4NRBA

Crystal structure of the bromodomain of human baz2b in complex with compound-1 n01197
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
114
structure length
114
Chain Sequence
SMSVKKPKRDDSKDLALCSMILTEMETHEDAWPFLLPVNLKLVPGYKKVIKKPMDFSTIREKLSSGQYPNLETFALDVRLVFDNCETFNEDDSDIGRAGHNMRKYFEKKWTDTF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule keywords Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B
publication title Targeting low-druggability bromodomains: fragment based screening and inhibitor design against the BAZ2B bromodomain.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription
total genus 38
structure length 114
sequence length 114
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-11-26

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4nrbA00
5CQ8A 5HLSA 4QB3A 5EPRA 5C4QA 4KV1A 3P1CA 2OO1A 5HM0A 4YABA 4QEVA 4CUSA 4LDFA 5H1VA 3UW9A 1ZS5A 5EWWA 4YYKA 3HMHA 5HQ7A 3UVDA 5DFCA 5LJ1A 2DVRA 2RFJA 4O7EA 5E74A 2GRCA 3JVJA 3UVYA 2YEMA 4NR7A 5DKDA 4OUFA 5EP7A 2RS9B 4UIZA 3S92A 4NS5A 5G4RA 5LVQA 4QSPA 4UYGA 4FLPA 5L96A 2YELA 4TZ2A 4XUAA 5HRVA 4UIWA 2D82A 5IIDA 4Q0OA 4LZRA 4NQNA 5EWCA 3IU6A 3NXBA 4MR4A 4YYGA 2DVQA 5E73A 4NR6A 5DBMA 5EPSA 5FG6A 5FE4A 3HMEA 4ZW1A 4YH3A 2RNXA 5CQ5A 5I88A 5KHMA 5A5PA 5LJ2A 4NQMA 4NXJA 2LSPB 3HMFA 4N4FA 4TYLA 4YYDA 5DFDA 2DATA 5AD3A 4NRBA 3FKMX 3U5MA 5F36A 5A5SA 3P5OA 5A7CA 4NUCA 4TZ8A 5HJCA 5LKUA 4A9KA 5CQ3A 4NYVA 4UYHA 5L99A 5DYXA 4LZ2A 5LKXA 4ZQLA 2NXBA 4MEOA 4XY9A 4RVRA 4TTEA 4Q0NA 5EU1A 3S91A 3P1EA 4HXPA 5HFRA 5F63A 4QR5A 5A5QA 4IR6A 4LZSA 5F61A 5EA1A 5BT3A 2E7OA 5CPEA 2OSSA 5DX4A 4NR4A 4WHWA 2DVVA 4F3IA 4N4IA 5F62A 5IBNA 5D25A 4CUQA 3AADA 4QR4A 3U5KA 4Y03A 5HRWA 5EWDA 5ENHA 4HXRA 5D3TA 4Z1QA 3MUKA 5DFBA 5D3LA 5CGPA 2RO1A 5D3HA 2YEKA 2D9EA 5FFYA 3Q2EA 5HRXA 4YYMA 4QUTA 4UYFB 4HBWA 4QSRA 1WUGA 2WP1A 4TQNA 4O77A 5L8UA 4NUEA 4MR6A 5EISA 4TU4A 2G4AA 5F3AA 2E3KA 4QEWA 5IGMA 4XUBA 4A9NA 5CUAA 5K29A 5CQ4A 5I83A 4ALGA 2RNWA 4TT4A 4PCEA 5EM3A 5DLZA 3U5JA 4O7BA 4TT6A 3LXJA 4Z6IA 5D3SA 5DKCA 5I1QA 5COIA 5LKZA 3UV4A 5A83A 1F68A 5A5NA 5JWMA 4NR5A 5II2A 5E7DA 4J1PA 4QZSA 5CUDA 5HENA 5HELA 4N3WA 5DYCA 3QZTA 3LQHA 5KTXA 1EQFA 5FE7A 5CQ6A 4YADA 2L84A 5DW1A 4TS8A 2H60A 5CQAA 2I8NA 3QZSA 3LQIA 4HXMA 5ENCA 1JSPB 4E96A 5HCLA 5D3PA 5FFWA 5HQ6A 3JVKA 3O35A 4CUTA 4YYJA 5ENFA 3SVFA 4NR9A 4C67A 3RCWA 5A5RA 3GG3A 4NYXA 4Z93A 4Z1SA 3MB3A 5KO4A 5ENBA 4IOQA 4NUDA 2YYNA 4X2IA 5DLXA 2WP2A 4MEQA 5IGLA 5BT5A 2KTBB 3MQMA 4PS5A 4YY6A 3U5OA 5F60A 4IOOA 3UV2A 4OGJA 4BJXA 5LJ0A 5LUUA 4YYIA 4LRGA 2R0YA 2DVSA 4YC9A 5CQTA 5JI8A 4IORA 5FH6A 4N4HA 3SVHA 4UYEA 5EWVA 5HEMA 5ENEA 3O36A 5DY7A 5E9VA 2L85A 5J0DA 2YW5A 4QY4A 4TU6A 5C85A 4ZC9A 3JVLA 4A9HA 5CUGA 3U5PA 4LC2A 5H1UA 4HXSA 4QC3A 4PKLA 4A9EA 5HFQA 3DWYA 5FE9A 4HXNA 5I7XA 5CY9A 3DAIA 