5CP5A

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with benzo[cd]indol-2(1h)-one ligand
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
PRGSNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein/inhibitor
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Discovery of Benzo[cd]indol-2(1H)-ones as Potent and Specific BET Bromodomain Inhibitors: Structure-Based Virtual Screening, Optimization, and Biological Evaluation
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 45
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-07-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5cp5A01
5CQ5A 5CUBA 5JI8A 5LVRA 5I29A 5KU3A 2RO1A 5F1HA 4NQMA 4GPJA 4QNSA 4IORA 4PS5A 2OSSA 2E7NA 4LDFA 4QB3A 3UV4A 2I8NA 2R0VA 5ENIA 4QSWA 5AD3A 5ENEA 4A9KA 4CUUA 4TU4A 5II1A 4NQNA 4J3IA 5D24A 5D26A 4A9OA 5ENGA 3GG3A 4N4GA 4HXMA 4A9MA 5TCMA 5ENFA 5LKXA 3MXFA 2YEKA 5EQ1A 4FLPA 5FH6A 3U5OA 4NYVA 2DVVA 5FG4A 4PY6A 4HXPA 4CUQA 4MENA 2NXBA 4UIUA 5LKZA 5HRVA 5DYAA 3LQJA 4Y03A 4BW2A 4NS5A 2I7KA 2YDWA 2DATA 4HXOA 5F1LA 2OO1A 5F5ZA 4YYIA 5CU8A 3S91A 4A9EA 3QZTA 5DKHA 4IR3A 2DVRA 5LKTA 3U5NA 4QC3A 5CRZA 5A85A 5FBXA 5IIDA 4O7FA 4QUTA 5L96A 4LZ2A 4BW4A 4HBXA 3JVKA 4WIVA 5DFBA 5FE1A 3UW9A 4O71A 5KO4A 1WUMA 5D0CA 4N4HA 5ENCA 5K29A 4ZQLA 5FDZA 5A82A 5LJ0A 4NR6A 3UVYA 4IR6A 5EGUA 3IU5A 4XYAA 4ZC9A 2E3KA 5ENBA 3UV2A 3DAIA 5DLZA 4NUDA 4UIVA 4O75A 4NUCA 4A9FA 4C67A 5E7DA 5EI4A 3UVXA 5DX4A 5C89A 3MULA 5CPEA 5CUGA 4YYGA 5CUAA 5EWVA 2GRCA 5DBMA 4HXRA 4J0RA 5LUUA 4QBMA 4YC9A 5CTLA 5L8UA 3O35A 4YBTA 3Q2EA 5H1TA 4ALGA 5J0DA 5A5SA 2F6JA 5IGKA 5KTXA 4TYLA 2KTBB 4NRBA 4CFLA 2H60A 5DFCA 4YH3A 5D3SA 4YYDA 5CY9A 3FKMX 2L5EA 2D9EA 5F61A 5DKDA 5G4SA 5A5PA 5E9IA 4WHWA 3MB4A 5E9LA 1JM4B 4PCIA 5CRMA 4UIZA 1WUGA 2DVQA 4QC1A 2RNXA 4QY4A 5F3AA 4YYKA 2YQDA 3UV5A 