5LJ2A

N-terminal bromodomain of human brd4 with 5-(5-aminopyridin-3-yl)-8-(((3r,4r)-3-((1,1-dioxidotetrahydro-2h-thiopyran-4-yl)methoxy)piperidin-4-yl)amino)-3-methyl-1,7-naphthyridin-2(1h)-one
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title A Chemical Probe for the ATAD2 Bromodomain.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription
total genus 44
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-07-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5lj2A01
4Z6IA 2F6NA 4LR6A 4Z1QA 4NR8A 5FE4A 2RI7A 5F63A 4TU6A 2RNYA 5E9VA 4IR3A 4QR4A 4MEOA 4TT6A 4QSRA 4J1PA 2D82A 4TU4A 5ENBA 4QSXA 5H1UA 1E6IA 4Z6HA 4AKNA 1N72A 4GPJA 2L84A 5I80A 4QYLA 5EGUA 5EP7A 4TS8A 5EM3A 1F68A 4IORA 4CURA 3MB4A 2YEMA 5EU1A 3AQAA 4TT2A 5FFVA 4MEPA 4XUAA 5LUUA 5A83A 5IIDA 4UYFA 4YAXA 2L5EA 5HLSA 4PY6A 4CFKA 3S91A 4A9HA 4O75A 5F3AA 5F25A 3SVFA 1JM4B 5K29A 4YYDA 4YYIA 5ACYA 4IR6A 4O74A 4QR5A 5A5QA 5D7XA 5F1HA 4A9IA 2G4AA 2DVSA 5DYXA 5HRXA 2WP1A 3UW9A 4LZRA 5KTWA 4HXOA 5CTLA 3JVKA 3JVMA 5A5OA 4J0RA 4O7AA 4UIXA 4ALGA 5LVRA 4NYWA 4NR9A 2E7OA 5E9IA 5LKZA 5C8GA 4HXSA 5DFCA 3U5PA 5D24A 3G0LA 2E7NA 4YYMA 5E9MA 4O7FA 5I29A 5HJCA 5ENCA 5IG6A 4LYSA 3HMEA 4QC3A 5EWDA 1EQFA 4PCEA 5LKXA 4QEUA 4QEWA 4O77A 4WIVA 3JVJA 3O36A 4O7BA 5DX4A 4A9JA 5FE9A 4MR6A 3U5JA 4YH4A 5DFBA 4HBYA 3U5MA 5HFQA 4FLPA 5D0CA 5JI8A 5H1TA 4BJXA 5D3PA 5E3DA 4NR6A 3TLPA 4MR4A 4UYEA 5ENFA 4OGJA 5FE5A 5H85A 5EI4A 3DWYA 4A9LA 4QSSA 5DKHA 2OSSA 3MQMA 4YY6A 5LJ2A 3U5OA 5F62A 4CFLA 3SVHA 4A9OA 5FG5A 5BT3A 5I7YA 2I7KA 4YATA 5A5SA 4CUPA 4QY4A 4MENA 4NUDA 4QB3A 4LYIA 5HEMA 4MR5A 4KV4A 5AMFA 4HXPA 4IR5A 5CUCA 5I89A 4XYAA 4TZ8A 4LRGA 4UYGA 3P1EA 4O72A 5F5ZA 4DONA 4CUTA 4A9EA 2RFJA 2YW5A 2NXBA 4YABA 3MUKA 3U5NA 5CUGA 4YYJA 4TT4A 1ZS5A 3MXFA 4BW2A 4QBMA 5FG6A 4Z93A 2E3KA 4NR5A 5C4QA 5D3NA 3MB3A 5CUBA 5F2PA 5E9LA 2YYNA 2DVRA 4HBXA 4CUUA 5CFWA 3IU5A 2D9EA 5D3JA 5HELA 5HCLA 3UV2A 5CQ6A 2RS9B 2FSAA 2KTBB 5L96A 5CS8A 4Y03A 4HBVA 4YC9A 3K2JA 