4FLPA

Crystal structure of the first bromodomain of human brdt in complex with the inhibitor jq1
Total Genus 35
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
35
sequence length
106
structure length
106
Chain Sequence
TNQLQYLQKVVLKDLWKHSFSWPFQRPVDAVKLQLPDYYTIIKNPMDLNTIKKRLENKYYAKASECIEDFNTMFSNCYLYNKPGDDIVLMAQALEKLFMQKLSQMP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Bromodomain testis-specific protein
publication title Small-Molecule Inhibition of BRDT for Male Contraception.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription regulator/inhibitor
total genus 35
structure length 106
sequence length 106
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2012-06-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4flpA01
4LYSA 4O77A 5DYXA 4YABA 4TT2A 2YEMA 4N4IA 2KTBB 5H1TA 4UIXA 5CUBA 5DKHA 3S92A 5A5QA 4QC1A 5LVQA 5A82A 4TZ8A 3NXBA 5D24A 3QZVA 4XUAA 5FE1A 5CQ3A 5F2PA 5HFQA 4C67A 5FG5A 4XYAA 5ENIA 4CUTA 5ENEA 4NR5A 5LJ2A 1E6IA 4QC3A 4QEVA 4O7AA 3UVXA 5II2A 4QEWA 5CQ4A 5J0DA 3MQMA 4Y03A 5A5NA 4NYVA 2L84A 5IIDA 3LQJA 3HMEA 4MR3A 4RVRA 5DX4A 5KHMA 2H60A 3SVGA 2LSPB 4QSUA 2N9GA 3QZTA 2RO1A 4Q0OA 4TT6A 4X2IA 4A9KA 5CQ5A 4QB3A 4CLBA 3U5PA 5CS8A 4UYDA 4ZW1A 4O7FA 3LJWA 1JM4B 5DFDA 3QZSA 3SVFA 2GRCA 5LKXA 4NRCA 4NXJA 5CRMA 5L97A 4NQNA 4QYDA 5FE9A 4TQNA 5HELA 5EWCA 3P1DA 4J1PA 3O37A 5HM0A 5EWWA 4CUSA 2G4AA 4AKNA 2DVQA 2MJVB 4A9HA 4O7CA 5L98A 4A9LA 4UIVA 5ENGA 4O75A 4HBYA 2E7OA 5AMFA 3IU6A 4J0RA 5DW1A 4Z93A 4IORA 4BW4A 4HXKA 1JSPB 4MR4A 5CUAA 5A83A 5FDZA 4NR9A 4WIVA 4HBXA 2OO1A 3MUKA 4QZSA 4PTBA 4N4FA 4A9FA 1F68A 5C8GA 5EPSA 4HXOA 5FH8A 4LZ2A 5D3SA 4QNSA 4LRGA 5FB0A 3O35A 2RNYA 5ETDA 4IOOA 5TB6A 4YK0A 5C4QA 5IG6A 5F63A 4BW1A 4QSVA 5HQ5A 5D7XA 2R0YA 5D0CA 5EU1A 3G0LA 4WHUA 5EP7A 4TS8A 5I80A 2YYNA 4YH4A 5DBMA 5IBNA 3U5LA 5DKDA 5DLZA 5EK9A 