4MR3A

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with a quinazolinone ligand (rvx-oh)
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transcription/transcription inhibitor
source organism Homo sapiens
publication title RVX-208, an inhibitor of BET transcriptional regulators with selectivity for the second bromodomain.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
total genus 41
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4mr3A01
5E7DA 5FE9A 2YQDA 4Z6IA 5D24A 5A5PA 5I7XA 5F1HA 4E96A 4O7BA 4WHWA 4NRBA 4TT6A 3MB3A 5D3SA 4YBSA 4Z1SA 3UV2A 5BT5A 3U5OA 2WP1A 2N9GA 5FBXA 2R0YA 5FB1A 1X0JA 4CL9A 2DVQA 5EWWA 2R0SA 4TT4A 4A9EA 4GPJA 2KTBB 3MULA 5EPBA 5LKXA 5HRXA 5DLXA 5JWMA 5D3RA 5EWDA 3TLPA 4IORA 5CUGA 3SVHA 3AADA 4YH4A 5E3DA 5A82A 5E74A 4Q0NA 5FG5A 4YY6A 3UV5A 4N4GA 4HBVA 4QSVA 2E3KA 5ENFA 3QZVA 5FH7A 4UYHA 4MR5A 4MEQA 2R10A 4X2IA 5AMFA 2I7KA 5E9LA 5DX4A 3DWYA 5F3AA 4A9FA 5EICA 4QSUA 4QR3A 5DW1A 4LYWA 5DKCA 2L84A 4XUAA 5EM3A 4QSSA 5C87A 4YK0A 5H1VA 5E9KA 4TS8A 5FE7A 4QC1A 5TCMA 4AKNA 5FE2A 5H1UA 3P1DA 5HM0A 2DKWA 5IIDA 4MR6A 5DYXA 4YAXA 3U5KA 4BW1A 5FE0A 4KV4A 4UITA 5L96A 5EISA 4QBMA 5DY7A 5ENJA 1JM4B 2YDWA 4ZC9A 4YYIA 5J0DA 1WUMA 3LQJA 5FE5A 4NYVA 2GRCA 4CURA 5A5OA 1N72A 2OUOA 5L99A 4TZ8A 5DBMA 5TB6A 4N4HA 2I8NA 5F5ZA 4BHWA 4QEWA 4CFLA 4Z1QA 2DATA 4HXOA 4TYLA 5I80A 4J3IA 4HXMA 2RFJA 4TU4A 4BW3A 5KTXA 4LR6A 5L98A 5G4RA 3P5OA 5HEMA 2RNYA 5KU3A 4TTEA 5C7NA 5I29A 5D3TA 4PCEA 2RNXA 3ZYUA 3HMHA 5CUAA 4Y03A 5BT4A 5K29A 4C67A 4O7EA 5KHMA 5FG6A 5L8UA 5AMEA 3UVDA 5EPSA 4O70A 5DYAA 2OO1A 3JVLA 5A5QA 4TU6A 5A81A 3U5JA 5ENIA 4YABA 4LRGA 3U5MA 4WHUA 4UYDA 4NR5A 5II2A 5A85A 2RNWA 5FFVA 4YYHA 4HXRA 4CFKA 5F2PA 5CUDA 4A9HA 5HRWA 4QYDA 5LJ1A 4IR6A 3QZSA 4UIYA 5CUBA 5ENBA 3QZTA 5KTUA 2L5EA 5ACYA 4NQMA 3S92A 4XYAA 3Q2EA 1ZS5A 4QSTA 4IOQA 3FKMX 4O71A 2LSPB 5EP7A 4DONA 4LZ2A 4A9NA 4MEPA 3JVMA 5AD2A 3G0JA 4J0RA 4XUBA 5I83A 5E9YA 4QEVA 5E9VA 4YC9A 5AD3A 5ENCA 4NRCA 