3UVDA

Crystal structure of the bromodomain of human transcription activator brg1 (smarca4) in complex with n-methyl-2-pyrrolidone
Total Genus 46
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
46
sequence length
122
structure length
122
Chain Sequence
MAEKLSPNPPNLTKKMKKIVDAVIKYKDSSSGRQLSEVFIQLPSRKELPEYYELIRKPVDFKKIKERIRNHKYRSLNDLEKDVMLLCQNAQTFNLEGSLIYEDSIVLQSVFTSVRQKIEKED
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transcription
source organism Homo sapiens
publication title Histone recognition and large-scale structural analysis of the human bromodomain family.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Transcription activator BRG1
total genus 46
structure length 122
sequence length 122
ec nomenclature ec 3.6.4.-:
pdb deposition date 2011-11-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 3uvdA00
5HEMA 5G4SA 5FG6A 4A9OA 3U5LA 4HXSA 3U5MA 4MR5A 5L98A 4QEUA 4WHWA 2KTBB 4RVRA 5EPSA 4MEPA 5CY9A 4QYLA 5FG5A 2H60A 5J0DA 5EISA 4PS5A 5I40A 3O36A 4CUTA 5I7XA 4QSXA 4Z93A 5C87A 5L96A 5I7YA 5IBNA 5FE5A 5CUBA 4QBMA 4QB3A 4YYMA 4NQNA 4ALGA 5FE3A 5A5OA 4CUQA 3O34A 3UV2A 5EU1A 5A83A 5HRVA 5CU8A 4ALHA 4YH3A 2GRCA 3LXJA 5FFWA 4HXPA 3AQAA 2DVVA 4YATA 5A7CA 5EICA 4QUUA 2YYNA 4QUTA 3ZYUA 5DY7A 4NYWA 5F60A 2MJVB 5L8UA 4NRAA 3MB3A 4HXOA 4UYDA 4ZQLA 5FE6A 3HMEA 3MXFA 5FH8A 4KV1A 4YAXA 4CFLA 5F1LA 3P5OA 5FFVA 5CQ4A 5I88A 4CUUA 5HENA 4QSTA 1F68A 2DVSA 5F3AA 4HXRA 5H1TA 4TQNA 5D3PA 5HQ6A 4LYIA 4QSPA 5FBXA 4XUAA 4CLBA 5HLSA 2G4AA 4A9IA 5CTLA 4TYLA 5AMFA 3QZVA 5FE2A 4TT2A 5C4QA 5DKDA 4YY6A 4A9HA 4QEWA 5E73A 5L97A 4O76A 5HFRA 3JVJA 4O7AA 5IG6A 3U5KA 3UVYA 1WUMA 4NRCA 1ZS5A 5L99A 5TB6A 4OGJA 3P1EA 4NR5A 5KU3A 4A9MA 4UIXA 4LDFA 4HBXA 5HJCA 5C7NA 3G0LA 4UYFB 4UIYA 4WIVA 5A85A 2L85A 4IOQA 4NR6A 5D3SA 5A81A 5DYAA 4IR3A 4NUCA 4IR5A 4N4IA 4UYFA 5CS8A 2E7NA 4MR6A 3O35A 5LUUA 5HQ5A 5E9VA 2E7OA 5LVQA 3O37A 4NYXA 5DFBA 5II1A 5LVRA 5HRWA 3U5PA 5E0RA 4LYWA 5E9MA 5CQ6A 4NR4A 4BW3A 4KCXA 5FE9A 4YYGA 3NXBA 5D25A 2RO1A 5ENEA 2OSSA 4NYVA 5ENBA 5LKUA 4LZRA 2RNXA 4Q0NA 5BT3A 