4CFKA

N-terminal bromodomain of human brd4 with ly294002
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Cell cycle
molecule keywords BRD4 PROTEIN
publication title The Commonly Used Pi3-Kinase Probe Ly294002 is an Inhibitor of Bet Bromodomains.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 43
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-11-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4cfkA01
4YYGA 5F25A 3G0LA 4NUCA 4ZC9A 5EI4A 4QC1A 4O72A 3DWYA 3Q2EA 4O77A 4QEUA 5C85A 4LR6A 5IIDA 5CQ4A 4CUPA 5D25A 5DY7A 4HBYA 4J0SA 5FG4A 5HFRA 3MXFA 5EISA 4YYIA 1F68A 5FG5A 3UVXA 5EP7A 5ENJA 5CY9A 4YBSA 4YABA 5EU1A 5C7NA 2DVQA 3O36A 5FE3A 4PY6A 5CQ7A 5E9YA 4HBXA 2MJVB 4A9NA 5LJ0A 2RNXA 3U5LA 4TYLA 4QR5A 4Y03A 5ETBA 5LJ2A 5LKZA 5E73A 4UITA 4NYVA 2L85A 5ENIA 3MUKA 4HXMA 4HXLA 5DW1A 4NR9A 5DBMA 4BW3A 5CQ6A 2OUOA 5CUAA 5FH7A 3MQMA 4LZ2A 4A9OA 4IORA 4NR6A 4ZW1A 4IOOA 5HJCA 5EPBA 4WHUA 5D3NA 2YEMA 5DKCA 4QSRA 5I7YA 3AQAA 5EA1A 5F1LA 4NRBA 4NUEA 5HELA 5C87A 3HMEA 2YQDA 2DVVA 4NRCA 4NUDA 4MR6A 4CUSA 5J0DA 2DVRA 4WIVA 5EM3A 5FE2A 5IBNA 5AMFA 4TT2A 5A5QA 4NS5A 5C4QA 5F2PA 4CUUA 3UW9A 2DATA 3MULA 4YY4A 4OGIA 4X2IA 4N4HA 4J3IA 5C89A 3JVLA 5BT3A 3I3JA 4AKNA 2RNYA 3JVMA 3UVDA 5FFWA 5CUBA 4UIYA 4WHWA 5CRZA 4LYSA 3LQIA 5DFDA 5DLZA 3MB3A 4LRGA 5A5PA 4OUFA 2YDWA 4YATA 3UV5A 2DWWA 2I8NA 5E9IA 4TT4A 3HMHA 5KU3A 5HFQA 4NQNA 4A9IA 4UIXA 2YEKA 4TU6A 4TZ8A 5D3TA 4N4IA 4O7EA 3P1DA 5F61A 5D0CA 3IU5A 4O7AA 5E3GA 4LYWA 4PCIA 4O78A 2N9GA 2E3KA 4KV1A 2D9EA 5ENGA 5TCMA 5HENA 5E9LA 2WP1A 5LKUA 5I86A 5FE6A 5CQAA 4QSQA 3LQJA 3SVGA 4HBVA 3D7CA 2F6NA 4J0RA 5DX4A 4O76A 5BT4A 4QSTA 3U5MA 4YY6A 3G0JA 4RVRA 2D82A 3O34A 4YYHA 2OO1A 2FSAA 1WUGA 4YBTA 2R0VA 5FB1A 4MR3A 3LXJA 3ZYUA 3NXBA 4UYEA 2NXBA 4CURA 1EQFA 