4A9KA 4ZQLA 5HFQA 4QSQA 4QR4A 4A9IA 5JI8A 5LKZA 4O77A 4YYMA 5C4QA 5C85A 3O33A 4NR9A 3UVYA 2NXBA 4NUDA 5LKTA 5DFCA 3G0LA 5I89A 5E3GA 5L97A 3SVGA 3RCWA 5CY9A 4A9OA 5FB0A 5CU8A 3MB4A 4YBTA 5D0CA 5CRMA 1JSPB 3HMFA 4XY9A 5F1LA 4O78A 3UW9A 5E9IA 5HENA 2OSSA 3GG3A 5HJCA 3U5NA 4YYNA 4CUTA 4BJXA 2FSAA 4RVRA 5CUCA 3SVFA 4QR5A 4O7FA 4NQNA 5EI4A 1EQFA 2DVSA 4QZSA 5F62A 5D7XA 4UIVA 2D9EA 5FE4A 3O36A 5H1TA 4O74A 5FE6A 4XY8A 5DKDA 5DW2A 5FDZA 2F6NA 4LYIA 3P1EA 5A5NA 3HMEA 5D3NA 5II1A 4IR5A 3U5LA 5EV9A 3NXBA 4J0SA 5KO4A 5CQAA 5CS8A 3LQIA 5EVAA 4N4IA 5D25A 5LUUA 4O7AA 5CRZA 5LKUA 4MEOA 5FG4A 5EK9A 4QY4A 5D3PA 2D82A 4J1PA 3UVWA 5I40A 4TZ2A 3D7CA 5DFBA 5G4SA 4A9MA 3UVXA 5EPRA 5I88A 1E6IA 5F25A 4QEUA 4FLPA 3MUKA 5H85A 5LVRA 5I86A 3LQHA 4F3IA 2L85A 5CQ7A 5A5RA 5ETBA 4HXPA 5D26A 4Z6HA 4N3WA 5E73A 3O34A 5ENHA 4NRAA 4MR3A 4NYXA 4BW4A 2YYNA 4YATA 4UYFB 5BT3A 3S91A 4UIZA 3K2JA 2YELA 4IR4A 4QSXA 2YEMA 5CQ3A 5E9MA 4UIUA 5EGUA 4A9JA 5COIA 5ENGA 3LJWA 4OGIA 5D3JA 5A5SA 4YYJA 4YH3A 5F60A 4YBMA 4NYWA 5A7CA 3JVKA 4PTBA 5EWCA 5CQ6A 4PKLA 5HQ7A 5EQ1A 5CQ4A 3LXJA 3AQAA 4N4FA 5FE8A 3IU6A 5HELA 2DWWA 3DAIA 5D3HA 5CQTA 4QB3A 2YEKA 4PY6A 4QUUA 4HXNA 5HQ5A 5F36A 5CTLA 4HXSA 4ZW1A 4YYDA 4NR8A 3IU5A 4LDFA 5EU1A 2H60A 5LJ2A 4QSRA 4QC3A 4LZRA 2RI7A 4HBXA 4NS5A 5CZGA 3JVJA 5IG6A 5HRVA 4NR7A 4YY4A 4UYGA 5IGMA 5HQ6A 3ONIA 4O7CA 5EWHA 4O72A 4TT2A 4NR6A 5E0RA 3U5PA 5I1QA 5I7YA 5A83A 4O75A 5FH6A 4UIWA 5D3LA 5FH8A 5CFWA 4OGJA 4Z93A 4NUCA 5CP5A 2F6JA 4QUTA 2G4AA 4HXLA 4QSPA 5IGKA 5FE1A 2MJVB 5C8GA 2E7NA 4A9LA 4OUFA 5FFYA 4WIVA 4O76A 4YADA 4ALHA 4MR4A 4ALGA 4UYFA 4HBYA 3O37A 3Q2FA 1F68A 4QSWA 5IBNA 5LVQA 4TQNA 5CPEA 4CUUA 5DKHA 4KV1A 5ENEA 3MXFA 2RO1A 5FE3A 2DVRA 2DVVA 5ETDA 5DFDA 5FFWA 4C66A 4YYKA 2RS9B 4NUEA 2YW5A 4CUQA 4KCXA 2R0VA 4PCIA 4YYGA 5HCLA 4IR3A 5HLSA 4PS5A 4LYSA 5F61A 3P1CA 4CUPA 5DLZA 3I3JA 5F63A 4UYEA 5CUEA 2WP2A 5C89A 5CQ8A 5HFRA 5KTWA 4NR4A 4CLBA 4LC2A 4BW2A 3P1FA 4CUSA 5DYUA 4HXKA 3MQMA 1WUGA 2E7OA 