4CFKA

N-terminal bromodomain of human brd4 with ly294002
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title The Commonly Used Pi3-Kinase Probe Ly294002 is an Inhibitor of Bet Bromodomains.
pubmed doi rcsb
molecule tags Cell cycle
source organism Homo sapiens
molecule keywords BRD4 PROTEIN
total genus 43
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-11-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4cfkA01
4LR6A 4MEOA 4OUFA 4CUTA 5DX4A 2YEMA 4Z1SA 4YYMA 4A9HA 2DVSA 4QEWA 5I40A 4PCEA 4YADA 4A9KA 5E7DA 3UW9A 4HXOA 2I8NA 2R0VA 5FE9A 4CUPA 5F1LA 5HLSA 5HCLA 4WIVA 5KTUA 5CY9A 2E3KA 5L8UA 4YC9A 4QY4A 4CUUA 4NR8A 3U5PA 4LDFA 4UYDA 4ZQLA 4O71A 4NS5A 5FDZA 4FLPA 3SVFA 3FKMX 4NYVA 2NXBA 5AD3A 5L98A 4TT4A 4XYAA 3UV4A 5COIA 5IIDA 4XY9A 2R10A 5E73A 5EPRA 4QB3A 5IGMA 4UIYA 3UVDA 2F6NA 4O72A 5DLZA 3RCWA 4Z6HA 5HQ6A 5DBMA 5A5OA 5CPEA 2DVVA 1WUMA 4QBMA 5A5QA 5DYCA 5D25A 4IR6A 5D0CA 5G4SA 4OGIA 4MR4A 5FG6A 5EI4A 5HFRA 4UITA 5HELA 3QZSA 4OGJA 5CRMA 5CUEA 5A7CA 5E9YA 4ALGA 5E0RA 3JVMA 5AD2A 1ZS5A 4YATA 4TTEA 4X2IA 5C89A 2YDWA 5E9LA 4YYIA 5EWCA 5DLXA 4UYFA 4HXMA 4RVRA 2WP1A 5J0DA 4PY6A 5ENCA 3LQJA 4LZSA 4MR6A 4TZ8A 5E3DA 3ZYUA 5FE0A 5A85A 5I7YA 5F61A 4QSRA 5A5SA 5LKXA 4NQNA 4NYXA 5C7NA 4QSQA 5C87A 2RNXA 5CUDA 4WHUA 5JI8A 5AMEA 3Q2FA 4UYFB 4C66A 4CFKA 3IU5A 5CUAA 2YQDA 4NUCA 4HXSA 5E74A 4A9JA 5I83A 1EQFA 2MJVB 5L97A 2RFJA 4IR3A 5EWDA 5TCMA 4UYHA 3P5OA 5DYUA 4YK0A 4Z6IA 5F5ZA 5LKUA 5F62A 5CGPA 3P1CA 5E9MA 4YBSA 4BHWA 5DKHA 4A9FA 4QR3A 4QR5A 4NUEA 4O70A 4IORA 2DKWA 5A5PA 4LZRA 2E7NA 3QZVA 4Q0NA 5C8GA 4O7AA 4MR5A 1E6IA 5CQAA 4HBYA 4HXRA 4O7FA 5DYXA 5CQTA 4QEUA 4BJXA 5EICA 5FG4A 4NR9A 3Q2EA 4O7CA 5A5RA 3O34A 5F2PA 4CFLA 5EP7A 4KCXA 3QZTA 4UYGA 5DW2A 5E9IA 5CFWA 5FB1A 4IOQA 4QEVA 5EPBA 4UIXA 2G4AA 1JSPB 4ZW1A 2RNWA 4NUDA 4WHWA 4Y03A 4CLBA 5EK9A 5FE1A 4J0SA 5CS8A 2DVRA 3HMFA 5KHMA 5F1HA 4CL9A 3MB3A 5FE7A 3JVKA 4QYDA 5E9KA 5IGLA 4F3IA 4PKLA 5FFVA 4NQMA 5BT4A 5D26A 