4BW1A

The first bromodomain of human brd4 in complex with 3,5 dimethylisoxaxole ligand
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 4
publication title Naphthyridines as Novel Bet Family Bromodomain Inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription
total genus 45
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-06-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4bw1A01
3D7CA 5DYXA 2DKWA 5DFBA 5C4QA 2L84A 5CP5A 4QB3A 5AMFA 5A5QA 4UIWA 5HCLA 5FE0A 2F6NA 5CU8A 3GG3A 4HBWA 5E9YA 3NXBA 4YYDA 4YYKA 4UIVA 5ENEA 5L8TA 5HRWA 5I1QA 5D3NA 4QY4A 5DKCA 4HXRA 4CUSA 5FFVA 4O7FA 5C89A 5EICA 4XUBA 5A5PA 3UVYA 4QEWA 5FH8A 2MJVB 5EI4A 3IU6A 5DX4A 5AD2A 5LUUA 5CUGA 3Q2EA 4A9IA 4HBVA 5E9MA 3RCWA 4HXNA 5CQTA 5EK9A 5D3JA 5D3TA 4HXMA 4HBYA 5A5OA 2DVSA 5DLZA 3UV4A 3HMEA 4O78A 5G4RA 5HELA 5COIA 4NYWA 5C8GA 4QSWA 3P1DA 5CS8A 5DBMA 3HMFA 4QR5A 5F3AA 5KU3A 2H60A 5E9IA 3HMHA 1X0JA 5I86A 1N72A 4RVRA 5ENIA 5ENGA 5F36A 5BT4A 4YATA 4J3IA 3P1CA 5D7XA 5BT3A 5ENCA 4O7BA 4J0RA 4QBMA 5F63A 5CUCA 2R10A 4O72A 4QSPA 4TQNA 5HENA 3U5LA 4XY8A 5IGKA 4ZC9A 5JWMA 4KCXA 4QC3A 4BW2A 4TT4A 4WHUA 5D25A 5EVAA 5I40A 4Q0OA 5A7CA 2DVQA 3U5OA 2E7OA 5LJ2A 5E3GA 5FE6A 2FSAA 2R0SA 5D24A 2OUOA 3QZVA 5CQ6A 5D3HA 5DKDA 4UIZA 3O34A 3U5NA 4CFLA 4PY6A 4ALGA 4C67A 5HRXA 4YYNA 5HQ6A 4UIYA 4F3IA 3P1FA 4Y03A 5EP7A 5CZGA 5H1UA 4MR4A 4XY9A 3MULA 3LQIA 3UV5A 3U5KA 3UV2A 5FB0A 5DFDA 4YYIA 4KV1A 4NYXA 5ACYA 5EPRA 4QUTA 5CUBA 2RI7A 4PKLA 2I7KA 3MB3A 3P1EA 5LKUA 4TU4A 4CL9A 5F61A 4YADA 2YDWA 2YYNA 4O7EA 5HQ7A 2R0VA 2DATA 5II1A 1WUMA 5EISA 4LZSA 4QYLA 4ZW1A 4YABA 4YYMA 2G4AA 4FLPA 4NYVA 5BT5A 5HJCA 4NQMA 5AD3A 4Z6HA 4PTBA 4MEQA 5DYUA 2YQDA 4UITA 3AQAA 4IR6A 4BHWA 3LXJA 4CURA 4MR3A 4QSQA 5FFWA 4LDFA 4MEOA 3S91A 3ONIA 3QZTA 4YY4A 4Q0NA 4YBSA 4IR3A 5EGUA 4N4GA 4A9KA 4CFKA 5A85A 4N4HA 3MB4A 2RS9B 1F68A 4IOQA 2YEMA 4QSRA 4E96A 3MXFA 4PS5A 4A9EA 4O7CA 3DWYA 5EA1A 3JVLA 5A5NA 5FE5A 4O70A 4QSXA 4YH4A 