4NUDA

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with ms436 inhibitor
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
123
structure length
123
Chain Sequence
NPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transcription/transcription inhibitor
source organism Homo sapiens
publication title Structure-Guided Design of Potent Diazobenzene Inhibitors for the BET Bromodomains
pubmed rcsb
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
total genus 43
structure length 123
sequence length 123
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-12-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4nudA01
5KO4A 2R0YA 5DFBA 3P5OA 3JVLA 5EWVA 4NQNA 5EWCA 5II1A 2YDWA 5F1HA 5L98A 5IGLA 2DATA 2L5EA 5EA1A 5F2PA 4O7EA 4YBTA 4N4FA 5HFRA 3IU5A 4QSRA 5TCMA 5LJ1A 3U5KA 5ENGA 5ENFA 3JVMA 5CGPA 5ETBA 5I89A 4YH3A 5F25A 5E9KA 5IGMA 4O7AA 5E9LA 4TT6A 4NR8A 4UIUA 3LJWA 5DW2A 4QC3A 4QBMA 4XUAA 2DVQA 4YYHA 5AD3A 3U5NA 4NYVA 5DKDA 5FFYA 4NR9A 3HMFA 3O34A 4MR4A 2DVSA 4NXJA 5I88A 5EV9A 2GRCA 5EWDA 4CUUA 3U5PA 2WP2A 5FE4A 5A5NA 4YBMA 5JWMA 5HQ5A 4HBYA 5KHMA 5FE6A 5CQ8A 2YELA 5D24A 4YYJA 4QEWA 3O36A 3AADA 5ENHA 4QEVA 5EWHA 3P1FA 4TTEA 1JM4B 5FE5A 4YC9A 4Q0OA 4CUQA 4HBXA 4HXOA 4YYNA 5HM0A 5LKTA 5E3DA 5L97A 5D26A 5E9MA 3LQJA 3ZYUA 4QB3A 3UVDA 4YAXA 4O71A 5COIA 5FG6A 5I29A 3UVWA 5EWWA 4O7FA 5DW1A 3TLPA 4Z6IA 4ALGA 3JVKA 4UIWA 2LSPB 5FE3A 2F6JA 5LKXA 4CURA 3HMHA 5D3JA 1N72A 4Z1SA 1E6IA 4CUTA 4LZRA 4TZ2A 5EISA 2DVRA 5TB6A 5A7CA 4UYEA 4A9LA 5CUCA 3P1EA 4A9IA 3LQHA 5BT5A 4LYSA 5ENIA 3I3JA 2DWWA 4O76A 5D0CA 3MUKA 4O74A 5CU8A 4YATA 4Q0NA 5H1VA 5CUDA 5DYUA 5FH8A 5CFWA 3UW9A 4CUPA 5D3PA 5FH7A 4Z6HA 4HXNA 4YY6A 4LZ2A 4HXKA 5BT4A 4LYIA 3UV2A 5A5RA 4J1PA 5DX4A 5ENCA 4IR4A 4A9HA 2DKWA 4UIXA 5HEMA 4QUTA 4UYDA 5E9YA 5FFVA 5J0DA 5CS8A 2RI7A 2E7OA 4YYGA 3UV5A 5A85A 2OO1A 4HXMA 2YW5A 4NUDA 2WP1A 5A83A 4HXLA 1ZS5A 5HCLA 2YQDA 4QUUA 5H85A 3UV4A 5F63A 4BJXA 5DBMA 3MULA 4TT4A 4UIZA 5CUEA 3S92A 5EU1A 4PCEA 5HRXA 5G4SA 2RS9B 4A9KA 