5HRXA 5CZGA 4MR6A 5F3AA 5G4RA 2OSSA 4HBWA 4HXMA 3AQAA 5CP5A 5FE3A 2R0SA 5CTLA 5E9YA 2F6NA 4NR6A 5D3RA 5EI4A 4TZ2A 4HXSA 4QR5A 5I29A 5FH7A 5FBXA 4UIYA 5E9LA 4Z6IA 5HRWA 4YYJA 4MEQA 2FSAA 3Q2EA 1X0JA 3UVDA 5F25A 2OUOA 5FE6A 3JVJA 4TYLA 5HJCA 4NRBA 4PY6A 5EQ1A 4N3WA 5IGKA 5F5ZA 3P5OA 1ZS5A 4QSTA 3UVWA 4YBMA 5D3PA 4XY8A 5CRZA 5DW2A 4HBVA 5CQAA 5A7CA 4YYHA 3LQIA 5D25A 2I7KA 5D3HA 3LXJA 5AMEA 4KV4A 5KTUA 3MXFA 5F1LA 4UIZA 4E96A 2YEKA 2YQDA 3MB4A 5I1QA 3HMFA 2E3KA 4YY6A 3GG3A 3FKMX 4UITA 2L5EA 3MULA 2DKWA 4YATA 4ALGA 4PKLA 3UV5A 3UV2A 5DY7A 4O72A 4QSWA 1EQFA 1N72A 4YY4A 5CUDA 3S91A 5I7YA 3HMHA 5AD2A 4CURA 4CUPA 5ENCA 5E3GA 4BW3A 4MEPA 5HRVA 4O70A 3LQHA 5EA1A 4QSXA 4ZQLA 4O7BA 4LC2A 4HXLA 4CFLA 4TT4A 3JVMA 5FH6A 4LYIA 4O7EA 5DYAA 3P1FA 5ENFA 4LZRA 5CQ8A 5A5SA 5LKUA 4CL9A 4PCEA 4O71A 5IGNA 5C7NA 3D7CA 4NS5A 4IR3A 4A9IA 4LR6A 5FE7A 3SVHA 5E0RA 2YDWA 4QBMA 4PS5A 4YYIA 5LJ1A 5D3JA 4N4GA 4A9EA 5COIA 4YYGA 4NQMA 3IU5A 4YYKA 5FE2A 3RCWA 2I8NA 5ETBA 5D26A 5ENBA 4NR7A 5H1UA 4IOQA 5D3LA 4MENA 5F62A 5TCMA 4CUUA 4CFKA 3O34A 5D3NA 4UYFB 5FFVA 3O36A 4QY4A 3JVLA 4YC9A 3Q2FA 5FFWA 5A85A 3AADA 4QSRA 5HENA 5II1A 3ONIA 5E74A 3DAIA 4O74A 4FLPA 4A9MA 5K29A 4UIUA 4ZC9A 4TTEA 5FFYA 2RNWA 5EISA 2R10A 5CQ7A 5EVAA 5DFCA 5EWVA 5HCLA 4GPJA 3U5JA 5LVRA 5LJ0A 2YELA 5H1VA 4Q0NA 5DKCA 4BJXA 5DYUA 5CPEA 5JI8A 5L8TA 4PCIA 4QR3A 4BHWA 5L8UA 4A9JA 4O76A 5LKZA 5FE0A 4F3IA 2DVVA 4LYWA 4N4HA 4HXNA 5I7XA 4J3IA 5DYCA 4QUTA 5G4SA 5E3DA 5DLXA 5I89A 4J0SA 5HLSA 3ZYUA 4QR4A 5F36A 4LZSA 4NR8A 4YYDA 5EPBA 4MEOA 4YADA 2F6JA 3U5NA 2NXBA 5FG6A 4YBTA 4IR6A 2D9EA 5HFRA 4Z1SA 5ENHA 5EWDA 5FE4A 5EV9A 4YAXA 5IGMA 3P1CA 4LDFA 4OUFA 5HQ7A 5I88A 5I83A 2E7NA 4QSPA 5L96A 5CUGA 4TU6A 2L85A 2RFJA 4XUBA 3P1EA 4IR5A 4NUCA 4HXPA 4QUUA 5E9VA 5A81A 5A5PA 5KTWA 4O78A 3JVKA 4QSSA 5FE5A 4QYLA 5E9MA 5E73A 5E7DA 4A9NA 5IGLA 