2R0SA 2R10A 2DVQA 4IOQA 5FE7A 5EWVA 2DKWA 2RNWA 5L97A 5HRWA 2YELA 5L8UA 4WHWA 4ZC9A 5I88A 3LQIA 4NQNA 5EK9A 5A7CA 5D3SA 5CUEA 5FG4A 5FH8A 5IGMA 5II1A 5HFRA 2LSPB 3ONIA 4TQNA 5AD3A 3O35A 4CUQA 4QSPA 3S92A 4RVRA 4ZQLA 5CZGA 3QZTA 5ENHA 5FE0A 5DKDA 3FKMX 3IU6A 3O37A 5FB1A 4O70A 4BHWA 5CQ7A 3G0JA 2R0VA 4OGIA 5DW1A 5DW2A 4CL9A 5FDZA 5KTXA 4YK0A 5IGKA 5F61A 4MEQA 2I8NA 3DAIA 4NXJA 4NRCA 5I1QA 3ZYUA 4C67A 2OO1A 4QYDA 3UV5A 2WP2A 5A82A 5H1VA 4E96A 5AD2A 4TYLA 4A9FA 4YBSA 1JSPB 4O7EA 5HENA 3O33A 5CY9A 4LZSA 4UITA 4J0SA 4N4IA 3SVGA 5E9KA 4QC1A 3P5OA 2DATA 4NYVA 2N9GA 5KHMA 3LQHA 5CUDA 5F1LA 4O78A 3QZSA 2OUOA 5DFDA 5EPRA 3I3JA 3MULA 5EWCA 5FE3A 5DY7A 4F3IA 4QSUA 4UIYA 4QSWA 5DBMA 5E74A 5F60A 4O76A 4QR3A 5DLXA 3UVYA 4KV1A 5D3TA 3U5LA 5CUAA 5E73A 4Z1SA 4YH3A 3AADA 4LDFA 4HBWA 5A81A 4QSQA 5CQ5A 5I83A 4NRBA 5DYAA 3P1DA 5EA1A 3NXBA 4HXLA 4QZSA 4PCIA 5CQ8A 5E0RA 5D3RA 4HXRA 3Q2EA 5L8TA 2MJVB 4TZ2A 4O7CA 4YYGA 5DKCA 5LJ0A 5CQTA 2YEKA 5ENJA 5J0DA 5CU8A 2RNXA 5ETBA 4NUEA 4PKLA 5CPEA 4XY9A 5L99A 5AMEA 3P1FA 5HRVA 5D25A 4YYKA 4N4HA 4X2IA 5C89A 5BT4A 4J3IA 5FH7A 4LZ2A 4HXMA 5EWHA 5DYCA 5CRMA 4BW1A 5CQ4A 5EWWA 4CLBA 3P1CA 5KTUA 5CQ3A 4KCXA 5CP5A 5LJ1A 1WUMA 3RCWA 3QZVA 3GG3A 4QEVA 4NS5A 5EICA 4QSTA 5IBNA 2R0YA 2F6JA 5TCMA 5EV9A 4IOOA 4YBTA 5FE6A 4LC2A 3LJWA 4NYXA 4A9NA 3HMHA 3HMFA 3JVLA 4QSVA 4MR3A 5E7DA 5FE8A 4YBMA 4NR7A 2DVVA 5CGPA 4UIUA 4WHUA 5FE1A 4ALHA 4PTBA 4QUTA 3UV4A 4UIZA 5L98A 3LQJA 5II2A 5KU3A 4YYHA 5A85A 4XY8A 3O34A 5HQ5A 5D3HA 2YDWA 2GRCA 4UIVA 5LKUA 4C66A 4QUUA 4N4FA 4HXNA 3LXJA 3U5KA 4YADA 5A5NA 4BW4A 5HM0A 4PS5A 5LKTA 2H60A 5E9YA 4A9KA 5C7NA 5FFWA 5COIA 5FH6A 4YYNA 5EPSA 4CUSA 4UYHA 5FFYA 5C85A 4N4GA 5EVAA 3UVXA 5ENGA 5G4RA 5A5RA 5I40A 4O71A 5BT5A 4IR4A 4A9MA 5FB0A 5JWMA 4LYWA 5G4SA 5FBXA 5CQAA 2DWWA 4N3WA 2RO1A 5A5PA 5F36A 5ENEA 2L85A 5IGNA 4NR4A 4OUFA 5DYUA 5TB6A 5LVQA 5I7XA 4NQMA 5HQ7A 5EPBA 5EISA 3UVWA 4ZW1A 4QNSA 5IGLA 5I86A 4TTEA 1X0JA 5C87A 5KO4A 4NRAA 5D3LA 5DLZA 4XUBA 