5F25A

Crystal structure of the brd9 bromodomain in complex with compound 4.
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
113
structure length
113
Chain Sequence
STPIQQLLEHFLRQLQRKDPHGFFAFPVTDAIAPGYSMIIKHPMDFGTMKDKIVANEYKSVTEFKADFKLMCDNAMTYNRPDTVYYKLAKKILHAGFKMMSKERLLALKRSMS
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transcription
molecule keywords BRD9
publication title Structure-Based Design of an in Vivo Active Selective BRD9 Inhibitor.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 41
structure length 113
sequence length 113
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-12-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5f25A00
4O70A 5D7XA 3U5LA 2LSPB 5FG4A 3FKMX 5IGMA 5HELA 5D26A 4Y03A 5I88A 2F6JA 4QC3A 5KTXA 5I83A 5A5OA 4HBXA 5COIA 2YQDA 5L8UA 2DVQA 4Z6IA 5LKXA 5E9MA 4LDFA 1JSPB 5ENGA 4QR3A 4LRGA 5CQ5A 4NYVA 2E7OA 5CU8A 5A81A 5AD2A 4IOQA 5H85A 3HMHA 4QY4A 5LUUA 3GG3A 4TZ8A 1WUMA 4QSUA 4NYXA 4C66A 5CGPA 5AD3A 4ZC9A 5LKZA 5CUDA 5DYCA 5H1TA 4F3IA 4MEPA 3O36A 5CRZA 4YY6A 4CUPA 3U5MA 4YBSA 3JVKA 3O35A 2F6NA 3MUKA 4QNSA 4O7CA 2RNXA 5G4SA 4MR3A 4C67A 2YEKA 4PCIA 3HMFA 4TT6A 5F36A 4NRAA 3IU5A 2R0YA 4NYWA 5F2PA 2DKWA 4NXJA 2NXBA 5EVAA 1JM4B 4NR7A 5CUCA 5EWCA 2GRCA 4N4IA 5CQ4A 5J0DA 4XY8A 5EISA 5F62A 4J1PA 5FE5A 5FE4A 4CUSA 5F3AA 5AMFA 1WUGA 3Q2EA 3SVFA 5HM0A 4HXKA 4TS8A 4CURA 4Z1QA 5FE3A 4QR5A 5JWMA 4A9KA 3UVXA 4J0SA 2R0VA 4PS5A 5II1A 3G0LA 4QSWA 5EPRA 4NR8A 5C4QA 5HRWA 1X0JA 3K2JA 4Q0NA 4YY4A 4NQMA 5C8GA 4O7BA 5HFQA 4QSTA 5CTLA 5CUAA 4TT4A 5I1QA 3SVHA 3P1EA 5AMEA 5L96A 5EQ1A 5IG6A 4OGIA 4ALHA 5A5NA 5CUEA 5FFYA 3AQAA 4QUTA 2OO1A 4YAXA 5HCLA 3LXJA 4LZSA 5DYAA 5DKHA 4QSQA 4QSSA 5D3TA 4UIVA 4BW2A 2YELA 5CZGA 2RS9B 4LYIA 5FH7A 5KU3A 4O76A 5IGLA 4O74A 4YK0A 4QEVA 5II2A 4YYDA 3UW9A 5A85A 5CQ8A 5H1UA 4QUUA 4RVRA 5LJ1A 4CFLA 5A82A 5K29A 4Z1SA 5DKCA 4UITA 2I8NA 4ZW1A 3RCWA 4AKNA 3MULA 5LKUA 4IOOA 5EPSA 5FH8A 2DWWA 4HBVA 4QSRA 5DLXA 5F60A 2DVRA 4YYIA 5C85A 2N9GA 4LR6A 5D25A 5I29A 5IIDA 3AADA 