5A81A

Crystal structure of human atad2 bromodomain in complex with 8-(3r,4r) -3-(cyclohexylmethoxy)piperidin-4-yl-amino-3-methyl-1,2-dihydro-1,7- naphthyridin-2-one
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
SMQEEDTFRELRIFLRNVTHRLAIDKRFRVFTKPVDPDEVPDYVTVIKQPMDLSSVISKIDLHKYLTVKDYLRDIDLICSNALEYNPDRDPGDRLIRHRACALRDTAYAIIKEELDEDFEQLCEEIQESR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
publication title Structure-Based Optimization of Naphthyridones Into Potent Atad2 Bromodomain Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ATPASE FAMILY AAA DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2
total genus 55
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.6.1.3: Adenosinetriphosphatase.
pdb deposition date 2015-07-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5a81A00
4HBWA 4UYGA 4LZSA 4HXLA 5FG6A 3P1FA 4IOQA 1JSPB 5E3DA 2DKWA 4HBXA 5IBNA 5E9MA 4YYJA 3P1CA 3SVFA 4BW1A 5A5NA 3Q2FA 5ETDA 5CUCA 4QSRA 5DBMA 4BW4A 4Z1SA 4NRCA 5FH7A 4QYLA 5ENFA 5I89A 2NXBA 5CQ5A 4Z93A 4NRBA 4YABA 4CLBA 2YEMA 3LQJA 4OGJA 2H60A 5BT5A 3ZYUA 4TZ8A 1ZS5A 5L8TA 4O7EA 4IR5A 5AMEA 3FKMX 5F5ZA 1EQFA 4NXJA 5EVAA 5FG4A 4XUAA 4HBYA 4YH4A 2D9EA 4QSPA 4QSQA 2OO1A 5I7YA 4A9LA 4PCIA 4A9NA 5A5PA 5HRXA 4MEPA 5EM3A 5FG5A 5KHMA 3IU5A 4UIWA 3S92A 4QEVA 4BW3A 4LZ2A 4YBTA 5FFWA 2YW5A 4E96A 4XY8A 5H1VA 4A9MA 2R0VA 3SVGA 3Q2EA 4CUSA 3O36A 3UVYA 4HXOA 2YEKA 5EWDA 5JI8A 3JVJA 3JVLA 3U5NA 2RNYA 4O78A 4O77A 4ALHA 4UYDA 5LKTA 4N4HA 3RCWA 5CUDA 5ENGA 4CL9A 4PTBA 5F61A 4FLPA 4WHWA 3UV5A 4UIVA 5ENHA 5C7NA 4ALGA 5KTUA 2L84A 4QSWA 5CS8A 4CFLA 5HFQA 2DWWA 4WHUA 5E9IA 4YATA 4UYEA 4X2IA 5CQ4A 4Z6HA 5A5OA 4QC3A 5A85A 3U5OA 1JM4B 5H1TA 2G4AA 5L99A 5II1A 4QBMA 3P5OA 2I8NA 2YQDA 3GG3A 4QR5A 4NYVA 4QY4A 5E7DA 5FE6A 3MUKA 4YY6A 4YC9A 4HXRA 4UYFB 1E6IA 5E73A 4Q0OA 5ENIA 3O37A 4O72A 2RO1A 5HQ6A 5IGNA 5A81A 4J0RA 4TQNA 4PS5A 2R10A 4CFKA 4O7CA 5F1LA 4MENA 3AQAA 5DLZA 5EICA 4NUDA 5AMFA 5II2A 3MULA 4QSSA 5DW1A 5E9KA 5L8UA 3QZSA 5EWHA 2DVSA 4MEQA 5KU3A 3U5MA 3MQMA 2RNWA 5D0CA 5D24A 5D7XA 