4HBXA

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with a quinazolin ligand
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Identification of a Chemical Probe for Bromo and Extra C-Terminal Bromodomain Inhibition through Optimization of a Fragment-Derived Hit.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Protein binding/inhibitor
total genus 43
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-09-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4hbxA01
2H60A 5E9LA 5D24A 3LXJA 4QSWA 4PY6A 3UVDA 2R0VA 5CS8A 2KTBB 4MR3A 4HBYA 4YADA 5I29A 4YBMA 3DAIA 5LUUA 3UW9A 4C67A 4A9OA 4BW3A 3RCWA 3UV4A 5AD3A 5IGMA 3LQIA 4A9HA 4J3IA 3LQHA 2YQDA 3MULA 4WIVA 5E9YA 3QZTA 5FH7A 4TT6A 5HRWA 4ALGA 2YELA 4HXLA 5HLSA 4UIYA 3U5JA 4NYVA 4XY9A 4CLBA 4UYFA 5EK9A 4A9FA 2DVSA 2E7NA 4QEVA 4QSPA 4O7BA 5I83A 5LKXA 4F3IA 4Y03A 4O7AA 3JVLA 5E9KA 5ENHA 4UYHA 4NR6A 4YYKA 3UVXA 4XYAA 5LKZA 2L85A 5HM0A 5JI8A 2R10A 4PKLA 5EWVA 4UIVA 5CZGA 5E74A 2WP1A 3P1DA 5CY9A 5KU3A 5L96A 5DY7A 4LR6A 4QB3A 4CFKA 3LJWA 5KO4A 4BW4A 1X0JA 4YH3A 4NR4A 4N4GA 5A5RA 2YEKA 5HFRA 4QC3A 5A83A 4UIUA 5DLZA 4NQMA 4UYDA 5HELA 4TQNA 5EPSA 4QR4A 4YY4A 5A5PA 2G4AA 4LC2A 3P5OA 5IGLA 4NRBA 4MR6A 2RO1A 2R0SA 3Q2EA 4YY6A 3I3JA 5EI4A 5I86A 5IGKA 2YEMA 4YABA 4LZSA 5FE5A 2FSAA 4BJXA 3S92A 5HQ5A 2L5EA 5DYAA 5F1HA 1WUMA 5D3PA 4HXKA 4NYXA 4O7EA 4YYGA 4MEOA 5D3HA 4UITA 5L98A 2E3KA 4Q0OA 3JVJA 4XUAA 5EWWA 5L8TA 4QZSA 5C89A 5EQ1A 5F3AA 4TU6A 4O78A 3AQAA 4O74A 4WHWA 4QSUA 1E6IA 3IU5A 5L8UA 5HENA 5CFWA 5DW1A 5C7NA 4C66A 4QR5A 5D3JA 5EVAA 4PCIA 5A81A 5TB6A 5HRXA 1JM4B 4QSRA 4GPJA 5ENGA 5F62A 5FFWA 2N9GA 4O72A 4YYHA 5DFBA 5FE1A 5G4SA 2OUOA 4QBMA 3ZYUA 4HXPA 5FG5A 5I89A 5EICA 4QEUA 4ZW1A 4QYLA 4J0SA 1JSPB 4XUBA 4LYWA 5LJ1A 4A9MA 5KTXA 5H1TA 5LKTA 4KV1A 2OSSA 3G0LA 5J0DA 5DFDA 5ENJA 5K29A 5CQ4A 5FB0A 4HXMA 4CUPA 5DKDA 5F2PA 5HRVA 2F6JA 4NQNA 5E7DA 3U5OA 3O34A 5DBMA 5A5QA 5D3TA 5FB1A 3D7CA 5H1UA 4QSTA 5ETDA 4YH4A 2GRCA 4BW1A 4YYNA 