5FFVA 5TB6A 5EV9A 4HXSA 5G4RA 5JI8A 4ALHA 1JM4B 5FE8A 5LVRA 3IU6A 4IR3A 2YW5A 5D26A 5DYUA 2DVSA 4UIWA 4O74A 5IGLA 5CP5A 4MEOA 5F63A 5L96A 5II2A 4TQNA 5D3PA 1X0JA 5I1QA 5IGMA 5D3RA 4QYLA 5AD3A 4XY9A 4NYXA 4XUAA 4XUBA 4C66A 5HQ5A 3LQHA 3AADA 3P5OA 5CUGA 4CUTA 5DFBA 5BT5A 5COIA 5HM0A 3U5JA 4TZ2A 5AD2A 3SVHA 4IOQA 5A5RA 5DLXA 5EWCA 5I80A 4IR4A 4TS8A 3P1EA 4FLPA 4UYDA 5I29A 5H1UA 4A9EA 4YH4A 3QZTA 2R0SA 4N4FA 4QSVA 4QY4A 5CQ3A 5ENCA 1JSPB 4QR4A 5E0RA 5F60A 4YBMA 5D3JA 4QSUA 4NR5A 5E9KA 3QZVA 4LZRA 4UIUA 4Q0OA 4NXJA 3MB4A 4PS5A 5L98A 4A9HA 5IG6A 4BJXA 2YYNA 1N72A 5IGNA 4QB3A 4NR8A 3K2JA 4CFKA 2GRCA 4QBMA 4QSSA 5FE5A 4PTBA 4QZSA 4NRAA 5I83A 2RO1A 4LYIA 5EK9A 5HLSA 4HXRA 2R10A 4UYGA 4HXKA 4KCXA 5HCLA 4KV4A 4CLBA 5A7CA 5KTXA 4CUQA 2H60A 5E7DA 5HQ7A 4J1PA 4A9MA 5H1VA 3U5KA 5L8UA 4Z6IA 5CGPA 3U5PA 5CQ5A 4O71A 5CTLA 4HBWA 5L99A 4Z1SA 4QUUA 5CUCA 5A81A 4C67A 4LC2A 3Q2FA 2RNWA 2L84A 4BHWA 5CU8A 2L5EA 3ONIA 5ENHA 5II1A 3UVWA 2E7OA 1ZS5A 5L97A 5IGKA 2KTBB 4QYDA 4QNSA 5E9VA 4DONA 5F1HA 5LVQA 4TT6A 4BW2A 3O33A 4UYFA 4GPJA 4IR6A 4UIVA 5ENEA 5EWWA 5DYAA 5KO4A 5DKHA 5H1TA 2RS9B 5ACYA 2R0YA 5FFYA 5I88A 4QEVA 3O37A 5CUDA 4Z1QA 4QSXA 4ZQLA 5FG6A 4LZSA 5CFWA 4E96A 4HXNA 5DYXA 4NQMA 4QSWA 5EWHA 5EICA 4Z6HA 5KTWA 4HXPA 4UYHA 5F36A 4MEQA 3FKMX 4NYWA 5ENFA 5JWMA 5HRVA 5KTUA 3O35A 4PKLA 4UIZA 5CPEA 5FBXA 4YK0A 5CQ8A 5FE7A 5A5OA 4A9LA 3JVKA 5EWVA 5FE4A 4YYKA 5F3AA 3QZSA 1E6IA 5LKTA 4Q0NA 3JVJA 4F3IA 4YYMA 5F5ZA 5I40A 5D24A 5F62A 3TLPA 5ETDA 5A83A 5HRWA 5DYCA 4N4GA 3S92A 5KHMA 4YYJA 5EWDA 4A9FA 4O7BA 4ALGA 2DKWA 5K29A 5LJ1A 5FH8A 5A5NA 4A9JA 5E3DA 3U5OA 2YELA 5ENBA 3UV4A 5FE1A 4YADA 5D3HA 4PCEA 5AMEA 3HMFA 4CFLA 5HEMA 2OSSA 5CS8A 5CUEA 4XY8A 4Z93A 5D3SA 2G4AA 2RFJA 4QC3A 5E74A 4UYFB 4MR4A 5EPSA 5D3LA 5A5SA 4LDFA 4O7CA 