2OUOA 5H1VA 4NR7A 4YYNA 5A82A 5I86A 4HXKA 4KV4A 5H1TA 5LUUA 4MEPA 4Q0OA 4XY8A 3MQMA 4A9MA 5ENJA 4IR5A 5DFBA 5IGNA 5D3LA 5D7XA 5HRVA 4NRCA 4O7EA 4XUAA 4J1PA 4O75A 4TT6A 3S92A 1WUGA 2FSAA 4O7BA 3DWYA 3G0LA 4IR4A 4LYIA 5ETDA 4N4GA 4NR6A 4YY6A 4MR3A 4N4HA 2OO1A 5LJ2A 3AQAA 5FH7A 3UV5A 4YYKA 4QSVA 5D3SA 4YABA 4O78A 5KU3A 3LQIA 5IBNA 4QYLA 5DW1A 1JM4B 3HMHA 5EWHA 4YYHA 5II1A 4QSWA 5D3NA 4LZ2A 4MENA 4QNSA 5HFQA 4YAXA 5LKTA 5D3HA 3ONIA 2GRCA 3MXFA 5CQ6A 4QSSA 4QZSA 3P1EA 5FG5A 5F36A 1F68A 5CZGA 5D24A 2L5EA 4QR4A 5I89A 4BW4A 4YBTA 4J0RA 2D9EA 5E9VA 5ENFA 5I7XA 5FFYA 5CTLA 5FE5A 4HXPA 2LSPB 4HXLA 3SVHA 4N4IA 5EQ1A 4Z93A 2H60A 1N72A 3JVLA 5HQ7A 5ENEA 2RS9B 3GG3A 4AKNA 5I1QA 4O77A 2N9GA 5E3GA 3UV2A 4DONA 4N3WA 5DKDA 2I7KA 5FB0A 5FFWA 4HBXA 4PS5A 5CQ8A 2YYNA 5CRZA 5HQ5A 5K29A 4N4FA 5F60A 2RO1A 5FBXA 5CUCA 5HM0A 3U5JA 4NRAA 4QC1A 5CP5A 5LVRA 4YYJA 3LJWA 1X0JA 5EA1A 5FE4A 5JWMA 3S91A 4E96A 4CURA 4TT2A 3U5KA 5ENBA 4NR5A 5CUBA 5HEMA 5CUGA 2DATA 3NXBA 4PCIA 4YH3A 3UVYA 5ACYA 5HENA 2YEKA 3O37A 5DFDA 5I80A 3G0JA 4HBVA 4ALHA 4YH4A 3U5NA 2OSSA 4BW3A 2E7OA 4NRBA 5EPSA 5KTXA 2YELA 3I3JA 4TZ2A 3SVGA 3MULA 4A9NA 4A9LA 4TYLA 5EGUA 3DAIA 4MEQA 4QSXA 4NXJA 4YBMA 3O36A 4O76A 5DFCA 5EWWA 4J3IA 4QSPA 3MB4A 4NR4A 5D3TA 4TU6A 5D3PA 5FE6A 4ZC9A 5IG6A 5FH6A 4QC3A 4YYDA 5I29A 2L84A 4GPJA 4O74A 5EWVA 5C85A 3JVJA 5DY7A 2DVQA 5FH8A 3TLPA 5CQ4A 3U5LA 4QUTA 5F25A 3O35A 5ETBA 5TB6A 4QUUA 4LYWA 5LKZA 5D3JA 5HRXA 5A5NA 4TQNA 4QSUA 5CQ7A 2DWWA 4YY4A 2RNYA 2R0YA 4A9OA 3U5OA 5I88A 5DKCA 5BT3A 3LXJA 4TU4A 5CQ5A 2L85A 5LJ1A 5KO4A 4LYSA 5EM3A 4XUBA 3O33A 4IOOA 5H1UA 3LQHA 5II2A 4UIVA 5EISA 5EVAA 5HRWA 5CU8A 3UVXA 4QSTA 3K2JA 3P1FA 2D82A 4NYWA 5L96A 5FE8A 5FE2A 5AMFA 5FE3A 5ENGA 5G4RA 4A9EA 5IGKA 5DYAA 5LJ0A 5LVQA 4KV1A 4PTBA 4BW1A 4CUSA 5F3AA 5ENIA 4HXNA 5F63A 4Z1QA 4LC2A 5KTWA 5ENHA 3D7CA 4UYEA 3MUKA 5EV9A 2KTBB 4UIZA 4UIWA 2F6JA 4YYGA 2WP2A 4LRGA 5L8TA 5CQ3A 5HJCA 5EU1A 2R0SA 3IU6A 4BW2A 4CUQA 5C4QA 5A81A 