4O75A 1N72A 5E3GA 5L99A 4NR9A 5II2A 4LZ2A 3SVGA 5JWMA 5FE8A 4O7FA 3ONIA 4CUQA 3U5NA 3LQJA 4CUUA 4J0RA 4NR7A 4YC9A 3MUKA 3MB3A 3HMEA 5D3SA 4HBVA 5HEMA 3UVWA 3IU6A 5EA1A 4QSSA 4IR4A 4HXNA 3SVFA 5AMFA 4LYSA 4CL9A 4Z6IA 3P1FA 5AMEA 4E96A 2YW5A 5EP7A 5BT5A 4N3WA 4FLPA 5E9VA 5IGNA 5A5NA 4QNSA 5CQ6A 4J1PA 5LVQA 5FE3A 4KCXA 3P1CA 2RNYA 2DVRA 5CU8A 5F63A 4QUTA 4YYDA 5D25A 4NRCA 2YDWA 5I80A 5CPEA 4DONA 5E9IA 5E73A 2DWWA 4ZC9A 5F1LA 5D7XA 4NR8A 5E0RA 5A85A 5KHMA 4NYWA 5IIDA 4ZQLA 3K2JA 4N4HA 2R0YA 3JVKA 1EQFA 5ENIA 5ACYA 4RVRA 4A9LA 2RFJA 5DYCA 4TS8A 5D3LA 5DYUA 3JVMA 5CUAA 2DKWA 2MJVB 5EWCA 5I7XA 4ALHA 5CUEA 3Q2FA 4HBWA 1F68A 5FE2A 5C87A 2OO1A 5CRZA 4NS5A 5I40A 1WUGA 3O35A 5CQTA 4MENA 4OGJA 5BT3A 5EPRA 3O33A 5C85A 4KV4A 4A9EA 5EV9A 5FDZA 5CUDA 5DKCA 3UVYA 5E3DA 4CFLA 3QZSA 4UIXA 2NXBA 5CTLA 5H85A 4UIZA 4OGIA 4XY8A 4N4FA 5IBNA 5ETBA 3HMFA 4AKNA 5EU1A 5DYXA 5F60A 4NUDA 5CGPA 4LZRA 5II1A 3SVHA 5EISA 4Z93A 5CQ5A 4CUSA 3MXFA 5FE0A 2D82A 2F6NA 5ENFA 5FE6A 4QSQA 5KTUA 3UV5A 4WHUA 5FG6A 5FH8A 5FBXA 4Z6HA 5LKUA 3FKMX 5FFYA 2DVQA 4TYLA 3TLPA 5D0CA 5IG6A 5DLXA 4CUTA 5A5OA 5LJ0A 2RI7A 4X2IA 4PCEA 5EWHA 5DKHA 4YYIA 3U5PA 5C8GA 5FE4A 3O37A 4Z1QA 4YBTA 4UYGA 5ENBA 4QY4A 2LSPB 4TT4A 3MB4A 5CP5A 5D3RA 4QUUA 5I1QA 2RNWA 4YAXA 5F36A 5DFCA 2I7KA 5HFQA 5A7CA 4UYEA 4Q0NA 2E7OA 4NRAA 2YYNA 5F5ZA 4Z1SA 5CUGA 2WP2A 4A9KA 4CURA 5EWDA 5KTWA 4HBXA 4QC1A 5H1VA 2I8NA 5AD2A 5EPBA 5I88A 4YK0A 5HQ7A 2DATA 5ENEA 5HCLA 5CUCA 5DX4A 4HXRA 5EM3A 1ZS5A 4NUEA 4O71A 5HQ6A 5FFVA 5A5SA 4MR4A 3QZVA 3GG3A 3S91A 3U5KA 3P1EA 4O70A 2D9EA 5CQ3A 3U5LA 5L97A 5G4RA 5I7YA 5D26A 5E9MA 3NXBA 4TZ2A 4YATA 5ENCA 5FE7A 4HXOA 4QSXA 4MR5A 4HXSA 4PTBA 5CUBA 5DW2A 4MEPA 4A9IA 4IR3A 4O77A 5C4QA 3HMHA 3O36A 4LDFA 5BT4A 4IOQA 4UYFB 2DVVA 4IR6A 5LJ2A 2RS9B 4YBSA 4LRGA 2L84A 4IORA 4TU4A 4PS5A 5EGUA 5CQ7A 4QSVA 5D3NA 3AADA 4A9NA 4YYMA 4QR3A 5A82A 5CQ8A 4BHWA 4IOOA 4O76A 5FG4A 5F61A 4LYIA 4TT2A 3MQMA 3DWYA 4O7CA 4QEWA 3G0JA 4BW2A 4TZ8A 5CRMA 4YYJA 4NUCA 