4Y03A

Crystal structure of the fifth bromodomain of human pb1 in complex with salicylic acid
Total Genus 35
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
35
sequence length
115
structure length
115
Chain Sequence
SKYMTPMQQKLNEVYEAVKNYTDKRGRRLSAIFLRLPSRSELPDYYLTIKKPMDMEKIRSHMMANKYQDIDSMVEDFVMMFNNACTYNEPESLIYKDALVLHKVLLETRRDLEGD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Cell cycle
molecule keywords Protein polybromo-1
publication title Crystal Structure of the fifth bromodomain of human PB1 in complex with salicylic acid
rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 35
structure length 115
sequence length 115
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-02-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4y03A00
5LVQA 5ETDA 3UVWA 3QZTA 5HQ6A 4QYLA 3S91A 2FSAA 4Z1QA 4YYKA 5BT5A 4ALHA 3ONIA 4A9HA 4IOQA 4YYJA 5LKZA 4QR5A 4BJXA 5FG6A 2YEMA 5ENCA 3GG3A 5DLZA 2YELA 2NXBA 4MR5A 4PY6A 4UIVA 4QZSA 4KV1A 1X0JA 5CQ3A 5K29A 3P1CA 4A9OA 5ENIA 5KTWA 5CS8A 4MEPA 5C4QA 4WHWA 5E9VA 4CUQA 2KTBB 4MENA 5F3AA 5IGMA 5ENJA 4BW2A 1F68A 5CUGA 2F6NA 5F63A 3U5LA 5F1LA 5EGUA 5HRWA 4HXLA 1WUMA 3LJWA 5FBXA 5FFYA 5HELA 5ENEA 3UW9A 5D0CA 4N4IA 3HMEA 5CQ8A 4UIZA 5FE3A 4LC2A 4QSQA 4HXSA 4LZ2A 5H85A 5DW1A 4Q0OA 5FB1A 4QC1A 4PKLA 3O36A 5IG6A 3UV2A 4UYHA 5DBMA 4A9IA 5I83A 5CQTA 5KO4A 3UV5A 4NR5A 5EQ1A 5A5QA 4YYIA 4YYMA 5HQ5A 1N72A 2OO1A 5BT4A 4HXNA 5C7NA 3IU6A 5A5PA 2RO1A 4O7AA 4QUTA 4NYVA 5D3PA 4Q0NA 5DKCA 4IOOA 3AADA 2F6JA 4PS5A 5ENFA 2G4AA 4WHUA 5EWDA 5LKUA 2DVVA 3Q2FA 5BT3A 4CL9A 3TLPA 4J3IA 3Q2EA 4MEQA 5EI4A 3MQMA 4LRGA 5I7YA 2RNWA 5HFRA 5EWHA 5L97A 1ZS5A 5EV9A 4YYDA 5C87A 3U5KA 4TYLA 3AQAA 3IU5A 4YYHA 5FB0A 5ENHA 5DLXA 4LYSA 4UYDA 5EWWA 2R0VA 3U5PA 3LQHA 2OSSA 4YH3A 5EA1A 2YQDA 4LYIA 4TU6A 3SVFA 5CP5A 5C89A 5FE8A 5CQ6A 4Z6HA 5A7CA 5H1TA 5F60A 