5D3HA 5CUGA 5EV9A 5A5SA 4QC3A 4PCEA 4HXKA 5A5PA 3O33A 4UYEA 4F3IA 5IIDA 3QZTA 4TS8A 4TZ2A 4E96A 5CQAA 5G4RA 2DWWA 4UIVA 4YBMA 2WP2A 2LSPB 5HFQA 4O70A 4NR8A 5FB1A 2L5EA 1N72A 5EM3A 3UVXA 4LYSA 4HBYA 4QSWA 3MB4A 4QZSA 5FE7A 5KHMA 5ACYA 5F5ZA 4O71A 4O7CA 5EA1A 4Z1SA 2YEMA 3D7CA 4A9FA 5A5RA 4XYAA 5COIA 5EGUA 5EPRA 4O7FA 1E6IA 4PTBA 4QSSA 5CUDA 5A5NA 5DFDA 2OUOA 4Z6HA 3Q2FA 1EQFA 4AKNA 4DONA 2L84A 5FDZA 4LZ2A 4TTEA 3ONIA 5CQTA 1WUGA 4NR9A 5CUCA 5DYUA 5DX4A 5F25A 5LJ1A 5K29A 3SVHA 4Y03A 4HBVA 5D3NA 2E3KA 5EI4A 4QR4A 4YBTA 5EWVA 4OUFA 5KTWA 2DKWA 4UITA 5EPBA 4XY9A 5C89A 5JWMA 4N4FA 3JVKA 2N9GA 5DKHA 5F63A 4O7EA 3UVWA 3RCWA 5F1HA 4ZC9A 3MQMA 4XY8A 5DFCA 5ENHA 4O72A 5EWHA 5I29A 5E9IA 5CQ5A 5H85A 4C66A 4PY6A 5AD2A 4QSQA 5ENJA 4YABA 4YYDA 3HMHA 5E9YA 4TU6A 4Z6IA 4FLPA 5FE1A 2YDWA 5CRMA 5FG4A 4CURA 4OGIA 5E7DA 3QZSA 3DWYA 5BT5A 5JI8A 5LKTA 4O78A 4IORA 4TZ8A 5EWWA 5CFWA 5L8TA 3JVLA 5LJ0A 3P1DA 4TU4A 4J3IA 5FH6A 4NUDA 5EVAA 4BW1A 4YYNA 3TLPA 5CPEA 5CUEA 4J1PA 2NXBA 4X2IA 4BW4A 2RI7A 2D82A 3U5NA 4CUSA 2RFJA 4HXNA 4PCIA 5FFYA 5ETDA 2YEKA 2OO1A 3U5OA 5CP5A 3DAIA 5D0CA 4QY4A 5HM0A 4Q0OA 5E9KA 5HQ7A 3FKMX 4YYIA 4NR7A 4YC9A 5CGPA 3IU6A 4O75A 5I83A 4QNSA 5FE8A 3MULA 4KV4A 4J0RA 5DBMA 4LR6A 5D26A 5BT4A 4YY4A 5IGNA 4CUPA 4Z1QA 4CL9A 4QSVA 5C85A 2WP1A 2YQDA 4UYGA 4HXLA 4A9JA 2F6JA 5C8GA 3UVDA 5KO4A 4MEOA 4YYKA 4O7BA 5DW2A 5A5QA 5F62A 4LC2A 5HCLA 5LKXA 3LQIA 5CQ8A 5EWDA 5TCMA 5HRXA 4YADA 5CZGA 5EP7A 3SVGA 3JVMA 4LZSA 5IGMA 4A9LA 4NQMA 4BJXA 4CFKA 3IU5A 5LKZA 3LJWA 2R0YA 5CQ7A 4QR5A 5I89A 3MUKA 5D3RA 2RNYA 5F2PA 2F6NA 5HELA 5AMEA 3UW9A 4MEQA 4QSUA 5ENIA 3UV4A 4MR3A 2R0SA 3I3JA 5I86A 3P1FA 5D3JA 4C67A 3LQHA 5F61A 3K2JA 3Q2EA 5D3TA 5E3DA 4QEVA 4A9EA 2RNWA 5I1QA 4UIWA 5EK9A 5II2A 5LJ2A 4A9KA 4QYDA 4QSRA 2FSAA 4NRBA 4NUEA 4TT6A 5E3GA 5H1VA 4J0SA 5ENGA 5KTXA 1X0JA 4YH4A 2I8NA 2YELA 4BW2A 4WHUA 4YYHA 4BHWA 3LQJA 4QC1A 4TT4A 5DW1A 3S91A 2I7KA 4N4HA 5A82A 4IR4A 5CQ3A 5CUAA 2YW5A 4NS5A 5D7XA 4YYJA 3AADA 4HBWA 3S92A 4IOOA 4XUBA 4PKLA 5IGLA 5E9LA 5E74A 4HXMA 4ZW1A 4QR3A 4IR6A 4UIUA 5DYXA 5DYCA 