5A5SA

Nn-terminal bromodomain of human brd4 with 5-5-methoxypyridin-3-yl-3- methyl-8-piperidin-4-ylamino-1,2-dihydro-1,7-naphthyridin-2-one
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHKFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 4
publication title Fragment-Based Discovery of Low-Micromolar Atad2 Bromodomain Inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 44
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-06-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5a5sA01
3O37A 5FG6A 2FSAA 4QC3A 5AD2A 5D3LA 5ENJA 4UYEA 4A9NA 5II2A 3QZVA 4A9IA 3O34A 4TT2A 4HXNA 4UIWA 5D3RA 5DYAA 5LVQA 5I40A 5COIA 4UYGA 3JVLA 4NUCA 5EWVA 4OGJA 1JM4B 4BW4A 5E9KA 5A81A 4NR6A 4QEWA 5D3TA 5FH8A 3U5OA 5CQTA 4QSPA 5A5QA 5F1LA 5CQ7A 5HFRA 4BJXA 5I29A 5LKTA 4CUSA 4YK0A 5FFVA 5IGNA 3NXBA 4NQNA 5KTWA 4PTBA 3UVDA 1E6IA 3P1CA 4WHUA 4N4FA 5E0RA 3U5MA 4DONA 5EICA 4ZQLA 5FH7A 3FKMX 5EWDA 4NXJA 5A5SA 2E7NA 5CUAA 3ZYUA 2GRCA 4PCEA 4TT6A 5C87A 5F60A 3JVJA 2L5EA 5F63A 5E9LA 3S91A 2RNXA 5ETBA 4QYDA 5L97A 5EWCA 5CUDA 2RS9B 5AMFA 4NRBA 4QEVA 3AADA 4PS5A 5CY9A 5ENHA 4AKNA 2L85A 4MR5A 4QNSA 5HFQA 4QSQA 4A9EA 5CUGA 4UIUA 4QSTA 5IBNA 4NR9A 3U5LA 4UIXA 3MB3A 4QUUA 4XY8A 4PCIA 1ZS5A 5E3DA 5HRXA 5J0DA 5D0CA 3SVHA 4QSRA 4Z1SA 4YADA 4QSXA 5CFWA 5D26A 4LZ2A 1X0JA 4A9OA 1WUMA 5D3HA 3P1FA 4Q0OA 3U5PA 4O78A 2G4AA 4UIZA 4HBXA 5G4RA 5HCLA 5D3NA 5FE8A 5HQ6A 4MEOA 5CUEA 5EI4A 5L8UA 3P5OA 2YQDA 2WP1A 2D82A 4LDFA 4QEUA 5CUBA 5FH6A 5IG6A 5TCMA 5FBXA 4Z6HA 4TT4A 4IOQA 5E3GA 5L98A 5KTUA 3RCWA 5EV9A 5H1VA 3MUKA 5I89A 4O7AA 5ENEA 4UIYA 5HLSA 4HXRA 4PKLA 5ACYA 5FG5A 5EPSA 5DKHA 4CUQA 3P1EA 5DLZA 4CFKA 4MENA 5EK9A 1N72A 2E7OA 4HXMA 2I8NA 4TU4A 3QZSA 4QB3A 5FDZA 5EQ1A 3Q2EA 5A5PA 5F61A 5CRMA 4J0RA 4QR5A 4A9LA 2RNYA 4C66A 3UVYA 2LSPB 5HM0A 2YELA 2DVSA 4GPJA 5LJ1A 2R0YA 4KV1A 4XYAA 2YW5A 5FE0A 5A82A 4ALGA 4YYJA 5HENA 4Q0NA 3MXFA 3U5KA 2DVRA 4MR3A 4RVRA 3AQAA 4O7CA 5BT3A 5ENCA 4BW3A 4OGIA 5EWHA 2DWWA 5A5OA 4YH3A 