4A9JA 4QSSA 5DW2A 4TU6A 5FE8A 4YYJA 4O7BA 4CFKA 5I83A 4NR8A 5HENA 5KTUA 4OGJA 4TT2A 4TT4A 4Z1QA 4CL9A 5CQ4A 4YH4A 3ZYUA 4QYLA 4QSRA 5F60A 4HBVA 5DW1A 4YY6A 4E96A 4QEUA 2R10A 3JVMA 2RS9B 4O7EA 2L85A 4O7CA 5COIA 4YYMA 5FE2A 4IOOA 4AKNA 4BJXA 4YABA 4UYFB 4QSPA 5EM3A 2OUOA 5I7XA 3O36A 4OGIA 3D7CA 4XUAA 4YATA 3I3JA 3O33A 4NR7A 5CFWA 5E9KA 3ONIA 4NYWA 5C8GA 4UYGA 4CURA 4HXKA 5HQ7A 5A7CA 5E9MA 4UIYA 4MEPA 5F62A 5HFQA 1F68A 4XUBA 3HMEA 4HBYA 4MR4A 4MEQA 4RVRA 5E3GA 5ETDA 5BT3A 4UYDA 2WP2A 5FG5A 4YBSA 5F25A 4YY4A 4YYNA 4LYIA 5D3TA 5F63A 5L98A 4LC2A 5HRWA 2RNYA 4DONA 1EQFA 3U5KA 1X0JA 4YADA 4TZ2A 3LXJA 5AMEA 3HMFA 5EA1A 5CZGA 2WP1A 3Q2FA 4LYWA 2YELA 5IGLA 4UYEA 5CQ6A 5EVAA 4J0SA 4Q0NA 5A5OA 2RI7A 3SVHA 4LZSA 4QEWA 4QR3A 4NR4A 5E74A 2YEMA 5LJ2A 5HFRA 5E73A 5FE9A 2MJVB 4TQNA 5LJ1A 3AQAA 5A81A 4A9HA 4XY9A 4XY8A 5I86A 3LQIA 3U5LA 5DFDA 3P1EA 4QSQA 4A9IA 3SVFA 4O74A 5CUDA 4WHUA 4HXLA 4UYHA 5KHMA 5HM0A 4C66A 4QZSA 4CLBA 5DKCA 4TT6A 2DKWA 2G4AA 5FB0A 2LSPB 4BW1A 5F2PA 4QR5A 5A5QA 5EPSA 5EWHA 5AD2A 5FE5A 5IGNA 4IOQA 5CQ7A 5BT4A 3U5MA 5DY7A 5I89A 4IR5A 4MR5A 5FE4A 5A5RA 4HXNA 4PTBA 3G0LA 4NR9A 2R0YA 5TB6A 4CUTA 5HJCA 5BT5A 4O70A 5CQ8A 5L97A 4A9LA 5I7YA 5HEMA 3MB3A 5ETBA 2D82A 3MQMA 5C4QA 5CQTA 1N72A 4O77A 5CUCA 5ACYA 4NR5A 5CGPA 3TLPA 5EV9A 5HQ5A 5FE6A 5D3RA 5H1VA 3P1FA 5FE7A 5EICA 4O7AA 4F3IA 4NXJA 2RNWA 5ENHA 5A5NA 4NRAA 4NRCA 4YYHA 5E3DA 5EP7A 2F6NA 4HBWA 5D25A 4Z6IA 3P1CA 3DWYA 3LQHA 5EWWA 4YAXA 5FE3A 4J1PA 5DYCA 3UVWA 5KTWA 5E0RA 3K2JA 4UYFA 3JVLA 4PKLA 4UIWA 5FH7A 1E6IA 4KCXA 4IR4A 5II2A 3S92A 5EISA 4TZ8A 5FB1A 5DLXA 5LVQA 4HXSA 3P5OA 5FFYA 5D3NA 1ZS5A 5EK9A 4N4IA 5I40A 4O72A 4O76A 4CUSA 5L99A 3HMHA 4LYSA 4KV4A 5H1UA 5ENJA 2YYNA 4KV1A 4YBMA 4Q0OA 4QUUA 4N4FA 5HRXA 3SVGA 3NXBA 5D3JA 2N9GA 4LZRA 4OUFA 5G4RA 3UVDA 3IU6A 5HCLA 3U5JA 4MR3A 