4QSSA 5C7NA 5LJ2A 5E3GA 4BW3A 4QSUA 2NXBA 4QYLA 2D82A 4OGJA 1WUMA 5FE2A 4LDFA 4A9EA 4IOOA 5IGKA 3U5OA 4ZC9A 1EQFA 5A5SA 5I83A 3SVGA 4WHWA 4NR6A 5EICA 4YH4A 5F61A 4UIYA 4XY8A 5FG5A 5LUUA 4QSWA 4TS8A 4YYKA 5D3NA 4TT2A 4MR5A 5HENA 4A9MA 1WUGA 5HELA 5CUGA 5F1LA 5EM3A 4TU6A 3SVHA 4KV1A 3S91A 5LKZA 4MEPA 4RVRA 5K29A 4N4GA 5DKCA 4NYWA 5F60A 3QZTA 5LKUA 3JVJA 5KU3A 4O78A 5FB1A 5FE1A 5HLSA 3FKMX 5D3SA 3U5JA 4PY6A 3U5LA 5LVQA 2N9GA 4IR6A 4N4HA 5C4QA 4O7CA 5F62A 5IBNA 1X0JA 4QSXA 5E9VA 2R0SA 3K2JA 3DAIA 4BW2A 4MR3A 5E7DA 5FFWA 5L8UA 2DVVA 4YADA 5HRVA 4UYGA 4NRBA 4FLPA 5C85A 4LC2A 5FB0A 4YYMA 4LYWA 3MXFA 4CFLA 4MR6A 2FSAA 5E9IA 2G4AA 5D3LA 2OSSA 4YYDA 2RFJA 3IU6A 2RNXA 4CLBA 4O75A 3GG3A 2YEKA 4TYLA 4X2IA 5EK9A 4NR4A 4NUEA 5CQ5A 4MENA 4PTBA 2D9EA 3D7CA 2L84A 3QZVA 4J0RA 4UYHA 4ZW1A 4UIVA 2I7KA 4KV4A 4YK0A 3AQAA 5IG6A 2L85A 4PS5A 5FE9A 5CQAA 4LZSA 5DYAA 4Z1QA 5LJ0A 2RO1A 4DONA 4HBWA 5A81A 3SVFA 4HXPA 4HXRA 2MJVB 4YBSA 4IORA 5AD2A 5HFQA 4YY4A 5CUBA 5FE0A 5HJCA 4UYFB 5I40A 2RNYA 1F68A 4MEOA 4QC1A 2YEMA 5EP7A 4KCXA 4WHUA 4C67A 3U5MA 4TU4A 5DLZA 3G0LA 4QR3A 5HRWA 4IOQA 4QR4A 3MB4A 4WIVA 5L8TA 4O77A 5EGUA 4A9NA 5CZGA 5F3AA 4LRGA 5CUAA 5AMEA 5CY9A 4QSPA 5CQ3A 5EPRA 4A9OA 5I80A 3Q2EA 5D3RA 5D25A 4O72A 4NR5A 4O7BA 4QSQA 5EI4A 2R0VA 5E73A 5CRMA 5EPSA 5DY7A 5FE8A 5A5PA 5DLXA 3UVXA 4E96A 4QYDA 4O70A 5BT3A 5F36A 5F5ZA 4QZSA 5ENBA 5ENJA 5D3TA 5II2A 4CL9A 4HBVA 4OGIA 5EPBA 4IR3A 5CQ6A 4YYIA 3MQMA 4NRAA 5KTWA 4TQNA 2E3KA 2H60A 2OUOA 5DKHA 5FBXA 4NRCA 5CTLA 5L96A 5H1UA 4A9JA 4Y03A 4PKLA 4YABA 2YYNA 4UITA 5E74A 5ENEA 4QEUA 5FDZA 3ONIA 4CUSA 5CRZA 5DFDA 5CQ4A 5D3HA 5HQ7A 5C87A 4BW1A 4UYFA 3Q2FA 4HXSA 3P1CA 4BW4A 2F6NA 4QY4A 4MEQA 5I7YA 5H1TA 5JI8A 5C8GA 3P1DA 5DYXA 5A82A 2I8NA 4QSTA 5FE7A 5D7XA 5IIDA 4J3IA 4F3IA 5I1QA 4LR6A 4QR5A 5EVAA 5FG4A 2E7NA 5I7XA 4BHWA 3G0JA 5CQ7A 4ZQLA 4A9FA 3MB3A 3O37A 4Z93A 5DFCA 1JSPB 5LVRA 3QZSA 4NR7A 3UVYA 5KTXA 5A5OA 5G4RA 5EQ1A 3HMEA 3DWYA 5C89A 2RNWA 3O33A 5FH6A 2KTBB 5A5QA 5CPEA 5ETDA 5E0RA 3NXBA 4NYXA 4PCIA 