5A81A

Crystal structure of human atad2 bromodomain in complex with 8-(3r,4r) -3-(cyclohexylmethoxy)piperidin-4-yl-amino-3-methyl-1,2-dihydro-1,7- naphthyridin-2-one
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
b'SMQEEDTFRELRIFLRNVTHRLAIDKRFRVFTKPVDPDEVPDYVTVIKQPMDLSSVISKIDLHKYLTVKDYLRDIDLICSNALEYNPDRDPGDRLIRHRACALRDTAYAIIKEELDEDFEQLCEEIQESR'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Structure-Based Optimization of Naphthyridones Into Potent Atad2 Bromodomain Inhibitors.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ATPASE FAMILY AAA DOMAIN-CONTAINING PROTEIN 2
source organism Homo sapiens
molecule tags Hydrolase
total genus 55
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.6.1.3: Adenosinetriphosphatase.
pdb deposition date 2015-07-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5a81A00
3MULA 3HMEA 2RI7A 4YBMA 5H1VA 5FH7A 5LUUA 1X0JA 4UYHA 4QR4A 5EI4A 5ENGA 4AKNA 4CFKA 5LVRA 4MR5A 3U5PA 2E7NA 4ZQLA 5DLZA 4YYIA 5I7XA 5A5OA 4NR6A 5CUAA 4QSXA 4TT4A 5FG6A 3ONIA 3DWYA 4N4GA 4LYSA 3AQAA 5IIDA 4NR8A 4LR6A 4QC3A 5E7DA 5FG4A 4OUFA 4YYGA 4XY8A 3QZSA 5FBXA 4HXRA 5CY9A 4NQMA 4QSVA 5CFWA 1N72A 5IGMA 5CU8A 5DYUA 5IGLA 4UIUA 4NUDA 4UYEA 5G4SA 5E3DA 5HQ7A 3P5OA 5KO4A 5EPSA 5C85A 5CQ4A 4NR7A 5DFDA 4WHUA 4XUAA 5DKDA 3SVFA 2YELA 4OGIA 4YYMA 1JSPB 2DVRA 3O34A 4TT2A 3U5JA 5C89A 2N9GA 4A9LA 4PCIA 5A5SA 5CQAA 3LQIA 5D3PA 4A9MA 4XYAA 4IOQA 3UVXA 5TCMA 5A81A 4QYDA 4C66A 5E3GA 2E7OA 4HXMA 5D3SA 5FFYA 4YYJA 4O74A 5TB6A 4LZSA 4NR4A 4HXOA 5CUDA 5D3TA 4QB3A 4QSRA 5CGPA 3IU6A 4KV1A 2OO1A 1E6IA 4LRGA 4TU6A 5I86A 5FE6A 4O7CA 4BW3A 4NRAA 5FE3A 5D24A 5L98A 4A9EA 5D0CA 4O77A 5L99A 4TS8A 4YY6A 5LKUA 4QSWA 4WIVA 4YYHA 5EU1A 5E9YA 5ACYA 5DFCA 2OUOA 3IU5A 5II1A 5LJ1A 2MJVB 4O70A 5HFQA 3MQMA 4MR3A 5ENFA 4QEVA 5EWDA 5EPRA 5G4RA 5H85A 3U5LA 5F1LA 5CTLA 5H1TA 5D3JA 4QNSA 