5D3SA 4YC9A 2WP2A 1JSPB 4A9NA 5ENBA 4A9LA 2L85A 3UVWA 3P5OA 3I3JA 4O71A 5C7NA 5EWVA 3K2JA 5FH7A 4OGIA 2RO1A 4X2IA 5EWCA 5ETBA 3ZYUA 3JVMA 4UYGA 5CQ4A 5D3LA 4BW1A 2D82A 4PCEA 4QSUA 4QNSA 5CTLA 3G0JA 4TU6A 4ZQLA 5DW1A 4NRCA 4NS5A 4C66A 5LKZA 5IGLA 2E7NA 5L97A 3SVGA 5CQ8A 4YYHA 4ALHA 4UYFA 5A83A 5C87A 4YYGA 5EV9A 4LZRA 5CQ3A 3QZSA 4BW4A 2RNYA 4O75A 4QEVA 4QSVA 3LQJA 4QC1A 5F62A 3JVJA 4HXPA 5EWWA 5E74A 5H85A 5IIDA 4YBTA 5L98A 4TT6A 2F6JA 5TCMA 4CUPA 4CUUA 4NR4A 4YY6A 3G0LA 4O76A 4NR6A 4XYAA 2OO1A 1EQFA 5HM0A 4YAXA 5DLXA 5KTWA 4CUQA 5TB6A 2I8NA 3SVFA 5CRMA 4IR5A 4QR4A 5CUAA 5L96A 5I83A 3O33A 5CQAA 5E73A 3IU5A 5DYAA 5D26A 4TYLA 3JVKA 4A9MA 5A5RA 5FE7A 4IR4A 5LKXA 4CLBA 4Z1QA 3SVHA 4TZ8A 5EWHA 4IOOA 5KTXA 4UYFB 5E3DA 4QSSA 5E9KA 5HFRA 5L8UA 5AMEA 4YYJA 2GRCA 3UW9A 5D3PA 4LYSA 5EQ1A 5A82A 5EU1A 5FE8A 2LSPB 4WHWA 5II2A 2YELA 4TS8A 4CUTA 5HRVA 4HXKA 4O77A 2RNWA 4NQNA 2YW5A 4HBXA 4PCIA 4TT2A 5FDZA 5LJ0A 5HLSA 2L5EA 4UYHA 2WP1A 5J0DA 4YH3A 5HQ5A 4QUUA 4DONA 2RNXA 5DFCA 5I7YA 2KTBB 2N9GA 4LR6A 4A9OA 5I29A 3FKMX 3MQMA 4QR3A 4UYDA 5EPBA 4Z1SA 5F1LA 4UYEA 2NXBA 5I88A 5A81A 1ZS5A 3O37A 5CRZA 4O74A 5K29A 5E9LA 5EM3A 4XUAA 5D3RA 5E7DA 5FE2A 2RFJA 5E9VA 4NUDA 4LZ2A 2D9EA 4A9HA 3O35A 5CQ5A 5LVRA 4IORA 5IBNA 3TLPA 3UVDA 5FE9A 5IG6A 4NRAA 4QEUA 5HFQA 5CGPA 5KO4A 3MUKA 4N4FA 5DW2A 2DVRA 4TTEA 5I80A 5LKTA 5I7XA 4KV4A 4LC2A 4NUCA 5F1HA 4HXOA 4BW3A 4NUEA 5CQ7A 4O7AA 3UVXA 4MR5A 5A5SA 4OUFA 4NR8A 5FBXA 5FE3A 4OGJA 5L99A 4MENA 5FB1A 4A9JA 5IGNA 4AKNA 5D0CA 2E3KA 5ENFA 4MEPA 4UIUA 5FE4A 5IGMA 5CY9A 5KTUA 4WIVA 5F5ZA 4N3WA 4NR5A 5ENHA 4J0SA 3O36A 5EPSA 4YK0A 5FH6A 4N4IA 3LQHA 5KHMA 4NR9A 3Q2FA 5LJ1A 2YEKA 5LVQA 5DKHA 4Z6IA 3DAIA 4QSTA 4BJXA 5CFWA 5DY7A 5FG4A 3U5JA 3U5MA 5JI8A 4A9FA 4TZ2A 5F2PA 4QYDA 5FG6A 3U5PA 5CPEA 2DWWA 5FG5A 5F25A 2R0YA 5E0RA 5H1TA 5ENJA 4GPJA 1JM4B 4NRBA 5HEMA 4NXJA 3S92A 2OSSA 4LYIA 4MR6A 4QZSA 4Z93A 4LYWA 5I89A 5H1VA 4UIXA 5EWDA 3AADA 4HXLA 4J1PA 5C85A 4HXSA 