5LVRA 5TCMA 5FH6A 4A9JA 4N4IA 5COIA 4UIWA 5FE9A 5CQAA 4OUFA 4NXJA 4MEQA 4TTEA 3UV2A 4IR5A 4QYDA 5F25A 5HJCA 2RNXA 3U5MA 4NR5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2H60A 5E9LA 5D24A 3LXJA 4QSWA 4PY6A 3UVDA 2R0VA 5CS8A 2KTBB 4MR3A 4HBYA 4YADA 5I29A 4YBMA 3DAIA 5LUUA 3UW9A 4C67A 4A9OA 4BW3A 3RCWA 3UV4A 5AD3A 5IGMA 3LQIA 4A9HA 4J3IA 3LQHA 2YQDA 3MULA 4WIVA 5E9YA 3QZTA 5FH7A 4TT6A 4AKIA 5HRWA 4ALGA 2YELA 4HXLA 5HLSA 4UIYA 3U5JA 4NYVA 4XY9A 4CLBA 4UYFA 5EK9A 4A9FA 2DVSA 2E7NA 4QEVA 4QSPA 4O7BA 5I83A 5LKXA 4F3IA 4Y03A 4O7AA 3JVLA 5E9KA 5ENHA 4UYHA 4NR6A 4YYKA 3UVXA 4XYAA 5LKZA 2L85A 5HM0A 5JI8A 2R10A 4PKLA 5EWVA 4UIVA 5CZGA 5E74A 2WP1A 3P1DA 5CY9A 5KU3A 5L96A 5DY7A 4LR6A 4QB3A 4CFKA 3LJWA 5KO4A 4BW4A 1X0JA 4YH3A 4NR4A 4N4GA 5A5RA 2YEKA 5HFRA 4QC3A 5A83A 4UIUA 5DLZA 4NQMA 4UYDA 3VKGA 5HELA 4TQNA 5EPSA 4QR4A 4YY4A 5A5PA 2G4AA 4LC2A 3P5OA 5IGLA 4NRBA 4MR6A 2RO1A 2R0SA 3Q2EA 4YY6A 3I3JA 5EI4A 5I86A 5IGKA 2YEMA 4YABA 4LZSA 5FE5A 2FSAA 4BJXA 3S92A 5HQ5A 2L5EA 5DYAA 5F1HA 1WUMA 5D3PA 4HXKA 4NYXA 4O7EA 4YYGA 4MEOA 5D3HA 4UITA 5L98A 2E3KA 4Q0OA 3JVJA 4XUAA 5EWWA 5L8TA 4QZSA 5C89A 5EQ1A 5F3AA 4TU6A 4O78A 3AQAA 4O74A 4WHWA 4QSUA 1E6IA 3IU5A 5L8UA 5HENA 5CFWA 5DW1A 5C7NA 4AI6A 4C66A 4QR5A 5D3JA 5EVAA 4PCIA 5A81A 5TB6A 5HRXA 1JM4B 4QSRA 4GPJA 5ENGA 5F62A 5FFWA 2N9GA 4O72A 4YYHA 5DFBA 5FE1A 5G4SA 2OUOA 4QBMA 3ZYUA 4HXPA 5FG5A 5I89A 5EICA 4QEUA 4ZW1A 4QYLA 4J0SA 1JSPB 4XUBA 4LYWA 5LJ1A 4A9MA 5KTXA 5H1TA 5LKTA 4KV1A 2OSSA 3G0LA 5J0DA 5DFDA 5ENJA 5K29A 5CQ4A 5FB0A 4HXMA 4CUPA 5DKDA 5F2PA 5HRVA 2F6JA 4NQNA 5E7DA 3U5OA 3O34A 5DBMA 5A5QA 5D3TA 5FB1A 3D7CA 5H1UA 4QSTA 5ETDA 4YH4A 2GRCA 4BW1A 4YYNA 4O75A 1N72A 5E3GA 5L99A 4NR9A 5II2A 4LZ2A 3SVGA 5JWMA 5FE8A 4O7FA 3ONIA 4CUQA 3U5NA 3LQJA 4CUUA 4J0RA 4NR7A 4YC9A 1PUOA 3MUKA 3MB3A 3HMEA 5D3SA 4HBVA 5HEMA 3UVWA 3IU6A 5EA1A 4QSSA 4IR4A 4HXNA 3SVFA 5AMFA 4LYSA 4CL9A 4Z6IA 3P1FA 5AMEA 4E96A 2YW5A 5EP7A 5BT5A 4N3WA 4FLPA 5E9VA 5IGNA 5A5NA 