4Z6IA 2H60A 5LKZA 5E9KA 4QR5A 5DW1A 3I3JA 1EQFA 2RNWA 5F5ZA 2YEMA 4ZC9A 4PTBA 4LYIA 4WHWA 4LDFA 4QBMA 5D3RA 5CP5A 2E3KA 4MEQA 4N3WA 4QYLA 5DX4A 5D3HA 5AMEA 4XY9A 5L97A 4ALHA 3O36A 5EGUA 5FE2A 4ALGA 5D3NA 4UYFA 3LQHA 4MEOA 2LSPB 3Q2FA 5LKXA 4YABA 5EWHA 4HBVA 4O7FA 4UYDA 4QSSA 4CFLA 2DVVA 4IR5A 5EM3A 5EWCA 5F1HA 3NXBA 4KV4A 5E9VA 5FE0A 4QUUA 5FB1A 2NXBA 5CUEA 2D82A 2F6NA 3SVHA 4QEUA 5E74A 3P1FA 3HMHA 5HM0A 4YAXA 4HBYA 2RNYA 4YATA 4QEWA 4QR3A 3QZVA 4MR6A 5A85A 4HXLA 4NR9A 4QSUA 4LZRA 5FDZA 5FH6A 4IR4A 4QSQA 4A9HA 4CUTA 3K2JA 3O35A 4PY6A 3UV2A 5HRWA 5C8GA 5LKTA 4NYVA 5I1QA 4HXKA 3JVKA 3U5OA 4NS5A 4UYGA 3S92A 5I83A 4J1PA 5CQTA 5CPEA 5F2PA 2DVSA 4Z6HA 5A5PA 4Y03A 5C4QA 4CUPA 4CUUA 5DYCA 5FFWA 1F68A 5F63A 4O78A 4CURA 2WP1A 4YK0A 5D26A 4ZW1A 3RCWA 3ZYUA 2I7KA 5E9MA 5IG6A 4UIWA 2RFJA 5LJ2A 5ETBA 4C67A 3HMFA 5CQ5A 3LXJA 5F3AA 5I29A 4O76A 2RS9B 5F61A 4LC2A 4TT6A 2FSAA 5ENIA 5DYXA 3QZTA 2F6JA 5EP7A 5FE7A 4A9JA 5HRVA 4MEPA 5DBMA 4GPJA 3LJWA 4TTEA 5CQ3A 3UV5A 3UV4A 5HQ6A 3MB4A 4UIYA 4OGJA 4IORA 5KTUA 4TYLA 3UVWA 4O71A 4UYFB 2D9EA 4BW1A 4O7AA 5JWMA 5EICA 3U5NA 3MUKA 5IBNA 5ENEA 5E9IA 3AADA 5DFBA 5E0RA 4HBXA 4YBTA 5CQ7A 3TLPA 4FLPA 4BW2A 5J0DA 5E73A 5CRZA 4BHWA 5HJCA 4O7EA 4MENA 4YADA 4E96A 4YBSA 2L85A 4HBWA 4NRCA 4A9NA 5EA1A 5D3LA 4QUTA 3UVDA 2R0VA 2RNXA 4DONA 4A9KA 5EQ1A 4NUCA 5FE5A 4YYKA 4MR4A 4HXNA 4CLBA 4UIXA 5CQ6A 5A5RA 5COIA 5EPBA 5A83A 5AD2A 5ENHA 4PKLA 5LVQA 4IOOA 2RO1A 5A5NA 5C87A 5EISA 5L8UA 4O7BA 4HXSA 4TZ8A 5I89A 2YEKA 5D25A 4BJXA 2R0SA 5F62A 4KCXA 3MB3A 5EWVA 4Q0NA 3SVGA 4NYXA 4YYNA 4NRBA 3DAIA 4IR6A 5DYAA 5BT3A 5KTWA 5L96A 5EWWA 4QC1A 2G4AA 5EK9A 5KHMA 3FKMX 4QZSA 4A9OA 4J3IA 4UIVA 5AD3A 5FE9A 4N4IA 5HCLA 5I80A 4HXPA 2GRCA 5FE1A 5DW2A 3G0JA 4J0RA 5BT5A 1JM4B 3Q2EA 2WP2A 5D7XA 5L8TA 4RVRA 5BT4A 3S91A 5A5QA 2YW5A 5A7CA 5I7YA 3LQJA 4XUBA 4CUSA 4Z1QA 5ENJA 4A9IA 4N4FA 