2RI7A 4C67A 4TS8A 4UIUA 3AADA 5A83A 5BT5A 5L99A 3P1DA 3UVWA 3U5MA 4A9IA 5H85A 4HBWA 5D3RA 3HMEA 2YW5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LR6A 4MEOA 4OUFA 4CUTA 5DX4A 2YEMA 4Z1SA 4YYMA 3VKHA 4A9HA 2DVSA 4QEWA 5I40A 4PCEA 4YADA 4A9KA 5E7DA 3UW9A 4HXOA 2I8NA 2R0VA 5FE9A 4CUPA 5F1LA 5HLSA 5HCLA 4WIVA 5KTUA 5CY9A 2E3KA 5L8UA 4YC9A 4QY4A 4CUUA 4NR8A 3U5PA 4LDFA 4UYDA 4ZQLA 4O71A 4NS5A 5FDZA 4FLPA 3SVFA 3ERRA 3FKMX 4NYVA 2NXBA 5AD3A 5L98A 4TT4A 4XYAA 3UV4A 5COIA 5IIDA 4XY9A 2R10A 5E73A 5EPRA 4QB3A 5IGMA 4UIYA 3UVDA 2F6NA 4O72A 5DLZA 3RCWA 4Z6HA 5HQ6A 5DBMA 5A5OA 5CPEA 2DVVA 1WUMA 4QBMA 5A5QA 5DYCA 5D25A 4IR6A 5D0CA 5G4SA 4OGIA 4MR4A 5FG6A 5EI4A 5HFRA 4UITA 5HELA 3QZSA 4OGJA 5CRMA 5CUEA 5A7CA 5E9YA 4ALGA 5E0RA 3JVMA 5AD2A 1ZS5A 4YATA 4TTEA 4X2IA 5C89A 2YDWA 5E9LA 4YYIA 5EWCA 5DLXA 4UYFA 4HXMA 4RVRA 4AKGA 2WP1A 5J0DA 4PY6A 5ENCA 3LQJA 4LZSA 4MR6A 4TZ8A 3VKGA 5E3DA 3ZYUA 5FE0A 5A85A 5I7YA 5F61A 4QSRA 5A5SA 5LKXA 4NQNA 4NYXA 5C7NA 4QSQA 5C87A 2RNXA 5CUDA 3D1BA 4WHUA 5JI8A 5AMEA 3Q2FA 4UYFB 4C66A 4CFKA 3IU5A 5CUAA 2YQDA 4NUCA 4HXSA 5E74A 4A9JA 5I83A 1EQFA 2MJVB 5L97A 2RFJA 4IR3A 5EWDA 5TCMA 4UYHA 3P5OA 5DYUA 4YK0A 4Z6IA 5F5ZA 5LKUA 5F62A 5CGPA 3P1CA 4AKHA 5E9MA 4YBSA 4BHWA 5DKHA 4A9FA 4QR3A 4QR5A 4NUEA 4O70A 4IORA 2DKWA 5A5PA 4LZRA 2E7NA 3QZVA 4Q0NA 5C8GA 4O7AA 4MR5A 1E6IA 5CQAA 4HBYA 4HXRA 4O7FA 5DYXA 5CQTA 4QEUA 4BJXA 5EICA 5FG4A 3D1DA 4NR9A 3Q2EA 4O7CA 5A5RA 3O34A 5F2PA 4CFLA 5EP7A 4KCXA 3QZTA 4UYGA 5DW2A 5E9IA 5CFWA 5FB1A 4IOQA 4QEVA 5EPBA 4UIXA 2G4AA 1PUOA 1JSPB 4ZW1A 2RNWA 4NUDA 4WHWA 4Y03A 4CLBA 5EK9A 5FE1A 4J0SA 5CS8A 2DVRA 3HMFA 5KHMA 5F1HA 4CL9A 3MB3A 5FE7A 3JVKA 4QYDA 5E9KA 5IGLA 4F3IA 4PKLA 5FFVA 4NQMA 5BT4A 5D26A 4AI6A 2OUOA 5H1VA 4NR7A 4YYNA 5A82A 5I86A 4HXKA 4KV4A 5H1TA 5LUUA 4MEPA 4Q0OA 4XY8A 3MQMA 4A9MA 5ENJA 4IR5A 5DFBA 5IGNA 5D3LA 4AKIA 5D7XA 5HRVA 4NRCA 4O7EA 4XUAA 4J1PA 4O75A 4TT6A 3S92A 1WUGA 2FSAA 4O7BA 3DWYA 3G0LA 4IR4A 4LYIA 5ETDA 