4NUDA

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with ms436 inhibitor
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
123
structure length
123
Chain Sequence
NPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPT
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Structure-Guided Design of Potent Diazobenzene Inhibitors for the BET Bromodomains
pubmed rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription/transcription inhibitor
total genus 43
structure length 123
sequence length 123
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-12-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4nudA01
5A5OA 4QSWA 4NYWA 5CUAA 4CUQA 2GRCA 2RNXA 2I7KA 4HXPA 4TTEA 5H1UA 5ETBA 5C87A 4YY6A 1F68A 1JSPB 5HQ7A 4UIUA 4CUUA 5C7NA 4QSPA 5A81A 4HXLA 5CQ8A 4DONA 4A9JA 4YC9A 5DYCA 5JI8A 4NUCA 3DWYA 2N9GA 4ALHA 5LVQA 3FKMX 5D3LA 4UYGA 4LYWA 5KTWA 5D3TA 2DATA 3G0LA 5FFWA 4CUTA 3O37A 4NQMA 4NQNA 2YW5A 3O35A 4ZQLA 4LYIA 4TT4A 2E7NA 4NXJA 5CU8A 4IR6A 4CUPA 3HMFA 4UYHA 5ETDA 2E3KA 4YK0A 4TZ2A 4O77A 4NS5A 4GPJA 5L97A 4QR3A 4HXRA 4PS5A 5CUEA 5II1A 3U5OA 4MEOA 4IOOA 3RCWA 4Z1SA 2YEMA 3O34A 5HFQA 4XYAA 4FLPA 5CP5A 4YYMA 5FFVA 3U5NA 4WHWA 5EICA 5F1HA 5LKTA 4LYSA 2OSSA 3ZYUA 5EU1A 5D3NA 3MULA 4MEPA 3AADA 4YATA 5FB0A 5FE7A 5F5ZA 4N4IA 2L84A 3UW9A 5I86A 4O7CA 5ENEA 3Q2FA 4ALGA 4X2IA 3QZTA 2R0YA 5FE9A 1X0JA 5EQ1A 3U5PA 4O78A 2DVSA 5ENFA 4NR6A 4QR5A 2YYNA 5LKXA 4YYDA 2E7OA 5D3HA 5C89A 3JVLA 5FG6A 5G4RA 3MUKA 5FFYA 4NUEA 3SVHA 5E3GA 4IORA 5FE1A 5CUBA 3TLPA 4J0RA 4NUDA 5CS8A 5D3SA 4YYJA 5H1TA 4CL9A 3JVJA 5AMFA 5D24A 5CRZA 2DKWA 5CTLA 2F6JA 4NR7A 5EI4A 5D26A 4UIZA 4E96A 4BHWA 3O36A 4QSXA 4NRCA 4BW1A 5LVRA 4MR6A 5HLSA 3Q2EA 3ONIA 3UVYA 2YQDA 4YABA 3LQJA 5DYUA 3U5JA 4UYEA 5CFWA 5EWWA 5EPRA 5I40A 5F36A 4A9OA 5I80A 4C67A 4IR5A 4YBMA 4QR4A 2KTBB 5CGPA 4BW2A 5HJCA 5DKHA 5E7DA 5EPBA 5CQTA 5FE4A 2H60A 5H1VA 5L8UA 5TCMA 5BT5A 5AD3A 4YYIA 5A5SA 4A9MA 5HRXA 5IGLA 1JM4B 4N4FA 4MR5A 5II2A 5IIDA 5A5PA 5F3AA 4QC1A 3P1CA 4CUSA 4YBSA 