5DKHA 5F36A 1WUGA 3G0LA 5DLXA 2KTBB 5KU3A 3U5MA 4PCEA 2R0YA 4NXJA 4O75A 4LYWA 5EVAA 5HRXA 5LJ0A 3U5KA 3P1DA 4NYWA 1WUMA 2DWWA 4Z93A 5CQ8A 5CZGA 4NUEA 5CS8A 5II2A 5ENCA 4QSPA 5FFVA 2L5EA 3MXFA 5EV9A 2YQDA 3JVMA 4YH3A 3D7CA 5I88A 5IGKA 3JVJA 5FG5A 5H1UA 5A82A 3JVLA 5F25A 5FE8A 5FE4A 4IR3A 4TZ2A 2R10A 2YDWA 4BW4A 3P1CA 5FH8A 5ENBA 5E9LA 4CUQA 4NQNA 5HENA 3UW9A 4O72A 2I8NA 4TU4A 2DKWA 4YH4A 4CL9A 4YYDA 4LZ2A 5CUCA 5C7NA 5CRMA 3P1EA 5KTXA 4UITA 5IGNA 4UIZA 5DKCA 5AMFA 4YC9A 3O33A 4QY4A 4YY4A 5FB0A 3GG3A 5ETDA 5HELA 5DY7A 5JI8A 5HFRA 4X2IA 2L84A 5HQ5A 2DVQA 5HEMA 4F3IA 4N4HA 3UVYA 2DATA 2OSSA 2YYNA 5I40A 5CUGA 4J0SA 4Q0OA 3O37A 4QSTA 4NR5A 5CUBA 4Z1SA 4TQNA 5K29A 1ZS5A 5HLSA 4A9FA 4PS5A 5F60A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3MULA 3HMEA 2RI7A 4YBMA 5H1VA 5FH7A 5LUUA 1X0JA 4UYHA 4QR4A 5EI4A 5ENGA 4AKNA 4CFKA 5LVRA 4MR5A 3U5PA 2E7NA 4ZQLA 5DLZA 4YYIA 5I7XA 5A5OA 4NR6A 5CUAA 4QSXA 4TT4A 5FG6A 3ONIA 3DWYA 4N4GA 4LYSA 3AQAA 5IIDA 4NR8A 4LR6A 4QC3A 5E7DA 5FG4A 4OUFA 4YYGA 4XY8A 3QZSA 5FBXA 4HXRA 5CY9A 4NQMA 4QSVA 5CFWA 1N72A 5IGMA 5CU8A 3VKHA 5DYUA 5IGLA 4UIUA 4NUDA 4UYEA 5G4SA 5E3DA 5HQ7A 3P5OA 5KO4A 5EPSA 5C85A 5CQ4A 4NR7A 5DFDA 4WHUA 4XUAA 5DKDA 3SVFA 2YELA 4OGIA 4YYMA 1JSPB 2DVRA 3O34A 4TT2A 3U5JA 5C89A 2N9GA 4A9LA 4PCIA 5A5SA 5CQAA 3LQIA 5D3PA 4A9MA 4XYAA 4IOQA 3UVXA 5TCMA 5A81A 4QYDA 4C66A 5E3GA 3D1DA 2E7OA 4HXMA 5D3SA 5FFYA 4YYJA 4O74A 5TB6A 4LZSA 4NR4A 4HXOA 5CUDA 5D3TA 4QB3A 4QSRA 5CGPA 3IU6A 4KV1A 2OO1A 1E6IA 4LRGA 4TU6A 5I86A 5FE6A 4O7CA 4BW3A 4NRAA 5FE3A 5D24A 5L98A 4A9EA 5D0CA 4O77A 5L99A 4TS8A 4YY6A 5LKUA 4QSWA 4WIVA 4YYHA 5EU1A 5E9YA 5ACYA 5DFCA 2OUOA 3IU5A 5II1A 5LJ1A 2MJVB 4O70A 5HFQA 3MQMA 4MR3A 5ENFA 4QEVA 5EWDA 5EPRA 5G4RA 5H85A 3U5LA 5F1LA 5CTLA 5H1TA 5D3JA 4QNSA 4Z6IA 2H60A 5LKZA 5E9KA 4QR5A 5DW1A 3I3JA 1EQFA 2RNWA 5F5ZA 2YEMA 4ZC9A 