4GPJA 4QSVA 5CP5A 5AMFA 5CQTA 4OUFA 4NS5A 4XUBA 5HQ6A 5KTUA 3LQIA 4NUCA 4N4IA 3RCWA 4CFKA 5L99A 4TZ8A 5DYCA 5ACYA 3LXJA 4ALHA 4IR5A 5I86A 2R10A 4C66A 3O35A 4N3WA 4J0SA 5IGNA 4AKNA 4XY9A 4QNSA 4XYAA 4NQMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KO4A 2R0YA 5DFBA 3P5OA 3JVLA 5EWVA 4NQNA 5EWCA 5II1A 2YDWA 5F1HA 5L98A 5IGLA 4AKHA 2DATA 2L5EA 5EA1A 5F2PA 4O7EA 4YBTA 4N4FA 5HFRA 3IU5A 4QSRA 5TCMA 5LJ1A 3U5KA 5ENGA 5ENFA 3JVMA 5CGPA 5ETBA 5I89A 4YH3A 5F25A 5E9KA 5IGMA 4O7AA 5E9LA 4TT6A 4NR8A 4UIUA 3LJWA 5DW2A 4QC3A 4QBMA 4XUAA 2DVQA 4YYHA 5AD3A 3U5NA 4NYVA 5DKDA 5FFYA 4NR9A 3HMFA 3O34A 1ZKRA 4MR4A 2DVSA 4NXJA 5I88A 5EV9A 2GRCA 5EWDA 4CUUA 3U5PA 2WP2A 5FE4A 5A5NA 4YBMA 5JWMA 5HQ5A 4HBYA 5KHMA 5FE6A 5CQ8A 2YELA 5D24A 4YYJA 4QEWA 3O36A 3AADA 5ENHA 4QEVA 5EWHA 3P1FA 4TTEA 1JM4B 5FE5A 4YC9A 4Q0OA 4CUQA 4HBXA 4HXOA 4YYNA 5HM0A 5LKTA 5E3DA 5L97A 5D26A 5E9MA 3LQJA 3ZYUA 4QB3A 3UVDA 4YAXA 4O71A 5COIA 5FG6A 5I29A 3UVWA 5EWWA 4O7FA 5DW1A 3TLPA 4Z6IA 4ALGA 3JVKA 4UIWA 2LSPB 5FE3A 2F6JA 5LKXA 4CURA 3HMHA 5D3JA 1N72A 4Z1SA 1E6IA 4CUTA 4LZRA 4TZ2A 5EISA 2DVRA 5TB6A 5A7CA 4UYEA 4A9LA 5CUCA 3P1EA 4A9IA 3LQHA 5BT5A 4LYSA 5ENIA 3I3JA 2DWWA 4O76A 5D0CA 3MUKA 4O74A 5CU8A 4YATA 4Q0NA 5H1VA 5CUDA 5DYUA 5FH8A 5CFWA 3UW9A 4CUPA 5D3PA 5FH7A 4Z6HA 4HXNA 4YY6A 4LZ2A 4HXKA 5BT4A 4LYIA 3UV2A 5A5RA 4J1PA 5DX4A 5ENCA 4IR4A 4A9HA 2DKWA 4UIXA 5HEMA 4QUTA 4UYDA 5E9YA 5FFVA 5J0DA 5CS8A 2RI7A 4AKGA 2E7OA 4YYGA 3UV5A 5A85A 2OO1A 4HXMA 2YW5A 4NUDA 2WP1A 5A83A 4HXLA 1ZS5A 5HCLA 2YQDA 4QUUA 5H85A 3UV4A 5F63A 4BJXA 5DBMA 3MULA 4TT4A 4UIZA 5CUEA 3S92A 5EU1A 4PCEA 5HRXA 5G4SA 2RS9B 4A9KA 4QSSA 5C7NA 5LJ2A 5E3GA 4BW3A 4QSUA 2NXBA 4QYLA 2D82A 4OGJA 1WUMA 5FE2A 4LDFA 4A9EA 4IOOA 5IGKA 3U5OA 4ZC9A 1EQFA 5A5SA 5I83A 3SVGA 4WHWA 4NR6A 5EICA 4YH4A 5F61A 4UIYA 4XY8A 5FG5A 5LUUA 4QSWA 4TS8A 4YYKA 5D3NA 4TT2A 4MR5A 5HENA 4A9MA 1WUGA 5HELA 5CUGA 5F1LA 5EM3A 4TU6A 3SVHA 4KV1A 3S91A 5LKZA 4MEPA 4RVRA 5K29A 4N4GA 5DKCA 4NYWA 5F60A 3QZTA 5LKUA 3JVJA 5KU3A 4O78A 