3UV5A 5I80A 5F36A 5ENCA 2DVRA 4GPJA 5DLXA 4N4GA 1JM4B 5KTUA 4A9NA 5ETBA 2RS9B 4N3WA 5FB0A 3SVFA 5IGKA 4O77A 4O74A 3P1CA 5H1UA 4MENA 4MR4A 4YK0A 5FE4A 4YBSA 5FH7A 5D3LA 5FE0A 5CRZA 4UYHA 4NXJA 2DATA 4UIZA 4LRGA 5EQ1A 2D9EA 5EWCA 5AD3A 3GG3A 1JSPB 3HMFA 5DKCA 3U5JA 2R0VA 2DVQA 5DLZA 5ENFA 5D24A 2R10A 3G0JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5HEMA 5G4SA 5FG6A 4A9OA 3U5LA 4HXSA 3U5MA 4MR5A 5L98A 4QEUA 4WHWA 2KTBB 4RVRA 5EPSA 4MEPA 5CY9A 4QYLA 5FG5A 2H60A 5J0DA 5EISA 4PS5A 5I40A 3O36A 4CUTA 5I7XA 4QSXA 4Z93A 5C87A 5L96A 5I7YA 4AKHA 5IBNA 5FE5A 5CUBA 4QBMA 4QB3A 4YYMA 4AKGA 4NQNA 4ALGA 5FE3A 5A5OA 4CUQA 3O34A 3UV2A 5EU1A 5A83A 5HRVA 5CU8A 4ALHA 4YH3A 2GRCA 3LXJA 5FFWA 4HXPA 3AQAA 2DVVA 4YATA 5A7CA 5EICA 4QUUA 2YYNA 4QUTA 3ZYUA 5DY7A 4NYWA 5F60A 2MJVB 5L8UA 4NRAA 3VKHA 3MB3A 4HXOA 4UYDA 4ZQLA 5FE6A 3HMEA 3MXFA 5FH8A 4KV1A 4YAXA 4CFLA 5F1LA 3P5OA 5FFVA 5CQ4A 5I88A 4CUUA 5HENA 4QSTA 1F68A 2DVSA 5F3AA 4HXRA 5H1TA 4TQNA 5D3PA 5HQ6A 4LYIA 4QSPA 5FBXA 4XUAA 4CLBA 5HLSA 2G4AA 4A9IA 5CTLA 4TYLA 5AMFA 3QZVA 5FE2A 4TT2A 5C4QA 5DKDA 4YY6A 4A9HA 4QEWA 5E73A 5L97A 4O76A 5HFRA 3JVJA 4O7AA 4AI6A 5IG6A 3U5KA 3UVYA 1WUMA 4NRCA 1ZS5A 5L99A 5TB6A 4OGJA 3P1EA 4NR5A 5KU3A 4A9MA 4UIXA 4LDFA 4HBXA 5HJCA 5C7NA 3G0LA 4UYFB 4UIYA 4WIVA 5A85A 2L85A 4IOQA 4NR6A 5D3SA 5A81A 5DYAA 3ERRA 4IR3A 3D1DA 4NUCA 4IR5A 4N4IA 4UYFA 5CS8A 2E7NA 4MR6A 3O35A 5LUUA 5HQ5A 5E9VA 2E7OA 5LVQA 3O37A 4NYXA 5DFBA 5II1A 5LVRA 5HRWA 3U5PA 2EJNA 5E0RA 4LYWA 5E9MA 5CQ6A 4NR4A 4BW3A 4KCXA 5FE9A 4YYGA 3NXBA 5D25A 2RO1A 5ENEA 2OSSA 4NYVA 5ENBA 5LKUA 4LZRA 2RNXA 4Q0NA 1PUOA 5BT3A 5D3HA 5CUGA 5EV9A 5A5SA 4QC3A 4PCEA 4HXKA 5A5PA 3O33A 4UYEA 4F3IA 5IIDA 3QZTA 4TS8A 4TZ2A 4E96A 5CQAA 5G4RA 2DWWA 4UIVA 4YBMA 2WP2A 2LSPB 5HFQA 4O70A 4NR8A 5FB1A 2L5EA 1N72A 5EM3A 3UVXA 4LYSA 4HBYA 4QSWA 3MB4A 4QZSA 5FE7A 5KHMA 5ACYA 5F5ZA 4O71A 4O7CA 5EA1A 4Z1SA 2YEMA 3D7CA 4A9FA 5A5RA 4XYAA 5COIA 5EGUA 5EPRA 4O7FA 1E6IA 4PTBA 4QSSA 5CUDA 5A5NA 5DFDA 2OUOA 4Z6HA 3Q2FA 1EQFA 4AKNA 4DONA 2L84A 5FDZA 4LZ2A 4TTEA 1ZKRA 3ONIA 5CQTA 1WUGA 