4O70A 4TU4A 4NR8A 4N4GA 4YADA 4A9JA 4MEOA 5AMEA 4CUUA 5F1HA 1JSPB 5FE0A 5DY7A 5LJ0A 2GRCA 4YAXA 5DX4A 5G4SA 3MULA 5JI8A 5FE9A 5A81A 5CUCA 4UYEA 3ZYUA 5DYXA 4QSVA 5EWVA 1WUGA 5CUAA 5HM0A 4QNSA 4UYFB 4GPJA 4J0RA 3MB3A 4UITA 5HEMA 2I7KA 4XY9A 4HXOA 2L5EA 5AD3A 4NS5A 4A9MA 5CQAA 4OGIA 4OUFA 5FE6A 5KU3A 5D24A 3JVJA 4NQMA 4ZQLA 5CTLA 2E3KA 5HCLA 4HXPA 4ZW1A 5L8TA 5FG5A 3NXBA 5E74A 2RS9B 2I8NA 4LR6A 3SVHA 4IR3A 5CRZA 4KV4A 5JWMA 4O72A 5LJ1A 4CUPA 4O76A 5CY9A 5H1VA 3DAIA 2D82A 5F61A 5LUUA 5FH7A 3UV4A 5II1A 3I3JA 2R0SA 5HJCA 4CUSA 4QSRA 4UIWA 4O7EA 5E9KA 5CRMA 2DATA 4QSSA 4TS8A 5D3SA 3D7CA 5FG4A 4O75A 3LQJA 4YABA 4UYFA 4UIXA 5HRXA 4QEVA 4AKNA 3O33A 4C66A 5L8UA 5E3GA 4TT6A 4J0SA 4NR6A 4O77A 3DWYA 5ENBA 4CUTA 4TTEA 5A5OA 5KTUA 4A9FA 4CURA 5E73A 5ACYA 5H1UA 4FLPA 4NR9A 5IGKA 5EICA 4MR4A 3P1FA 5HQ7A 4TZ2A 4NRCA 4NUEA 4X2IA 5IGNA 5A5RA 4HBVA 4TT2A 5EP7A 4E96A 4NUDA 4RVRA 4N4FA 3U5MA 5A5NA 4IR5A 5D3LA 4A9NA 3P5OA 5DKDA 3G0LA 5F2PA 4NQNA 5L98A 4BHWA 5CQ4A 4NRBA 4XY8A 4HXMA 5J0DA 4HBYA 4XUBA 3JVKA 4TZ8A 4NUCA 3UVDA 4O71A 4YBSA 4Z93A 3U5NA 5EK9A 2YEKA 5CU8A 3FKMX 4DONA 3MXFA 5TCMA 4YK0A 4F3IA 4HXRA 4O7CA 2L84A 3O37A 3JVLA 5LJ2A 5EISA 3O35A 3HMHA 5CPEA 5I80A 2DKWA 2YW5A 4QR3A 5CFWA 4CFKA 4TQNA 5KHMA 4QC3A 4YH4A 5I40A 5ETBA 5E3DA 5DYCA 5D3RA 4MR6A 4QSUA 5EPSA 2RNYA 5AD2A 3U5OA 4PCIA 3UVXA 2E7NA 5C8GA 4IORA 3RCWA 5EPRA 4J1PA 2YYNA 4WIVA 3P1DA 5EM3A 5D3JA 5FFWA 1JM4B 5I29A 4LZRA 2D9EA 2LSPB 5COIA 5FH8A 5DFBA 4C67A 5CGPA 4UIYA 2RI7A 5D26A 3LQIA 3MB4A 4NYXA 5F36A 5A82A 3QZVA 5DYUA 5I7XA 4O78A 1E6IA 4QSWA 4N3WA 3O34A 3HMFA 5FFVA 5D25A 5AMFA 5CUDA 4ALGA 4YBTA 4ZC9A 5D3TA 4QR4A 5A5SA 4Z6IA 5CZGA 2YDWA 2R10A 5F25A 2DVSA 5HENA 4QSTA 5A85A 4HBWA 4NXJA 2N9GA 4N4HA 4QEWA 4QBMA 5FE7A 5LVRA 4IR6A 4MR3A 4IR4A 3SVGA 4A9KA 5CQ7A 4LZSA 5FE4A 2RFJA 4A9LA 4YATA 4YYGA 4QB3A 1EQFA 4BW3A 