4QEWA 4RVRA 5CQ5A 5J0DA 5F60A 3SVFA 5FH6A 5DBMA 5ENBA 5I7XA 5I88A 2R0VA 5E74A 5DY7A 5EWCA 3UV5A 5FE8A 4QYLA 4O74A 4HXMA 5E9MA 5L8TA 2OO1A 4IR3A 4TYLA 5FE2A 3U5LA 5ENJA 4N4HA 4A9FA 3P5OA 2MJVB 4WHUA 5DFDA 4QY4A 4PCIA 4MENA 5EPSA 5IGMA 4AKNA 5KTUA 4QUTA 4TU4A 5KO4A 5ENIA 4BJXA 3LQHA 5DKDA 5HM0A 5LJ0A 2RNWA 2DVRA 4O75A 4NR4A 2RNYA 1WUGA 2RS9B 2WP1A 4NR8A 5DFBA 4QYDA 5CPEA 4UYDA 5A7CA 4LDFA 5E3DA 5DYAA 4HXSA 4LZRA 4CLBA 5BT4A 5AD2A 4A9KA 4MEQA 2DWWA 4TQNA 4YYGA 4LZSA 5HQ6A 5IG6A 4YBTA 4TZ8A 5LUUA 5DFCA 2R10A 2WP2A 4YAXA 4BW4A 5DW1A 5KHMA 4OGIA 3LQIA 5DX4A 5I1QA 4HBXA 4CURA 3MQMA 4MR3A 4TU6A 4O76A 5C4QA 4QB3A 3UVXA 5EVAA 5C8GA 4KCXA 5A83A 5A85A 5CZGA 4J0SA 4NRBA 3JVKA 3IU6A 4YYKA 5CRMA 4IR4A 4QEUA 4Z1QA 5EWDA 4Z6HA 5CQ4A 5FH8A 2LSPB 5ENGA 5FH7A 5DLZA 5BT3A 4PTBA 3K2JA 2I8NA 5E0RA 2YDWA 5E9KA 4LC2A 5L99A 3O33A 5FG4A 5FE5A 4HXOA 3QZVA 5D7XA 5FDZA 5L96A 4YADA 4Z93A 3P1DA 5EA1A 4Y03A 4YH3A 4J1PA 4TS8A 5DKCA 3MB3A 5FE0A 2F6NA 5FB1A 4A9EA 2DVQA 4UIWA 1EQFA 5KTXA 4A9NA 4OUFA 5I7YA 5EM3A 3NXBA 4TT2A 4QZSA 4CFLA 3LJWA 4Q0NA 4HBVA 5F2PA 3AQAA 4QSQA 2L5EA 4UYFA 4O7AA 5CQ6A 5EWVA 4PCEA 2DVVA 5D3PA 2FSAA 4UIXA 2OUOA 5LKUA 4C66A 5CUGA 5FBXA 5DW2A 3HMEA 5C85A 4LRGA 4O70A 4UIYA 4UYFB 1ZS5A 4NYVA 4MR4A 4XY8A 4HXNA 5EP7A 4HXKA 2YELA 4N4GA 4O72A 4A9IA 4QBMA 3UVWA 4XY9A 5F62A 4QSTA 4OGJA 5A82A 3SVGA 4QSVA 4UIVA 4YH4A 5I83A 4ZW1A 3S92A 4F3IA 3IU5A 5E9YA 5KU3A 3D7CA 5IGKA 5F63A 3S91A 4IOQA 5EV9A 5CQ3A 5EISA 4A9LA 5FG5A 5HQ5A 2G4AA 3G0JA 4HBWA 3MXFA 5TB6A 4Z6IA 5ENCA 5EWHA 3GG3A 5CUDA 5HELA 4XUBA 5A5NA 4N3WA 5CQ7A 5FE6A 3U5KA 4BW3A 5EGUA 4WIVA 4O7BA 5I89A 4PY6A 4TT6A 3U5MA 4KV4A 5COIA 4YYNA 1E6IA 5HRVA 4QC3A 2D9EA 4ZC9A 5IBNA 5HEMA 2R0SA 3P1EA 1N72A 5HRWA 3UVDA 5E73A 4NRAA 4QSSA 5LJ2A 5I29A 5D0CA 4YYHA 5G4SA 4PKLA 2RI7A 5HFRA 5HCLA 3UV2A 5CUCA 3I3JA 5A5RA 2L85A 3QZSA 3LXJA 5D3RA 5D3JA 5DLXA 5ENHA 4NR9A 3DAIA 5F1LA 3P1FA 5LJ1A 5EK9A 2RO1A 2RFJA 5ACYA 4UITA 1WUMA 5DYXA 2NXBA 2YEKA 5IGNA 4O71A 5CQAA 5LKZA 4YY4A 5E9LA 4QEVA 4O7EA 3MB4A 