2MJVB 5I7XA 5BT4A 5EPBA 5LVRA 4ZC9A 5EPRA 4F3IA 5FE0A 5FB0A 4HBVA 5CFWA 5EWVA 2WP1A 5D25A 4YBSA 5D3JA 4A9OA 1X0JA 5FE9A 4O70A 2RS9B 3QZTA 2E7NA 2R0YA 2RFJA 5C89A 4QR3A 3UVDA 5IGMA 4YBMA 5CUAA 5CRMA 5KTWA 5EA1A 4MEOA 2R0SA 3LJWA 4KV4A 4A9HA 5CZGA 4YY4A 5HQ5A 3MB3A 5ETBA 5E3GA 5DKDA 5HCLA 5HEMA 3HMFA 5EI4A 5EV9A 4ZQLA 5FE7A 5I29A 4UIYA 4XYAA 2LSPB 5D3RA 4CURA 5DKHA 5LJ1A 4XY9A 5KTXA 2RNXA 4YYNA 4HXMA 4QNSA 5HENA 5ACYA 5COIA 3K2JA 4QYDA 4TYLA 5F25A 4N4IA 5I86A 3G0JA 4TS8A 4QC1A 5CRZA 4BJXA 5L96A 4N4GA 5A82A 5CQ7A 3JVKA 4Y03A 5F1HA 3D7CA 5EP7A 4C66A 4TTEA 5EISA 5E74A 4YADA 5EPSA 3DAIA 3HMEA 5HJCA 4XUBA 5CU8A 5BT3A 4CUPA 2N9GA 3UW9A 5FB1A 5C85A 5FE4A 4LR6A 4QSUA 5CQ6A 5EQ1A 5G4RA 5FE1A 3LQIA 4HXKA 5H1UA 2OUOA 3UVWA 5HLSA 5TCMA 2YELA 5DX4A 3P1DA 3U5KA 4UIUA 5CPEA 5K29A 2F6NA 2RI7A 4A9FA 4GPJA 4UYFA 3S91A 2E3KA 5HRVA 4DONA 5DFBA 5IG6A 4HXNA 5FE5A 4LC2A 4A9JA 5I40A 4NQMA 4YYHA 4AKNA 4CUQA 4QEUA 4CUUA 4QUTA 4QZSA 5CY9A 5CP5A 2YDWA 4IR6A 3O35A 4YK0A 4ZW1A 5CGPA 3U5LA 4TZ2A 4YH3A 1WUMA 5CQ3A 4NYWA 1N72A 4LZRA 5HFRA 4IR4A 5FBXA 4O7FA 3I3JA 4BW2A 4NR5A 4IORA 2YYNA 2DVRA 5DYXA 4NUEA 5FE2A 5DYAA 4NR7A 4MR6A 2KTBB 4O71A 5DY7A 4Z6IA 4OUFA 4KV1A 5EGUA 5CUEA 5AD2A 4TU4A 3MB4A 4OGIA 4Z1QA 5I80A 5LJ0A 5EWCA 4CUTA 3IU6A 4HXSA 4UITA 5KO4A 4UIXA 4IR3A 3NXBA 4MR5A 4C67A 5LUUA 4NUCA 4LYSA 5A5QA 5F36A 4MR3A 3O34A 4NR9A 4KCXA 5DFDA 5HELA 5F3AA 2FSAA 4MR4A 4O75A 4O76A 4PCEA 4J3IA 5F2PA 4LRGA 4RVRA 5HM0A 2L85A 4QR4A 5E9VA 2DVVA 4PKLA 5C8GA 5D3HA 4YYGA 5D3SA 5E9YA 4LYWA 5DYCA 5IIDA 4NR6A 4J0SA 5D3TA 2L5EA 5TB6A 4YYKA 5ENCA 5IGKA 5EU1A 5EWWA 5LKXA 5A5RA 3U5JA 5A7CA 4O7BA 5I1QA 4LYIA 4Q0NA 3U5PA 5FDZA 5F60A 5DW2A 4LDFA 1F68A 4TT2A 4HXPA 2I7KA 5D3LA 3UV2A 3LQHA 3MXFA 4YYDA 3O33A 3AADA 5FFYA 4A9KA 4NR8A 2D82A 4A9EA 4TT6A 4QSXA 5CQ8A 4YAXA 5L97A 5ENEA 5CTLA 3P1EA 3HMHA 3QZVA 5C87A 5LVQA 4NR4A 5G4SA 5DFCA 3ONIA 5CUBA 5LJ2A 4NRAA 5FE3A 2DATA 5FE8A 5LKUA 4QB3A 4UIZA 5A5SA 4PY6A 1WUGA 4NQNA 2DVQA 5E9LA 5I83A 2OSSA 5IGLA 3UV4A 2WP2A 5D3NA 4YYIA 3UVXA 4TU6A 5CQAA 5DKCA 5D26A 5J0DA 4YYMA 3SVHA 