4MR3A

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with a quinazolinone ligand (rvx-oh)
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transcription/transcription inhibitor
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title RVX-208, an inhibitor of BET transcriptional regulators with selectivity for the second bromodomain.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 41
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4mr3A01
5L8UA 3SVGA 5AD2A 3SVHA 5H1VA 5KTWA 1E6IA 5I88A 4MEQA 2DVVA 5CTLA 3AQAA 5HRXA 5LJ2A 3IU5A 2R10A 5FE9A 4UIZA 5EPRA 4NRAA 4Y03A 5DYXA 5D3JA 1ZS5A 5FBXA 5A5QA 2KTBB 4O7BA 4UYHA 5FE2A 2YDWA 4F3IA 4YYDA 4NUEA 4YYHA 1EQFA 4UYFB 5EM3A 5L96A 4LRGA 5DLXA 4ZW1A 1F68A 4CFLA 4YBSA 5L98A 4NR4A 5HENA 4IR5A 5HEMA 2YEMA 3TLPA 4QEWA 5ENHA 5E9LA 5E73A 5FH8A 2YYNA 3UVDA 5TCMA 4O70A 5A5PA 4XUBA 5F25A 5DKDA 4GPJA 4Q0OA 5KTUA 5CUCA 2R0VA 2LSPB 5EWDA 5D3HA 2OUOA 4HBVA 3U5MA 5FFVA 4QC1A 5CPEA 5LKUA 4ZC9A 4YAXA 4QSXA 5D3TA 4QSPA 5CQ8A 4PCEA 5E9VA 5CY9A 4AKNA 5FDZA 5I7XA 4HXSA 5D3SA 2YW5A 4Q0NA 4IR3A 4IR6A 2YEKA 5CQ3A 5I89A 4YYJA 5COIA 5AD3A 2I7KA 5D3RA 4IOOA 5EISA 5KU3A 2WP2A 5L97A 4XY9A 3FKMX 5FFYA 4QUTA 5ENFA 5LVRA 3AADA 4O7EA 2YQDA 5EWVA 5FE5A 5BT4A 4A9HA 2E7NA 3U5LA 5H1UA 4C66A 3MULA 5CS8A 5F3AA 4PTBA 5HCLA 4TT6A 4A9OA 5C8GA 4NRCA 4Z1QA 5EVAA 4TU4A 3P5OA 5EPSA 5CQ4A 5AMEA 5BT5A 4UIUA 4A9LA 4UIYA 5DKCA 4HXRA 4KV4A 5C4QA 5ENBA 3O34A 4NYWA 5CUGA 3S92A 5F62A 2H60A 2R0SA 4BW1A 3UVYA 5D3PA 5FB1A 3U5JA 2RNWA 5A85A 4HXKA 5CUAA 4O76A 4O7FA 4YH3A 3O36A 4YBMA 5F61A 5HRWA 5IGNA 5E3GA 4BW4A 5DYAA 4HXLA 5C85A 2R0YA 4QB3A 5DBMA 4O71A 4YABA 5ETDA 4QR3A 5TB6A 5HJCA 5DW1A 4NQNA 3GG3A 5FG5A 5HQ5A 5CQAA 2L5EA 4UIXA 2F6NA 2YELA 5DYUA 3IU6A 4HXPA 4QUUA 5II1A 4NR9A 3P1CA 5H85A 4MR3A 5A5OA 4QSVA 5JWMA 5CQ5A 4MR5A 4TT2A 5ENIA 3O33A 3ONIA 4KV1A 4TQNA 5IGKA 5A7CA 3DWYA 5A82A 5FE1A 4PS5A 5IBNA 4LYSA 4MEOA 4ALHA 2OSSA 4OUFA 3UW9A 3LQHA 4E96A 2RNXA 4N4FA 4QR5A 3ZYUA 5HFRA 5DKHA 4HBXA 5LUUA 3MQMA 4BW2A 5LVQA 4QSRA 4LYWA 5LKXA 5F63A 5FE0A 5D3NA 5HM0A 4WHUA 5KHMA 2L84A 5CGPA 4QSQA 5FG4A 