4AKIA 4NR9A 5CUCA 5DYUA 5DX4A 5F25A 5LJ1A 5K29A 3SVHA 4Y03A 4HBVA 5D3NA 2E3KA 5EI4A 4QR4A 4YBTA 5EWVA 4OUFA 5KTWA 2DKWA 4UITA 5EPBA 4XY9A 5C89A 3VKGA 5JWMA 4N4FA 3JVKA 2N9GA 5DKHA 5F63A 4O7EA 3UVWA 3RCWA 5F1HA 4ZC9A 3MQMA 4XY8A 5DFCA 5ENHA 4O72A 5EWHA 5I29A 5E9IA 5CQ5A 5H85A 4C66A 4PY6A 5AD2A 4QSQA 5ENJA 4YABA 4YYDA 3HMHA 5E9YA 4TU6A 4Z6IA 4FLPA 5FE1A 2YDWA 5CRMA 5FG4A 4CURA 4OGIA 5E7DA 3QZSA 3DWYA 5BT5A 5JI8A 5LKTA 4O78A 4IORA 4TZ8A 5EWWA 5CFWA 5L8TA 3JVLA 5LJ0A 3P1DA 4TU4A 4J3IA 5FH6A 4NUDA 5EVAA 4BW1A 4YYNA 3TLPA 5CPEA 5CUEA 4J1PA 2NXBA 4X2IA 4BW4A 2RI7A 2D82A 3U5NA 4CUSA 2RFJA 4HXNA 4PCIA 5FFYA 5ETDA 2YEKA 2OO1A 3U5OA 5CP5A 3DAIA 5D0CA 4QY4A 5HM0A 4Q0OA 5E9KA 5HQ7A 3FKMX 4YYIA 4NR7A 4YC9A 5CGPA 3IU6A 4O75A 5I83A 4QNSA 5FE8A 3MULA 4KV4A 4J0RA 5DBMA 4LR6A 5D26A 5BT4A 4YY4A 5IGNA 4CUPA 4Z1QA 4CL9A 4QSVA 5C85A 2WP1A 2YQDA 4UYGA 4HXLA 4A9JA 2F6JA 5C8GA 3UVDA 5KO4A 4MEOA 4YYKA 4O7BA 5DW2A 5A5QA 5F62A 4LC2A 5HCLA 5LKXA 3LQIA 5CQ8A 5EWDA 5TCMA 5HRXA 4YADA 5CZGA 5EP7A 3SVGA 3JVMA 4LZSA 5IGMA 4A9LA 4NQMA 4BJXA 4CFKA 3IU5A 5LKZA 3LJWA 2R0YA 5CQ7A 4QR5A 5I89A 3MUKA 5D3RA 2RNYA 5F2PA 2F6NA 5HELA 5AMEA 3UW9A 4MEQA 4QSUA 5ENIA 3UV4A 4MR3A 2R0SA 3I3JA 5I86A 3P1FA 5D3JA 4C67A 3LQHA 5F61A 3K2JA 3Q2EA 5D3TA 5E3DA 4QEVA 4A9EA 2RNWA 5I1QA 4UIWA 5EK9A 5II2A 5LJ2A 4A9KA 4QYDA 4QSRA 2FSAA 4NRBA 4NUEA 4TT6A 5E3GA 5H1VA 4J0SA 5ENGA 5KTXA 1X0JA 4YH4A 2I8NA 2YELA 4BW2A 4WHUA 4YYHA 3D1BA 4BHWA 3LQJA 4QC1A 4TT4A 5DW1A 3S91A 2I7KA 4N4HA 5A82A 4IR4A 5CQ3A 5CUAA 2YW5A 4NS5A 5D7XA 4YYJA 3AADA 4HBWA 3S92A 4IOOA 4XUBA 4PKLA 5IGLA 5E9LA 5E74A 4HXMA 4ZW1A 4QR3A 4IR6A 4UIUA 5DYXA 5DYCA 3UV5A 5I80A 5F36A 5ENCA 2DVRA 4GPJA 5DLXA 4N4GA 1JM4B 5KTUA 4A9NA 5ETBA 2RS9B 4N3WA 5FB0A 3SVFA 5IGKA 4O77A 4O74A 3P1CA 5H1UA 4MENA 4MR4A 4YK0A 5FE4A 4YBSA 5FH7A 5D3LA 5FE0A 5CRZA 4UYHA 4NXJA 2DATA 4UIZA 4LRGA 5EQ1A 2D9EA 5EWCA 5AD3A 3GG3A 1JSPB 3HMFA 5DKCA 3U5JA 2R0VA 2DVQA 5DLZA 5ENFA 5D24A 2R10A 3G0JA
chains in the Genus database with same CATH topology
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