4NUDA 3TLPA 5CQ6A 4BW2A 4MR5A 2DVRA 5BT5A 3K2JA 5AD3A 2YW5A 3DWYA 5HEMA 4DONA 4Z1QA 5C85A 5L99A 2DVSA 4UYGA 4UYHA 3U5OA 5E9KA 4Z6HA 5DFBA 5CQTA 5FG4A 3UVYA 5LUUA 5ENJA 2RI7A 5C89A 5CUCA 4UYEA 5ACYA 5EM3A 5EGUA 5E9IA 5CFWA 2DWWA 5LKTA 5F60A 5JWMA 4KCXA 3UW9A 4NR4A 5FE8A 4UIWA 4NYXA 5KU3A 5BT4A 4CUQA 1WUMA 5D3TA 4YYNA 4NUEA 4NYWA 2WP2A 5KTXA 2RNXA 5F61A 3O33A 5H85A 4NRAA 3G0JA 5EWHA 5CU8A 3UV4A 5EPRA 2WP1A 4KV1A 4YH3A 4YBSA 4ALHA 4WHWA 5I86A 3U5KA 3MB3A 4C66A 5I40A 4IR4A 5FB1A 4HXRA 4A9OA 4TU4A 2DATA 2RS9B 4YYMA 4OGIA 4XY9A 4QSQA 5CUEA 5C87A 3I3JA 1WUGA 2D82A 3U5MA 5A5OA 5HQ6A 5A5RA 4UYFA 2R0VA 5KO4A 4OGJA 4QEUA 5CGPA 5CY9A 5BT3A 5F1HA 5EICA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4LYSA 4O77A 5DYXA 4YABA 4TT2A 2YEMA 4N4IA 2KTBB 5H1TA 4UIXA 5CUBA 5DKHA 3S92A 5A5QA 4QC1A 5LVQA 5A82A 4TZ8A 3NXBA 5D24A 3ERRA 3QZVA 4XUAA 5FE1A 5CQ3A 5F2PA 5HFQA 4C67A 5FG5A 4XYAA 5ENIA 4CUTA 5ENEA 4NR5A 5LJ2A 1E6IA 4QC3A 4QEVA 4O7AA 3UVXA 5II2A 4QEWA 5CQ4A 5J0DA 3MQMA 3VKGA 4Y03A 5A5NA 4NYVA 2L84A 5IIDA 3LQJA 3HMEA 4MR3A 4RVRA 5DX4A 5KHMA 2H60A 3SVGA 2LSPB 4QSUA 2N9GA 3QZTA 2RO1A 4Q0OA 4TT6A 4X2IA 4A9KA 2EJNA 5CQ5A 4QB3A 4CLBA 3U5PA 5CS8A 4UYDA 4ZW1A 4O7FA 3LJWA 1JM4B 5DFDA 3QZSA 3SVFA 2GRCA 5LKXA 4NRCA 4NXJA 5CRMA 5L97A 4NQNA 4QYDA 5FE9A 4TQNA 5HELA 5EWCA 3P1DA 4J1PA 3O37A 5HM0A 5EWWA 4CUSA 2G4AA 4AKNA 2DVQA 2MJVB 4A9HA 4O7CA 5L98A 4A9LA 4UIVA 5ENGA 4O75A 4HBYA 2E7OA 5AMFA 3IU6A 4J0RA 5DW1A 4Z93A 4IORA 4BW4A 4HXKA 1JSPB 3D1BA 4MR4A 5CUAA 5A83A 5FDZA 4NR9A 4WIVA 4HBXA 2OO1A 3MUKA 1PUOA 4QZSA 4PTBA 4N4FA 4A9FA 1F68A 5C8GA 5EPSA 4HXOA 5FH8A 4LZ2A 5D3SA 4QNSA 4LRGA 5FB0A 3O35A 2RNYA 5ETDA 4IOOA 5TB6A 4YK0A 5C4QA 5IG6A 5F63A 4BW1A 4QSVA 5HQ5A 5D7XA 2R0YA 5D0CA 5EU1A 3G0LA 4WHUA 5EP7A 4TS8A 5I80A 2YYNA 4YH4A 5DBMA 5IBNA 3U5LA 5DKDA 5DLZA 5EK9A 5HRXA 5CZGA 4AKGA 4MR6A 