5D7XA 3DAIA 4BW1A 4MENA 3P1CA 5LUUA 5LKXA 4YC9A 4OGJA 4QUTA 4QEWA 4HXOA 4TU4A 4TTEA 3LJWA 5FDZA 4CL9A 3U5NA 2LSPB 2RI7A 5I7XA 4A9KA 4YH3A 4NR4A 5FE0A 5A85A 4IR5A 2WP2A 4O7FA 5DFCA 3RCWA 5FB0A 5FE9A 4BW4A 4NR7A 4XYAA 5G4SA 2I7KA 5DW2A 5EPRA 5EVAA 4YYNA 5EQ1A 3GG3A 5H85A 2F6JA 3UVYA 3S91A 3UV2A 5CZGA 4QSPA 5DKDA 4O75A 4MR5A 5CQTA 2E7NA 5L8TA 5I89A 4O70A 5A82A 1WUMA 4MEPA 5EGUA 5FH6A 3P1FA 5HRXA 5CRMA 5E9MA 4YYDA 5C8GA 3SVFA 4QR3A 5HQ6A 4YAXA 4N3WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4YYGA 5F25A 3G0LA 4NUCA 4ZC9A 5EI4A 4QC1A 3VKHA 4O72A 3DWYA 3Q2EA 4O77A 4QEUA 5C85A 4AKGA 4LR6A 5IIDA 5CQ4A 4CUPA 5D25A 5DY7A 4HBYA 4J0SA 5FG4A 5HFRA 3MXFA 5EISA 4YYIA 1F68A 5FG5A 3UVXA 5EP7A 5ENJA 5CY9A 4YBSA 4YABA 5EU1A 5C7NA 2DVQA 3O36A 5FE3A 4PY6A 5CQ7A 5E9YA 4HBXA 2MJVB 4A9NA 5LJ0A 2RNXA 3U5LA 4TYLA 4QR5A 4Y03A 5ETBA 5LJ2A 5LKZA 5E73A 4UITA 4NYVA 2L85A 5ENIA 3MUKA 4HXMA 4HXLA 5DW1A 4NR9A 5DBMA 4BW3A 5CQ6A 2OUOA 5CUAA 5FH7A 3MQMA 4LZ2A 4A9OA 4IORA 4NR6A 4ZW1A 4IOOA 5HJCA 5EPBA 4WHUA 5D3NA 2YEMA 5DKCA 4QSRA 5I7YA 3AQAA 5EA1A 5F1LA 4NRBA 4NUEA 5HELA 5C87A 3HMEA 2YQDA 2DVVA 4NRCA 4NUDA 4MR6A 4CUSA 5J0DA 2DVRA 4WIVA 5EM3A 5FE2A 5IBNA 5AMFA 4TT2A 5A5QA 4NS5A 5C4QA 5F2PA 4CUUA 3UW9A 1ZKRA 2DATA 3MULA 4YY4A 4OGIA 4X2IA 4N4HA 4J3IA 5C89A 3JVLA 5BT3A 3I3JA 4AKNA 2RNYA 3JVMA 3UVDA 5FFWA 1PUOA 5CUBA 4UIYA 4WHWA 5CRZA 4LYSA 3LQIA 5DFDA 5DLZA 3MB3A 4LRGA 5A5PA 4OUFA 2YDWA 4YATA 3UV5A 2DWWA 2I8NA 5E9IA 4TT4A 3HMHA 5KU3A 5HFQA 4NQNA 4A9IA 4UIXA 2YEKA 4TU6A 4TZ8A 5D3TA 4N4IA 4O7EA 3P1DA 5F61A 5D0CA 3IU5A 4O7AA 5E3GA 4LYWA 4PCIA 4O78A 2N9GA 2E3KA 4KV1A 2D9EA 5ENGA 5TCMA 5HENA 5E9LA 2WP1A 5LKUA 5I86A 5FE6A 5CQAA 4QSQA 3LQJA 3SVGA 4HBVA 3D7CA 2F6NA 4J0RA 5DX4A 4O76A 5BT4A 4QSTA 3U5MA 4YY6A 3G0JA 4RVRA 2D82A 