3U5LA

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with a benzo-triazepine ligand (bzt-7)
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Benzodiazepines and benzotriazepines as protein interaction inhibitors targeting bromodomains of the BET family.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Signaling protein/inhibitor
total genus 44
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-10-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 3u5lA01
3JVMA 3JVLA 2OUOA 5EPBA 2OSSA 5LKZA 5TCMA 3QZTA 4HXPA 5E9MA 2MJVB 4QSWA 5CPEA 5I89A 4QEUA 5D24A 4UIVA 3U5NA 5DKHA 2WP1A 2DWWA 4QB3A 5A5NA 4LYIA 4CUPA 4TS8A 4YABA 4NRBA 4QSXA 4QR3A 4QSUA 5FE3A 4PCIA 4A9NA 4UITA 3O34A 5FH8A 3JVKA 4QSQA 2I7KA 4LDFA 4MEPA 5CUEA 4A9JA 5F25A 5E9KA 4YY6A 5FE5A 5CY9A 2OO1A 4TQNA 5IGNA 4HBXA 4QUUA 3U5MA 5EWHA 5L98A 4QBMA 5LVQA 5DYAA 5EVAA 5KTUA 4CURA 5E7DA 5F5ZA 2RS9B 4QUTA 3P1EA 4YATA 3HMHA 5F1HA 3G0JA 4NUEA 4BW2A 4CLBA 2DVSA 2DVVA 5ENEA 4N4HA 3D7CA 4LR6A 4NR8A 5LKUA 4UYEA 5C85A 3UVDA 4ALHA 5K29A 4HBVA 2DVQA 5AMEA 5HRXA 4YBMA 5ENJA 5II1A 3U5KA 2LSPB 5FG6A 2E7NA 5CRZA 5ETDA 5L99A 4PKLA 5FH7A 3I3JA 5HQ7A 5CQAA 4AKNA 5C8GA 5A5PA 2DKWA 5D3NA 4HXOA 4QSTA 4O7BA 3LXJA 2RFJA 3DWYA 4YYDA 4UYFA 5ENIA 5EU1A 5HEMA 3LQHA 5DW2A 2N9GA 5LJ1A 4NR9A 4PY6A 4YH3A 4BHWA 5LKXA 4NR6A 4OGJA 5DLZA 1N72A 5E3DA 3QZVA 4ZC9A 4XY8A 5C7NA 5D3PA 4IORA 5A81A 5I88A 4LZ2A 4PTBA 4O71A 3UVXA 4O77A 5EGUA 3RCWA 3MUKA 5I29A 4NRCA 3UVWA 4O72A 5A5RA 5FE7A 3O37A 5HFRA 4NYVA 2F6JA 3MQMA 4A9IA 4TZ2A 3UW9A 5CFWA 3IU6A 1JM4B 5L8TA 4J3IA 4XYAA 5A5OA 3S92A 5C89A 4N3WA 4A9EA 5IBNA 5DYCA 5EK9A 4WIVA 4YH4A 4A9OA 4HXMA 5A5SA 4HXKA 5EV9A 1WUMA 4XUBA 4CL9A 5BT4A 5I7XA 5EWVA 5COIA 4QYLA 5LUUA 5AMFA 4QZSA 3U5PA 4IOQA 4LRGA 5DKCA 4NRAA 4YADA 4A9KA 4PCEA 5L97A 2GRCA 5HQ6A 4IR5A 2E7OA 5HRVA 3DAIA 4CFKA 5CUBA 5L8UA 5FFVA 3MXFA 2YW5A 3LJWA 4HBYA 5IG6A 5CQ4A 4YYHA 4A9FA 2R0VA 5IGKA 1F68A 5A83A 5CQ7A 4QR4A 4TU4A 3HMEA 5HFQA 4Y03A 4A9MA 