5K29A 2DKWA 2YEMA 2NXBA 4HBVA 5TB6A 5DYCA 4HXSA 4QBMA 4LYIA 4YH4A 5HQ7A 4NQMA 2D9EA 4UYFA 5D7XA 5FE2A 4XUBA 4BW1A 5FG4A 4CL9A 3UV5A 5EP7A 4N4HA 1EQFA 5LUUA 5F3AA 5FE7A 5ENFA 5EPBA 4O7FA 5II1A 4QR4A 4A9HA 5D24A 5L96A 4O74A 3SVFA 4IORA 4QSSA 4YYNA 3DAIA 4HBYA 4MR6A 4YYKA 4N4GA 5C4QA 5FE5A 5DKDA 4IR4A 5A5NA 3U5NA 5DY7A 4LZRA 4QR3A 5BT4A 4MR4A 5CS8A 4YYGA 4TZ2A 5DKCA 5FFWA 5DW1A 4J3IA 3LJWA 4NYVA 5KU3A 2F6JA 4TS8A 5ENGA 4QC1A 4A9KA 2L84A 4ZC9A 5EA1A 5CQ3A 4QYLA 4NUEA 2RFJA 5FFYA 5EU1A 4TQNA 3MQMA 4NS5A 4YYHA 2RI7A 4NYXA 5IIDA 4TZ8A 5HJCA 4YY4A 3Q2FA 2OO1A 5CP5A 5F62A 5I80A 2DATA 5AMEA 5E9YA 4BW2A 5C8GA 4O77A 4F3IA 4YBTA 5EWWA 3K2JA 5CQ8A 4Z93A 2F6NA 2DVQA 4YATA 5E9IA 5DX4A 3ONIA 4IR5A 5H1TA 5LKUA 4QUTA 3IU6A 4QSWA 4XY9A 5BT5A 5FB0A 4J0SA 4NRCA 1WUGA 4ZW1A 4O7EA 3IU5A 4UYHA 4KV4A 4WHWA 5CQ5A 4UIVA 5HRVA 4A9MA 4UYDA 5JI8A 3HMHA 4TTEA 4HXKA 5A83A 5E9MA 5IGKA 4NR5A 5EISA 5E74A 4QSVA 4QZSA 4A9FA 4HXLA 5DFCA 4Z6IA 3HMEA 5EPRA 4IR6A 4J1PA 5JWMA 5FE4A 4HBWA 5L8TA 4O75A 3P1DA 4LC2A 4LRGA 2OUOA 5EGUA 4OUFA 4LYSA 5LJ0A 5HEMA 5CQ6A 4YYDA 4IOOA 5D3JA 4WIVA 4NR8A 3JVMA 4NRAA 5ETDA 1JSPB 5DW2A 4YBSA 5FE9A 5IGMA 3O36A 3DWYA 3JVKA 5CQ4A 5CU8A 2R0VA 5E7DA 5I83A 2R0SA 4UITA 5A85A 2MJVB 3LXJA 4CLBA 2YDWA 5EM3A 3UV4A 5D3PA 5DLXA 2E3KA 5C85A 3QZTA 5DYUA 5LVRA 2I7KA 4O70A 4YAXA 5E73A 4Z1QA 4HXPA 5LKZA 5F1HA 3UW9A 3SVGA 4O71A 5CGPA 5HELA 2YYNA 3UVXA 5I1QA 5KTXA 4YYIA 5IGLA 4ALHA 2KTBB 5D3SA 5E9VA 4KCXA 4PY6A 4IR3A 5DBMA 3HMFA 4FLPA 5CQAA 5ENBA 5CRZA 3MULA 5A7CA 4CUTA 4LR6A 4YC9A 3UVWA 3UV2A 5FE1A 3I3JA 5D25A 3S92A 3LQIA 4TU6A 3G0LA 3MB4A 5CPEA 5C7NA 4X2IA 5CTLA 5F5ZA 4TYLA 3G0JA 3D7CA 4HXOA 5I86A 5EVAA 5F2PA 2H60A 5KHMA 2RO1A 4N4IA 4A9JA 1F68A 4QSUA 3O33A 5FE3A 5DFDA 4YYMA 5I7YA 5AD3A 5DYXA 5KO4A 4CUUA 5H1UA 3LQHA 4YBMA 4E96A 5A5RA 2R10A 5F36A 2WP2A 4CURA 5DFBA 4O7BA 4NR7A 4BHWA 4O72A 5I88A 5F25A 2DVVA 3O35A 5I7XA 4LYWA 4MEQA 5C89A 2N9GA 5L99A 4NR4A 4MEPA 4N3WA 4C67A 4YABA 2RNWA 5CUCA 5FE6A 5LKXA 4NYWA 5H85A 