4QSXA 4O7BA 2RNXA 4UIUA 3UVYA 5D3NA 5DW2A 3K2JA 4Y03A 5DKHA 4XYAA 4YYNA 4A9EA 5LKTA 4QSPA 4O74A 5CUEA 5E7DA 4NYWA 5F62A 5TB6A 4BW4A 5E9YA 5FE5A 5IIDA 4TT4A 5G4RA 2H60A 4O7FA 4LYWA 4HXKA 5CQ5A 4OGJA 4YY4A 5EPBA 4NR7A 4PTBA 5IGLA 3P1EA 5F5ZA 5FE1A 5I1QA 2DVRA 4NRAA 5HLSA 5E9IA 5D7XA 5D3HA 5IBNA 4QYDA 3S92A 4YY6A 5FE2A 3LXJA 5HRVA 4HBXA 5I89A 4YBMA 5I86A 5EVAA 4YC9A 5A83A 5E0RA 5E9MA 5DFCA 5E9LA 5ENGA 3QZSA 3JVMA 2E7OA 5C85A 4CFLA 5LKXA 2WP1A 4QY4A 2DWWA 2OUOA 3MUKA 4KCXA 4QEUA 4NR4A 2L85A 3U5JA 5L99A 4BW1A 5DYAA 2R0YA 4QUUA 5KTXA 2MJVB 4XUAA 4CLBA 5L96A 5EU1A 5CUBA 5EWCA 4LDFA 5DFDA 5II2A 4PCEA 5HFQA 5FH6A 4UYGA 3G0JA 2WP2A 5FDZA 5I88A 2DVQA 4Z1SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5LVQA 5ETDA 3UVWA 2EJNA 3QZTA 5HQ6A 4QYLA 3S91A 2FSAA 4Z1QA 4YYKA 5BT5A 4ALHA 3ONIA 4A9HA 4IOQA 4YYJA 5LKZA 4QR5A 4BJXA 5FG6A 2YEMA 5ENCA 3GG3A 5DLZA 2YELA 2NXBA 4MR5A 4PY6A 4UIVA 4QZSA 4KV1A 1X0JA 5CQ3A 5K29A 3P1CA 4A9OA 5ENIA 5KTWA 5CS8A 4MEPA 5C4QA 4WHWA 5E9VA 4CUQA 2KTBB 4MENA 5F3AA 5IGMA 5ENJA 4BW2A 1F68A 5CUGA 2F6NA 5F63A 3U5LA 5F1LA 1PUOA 5EGUA 5HRWA 4HXLA 1WUMA 3LJWA 5FBXA 5FFYA 5HELA 4AKIA 5ENEA 3UW9A 5D0CA 4N4IA 3HMEA 5CQ8A 4UIZA 5FE3A 4LC2A 4QSQA 4HXSA 4LZ2A 5H85A 5DW1A 4Q0OA 5FB1A 4QC1A 4PKLA 3O36A 5IG6A 3UV2A 4UYHA 5DBMA 4A9IA 5I83A 5CQTA 5KO4A 3UV5A 4NR5A 5EQ1A 5A5QA 4YYIA 4YYMA 5HQ5A 1N72A 2OO1A 3D1DA 5BT4A 4HXNA 5C7NA 3IU6A 5A5PA 2RO1A 4O7AA 4QUTA 4NYVA 5D3PA 4Q0NA 5DKCA 4IOOA 3AADA 2F6JA 4PS5A 5ENFA 2G4AA 4WHUA 5EWDA 5LKUA 2DVVA 3Q2FA 5BT3A 4CL9A 3TLPA 4J3IA 3Q2EA 4MEQA 5EI4A 3MQMA 4LRGA 5I7YA 2RNWA 5HFRA 5EWHA 5L97A 1ZS5A 5EV9A 4YYDA 3VKGA 5C87A 3U5KA 4TYLA 3AQAA 3IU5A 4YYHA 5FB0A 5ENHA 5DLXA 4AKHA 4LYSA 4UYDA 5EWWA 2R0VA 3U5PA 3LQHA 2OSSA 4YH3A 5EA1A 2YQDA 4LYIA 4TU6A 3SVFA 5CP5A 5C89A 5FE8A 5CQ6A 4Z6HA 5A7CA 5H1TA 5F60A 4O70A 4TU4A 4NR8A 4N4GA 