4BW3A 5E3GA 1WUGA 5CRZA 3D7CA 4Q0NA 4Q0OA 5HQ6A 5ETDA 4UIWA 4NUCA 5FE2A 5D26A 4HXKA 4UYFB 5ENIA 5EQ1A 4UYDA 2YQDA 3Q2FA 4YY4A 3UVDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4Z6IA 2F6NA 4LR6A 4Z1QA 4NR8A 5FE4A 2RI7A 5F63A 4TU6A 2RNYA 5E9VA 4IR3A 4QR4A 4MEOA 4TT6A 4QSRA 4J1PA 2D82A 4TU4A 5ENBA 4QSXA 5H1UA 1E6IA 4Z6HA 4AKNA 1N72A 4GPJA 2L84A 5I80A 4QYLA 5EGUA 5EP7A 4TS8A 5EM3A 1F68A 4IORA 4CURA 3MB4A 2YEMA 5EU1A 3AQAA 4TT2A 5FFVA 4MEPA 4XUAA 5LUUA 5A83A 5IIDA 4UYFA 4YAXA 2L5EA 5HLSA 4PY6A 4CFKA 3S91A 4A9HA 4O75A 5F3AA 5F25A 3SVFA 1JM4B 5K29A 4YYDA 4YYIA 5ACYA 4IR6A 4O74A 4QR5A 5A5QA 5D7XA 5F1HA 4A9IA 2G4AA 2DVSA 5DYXA 5HRXA 2WP1A 3UW9A 4LZRA 5KTWA 4HXOA 5CTLA 3JVKA 3JVMA 4AKHA 5A5OA 4J0RA 4O7AA 4UIXA 4ALGA 5LVRA 4NYWA 4NR9A 2E7OA 5E9IA 5LKZA 5C8GA 4HXSA 5DFCA 3U5PA 5D24A 3G0LA 1PUOA 2E7NA 4YYMA 5E9MA 4O7FA 5I29A 5HJCA 5ENCA 5IG6A 4LYSA 3HMEA 4QC3A 5EWDA 1EQFA 4PCEA 5LKXA 4QEUA 4QEWA 4O77A 4WIVA 3JVJA 3O36A 4O7BA 5DX4A 4A9JA 5FE9A 4MR6A 3U5JA 4YH4A 5DFBA 4HBYA 3U5MA 5HFQA 4FLPA 5D0CA 5JI8A 5H1TA 3D1BA 4BJXA 5D3PA 5E3DA 4NR6A 3TLPA 4MR4A 4UYEA 5ENFA 4OGJA 5FE5A 5H85A 5EI4A 3DWYA 4A9LA 4QSSA 5DKHA 2OSSA 3MQMA 4YY6A 5LJ2A 3U5OA 5F62A 4CFLA 3SVHA 4A9OA 5FG5A 5BT3A 5I7YA 2I7KA 4YATA 5A5SA 4CUPA 4QY4A 4MENA 4NUDA 4QB3A 4LYIA 5HEMA 4MR5A 4KV4A 5AMFA 4HXPA 4IR5A 5CUCA 5I89A 4XYAA 4TZ8A 4LRGA 4UYGA 3P1EA 4O72A 5F5ZA 4DONA 4CUTA 4A9EA 2RFJA 2YW5A 2NXBA 4YABA 3MUKA 3U5NA 3VKHA 5CUGA 4YYJA 4TT4A 1ZS5A 3MXFA 4BW2A 4QBMA 5FG6A 4Z93A 3VKGA 2E3KA 4NR5A 5C4QA 5D3NA 3MB3A 5CUBA 5F2PA 5E9LA 2YYNA 2DVRA 4HBXA 4CUUA 5CFWA 3IU5A 2D9EA 5D3JA 5HELA 5HCLA 3UV2A 5CQ6A 2RS9B 2FSAA 2KTBB 5L96A 5CS8A 4Y03A 4HBVA 4YC9A 3K2JA 2R0SA 2R10A 2DVQA 4IOQA 5FE7A 5EWVA 2DKWA 2RNWA 5L97A 5HRWA 2YELA 5L8UA 4AI6A 4WHWA 4ZC9A 5I88A 3LQIA 4NQNA 5EK9A 5A7CA 5D3SA 5CUEA 5FG4A 3ERRA 5FH8A 5IGMA 5II1A 5HFRA 2LSPB 3D1DA 3ONIA 4TQNA 5AD3A 3O35A 4CUQA 4QSPA 3S92A 4RVRA 4ZQLA 5CZGA 3QZTA 5ENHA 5FE0A 5DKDA 3FKMX 3IU6A 