5D26A

First bromodomain of brd4 bound to inhibitor xd28
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title 4-Acyl Pyrrole Derivatives Yield Novel Vectors for Designing Inhibitors of the Acetyl-Lysine Recognition Site of BRD4(1).
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription
total genus 43
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-08-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5d26A01
5II2A 5CUEA 4YYGA 5HCLA 4QBMA 3QZVA 5I7XA 5E3GA 4LYSA 2DVVA 4PKLA 5D3TA 5FE3A 4CL9A 1JM4B 5A82A 4IR6A 5CQ8A 4O77A 4YC9A 5HJCA 4LR6A 3U5KA 2MJVB 3O34A 5F1HA 4A9OA 4YH4A 5D3JA 5F63A 5BT4A 5DKDA 4IOQA 3FKMX 5IG6A 4NQMA 4YYKA 5FG6A 3LXJA 4O78A 4HBWA 4BW3A 4A9MA 3G0LA 3SVHA 5DYCA 5E73A 3Q2FA 5DBMA 5EP7A 4UYEA 4CURA 4BJXA 5L8UA 4CFLA 3U5JA 4QUTA 5LKXA 2RS9B 4UIWA 5F62A 5HRVA 4NRCA 4YAXA 3UV4A 4NUDA 5LUUA 2YQDA 2RI7A 4MEPA 4NR5A 4QSQA 5EQ1A 4IR3A 3ONIA 4UIVA 4N4HA 5II1A 5I89A 4A9KA 5A5QA 4NR9A 4QSWA 2FSAA 5EWDA 5E7DA 4OGIA 5CQAA 5TCMA 4A9LA 4A9HA 4NRAA 4QSSA 5EWCA 1WUGA 4QYLA 2R0VA 5C8GA 4TZ8A 4IOOA 3SVFA 2DATA 3U5LA 5ENBA 5I40A 5D24A 3U5NA 2F6NA 5HELA 4A9JA 4UIXA 4PY6A 5F3AA 3UVYA 5EPSA 2I7KA 5EWWA 5FB0A 2OUOA 3DWYA 5L98A 4YY6A 3MQMA 5D3SA 5F2PA 4A9IA 5KTXA 2RFJA 4J1PA 5COIA 5CU8A 2RO1A 3NXBA 5CUAA 4AKNA 4BW2A 2NXBA 4LYIA 5DKHA 4BHWA 5A85A 2G4AA 5HQ5A 5FE2A 1EQFA 5I86A 4QEUA 5CQ5A 5D3RA 4PS5A 4QSPA 5DFBA 5I88A 1N72A 2DKWA 2YYNA 5ENCA 4WHUA 4LYWA 3UVXA 3U5MA 4BW1A 3P1CA 4QR3A 5HRWA 5D0CA 4TT2A 4YABA 2N9GA 5HEMA 4YYDA 5FG5A 4LZRA 4O70A 4NUEA 5EI4A 4LC2A 5C7NA 4RVRA 2L84A 4QZSA 5CUGA 5G4SA 5J0DA 4YK0A 4O74A 2L85A 5H1UA 3AQAA 4N3WA 3SVGA 5HENA 5IBNA 4QY4A 5D25A 4Z6IA 5D3LA 4QSRA 4C66A 5ENIA 5LJ0A 3JVMA 3P1EA 5E9IA 4OUFA 5CRZA 5I7YA 4YBTA 5DFDA 5IGKA 5JI8A 4CFKA 4XY8A 3QZTA 