4PTBA 4LYIA 4WHWA 4LDFA 4QBMA 5D3RA 5CP5A 2E3KA 4MEQA 4N3WA 4QYLA 5DX4A 5D3HA 5AMEA 4XY9A 5L97A 4ALHA 3O36A 5EGUA 5FE2A 4ALGA 5D3NA 4UYFA 3LQHA 4MEOA 2LSPB 3Q2FA 5LKXA 4YABA 5EWHA 4HBVA 4O7FA 4UYDA 4QSSA 4CFLA 2DVVA 4IR5A 5EM3A 5EWCA 5F1HA 3NXBA 4KV4A 5E9VA 5FE0A 4QUUA 5FB1A 2NXBA 5CUEA 2D82A 2F6NA 3SVHA 4QEUA 5E74A 3P1FA 3HMHA 5HM0A 4YAXA 4HBYA 2RNYA 4YATA 4QEWA 4QR3A 3QZVA 4MR6A 5A85A 4HXLA 4NR9A 4QSUA 4LZRA 5FDZA 5FH6A 4IR4A 4QSQA 4A9HA 4CUTA 4AI6A 3K2JA 3O35A 4PY6A 3UV2A 5HRWA 5C8GA 5LKTA 4NYVA 5I1QA 4HXKA 3JVKA 3U5OA 4NS5A 4UYGA 3S92A 5I83A 4J1PA 5CQTA 5CPEA 5F2PA 2DVSA 4Z6HA 5A5PA 4AKIA 4Y03A 5C4QA 4CUPA 4CUUA 5DYCA 5FFWA 1F68A 5F63A 4O78A 4CURA 2WP1A 4YK0A 5D26A 4ZW1A 3RCWA 3ZYUA 2I7KA 5E9MA 5IG6A 4UIWA 2RFJA 5LJ2A 5ETBA 4C67A 3HMFA 5CQ5A 3ERRA 3LXJA 5F3AA 5I29A 4O76A 2RS9B 5F61A 4LC2A 4TT6A 2FSAA 5ENIA 5DYXA 3QZTA 2F6JA 5EP7A 5FE7A 4A9JA 5HRVA 4MEPA 5DBMA 4GPJA 3LJWA 4TTEA 5CQ3A 3UV5A 3UV4A 5HQ6A 3MB4A 4UIYA 4OGJA 4IORA 5KTUA 4TYLA 3UVWA 4O71A 4UYFB 2D9EA 4BW1A 4O7AA 5JWMA 5EICA 3U5NA 3MUKA 5IBNA 5ENEA 5E9IA 3AADA 5DFBA 5E0RA 4HBXA 4YBTA 5CQ7A 3TLPA 4FLPA 4BW2A 5J0DA 5E73A 5CRZA 4BHWA 5HJCA 4O7EA 4MENA 4YADA 4E96A 4YBSA 2L85A 4HBWA 4NRCA 4A9NA 5EA1A 5D3LA 4QUTA 3UVDA 2R0VA 2RNXA 4DONA 4A9KA 5EQ1A 4NUCA 5FE5A 4YYKA 4MR4A 4HXNA 4CLBA 4UIXA 5CQ6A 5A5RA 5COIA 5EPBA 5A83A 5AD2A 5ENHA 4PKLA 5LVQA 4IOOA 2RO1A 5A5NA 5C87A 5EISA 5L8UA 4O7BA 4HXSA 4TZ8A 5I89A 1ZKRA 2YEKA 5D25A 4BJXA 2R0SA 5F62A 3D1BA 4KCXA 3MB3A 5EWVA 4Q0NA 3SVGA 4NYXA 4YYNA 4NRBA 3DAIA 4IR6A 5DYAA 5BT3A 5KTWA 5L96A 5EWWA 4QC1A 2G4AA 5EK9A 5KHMA 3FKMX 4QZSA 4A9OA 4J3IA 4UIVA 5AD3A 5FE9A 4N4IA 5HCLA 5I80A 4HXPA 2GRCA 5FE1A 5DW2A 3G0JA 4J0RA 5BT5A 1JM4B 3Q2EA 2WP2A 5D7XA 5L8TA 4RVRA 5BT4A 3S91A 5A5QA 2YW5A 4AKGA 5A7CA 5I7YA 3LQJA 4XUBA 4CUSA 4Z1QA 5ENJA 4A9IA 4N4FA 5DKHA 5F36A 1WUGA 3G0LA 5DLXA 2KTBB 5KU3A 