4N4GA 4NR6A 4YY6A 4MR3A 4N4HA 2OO1A 5LJ2A 3AQAA 5FH7A 3UV5A 4YYKA 4QSVA 5D3SA 4YABA 4O78A 5KU3A 3LQIA 5IBNA 4QYLA 5DW1A 1JM4B 3HMHA 5EWHA 4YYHA 5II1A 4QSWA 5D3NA 4LZ2A 4MENA 4QNSA 5HFQA 4YAXA 5LKTA 5D3HA 3ONIA 2GRCA 3MXFA 5CQ6A 4QSSA 4QZSA 3P1EA 5FG5A 5F36A 1F68A 5CZGA 5D24A 2L5EA 4QR4A 5I89A 4BW4A 4YBTA 4J0RA 2D9EA 5E9VA 5ENFA 5I7XA 5FFYA 5CTLA 5FE5A 4HXPA 2LSPB 4HXLA 3SVHA 4N4IA 5EQ1A 4Z93A 2H60A 1N72A 3JVLA 5HQ7A 5ENEA 2RS9B 3GG3A 4AKNA 5I1QA 4O77A 2N9GA 5E3GA 3UV2A 4DONA 4N3WA 5DKDA 2I7KA 5FB0A 5FFWA 4HBXA 4PS5A 5CQ8A 2YYNA 5CRZA 5HQ5A 5K29A 4N4FA 5F60A 2RO1A 5FBXA 5CUCA 5HM0A 3U5JA 4NRAA 4QC1A 5CP5A 5LVRA 4YYJA 3LJWA 1X0JA 5EA1A 5FE4A 5JWMA 3S91A 4E96A 4CURA 4TT2A 3U5KA 5ENBA 4NR5A 5CUBA 5HEMA 5CUGA 2DATA 1ZKRA 3NXBA 4PCIA 4YH3A 3UVYA 5ACYA 5HENA 2YEKA 3O37A 5DFDA 5I80A 3G0JA 4HBVA 4ALHA 2EJNA 4YH4A 3U5NA 2OSSA 4BW3A 2E7OA 4NRBA 5EPSA 5KTXA 2YELA 3I3JA 4TZ2A 3SVGA 3MULA 4A9NA 4A9LA 4TYLA 5EGUA 3DAIA 4MEQA 4QSXA 4NXJA 4YBMA 3O36A 4O76A 5DFCA 5EWWA 4J3IA 4QSPA 3MB4A 4NR4A 5D3TA 4TU6A 5D3PA 5FE6A 4ZC9A 5IG6A 5FH6A 4QC3A 4YYDA 5I29A 2L84A 4GPJA 4O74A 5EWVA 5C85A 3JVJA 5DY7A 2DVQA 5FH8A 3TLPA 5CQ4A 3U5LA 4QUTA 5F25A 3O35A 5ETBA 5TB6A 4QUUA 4LYWA 5LKZA 5D3JA 5HRXA 5A5NA 4TQNA 4QSUA 5CQ7A 2DWWA 4YY4A 2RNYA 2R0YA 4A9OA 3U5OA 5I88A 5DKCA 5BT3A 3LXJA 4TU4A 5CQ5A 2L85A 5LJ1A 5KO4A 4LYSA 5EM3A 4XUBA 3O33A 4IOOA 5H1UA 3LQHA 5II2A 4UIVA 5EISA 5EVAA 5HRWA 5CU8A 3UVXA 4QSTA 3K2JA 3P1FA 2D82A 4NYWA 5L96A 5FE8A 5FE2A 5AMFA 5FE3A 5ENGA 5G4RA 4A9EA 5IGKA 5DYAA 5LJ0A 5LVQA 4KV1A 4PTBA 4BW1A 4CUSA 5F3AA 5ENIA 4HXNA 5F63A 4Z1QA 4LC2A 5KTWA 5ENHA 3D7CA 4UYEA 3MUKA 5EV9A 2KTBB 4UIZA 4UIWA 2F6JA 4YYGA 2WP2A 4LRGA 5L8TA 5CQ3A 5HJCA 5EU1A 2R0SA 3IU6A 4BW2A 4CUQA 5C4QA 5A81A 2RI7A 4C67A 4TS8A 4UIUA 3AADA 5A83A 5BT5A 5L99A 3P1DA 3UVWA 3U5MA 4A9IA 5H85A 4HBWA 5D3RA 3HMEA 2YW5A
chains in the Genus database with same CATH topology
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