3S91A 4YYJA 5CZGA 5FE9A 5EV9A 5ETBA 4Z1SA 4IR4A 4TQNA 4YATA 4MR3A 3RCWA 5LVRA 5E9VA 5FFVA 3MUKA 5F1LA 5E9KA 5IGLA 5H1TA 5H1VA 5DLXA 5E3DA 2D82A 4NRBA 2R0SA 4NR8A 4TU6A 5FE7A 5FG4A 4A9NA 4HXKA 5CY9A 5L97A 4WHWA 4MR6A 4UYDA 4TT6A 3I3JA 4MR5A 3P1DA 1WUMA 5A81A 5CFWA 5FFYA 2DVRA 4CLBA 4QB3A 5F25A 5CQ3A 2YW5A 5LKTA 5LJ1A 5L8TA 4QR4A 5CUDA 5AMEA 4IR5A 4ZQLA 3LJWA 4YADA 4N4IA 4QSVA 2DWWA 4FLPA 4UYFB 5JWMA 5A7CA 5EICA 3HMHA 4QUUA 4YH3A 4QC1A 5C4QA 4NR6A 4LDFA 3MB3A 4QR5A 5LKZA 5K29A 4HXMA 4BW4A 4HXOA 4QYDA 4HBXA 5ENJA 5FB1A 2D9EA 3UVDA 4MEOA 4XYAA 5ENHA 4QEVA 1E6IA 4UIUA 3JVJA 4PCIA 2GRCA 5E9MA 4YBMA 3O33A 4Z6HA 4YYNA 3K2JA 4NXJA 5I1QA 5IGMA 5EK9A 2WP1A 3IU5A 4TYLA 2E7NA 4YYMA 4HXRA 5F61A 5DX4A 2OSSA 2OO1A 4J0RA 5DW1A 5E0RA 4O75A 3G0JA 2KTBB 2YEMA 4O71A 4J3IA 4WIVA 4Z93A 5E74A 5F36A 5DY7A 5LVQA 5ETDA 4A9EA 5DYUA 5ACYA 2LSPB 4HBYA 5D3HA 5BT3A 5LJ2A 3HMEA 4ZW1A 4A9FA 5I29A 4E96A 3ZYUA 2R0YA 5CQTA 4PCEA 5FH8A 4O76A 4O7FA 5EU1A 4CUUA 2YDWA 5DKCA 3JVLA 5D26A 5EWVA 4DONA 2DVQA 3O35A 4UITA 4F3IA 3UV5A 3MB4A 4QEWA 3Q2EA 4UIZA 3JVKA 1F68A 4XY9A 4C67A 5E9YA 3LQIA 3UVWA 4YY4A 3U5PA 5BT5A 2DVSA 4HXPA 5A5NA 3HMFA 4CUQA 3D7CA 4ALGA 4NR4A 5D7XA 3UV2A 4TTEA 4QSXA 1JSPB 5HM0A 4NS5A 3AADA 5EA1A 5IGNA 4QSUA 2RNXA 4HXSA 5HQ7A 3IU6A 5G4RA 4CUTA 5AD3A 3P5OA 4MENA 5I80A 2I8NA 4UYGA 5CQ7A 4TS8A 5D3NA 5CUBA 5F5ZA 5DYAA 4O72A 1X0JA 5CPEA 4YYHA 1ZS5A 4X2IA 5ENFA 5C89A 2E3KA 2YEKA 4YBSA 3LQHA 4CUSA 5AD2A 2WP2A 5EM3A 3MULA 5A83A 5A5PA 2F6JA 4HXNA 5HQ6A 2E7OA 4MR4A 2RNYA 3LQJA 3P1FA 5HRXA 4TT4A 5L99A 5FE5A 5FH7A 3U5OA 4OGJA 5EVAA 5AMFA 2R10A 5EGUA 5FH6A 2RNWA 4O7AA 5HFQA 4O7EA 5KHMA 5DW2A 5EPBA 4NYVA 5D3PA 5I83A 4NUCA 5FE4A 5FE0A 4ZC9A 3O37A 5A5SA 4N4GA 5CQ4A 4QC3A 4LRGA 5L96A 5FE8A 4NYXA 5E9LA 2YELA 4UYFA 5FE1A 5A5RA 