5H1VA 3P1DA 3SVGA 5FE9A 3UV4A 2KTBB 5ENBA 4QYLA 5HRVA 2FSAA 3LQIA 5FG6A 4A9MA 2E7NA 4HXLA 5A5QA 3DAIA 4GPJA 4O7EA 4O75A 5DFCA 1F68A 4NR6A 4DONA 2H60A 5HQ6A 3I3JA 5D3LA 4TT2A 4NUCA 3U5JA 4HXSA 4XUAA 5BT4A 2DVSA 4QEUA 4YATA 5D3SA 4N4GA 4WHUA 5DW1A 5DYXA 4TU6A 5E9YA 4CUQA 4YYHA 5FE7A 3U5PA 5FE6A 5ENCA 5L8TA 4KCXA 3ZYUA 4HXMA 2G4AA 4PY6A 4PTBA 5HEMA 4UIXA 5HQ7A 5EWHA 4A9EA 5TCMA 5TB6A 3MQMA 5EI4A 5FE0A 4O72A 4YYMA 4QSXA 3QZVA 5ENIA 5E0RA 5FFWA 3U5KA 4LZ2A 3MXFA 5D24A 2DVVA 3IU6A 5F1HA 4A9JA 5LJ2A 2WP1A 4OGJA 2WP2A 5F61A 5FE2A 5CP5A 5I80A 4TYLA 4MR5A 4FLPA 2OSSA 5E9VA 4UIWA 4CFKA 5L99A 4A9FA 4CUTA 4UYDA 4YYGA 4YABA 5D3PA 4YYNA 4UYEA 5EGUA 2OUOA 5DFBA 4UYFA 5E9IA 5FB1A 5LVQA 2L5EA 4O7FA 4UIYA 5I40A 5I86A 4LYSA 4Z93A 5CQ7A 5EA1A 3P5OA 5DLZA 2DATA 2L85A 5EP7A 5KTUA 4YH4A 5DBMA 4KV1A 2L84A 3O34A 3U5OA 5C89A 4ZQLA 4CLBA 5DYUA 5DFDA 5C7NA 2YDWA 5CQAA 5FE8A 3UVDA 3UV5A 4QEWA 5ENEA 1ZS5A 3NXBA 3UV2A 5EWDA 5LVRA 3O33A 5KO4A 4J3IA 5A5PA 3MB3A 4IORA 4UIZA 5C87A 3QZTA 5D3RA 5HFRA 3UVYA 4NUDA 5CUGA 2YEMA 3UVWA 4HXNA 4O7AA 3P1CA 4IR3A 4QB3A 5L98A 5ACYA 5LJ0A 2RO1A 4WHWA 5ETDA 5FE1A 5LKTA 4PKLA 3ONIA 5IBNA 5KHMA 5A7CA 4A9LA 4YYJA 4YADA 4Q0OA 4TTEA 4CUUA 4QZSA 4YC9A 4WIVA 4ALGA 4J0RA 5EWVA 5FH6A 5IGKA 4UYHA 3LJWA 4IR5A 2D82A 5E7DA 3G0JA 4A9NA 4MEQA 5E3GA 4Z6HA 2YYNA 5ETBA 5EICA 4UYGA 5KTWA 4BW3A 5I89A 4NUEA 5FB0A 3TLPA 2RFJA 5A83A 4N4FA 4YBMA 4TQNA 5CUBA 4OUFA 5E73A 4QSPA 3JVMA 5DKDA 5ENJA 5CPEA 1EQFA 4NS5A 4QBMA 5CS8A 4BJXA 5EM3A 5A5RA 5D0CA 4HBYA 4UIUA 5CQ6A 3JVLA 4CL9A 5CQ3A 5BT5A 5EWWA 4QR4A 3LQHA 5ENHA 5FDZA 5F1LA 2R0SA 4A9HA 4QC1A 4HXPA 4N4HA 1E6IA 5E3DA 1N72A 4YH3A 5F25A 5E9KA 5FG5A 5CFWA 4MEOA 5F63A 2RNYA 2MJVB 4E96A 4MR4A 5L97A 5CQTA 3JVJA 5IGNA 4O71A 5FBXA 4BW1A 5ENFA 3DWYA 4TU4A 5FFVA 5E9LA 5EPBA 4XUBA 4HXRA 5F5ZA 4A9OA 2RI7A 5HRXA 5EV9A 4NR9A 3Q2FA 3HMEA 3MB4A 4IR6A 4IR4A 5JI8A 5D3NA 4UYFB 5HQ5A 3U5NA 4HXOA 4NR4A 4NRBA 5D3JA 4XY9A 2I7KA 5HLSA 5E74A 4X2IA 5EK9A 5A5SA 4TZ2A 2YW5A 2E3KA 4MENA 4NRCA 4O78A 4QSVA 4LZRA 2R10A 3QZSA 4YYKA 