4NR7A 3LJWA 5G4SA 5ETDA 5CUEA 5F60A 1E6IA 1WUGA 5CUDA 5FE1A 5DYCA 4LRGA 5FFYA 4YBMA 2DVVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3D7CA 5DYXA 2DKWA 5DFBA 5C4QA 2L84A 5CP5A 4QB3A 5AMFA 5A5QA 4UIWA 5HCLA 5FE0A 2F6NA 5CU8A 3GG3A 4HBWA 5E9YA 3NXBA 4YYDA 2EJNA 4YYKA 4UIVA 5ENEA 5L8TA 5HRWA 5I1QA 5D3NA 4QY4A 5DKCA 4HXRA 4CUSA 5FFVA 4O7FA 5C89A 5EICA 4XUBA 5A5PA 3UVYA 4QEWA 5FH8A 2MJVB 5EI4A 3IU6A 5DX4A 5AD2A 5LUUA 4AI6A 3D1BA 5CUGA 3Q2EA 4A9IA 4HBVA 5E9MA 3RCWA 4HXNA 5CQTA 5EK9A 5D3JA 5D3TA 4HXMA 4HBYA 5A5OA 2DVSA 5DLZA 3UV4A 3HMEA 4O78A 5G4RA 5HELA 5COIA 4NYWA 5C8GA 4QSWA 3P1DA 5CS8A 5DBMA 3HMFA 4QR5A 5F3AA 5KU3A 2H60A 5E9IA 3HMHA 1X0JA 5I86A 1N72A 4RVRA 5ENIA 5ENGA 3VKHA 5F36A 5BT4A 4YATA 4J3IA 3P1CA 5D7XA 5BT3A 5ENCA 4O7BA 4J0RA 4QBMA 5F63A 5CUCA 2R10A 4O72A 4QSPA 4TQNA 5HENA 3U5LA 4XY8A 3VKGA 5IGKA 4ZC9A 5JWMA 4KCXA 4QC3A 4BW2A 4TT4A 4WHUA 5D25A 5EVAA 5I40A 4Q0OA 5A7CA 2DVQA 3U5OA 2E7OA 5LJ2A 5E3GA 5FE6A 2FSAA 2R0SA 5D24A 2OUOA 4AKIA 3QZVA 5CQ6A 5D3HA 5DKDA 4UIZA 3O34A 3U5NA 4CFLA 4PY6A 4ALGA 4C67A 5HRXA 4YYNA 5HQ6A 4UIYA 4F3IA 3P1FA 4Y03A 5EP7A 5CZGA 5H1UA 4MR4A 4XY9A 3MULA 3LQIA 3UV5A 3U5KA 3UV2A 4AKGA 5FB0A 5DFDA 4YYIA 4KV1A 4NYXA 5ACYA 5EPRA 4QUTA 5CUBA 2RI7A 4PKLA 2I7KA 3MB3A 3P1EA 5LKUA 4TU4A 4CL9A 5F61A 4YADA 2YDWA 2YYNA 4O7EA 5HQ7A 2R0VA 2DATA 5II1A 1WUMA 5EISA 4LZSA 4QYLA 4ZW1A 4YABA 4YYMA 2G4AA 4FLPA 4NYVA 5BT5A 5HJCA 4NQMA 5AD3A 4Z6HA 4PTBA 4MEQA 5DYUA 2YQDA 4UITA 3AQAA 4IR6A 4BHWA 3LXJA 4CURA 4MR3A 4QSQA 5FFWA 4LDFA 4MEOA 3S91A 3ONIA 3QZTA 4YY4A 4Q0NA 4YBSA 4IR3A 5EGUA 4N4GA 4A9KA 4CFKA 5A85A 4N4HA 3MB4A 2RS9B 1F68A 4IOQA 2YEMA 4QSRA 4E96A 3MXFA 4PS5A 4A9EA 4O7CA 3DWYA 5EA1A 3JVLA 5A5NA 5FE5A 4O70A 4QSXA 4YH4A 5D3SA 4YC9A 2WP2A 1JSPB 4A9NA 5ENBA 4A9LA 2L85A 3UVWA 3P5OA 3I3JA 4O71A 5C7NA 5EWVA 3K2JA 5FH7A 1ZKRA 4OGIA 2RO1A 4X2IA 5EWCA 5ETBA 3ZYUA 3JVMA 4UYGA 5CQ4A 5D3LA 4BW1A 2D82A 4PCEA 4QSUA 4QNSA 5CTLA 3G0JA 4TU6A 4ZQLA 5DW1A 4NRCA 