3U5LA

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with a benzo-triazepine ligand (bzt-7)
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein/inhibitor
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Benzodiazepines and benzotriazepines as protein interaction inhibitors targeting bromodomains of the BET family.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 44
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2011-10-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 3u5lA01
3IU5A 3QZSA 4UYFA 3TLPA 2OO1A 5F25A 5A5RA 5A85A 4YBMA 3SVFA 3LJWA 5H1TA 5BT5A 5FG4A 2YEKA 4KCXA 4NUCA 5KTUA 5TB6A 4BHWA 4HXPA 4QSXA 4TZ2A 5ETBA 5EWHA 5DW1A 5L8TA 4PCIA 2YYNA 4YYDA 3P1CA 5CFWA 5FFYA 5ENFA 5AMFA 5DKHA 5A82A 4YYHA 4HXNA 5HRVA 4QEUA 4Z1SA 4NRBA 5EK9A 3GG3A 5TCMA 4YYJA 3D7CA 5ETDA 4Z6IA 4UYHA 2DVSA 4QC3A 4YK0A 4TQNA 2G4AA 2R0VA 5HRXA 2L5EA 4LC2A 4LDFA 5KHMA 4NR4A 4A9IA 4N3WA 2DKWA 4A9HA 4YBSA 5F63A 4PTBA 5EM3A 4MEPA 5A7CA 5FE1A 4YBTA 4CFLA 4BW1A 5JWMA 4A9JA 5I88A 2R10A 4UYEA 5ENCA 4CURA 4LRGA 5IIDA 5ENIA 4TT6A 2E7NA 5CQ7A 5LKTA 5CZGA 5FH7A 4QUTA 4QZSA 4IORA 3MUKA 3AQAA 5DLXA 5F5ZA 4YYMA 5ENJA 4MR3A 5HRWA 5FH6A 4Y03A 5E9LA 5EWDA 4F3IA 4TS8A 4YYKA 5AD2A 5E9MA 3S92A 5H1VA 4HBYA 5CUDA 4ZW1A 4YYGA 4ZC9A 4BW2A 4XYAA 4HXOA 3QZTA 5D7XA 2RFJA 4BW4A 4NR8A 4HXSA 4QC1A 4UIXA 4UITA 5ENGA 5CPEA 5EWVA 5A5OA 1E6IA 4NR5A 4O75A 4YC9A 5CQTA 2L85A 5EPSA 4NYVA 5EA1A 4O71A 4MENA 5F2PA 5DYAA 3LXJA 4QY4A 4UIUA 2RNWA 3UV5A 5D3SA 1ZS5A 4MEQA 5IGMA 5A5NA 5EV9A 2DVRA 5C4QA 2L84A 5D3PA 5JI8A 5G4SA 1WUMA 5K29A 4QEWA 3U5LA 5E9YA 5E9KA 4O7EA 2H60A 5HFRA 5IGLA 4OGJA 4HBWA 2RNYA 3P1FA 3SVHA 3MB4A 1WUGA 4QSVA 4ZQLA 4NR6A 5LJ0A 5A83A 2GRCA 2RI7A 4MR5A 5KU3A 5L98A 5EGUA 3P5OA 5FE0A 4CUSA 4TYLA 2YQDA 1F68A 4A9MA 4NQMA 5CUBA 5HEMA 5E0RA 4QEVA 4BW3A 5FBXA 3ONIA 4LZSA 5H1UA 4J1PA 4PS5A 5HJCA 5EWWA 3LQJA 5FE8A 3O37A 4IOQA 4QSRA 4KV4A 3UVYA 4TU6A 4CUUA 3U5MA 5CRMA 3UW9A 3HMFA 5CP5A 5FE2A 5ACYA 3JVJA 5I86A 