5FFWA

Crystal structure of the bromodomain of human brpf1 in complex with h4k5ack8ac histone peptide
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
110
structure length
110
Chain Sequence
LTPFLILLRKTLEQLQEKDTGNIFSEPVPLSEVPDYLDHIKKPMDFFTMKQNLEAYRYLNFDDFEEDFNLIVSNCLKYNAKDTIFYRAAVRLREQGGAVLRQARRQAEKM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transcription
molecule keywords Peregrin
publication title Crystal structure of the bromodomain of human BRPF1 in complex with H4K5acK8ac histone peptide
rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 38
structure length 110
sequence length 110
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-12-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5ffwA00
4LYSA 4IORA 5C89A 3GG3A 2YW5A 3U5KA 5HQ6A 3UVDA 3LQIA 4CFLA 4HXKA 4UIYA 5FG6A 3G0LA 4QSSA 4A9NA 4XUBA 1X0JA 5DKCA 3O37A 5H85A 2YEMA 5FH7A 1N72A 4Q0OA 3HMHA 5AD3A 4YABA 3QZSA 4FLPA 4HBYA 4UYDA 4YYJA 3JVKA 4QEUA 5I29A 3U5JA 2NXBA 5FFVA 4YYGA 4NUEA 4NUDA 4QSVA 4TU4A 5DKDA 5EICA 4CUPA 5ENIA 5KTUA 3UV4A 4QR3A 5IG6A 5D24A 4RVRA 5FE3A 3UVXA 3MB3A 4BW4A 5ETBA 4TTEA 4UYEA 5CFWA 5HEMA 4XY9A 4MR6A 5CPEA 5E9VA 4Z1SA 5CTLA 5L99A 5LJ1A 4QZSA 5D3PA 5CU8A 4CFKA 2KTBB 5CGPA 1E6IA 5EU1A 5D26A 4CUUA 5D3NA 5A81A 3UV5A 3D7CA 2L5EA 4ZQLA 3JVLA 2YEKA 4HXRA 5AMFA 3LQJA 2YYNA 4LC2A 4UYGA 3P1DA 4YATA 4J0SA 4MENA 3UW9A 4YYKA 4TT6A 5I83A 4QR4A 5I7XA 4QSUA 4YADA 4LZSA 5ENJA 5F60A 4TU6A 5EPBA 5CY9A 4UIUA 2RO1A 5EWDA 5FG5A 5I88A 5DYCA 4NUCA 4O71A 1WUMA 5CUGA 4KCXA 3NXBA 4QSQA 5L98A 3HMEA 4BW3A 3SVGA 3LQHA 4QBMA 3P1CA 5H1TA 4NQMA 5F1HA 3P1FA 5CQAA 4O70A 5EI4A 2E7NA 5ETDA 2MJVB 4F3IA 5BT4A 4YBMA 4Z93A 5CRMA 5DBMA 5EK9A 5DYUA 4YYNA 4ALHA 5HCLA 5CQ3A 2OSSA 4PKLA 4QEVA 2RFJA 4PTBA 3MUKA 5HFQA 5J0DA 4NYXA 5ENFA 5F61A 2RNWA 4O76A 5E9LA 5A83A 4OGJA 5D0CA 5I80A 3QZTA 3ZYUA 5BT5A 1JM4B 5D25A 5F63A 5E9YA 5EA1A 4CUSA 5C4QA 5FBXA 4X2IA 1WUGA 5KO4A 3IU6A 4MR5A 5A5QA 5I86A 4UIZA 5K29A 3O33A 5IGNA 5F5ZA 5E9KA 5C85A 4UIWA 3UVWA 4A9MA 2YDWA 4N4IA 5E9MA 5LVRA 5EWCA 4N4FA 1ZS5A 5COIA 3U5PA 3S91A 2N9GA 5CQ6A 5CZGA 5DW2A 4O78A 2R10A 4NR6A 4Y03A 2E7OA 4YAXA 5H1VA 2DKWA 4IR6A 4C67A 4YYMA 2F6NA 5CUDA 4NYWA 3FKMX 4LZ2A 4O77A 4UIVA 4HXLA 4KV1A 