4YADA 4A9JA 4MEOA 5AMEA 4CUUA 5F1HA 1JSPB 5FE0A 5DY7A 5LJ0A 2GRCA 4YAXA 5DX4A 5G4SA 3MULA 5JI8A 3ERRA 5FE9A 5A81A 5CUCA 4UYEA 3ZYUA 5DYXA 4QSVA 5EWVA 1WUGA 5CUAA 5HM0A 4QNSA 4UYFB 4GPJA 4J0RA 3MB3A 4UITA 5HEMA 2I7KA 4XY9A 4HXOA 2L5EA 5AD3A 4NS5A 4A9MA 5CQAA 3D1BA 4OGIA 4OUFA 3VKHA 5FE6A 5KU3A 5D24A 3JVJA 4NQMA 4ZQLA 5CTLA 2E3KA 5HCLA 4HXPA 4ZW1A 5L8TA 5FG5A 3NXBA 5E74A 2RS9B 2I8NA 4LR6A 3SVHA 4IR3A 5CRZA 4KV4A 5JWMA 4O72A 5LJ1A 4CUPA 4O76A 5CY9A 5H1VA 3DAIA 4AI6A 2D82A 5F61A 5LUUA 5FH7A 3UV4A 5II1A 3I3JA 2R0SA 5HJCA 4CUSA 4QSRA 4UIWA 4O7EA 5E9KA 5CRMA 2DATA 4QSSA 4TS8A 5D3SA 3D7CA 5FG4A 4O75A 3LQJA 4YABA 4UYFA 4UIXA 5HRXA 4QEVA 4AKNA 3O33A 4C66A 5L8UA 5E3GA 4TT6A 4J0SA 4NR6A 4O77A 3DWYA 5ENBA 4CUTA 4TTEA 5A5OA 5KTUA 4A9FA 4CURA 5E73A 5ACYA 5H1UA 4FLPA 4NR9A 5IGKA 5EICA 4MR4A 3P1FA 5HQ7A 4TZ2A 4NRCA 4NUEA 4X2IA 5IGNA 5A5RA 4HBVA 4TT2A 5EP7A 4E96A 4NUDA 4RVRA 4N4FA 3U5MA 5A5NA 4IR5A 5D3LA 4A9NA 3P5OA 5DKDA 3G0LA 5F2PA 4NQNA 5L98A 4BHWA 5CQ4A 4NRBA 4XY8A 4HXMA 5J0DA 4HBYA 4XUBA 3JVKA 4TZ8A 4NUCA 3UVDA 4O71A 4YBSA 4Z93A 3U5NA 5EK9A 2YEKA 5CU8A 3FKMX 4DONA 3MXFA 5TCMA 4YK0A 4F3IA 4HXRA 4O7CA 2L84A 3O37A 3JVLA 5LJ2A 5EISA 3O35A 3HMHA 5CPEA 5I80A 2DKWA 2YW5A 4QR3A 5CFWA 4CFKA 4TQNA 5KHMA 4QC3A 4YH4A 5I40A 5ETBA 5E3DA 5DYCA 5D3RA 4MR6A 4QSUA 5EPSA 2RNYA 5AD2A 3U5OA 4PCIA 3UVXA 2E7NA 5C8GA 4IORA 3RCWA 5EPRA 4J1PA 2YYNA 4WIVA 3P1DA 5EM3A 5D3JA 5FFWA 1JM4B 5I29A 4LZRA 2D9EA 2LSPB 5COIA 5FH8A 5DFBA 4C67A 5CGPA 4UIYA 4AKGA 2RI7A 5D26A 3LQIA 3MB4A 4NYXA 5F36A 5A82A 3QZVA 5DYUA 5I7XA 4O78A 1E6IA 4QSWA 4N3WA 3O34A 3HMFA 5FFVA 5D25A 5AMFA 5CUDA 4ALGA 4YBTA 4ZC9A 5D3TA 4QR4A 5A5SA 4Z6IA 5CZGA 2YDWA 2R10A 5F25A 2DVSA 5HENA 4QSTA 5A85A 4HBWA 1ZKRA 4NXJA 2N9GA 4N4HA 4QEWA 4QBMA 5FE7A 5LVRA 4IR6A 4MR3A 4IR4A 3SVGA 4A9KA 5CQ7A 4LZSA 5FE4A 2RFJA 4A9LA 4YATA 4YYGA 4QB3A 