3O37A 5FB1A 4O70A 1ZKRA 4BHWA 5CQ7A 3G0JA 2R0VA 4OGIA 5DW1A 5DW2A 4CL9A 5FDZA 5KTXA 4YK0A 5IGKA 5F61A 4MEQA 2I8NA 3DAIA 4NXJA 4NRCA 5I1QA 3ZYUA 4C67A 2OO1A 4QYDA 3UV5A 2WP2A 5A82A 5H1VA 4E96A 5AD2A 4TYLA 4A9FA 4YBSA 1JSPB 4O7EA 5HENA 3O33A 5CY9A 4LZSA 4UITA 4J0SA 4N4IA 3SVGA 5E9KA 4QC1A 3P5OA 2DATA 4NYVA 2N9GA 5KHMA 3LQHA 5CUDA 5F1LA 4O78A 3QZSA 2OUOA 5DFDA 5EPRA 3I3JA 3MULA 5EWCA 5FE3A 5DY7A 4F3IA 4QSUA 4UIYA 4QSWA 5DBMA 5E74A 5F60A 4AKIA 4O76A 4QR3A 5DLXA 3UVYA 4KV1A 5D3TA 3U5LA 5CUAA 5E73A 4Z1SA 4YH3A 3AADA 4LDFA 4HBWA 5A81A 4QSQA 5CQ5A 5I83A 4NRBA 5DYAA 3P1DA 5EA1A 3NXBA 4HXLA 4QZSA 4PCIA 5CQ8A 5E0RA 5D3RA 4HXRA 3Q2EA 5L8TA 2MJVB 4TZ2A 4O7CA 4YYGA 5DKCA 5LJ0A 5CQTA 2YEKA 5ENJA 5J0DA 5CU8A 2RNXA 5ETBA 4NUEA 4PKLA 5CPEA 4XY9A 5L99A 5AMEA 3P1FA 5HRVA 5D25A 4YYKA 4N4HA 4X2IA 5C89A 5BT4A 4J3IA 5FH7A 4LZ2A 4HXMA 5EWHA 5DYCA 5CRMA 4BW1A 5CQ4A 5EWWA 4CLBA 3P1CA 5KTUA 5CQ3A 4KCXA 5CP5A 5LJ1A 1WUMA 3RCWA 3QZVA 3GG3A 4QEVA 4NS5A 5EICA 4QSTA 5IBNA 2R0YA 2F6JA 5TCMA 5EV9A 4IOOA 4YBTA 5FE6A 4LC2A 3LJWA 4NYXA 4A9NA 3HMHA 3HMFA 3JVLA 4QSVA 4MR3A 5E7DA 5FE8A 4YBMA 4NR7A 2DVVA 5CGPA 4UIUA 4WHUA 5FE1A 4ALHA 4PTBA 4QUTA 3UV4A 4UIZA 5L98A 3LQJA 5II2A 5KU3A 4YYHA 5A85A 4XY8A 2EJNA 3O34A 5HQ5A 5D3HA 2YDWA 2GRCA 4UIVA 5LKUA 4C66A 4QUUA 4N4FA 4HXNA 4AKGA 3LXJA 3U5KA 4YADA 5A5NA 4BW4A 5HM0A 4PS5A 5LKTA 2H60A 5E9YA 4A9KA 5C7NA 5FFWA 5COIA 5FH6A 4YYNA 5EPSA 4CUSA 4UYHA 5FFYA 5C85A 4N4GA 5EVAA 3UVXA 5ENGA 5G4RA 5A5RA 5I40A 4O71A 5BT5A 4IR4A 4A9MA 5FB0A 5JWMA 4LYWA 5G4SA 5FBXA 5CQAA 2DWWA 4N3WA 2RO1A 5A5PA 5F36A 5ENEA 2L85A 5IGNA 4NR4A 4OUFA 5DYUA 5TB6A 5LVQA 5I7XA 4NQMA 5HQ7A 5EPBA 5EISA 3UVWA 4ZW1A 4QNSA 5IGLA 5I86A 4TTEA 1X0JA 5C87A 5KO4A 4NRAA 5D3LA 5DLZA 4XUBA 4BW3A 5E3GA 1WUGA 5CRZA 3D7CA 4Q0NA 4Q0OA 5HQ6A 5ETDA 4UIWA 4NUCA 5FE2A 5D26A 4HXKA 4UYFB 5ENIA 5EQ1A 4UYDA 2YQDA 3Q2FA 4YY4A 3UVDA
chains in the Genus database with same CATH topology
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