4NUDA 4YY6A 2OSSA 5HQ5A 5HRWA 4CFLA 5LJ2A 4UYFB 4Y03A 5G4SA 4LZSA 3U5JA 3TLPA 2YEKA 5FB1A 4QY4A 4O76A 5CZGA 5ENIA 4CUPA 3LQJA 4XUAA 3GG3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3O37A 5FG6A 2FSAA 4QC3A 5AD2A 5D3LA 5ENJA 4UYEA 4A9NA 5II2A 3QZVA 4A9IA 3O34A 4TT2A 4HXNA 4UIWA 5D3RA 5DYAA 5LVQA 5I40A 5COIA 4UYGA 3JVLA 4NUCA 5EWVA 4OGJA 1JM4B 4BW4A 5E9KA 5A81A 4NR6A 4QEWA 5D3TA 5FH8A 3U5OA 5CQTA 4QSPA 5A5QA 5F1LA 5CQ7A 5HFRA 4BJXA 5I29A 5LKTA 4CUSA 4YK0A 5FFVA 5IGNA 3NXBA 4NQNA 5KTWA 4PTBA 3UVDA 1E6IA 3P1CA 4WHUA 4N4FA 5E0RA 3U5MA 4DONA 5EICA 4ZQLA 5FH7A 3FKMX 5EWDA 4NXJA 5A5SA 2E7NA 5CUAA 3ZYUA 2GRCA 4PCEA 4TT6A 5C87A 5F60A 3JVJA 2L5EA 5F63A 5E9LA 3S91A 2RNXA 5ETBA 4QYDA 5L97A 5EWCA 5CUDA 2RS9B 5AMFA 4NRBA 4QEVA 3AADA 4PS5A 5CY9A 5ENHA 4AKNA 2L85A 4MR5A 4QNSA 5HFQA 4QSQA 4A9EA 5CUGA 4UIUA 4QSTA 5IBNA 4NR9A 3U5LA 4UIXA 3MB3A 4QUUA 4XY8A 4PCIA 1ZS5A 5E3DA 5HRXA 5J0DA 5D0CA 3SVHA 4QSRA 4Z1SA 4YADA 4QSXA 5CFWA 5D26A 4LZ2A 1X0JA 4A9OA 1WUMA 5D3HA 3P1FA 4Q0OA 3U5PA 4O78A 2G4AA 4UIZA 4HBXA 5G4RA 5HCLA 5D3NA 5FE8A 5HQ6A 4MEOA 5CUEA 5EI4A 5L8UA 3P5OA 2YQDA 2WP1A 2D82A 4LDFA 4QEUA 5CUBA 5FH6A 5IG6A 5TCMA 5FBXA 4Z6HA 4TT4A 4IOQA 5E3GA 5L98A 5KTUA 3RCWA 5EV9A 5H1VA 3MUKA 5I89A 4O7AA 5ENEA 4UIYA 5HLSA 4HXRA 4PKLA 5ACYA 5FG5A 5EPSA 5DKHA 4CUQA 3P1EA 5DLZA 4CFKA 4MENA 5EK9A 1N72A 2E7OA 4HXMA 2I8NA 4TU4A 3QZSA 4QB3A 5FDZA 5EQ1A 3Q2EA 5A5PA 3VKGA 5F61A 5CRMA 4J0RA 4QR5A 4A9LA 2RNYA 4C66A 3UVYA 2LSPB 5HM0A 2YELA 2DVSA 4GPJA 5LJ1A 2R0YA 4KV1A 4XYAA 2YW5A 5FE0A 5A82A 4ALGA 4YYJA 5HENA 4Q0NA 3MXFA 3U5KA 2DVRA 4MR3A 4RVRA 3AQAA 4O7CA 5BT3A 5ENCA 4BW3A 4OGIA 5EWHA 2DWWA 5A5OA 4YH3A 5K29A 2DKWA 2YEMA 2NXBA 4HBVA 5TB6A 5DYCA 4HXSA 4QBMA 4LYIA 4YH4A 5HQ7A 4NQMA 2D9EA 4UYFA 5D7XA 5FE2A 4XUBA 4BW1A 5FG4A 4CL9A 3UV5A 5EP7A 4N4HA 1EQFA 5LUUA 5F3AA 5FE7A 5ENFA 5EPBA 2EJNA 4O7FA 5II1A 4QR4A 4A9HA 5D24A 5L96A 4O74A 3SVFA 4IORA 4QSSA 4YYNA 3DAIA 4HBYA 4MR6A 4YYKA 4N4GA 5C4QA 5FE5A 5DKDA 4IR4A 5A5NA 