5CP5A 5D3HA 3RCWA 5CQ3A 3P1DA 5IBNA 5FG6A 2FSAA 3LJWA 2YW5A 5EPBA 5E9VA 4O78A 4Z6HA 3O34A 5F36A 5LKUA 4BW3A 5C7NA 4A9NA 3G0JA 5D3LA 3MUKA 5EWDA 5IG6A 2DVSA 5CUEA 4MR6A 4PCEA 4N3WA 4QSVA 4TTEA 3AADA 5FE0A 5D7XA 5IGMA 4LRGA 5EPRA 2DWWA 2R0SA 3QZSA 3U5PA 5H85A 2RFJA 4CUPA 3QZVA 4NYXA 5AMFA 4ZW1A 5C87A 5JWMA 4QSTA 4ALHA 4Z1SA 5EWCA 4Z93A 5I80A 5A83A 3JVJA 3O37A 1JSPB 4BHWA 4QEVA 5L8TA 2E7OA 5C85A 5CQAA 5I88A 4QSXA 5HQ6A 4QSUA 5HLSA 5FFWA 5DYUA 5CS8A 5FH8A 5EU1A 4TS8A 5FFVA 4X2IA 4QYDA 5E9YA 4UIXA 4NUEA 4MEOA 4UITA 4QR4A 5DYXA 2L84A 5HELA 5I1QA 5D3PA 4YK0A 4LR6A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5CQ5A 5CUBA 5JI8A 5LVRA 5I29A 5KU3A 2RO1A 5F1HA 4NQMA 4GPJA 4QNSA 4IORA 4PS5A 2OSSA 2E7NA 4LDFA 4QB3A 3UV4A 2I8NA 2R0VA 5ENIA 4QSWA 5AD3A 5ENEA 4A9KA 4CUUA 4TU4A 5II1A 4NQNA 4J3IA 5D24A 5D26A 4A9OA 5ENGA 3GG3A 4N4GA 4HXMA 4A9MA 5TCMA 5ENFA 5LKXA 3MXFA 2YEKA 5EQ1A 4FLPA 5FH6A 3U5OA 4NYVA 2DVVA 5FG4A 4PY6A 4HXPA 4CUQA 4MENA 2NXBA 4UIUA 5LKZA 5HRVA 5DYAA 3LQJA 4AI6A 4Y03A 4BW2A 4NS5A 2I7KA 2YDWA 2DATA 4HXOA 5F1LA 2OO1A 5F5ZA 4YYIA 5CU8A 3S91A 4A9EA 3QZTA 5DKHA 4IR3A 2DVRA 5LKTA 3U5NA 4QC3A 5CRZA 3VKGA 5A85A 5FBXA 5IIDA 4O7FA 4QUTA 5L96A 4LZ2A 4BW4A 4HBXA 3JVKA 4WIVA 5DFBA 5FE1A 3UW9A 4O71A 5KO4A 1WUMA 5D0CA 4N4HA 5ENCA 5K29A 4ZQLA 5FDZA 5A82A 5LJ0A 4NR6A 3UVYA 4IR6A 5EGUA 3IU5A 4XYAA 4ZC9A 2E3KA 5ENBA 3UV2A 3DAIA 5DLZA 4NUDA 4UIVA 4O75A 4NUCA 4A9FA 4C67A 5E7DA 5EI4A 3UVXA 5DX4A 5C89A 3MULA 5CPEA 5CUGA 4YYGA 5CUAA 5EWVA 2GRCA 5DBMA 4HXRA 4J0RA 5LUUA 4QBMA 4YC9A 5CTLA 5L8UA 3O35A 4YBTA 3Q2EA 5H1TA 4ALGA 5J0DA 5A5SA 2F6JA 5IGKA 5KTXA 4TYLA 2KTBB 4NRBA 4CFLA 2H60A 5DFCA 4YH3A 5D3SA 4YYDA 5CY9A 3FKMX 2L5EA 2D9EA 5F61A 5DKDA 5G4SA 5A5PA 5E9IA 4WHWA 3MB4A 5E9LA 1JM4B 4PCIA 5CRMA 4UIZA 1WUGA 2DVQA 4QC1A 2RNXA 4QY4A 5F3AA 4YYKA 