5F3AA 5G4RA 2OSSA 4HBWA 4HXMA 3AQAA 5CP5A 5FE3A 2R0SA 5CTLA 5E9YA 2F6NA 4NR6A 5D3RA 5EI4A 4TZ2A 4HXSA 4QR5A 5I29A 4AKHA 5FH7A 5FBXA 4UIYA 5E9LA 4Z6IA 5HRWA 4YYJA 4MEQA 2FSAA 3Q2EA 4AKIA 1X0JA 3UVDA 5F25A 2OUOA 5FE6A 3JVJA 4TYLA 5HJCA 4NRBA 4PY6A 4AI6A 5EQ1A 4N3WA 5IGKA 5F5ZA 3P5OA 1ZS5A 4QSTA 3UVWA 4YBMA 5D3PA 4XY8A 5CRZA 5DW2A 4HBVA 5CQAA 5A7CA 4YYHA 3LQIA 5D25A 2I7KA 5D3HA 3LXJA 5AMEA 4KV4A 5KTUA 3MXFA 5F1LA 4UIZA 4E96A 2YEKA 2YQDA 3MB4A 5I1QA 3HMFA 2E3KA 4YY6A 3GG3A 3FKMX 4UITA 2L5EA 3MULA 2DKWA 4YATA 4ALGA 4PKLA 3UV5A 3UV2A 5DY7A 4O72A 4QSWA 1EQFA 1N72A 4YY4A 5CUDA 3S91A 5I7YA 3HMHA 5AD2A 4CURA 4CUPA 5ENCA 5E3GA 4BW3A 4MEPA 5HRVA 4O70A 3LQHA 5EA1A 4QSXA 4ZQLA 4O7BA 4LC2A 4HXLA 4CFLA 4TT4A 3JVMA 5FH6A 4LYIA 4O7EA 5DYAA 3P1FA 5ENFA 4LZRA 5CQ8A 5A5SA 5LKUA 4CL9A 4PCEA 4O71A 5IGNA 5C7NA 3D7CA 4NS5A 4IR3A 4A9IA 4LR6A 5FE7A 3SVHA 5E0RA 2YDWA 4QBMA 4PS5A 4YYIA 5LJ1A 5D3JA 4N4GA 4A9EA 5COIA 4YYGA 4NQMA 3IU5A 4YYKA 5FE2A 3RCWA 2I8NA 5ETBA 5D26A 5ENBA 4NR7A 5H1UA 4IOQA 5D3LA 4MENA 5F62A 5TCMA 4CUUA 4CFKA 3O34A 5D3NA 4UYFB 5FFVA 3O36A 4QY4A 3JVLA 4YC9A 3Q2FA 5FFWA 5A85A 3AADA 4QSRA 5HENA 5II1A 3ONIA 5E74A 3DAIA 4O74A 4FLPA 4A9MA 5K29A 4UIUA 4ZC9A 4TTEA 5FFYA 2RNWA 5EISA 2R10A 5CQ7A 5EVAA 5DFCA 5EWVA 5HCLA 4GPJA 3U5JA 5LVRA 5LJ0A 2YELA 5H1VA 4Q0NA 5DKCA 4BJXA 5DYUA 5CPEA 5JI8A 5L8TA 4PCIA 4QR3A 4BHWA 5L8UA 4A9JA 4O76A 5LKZA 5FE0A 4F3IA 2DVVA 4LYWA 4N4HA 4HXNA 5I7XA 4J3IA 5DYCA 4QUTA 5G4SA 5E3DA 5DLXA 5I89A 4J0SA 5HLSA 3ZYUA 4QR4A 5F36A 4LZSA 4NR8A 4YYDA 5EPBA 4MEOA 4YADA 2F6JA 3U5NA 2NXBA 5FG6A 4YBTA 4IR6A 2D9EA 5HFRA 4Z1SA 5ENHA 5EWDA 5FE4A 5EV9A 4YAXA 5IGMA 3P1CA 4LDFA 4OUFA 5HQ7A 5I88A 5I83A 2E7NA 4QSPA 5L96A 5CUGA 4TU6A 2L85A 2RFJA 4XUBA 3P1EA 4IR5A 4NUCA 4HXPA 4QUUA 5E9VA 5A81A 5A5PA 5KTWA 4O78A 3JVKA 4QSSA 5FE5A 4QYLA 5E9MA 5E73A 5E7DA 4A9NA 5IGLA 