5FE6A 4N4FA 4MEQA 5A5OA 5CGPA 5CP5A 5IIDA 5KO4A 4J0SA 5ENGA 4KV1A 5CS8A 3S92A 5EPRA 3GG3A 5FDZA 5CRMA 5DLZA 3DAIA 3O36A 4UYHA 4XUBA 4IORA 4O7BA 5DYXA 4Z1QA 4CUPA 4KCXA 4HBVA 4NR7A 4QNSA 4TU4A 4Y03A 5TB6A 4Q0OA 4KV4A 4GPJA 4TZ2A 5EWHA 5FBXA 5CUCA 4QSTA 4PTBA 4Q0NA 5C87A 5KTUA 4YYIA 3TLPA 2H60A 5EISA 5C85A 5HFRA 5DFCA 5HLSA 2L5EA 5FFWA 5CTLA 4NQNA 4HXLA 5KU3A 4NYWA 5LKUA 3MXFA 5ENEA 3UW9A 5CQ6A 4ALHA 5KTWA 3QZSA 4O7CA 4LZ2A 5H85A 5F60A 4UIYA 4XUAA 4LZSA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1ZKRA 5II2A 5CUEA 4YYGA 5HCLA 3D1BA 4QBMA 3QZVA 5I7XA 5E3GA 4LYSA 2DVVA 4PKLA 5D3TA 5FE3A 4CL9A 1JM4B 5A82A 4IR6A 5CQ8A 4O77A 4YC9A 5HJCA 4LR6A 3U5KA 2MJVB 3O34A 5F1HA 4A9OA 4YH4A 5D3JA 5F63A 5BT4A 5DKDA 4IOQA 3FKMX 4AKIA 5IG6A 4NQMA 4YYKA 5FG6A 3LXJA 4O78A 4HBWA 4BW3A 4A9MA 3G0LA 3SVHA 5DYCA 5E73A 3Q2FA 5DBMA 5EP7A 4UYEA 4CURA 4BJXA 5L8UA 4CFLA 3U5JA 4QUTA 5LKXA 2RS9B 4UIWA 5F62A 5HRVA 4NRCA 4YAXA 3UV4A 3VKHA 4NUDA 5LUUA 2YQDA 2RI7A 4MEPA 4NR5A 4QSQA 5EQ1A 4IR3A 3ONIA 4UIVA 4N4HA 5II1A 5I89A 4A9KA 5A5QA 4NR9A 4QSWA 2FSAA 5EWDA 5E7DA 4OGIA 5CQAA 5TCMA 4A9LA 1PUOA 4A9HA 4NRAA 4QSSA 5EWCA 1WUGA 4QYLA 2R0VA 5C8GA 4TZ8A 4IOOA 3SVFA 2DATA 3U5LA 5ENBA 5I40A 5D24A 3U5NA 2F6NA 5HELA 4A9JA 4UIXA 4PY6A 5F3AA 3UVYA 5EPSA 2I7KA 5EWWA 5FB0A 2OUOA 3DWYA 5L98A 4YY6A 3MQMA 5D3SA 5F2PA 4A9IA 5KTXA 2RFJA 4J1PA 5COIA 5CU8A 2RO1A 3NXBA 5CUAA 4AKNA 4BW2A 2NXBA 4LYIA 5DKHA 4BHWA 5A85A 2G4AA 5HQ5A 5FE2A 1EQFA 5I86A 4QEUA 5CQ5A 5D3RA 4PS5A 4QSPA 5DFBA 5I88A 1N72A 2DKWA 2YYNA 5ENCA 4WHUA 4LYWA 3UVXA 3U5MA 4BW1A 3P1CA 4QR3A 5HRWA 5D0CA 2EJNA 4TT2A 3ERRA 4YABA 2N9GA 5HEMA 4YYDA 5FG5A 4LZRA 4O70A 4NUEA 5EI4A 4LC2A 5C7NA 4RVRA 2L84A 4QZSA 5CUGA 5G4SA 5J0DA 4YK0A 4O74A 2L85A 5H1UA 3AQAA 4N3WA 3SVGA 5HENA 5IBNA 4QY4A 