5A81A

Crystal structure of human atad2 bromodomain in complex with 8-(3r,4r) -3-(cyclohexylmethoxy)piperidin-4-yl-amino-3-methyl-1,2-dihydro-1,7- naphthyridin-2-one
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
SMQEEDTFRELRIFLRNVTHRLAIDKRFRVFTKPVDPDEVPDYVTVIKQPMDLSSVISKIDLHKYLTVKDYLRDIDLICSNALEYNPDRDPGDRLIRHRACALRDTAYAIIKEELDEDFEQLCEEIQESR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
publication title Structure-Based Optimization of Naphthyridones Into Potent Atad2 Bromodomain Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ATPASE FAMILY AAA DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 55
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.6.1.3: Adenosinetriphosphatase.
pdb deposition date 2015-07-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5a81A00
5F5ZA 3JVMA 5FE0A 5DYXA 5EWVA 2YEKA 4A9FA 4O75A 5EU1A 5C7NA 5KTWA 4PCIA 5BT5A 4C67A 3P1DA 5CZGA 5KU3A 4HXOA 2F6NA 4O7BA 5CFWA 2WP1A 4NRBA 3U5JA 4NR9A 5I80A 4F3IA 5EQ1A 5CQ6A 5DFBA 4MR3A 5HM0A 4A9EA 5C8GA 4QBMA 5EWWA 4X2IA 4CFLA 4TYLA 3G0LA 5D3LA 5I1QA 5F2PA 4BW4A 5CY9A 1ZS5A 4ZC9A 5COIA 3I3JA 5HRVA 5E9LA 5ENIA 4TT6A 5K29A 4HBVA 5CUGA 2YW5A 5I7YA 3MQMA 2YQDA 4YABA 5F1HA 4QEWA 5H1VA 1EQFA 4N4HA 5HFQA 3NXBA 4OGIA 5I83A 5TCMA 5CRZA 4YH4A 4HXLA 2GRCA 4CL9A 2R10A 4J3IA 3FKMX 5DKDA 4QYLA 5L8TA 5EGUA 5E7DA 2OSSA 5FB0A 5D25A 4CFKA 4QEVA 4YY6A 4XY8A 4NRAA 4QSSA 3TLPA 4KV4A 5E3DA 5D3JA 5E9VA 5F60A 4O7FA 4LYIA 3DWYA 3O35A 5FFWA 4A9HA 5AMEA 3U5OA 5EK9A 2OUOA 4LZ2A 5H85A 4O76A 4UIUA 5HQ5A 2RNYA 4E96A 5KTXA 5LKZA 5D24A 2YYNA 4IOQA 3U5NA 5FH8A 5FE3A 3S91A 5ENHA 4MR4A 5AD3A 4QC3A 3RCWA 5KTUA 5A5SA 3QZVA 5AMFA 2YEMA 5E9KA 5EM3A 5A85A 4MEQA 4UIYA 4CUPA 4QYDA 4UIZA 4QNSA 3MXFA 5KHMA 4BW3A 4XUBA 5D3NA 4ZQLA 4LDFA 2G4AA 4NUEA 5IGMA 5CQ3A 4NXJA 3P1CA 5EWCA 5C85A 4Z1QA 4TTEA 4QSUA 5CGPA 2YDWA 5ETBA 4C66A 5FG5A 4J1PA 5F25A 4HBXA 4MENA 3JVJA 4YBSA 4Z1SA 4O7EA 5I29A 5DKCA 3LJWA 4QR3A 2MJVB 5LJ0A 4O72A 4NUDA 5E0RA 5CUEA 4IR4A 4O7AA 5CUCA 4QSXA 5E9MA 5LVQA 4YY4A 4WHWA 5LKUA 4YBTA 5DFCA 5F61A 