5FB1A 5FE1A 5HLSA 3FKMX 5D3SA 3U5JA 4PY6A 3U5LA 5LVQA 2N9GA 4IR6A 4N4HA 5C4QA 4O7CA 5F62A 5IBNA 1X0JA 2EJNA 4QSXA 5E9VA 2R0SA 3K2JA 3DAIA 4BW2A 4MR3A 5E7DA 5FFWA 5L8UA 2DVVA 4YADA 5HRVA 4UYGA 4NRBA 4FLPA 5C85A 3VKHA 4LC2A 5FB0A 4YYMA 4LYWA 3MXFA 4CFLA 3D1DA 4MR6A 2FSAA 5E9IA 2G4AA 5D3LA 2OSSA 4YYDA 2RFJA 3IU6A 2RNXA 4CLBA 4O75A 2YEKA 3GG3A 4TYLA 4X2IA 5EK9A 4NR4A 4NUEA 5CQ5A 4MENA 4PTBA 2D9EA 3D7CA 2L84A 3QZVA 4J0RA 4UYHA 4ZW1A 4UIVA 2I7KA 4KV4A 4YK0A 3AQAA 5IG6A 2L85A 4PS5A 5FE9A 5CQAA 4LZSA 5DYAA 4Z1QA 5LJ0A 2RO1A 4DONA 4HBWA 5A81A 3SVFA 4HXPA 4HXRA 2MJVB 4YBSA 4IORA 5AD2A 5HFQA 4YY4A 5CUBA 5FE0A 5HJCA 4UYFB 5I40A 2RNYA 1F68A 4MEOA 4QC1A 2YEMA 5EP7A 4KCXA 4WHUA 4C67A 3U5MA 4TU4A 5DLZA 3G0LA 4QR3A 5HRWA 4IOQA 4QR4A 3MB4A 4WIVA 5L8TA 4O77A 5EGUA 4A9NA 5CZGA 5F3AA 4LRGA 5CUAA 5AMEA 5CY9A 4QSPA 5CQ3A 5EPRA 4A9OA 5I80A 3Q2EA 5D3RA 5D25A 4O72A 4NR5A 4O7BA 4QSQA 5EI4A 2R0VA 5E73A 5CRMA 5EPSA 5DY7A 5FE8A 5A5PA 5DLXA 3UVXA 4E96A 4QYDA 4O70A 5BT3A 5F36A 5F5ZA 4QZSA 5ENBA 5ENJA 5D3TA 5II2A 4CL9A 4HBVA 4OGIA 5EPBA 4IR3A 5CQ6A 4YYIA 3MQMA 4NRAA 5KTWA 4TQNA 2E3KA 2H60A 2OUOA 5DKHA 4AKIA 5FBXA 4NRCA 5CTLA 5L96A 5H1UA 3VKGA 4A9JA 4Y03A 4AI6A 4PKLA 4YABA 2YYNA 4UITA 5E74A 5ENEA 4QEUA 5FDZA 3ONIA 4CUSA 5CRZA 5DFDA 5CQ4A 5D3HA 5HQ7A 5C87A 4BW1A 4UYFA 3Q2FA 4HXSA 3P1CA 4BW4A 2F6NA 4QY4A 4MEQA 5I7YA 5H1TA 5JI8A 5C8GA 3P1DA 5DYXA 5A82A 2I8NA 4QSTA 5FE7A 5D7XA 5IIDA 4J3IA 4F3IA 5I1QA 4LR6A 4QR5A 5EVAA 5FG4A 2E7NA 3ERRA 5I7XA 4BHWA 3G0JA 5CQ7A 4ZQLA 4A9FA 3MB3A 3O37A 1PUOA 5DFCA 4Z93A 1JSPB 5LVRA 3QZSA 4NR7A 3UVYA 5KTXA 5A5OA 5G4RA 5EQ1A 3HMEA 3DWYA 5C89A 2RNWA 3O33A 5FH6A 2KTBB 5A5QA 5CPEA 5ETDA 5E0RA 3NXBA 4NYXA 4PCIA 4GPJA 4QSVA 5CP5A 5AMFA 5CQTA 4OUFA 4NS5A 4XUBA 5HQ6A 5KTUA 3LQIA 4NUCA 4N4IA 3RCWA 4CFKA 5L99A 4TZ8A 5DYCA 3D1BA 5ACYA 3LXJA 4ALHA 4IR5A 5I86A 2R10A 4C66A 3O35A 4N3WA 4J0SA 5IGNA 4AKNA 4XY9A 4QNSA 4XYAA 4NQMA
chains in the Genus database with same CATH topology
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