2YQDA 3UV5A 4A9JA 4QSSA 5DW2A 4TU6A 4AKHA 5FE8A 4YYJA 4O7BA 4CFKA 5I83A 4NR8A 5HENA 5KTUA 4OGJA 4TT2A 4TT4A 4Z1QA 4CL9A 5CQ4A 4YH4A 3ZYUA 4QYLA 4QSRA 5F60A 4HBVA 5DW1A 4YY6A 4E96A 4QEUA 2R10A 3JVMA 2RS9B 4O7EA 2L85A 4O7CA 5COIA 4YYMA 5FE2A 4IOOA 4AKNA 4BJXA 4YABA 4AKGA 4UYFB 4QSPA 5EM3A 2OUOA 5I7XA 3O36A 4OGIA 3D7CA 4XUAA 4YATA 3I3JA 3O33A 4NR7A 1ZKRA 5CFWA 5E9KA 3ONIA 4NYWA 5C8GA 4UYGA 4CURA 4HXKA 5HQ7A 5A7CA 5E9MA 4UIYA 4MEPA 5F62A 5HFQA 1F68A 4XUBA 3HMEA 4HBYA 4MR4A 4MEQA 4RVRA 5E3GA 5ETDA 5BT3A 4UYDA 2WP2A 5FG5A 4YBSA 5F25A 4YY4A 4YYNA 4LYIA 5D3TA 5F63A 5L98A 4LC2A 5HRWA 2RNYA 4DONA 1EQFA 3U5KA 1X0JA 4YADA 4TZ2A 3LXJA 5AMEA 3HMFA 5EA1A 5CZGA 2WP1A 3Q2FA 4LYWA 2YELA 5IGLA 4UYEA 5CQ6A 5EVAA 4J0SA 4Q0NA 5A5OA 2RI7A 3SVHA 4LZSA 4QEWA 4QR3A 4NR4A 5E74A 2YEMA 5LJ2A 5HFRA 5E73A 5FE9A 2MJVB 4TQNA 5LJ1A 3AQAA 5A81A 4A9HA 4XY9A 4XY8A 5I86A 3LQIA 3U5LA 5DFDA 3P1EA 4QSQA 4A9IA 3SVFA 4O74A 5CUDA 4WHUA 4HXLA 4UYHA 5KHMA 5HM0A 4C66A 4QZSA 4CLBA 5DKCA 4TT6A 2DKWA 2G4AA 5FB0A 2LSPB 4BW1A 5F2PA 4QR5A 5A5QA 5EPSA 5EWHA 5AD2A 5FE5A 5IGNA 4IOQA 5CQ7A 5BT4A 3U5MA 5DY7A 5I89A 4IR5A 4MR5A 5FE4A 5A5RA 4HXNA 4PTBA 3G0LA 4NR9A 2R0YA 5TB6A 4CUTA 5HJCA 5BT5A 4O70A 5CQ8A 5L97A 4A9LA 5I7YA 5HEMA 3MB3A 5ETBA 2D82A 3MQMA 5C4QA 5CQTA 1N72A 4O77A 4AKIA 5CUCA 5ACYA 4NR5A 5CGPA 3TLPA 5EV9A 5HQ5A 5FE6A 5D3RA 5H1VA 3P1FA 5FE7A 5EICA 4O7AA 4F3IA 4NXJA 2RNWA 5ENHA 5A5NA 4NRAA 4NRCA 4YYHA 5E3DA 5EP7A 2F6NA 4HBWA 5D25A 4Z6IA 3P1CA 3DWYA 3LQHA 5EWWA 4YAXA 5FE3A 4J1PA 5DYCA 3UVWA 5KTWA 5E0RA 3K2JA 4UYFA 3JVLA 4PKLA 4UIWA 5FH7A 1E6IA 4KCXA 4IR4A 5II2A 3S92A 5EISA 4TZ8A 5FB1A 5DLXA 5LVQA 4HXSA 3P5OA 5FFYA 5D3NA 1ZS5A 5EK9A 4N4IA 5I40A 4O72A 4O76A 4CUSA 5L99A 3HMHA 4LYSA 4KV4A 5H1UA 5ENJA 2YYNA 4KV1A 4YBMA 4Q0OA 4QUUA 4N4FA 5HRXA 3SVGA 3NXBA 5D3JA 2N9GA 4LZRA 4OUFA 