3U5MA 4PCEA 2R0YA 4NXJA 4O75A 4LYWA 5EVAA 5HRXA 5LJ0A 3U5KA 3P1DA 4NYWA 1WUMA 2DWWA 4Z93A 5CQ8A 5CZGA 4NUEA 5CS8A 3VKGA 5II2A 2EJNA 5ENCA 4QSPA 5FFVA 2L5EA 3MXFA 5EV9A 2YQDA 3JVMA 4YH3A 3D7CA 5I88A 5IGKA 3JVJA 5FG5A 5H1UA 5A82A 3JVLA 5F25A 5FE8A 5FE4A 4IR3A 4AKHA 4TZ2A 2R10A 2YDWA 1PUOA 4BW4A 3P1CA 5FH8A 5ENBA 5E9LA 4CUQA 4NQNA 5HENA 3UW9A 4O72A 2I8NA 4TU4A 2DKWA 4YH4A 4CL9A 4YYDA 4LZ2A 5CUCA 5C7NA 5CRMA 3P1EA 5KTXA 4UITA 5IGNA 4UIZA 5DKCA 5AMFA 4YC9A 3O33A 4QY4A 4YY4A 5FB0A 3GG3A 5ETDA 5HELA 5DY7A 5JI8A 5HFRA 4X2IA 2L84A 5HQ5A 2DVQA 5HEMA 4F3IA 4N4HA 3UVYA 2DATA 2OSSA 2YYNA 5I40A 5CUGA 4J0SA 4Q0OA 3O37A 4QSTA 4NR5A 5CUBA 4Z1SA 4TQNA 5K29A 1ZS5A 5HLSA 4A9FA 4PS5A 5F60A
chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3MUL A;  3HME A;  2RI7 A;  4YBM A;  5H1V A;  5FH7 A;  5LUU A;  1X0J A;  4UYH A;  4QR4 A;  5EI4 A;  5ENG A;  4AKN A;  4CFK A;  5LVR A;  4MR5 A;  3U5P A;  2E7N A;  4ZQL A;  5DLZ A;  4YYI A;  5I7X A;  5A5O A;  4NR6 A;  5CUA A;  4QSX A;  4TT4 A;  5FG6 A;  3ONI A;  3DWY A;  4N4G A;  4LYS A;  3AQA A;  5IID A;  4NR8 A;  4LR6 A;  4QC3 A;  5E7D A;  5FG4 A;  4OUF A;  4YYG A;  4XY8 A;  3QZS A;  5FBX A;  4HXR A;  5CY9 A;  4NQM A;  4QSV A;  5CFW A;  1N72 A;  5IGM A;  5CU8 A;  5DYU A;  5IGL A;  4UIU A;  4NUD A;  4UYE A;  5G4S A;  5E3D A;  5HQ7 A;  3P5O A;  5KO4 A;  5EPS A;  5C85 A;  5CQ4 A;  4NR7 A;  5DFD A;  4WHU A;  4XUA A;  5DKD A;  3SVF A;  2YEL A;  4OGI A;  4YYM A;  1JSP B;  2DVR A;  3O34 A;  4TT2 A;  3U5J A;  5C89 A;  2N9G A;  4A9L A;  4PCI A;  5A5S A;  5CQA A;  3LQI A;  5D3P A;  4A9M A;  4XYA A;  4IOQ A;  3UVX A;  5TCM A;  5A81 A;  4QYD A;  4C66 A;  5E3G A;  2E7O A;  4HXM A;  5D3S A;  5FFY A;  4YYJ A;  4O74 A;  5TB6 A;  4LZS A;  4NR4 A;  4HXO A;  5CUD A;  5D3T A;  4QB3 A;  4QSR A;  5CGP A;  3IU6 A; 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