4QNSA 5CQ6A 4J1PA 5LVQA 5FE3A 4KCXA 3P1CA 2RNYA 2DVRA 5CU8A 5F63A 4QUTA 4YYDA 5D25A 4NRCA 2YDWA 5I80A 5CPEA 4DONA 5E9IA 5E73A 2DWWA 4ZC9A 5F1LA 5D7XA 4NR8A 5E0RA 5A85A 5KHMA 4NYWA 5IIDA 4ZQLA 3K2JA 4N4HA 2R0YA 3JVKA 1EQFA 5ENIA 5ACYA 4RVRA 4A9LA 2RFJA 5DYCA 4TS8A 5D3LA 5DYUA 3JVMA 5CUAA 2DKWA 2MJVB 5EWCA 5I7XA 4ALHA 5CUEA 3Q2FA 4HBWA 1F68A 5FE2A 5C87A 2OO1A 5CRZA 4NS5A 5I40A 1ZKRA 1WUGA 3O35A 5CQTA 4MENA 4OGJA 5BT3A 5EPRA 3O33A 4AKHA 5C85A 4KV4A 4A9EA 5EV9A 5FDZA 5CUDA 5DKCA 3UVYA 5E3DA 4CFLA 3QZSA 4UIXA 2NXBA 5CTLA 5H85A 4UIZA 4OGIA 4XY8A 4N4FA 5IBNA 5ETBA 3HMFA 4AKNA 5EU1A 5DYXA 5F60A 4NUDA 5CGPA 4LZRA 5II1A 3SVHA 5EISA 4Z93A 5CQ5A 4CUSA 3MXFA 5FE0A 2D82A 2F6NA 5ENFA 5FE6A 4QSQA 5KTUA 3UV5A 4WHUA 5FG6A 5FH8A 5FBXA 4Z6HA 5LKUA 3FKMX 5FFYA 2DVQA 4TYLA 3TLPA 5D0CA 3D1DA 5IG6A 5DLXA 4CUTA 5A5OA 5LJ0A 2RI7A 4X2IA 4PCEA 5EWHA 5DKHA 4YYIA 3U5PA 5C8GA 5FE4A 3O37A 4Z1QA 4YBTA 4UYGA 5ENBA 4QY4A 2LSPB 4TT4A 3MB4A 5CP5A 5D3RA 4QUUA 5I1QA 2RNWA 4YAXA 5F36A 5DFCA 2I7KA 5HFQA 5A7CA 4UYEA 4Q0NA 2E7OA 4NRAA 2YYNA 5F5ZA 4Z1SA 5CUGA 2WP2A 4A9KA 4CURA 5EWDA 5KTWA 4HBXA 4QC1A 5H1VA 2I8NA 5AD2A 5EPBA 5I88A 4YK0A 5HQ7A 2DATA 5ENEA 5HCLA 5CUCA 5DX4A 4HXRA 5EM3A 1ZS5A 4NUEA 4O71A 5HQ6A 5FFVA 5A5SA 4MR4A 3QZVA 3GG3A 3S91A 3U5KA 3P1EA 4O70A 2D9EA 5CQ3A 3U5LA 5L97A 5G4RA 5I7YA 5D26A 5E9MA 3NXBA 4TZ2A 2EJNA 4YATA 3VKHA 5ENCA 5FE7A 3ERRA 4HXOA 4QSXA 4MR5A 4HXSA 4PTBA 5CUBA 5DW2A 4MEPA 4A9IA 4IR3A 4O77A 5C4QA 3HMHA 3O36A 4LDFA 5BT4A 4IOQA 4UYFB 2DVVA 4IR6A 5LJ2A 2RS9B 4YBSA 4LRGA 2L84A 4AKGA 4IORA 4TU4A 4PS5A 5EGUA 5CQ7A 4QSVA 5D3NA 3AADA 4A9NA 4YYMA 4QR3A 5A82A 5CQ8A 4BHWA 4IOOA 4O76A 5FG4A 5F61A 4LYIA 4TT2A 3MQMA 3DWYA 4O7CA 4QEWA 3G0JA 4BW2A 3D1BA 4TZ8A 5CRMA 4YYJA 4NUCA 5LVRA 5TCMA 5FH6A 4A9JA 4N4IA 5COIA 4UIWA 5FE9A 5CQAA 4OUFA 4NXJA 4MEQA 4TTEA 3UV2A 4IR5A 4QYDA 5F25A 5HJCA 2RNXA 3U5MA 4NR5A
chains in the Genus database with same CATH topology
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