4NQNA 4HXPA 4NR8A 5D3SA 5ENJA 4PKLA 3UVWA 5HLSA 4LR6A 5LUUA 5JI8A 4CUSA 4CUTA 2L85A 5HELA 5EV9A 4QSWA 3O37A 4A9JA 3MUKA 4UYDA 4NRCA 2FSAA 5IGLA 2RNXA 4YYMA 2D82A 5IBNA 5DFDA 3D7CA 4WHUA 5F62A 5FG6A 5FE4A 5FH7A 4QSTA 4QC1A 5ACYA 5EWDA 4UYGA 4KV1A 2RO1A 3UV4A 4DONA 5LKXA 3JVKA 2DVSA 3O36A 5I40A 4IORA 4N4FA 4HXSA 5DYUA 5CQ5A 5DYCA 4UITA 5HJCA 5DBMA 5DLXA 4CUQA 1JM4B 3HMEA 4UYEA 5HRWA 2F6JA 3LQJA 5FG4A 5I89A 5FE1A 5L98A 4UYHA 3UVYA 5F1LA 5A81A 4AKNA 3AQAA 4QSQA 5L8UA 4TT2A 5E73A 5DLZA 5FE9A 5CTLA 3U5KA 4QZSA 4RVRA 5EPSA 4HXKA 5EICA 3JVLA 4UIXA 4XY9A 5FE5A 3MB3A 4QUUA 5LJ1A 4O77A 5HQ7A 3LQIA 4LZRA 4ZW1A 5A5PA 3S92A 4NR6A 5I88A 4CUUA 4ALHA 4YAXA 5FBXA 4GPJA 2KTBB 2LSPB 4QSRA 5A5RA 4YC9A 5ENGA 4QY4A 5TB6A 3IU5A 4NUCA 4QSVA 3SVGA 4MEOA 3UVDA 4A9MA 4UIWA 4IR5A 5HENA 4NS5A 5DW2A 4QR4A 4O70A 4LRGA 5EA1A 4CURA 1WUMA 4QSPA 3Q2EA 4YYGA 2DWWA 4OGJA 4A9OA 4OUFA 4TZ2A 4NR5A 3LQHA 4PS5A 5FE2A 5DY7A 5KO4A 4IR6A 4J0RA 4A9NA 5FDZA 5DYAA 4BHWA 5ENCA 5E9IA 2OO1A 4YYNA 2DVRA 5C4QA 4TQNA 2RNWA 4PCEA 3DAIA 4XYAA 4NYVA 3LXJA 4LZSA 5C89A 4KCXA 5EI4A 3U5MA 5I7XA 4XUAA 5L97A 3O33A 3K2JA 4YYDA 5DX4A 4QUTA 3UV5A 2E7NA 4FLPA 3HMFA 5F63A 1F68A 5D26A 3AADA 2D9EA 4TU6A 4O78A 2RS9B 5CUDA 5IGNA 4BW1A 5ENBA 5FB1A 2H60A 5EVAA 4O74A 4A9IA 4PY6A 5CPEA 5DKHA 2N9GA 4NR4A 5CQ4A 3UV2A 4TU4A 5A5QA 4QR5A 5E9YA 1X0JA 5FH6A 3MULA 5A5NA 5H1TA 2I7KA 3SVFA 4ALGA 4TS8A 5DW1A 5D3TA 5E74A 5J0DA 3MB4A 4HXMA 2L5EA 5FFYA 5CUAA 4HXRA 4QB3A 4Y03A 5I86A 4UYFB 5CRMA 5HEMA 5A83A 4A9LA 5LJ2A 4UIVA 4BW2A 2L84A 2WP2A 5F36A 5JWMA 4N3WA 3P1FA 4TT4A 5EPBA 3ZYUA 4YYIA 2I8NA 5G4RA 2RI7A 2DVQA 5G4SA 5IIDA 4O71A 4Z6IA 5CS8A 2NXBA 3O34A 5A5OA 5A7CA 4YK0A 4NQMA 4J0SA 5CU8A 4Z6HA 5CQAA 4MEPA 4TZ8A 1N72A 4UYFA 5II1A 2R0VA 4A9KA 3ONIA 4LYSA 5EISA 5IG6A 5ENFA 5FE8A 3QZTA 4HBYA 5IGKA 4LC2A 4CLBA 3GG3A 1WUGA 2R0SA 4N4GA 4YYJA 5EWHA 2E7OA 4MR6A 3U5LA 5H1UA 5CP5A 5CUBA 5LVRA 3SVHA 4NR7A 5C87A 2DKWA 5A82A 5E3GA 3UVXA 3U5PA 3UW9A 5ETDA 2YELA 4O7CA 5HCLA 5HRXA 4Q0NA 5EPRA 4MR5A 5FE6A 5BT4A 5LKTA 4YYHA 5CQTA 5D3RA 3P1EA 4YYKA 5ENEA 