4J3IA 3JVMA 4QSUA 5FE3A 4QUUA 2D82A 4CFKA 3UV4A 4HBYA 4NR5A 4A9HA 4KV1A 4LR6A 5HENA 4LZ2A 3HMHA 5AMEA 5E9IA 5H85A 4QSRA 5CY9A 5A5QA 5E9VA 5K29A 4Q0OA 5F61A 5F25A 4O7FA 5L98A 5JWMA 4XUAA 4QNSA 4NYXA 5D25A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5A5OA 4QSWA 4NYWA 5CUAA 4CUQA 4AKHA 2GRCA 2RNXA 2I7KA 4HXPA 4TTEA 5H1UA 5ETBA 5C87A 4YY6A 1F68A 1JSPB 5HQ7A 4UIUA 4CUUA 5C7NA 4QSPA 5A81A 4HXLA 5CQ8A 4DONA 4A9JA 4YC9A 5DYCA 5JI8A 4NUCA 3DWYA 2N9GA 4ALHA 5LVQA 3FKMX 5D3LA 4UYGA 4LYWA 5KTWA 5D3TA 2DATA 3G0LA 5FFWA 4CUTA 3O37A 4NQMA 4NQNA 2YW5A 3O35A 4ZQLA 4LYIA 3D1DA 2E7NA 4TT4A 4NXJA 5CU8A 4IR6A 4CUPA 3HMFA 4UYHA 5ETDA 2E3KA 4YK0A 4TZ2A 4O77A 4NS5A 4GPJA 5L97A 4QR3A 4HXRA 4PS5A 3ERRA 5CUEA 5II1A 3U5OA 4MEOA 4IOOA 3RCWA 4Z1SA 2YEMA 3O34A 5HFQA 4XYAA 4FLPA 5CP5A 4YYMA 5FFVA 3U5NA 4WHWA 5EICA 5F1HA 5LKTA 4LYSA 2OSSA 3ZYUA 5EU1A 5D3NA 3MULA 4MEPA 3AADA 4YATA 5FB0A 5FE7A 5F5ZA 4N4IA 2L84A 3UW9A 5I86A 4O7CA 5ENEA 3Q2FA 4ALGA 4X2IA 3QZTA 2R0YA 5FE9A 1X0JA 5EQ1A 3U5PA 4O78A 2DVSA 5ENFA 4NR6A 4QR5A 2YYNA 5LKXA 4YYDA 2E7OA 5D3HA 5C89A 3JVLA 5FG6A 5G4RA 3MUKA 5FFYA 4NUEA 3SVHA 5E3GA 4IORA 5FE1A 5CUBA 3TLPA 4J0RA 4NUDA 5CS8A 5D3SA 4YYJA 5H1TA 4CL9A 3JVJA 5AMFA 5D24A 5CRZA 2DKWA 5CTLA 2F6JA 4NR7A 5EI4A 5D26A 4UIZA 4E96A 4BHWA 3O36A 4QSXA 4NRCA 4BW1A 5LVRA 4MR6A 5HLSA 3Q2EA 3ONIA 3UVYA 2YQDA 4YABA 3LQJA 5DYUA 3U5JA 4UYEA 5CFWA 4AI6A 5EWWA 5EPRA 5I40A 5F36A 4A9OA 5I80A 4C67A 4IR5A 4YBMA 4QR4A 2KTBB 5CGPA 4BW2A 5HJCA 5DKHA 5E7DA 5EPBA 3D1BA 5CQTA 5FE4A 2H60A 5H1VA 5L8UA 5TCMA 5BT5A 5AD3A 4YYIA 5A5SA 4A9MA 5HRXA 5IGLA 1JM4B 4N4FA 4MR5A 5II2A 5IIDA 5A5PA 5F3AA 4QC1A 3P1CA 4CUSA 4YBSA 4QEWA 4RVRA 5CQ5A 5J0DA 5F60A 3SVFA 5FH6A 5DBMA 5ENBA 5I7XA 5I88A 2R0VA 5E74A 5DY7A 5EWCA 3UV5A 5FE8A 4QYLA 4O74A 4HXMA 5E9MA 5L8TA 2OO1A 4IR3A 4TYLA 5FE2A 3U5LA 5ENJA 4N4HA 4A9FA 3P5OA 2MJVB 4WHUA 5DFDA 4QY4A 4PCIA 4MENA 5EPSA 5IGMA 4AKNA 5KTUA 4QUTA 4AKGA 4TU4A 5KO4A 5ENIA 4BJXA 3LQHA 5DKDA 5HM0A 5LJ0A 2RNWA 2DVRA 4O75A 4NR4A 2RNYA 1WUGA 2RS9B 