2D9EA 4NQNA 3D7CA 5G4RA 3S92A 4KV4A 5BT3A 5HENA 5HJCA 4NR5A 5CY9A 4LYWA 4QYDA 3LQJA 4MR6A 5EU1A 5DW2A 5D3HA 4LC2A 3O37A 4O77A 5DY7A 3P1FA 4A9IA 2RNWA 5DX4A 5I7YA 4N3WA 4YBTA 3S91A 5CRMA 5I7XA 4PCEA 4XYAA 4BW4A 4BHWA 4HBWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4O70A 5D7XA 3U5LA 2LSPB 5FG4A 3FKMX 5IGMA 5HELA 5D26A 4Y03A 3VKGA 5I88A 2F6JA 4QC3A 5KTXA 5I83A 5A5OA 4HBXA 5COIA 2YQDA 5L8UA 2DVQA 4Z6IA 5LKXA 5E9MA 4LDFA 1JSPB 5ENGA 4QR3A 4LRGA 5CQ5A 4NYVA 2E7OA 5CU8A 5A81A 5AD2A 4IOQA 5H85A 3HMHA 4QY4A 5LUUA 3GG3A 4TZ8A 1WUMA 4QSUA 4NYXA 4C66A 5CGPA 5AD3A 4ZC9A 5LKZA 5CUDA 5DYCA 5H1TA 4F3IA 4MEPA 3O36A 5CRZA 4YY6A 4CUPA 3U5MA 4YBSA 3JVKA 3O35A 2F6NA 3MUKA 4QNSA 4O7CA 2RNXA 5G4SA 4MR3A 4C67A 2YEKA 4PCIA 3HMFA 4TT6A 5F36A 4NRAA 3IU5A 2R0YA 4NYWA 5F2PA 2DKWA 4NXJA 2NXBA 5EVAA 1JM4B 4NR7A 5CUCA 5EWCA 2GRCA 4N4IA 5CQ4A 5J0DA 4XY8A 5EISA 5F62A 4J1PA 5FE5A 5FE4A 4CUSA 5F3AA 5AMFA 1WUGA 3Q2EA 3SVFA 5HM0A 4HXKA 4TS8A 4AKIA 4CURA 4Z1QA 5FE3A 4QR5A 5JWMA 4A9KA 3UVXA 4J0SA 2R0VA 4PS5A 5II1A 3G0LA 4QSWA 5EPRA 4NR8A 5C4QA 5HRWA 1X0JA 3K2JA 4Q0NA 4YY4A 4NQMA 5C8GA 4O7BA 3ERRA 5HFQA 4QSTA 5CTLA 5CUAA 4TT4A 5I1QA 3SVHA 3P1EA 5AMEA 5L96A 5EQ1A 5IG6A 4OGIA 4ALHA 5A5NA 5CUEA 5FFYA 3AQAA 4QUTA 2OO1A 4YAXA 5HCLA 3LXJA 4LZSA 5DYAA 5DKHA 4QSQA 4QSSA 5D3TA 4UIVA 4BW2A 2YELA 5CZGA 2RS9B 4LYIA 5FH7A 5KU3A 4O76A 5IGLA 4O74A 4YK0A 1PUOA 4QEVA 3D1BA 5II2A 4YYDA 3UW9A 5A85A 5CQ8A 5H1UA 4QUUA 4RVRA 5LJ1A 4CFLA 5A82A 5K29A 4Z1SA 5DKCA 4UITA 2I8NA 4ZW1A 3RCWA 4AKNA 3MULA 5LKUA 4IOOA 5EPSA 5FH8A 2DWWA 4HBVA 4QSRA 5DLXA 5F60A 2DVRA 4YYIA 5C85A 2N9GA 4LR6A 5D25A 5I29A 5IIDA 3AADA 5H1VA 3P1DA 3SVGA 5FE9A 3UV4A 2KTBB 5ENBA 4QYLA 5HRVA 2FSAA 3LQIA 5FG6A 4A9MA 2E7NA 4HXLA 5A5QA 3DAIA 4GPJA 4O7EA 4O75A 5DFCA 1F68A 4NR6A 4DONA 2H60A 5HQ6A 3I3JA 5D3LA 4TT2A 4NUCA 3U5JA 4HXSA 4XUAA 5BT4A 2DVSA 4QEUA 4YATA 5D3SA 4N4GA 4WHUA 5DW1A 5DYXA 4TU6A 5E9YA 4CUQA 4YYHA 5FE7A 3U5PA 5FE6A 5ENCA 5L8TA 4KCXA 3ZYUA 4HXMA 2G4AA 4AKGA 4PY6A 4PTBA 5HEMA 4UIXA 5HQ7A 5EWHA 