3G0JA 2E3KA 5EP7A 5D3PA 3HMHA 5D7XA 5CQ7A 2RFJA 5D0CA 2DATA 1E6IA 5CQ8A 4Q0OA 5II2A 4Z93A 4NYWA 5F3AA 2DVVA 4NYXA 4N4IA 5AD2A 5FE7A 4WIVA 3IU6A 4PTBA 5HQ6A 5L99A 3P5OA 5D3HA 4YBMA 4YATA 5FFVA 1JSPB 5BT3A 4HBWA 4QEUA 3QZSA 3Q2FA 2R0YA 4IOOA 4YADA 4YH3A 4HXNA 5L96A 4BJXA 4IR3A 5HFRA 4LYWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5F5ZA 3JVMA 5FE0A 5DYXA 5EWVA 2YEKA 4A9FA 4O75A 5EU1A 5C7NA 5KTWA 4PCIA 2EJNA 5BT5A 4C67A 3P1DA 5CZGA 5KU3A 4HXOA 3D1DA 2F6NA 4AKIA 4O7BA 5CFWA 2WP1A 4NRBA 3U5JA 4NR9A 5I80A 4F3IA 5EQ1A 5CQ6A 5DFBA 4MR3A 3VKHA 5HM0A 4A9EA 5C8GA 4QBMA 5EWWA 4X2IA 4CFLA 4TYLA 3G0LA 5D3LA 5I1QA 5F2PA 4BW4A 5CY9A 1ZS5A 4ZC9A 5COIA 3I3JA 5HRVA 5E9LA 5ENIA 4TT6A 5K29A 4HBVA 5CUGA 2YW5A 5I7YA 3MQMA 2YQDA 4YABA 5F1HA 4QEWA 5H1VA 1EQFA 4AKHA 4N4HA 5HFQA 3NXBA 4OGIA 5I83A 5TCMA 5CRZA 4YH4A 4HXLA 2GRCA 4CL9A 2R10A 4J3IA 3FKMX 5DKDA 4QYLA 5L8TA 5EGUA 5E7DA 2OSSA 5FB0A 5D25A 4CFKA 4QEVA 4YY6A 4XY8A 4NRAA 4QSSA 3TLPA 4KV4A 5E3DA 5D3JA 5E9VA 5F60A 4O7FA 4LYIA 3DWYA 3O35A 5FFWA 4A9HA 5AMEA 3U5OA 5EK9A 2OUOA 4LZ2A 5H85A 4O76A 4UIUA 5HQ5A 2RNYA 4E96A 5KTXA 5LKZA 5D24A 2YYNA 4IOQA 3U5NA 5FH8A 5FE3A 3S91A 5ENHA 4MR4A 3VKGA 5AD3A 4QC3A 3RCWA 5KTUA 5A5SA 3QZVA 5AMFA 2YEMA 5E9KA 5EM3A 5A85A 4MEQA 4UIYA 4CUPA 4QYDA 4UIZA 4QNSA 3MXFA 5KHMA 4BW3A 4XUBA 5D3NA 4ZQLA 4LDFA 2G4AA 4NUEA 5IGMA 5CQ3A 4NXJA 3P1CA 5EWCA 5C85A 4Z1QA 4TTEA 4QSUA 5CGPA 2YDWA 5ETBA 4C66A 5FG5A 4J1PA 5F25A 4HBXA 4MENA 3JVJA 4YBSA 4Z1SA 4O7EA 5I29A 5DKCA 3LJWA 4QR3A 2MJVB 5LJ0A 4O72A 4NUDA 5E0RA 5CUEA 4IR4A 4O7AA 5CUCA 4QSXA 5E9MA 5LVQA 4YY4A 4WHWA 5LKUA 4YBTA 5DFCA 5F61A 4NQNA 4HXPA 4NR8A 5D3SA 5ENJA 4PKLA 3UVWA 5HLSA 4LR6A 5LUUA 5JI8A 4CUSA 4CUTA 1ZKRA 2L85A 5HELA 5EV9A 4QSWA 3O37A 4A9JA 3MUKA 4UYDA 4NRCA 2FSAA 5IGLA 2RNXA 4YYMA 2D82A 5IBNA 5DFDA 3D7CA 4WHUA 5F62A 5FG6A 5FE4A 5FH7A 4QSTA 4QC1A 5ACYA 5EWDA 4UYGA 4KV1A 2RO1A 3UV4A 4DONA 5LKXA 3JVKA 2DVSA 3O36A 5I40A 4IORA 4N4FA 4HXSA 5DYUA 5CQ5A 5DYCA 4UITA 5HJCA 5DBMA 5DLXA 4CUQA 1JM4B 3HMEA 4UYEA 5HRWA 2F6JA 3LQJA 5FG4A 5I89A 5FE1A 5L98A 