2MJVB

Solution structures of second bromodomain of brd4 with di-acetylated twist peptide
Total Genus 34
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
34
sequence length
128
structure length
128
Chain Sequence
KDVPDSQQHPAPEKSSKVSEQLKCCSGILKEMFAKKHAAYAWPFYKPVDVEALGLHDYCDIIKHPMDMSTIKSKLEAREYRDAQEFGADVRLMFSNCYKYNPPDHEVVAMARKLQDVFEMRFAKMPDE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Disrupting the Interaction of BRD4 with Diacetylated Twist Suppresses Tumorigenesis in Basal-like Breast Cancer.
pubmed doi rcsb
molecule tags Transcription
source organism Homo sapiens
molecule keywords Twist-related protein 1
total genus 34
structure length 128
sequence length 128
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-01-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 2mjvB00
4TYLA 5F36A 4UITA 4IR6A 2R0YA 5ENIA 5EPSA 5EK9A 2OUOA 3SVGA 5FE5A 5CQ4A 2RNXA 2L85A 5CQ6A 2WP2A 5E9MA 4ALHA 4MR5A 4UYGA 4J3IA 4YBMA 4FLPA 4PKLA 5J0DA 4UYFB 3UVWA 4YYIA 5F62A 5ENBA 4QSPA 1N72A 4GPJA 4YY6A 5L98A 3U5NA 2G4AA 4TQNA 4NQNA 4QSSA 4TZ8A 4QZSA 4MEOA 4MENA 4QYLA 2DKWA 4YH3A 4WHUA 4N4IA 3GG3A 5KTWA 3UV2A 5CUAA 2E7NA 2YQDA 4NQMA 4WHWA 4A9FA 5CUCA 5KO4A 4NR9A 5TCMA 2D9EA 5HQ6A 5F61A 5I7YA 5EWVA 4IR5A 3JVKA 5L97A 4WIVA 5HRXA 4UIVA 4E96A 4O75A 4QR3A 3LJWA 4J0SA 5EICA 4QC1A 5IG6A 4QEWA 2L84A 3JVJA 5CRMA 3MULA 4IR3A 5H85A 4DONA 5LJ2A 5D3LA 2I8NA 3U5JA 2H60A 3ZYUA 5CUBA 4QSTA 5FG4A 5E7DA 4HXNA 5D26A 5F25A 4QR5A 3LXJA 2F6JA 5HJCA 3O33A 2R0SA 5FH7A 5E9IA 4YYGA 4A9MA 2MJVB 5A5NA 4IOQA 4NS5A 3MB4A 3SVFA 4QYDA 2YEMA 5EWHA 4NRAA 4QSVA 5IGMA 5A85A 4MEPA 5CUEA 5C85A 4UYHA 4BW1A 5FE6A 5DLXA 3P1DA 4QUUA 5IGKA 4HBWA 4RVRA 4O7FA 5L8UA 5DFBA 4QSXA 2NXBA 5FDZA 4O71A 2DVSA 4CURA 5C87A 4YBTA 5I29A 2RFJA 4YYNA 4MR3A 5CTLA 4IOOA 5A5QA 4UYDA 3LQJA 4A9LA 5I1QA 5I40A 4CUSA 5A5OA 5C7NA 4TTEA 4XUAA 4O76A 4IR4A 4O74A 5F1HA 5KTUA 4YC9A 5DW2A 5E9YA 4TZ2A 3QZSA 4YADA 4QY4A 4PY6A 5DKCA 1ZS5A 3U5LA 4KCXA 4A9EA 5IGLA 2YELA 2OSSA 3U5PA 5DX4A 4TU4A 5CUGA 4LZSA 4YYJA 4LYWA 2DVRA 4O7EA 2DWWA 4X2IA 3S91A 5L99A 5HFQA 4QUTA 3P1EA 4O78A 5K29A 5I88A 5A5SA 2R0VA 5E3GA 5FH8A 4YATA 4XUBA 5CQ3A 4HXRA 5JI8A 4TS8A 4YAXA 5ACYA 2RS9B 5H1TA 4Q0OA 1WUMA 5I89A 5TB6A 3I3JA 5AMEA 3K2JA 5I7XA 4UIZA 3JVLA 