2D9EA 2RO1A 5BT3A 4NUDA 5EQ1A 4MR6A 3HMFA 1WUGA 4J0SA 3O33A 4PS5A 4NXJA 5L96A 5HENA 5E3GA 4C67A 4YYNA 5EWDA 2YDWA 4NR5A 4HXLA 5HLSA 3G0LA 2DATA 4O76A 5DFBA 5ENHA 5IGLA 4QSSA 4O7EA 4Z6IA 5I83A 2L5EA 4LYWA 3P1FA 4KCXA 2R0YA 5HCLA 5ENFA 4UIYA 2YEKA 5IIDA 4C66A 2YQDA 5CQTA 2L85A 4O7CA 4N4IA 4IR6A 3UV2A 4O74A 5CUDA 4O70A 3UV4A 4NQNA 3U5OA 4QYDA 5CRMA 4BW3A 5HRWA 5HELA 2RNWA 5CTLA 4KV4A 5DY7A 4TYLA 5II2A 4HXRA 5E9IA 2YEMA 4QNSA 5LJ2A 3U5JA 5FE1A 4GPJA 4N4GA 4BJXA 5E9YA 5F36A 4Q0OA 5F1LA 4QEWA 5H1UA 3AADA 4FLPA 4CUTA 4TTEA 5BT5A 5FB1A 4A9HA 4DONA 5C4QA 4Q0NA 5FE4A 3FKMX 4UIZA 4MEQA 5CUGA 5EWCA 5DKDA 5FG5A 1JSPB 4MR4A 4YYMA 5FFWA 5D7XA 5FE0A 3P5OA 5ENGA 3O35A 4QC1A 3K2JA 4TT6A 5D3LA 3LQJA 4CUQA 4YYJA 5EA1A 5KTWA 4TT4A 4MEOA 2R10A 3UV5A 5E73A 5FFYA 4A9LA 2F6NA 5EM3A 4QY4A 5ETBA 5A85A 5IGMA 5FE9A 5CU8A 5F60A 4J1PA 4Z93A 5KU3A 5EPRA 3IU5A 5EPSA 5CQ5A 5EISA 4TU6A 4YBSA 5I7YA 5FH6A 3GG3A 4LC2A 5KHMA 5F2PA 5D26A 2NXBA 4O78A 3Q2EA 5TB6A 5LVRA 4O75A 4QR5A 4BW4A 3ONIA 5I86A 4HXNA 5DYXA 2FSAA 3SVGA 4Z1SA 5CQ6A 2RI7A 4QSVA 5A7CA 4Z1QA 4NUCA 4QEVA 5F62A 5HM0A 4QC3A 4CUUA 5D3SA 4UYHA 2E3KA 2KTBB 5LKTA 5EICA 5CGPA 4BW1A 5EWWA 5JWMA 5D3RA 5G4RA 4QSRA 4NQMA 3SVHA 5FG4A 4O7AA 4RVRA 4HBWA 2RNYA 2H60A 5CS8A 4WHUA 3S91A 5DFCA 4WHWA 5D25A 4IOOA 4IR4A 4UIWA 5FBXA 4HXSA 3JVJA 4ZW1A 5FE2A 4NS5A 5H1TA 2WP2A 5E0RA 5I1QA 4NYXA 5D3HA 4NR7A 3UVYA 4UYDA 4UIUA 5ACYA 5JI8A 4UYFB 5DX4A 5KTXA 2YYNA 5CUCA 3AQAA 4TZ8A 5DBMA 4Z6HA 4CFLA 2L84A 5AD2A 4YYIA 4MENA 4UIXA 5F61A 3QZSA 4NR4A 4O7FA 3MB3A 4QSPA 5G4SA 3MB4A 4LZSA 4CUSA 5FE8A 5CP5A 5ENBA 5D3JA 4YK0A 3NXBA 5EI4A 4MR3A 5I40A 5FE6A 4MR5A 5H85A 5F3AA 4YAXA 4YC9A 4XUAA 5FB0A 3TLPA 4J0RA 4XY9A 2R0SA 3MULA 5HQ5A 5CUAA 5KO4A 2RNXA 4OGIA 4ALGA 5A82A 4ZQLA 5I80A 3P1CA 4IR3A 3SVFA 4YYGA 4N4FA 4F3IA 4YYKA 5CQ8A 5E9LA 2D82A 5DLXA 5DYUA 1ZS5A 5J0DA 5DFDA 5C87A 5EP7A 5FDZA 5ENCA 2YELA 3U5LA 5HJCA 4LYSA 1X0JA 4X2IA 5D0CA 4E96A 4OUFA 5AD3A 5F63A 2G4AA 3P1DA 3ZYUA 4YY4A 5A5QA 