4QSVA 4J1PA 5LKZA 3DWYA 4TT4A 4A9IA 4WIVA 5JWMA 5HRWA 3TLPA 4UYHA 2F6JA 5D3PA 5EK9A 5C4QA 5I88A 4QSTA 4O74A 4O7AA 5DYUA 5F62A 3LXJA 4N4FA 5F63A 3G0LA 5FH8A 4NYXA 5ENJA 3JVMA 5FFVA 5ENBA 4QEWA 2GRCA 5A83A 5AD3A 5E0RA 5CUGA 4IOOA 4NS5A 5DLXA 5L98A 5CQTA 4N3WA 5H85A 5HQ7A 5FH6A 4BHWA 4QUUA 2E7OA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4HBWA 4UYGA 4LZSA 4HXLA 5FG6A 3P1FA 4IOQA 1JSPB 5E3DA 2DKWA 4HBXA 5IBNA 5E9MA 4YYJA 3P1CA 3SVFA 4BW1A 5A5NA 3Q2FA 5ETDA 5CUCA 4QSRA 5DBMA 4BW4A 4Z1SA 4NRCA 5FH7A 4QYLA 5ENFA 5I89A 2NXBA 5CQ5A 4Z93A 4NRBA 4YABA 4CLBA 2YEMA 3LQJA 4OGJA 2H60A 5BT5A 3ZYUA 4TZ8A 1ZS5A 2EJNA 5L8TA 4O7EA 4IR5A 5AMEA 3FKMX 5F5ZA 1EQFA 4NXJA 5EVAA 5FG4A 4XUAA 4HBYA 4YH4A 2D9EA 4QSPA 4QSQA 2OO1A 5I7YA 4A9LA 4PCIA 4A9NA 5A5PA 5HRXA 4MEPA 5EM3A 5FG5A 5KHMA 4AI6A 3IU5A 4UIWA 3S92A 4QEVA 4BW3A 4LZ2A 4YBTA 5FFWA 2YW5A 4E96A 4XY8A 5H1VA 4A9MA 2R0VA 3SVGA 3Q2EA 4CUSA 3O36A 3UVYA 4HXOA 2YEKA 5EWDA 5JI8A 3JVJA 3JVLA 3U5NA 2RNYA 4O78A 4O77A 4ALHA 4UYDA 5LKTA 1ZKRA 4N4HA 3RCWA 5CUDA 5ENGA 4CL9A 4PTBA 5F61A 4FLPA 4WHWA 3UV5A 4UIVA 5ENHA 5C7NA 4ALGA 5KTUA 2L84A 4QSWA 5CS8A 4CFLA 5HFQA 2DWWA 4WHUA 5E9IA 4YATA 4UYEA 4X2IA 5CQ4A 4Z6HA 5A5OA 4QC3A 5A85A 3U5OA 1JM4B 5H1TA 2G4AA 5L99A 5II1A 4QBMA 3P5OA 2I8NA 2YQDA 3GG3A 4QR5A 4NYVA 4QY4A 5E7DA 5FE6A 3MUKA 4YY6A 4YC9A 4HXRA 4UYFB 1E6IA 5E73A 4Q0OA 5ENIA 3O37A 4O72A 2RO1A 5HQ6A 5IGNA 5A81A 4J0RA 4TQNA 4PS5A 2R10A 4CFKA 4O7CA 5F1LA 4MENA 3AQAA 5DLZA 5EICA 4NUDA 5AMFA 5II2A 3MULA 4QSSA 5DW1A 5E9KA 5L8UA 3QZSA 5EWHA 2DVSA 4MEQA 5KU3A 3U5MA 3MQMA 2RNWA 5D0CA 5D24A 5D7XA 2MJVB 5I7XA 5BT4A 5EPBA 5LVRA 4ZC9A 5EPRA 4F3IA 5FE0A 5FB0A 4HBVA 5CFWA 5EWVA 2WP1A 5D25A 4YBSA 5D3JA 4A9OA 1X0JA 5FE9A 4O70A 2RS9B 3QZTA 2E7NA 2R0YA 2RFJA 5C89A 4QR3A 3UVDA 5IGMA 4YBMA 5CUAA 5CRMA 5KTWA 5EA1A 4MEOA 2R0SA 3LJWA 4KV4A 4A9HA 5CZGA 4YY4A 5HQ5A 3MB3A 5ETBA 5E3GA 5DKDA 5HCLA 5HEMA 3HMFA 5EI4A 5EV9A 4ZQLA 5FE7A 5I29A 4UIYA 4XYAA 2LSPB 5D3RA 4CURA 5DKHA 5LJ1A 4XY9A 5KTXA 2RNXA 4YYNA 4HXMA 4QNSA 5HENA 5ACYA 5COIA 3D1DA 3K2JA 4QYDA 4TYLA 5F25A 