2DVVA 3MXFA 3U5MA 5LKXA 1F68A 4O7CA 5EWWA 2DVQA 5DKDA 5II2A 5F60A 4Z1QA 5FH6A 5D0CA 5IIDA 4XY8A 5E73A 4CFLA 4MR6A 4CUTA 4O72A 4Q0NA 3U5OA 5BT3A 3G0JA 5DW1A 5A81A 5EI4A 2YEKA 4QC3A 5ETDA 5A7CA 5FE2A 5CUDA 5I80A 5ENEA 1EQFA 5FG6A 1E6IA 5ENFA 3LQHA 4NUCA 4HBYA 5F1LA 4NUDA 3O36A 4NYXA 3QZTA 4QNSA 5I83A 3D7CA 3ONIA 5ENJA 5FE9A 3HMEA 4YYKA 3S92A 2OO1A 3IU5A 5FB1A 4QSQA 5HEMA 4NR4A 3DAIA 5BT5A 4LDFA 4Z6IA 2L5EA 2KTBB 4NR6A 4NRCA 5EVAA 3NXBA 5CFWA 4MEQA 3UW9A 5DKHA 3O35A 5FE7A 5H1VA 5E0RA 5JWMA 5D3TA 5CS8A 5DYUA 4N4GA 5L96A 5C4QA 2FSAA 4A9OA 2RO1A 5LJ1A 1JSPB 1WUGA 5LKZA 4NYWA 5LUUA 4HXKA 5FG5A 4QSWA 3SVHA 4O77A 4NR7A 3UVDA 1JM4B 4UYFA 5DYCA 5HENA 4CL9A 5EISA 3LQIA 4O70A 5ETBA 4C66A 3Q2EA 5D3NA 2N9GA 4LYSA 5EA1A 5D25A 4HBXA 5ENHA 4UIUA 4TT6A 5F5ZA 5HFRA 4HXOA 3UVXA 5DYAA 3HMHA 4ALGA 4BW4A 4YYHA 5LKUA 5CY9A 4HXSA 3DWYA 2E7OA 2RNYA 4LC2A 4O7AA 5CU8A 5CQ8A 4QSRA 3O34A 4LR6A 5ENGA 5COIA 5AMFA 5F63A 4A9IA 3UV5A 2F6NA 4YBSA 2RI7A 3O37A 4LRGA 4A9KA 5FE3A 3AQAA 5A82A 3P1FA 4YABA 2RNWA 4OGJA 5EPRA 5ENCA 5FFWA 4CUQA 3TLPA 2LSPB 2WP1A 4LZ2A 4PCEA 5D7XA 5E9KA 5EGUA 1X0JA 4HXMA 3JVMA 5E3DA 4HXLA 3RCWA 5BT4A 4BW3A 4BHWA 4PCIA 4C67A 5IGNA 5IBNA 5FE0A 5EM3A 4A9JA 3HMFA 5E9VA 4YYMA 5DBMA 5AD3A 4TT4A 3MB3A 5F2PA 3QZVA 5H1UA 5FBXA 5CQTA 4YK0A 4YH4A 5C89A 5CRZA 5AD2A 5FB0A 5DFCA 5CQAA 4NXJA 4TT2A 3G0LA 4LYIA 4UIXA 5D3PA 4UYEA 5D3RA 4QSUA 5KHMA 5II1A 5LVRA 2E3KA 5CP5A 5G4RA 5F3AA 4N3WA 5HQ5A 5C8GA 5DFDA 4A9NA 5EWDA 5EP7A 4CLBA 5EWCA 4HBVA 5EU1A 3IU6A 5A83A 5E9LA 3Q2FA 2I7KA 4Y03A 4F3IA 5D3SA 2YDWA 4TU6A 4ZW1A 4UIWA 5KU3A 3AADA 3U5KA 4NYVA 4OUFA 5EPBA 4NRBA 4KV4A 5LVQA 3P5OA 5HQ7A 2GRCA 3UVYA 5FE1A 5EV9A 4AKNA 5G4SA 3MUKA 5HCLA 5FE4A 4UIYA 4YYDA 4XY9A 4NR5A 4Z93A 4LZRA 5FFVA 5HRWA 4Z1SA 4NR8A 5LJ0A 5CPEA 2YYNA 5FFYA 3MQMA 4QEVA 4KV1A 5HRVA 4CUUA 2R10A 5CZGA 4MR4A 5HM0A 4Z6HA 5HELA 4XYAA 5A5RA 5DY7A 4A9HA 5HLSA 5I86A 4PS5A 4N4FA 5LKTA 4IORA 4BJXA 3FKMX 4HXPA 5A5PA 4ZQLA 2D82A 5CQ7A 4BW2A 4CFKA 5CQ5A 5E74A 2DATA 5D3HA 4ZC9A 5CGPA 5KTXA 5DLZA 4OGIA 4CUPA 4QBMA 4PTBA 4O7BA 3P1CA 5D3JA 4QB3A 5L8TA 4J1PA 4YY4A 4QEUA 5EQ1A 4NUEA 5D24A 3UV4A 5DYXA 4N4HA 4J0RA 5FE8A 4QR4A 2YW5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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