5A5SA

Nn-terminal bromodomain of human brd4 with 5-5-methoxypyridin-3-yl-3- methyl-8-piperidin-4-ylamino-1,2-dihydro-1,7-naphthyridin-2-one
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHKFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Fragment-Based Discovery of Low-Micromolar Atad2 Bromodomain Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
molecule keywords BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 4
total genus 44
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-06-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5a5sA01
4UYHA 3JVMA 2DVQA 4QSTA 5ETDA 5II2A 5DYXA 5DYAA 5ENJA 5E0RA 5CQ3A 4J0SA 2KTBB 5D3HA 2RFJA 3U5PA 5TCMA 4YH4A 5IIDA 5ENFA 5ENIA 5L99A 4HXKA 4RVRA 4WIVA 4BW2A 5I29A 3UVWA 4NR4A 4QEWA 4UYEA 4YAXA 3MQMA 5AMEA 4ALHA 3G0JA 4HXLA 4MENA 4NRBA 4IORA 4UYFA 4PCEA 3HMEA 4PY6A 4TQNA 4FLPA 3MXFA 4Z93A 5HRVA 4NQNA 4QNSA 5LKXA 5FH8A 5A5SA 4CL9A 4DONA 4TU4A 4IOOA 2FSAA 4PCIA 4Y03A 5DY7A 5IG6A 4J3IA 4TZ2A 4YBTA 5HRWA 5CRZA 5CY9A 5ENCA 5G4RA 5L8UA 5LJ0A 4A9KA 3FKMX 4UYDA 3LQIA 2E3KA 5IGKA 4HXRA 4QSRA 5LVRA 4NRAA 5BT5A 2LSPB 5CU8A 4LZRA 4YYNA 3LXJA 5IGMA 5E9MA 5FE5A 5DW1A 3UVDA 5CQTA 3O37A 2RNYA 5E3GA 5F36A 4NR8A 5DYUA 5I86A 3SVFA 5F1LA 5I80A 3AQAA 3JVKA 2R0SA 5HQ5A 4CFKA 3O34A 5E9IA 3GG3A 2WP1A 5A5RA 5CQAA 4XUBA 4J0RA 4QEVA 2RS9B 5A5NA 4A9LA 5DFCA 5ENBA 4YATA 2NXBA 5DFDA 2E7OA 5A85A 4NRCA 4HBYA 4LYIA 3TLPA 4F3IA 4Q0OA 5E7DA 3S91A 4HXSA 1WUGA 5DKCA 5EI4A 3UW9A 4YK0A 5C85A 5II1A 4YH3A 4QC3A 4LZ2A 3LQHA 5A7CA 4O7EA 4XY9A 1JM4B 5CZGA 5DW2A 5CQ8A 5FG5A 3MUKA 4Z6IA 4TU6A 4NR5A 2L85A 5D3NA 2RO1A 4A9EA 4YYIA 5F60A 5D3TA 5I7YA 4NUCA 3O36A 3U5JA 3QZTA 4IR5A 5F5ZA 5FE2A 5EPBA 5CUEA 4QSUA 4A9JA 4NYXA 4QR3A 4UIZA 5EVAA 5J0DA 2G4AA 3U5LA 2L84A 4XY8A 4IR4A 4Z6HA 5L8TA 4UIWA 5CUAA 3ZYUA 