2DVRA 4TT2A 4YBTA 5DW1A 1E6IA 4LZRA 3O36A 3Q2FA 4KV1A 5H1VA 2I8NA 5E74A 4UYGA 5D3TA 1EQFA 5LJ0A 4NYWA 5CZGA 5E9VA 3LQIA 5CQ3A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3JVMA 3JVLA 2OUOA 5EPBA 2OSSA 5LKZA 5TCMA 3QZTA 4HXPA 5E9MA 2MJVB 4QSWA 5CPEA 5I89A 4QEUA 5D24A 4UIVA 3U5NA 5DKHA 2WP1A 2DWWA 4QB3A 5A5NA 4LYIA 4CUPA 4TS8A 4YABA 4NRBA 4QSXA 4QR3A 4QSUA 5FE3A 4PCIA 4A9NA 4UITA 3O34A 5FH8A 3JVKA 4QSQA 2I7KA 4LDFA 4MEPA 5CUEA 4A9JA 5F25A 5E9KA 4YY6A 5FE5A 5CY9A 2OO1A 4TQNA 5IGNA 4HBXA 4QUUA 3U5MA 5EWHA 5L98A 4QBMA 5LVQA 5DYAA 5EVAA 5KTUA 4CURA 5E7DA 3D1DA 5F5ZA 2RS9B 4QUTA 3P1EA 4YATA 3HMHA 5F1HA 3G0JA 4NUEA 4BW2A 4CLBA 2DVSA 2DVVA 5ENEA 4N4HA 3D7CA 4LR6A 4NR8A 5LKUA 4UYEA 5C85A 3UVDA 4ALHA 5K29A 4HBVA 2DVQA 5AMEA 5HRXA 4YBMA 3VKGA 5ENJA 5II1A 3U5KA 2LSPB 5FG6A 2E7NA 5CRZA 5ETDA 5L99A 4PKLA 5FH7A 3I3JA 5HQ7A 5CQAA 4AKNA 5C8GA 5A5PA 2DKWA 5D3NA 4HXOA 4QSTA 4O7BA 3LXJA 2RFJA 3DWYA 4YYDA 4UYFA 5ENIA 5EU1A 5HEMA 3LQHA 5DW2A 2N9GA 5LJ1A 4NR9A 4PY6A 4YH3A 1PUOA 4BHWA 5LKXA 4NR6A 4OGJA 5DLZA 1N72A 5E3DA 3QZVA 4ZC9A 4XY8A 5C7NA 5D3PA 4IORA 5A81A 5I88A 4LZ2A 4PTBA 4O71A 3UVXA 4O77A 5EGUA 3RCWA 3MUKA 5I29A 4NRCA 3UVWA 4O72A 5A5RA 5FE7A 3O37A 5HFRA 4NYVA 2F6JA 3MQMA 4A9IA 4TZ2A 3UW9A 5CFWA 4AKGA 3IU6A 1JM4B 2EJNA 5L8TA 4J3IA 4XYAA 5A5OA 3S92A 5C89A 4N3WA 4A9EA 5IBNA 5DYCA 5EK9A 4WIVA 4YH4A 4A9OA 4HXMA 5A5SA 4HXKA 5EV9A 1WUMA 4XUBA 4CL9A 5BT4A 5I7XA 5EWVA 5COIA 4QYLA 5LUUA 5AMFA 4QZSA 3U5PA 4IOQA 4LRGA 5DKCA 4NRAA 4YADA 4A9KA 4PCEA 5L97A 2GRCA 5HQ6A 4IR5A 2E7OA 5HRVA 3DAIA 4CFKA 5CUBA 5L8UA 5FFVA 3MXFA 2YW5A 3LJWA 4HBYA 5IG6A 5CQ4A 4YYHA 4A9FA 2R0VA 5IGKA 1F68A 5A83A 5CQ7A 4QR4A 4TU4A 3HMEA 5HFQA 4Y03A 1ZKRA 4A9MA 2D9EA 2RO1A 5BT3A 4NUDA 5EQ1A 4MR6A 3HMFA 1WUGA 4J0SA 3O33A 4PS5A 4NXJA 5L96A 5HENA 5E3GA 4C67A 4YYNA 5EWDA 2YDWA 4NR5A 4HXLA 5HLSA 3G0LA 2DATA 4O76A 5DFBA 5ENHA 5IGLA 4QSSA 4O7EA 4Z6IA 5I83A 2L5EA 4LYWA 3P1FA 4KCXA 2R0YA 5HCLA 5ENFA 4UIYA 2YEKA 5IIDA 4C66A 2YQDA 5CQTA 