5FH6A 5EGUA 4LC2A 2OO1A 3JVKA 4YATA 5E9KA 2DWWA 4QR4A 2E3KA 4CURA 3U5OA 5FE3A 5CQTA 5IG6A 4PY6A 5DLZA 5I7YA 4QZSA 5EK9A 5E9MA 5F5ZA 4NUCA 5DFDA 5F1HA 4ALGA 5EV9A 4LR6A 4QSWA 5EQ1A 1WUGA 3P1EA 5C89A 3MXFA 3UV2A 4YYIA 2DVRA 5A5SA 5F60A 5CFWA 4YC9A 5CUEA 3I3JA 2I8NA 1X0JA 4KCXA 2RFJA 5IGLA 4TS8A 5A5RA 5FE8A 4N3WA 4J1PA 1JM4B 4UYFA 4A9KA 4PKLA 4A9EA 4UIVA 4A9NA 4MR4A 5DW2A 4OGJA 4X2IA 4Z1SA 4YK0A 4J3IA 3LQIA 2L85A 4Z6HA 2D9EA 4CL9A 5HQ6A 2E7OA 5C7NA 5E9IA 4O75A 5A81A 5ACYA 4CUSA 4XUAA 5A83A 5ENJA 5E9YA 4O78A 1JSPB 4CLBA 3HMFA 4NYVA 5HELA 5CZGA 3D7CA 5ENEA 5G4SA 4XYAA 4YYMA 4NRBA 3O37A 5L8TA 4UYDA 2N9GA 4YADA 5E3DA 4IORA 5H1TA 4XY8A 4YY6A 4BW3A 4QC3A 2DVQA 4NXJA 4J0RA 4QSUA 5EPBA 3K2JA 4O7CA 4MENA 5CQ6A 4NR6A 5A5NA 4YBTA 4LZRA 2RO1A 3G0LA 5II2A 5L99A 5D26A 3U5NA 4HXMA 3JVJA 5AMFA 5FH7A 2G4AA 5HLSA 5IGMA 4NR7A 5I86A 3JVLA 5LKTA 5CRZA 4NYXA 5DFBA 5CQ7A 3HMHA 4MR6A 5EU1A 3RCWA 5EWCA 4O72A 5FE6A 2RI7A 3LJWA 5DYCA 4UITA 4UIWA 4A9MA 5EI4A 5FE4A 2DKWA 4QEUA 4QYDA 4LZSA 5F2PA 2WP1A 3P1DA 3QZTA 4LZ2A 3HMEA 5LJ1A 4TZ8A 5D25A 4QEVA 5E74A 4NS5A 3MB4A 4QYLA 5EWWA 5E7DA 5K29A 4QSTA 3LXJA 4TU6A 3JVMA 3NXBA 4PCIA 4CUQA 5ENGA 3G0JA 4YYNA 4RVRA 5IIDA 3U5PA 5I1QA 2GRCA 4A9IA 4OGIA 4C67A 5CU8A 3S91A 2FSAA 5EICA 4A9FA 5E0RA 3SVFA 4YY4A 3UV5A 4TZ2A 4LDFA 4CUUA 5KTXA 5EP7A 2F6JA 5I83A 2DATA 4TYLA 4J0SA 3QZSA 5EA1A 4YYKA 4O77A 3O35A 4UYGA 4DONA 4A9JA 4HBYA 4IOQA 4N4HA 1WUMA 5CP5A 1N72A 3MB3A 4WHWA 5CRMA 5ETBA 2MJVB 4QSSA 5FE7A 4QBMA 2DVSA 4YH4A 5G4RA 4HXOA 3MUKA 2D82A 3QZVA 4MEPA 4BHWA 4HBWA 5D0CA 5FG6A 4HXNA 4Z93A 3U5KA 4TT4A 4QY4A 4NQMA 4YYGA 5DFCA 3P1FA 4NUDA 4CFKA 5C87A 4WIVA 5LJ0A 4NR5A 5DY7A 4IR4A 5FB0A 3Q2FA 4LYIA 5D3LA 5J0DA 4O7AA 5I80A 3UV4A 5HFQA 5EWHA 4Z6IA 5HQ7A 2RNYA 5FFWA 5KO4A 5D24A 5F36A 2RS9B 4CUPA 5D7XA 4CUTA 5HRVA 3DAIA 4FLPA 4QNSA 4BJXA 3LQJA 4ZQLA 5I29A 5JI8A 5ENCA 5LKZA 3Q2EA 2NXBA 3UVWA 5BT3A 5F1LA 5DX4A 4N4IA 4NR8A 4TTEA 3UVXA 5CUBA 4O74A 5I40A 4N4GA 4UYEA 5CUDA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5L8UA 3SVGA 5AD2A 3SVHA 5H1VA 5KTWA 1E6IA 5I88A 4MEQA 2DVVA 5CTLA 3AQAA 5HRXA 5LJ2A 