4O74A 4XYAA 2D9EA 4QSQA 2R0YA 4YY4A 4IOQA 3UVXA 4N4GA 4YYMA 5CQ5A 5EM3A 4YYKA 5EPRA 3IU6A 5FE8A 4O7BA 4TYLA 4CURA 4Z1SA 4QUTA 3HMFA 4YYGA 4O75A 5C4QA 3P1EA 5E9YA 4QY4A 3S92A 5AD2A 5D3PA 5EPSA 2RNWA 5HCLA 4HXNA 1N72A 5EV9A 5KTWA 4O71A 5E9VA 3K2JA 5L96A 4YBMA 5HRXA 1F68A 5HFQA 3DAIA 5CS8A 5CQ4A 5EQ1A 2YYNA 5CGPA 5D3LA 5HQ7A 5A5PA 4CUSA 4HXPA 4PKLA 4YADA 5FFWA 5FG4A 5ENGA 2YQDA 5F2PA 4AKNA 5D3JA 5LUUA 4CUTA 4Q0NA 4NYWA 5C7NA 5CUCA 4LRGA 3Q2EA 4MR5A 3LJWA 5CTLA 3AADA 2MJVB 5ENHA 4X2IA 1ZS5A 4A9IA 5I89A 5IBNA 4MR6A 4TZ8A 4CUUA 5K29A 5LKTA 5I7XA 4NR7A 5ENEA 4O76A 5KHMA 2H60A 3NXBA 4N4FA 5L97A 2YDWA 4YABA 5E9KA 3U5OA 2DVSA 5DFBA 2DWWA 2YEMA 5KTXA 4KV1A 1WUMA 5D3SA 5EWVA 4WHUA 2OO1A 3P1CA 4NR9A 5EA1A 5DKHA 4MEQA 5CFWA 1JSPB 5HLSA 2RI7A 4NXJA 4J1PA 5E74A 4YBSA 3P1DA 4QYLA 4PS5A 3MB3A 5FE0A 4O70A 5H1TA 4LDFA 4UIYA 5FE9A 2F6NA 3DWYA 1X0JA 5FG6A 5A5OA 4QR5A 2OUOA 3JVLA 5DKDA 2E7NA 2I8NA 5DLXA 5F1HA 4O78A 5LKZA 4MEOA 4O7AA 5AD3A 5EP7A 5LVQA 4QBMA 5JI8A 3D7CA 4OGJA 4IR3A 4YYJA 5KO4A 4YY6A 3O33A 4QZSA 5D7XA 4NYVA 4HBWA 4OUFA 2YEKA 4N3WA 5EWCA 4BW1A 5F62A 1E6IA 4TS8A 5D24A 5FFYA 5C89A 4NS5A 4QSWA 4YYDA 4LC2A 5G4SA 4HXOA 5D26A 5I88A 3U5NA 2R10A 2RNXA 4N4IA 5EWHA 4QC1A 4O7FA 3RCWA 5FE3A 5COIA 2DATA 4A9OA 2DKWA 4KV4A 5EWWA 4BW4A 3QZVA 5CQ6A 4QSPA 2L5EA 5FB0A 2R0VA 4ZC9A 4LYSA 3P5OA 5HFRA 4MEPA 4CUQA 5EK9A 5E3DA 5DLZA 5CQ7A 4HBXA 2DVVA 4IR6A 5HEMA 5H85A 4PTBA 5JWMA 5A81A 2N9GA 4O72A 4QYDA 4ZW1A 4BJXA 5FB1A 5H1VA 5LKUA 4A9HA 5E73A 3MULA 3HMHA 5CRMA 3JVJA 4QR4A 5DBMA 2OSSA 4NUDA 2I7KA 4MR4A 4YYHA 4C67A 4UYGA 4A9NA 3Q2FA 4UIUA 4UYFB 5FE4A 3LQJA 4QSVA 5HM0A 5EU1A 5F25A 5KTUA 5ACYA 4OGIA 3U5KA 4NQMA 4XUAA 3UV5A 5I83A 5I1QA 5D3RA 5TB6A 4BW3A 5AMFA 5E9LA 4A9MA 3UVYA 5LJ2A 2DVRA 3I3JA 4N4HA 4GPJA 4LZSA 5FE6A 5A83A 5ETBA 5FFVA 4CLBA 5EICA 