5D25A 4Z6IA 5D3LA 4QSRA 4C66A 5ENIA 5LJ0A 3JVMA 3P1EA 5E9IA 4OUFA 5CRZA 5I7YA 4YBTA 5DFDA 5IGKA 5JI8A 4CFKA 4XY8A 3QZTA 3S91A 4YYJA 5CZGA 5FE9A 5EV9A 5ETBA 4Z1SA 4IR4A 4TQNA 4YATA 4MR3A 3RCWA 5LVRA 5E9VA 5FFVA 3MUKA 5F1LA 5E9KA 5IGLA 5H1TA 5H1VA 5DLXA 3D1DA 5E3DA 2D82A 4NRBA 2R0SA 4NR8A 4TU6A 5FE7A 5FG4A 4A9NA 4HXKA 5CY9A 5L97A 4WHWA 4MR6A 4UYDA 4TT6A 3I3JA 4MR5A 3P1DA 1WUMA 5A81A 4AI6A 5CFWA 5FFYA 2DVRA 4CLBA 4QB3A 5F25A 4AKGA 5CQ3A 2YW5A 5LKTA 5LJ1A 5L8TA 4QR4A 5CUDA 5AMEA 4IR5A 4ZQLA 3LJWA 4YADA 4N4IA 4QSVA 2DWWA 4FLPA 4UYFB 5JWMA 5A7CA 5EICA 3HMHA 4QUUA 4YH3A 4QC1A 5C4QA 4NR6A 4LDFA 3MB3A 4QR5A 5LKZA 5K29A 4HXMA 4BW4A 4HXOA 4QYDA 4HBXA 5ENJA 5FB1A 2D9EA 3UVDA 4MEOA 4XYAA 5ENHA 4QEVA 1E6IA 4UIUA 3JVJA 4AKHA 4PCIA 2GRCA 5E9MA 4YBMA 3O33A 4Z6HA 4YYNA 3K2JA 4NXJA 5I1QA 5IGMA 5EK9A 2WP1A 3IU5A 4TYLA 2E7NA 4YYMA 4HXRA 5F61A 5DX4A 2OSSA 2OO1A 4J0RA 5DW1A 5E0RA 4O75A 3G0JA 2KTBB 2YEMA 4O71A 4J3IA 4WIVA 4Z93A 5E74A 5F36A 5DY7A 5LVQA 5ETDA 4A9EA 5DYUA 3VKGA 5ACYA 2LSPB 4HBYA 5D3HA 5BT3A 5LJ2A 3HMEA 4ZW1A 4A9FA 5I29A 4E96A 3ZYUA 2R0YA 5CQTA 4PCEA 5FH8A 4O76A 4O7FA 5EU1A 4CUUA 2YDWA 5DKCA 3JVLA 5D26A 5EWVA 4DONA 2DVQA 3O35A 4UITA 4F3IA 3UV5A 3MB4A 4QEWA 3Q2EA 4UIZA 3JVKA 1F68A 4XY9A 4C67A 5E9YA 3LQIA 3UVWA 4YY4A 3U5PA 5BT5A 2DVSA 4HXPA 5A5NA 3HMFA 4CUQA 3D7CA 4ALGA 4NR4A 5D7XA 3UV2A 4TTEA 4QSXA 1JSPB 5HM0A 4NS5A 3AADA 5EA1A 5IGNA 4QSUA 2RNXA 4HXSA 5HQ7A 3IU6A 5G4RA 4CUTA 5AD3A 3P5OA 4MENA 5I80A 2I8NA 4UYGA 5CQ7A 4TS8A 5D3NA 5CUBA 5F5ZA 5DYAA 4O72A 1X0JA 5CPEA 4YYHA 1ZS5A 4X2IA 5ENFA 5C89A 2E3KA 2YEKA 4YBSA 3LQHA 4CUSA 5AD2A 2WP2A 5EM3A 3MULA 5A83A 5A5PA 2F6JA 4HXNA 5HQ6A 2E7OA 4MR4A 2RNYA 3LQJA 3P1FA 5HRXA 4TT4A 5L99A 5FE5A 5FH7A 3U5OA 4OGJA 5EVAA 5AMFA 2R10A 5EGUA 5FH6A 2RNWA 4O7AA 5HFQA 4O7EA 