3O34A 4YYHA 2OO1A 2FSAA 1WUGA 4YBTA 2R0VA 5FB1A 4MR3A 3LXJA 3ZYUA 3NXBA 4UYEA 2NXBA 4CURA 1EQFA 5FFVA 5TB6A 5EV9A 4HXSA 5G4RA 5JI8A 4ALHA 1JM4B 5FE8A 5LVRA 4AKIA 3IU6A 4IR3A 2YW5A 5D26A 5DYUA 2DVSA 4UIWA 4O74A 5IGLA 5CP5A 4MEOA 5F63A 5L96A 5II2A 4TQNA 5D3PA 1X0JA 5I1QA 5IGMA 5D3RA 4QYLA 5AD3A 4XY9A 4NYXA 4XUAA 4XUBA 4C66A 5HQ5A 3LQHA 3AADA 3P5OA 5CUGA 4CUTA 5DFBA 5BT5A 5COIA 5HM0A 3U5JA 4TZ2A 5AD2A 3SVHA 4IOQA 5A5RA 5DLXA 5EWCA 5I80A 4IR4A 4TS8A 3P1EA 4FLPA 4UYDA 5I29A 5H1UA 4A9EA 4YH4A 3QZTA 2R0SA 4N4FA 4QSVA 4QY4A 5CQ3A 5ENCA 1JSPB 4QR4A 5E0RA 5F60A 4YBMA 5D3JA 4QSUA 4NR5A 5E9KA 3QZVA 4LZRA 4UIUA 4Q0OA 4NXJA 3MB4A 2EJNA 4PS5A 5L98A 4A9HA 5IG6A 4BJXA 2YYNA 1N72A 5IGNA 4QB3A 4NR8A 3K2JA 4CFKA 2GRCA 4QBMA 4QSSA 5FE5A 4PTBA 4QZSA 4NRAA 5I83A 2RO1A 3ERRA 4LYIA 5EK9A 5HLSA 4HXRA 2R10A 4UYGA 4HXKA 4KCXA 5HCLA 4KV4A 4CLBA 5A7CA 5KTXA 4CUQA 2H60A 5E7DA 5HQ7A 4J1PA 4A9MA 5H1VA 3U5KA 5L8UA 4Z6IA 5CGPA 3U5PA 5CQ5A 4O71A 5CTLA 4HBWA 5L99A 4Z1SA 4QUUA 5CUCA 5A81A 4C67A 4LC2A 3Q2FA 2RNWA 2L84A 4BHWA 5CU8A 2L5EA 3ONIA 5ENHA 5II1A 3UVWA 2E7OA 1ZS5A 5L97A 5IGKA 2KTBB 4QYDA 4QNSA 5E9VA 4DONA 5F1HA 5LVQA 4TT6A 4BW2A 3O33A 4UYFA 3D1DA 4GPJA 4IR6A 4UIVA 5ENEA 5EWWA 5DYAA 5KO4A 5DKHA 5H1TA 2RS9B 5ACYA 2R0YA 5FFYA 5I88A 4QEVA 3O37A 5CUDA 4Z1QA 4QSXA 4ZQLA 5FG6A 4LZSA 5CFWA 4E96A 4HXNA 5DYXA 4NQMA 4QSWA 5EWHA 5EICA 4Z6HA 5KTWA 4HXPA 4UYHA 5F36A 4MEQA 3FKMX 4NYWA 5ENFA 5JWMA 5HRVA 5KTUA 3O35A 4PKLA 4UIZA 5CPEA 5FBXA 4YK0A 5CQ8A 5FE7A 5A5OA 4A9LA 3JVKA 5EWVA 5FE4A 4YYKA 5F3AA 3QZSA 1E6IA 5LKTA 4Q0NA 3JVJA 4F3IA 4YYMA 5F5ZA 5I40A 5D24A 5F62A 3TLPA 5ETDA 5A83A 5HRWA 5DYCA 4N4GA 3S92A 5KHMA 4YYJA 5EWDA 4A9FA 4O7BA 4ALGA 2DKWA 5K29A 5LJ1A 5FH8A 5A5NA 4A9JA 5E3DA 3U5OA 2YELA 5ENBA 3UV4A 5FE1A 4YADA 5D3HA 4PCEA 