2D82A 4CFLA 2GRCA 5D0CA 5F63A 5BT3A 5HENA 5IGLA 4MR3A 5FH7A 5CUDA 5CPEA 4O7CA 4KCXA 5CP5A 3IU5A 5CUBA 3MB4A 3G0LA 5FH6A 3SVHA 4HXMA 4NR6A 5L98A 3U5MA 1EQFA 5D25A 4QEUA 5CUGA 5FE1A 5KU3A 4ZQLA 5A82A 5DYCA 3UV4A 4A9FA 5FBXA 3QZSA 4LYWA 5FDZA 5EISA 2F6JA 4YC9A 4NUEA 4LR6A 5BT4A 4QSSA 3O35A 5A5QA 4WHWA 5EWDA 4QUUA 4UITA 5F3AA 3SVGA 4UIVA 3ONIA 5FE7A 2WP2A 4BHWA 5H1UA 3P1FA 5IGNA 4O77A 5C87A 5HQ6A 5I40A 5HELA 3UV2A 4HBVA 5LJ1A 4C66A 4E96A 4CUPA 5C8GA 5HJCA 4TTEA 4UIXA 2YELA 4TT4A 5F61A 4QB3A 4TT6A 4QSXA 5EGUA 4Z1QA 4ALGA 2YW5A 4TT2A 5DX4A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4UYHA 3JVMA 2DVQA 4QSTA 5ETDA 5II2A 5DYXA 5DYAA 5ENJA 5E0RA 5CQ3A 4J0SA 2KTBB 5D3HA 2RFJA 3U5PA 5TCMA 4YH4A 5IIDA 5ENFA 5ENIA 5L99A 4HXKA 4RVRA 4WIVA 4BW2A 5I29A 3UVWA 4NR4A 4QEWA 4UYEA 4YAXA 3MQMA 5AMEA 4ALHA 3G0JA 4HXLA 4MENA 4NRBA 4IORA 4UYFA 4PCEA 3HMEA 4PY6A 4TQNA 4FLPA 3MXFA 4Z93A 5HRVA 4NQNA 4QNSA 5LKXA 5FH8A 5A5SA 4CL9A 4DONA 4TU4A 4IOOA 2FSAA 4PCIA 4Y03A 5DY7A 5IG6A 4J3IA 4TZ2A 4YBTA 5HRWA 5CRZA 5CY9A 5ENCA 5G4RA 5L8UA 5LJ0A 4A9KA 3FKMX 4UYDA 3LQIA 2E3KA 5IGKA 4HXRA 4QSRA 5LVRA 4NRAA 5BT5A 2LSPB 5CU8A 4LZRA 4YYNA 3LXJA 5IGMA 5E9MA 5FE5A 5DW1A 3UVDA 5CQTA 3O37A 3D1DA 2RNYA 5E3GA 5F36A 4NR8A 5DYUA 5I86A 3SVFA 5F1LA 5I80A 3AQAA 3JVKA 2R0SA 3D1BA 4CFKA 3O34A 5HQ5A 5E9IA 1ZKRA 3GG3A 2WP1A 5A5RA 5CQAA 4XUBA 4J0RA 4QEVA 2RS9B 5A5NA 4A9LA 5DFCA 5ENBA 4YATA 2NXBA 5DFDA 2E7OA 5A85A 4NRCA 4HBYA 4LYIA 3TLPA 4F3IA 4Q0OA 5E7DA 3S91A 4HXSA 1WUGA 5DKCA 5EI4A 3UW9A 4YK0A 5C85A 5II1A 4YH3A 4QC3A 4LZ2A 3LQHA 5A7CA 4O7EA 4XY9A 1JM4B 5CZGA 5DW2A 5CQ8A 5FG5A 3MUKA 4Z6IA 4TU6A 4NR5A 2L85A 5D3NA 2RO1A 4A9EA 4YYIA 5F60A 5D3TA 5I7YA 4NUCA 3O36A 3U5JA 4AI6A 3QZTA 4IR5A 5F5ZA 5FE2A 5EPBA 5CUEA 4QSUA 4A9JA 4NYXA 4QR3A 4UIZA 5EVAA 5J0DA 4AKGA 2G4AA 3U5LA 