3U5NA 5DY7A 4LZRA 4QR3A 5BT4A 4MR4A 5CS8A 4YYGA 4TZ2A 5DKCA 5FFWA 5DW1A 4J3IA 3LJWA 4NYVA 5KU3A 2F6JA 4TS8A 5ENGA 1ZKRA 4QC1A 4A9KA 2L84A 4ZC9A 5EA1A 5CQ3A 4QYLA 4NUEA 2RFJA 5FFYA 5EU1A 4TQNA 3MQMA 4NS5A 4YYHA 2RI7A 4NYXA 5IIDA 4TZ8A 5HJCA 4YY4A 3Q2FA 2OO1A 5CP5A 5F62A 5I80A 2DATA 5AMEA 5E9YA 4BW2A 5C8GA 4O77A 4F3IA 4YBTA 5EWWA 3K2JA 5CQ8A 3ERRA 4Z93A 2F6NA 3D1DA 2DVQA 4YATA 5E9IA 5DX4A 3ONIA 4AKGA 4IR5A 3D1BA 5H1TA 4QUTA 5LKUA 3IU6A 4QSWA 4XY9A 5BT5A 5FB0A 4J0SA 4AI6A 4NRCA 1WUGA 4ZW1A 4O7EA 3IU5A 4UYHA 4KV4A 4WHWA 5CQ5A 4UIVA 5HRVA 4A9MA 4UYDA 5JI8A 3HMHA 4TTEA 4HXKA 5A83A 5E9MA 5IGKA 1PUOA 4NR5A 5EISA 5E74A 4QSVA 4QZSA 4A9FA 4HXLA 5DFCA 4Z6IA 3HMEA 5EPRA 4IR6A 4J1PA 5JWMA 5FE4A 4HBWA 5L8TA 4O75A 3P1DA 4LC2A 4LRGA 2OUOA 5EGUA 4OUFA 4LYSA 5LJ0A 5HEMA 5CQ6A 4YYDA 4IOOA 5D3JA 4WIVA 4NR8A 3JVMA 4NRAA 5ETDA 1JSPB 5DW2A 4YBSA 5FE9A 5IGMA 3O36A 3DWYA 3JVKA 5CQ4A 5CU8A 2R0VA 5E7DA 5I83A 2R0SA 4UITA 5A85A 2MJVB 3LXJA 4CLBA 2YDWA 5EM3A 3UV4A 5D3PA 5DLXA 2E3KA 5C85A 3QZTA 5DYUA 5LVRA 2I7KA 4O70A 4YAXA 5E73A 4Z1QA 4HXPA 5LKZA 5F1HA 3UW9A 3SVGA 4O71A 5CGPA 5HELA 2YYNA 3UVXA 5I1QA 5KTXA 4YYIA 5IGLA 4ALHA 2KTBB 5D3SA 5E9VA 4KCXA 4PY6A 4IR3A 5DBMA 3HMFA 4FLPA 5CQAA 5ENBA 5CRZA 3MULA 5A7CA 4CUTA 4LR6A 4YC9A 3UVWA 3UV2A 5FE1A 3I3JA 5D25A 3S92A 3LQIA 4TU6A 3G0LA 3MB4A 5CPEA 5C7NA 4X2IA 5CTLA 5F5ZA 4TYLA 3G0JA 3D7CA 4HXOA 5I86A 5EVAA 5F2PA 2H60A 5KHMA 4AKHA 2RO1A 4N4IA 4A9JA 1F68A 4QSUA 3O33A 5FE3A 5DFDA 4YYMA 5I7YA 5AD3A 5DYXA 5KO4A 4CUUA 5H1UA 3LQHA 4AKIA 4YBMA 4E96A 5A5RA 2R10A 5F36A 2WP2A 4CURA 5DFBA 4O7BA 4NR7A 4BHWA 4O72A 5I88A 5F25A 2DVVA 3O35A 5I7XA 4LYWA 3VKHA 4MEQA 5C89A 2N9GA 5L99A 4NR4A 4MEPA 4N3WA 4C67A 4YABA 2RNWA 5CUCA 5FE6A 5LKXA 4NYWA 5H85A 4NUDA 4YY6A 2OSSA 5HQ5A 5HRWA 4CFLA 5LJ2A 4UYFB 4Y03A 5G4SA 4LZSA 3U5JA 3TLPA 2YEKA 5FB1A 4QY4A 4O76A 5CZGA 5ENIA 4CUPA 3LQJA 4XUAA 3GG3A
chains in the Genus database with same CATH topology
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