5AMEA 3HMFA 4CFLA 5HEMA 2OSSA 5CS8A 5CUEA 4XY8A 4Z93A 5D3SA 2G4AA 2RFJA 4QC3A 5E74A 4UYFB 4MR4A 5EPSA 5D3LA 5A5SA 4LDFA 4O7CA 5D7XA 3DAIA 4BW1A 4MENA 3P1CA 5LUUA 5LKXA 4YC9A 4AKHA 4OGJA 4QUTA 4QEWA 4HXOA 4TU4A 4TTEA 3LJWA 5FDZA 4CL9A 3U5NA 2LSPB 2RI7A 5I7XA 4A9KA 4YH3A 4NR4A 5FE0A 5A85A 4IR5A 2WP2A 4O7FA 5DFCA 3RCWA 5FB0A 5FE9A 4BW4A 4NR7A 4XYAA 5G4SA 2I7KA 5DW2A 5EPRA 5EVAA 4YYNA 5EQ1A 3GG3A 5H85A 2F6JA 3UVYA 3S91A 3UV2A 5CZGA 4QSPA 5DKDA 4O75A 4MR5A 5CQTA 3D1BA 2E7NA 5L8TA 3VKGA 5I89A 4O70A 5A82A 1WUMA 4MEPA 5EGUA 5FH6A 3P1FA 5HRXA 5CRMA 5E9MA 4YYDA 5C8GA 3SVFA 4QR3A 5HQ6A 4AI6A 4YAXA 4N3WA
chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4YYG A;  5F25 A;  3G0L A;  4NUC A;  4ZC9 A;  5EI4 A;  4QC1 A;  4O72 A;  3DWY A;  3Q2E A;  4O77 A;  4QEU A;  5C85 A;  4LR6 A;  5IID A;  5CQ4 A;  4CUP A;  5D25 A;  5DY7 A;  4HBY A;  4J0S A;  5FG4 A;  5HFR A;  3MXF A;  5EIS A;  4YYI A;  1F68 A;  5FG5 A;  3UVX A;  5EP7 A;  5ENJ A;  5CY9 A;  4YBS A;  4YAB A;  5EU1 A;  5C7N A;  2DVQ A;  3O36 A;  5FE3 A;  4PY6 A;  5CQ7 A;  5E9Y A;  4HBX A;  2MJV B;  4A9N A;  5LJ0 A;  2RNX A;  3U5L A;  4TYL A;  4QR5 A;  4Y03 A;  5ETB A;  5LJ2 A;  5LKZ A;  5E73 A;  4UIT A;  4NYV A;  2L85 A;  5ENI A;  3MUK A;  4HXM A;  4HXL A;  5DW1 A;  4NR9 A;  5DBM A;  4BW3 A;  5CQ6 A;  2OUO A;  5CUA A;  5FH7 A;  3MQM A;  4LZ2 A;  4A9O A;  4IOR A;  4NR6 A;  4ZW1 A;  4IOO A;  5HJC A;  5EPB A;  4WHU A;  5D3N A;  2YEM A;  5DKC A;  4QSR A;  5I7Y A;  3AQA A;  5EA1 A;  5F1L A;  4NRB A;  4NUE A;  5HEL A;  5C87 A;  3HME A;  2YQD A;  2DVV A;  4NRC A;  4NUD A;  4MR6 A;  4CUS A;  5J0D A;  2DVR A;  4WIV A;  5EM3 A;  5FE2 A;  5IBN A;  5AMF A;  4TT2 A;  5A5Q A;  4NS5 A;  5C4Q A;  5F2P A;  4CUU A; 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