5KHMA 5DW2A 5EPBA 4NYVA 5D3PA 5I83A 4NUCA 5FE4A 5FE0A 4ZC9A 3O37A 5A5SA 4N4GA 5CQ4A 4QC3A 4LRGA 5L96A 5FE8A 4NYXA 5E9LA 2YELA 4UYFA 5FE1A 5A5RA 5FE6A 4N4FA 4MEQA 5A5OA 5CGPA 5CP5A 5IIDA 5KO4A 4J0SA 5ENGA 4KV1A 5CS8A 3S92A 5EPRA 3GG3A 5FDZA 5CRMA 5DLZA 3DAIA 3O36A 4UYHA 4XUBA 4IORA 4O7BA 5DYXA 4Z1QA 4CUPA 4KCXA 4HBVA 4NR7A 4QNSA 4TU4A 4Y03A 5TB6A 4Q0OA 4KV4A 4GPJA 4TZ2A 5EWHA 5FBXA 5CUCA 4QSTA 4PTBA 4Q0NA 5C87A 5KTUA 4YYIA 3TLPA 2H60A 5EISA 5C85A 5HFRA 5DFCA 5HLSA 2L5EA 5FFWA 5CTLA 4NQNA 4HXLA 5KU3A 4NYWA 5LKUA 3MXFA 5ENEA 3UW9A 5CQ6A 4ALHA 5KTWA 3QZSA 4O7CA 4LZ2A 5H85A 5F60A 4UIYA 4XUAA 4LZSA
chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5II2 A;  5CUE A;  4YYG A;  5HCL A;  4QBM A;  3QZV A;  5I7X A;  5E3G A;  4LYS A;  2DVV A;  4PKL A;  5D3T A;  5FE3 A;  4CL9 A;  1JM4 B;  5A82 A;  4IR6 A;  5CQ8 A;  4O77 A;  4YC9 A;  5HJC A;  4LR6 A;  3U5K A;  2MJV B;  3O34 A;  5F1H A;  4A9O A;  4YH4 A;  5D3J A;  5F63 A;  5BT4 A;  5DKD A;  4IOQ A;  3FKM X;  5IG6 A;  4NQM A;  4YYK A;  5FG6 A;  3LXJ A;  4O78 A;  4HBW A;  4BW3 A;  4A9M A;  3G0L A;  3SVH A;  5DYC A;  5E73 A;  3Q2F A;  5DBM A;  5EP7 A;  4UYE A;  4CUR A;  4BJX A;  5L8U A;  4CFL A;  3U5J A;  4QUT A;  5LKX A;  2RS9 B;  4UIW A;  5F62 A;  5HRV A;  4NRC A;  4YAX A;  3UV4 A;  4NUD A;  5LUU A;  2YQD A;  2RI7 A;  4MEP A;  4NR5 A;  4QSQ A;  5EQ1 A;  4IR3 A;  3ONI A;  4UIV A;  4N4H A;  5II1 A;  5I89 A;  4A9K A;  5A5Q A;  4NR9 A;  4QSW A;  2FSA A;  5EWD A;  5E7D A;  4OGI A;  5CQA A;  5TCM A;  4A9L A;  4A9H A;  4NRA A;  4QSS A;  5EWC A;  1WUG A;  4QYL A;  2R0V A;  5C8G A;  4TZ8 A;  4IOO A;  3SVF A;  2DAT A;  3U5L A;  5ENB A;  5I40 A;  5D24 A;  3U5N A;  2F6N A;  5HEL A;  4A9J A;  4UIX A;  4PY6 A; 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