1EQFA 4BW3A 4QSXA 4O7BA 2RNXA 4UIUA 3UVYA 5D3NA 5DW2A 3K2JA 4Y03A 5DKHA 4XYAA 4YYNA 4A9EA 5LKTA 4QSPA 4O74A 5CUEA 5E7DA 4NYWA 5F62A 5TB6A 4BW4A 5E9YA 5FE5A 5IIDA 4TT4A 5G4RA 2H60A 4O7FA 4LYWA 4HXKA 5CQ5A 4OGJA 4YY4A 5EPBA 4NR7A 4PTBA 5IGLA 3P1EA 5F5ZA 5FE1A 5I1QA 2DVRA 4NRAA 5HLSA 5E9IA 5D7XA 5D3HA 5IBNA 4QYDA 3S92A 4YY6A 5FE2A 3LXJA 5HRVA 4HBXA 5I89A 4YBMA 5I86A 5EVAA 4YC9A 5A83A 5E0RA 5E9MA 5DFCA 5E9LA 5ENGA 3QZSA 3JVMA 2E7OA 5C85A 4CFLA 5LKXA 2WP1A 4QY4A 2DWWA 2OUOA 3MUKA 4KCXA 4QEUA 4NR4A 2L85A 3U5JA 5L99A 4BW1A 5DYAA 2R0YA 4QUUA 5KTXA 2MJVB 4XUAA 4CLBA 5L96A 5EU1A 5CUBA 5EWCA 4LDFA 5DFDA 5II2A 4PCEA 5HFQA 5FH6A 4UYGA 3G0JA 2WP2A 5FDZA 5I88A 2DVQA 4Z1SA
chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5LVQ A;  5ETD A;  3UVW A;  3QZT A;  5HQ6 A;  4QYL A;  3S91 A;  2FSA A;  4Z1Q A;  4YYK A;  5BT5 A;  4ALH A;  3ONI A;  4A9H A;  4IOQ A;  4YYJ A;  5LKZ A;  4QR5 A;  4BJX A;  5FG6 A;  2YEM A;  5ENC A;  3GG3 A;  5DLZ A;  2YEL A;  2NXB A;  4MR5 A;  4PY6 A;  4UIV A;  4QZS A;  4KV1 A;  1X0J A;  5CQ3 A;  5K29 A;  3P1C A;  4A9O A;  5ENI A;  5KTW A;  5CS8 A;  4MEP A;  5C4Q A;  4WHW A;  5E9V A;  4CUQ A;  2KTB B;  4MEN A;  5F3A A;  5IGM A;  5ENJ A;  4BW2 A;  1F68 A;  5CUG A;  2F6N A;  5F63 A;  3U5L A;  5F1L A;  5EGU A;  5HRW A;  4HXL A;  1WUM A;  3LJW A;  5FBX A;  5FFY A;  5HEL A;  5ENE A;  3UW9 A;  5D0C A;  4N4I A;  3HME A;  5CQ8 A;  4UIZ A;  5FE3 A;  4LC2 A;  4QSQ A;  4HXS A;  4LZ2 A;  5H85 A;  5DW1 A;  4Q0O A;  5FB1 A;  4QC1 A;  4PKL A;  3O36 A;  5IG6 A;  3UV2 A;  4UYH A;  5DBM A;  4A9I A;  5I83 A;  5CQT A;  5KO4 A;  3UV5 A;  4NR5 A;  5EQ1 A;  5A5Q A;  4YYI A;  4YYM A;  5HQ5 A;  1N72 A;  2OO1 A;  5BT4 A;  4HXN A;  5C7N A;  3IU6 A;  5A5P A;  2RO1 A;  4O7A A;  4QUT A;  4NYV A;  5D3P A;  4Q0N A;  5DKC A; 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