4A9NA 5LJ2A 4YABA 5FE4A 5D24A 5KTXA 5D3HA 4YADA 4QB3A 5BT4A 4PKLA 4YYIA 5CRZA 4QR3A 5C7NA 5DKDA 3U5JA 5EU1A 4IR4A 4WIVA 5COIA 3U5PA 5DKCA 5FG5A 4XY8A 4UYFB 5HM0A 5E7DA 4QYLA 2NXBA 5FB1A 5HFQA 5II2A 4YAXA 4PY6A 2RS9B 3FKMX 4PCEA 2RO1A 5CQ3A 5DFCA 4A9FA 5E3GA 4CLBA 3G0LA 5E9IA 5IGKA 4QSWA 3MQMA 5LVQA 5F62A 5I89A 4NS5A 4O76A 4Z93A 2D82A 5FB0A 5CTLA 5LKUA 5LUUA 4LZRA 2MJVB 4CUQA 4O74A 4TU4A 1EQFA 5I7XA 4IR6A 4XUAA 3O34A 5ENEA 4UIZA 3ZYUA 5DFDA 5ENHA 5HQ5A 3S91A 5D3LA 3O35A 4BJXA 2D9EA 3AADA 5F3AA 5DBMA 3DWYA 4NUDA 5EQ1A 4A9OA 3P1DA 4HBXA 5DW2A 4N4GA 5CUCA 5I29A 2OUOA 3LQIA 5DFBA 5DYCA 5HENA 4HXKA 2YW5A 5FE3A 4LZ2A 3K2JA 4O7AA 4NRAA 5D3JA 5J0DA 2KTBB 4O7CA 4QR4A 5I1QA 5HQ6A 5HELA 4QSUA 4NUEA 1JM4B 2LSPB 4WHUA 5AMEA 3P1EA 5FE5A 4UYGA 5D3TA 5BT3A 4O70A 5EPBA 5HLSA 5F36A 5L97A 5CQ6A 3U5NA 4QYDA 5E73A 5D26A 5EISA 5FH8A 5FFWA 1JSPB 5E9VA 2YELA 5LKZA 2E3KA 3MXFA 2F6NA 2RNXA 4XUBA 4NYXA 5CUEA 4GPJA 4QBMA 4YH4A 1X0JA 5E3DA 5FE9A 4FLPA 4NR7A 5E74A 4IR5A 5EI4A 3SVGA 5F1LA 5ENBA 4YY6A 3JVMA 4O77A 3HMEA 4J0SA 5L96A 5I7YA 3U5KA 4HXMA 4HXRA 4ALHA 5F1HA 5G4RA 4OUFA 2E7OA 5CU8A 5FG6A 5CY9A 4XY9A 3G0JA 3JVLA 2WP2A 3LQHA 4QSTA 5C8GA 5I83A 5EVAA 2DATA 3I3JA 4CFKA 4LYSA 4A9LA 4UIYA 4LR6A 2YEMA 3O33A 5I80A 4DONA 5FE7A 4NYWA 4LYWA 5FDZA 3HMHA 4NQNA 4RVRA 5AD3A 4X2IA 2DVQA 4A9KA 4QSQA 5CQ8A 3RCWA 5DYUA 4QUUA 4AKNA 3O36A 4UIVA 3MULA 3MB3A 4YYNA 4TT4A 5D25A 3NXBA 5HQ7A 5FFVA 4J0RA 4J3IA 5C85A 5F60A 5L99A 2F6JA 3IU6A 5FE6A 4TT2A 5CQ4A 5IGNA 5IBNA 4NR9A 4CL9A 4Z6HA 4Q0NA 4LYIA 5A5PA 2WP1A 3Q2FA 4KV1A 4MEOA 5CQ5A 4YY4A 4QSPA 5KO4A 4N4HA 5A5QA 4HBVA 4O7FA 3U5OA 2R0YA 5CUGA 4CUPA 5D3RA 5IG6A 2OSSA 2YDWA 5H85A 5HCLA 4C67A 5KTWA 5EP7A 5EICA 4N4IA 2DVVA 2DWWA 4NXJA 5DY7A 4ALGA 5L8UA 2I8NA 4UIWA 3JVKA 3UVXA 5I40A 5EPRA 3UV4A 4A9EA 5LKXA 5D3NA 4Z1QA 4QR5A 5II1A 5CS8A 5DLZA 5CGPA 4MR4A 4N4FA 4OGIA 4E96A 4O7BA 4QNSA 4IR3A 2N9GA 3UVDA 5DYXA 4O78A 3QZVA 4TZ8A 5DX4A 2I7KA 4YH3A 5CQAA 4YATA 2R0SA 3Q2EA 4C66A 4WHWA 5EWCA 5LVRA 