2L84A 4XY8A 4IR4A 4Z6HA 5L8TA 4UIWA 5CUAA 3ZYUA 4O74A 4XYAA 2D9EA 4QSQA 2R0YA 4YY4A 4IOQA 3UVXA 4N4GA 4YYMA 5CQ5A 5EM3A 4YYKA 5EPRA 3IU6A 5FE8A 4O7BA 4TYLA 4CURA 4Z1SA 4QUTA 3HMFA 4YYGA 4O75A 5C4QA 3P1EA 5E9YA 4QY4A 3S92A 5AD2A 5D3PA 5EPSA 2RNWA 5HCLA 4HXNA 1N72A 5EV9A 4AKHA 5KTWA 4O71A 5E9VA 3K2JA 5L96A 4YBMA 5HRXA 1F68A 5HFQA 3DAIA 5CS8A 5CQ4A 5EQ1A 2YYNA 5CGPA 5D3LA 5HQ7A 5A5PA 4CUSA 4HXPA 4PKLA 4AKIA 4YADA 5FFWA 5FG4A 5ENGA 2YQDA 5F2PA 4AKNA 5D3JA 5LUUA 4CUTA 4Q0NA 4NYWA 5C7NA 5CUCA 4LRGA 3Q2EA 4MR5A 3LJWA 5CTLA 3AADA 2MJVB 5ENHA 4X2IA 1ZS5A 4A9IA 5I89A 3VKHA 5IBNA 4MR6A 4TZ8A 4CUUA 5K29A 5LKTA 5I7XA 4NR7A 5ENEA 4O76A 5KHMA 2H60A 3NXBA 4N4FA 5L97A 2YDWA 4YABA 5E9KA 3U5OA 2DVSA 5DFBA 2DWWA 2YEMA 5KTXA 4KV1A 1WUMA 5D3SA 5EWVA 4WHUA 2OO1A 3P1CA 4NR9A 5EA1A 5DKHA 4MEQA 5CFWA 1JSPB 5HLSA 2RI7A 4NXJA 4J1PA 5E74A 4YBSA 3P1DA 4QYLA 4PS5A 3MB3A 5FE0A 4O70A 5H1TA 4LDFA 4UIYA 5FE9A 2F6NA 3DWYA 1X0JA 5FG6A 5A5OA 4QR5A 2OUOA 3JVLA 5DKDA 2E7NA 2I8NA 5DLXA 5F1HA 4O78A 5LKZA 4MEOA 4O7AA 5AD3A 5EP7A 5LVQA 4QBMA 5JI8A 3D7CA 4OGJA 4IR3A 4YYJA 5KO4A 4YY6A 3O33A 4QZSA 5D7XA 4NYVA 4HBWA 4OUFA 2YEKA 4N3WA 5EWCA 4BW1A 5F62A 1E6IA 4TS8A 5D24A 5FFYA 5C89A 4NS5A 4QSWA 4YYDA 4LC2A 5G4SA 4HXOA 5D26A 5I88A 3U5NA 2R10A 2RNXA 4N4IA 5EWHA 4QC1A 4O7FA 3RCWA 5FE3A 5COIA 2DATA 4A9OA 2DKWA 4KV4A 5EWWA 4BW4A 3QZVA 5CQ6A 4QSPA 1PUOA 2L5EA 5FB0A 2R0VA 4ZC9A 4LYSA 3P5OA 5HFRA 4MEPA 4CUQA 5EK9A 5E3DA 5DLZA 5CQ7A 4HBXA 2DVVA 4IR6A 5HEMA 5H85A 4PTBA 5JWMA 5A81A 2N9GA 4O72A 4QYDA 4ZW1A 4BJXA 5FB1A 5H1VA 5LKUA 4A9HA 5E73A 3MULA 3HMHA 5CRMA 3JVJA 4QR4A 5DBMA 2OSSA 4NUDA 2I7KA 4MR4A 4YYHA 3VKGA 4C67A 4UYGA 4A9NA 3Q2FA 4UIUA 4UYFB 5FE4A 3LQJA 4QSVA 5HM0A 5EU1A 5F25A 5KTUA 5ACYA 4OGIA 3U5KA 4NQMA 4XUAA 3UV5A 5I83A 5I1QA 2EJNA 5D3RA 5TB6A 4BW3A 5AMFA 5E9LA 