4Q0OA 4LZSA 4IOOA 4QYLA 5EWVA 4UIXA 5IGLA 3O35A 5LJ0A 4HBWA 5EA1A 5DYCA 5L8TA 3UV4A 5CQ5A 5IGNA 4MENA 4NXJA 4QNSA 5CGPA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5E7DA 5FE9A 2YQDA 4Z6IA 1ZKRA 5D24A 5A5PA 5I7XA 5F1HA 4E96A 4O7BA 4WHWA 4NRBA 4TT6A 3MB3A 5D3SA 4YBSA 4Z1SA 3UV2A 5BT5A 3U5OA 2WP1A 2N9GA 5FBXA 2R0YA 5FB1A 1X0JA 4CL9A 2DVQA 5EWWA 2R0SA 4TT4A 4A9EA 1PUOA 4GPJA 2KTBB 3MULA 5EPBA 5LKXA 5HRXA 5DLXA 5JWMA 5D3RA 5EWDA 3TLPA 4IORA 5CUGA 3SVHA 3AADA 4YH4A 5E3DA 5A82A 5E74A 4Q0NA 5FG5A 4YY6A 3UV5A 4N4GA 4HBVA 4QSVA 2E3KA 5ENFA 3QZVA 5FH7A 4UYHA 4MR5A 4MEQA 2R10A 4X2IA 5AMFA 2I7KA 5E9LA 5DX4A 3DWYA 5F3AA 4A9FA 5EICA 4QSUA 4QR3A 5DW1A 4LYWA 5DKCA 2L84A 4XUAA 5EM3A 4QSSA 5C87A 4YK0A 5H1VA 5E9KA 4TS8A 5FE7A 4QC1A 5TCMA 4AKNA 5FE2A 5H1UA 3P1DA 5HM0A 2DKWA 5IIDA 4MR6A 5DYXA 4YAXA 3U5KA 4BW1A 5FE0A 4KV4A 4UITA 5L96A 5EISA 4QBMA 5DY7A 5ENJA 1JM4B 2YDWA 4ZC9A 4YYIA 5J0DA 1WUMA 3LQJA 5FE5A 4NYVA 2GRCA 4CURA 5A5OA 1N72A 2OUOA 5L99A 4TZ8A 5DBMA 5TB6A 4N4HA 2I8NA 5F5ZA 4BHWA 4QEWA 4CFLA 4Z1QA 2DATA 4HXOA 4TYLA 5I80A 4J3IA 4HXMA 2RFJA 4TU4A 4BW3A 5KTXA 4LR6A 5L98A 5G4RA 3P5OA 5HEMA 2RNYA 5KU3A 4TTEA 5C7NA 5I29A 5D3TA 4PCEA 2RNXA 3ZYUA 3HMHA 5CUAA 4Y03A 5BT4A 5K29A 4C67A 4O7EA 5KHMA 5FG6A 5L8UA 5AMEA 3UVDA 5EPSA 4O70A 4AKHA 5DYAA 2OO1A 3JVLA 5A5QA 4TU6A 5A81A 3U5JA 5ENIA 4YABA 4LRGA 3U5MA 4WHUA 4UYDA 4NR5A 5II2A 5A85A 2RNWA 5FFVA 4YYHA 4HXRA 4CFKA 5F2PA 5CUDA 4A9HA 5HRWA 4QYDA 5LJ1A 4IR6A 3QZSA 4UIYA 5CUBA 5ENBA 3QZTA 5KTUA 2L5EA 5ACYA 4NQMA 3S92A 4XYAA 3Q2EA 1ZS5A 4QSTA 4IOQA 3FKMX 3ERRA 4O71A 2LSPB 5EP7A 4DONA 4LZ2A 4A9NA 4AKGA 4MEPA 3JVMA 5AD2A 3G0JA 4J0RA 4XUBA 5I83A 5E9YA 4QEVA 5E9VA 4YC9A 5AD3A 5ENCA 4NRCA 4A9KA 4ZQLA 5HFQA 4QSQA 4QR4A 4A9IA 5JI8A 5LKZA 4O77A 4YYMA 5C4QA 5C85A 3O33A 4NR9A 3UVYA 2NXBA 4NUDA 5LKTA 5DFCA 3G0LA 5I89A 5E3GA 5L97A 3SVGA 3RCWA 5CY9A 4A9OA 5FB0A 5CU8A 3MB4A 4YBTA 5D0CA 5CRMA 1JSPB 3HMFA 4XY9A 5F1LA 4O78A 3UW9A 5E9IA 5HENA 2OSSA 3GG3A 5HJCA 