4UYDA 4NRCA 3UV2A 4Q0OA 4HXLA 4O72A 3DAIA 4MR6A 5LJ1A 3UVWA 5C87A 5CUAA 5A5SA 2FSAA 5A81A 4QSSA 5C89A 5D0CA 1N72A 4CUTA 4IOOA 4TTEA 5F61A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3IU5A 3QZSA 4UYFA 3TLPA 2OO1A 5F25A 5A5RA 5A85A 4YBMA 3SVFA 3LJWA 5H1TA 5BT5A 5FG4A 2YEKA 4KCXA 4NUCA 5KTUA 5TB6A 4BHWA 4HXPA 4QSXA 4TZ2A 5ETBA 5EWHA 4AKIA 5DW1A 5L8TA 4PCIA 2EJNA 2YYNA 4YYDA 3P1CA 5CFWA 3VKGA 5FFYA 5ENFA 5AMFA 5DKHA 5A82A 4YYHA 4HXNA 5HRVA 4QEUA 4Z1SA 4NRBA 5EK9A 3GG3A 5TCMA 4YYJA 3D7CA 5ETDA 4Z6IA 4UYHA 2DVSA 4QC3A 4YK0A 4TQNA 2G4AA 2R0VA 5HRXA 2L5EA 4LC2A 4LDFA 5KHMA 4NR4A 4A9IA 4N3WA 2DKWA 4A9HA 4YBSA 5F63A 4PTBA 5EM3A 4MEPA 5A7CA 5FE1A 4YBTA 4CFLA 4BW1A 5JWMA 4A9JA 5I88A 2R10A 4UYEA 5ENCA 4CURA 4LRGA 5IIDA 5ENIA 4TT6A 2E7NA 5CQ7A 5LKTA 5CZGA 5FH7A 4QUTA 4QZSA 4IORA 3MUKA 3AQAA 5DLXA 5F5ZA 4YYMA 5ENJA 4MR3A 5HRWA 5FH6A 4Y03A 5E9LA 5EWDA 4F3IA 4TS8A 4YYKA 5AD2A 5E9MA 3S92A 5H1VA 4HBYA 5CUDA 4ZW1A 4YYGA 4ZC9A 4BW2A 4XYAA 4HXOA 3QZTA 5D7XA 2RFJA 4BW4A 4NR8A 4HXSA 4QC1A 4UIXA 4UITA 5ENGA 5CPEA 5EWVA 5A5OA 1E6IA 4NR5A 4O75A 4YC9A 5CQTA 2L85A 5EPSA 4NYVA 5EA1A 4O71A 4MENA 5F2PA 5DYAA 3LXJA 4QY4A 4UIUA 2RNWA 3UV5A 5D3SA 1ZS5A 4MEQA 5IGMA 5A5NA 5EV9A 2DVRA 5C4QA 2L84A 5D3PA 5JI8A 5G4SA 1WUMA 5K29A 4QEWA 3U5LA 5E9YA 5E9KA 4O7EA 2H60A 5HFRA 5IGLA 4OGJA 4HBWA 2RNYA 3P1FA 3SVHA 3MB4A 1ZKRA 1WUGA 4QSVA 4ZQLA 4NR6A 5LJ0A 5A83A 2GRCA 2RI7A 4MR5A 5KU3A 5L98A 5EGUA 3P5OA 5FE0A 4CUSA 4TYLA 2YQDA 1F68A 4A9MA 4NQMA 5CUBA 5HEMA 5E0RA 4QEVA 4BW3A 5FBXA 3ONIA 4LZSA 5H1UA 4J1PA 4PS5A 5HJCA 5EWWA 3LQJA 5FE8A 3O37A 4IOQA 4QSRA 4KV4A 3UVYA 4TU6A 4CUUA 3U5MA 5CRMA 3UW9A 3HMFA 5CP5A 5FE2A 5ACYA 3JVJA 5I86A 4A9NA 5LJ2A 4YABA 5FE4A 5D24A 4AI6A 5KTXA 5D3HA 4YADA 4QB3A 5BT4A 4PKLA 4YYIA 5CRZA 4QR3A 5C7NA 5DKDA 3U5JA 5EU1A 4IR4A 4WIVA 5COIA 3U5PA 5DKCA 5FG5A 4XY8A 4UYFB 5HM0A 3D1DA 5E7DA 4QYLA 2NXBA 5FB1A 5HFQA 5II2A 4YAXA 4PY6A 2RS9B 3FKMX 4PCEA 2RO1A 5CQ3A 5DFCA 4A9FA 5E3GA 4CLBA 3G0LA 5E9IA 5IGKA 