4UYHA 3UVYA 5F1LA 5A81A 4AKNA 3AQAA 4QSQA 5L8UA 4TT2A 5E73A 5DLZA 5FE9A 5CTLA 1PUOA 3U5KA 4QZSA 4RVRA 5EPSA 4AKGA 4HXKA 5EICA 3JVLA 4UIXA 4XY9A 5FE5A 3MB3A 4QUUA 5LJ1A 4O77A 5HQ7A 3LQIA 4LZRA 4ZW1A 5A5PA 3S92A 4NR6A 5I88A 4CUUA 4ALHA 4YAXA 5FBXA 4GPJA 2KTBB 2LSPB 4QSRA 5A5RA 4YC9A 5ENGA 4QY4A 5TB6A 3IU5A 4NUCA 4QSVA 3SVGA 4MEOA 3UVDA 4A9MA 4UIWA 4IR5A 5HENA 4NS5A 5DW2A 4QR4A 4O70A 4LRGA 5EA1A 4CURA 1WUMA 4QSPA 3Q2EA 4YYGA 2DWWA 4OGJA 4A9OA 4OUFA 4TZ2A 4NR5A 3LQHA 4PS5A 5FE2A 5DY7A 5KO4A 4IR6A 4J0RA 4A9NA 5FDZA 5DYAA 4BHWA 5ENCA 5E9IA 2OO1A 4YYNA 2DVRA 5C4QA 4TQNA 2RNWA 4PCEA 3DAIA 4XYAA 4NYVA 3LXJA 4LZSA 5C89A 4KCXA 5EI4A 3U5MA 5I7XA 4XUAA 5L97A 3O33A 3K2JA 4YYDA 5DX4A 4QUTA 3UV5A 2E7NA 4FLPA 3HMFA 5F63A 1F68A 5D26A 3AADA 2D9EA 4TU6A 4O78A 2RS9B 5CUDA 5IGNA 4BW1A 5ENBA 5FB1A 2H60A 5EVAA 4O74A 4A9IA 4PY6A 5CPEA 5DKHA 2N9GA 4NR4A 3D1BA 5CQ4A 3UV2A 4TU4A 5A5QA 4QR5A 5E9YA 1X0JA 5FH6A 3MULA 5A5NA 5H1TA 2I7KA 3SVFA 4ALGA 4TS8A 5DW1A 5D3TA 5E74A 5J0DA 3MB4A 4HXMA 2L5EA 5FFYA 5CUAA 4HXRA 4QB3A 4Y03A 5I86A 4UYFB 5CRMA 5HEMA 5A83A 4A9LA 5LJ2A 4UIVA 4BW2A 2L84A 2WP2A 5F36A 5JWMA 4N3WA 3P1FA 4TT4A 5EPBA 3ZYUA 4YYIA 2I8NA 5G4RA 2RI7A 2DVQA 5G4SA 5IIDA 4O71A 4Z6IA 5CS8A 2NXBA 3O34A 5A5OA 5A7CA 4YK0A 4NQMA 4J0SA 5CU8A 4Z6HA 5CQAA 4MEPA 4TZ8A 1N72A 4UYFA 5II1A 2R0VA 4A9KA 3ONIA 4LYSA 5EISA 5IG6A 5ENFA 5FE8A 3QZTA 4HBYA 5IGKA 4LC2A 4CLBA 3GG3A 1WUGA 2R0SA 4N4GA 4YYJA 5EWHA 2E7OA 3ERRA 4MR6A 3U5LA 5CP5A 5H1UA 5CUBA 5LVRA 3SVHA 4NR7A 5C87A 2DKWA 5A82A 5E3GA 3UVXA 3U5PA 3UW9A 5ETDA 2YELA 4O7CA 5HCLA 5HRXA 4Q0NA 5EPRA 4MR5A 5FE6A 5BT4A 5LKTA 4YYHA 5CQTA 5D3RA 3P1EA 4YYKA 5ENEA 3G0JA 2E3KA 5EP7A 5D3PA 3HMHA 5D7XA 5CQ7A 2RFJA 5D0CA 2DATA 1E6IA 5CQ8A 4Q0OA 5II2A 4Z93A 4NYWA 5F3AA 2DVVA 4NYXA 4N4IA 5AD2A 5FE7A 4WIVA 3IU6A 4PTBA 5HQ6A 5L99A 3P5OA 5D3HA 4AI6A 4YBMA 4YATA 5FFVA 1JSPB 5BT3A 4HBWA 4QEUA 3QZSA 3Q2FA 2R0YA 4IOOA 4YADA 4YH3A 4HXNA 5L96A 4BJXA 4IR3A 5HFRA 4LYWA
chains in the Genus database with same CATH topology
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