5G4RA 3UVDA 1PUOA 3IU6A 5HCLA 3U5JA 4MR3A 5CP5A 5D3HA 3RCWA 5CQ3A 3P1DA 5IBNA 5FG6A 2FSAA 3LJWA 2YW5A 2EJNA 5EPBA 5E9VA 4O78A 3D1DA 4Z6HA 3O34A 5F36A 5LKUA 4BW3A 5C7NA 4A9NA 3G0JA 5D3LA 3MUKA 5EWDA 3VKHA 5IG6A 2DVSA 5CUEA 4MR6A 4PCEA 4N3WA 4QSVA 4TTEA 3AADA 5FE0A 5D7XA 5IGMA 4LRGA 5EPRA 2DWWA 2R0SA 3QZSA 3U5PA 5H85A 2RFJA 3D1BA 4CUPA 3QZVA 4NYXA 5AMFA 4ZW1A 5C87A 5JWMA 4QSTA 4ALHA 4Z1SA 5EWCA 4Z93A 5I80A 5A83A 3JVJA 3O37A 3ERRA 4BHWA 1JSPB 4QEVA 5L8TA 2E7OA 5C85A 5CQAA 5I88A 4QSXA 5HQ6A 4QSUA 5HLSA 5FFWA 5DYUA 5CS8A 5FH8A 5EU1A 4TS8A 5FFVA 4X2IA 4QYDA 5E9YA 4UIXA 4NUEA 4MEOA 4UITA 4QR4A 5DYXA 2L84A 5HELA 5I1QA 5D3PA 4YK0A 4LR6A
chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5CQ5 A;  5CUB A;  5JI8 A;  5LVR A;  5I29 A;  5KU3 A;  2RO1 A;  5F1H A;  4NQM A;  4GPJ A;  4QNS A;  4IOR A;  4PS5 A;  2OSS A;  2E7N A;  4LDF A;  4QB3 A;  3UV4 A;  2I8N A;  2R0V A;  5ENI A;  4QSW A;  5AD3 A;  5ENE A;  4A9K A;  4CUU A;  4TU4 A;  5II1 A;  4NQN A;  4J3I A;  5D24 A;  5D26 A;  4A9O A;  5ENG A;  3GG3 A;  4N4G A;  4HXM A;  4A9M A;  5TCM A;  5ENF A;  5LKX A;  3MXF A;  2YEK A;  5EQ1 A;  4FLP A;  5FH6 A;  3U5O A;  4NYV A;  2DVV A;  5FG4 A;  4PY6 A;  4HXP A;  4CUQ A;  4MEN A;  2NXB A;  4UIU A;  5LKZ A;  5HRV A;  5DYA A;  3LQJ A;  4Y03 A;  4BW2 A;  4NS5 A;  2I7K A;  2YDW A;  2DAT A;  4HXO A;  5F1L A;  2OO1 A;  5F5Z A;  4YYI A;  5CU8 A;  3S91 A;  4A9E A;  3QZT A;  5DKH A;  4IR3 A;  2DVR A;  5LKT A;  3U5N A;  4QC3 A;  5CRZ A;  5A85 A;  5FBX A;  5IID A;  4O7F A;  4QUT A;  5L96 A;  4LZ2 A;  4BW4 A;  4HBX A;  3JVK A;  4WIV A;  5DFB A;  5FE1 A;  3UW9 A;  4O71 A;  5KO4 A;  1WUM A;  5D0C A;  4N4H A;  5ENC A;  5K29 A;  4ZQL A;  5FDZ A;  5A82 A;  5LJ0 A;  4NR6 A;  3UVY A;  4IR6 A;  5EGU A;  3IU5 A; 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