2L85A 4O7CA 4N4IA 4IR6A 3UV2A 4O74A 5CUDA 4O70A 3UV4A 4NQNA 3U5OA 4QYDA 5CRMA 4BW3A 5HRWA 5HELA 2RNWA 5CTLA 4KV4A 5DY7A 4TYLA 5II2A 4HXRA 5E9IA 2YEMA 4QNSA 5LJ2A 3U5JA 5FE1A 4GPJA 4N4GA 4BJXA 5E9YA 5F36A 4Q0OA 5F1LA 4QEWA 5H1UA 3AADA 4FLPA 4CUTA 4TTEA 5BT5A 5FB1A 4A9HA 4DONA 5C4QA 4Q0NA 5FE4A 3FKMX 4UIZA 4MEQA 5CUGA 5EWCA 5DKDA 5FG5A 1JSPB 4MR4A 4YYMA 5FFWA 5D7XA 5FE0A 3P5OA 5ENGA 3O35A 4QC1A 3K2JA 4TT6A 5D3LA 3LQJA 4CUQA 4YYJA 5EA1A 5KTWA 4TT4A 4MEOA 2R10A 4AKHA 3UV5A 5E73A 5FFYA 4A9LA 2F6NA 5EM3A 4QY4A 5ETBA 5A85A 5IGMA 5FE9A 5CU8A 5F60A 4J1PA 4Z93A 5KU3A 5EPRA 3IU5A 5EPSA 5CQ5A 5EISA 4TU6A 4YBSA 5I7YA 5FH6A 3GG3A 4LC2A 3D1BA 5KHMA 4AI6A 5F2PA 5D26A 2NXBA 4O78A 3Q2EA 5TB6A 5LVRA 4O75A 4QR5A 4BW4A 3ONIA 5I86A 4HXNA 5DYXA 2FSAA 3SVGA 4Z1SA 5CQ6A 2RI7A 4QSVA 5A7CA 4Z1QA 4NUCA 4QEVA 5F62A 5HM0A 4QC3A 4CUUA 5D3SA 4UYHA 2E3KA 2KTBB 5LKTA 5EICA 5CGPA 4BW1A 5EWWA 5JWMA 5D3RA 5G4RA 4QSRA 3VKHA 4NQMA 3SVHA 5FG4A 4O7AA 4RVRA 4HBWA 2RNYA 2H60A 5CS8A 4WHUA 3S91A 5DFCA 4WHWA 5D25A 4IOOA 4IR4A 4UIWA 5FBXA 4HXSA 3JVJA 4ZW1A 5FE2A 4NS5A 5H1TA 2WP2A 5E0RA 5I1QA 4NYXA 5D3HA 4AKIA 4NR7A 3UVYA 4UYDA 4UIUA 5ACYA 5JI8A 4UYFB 5DX4A 5KTXA 2YYNA 5CUCA 3AQAA 4TZ8A 5DBMA 4Z6HA 4CFLA 2L84A 5AD2A 4YYIA 4MENA 4UIXA 5F61A 3QZSA 4NR4A 4O7FA 3MB3A 4QSPA 5G4SA 3MB4A 4LZSA 4CUSA 5FE8A 5CP5A 5ENBA 5D3JA 4YK0A 3NXBA 5EI4A 4MR3A 5I40A 5FE6A 4MR5A 5H85A 5F3AA 4YAXA 4YC9A 4XUAA 5FB0A 3TLPA 4J0RA 4XY9A 2R0SA 3MULA 5HQ5A 5CUAA 5KO4A 2RNXA 4OGIA 4ALGA 5A82A 4ZQLA 5I80A 3P1CA 4IR3A 3SVFA 4YYGA 4N4FA 4F3IA 4YYKA 5CQ8A 5E9LA 2D82A 3ERRA 5DLXA 5DYUA 1ZS5A 5J0DA 5DFDA 5C87A 5EP7A 5FDZA 5ENCA 2YELA 3U5LA 5HJCA 4LYSA 1X0JA 4X2IA 5D0CA 4E96A 4OUFA 5AD3A 5F63A 2G4AA 3P1DA 3ZYUA 4YY4A 5A5QA 2DVRA 4TT2A 4YBTA 5DW1A 1E6IA 4LZRA 3O36A 3Q2FA 4KV1A 5H1VA 2I8NA 5E74A 4UYGA 5D3TA 1EQFA 5LJ0A 4NYWA 5CZGA 5E9VA 3LQIA 5CQ3A
chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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