3U5NA 4YYNA 4CUTA 4BJXA 2FSAA 4RVRA 4AKIA 5CUCA 3SVFA 4QR5A 4O7FA 4NQNA 5EI4A 1EQFA 2DVSA 4QZSA 5F62A 5D7XA 4UIVA 2D9EA 5FE4A 3O36A 5H1TA 4O74A 5FE6A 4XY8A 5DKDA 5DW2A 5FDZA 2F6NA 4LYIA 3P1EA 5A5NA 3HMEA 5D3NA 5II1A 4IR5A 3U5LA 5EV9A 3NXBA 4J0SA 5KO4A 5CQAA 5CS8A 3LQIA 5EVAA 4N4IA 5D25A 5LUUA 4O7AA 5CRZA 5LKUA 4MEOA 5FG4A 5EK9A 4QY4A 5D3PA 2EJNA 2D82A 4J1PA 3UVWA 5I40A 4TZ2A 3D7CA 5DFBA 5G4SA 4A9MA 3UVXA 5EPRA 5I88A 3D1DA 1E6IA 5F25A 4QEUA 4FLPA 3MUKA 5H85A 5LVRA 5I86A 3LQHA 4F3IA 2L85A 3D1BA 5CQ7A 5A5RA 5ETBA 4HXPA 5D26A 4Z6HA 4N3WA 5E73A 3O34A 5ENHA 4NRAA 4MR3A 4NYXA 4BW4A 2YYNA 4YATA 4UYFB 5BT3A 3S91A 4UIZA 3K2JA 2YELA 4IR4A 4QSXA 2YEMA 5CQ3A 5E9MA 4UIUA 5EGUA 4A9JA 5COIA 5ENGA 3LJWA 4OGIA 5D3JA 5A5SA 4YYJA 4YH3A 4AI6A 5F60A 4YBMA 4NYWA 5A7CA 3VKHA 3JVKA 4PTBA 5EWCA 5CQ6A 4PKLA 5HQ7A 5EQ1A 5CQ4A 3LXJA 3AQAA 4N4FA 5FE8A 3IU6A 5HELA 2DWWA 3DAIA 5D3HA 5CQTA 4QB3A 2YEKA 4PY6A 4QUUA 4HXNA 5HQ5A 5F36A 5CTLA 4HXSA 4ZW1A 4YYDA 4NR8A 3IU5A 4LDFA 5EU1A 2H60A 5LJ2A 4QSRA 4QC3A 4LZRA 2RI7A 4HBXA 4NS5A 5CZGA 3JVJA 5IG6A 5HRVA 4NR7A 4YY4A 4UYGA 5IGMA 5HQ6A 3ONIA 4O7CA 5EWHA 4O72A 4TT2A 4NR6A 5E0RA 3U5PA 5I1QA 5I7YA 5A83A 4O75A 5FH6A 4UIWA 5D3LA 5FH8A 5CFWA 4OGJA 4Z93A 4NUCA 5CP5A 2F6JA 4QUTA 2G4AA 4HXLA 4QSPA 5IGKA 5FE1A 2MJVB 5C8GA 2E7NA 4A9LA 4OUFA 5FFYA 4WIVA 4O76A 4YADA 4ALHA 4MR4A 4ALGA 4UYFA 4HBYA 3O37A 3Q2FA 1F68A 4QSWA 5IBNA 5LVQA 4TQNA 5CPEA 4CUUA 5DKHA 4KV1A 5ENEA 3MXFA 2RO1A 5FE3A 2DVRA 2DVVA 5ETDA 5DFDA 5FFWA 4C66A 3VKGA 4YYKA 2RS9B 4NUEA 2YW5A 4CUQA 4KCXA 2R0VA 4PCIA 4YYGA 5HCLA 4IR3A 5HLSA 4PS5A 4LYSA 5F61A 3P1CA 4CUPA 5DLZA 3I3JA 5F63A 4UYEA 5CUEA 2WP2A 5C89A 5CQ8A 5HFRA 5KTWA 4NR4A 4CLBA 4LC2A 4BW2A 3P1FA 4CUSA 5DYUA 4HXKA 3MQMA 1WUGA 2E7OA 4Q0OA 4LZSA 4IOOA 4QYLA 5EWVA 4UIXA 5IGLA 3O35A 5LJ0A 4HBWA 5EA1A 5DYCA 5L8TA 3UV4A 5CQ5A 5IGNA 4MENA 4NXJA 4QNSA 5CGPA
chains in the Genus database with same CATH topology
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