5FB0A 5E3GA 4QEUA 4XY8A 4NRAA 2OUOA 5F1HA 5F5ZA 4PTBA 5ETBA 5FBXA 4BW3A 4CL9A 2YQDA 3MXFA 4MR5A 5F1LA 5FG4A 3U5LA 4UIUA 3UV5A 1JM4B 5D3NA 5AD2A 2RNYA 2YDWA 4IR5A 4O71A 5H1TA 3O34A 4BW2A 5CTLA 5EV9A 5C89A 5ACYA 4QSXA 4MENA 4UIXA 4LYWA 5L98A 4J0SA 3MB4A 4N4GA 5LKTA 5IG6A 4YBSA 3I3JA 4QNSA 5FH8A 5A82A 4KV4A 1N72A 4DONA 3UVWA 5E9YA 4HBYA 5ETDA 4MR3A 5FE8A 5IGNA 4BW1A 5E9LA 3U5NA 2DKWA 4A9LA 5D0CA 3K2JA 4J0RA 4CFKA 2MJVB 4YK0A 5ENIA 5F2PA 5FG5A 4OGIA 5I89A 5IGKA 5FE5A 2F6NA 3G0JA 5CZGA 1WUMA 2DWWA 5FH7A 5CP5A 5A81A 5CS8A 4O7AA 5BT4A 4O72A 4YATA 4O7CA 5KTWA 3O37A 4A9MA 4QYDA 4UIYA 5G4SA 3UVXA 4YYHA 5D3JA 4NRCA 4O74A 4Z6HA 5FE0A 5CUBA 5TB6A 4UITA 3AQAA 5C8GA 4QSUA 4NYWA 4LR6A 5FE6A 4AKNA 2R10A 5FE3A 5E9MA 3G0LA 3JVMA 3IU5A 4A9JA 5EPBA 4ALHA 5CRZA 4WIVA 4O78A 2L5EA 5I40A 3P1FA 5CUCA 4XYAA 5L97A 4QR3A 5CFWA 5CQ7A 4C66A 4UYDA 5LVRA 5EK9A 3TLPA 5CRMA 4CURA 5ENGA 4QBMA 3LJWA 5AMEA 4WHUA 4QSSA 5EWHA 5H85A 5I29A 5KU3A 5I7YA 5D26A 3QZVA 5DKHA 4O7FA 5FE1A 4CUPA 4PY6A 4QSVA 3ZYUA 4MEPA 4A9IA 4CLBA 4CUUA 4CFLA 5E9KA 2N9GA 4YYNA 5D7XA 4QSTA 3Q2FA 5EVAA 5II1A 4QYLA 5EI4A 4LYSA 4PCIA 2FSAA 4LYIA 5E9IA 2R0VA 4A9OA 2RI7A 4HXOA 5KTUA 4O76A 4QSWA 4KCXA 5E0RA 5ENJA 3SVGA 4QC1A 5FDZA 5C7NA 4J3IA 5TCMA 5EICA 3MULA 3ONIA 5DYUA 5I86A 4O75A 4NR8A 5D24A 1X0JA 3P1DA 2R0SA 5EGUA 4GPJA 4YY4A 5E3DA 4IR3A 4HXLA 5I80A 5HQ5A 5DW2A 2F6JA 4HBXA 4QUUA 1E6IA 4BHWA 5AMFA 2I7KA 4A9FA 5FFVA 5L8TA 4TT2A 5C87A 4YBMA 5CUEA 4HXKA 5A85A 4UIVA 4YBTA 5F25A 4YH4A 2E7NA 5A5OA 4QSQA 5FE2A 5FB1A 5EQ1A 4UYFA 3O33A 4BW4A 4IR4A 5DYAA 5CU8A 3D7CA 4HBVA 3LQJA 4YAXA 4O70A 5D3RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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 5CQ8 A;  5HLS A;  4QB3 A;  5EPR A;  5C4Q A;  4KV1 A;  3P1C A;  2OO1 A;  5HM0 A;  4YAB A;  4QEV A;  4CUS A;  4LDF A;  5H1V A;  3UW9 A;  1ZS5 A;  5EWW A;  4YYK A;  3HMH A;  5HQ7 A;  3UVD A;  5DFC A;  5LJ1 A;  2DVR A;  2RFJ A;  4O7E A;  5E74 A;  2GRC A;  3JVJ A;  3UVY A;  2YEM A;  4NR7 A;  5DKD A;  4OUF A;  5EP7 A;  2RS9 B;  4UIZ A;  3S92 A;  4NS5 A;  5G4R A;  5LVQ A;  4QSP A;  4UYG A;  4FLP A;  5L96 A;  2YEL A;  4TZ2 A;  4XUA A;  5HRV A;  4UIW A;  2D82 A;  5IID A;  4Q0O A;  4LZR A;  4NQN A;  5EWC A;  3IU6 A;  3NXB A;  4MR4 A;  4YYG A;  2DVQ A;  5E73 A;  4NR6 A;  5DBM A;  5EPS A;  5FG6 A;  5FE4 A;  3HME A;  4ZW1 A;  4YH3 A;  2RNX A;  5CQ5 A;  5I88 A;  5KHM A;  5A5P A;  5LJ2 A;  4NQM A;  4NXJ A;  2LSP B;  3HMF A;  4N4F A;  4TYL A;  4YYD A;  5DFD A;  2DAT A;  5AD3 A;  4NRB A;  3FKM X;  3U5M A;  5F36 A;  5A5S A;  3P5O A;  5A7C A;  4NUC A;  4TZ8 A;  5HJC A;  5LKU A;  4A9K A;  5CQ3 A;  4NYV A;  4UYH A;  5L99 A;  5DYX A;  4LZ2 A;  5LKX A;  4ZQL A;  2NXB A;  4MEO A;  4XY9 A;  4RVR A;  4TTE A;  4Q0N A; 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