83A 5HRWA 5I29A 5HRVA 4HXOA 2YDWA 5CFWA 4TZ2A 5F62A 5LVQA 2D82A 5IIDA 5FFWA 5DFBA 4PCIA 4GPJA 5F36A 2YELA 4MEPA 5FDZA 3TLPA 5CTLA 5KHMA 4MR5A 5E73A 5I86A 3SVGA 4HBWA 3UV4A 4J0SA 2L85A 3QZTA 4NRCA 5DKCA 3SVFA 4BW1A 3G0LA 4O7AA 5EPRA 4UYGA 2YEKA 5EK9A 4QC3A 2E7NA 2RS9B 4A9LA 4QZSA 4NQNA 2OSSA 5A81A 4O77A 3LQJA 4Z6HA 3O37A 5ENGA 4PTBA 2RNYA 4LR6A 4UYFA 4YYMA 2R0VA 5FG5A 5FG4A 4YC9A 5E9IA 4QEUA 4Z6IA 3P1FA 4HXLA 5FE3A 4HXKA 5H85A 4J3IA 2R10A 4OGIA 4MEQA 4TT4A 4UYFB 5F25A 5I7YA 1E6IA 4TQNA 4J1PA 5E7DA 2F6JA 3GG3A 4QYDA 5L98A 4XUBA 5TCMA 3U5OA 5FE6A 3UVDA 5C87A 5FG6A 5JWMA 2D9EA 4NYXA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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