4NUDA 3TLPA 5CQ6A 4BW2A 4MR5A 2DVRA 1ZKRA 5BT5A 3K2JA 5AD3A 2YW5A 3DWYA 5HEMA 4DONA 4Z1QA 5C85A 5L99A 2DVSA 4UYGA 4UYHA 3U5OA 5E9KA 4Z6HA 5DFBA 5CQTA 5FG4A 3UVYA 5LUUA 3VKHA 5ENJA 2RI7A 5C89A 5CUCA 4UYEA 5ACYA 3D1DA 5EM3A 5EGUA 5E9IA 5CFWA 2DWWA 5LKTA 5F60A 5JWMA 4KCXA 3UW9A 4NR4A 5FE8A 4UIWA 4NYXA 5KU3A 5BT4A 4CUQA 1WUMA 5D3TA 4YYNA 4NUEA 4NYWA 2WP2A 5KTXA 2RNXA 5F61A 3O33A 5H85A 4NRAA 3G0JA 5EWHA 5CU8A 3UV4A 5EPRA 2WP1A 4KV1A 4YH3A 4YBSA 4ALHA 4WHWA 5I86A 3U5KA 3MB3A 4C66A 5I40A 4IR4A 5FB1A 4HXRA 4A9OA 4TU4A 2DATA 2RS9B 4YYMA 4OGIA 4XY9A 4QSQA 5CUEA 5C87A 3I3JA 1WUGA 2D82A 3U5MA 5A5OA 5HQ6A 5A5RA 4UYFA 2R0VA 5KO4A 4OGJA 4QEUA 5CGPA 5CY9A 5BT3A 5F1HA 5EICA
chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4LYS A;  4O77 A;  5DYX A;  4YAB A;  4TT2 A;  2YEM A;  4N4I A;  2KTB B;  5H1T A;  4UIX A;  5CUB A;  5DKH A;  3S92 A;  5A5Q A;  4QC1 A;  5LVQ A;  5A82 A;  4TZ8 A;  3NXB A;  5D24 A;  3QZV A;  4XUA A;  5FE1 A;  5CQ3 A;  5F2P A;  5HFQ A;  4C67 A;  5FG5 A;  4XYA A;  5ENI A;  4CUT A;  5ENE A;  4NR5 A;  5LJ2 A;  1E6I A;  4QC3 A;  4QEV A;  4O7A A;  3UVX A;  5II2 A;  4QEW A;  5CQ4 A;  5J0D A;  3MQM A;  4Y03 A;  5A5N A;  4NYV A;  2L84 A;  5IID A;  3LQJ A;  3HME A;  4MR3 A;  4RVR A;  5DX4 A;  5KHM A;  2H60 A;  3SVG A;  2LSP B;  4QSU A;  2N9G A;  3QZT A;  2RO1 A;  4Q0O A;  4TT6 A;  4X2I A;  4A9K A;  5CQ5 A;  4QB3 A;  4CLB A;  3U5P A;  5CS8 A;  4UYD A;  4ZW1 A;  4O7F A;  3LJW A;  1JM4 B;  5DFD A;  3QZS A;  3SVF A;  2GRC A;  5LKX A;  4NRC A;  4NXJ A;  5CRM A;  5L97 A;  4NQN A;  4QYD A;  5FE9 A;  4TQN A;  5HEL A;  5EWC A;  3P1D A;  4J1P A;  3O37 A;  5HM0 A;  5EWW A;  4CUS A;  2G4A A;  4AKN A;  2DVQ A;  2MJV B;  4A9H A;  4O7C A;  5L98 A;  4A9L A;  4UIV A;  5ENG A;  4O75 A;  4HBY A;  2E7O A;  5AMF A;  3IU6 A; 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