4N4IA 5I86A 3G0JA 4TS8A 4QC1A 5CRZA 4BJXA 5L96A 4N4GA 5A82A 5CQ7A 3JVKA 4AKIA 4Y03A 1PUOA 5F1HA 3D7CA 5EP7A 4C66A 4TTEA 5EISA 5E74A 4YADA 5EPSA 3DAIA 3HMEA 5HJCA 4XUBA 5CU8A 5BT3A 4CUPA 2N9GA 3UW9A 5FB1A 5C85A 5FE4A 4LR6A 4QSUA 5CQ6A 5EQ1A 5G4RA 5FE1A 3LQIA 4HXKA 5H1UA 2OUOA 3UVWA 5HLSA 5TCMA 2YELA 5DX4A 3P1DA 3U5KA 4UIUA 5CPEA 5K29A 2F6NA 2RI7A 4A9FA 4GPJA 4UYFA 3S91A 2E3KA 3VKHA 5HRVA 4DONA 5DFBA 5IG6A 4HXNA 5FE5A 4LC2A 4A9JA 5I40A 4NQMA 4YYHA 4AKNA 4CUQA 4QEUA 4CUUA 4QUTA 4QZSA 5CY9A 4AKHA 3VKGA 5CP5A 2YDWA 4IR6A 3O35A 4YK0A 4ZW1A 5CGPA 3U5LA 4TZ2A 4YH3A 1WUMA 5CQ3A 4NYWA 1N72A 4LZRA 5HFRA 4IR4A 5FBXA 4O7FA 3I3JA 4BW2A 4NR5A 4IORA 2YYNA 2DVRA 5DYXA 4NUEA 5FE2A 5DYAA 4NR7A 4MR6A 2KTBB 4O71A 5DY7A 4Z6IA 4OUFA 4KV1A 5EGUA 5CUEA 5AD2A 4TU4A 3MB4A 4OGIA 4Z1QA 5I80A 5LJ0A 5EWCA 4CUTA 3IU6A 4HXSA 4UITA 5KO4A 4UIXA 4IR3A 3NXBA 4MR5A 4C67A 5LUUA 4NUCA 4LYSA 5A5QA 5F36A 4MR3A 3O34A 4NR9A 4KCXA 5DFDA 5HELA 5F3AA 2FSAA 4MR4A 4O75A 4O76A 4PCEA 4J3IA 5F2PA 4LRGA 4RVRA 5HM0A 2L85A 4QR4A 5E9VA 2DVVA 4PKLA 5C8GA 5D3HA 4YYGA 5D3SA 5E9YA 4LYWA 5DYCA 5IIDA 4NR6A 4J0SA 5D3TA 2L5EA 5TB6A 4YYKA 5ENCA 5IGKA 5EU1A 5EWWA 5LKXA 5A5RA 3U5JA 5A7CA 4O7BA 5I1QA 4LYIA 4Q0NA 3U5PA 5FDZA 5F60A 5DW2A 4LDFA 1F68A 4TT2A 4HXPA 2I7KA 5D3LA 3UV2A 3LQHA 3MXFA 4YYDA 3O33A 3AADA 5FFYA 4A9KA 4NR8A 2D82A 4A9EA 4TT6A 4QSXA 5CQ8A 4YAXA 5L97A 5ENEA 5CTLA 3ERRA 3P1EA 3HMHA 3QZVA 5C87A 5LVQA 4NR4A 5G4SA 5DFCA 3ONIA 5CUBA 5LJ2A 4NRAA 5FE3A 2DATA 5FE8A 5LKUA 4QB3A 4UIZA 3D1BA 5A5SA 4PY6A 1WUGA 4NQNA 2DVQA 5E9LA 5I83A 2OSSA 5IGLA 4AKGA 3UV4A 2WP2A 5D3NA 4YYIA 3UVXA 4TU6A 5CQAA 5DKCA 5D26A 5J0DA 4YYMA 3SVHA 4QSVA 4J1PA 5LKZA 3DWYA 4TT4A 4A9IA 4WIVA 5JWMA 5HRWA 3TLPA 4UYHA 2F6JA 5D3PA 5EK9A 5C4QA 5I88A 4QSTA 4O74A 4O7AA 5DYUA 5F62A 3LXJA 4N4FA 5F63A 3G0LA 5FH8A 4NYXA 5ENJA 3JVMA 5FFVA 5ENBA 4QEWA 2GRCA 5A83A 5AD3A 5E0RA 5CUGA 4IOOA 4NS5A 5DLXA 5L98A 5CQTA 4N3WA 5H85A 5HQ7A 5FH6A 4BHWA 4QUUA 2E7OA
chains in the Genus database with same CATH topology
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