5EPRA 5DX4A 5FE1A 3DAIA 4PY6A 5E3GA 5EV9A 5FH6A 5HRVA 4QSTA 5ENHA 5FE2A 2OO1A 4HXOA 4BW1A 5IGMA 5D3LA 5CUCA 5A5SA 2OUOA 3Q2EA 5FB1A 4O7FA 5IGLA 4N3WA 5D3RA 5D3JA 4NRAA 5E7DA 2YELA 2I8NA 4QYDA 4HBWA 5I7YA 4O7BA 4HXMA 5CS8A 4AKNA 4CLBA 4TZ2A 5ENCA 5EQ1A 5DFCA 2DVQA 5HJCA 2DVSA 4UYFA 5D3SA 4YH4A 4MR3A 4IR5A 5A5OA 4HXPA 4UIXA 5I40A 5D7XA 4Z1QA 4PCEA 2DATA 4IR4A 4J1PA 5IBNA 4NS5A 4J0RA 4XYAA 5EP7A 4HXSA 5CQ5A 5JI8A 5FE8A 5HLSA 1JSPB 5E9IA 3U5OA 4OUFA 4QB3A 4IOOA 5E73A 4LRGA 3DWYA 5F2PA 4O7AA 5CQ7A 5HRXA 3O36A 3P5OA 5F62A 4PCIA 4NR7A 5HELA 5KTWA 2RI7A 2D9EA 4QC1A 5A7CA 5CQTA 5EVAA 5EM3A 3MQMA 2FSAA 4O75A 4NXJA 4A9KA 5DY7A 5E74A 5FG4A 5A82A 4Q0NA 4QSPA 2E3KA 4QR5A 4QYLA 4ALGA 2L85A 4ZC9A 2H60A 4UYHA 5FE9A 5DLXA 4YC9A 5FE4A 3RCWA 5L96A 4MEOA 4XY8A 4YY4A 1F68A 2G4AA 5TB6A 2R0SA 5II2A 2DVRA 5DFDA 5G4SA 4Z6HA 4TQNA 3JVMA 5A85A 5EWVA 5EWWA 2YQDA 2WP1A 4YBTA 5HFRA 4O72A 4WHUA 5CUAA 5FFWA 5LJ2A 4YK0A 3IU5A 4TYLA 5AD2A 5FFYA 1EQFA 3P1EA 5C8GA 5EGUA 5DW1A 4E96A 5FE7A 5KHMA 5ENEA 5II1A 4A9OA 4A9FA 4A9LA 4YH3A 4LYIA 4CUTA 4YYDA 5L8UA 5I1QA 2L84A 5F3AA 4O7EA 3HMFA 4O7CA 2R0VA 3UVYA 4A9JA 3U5MA 5CQ4A 4LDFA 4BHWA 3U5LA 5FH8A 4CURA 2GRCA 4KV4A 5DKHA 3K2JA 4QSXA 4CUQA 4NQNA 4NR5A 4LR6A 5ENBA 5LKUA 4MR4A 5I89A 5L97A 4YBSA 2F6JA 5ACYA 3LXJA 3SVFA 2RNYA 4C66A 5C87A 2RNXA 5HQ7A 3MULA 5LVQA 4LYWA 4QY4A 4J3IA 2RS9B 5D3TA 4GPJA 4NRBA 5FDZA 5H1UA 4A9HA 5IGKA 5D3HA 4NR4A 4HBXA 5BT3A 5TCMA 5KTXA 4UITA 5LJ0A 3LJWA 4N4GA 3UV2A 5FE5A 4DONA 4TT4A 4QSWA 5EPSA 4MEPA 2DVVA 5DYAA 5FE6A 2D82A 5KU3A 3G0JA 2R0YA 5HENA 3O35A 4BJXA 2WP2A 5G4RA 3O34A 5CUEA 4LZRA 5AMEA 3QZVA 3U5NA 4HXNA 5LKXA 4QNSA 5F1LA 4WHWA 5F36A 4ZW1A 4NR9A 3AADA 4IR3A 5JWMA 4YY6A 4NYVA 4PS5A 4QEWA 4CL9A 4BW2A 3MXFA 4YYIA 5E3DA 5CUBA 4YYHA 5HQ5A 3S92A 4TZ8A 3I3JA 3SVHA 5DFBA 4QUTA 5CP5A 3AQAA 5A5PA 5L8TA 5EISA 2DWWA 4N4HA 5E0RA 5LUUA 4NR8A 3TLPA 5ENGA 5A5RA 5FE0A 4NRCA 5EWHA 4A9EA 3Q2FA 4XUAA 3ONIA 4IOQA 4TT2A 5LKTA 3MB4A 4MEQA 5HRWA 4QUUA 4WIVA 4HBVA 4TS8A 4Z6IA 4UYFB 3JVJA 4A9IA 5F25A 5IIDA 5HM0A 5A5NA 4QC3A 5LKZA 2I7KA 5DYXA 4O74A 5FB0A 4QSRA 5C7NA 4OGIA 2LSPB 5CQ8A 5DLZA 5CRZA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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