4QSWA 3MQMA 5LVQA 1PUOA 3D1BA 5F62A 5I89A 4NS5A 4O76A 4Z93A 2D82A 5FB0A 5CTLA 5LKUA 5LUUA 4LZRA 2MJVB 4CUQA 4O74A 4TU4A 1EQFA 5I7XA 4IR6A 4XUAA 3O34A 5ENEA 4UIZA 3ERRA 3ZYUA 5DFDA 5ENHA 5HQ5A 3S91A 5D3LA 3O35A 4BJXA 2D9EA 3AADA 5F3AA 5DBMA 3DWYA 4NUDA 5EQ1A 4A9OA 3P1DA 4HBXA 5DW2A 4N4GA 5CUCA 5I29A 2OUOA 3LQIA 5DFBA 5DYCA 5HENA 4HXKA 2YW5A 5FE3A 4LZ2A 3K2JA 4O7AA 4NRAA 5D3JA 5J0DA 2KTBB 4O7CA 4QR4A 5I1QA 5HQ6A 5HELA 4QSUA 4NUEA 1JM4B 2LSPB 4WHUA 5AMEA 3P1EA 5FE5A 4UYGA 5D3TA 5BT3A 4O70A 5EPBA 5HLSA 5F36A 5L97A 5CQ6A 3U5NA 4QYDA 5E73A 5D26A 5EISA 5FH8A 5FFWA 1JSPB 5E9VA 2YELA 5LKZA 2E3KA 3MXFA 2F6NA 2RNXA 4XUBA 4NYXA 5CUEA 4GPJA 4QBMA 4YH4A 1X0JA 5E3DA 5FE9A 4FLPA 4NR7A 5E74A 4IR5A 5EI4A 3SVGA 5F1LA 5ENBA 4YY6A 3JVMA 4O77A 3HMEA 4J0SA 5L96A 5I7YA 3U5KA 4HXMA 4HXRA 4ALHA 5F1HA 5G4RA 4OUFA 2E7OA 5CU8A 3VKHA 5FG6A 5CY9A 4XY9A 3G0JA 3JVLA 2WP2A 3LQHA 4QSTA 5C8GA 5I83A 5EVAA 2DATA 3I3JA 4CFKA 4LYSA 4A9LA 4UIYA 4LR6A 2YEMA 3O33A 5I80A 4DONA 5FE7A 4NYWA 4LYWA 5FDZA 3HMHA 4NQNA 4RVRA 5AD3A 4X2IA 2DVQA 4A9KA 4QSQA 5CQ8A 3RCWA 5DYUA 4QUUA 4AKNA 3O36A 4UIVA 3MULA 3MB3A 4YYNA 4TT4A 5D25A 3NXBA 5HQ7A 5FFVA 4J0RA 4J3IA 5C85A 5F60A 5L99A 2F6JA 3IU6A 5FE6A 4TT2A 5CQ4A 5IGNA 5IBNA 4NR9A 4CL9A 4Z6HA 4Q0NA 4LYIA 5A5PA 2WP1A 3Q2FA 4KV1A 4MEOA 5CQ5A 4YY4A 4QSPA 5KO4A 4N4HA 5A5QA 4HBVA 4O7FA 3U5OA 2R0YA 5CUGA 4CUPA 5D3RA 5IG6A 2OSSA 2YDWA 5H85A 5HCLA 4AKHA 4C67A 5KTWA 5EP7A 5EICA 4N4IA 2DVVA 2DWWA 4NXJA 5DY7A 4ALGA 5L8UA 2I8NA 4UIWA 3JVKA 3UVXA 5I40A 5EPRA 3UV4A 4A9EA 5LKXA 5D3NA 4Z1QA 4QR5A 5II1A 5CS8A 5DLZA 5CGPA 4MR4A 4N4FA 4OGIA 4E96A 4O7BA 4QNSA 4IR3A 2N9GA 3UVDA 5DYXA 4O78A 3QZVA 4TZ8A 5DX4A 2I7KA 4YH3A 5CQAA 4YATA 2R0SA 3Q2EA 4C66A 4WHWA 5EWCA 5LVRA 4UYDA 4NRCA 3UV2A 4Q0OA 4AKGA 4HXLA 4O72A 3DAIA 4MR6A 5LJ1A 3UVWA 5C87A 5CUAA 5A5SA 2FSAA 5A81A 4QSSA 5C89A 5D0CA 1N72A 4CUTA 4IOOA 4TTEA 5F61A
chains in the Genus database with same CATH topology
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