2WP1A 4NR8A 5DFBA 4QYDA 5CPEA 4UYDA 5A7CA 4LDFA 5E3DA 5DYAA 3VKHA 4HXSA 4LZRA 4CLBA 5BT4A 5AD2A 3VKGA 4A9KA 1ZKRA 4MEQA 2DWWA 4TQNA 4YYGA 4LZSA 5HQ6A 5IG6A 4YBTA 4TZ8A 5LUUA 5DFCA 2R10A 2WP2A 4YAXA 4BW4A 5DW1A 5KHMA 4OGIA 3LQIA 5DX4A 5I1QA 4HBXA 4CURA 3MQMA 4MR3A 4TU6A 4O76A 5C4QA 4QB3A 3UVXA 5EVAA 5C8GA 4KCXA 5A83A 5A85A 5CZGA 4J0SA 4NRBA 3JVKA 1PUOA 3IU6A 4YYKA 5CRMA 4IR4A 4QEUA 4Z1QA 5EWDA 4Z6HA 5CQ4A 5FH8A 2LSPB 5ENGA 5FH7A 5DLZA 5BT3A 4PTBA 3K2JA 2I8NA 5E0RA 2YDWA 5E9KA 4LC2A 5L99A 3O33A 5FG4A 5FE5A 4HXOA 3QZVA 5D7XA 5FDZA 5L96A 4YADA 4Z93A 3P1DA 5EA1A 4Y03A 4YH3A 4J1PA 4TS8A 5DKCA 3MB3A 5FE0A 2F6NA 5FB1A 4A9EA 2DVQA 4UIWA 1EQFA 5KTXA 4A9NA 4OUFA 5I7YA 5EM3A 3NXBA 4TT2A 4QZSA 4CFLA 3LJWA 4Q0NA 4HBVA 5F2PA 3AQAA 4QSQA 2L5EA 4UYFA 4O7AA 5CQ6A 5EWVA 4PCEA 2DVVA 5D3PA 2FSAA 4UIXA 2OUOA 5LKUA 4C66A 5CUGA 5FBXA 5DW2A 3HMEA 5C85A 4LRGA 4O70A 4UIYA 4UYFB 1ZS5A 4NYVA 4MR4A 4XY8A 4HXNA 5EP7A 4HXKA 2YELA 4N4GA 4O72A 4A9IA 4QBMA 3UVWA 4AKIA 4XY9A 5F62A 4QSTA 4OGJA 5A82A 3SVGA 4QSVA 4UIVA 4YH4A 5I83A 4ZW1A 3S92A 4F3IA 3IU5A 5E9YA 5KU3A 3D7CA 5IGKA 5F63A 3S91A 4IOQA 5EV9A 5CQ3A 5EISA 4A9LA 5FG5A 5HQ5A 2G4AA 3G0JA 4HBWA 3MXFA 5TB6A 4Z6IA 5ENCA 5EWHA 3GG3A 5CUDA 5HELA 4XUBA 5A5NA 4N3WA 5CQ7A 5FE6A 3U5KA 4BW3A 5EGUA 4WIVA 4O7BA 5I89A 4PY6A 4TT6A 3U5MA 4KV4A 5COIA 4YYNA 1E6IA 5HRVA 4QC3A 2D9EA 4ZC9A 5IBNA 5HEMA 2R0SA 3P1EA 1N72A 5HRWA 3UVDA 5E73A 4NRAA 4QSSA 5LJ2A 5I29A 5D0CA 4YYHA 5G4SA 4PKLA 2RI7A 5HFRA 5HCLA 3UV2A 5CUCA 3I3JA 5A5RA 2L85A 3QZSA 3LXJA 5D3RA 5D3JA 5DLXA 5ENHA 4NR9A 3DAIA 5F1LA 3P1FA 5LJ1A 5EK9A 2RO1A 2RFJA 5ACYA 4UITA 1WUMA 5DYXA 2NXBA 2YEKA 5IGNA 4O71A 5CQAA 5LKZA 4YY4A 5E9LA 4QEVA 4O7EA 3MB4A 2EJNA 4J3IA 3JVMA 4QSUA 5FE3A 4QUUA 2D82A 4CFKA 3UV4A 4HBYA 4NR5A 4A9HA 4KV1A 4LR6A 5HENA 4LZ2A 3HMHA 5AMEA 5E9IA 5H85A 4QSRA 5CY9A 5A5QA 5E9VA 5K29A 4Q0OA 5F61A 5F25A 4O7FA 5L98A 5JWMA 4XUAA 4QNSA 4NYXA 5D25A
chains in the Genus database with same CATH topology
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