4NS5A 4C66A 5LKZA 5IGLA 2E7NA 5L97A 3SVGA 5CQ8A 4YYHA 4ALHA 4UYFA 5A83A 5C87A 4YYGA 5EV9A 4LZRA 5CQ3A 3QZSA 4BW4A 2RNYA 4O75A 4QEVA 4QSVA 3ERRA 3LQJA 4QC1A 5F62A 3JVJA 4HXPA 5EWWA 5E74A 5H85A 5IIDA 4YBTA 5L98A 4TT6A 2F6JA 5TCMA 4CUPA 4CUUA 4NR4A 4YY6A 3G0LA 4O76A 4NR6A 4XYAA 2OO1A 1EQFA 5HM0A 4YAXA 5DLXA 5KTWA 4CUQA 5TB6A 2I8NA 3SVFA 5CRMA 4IR5A 4QR4A 5CUAA 5L96A 5I83A 3O33A 5CQAA 5E73A 3IU5A 5DYAA 5D26A 4TYLA 3JVKA 4A9MA 5A5RA 5FE7A 4IR4A 5LKXA 4CLBA 4Z1QA 3SVHA 4TZ8A 5EWHA 4IOOA 5KTXA 4UYFB 5E3DA 4QSSA 5E9KA 5HFRA 5L8UA 5AMEA 4YYJA 2GRCA 3UW9A 5D3PA 4LYSA 5EQ1A 5A82A 5EU1A 5FE8A 2LSPB 4WHWA 5II2A 2YELA 4TS8A 4CUTA 5HRVA 4HXKA 4O77A 2RNWA 4NQNA 1PUOA 2YW5A 4HBXA 4PCIA 4TT2A 5FDZA 5LJ0A 5HLSA 2L5EA 4UYHA 2WP1A 5J0DA 3D1DA 4YH3A 5HQ5A 4QUUA 4DONA 2RNXA 5DFCA 5I7YA 2KTBB 2N9GA 4LR6A 4A9OA 5I29A 3FKMX 3MQMA 4QR3A 4UYDA 5EPBA 4Z1SA 5F1LA 4UYEA 2NXBA 5I88A 5A81A 1ZS5A 3O37A 5CRZA 4O74A 5K29A 5E9LA 5EM3A 4XUAA 5D3RA 5E7DA 5FE2A 2RFJA 5E9VA 4NUDA 4LZ2A 2D9EA 4A9HA 3O35A 5CQ5A 5LVRA 4IORA 5IBNA 3TLPA 3UVDA 5FE9A 5IG6A 4NRAA 4QEUA 5HFQA 5CGPA 5KO4A 3MUKA 4N4FA 5DW2A 2DVRA 4TTEA 5I80A 5LKTA 5I7XA 4KV4A 4LC2A 4NUCA 5F1HA 4HXOA 4BW3A 4NUEA 5CQ7A 4O7AA 3UVXA 4MR5A 5A5SA 4OUFA 4NR8A 5FBXA 5FE3A 4OGJA 5L99A 4MENA 5FB1A 4A9JA 5IGNA 4AKNA 5D0CA 2E3KA 5ENFA 4MEPA 4UIUA 5FE4A 5IGMA 5CY9A 5KTUA 4WIVA 5F5ZA 4N3WA 4NR5A 5ENHA 4J0SA 3O36A 5EPSA 4YK0A 5FH6A 4N4IA 3LQHA 5KHMA 4NR9A 3Q2FA 5LJ1A 2YEKA 5LVQA 5DKHA 4Z6IA 3DAIA 4QSTA 4BJXA 4AKHA 5CFWA 5DY7A 5FG4A 3U5JA 3U5MA 5JI8A 4A9FA 4TZ2A 5F2PA 4QYDA 5FG6A 3U5PA 5CPEA 2DWWA 5FG5A 5F25A 2R0YA 5E0RA 5H1TA 5ENJA 4GPJA 1JM4B 4NRBA 5HEMA 4NXJA 3S92A 2OSSA 4LYIA 4MR6A 4QZSA 4Z93A 4LYWA 5I89A 5H1VA 4UIXA 5EWDA 3AADA 4HXLA 4J1PA 5C85A 4HXSA 4NR7A 3LJWA 5G4SA 5ETDA 5CUEA 5F60A 1E6IA 1WUGA 5CUDA 5FE1A 5DYCA 4LRGA 5FFYA 4YBMA 2DVVA
chains in the Genus database with same CATH topology
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