4A9MA 3UVYA 5LJ2A 2DVRA 3I3JA 4N4HA 4GPJA 4LZSA 5FE6A 5A83A 5ETBA 5FFVA 4CLBA 5EICA 2D82A 4CFLA 2GRCA 5D0CA 5F63A 5BT3A 5HENA 5IGLA 4MR3A 5FH7A 5CUDA 5CPEA 4O7CA 4KCXA 5CP5A 3IU5A 5CUBA 3MB4A 3G0LA 5FH6A 3SVHA 4HXMA 4NR6A 5L98A 3U5MA 1EQFA 5D25A 4QEUA 5CUGA 5FE1A 5KU3A 4ZQLA 5A82A 5DYCA 3UV4A 4A9FA 5FBXA 3QZSA 4LYWA 5FDZA 5EISA 2F6JA 4YC9A 4NUEA 4LR6A 5BT4A 4QSSA 3O35A 5A5QA 4WHWA 5EWDA 4QUUA 4UITA 5F3AA 3SVGA 4UIVA 3ONIA 5FE7A 2WP2A 4BHWA 5H1UA 3P1FA 5IGNA 4O77A 5C87A 5HQ6A 5I40A 5HELA 3UV2A 3ERRA 4HBVA 5LJ1A 4C66A 4E96A 4CUPA 5C8GA 5HJCA 4TTEA 4UIXA 2YELA 4TT4A 5F61A 4QB3A 4TT6A 4QSXA 5EGUA 4Z1QA 4ALGA 2YW5A 4TT2A 5DX4A
chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4UYH A;  3JVM A;  2DVQ A;  4QST A;  5ETD A;  5II2 A;  5DYX A;  5DYA A;  5ENJ A;  5E0R A;  5CQ3 A;  4J0S A;  2KTB B;  5D3H A;  2RFJ A;  3U5P A;  5TCM A;  4YH4 A;  5IID A;  5ENF A;  5ENI A;  5L99 A;  4HXK A;  4RVR A;  4WIV A;  4BW2 A;  5I29 A;  3UVW A;  4NR4 A;  4QEW A;  4UYE A;  4YAX A;  3MQM A;  5AME A;  4ALH A;  3G0J A;  4HXL A;  4MEN A;  4NRB A;  4IOR A;  4UYF A;  4PCE A;  3HME A;  4PY6 A;  4TQN A;  4FLP A;  3MXF A;  4Z93 A;  5HRV A;  4NQN A;  4QNS A;  5LKX A;  5FH8 A;  5A5S A;  4CL9 A;  4DON A;  4TU4 A;  4IOO A;  2FSA A;  4PCI A;  4Y03 A;  5DY7 A;  5IG6 A;  4J3I A;  4TZ2 A;  4YBT A;  5HRW A;  5CRZ A;  5CY9 A;  5ENC A;  5G4R A;  5L8U A;  5LJ0 A;  4A9K A;  3FKM X;  4UYD A;  3LQI A;  2E3K A;  5IGK A;  4HXR A;  4QSR A;  5LVR A;  4NRA A;  5BT5 A;  2LSP B;  5CU8 A;  4LZR A;  4YYN A;  3LXJ A;  5IGM A;  5E9M A;  5FE5 A;  5DW1 A;  3UVD A;  5CQT A;  3O37 A;  2RNY A;  5E3G A;  5F36 A;  4NR8 A;  5DYU A;  5I86 A;  3SVF A;  5F1L A;  5I80 A;  3AQA A;  3JVK A;  2R0S A;  5HQ5 A;  4CFK A;  3O34 A;  5E9I A; 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