4A9EA 5TCMA 5TB6A 3MQMA 5EI4A 5FE0A 4O72A 4YYMA 4QSXA 3QZVA 5ENIA 5E0RA 5FFWA 3U5KA 4LZ2A 3D1DA 3MXFA 5D24A 2DVVA 3IU6A 5F1HA 4A9JA 5LJ2A 2WP1A 4OGJA 2WP2A 5F61A 5FE2A 4AI6A 5CP5A 5I80A 4TYLA 4MR5A 4FLPA 2OSSA 5E9VA 4UIWA 4CFKA 5L99A 4A9FA 4CUTA 4UYDA 4YYGA 4YABA 5D3PA 4YYNA 4UYEA 5EGUA 2OUOA 5DFBA 4UYFA 5E9IA 5FB1A 5LVQA 2L5EA 4O7FA 4UIYA 5I40A 5I86A 4LYSA 4Z93A 5CQ7A 5EA1A 3P5OA 5DLZA 2DATA 2L85A 5EP7A 5KTUA 4YH4A 5DBMA 4KV1A 2L84A 3O34A 3U5OA 5C89A 4ZQLA 4CLBA 5DYUA 5DFDA 5C7NA 2YDWA 5CQAA 5FE8A 3UVDA 3UV5A 4QEWA 5ENEA 1ZS5A 3NXBA 3UV2A 5EWDA 5LVRA 3O33A 5KO4A 4J3IA 5A5PA 3MB3A 4IORA 4UIZA 5C87A 3QZTA 5D3RA 5HFRA 3UVYA 4NUDA 5CUGA 2YEMA 3UVWA 4HXNA 4O7AA 3P1CA 4IR3A 4QB3A 5L98A 5ACYA 5LJ0A 2RO1A 4WHWA 5ETDA 5FE1A 5LKTA 4PKLA 3ONIA 5IBNA 5KHMA 5A7CA 4A9LA 4YYJA 4YADA 4Q0OA 1ZKRA 4TTEA 4CUUA 4QZSA 4YC9A 4WIVA 4ALGA 4J0RA 5EWVA 5FH6A 5IGKA 4UYHA 3LJWA 4IR5A 2D82A 5E7DA 3G0JA 4A9NA 4MEQA 5E3GA 4Z6HA 2YYNA 5ETBA 5EICA 4UYGA 4AKHA 5KTWA 4BW3A 5I89A 4NUEA 5FB0A 3TLPA 2RFJA 5A83A 4N4FA 4YBMA 4TQNA 5CUBA 4OUFA 5E73A 4QSPA 3JVMA 5DKDA 5ENJA 5CPEA 1EQFA 4NS5A 4QBMA 5CS8A 4BJXA 5EM3A 5A5RA 5D0CA 4HBYA 4UIUA 5CQ6A 3JVLA 4CL9A 2EJNA 5CQ3A 5BT5A 5EWWA 4QR4A 3LQHA 5ENHA 5FDZA 5F1LA 2R0SA 4A9HA 4QC1A 4HXPA 4N4HA 1E6IA 5E3DA 1N72A 4YH3A 5F25A 5E9KA 5FG5A 5CFWA 4MEOA 5F63A 2RNYA 2MJVB 4E96A 4MR4A 5L97A 5CQTA 3JVJA 5IGNA 4O71A 5FBXA 4BW1A 5ENFA 3DWYA 4TU4A 5FFVA 5E9LA 5EPBA 4XUBA 4HXRA 5F5ZA 4A9OA 2RI7A 5HRXA 5EV9A 4NR9A 3Q2FA 3HMEA 3MB4A 4IR6A 4IR4A 5JI8A 5D3NA 4UYFB 5HQ5A 3U5NA 4HXOA 4NR4A 4NRBA 5D3JA 4XY9A 2I7KA 5HLSA 5E74A 4X2IA 5EK9A 5A5SA 4TZ2A 2YW5A 2E3KA 4MENA 4NRCA 4O78A 4QSVA 4LZRA 2R10A 3QZSA 4YYKA 2D9EA 4NQNA 3D7CA 5G4RA 3VKHA 3S92A 4KV4A 5BT3A 5HENA 5HJCA 4NR5A 5CY9A 4LYWA 4QYDA 3LQJA 4MR6A 5EU1A 5DW2A 5D3HA 4LC2A 3O37A 4O77A 5DY7A 3P1FA 4A9IA 2RNWA 5DX4A 5I7YA 4N3WA 4YBTA 3S91A 5CRMA 5I7XA 4PCEA 4XYAA 4BW4A 4BHWA 4HBWA
chains in the Genus database with same CATH topology
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