3IU5A 2R10A 5FE9A 4UIZA 5EPRA 4NRAA 4Y03A 5DYXA 5D3JA 1ZS5A 5FBXA 5A5QA 2KTBB 4O7BA 4UYHA 5FE2A 2YDWA 4AKIA 4F3IA 4YYDA 4NUEA 4YYHA 1EQFA 4UYFB 5EM3A 5L96A 4LRGA 5DLXA 4ZW1A 1F68A 4CFLA 4YBSA 5L98A 4NR4A 5HENA 4IR5A 5HEMA 2YEMA 3TLPA 4QEWA 5ENHA 5E9LA 5E73A 3D1BA 5FH8A 2YYNA 3UVDA 5TCMA 4O70A 5A5PA 4XUBA 5F25A 5DKDA 4GPJA 4Q0OA 5KTUA 5CUCA 2R0VA 2LSPB 5EWDA 5D3HA 2OUOA 4HBVA 3U5MA 5FFVA 4QC1A 5CPEA 5LKUA 4ZC9A 4YAXA 4QSXA 5D3TA 4QSPA 5CQ8A 4PCEA 5E9VA 5CY9A 4AKNA 5FDZA 5I7XA 4HXSA 5D3SA 2YW5A 4Q0NA 4IR3A 4IR6A 2YEKA 5CQ3A 5I89A 4YYJA 5COIA 5AD3A 2I7KA 5D3RA 4IOOA 5EISA 5KU3A 2WP2A 5L97A 4XY9A 3FKMX 5FFYA 4QUTA 5ENFA 5LVRA 3AADA 4O7EA 2YQDA 5EWVA 5FE5A 5BT4A 4A9HA 2E7NA 3U5LA 5H1UA 4C66A 3MULA 5CS8A 5F3AA 4PTBA 5HCLA 4TT6A 4A9OA 5C8GA 4NRCA 4Z1QA 5EVAA 4TU4A 3P5OA 5EPSA 5CQ4A 5AMEA 5BT5A 4UIUA 4A9LA 4UIYA 5DKCA 4HXRA 4KV4A 5C4QA 5ENBA 3O34A 4NYWA 5CUGA 3S92A 5F62A 2H60A 2R0SA 4BW1A 3UVYA 5D3PA 5FB1A 3U5JA 2RNWA 5A85A 4HXKA 5CUAA 4O76A 4O7FA 4YH3A 3O36A 4YBMA 5F61A 5HRWA 5IGNA 5E3GA 4BW4A 5DYAA 4HXLA 5C85A 2R0YA 4QB3A 5DBMA 4O71A 4YABA 5ETDA 4QR3A 5TB6A 5HJCA 5DW1A 4NQNA 3GG3A 5FG5A 5HQ5A 5CQAA 2L5EA 4UIXA 2F6NA 2YELA 5DYUA 3IU6A 4HXPA 4QUUA 5II1A 4NR9A 3P1CA 5H85A 4MR3A 5A5OA 4QSVA 5JWMA 5CQ5A 4MR5A 4TT2A 5ENIA 3O33A 3ONIA 4KV1A 4TQNA 5IGKA 5A7CA 3DWYA 5A82A 5FE1A 4PS5A 5IBNA 4LYSA 4MEOA 4ALHA 2OSSA 4OUFA 3UW9A 3LQHA 4E96A 2RNXA 4N4FA 4QR5A 3ZYUA 5HFRA 5DKHA 4HBXA 5LUUA 3MQMA 4BW2A 5LVQA 4QSRA 4LYWA 5LKXA 5F63A 5FE0A 5D3NA 5HM0A 4WHUA 5KHMA 2L84A 5CGPA 4QSQA 5FG4A 5FH6A 5EGUA 4LC2A 2OO1A 3JVKA 4YATA 5E9KA 2DWWA 4QR4A 2E3KA 4CURA 3U5OA 5FE3A 5CQTA 5IG6A 4PY6A 5DLZA 1ZKRA 5I7YA 4QZSA 5EK9A 5E9MA 5F5ZA 4NUCA 5DFDA 5F1HA 4ALGA 5EV9A 4LR6A 4QSWA 5EQ1A 1WUGA 3P1EA 5C89A 3MXFA 3UV2A 4YYIA 2DVRA 5A5SA 5F60A 5CFWA 4YC9A 5CUEA 3I3JA 2I8NA 1X0JA 4KCXA 2RFJA 5IGLA 4TS8A 5A5RA 5FE8A 4N3WA 4J1PA 1JM4B 4UYFA 4A9KA 4PKLA 4A9EA 4UIVA 4A9NA 4MR4A 5DW2A 4OGJA 4X2IA 4Z1SA 4YK0A 4J3IA 3LQIA 2L85A 4Z6HA 2D9EA 4CL9A 5HQ6A 2E7OA 5C7NA 5E9IA 4O75A 5A81A 5ACYA 4CUSA 4XUAA 5A83A 5ENJA 5E9YA 4O78A 1JSPB 4CLBA 3HMFA 4NYVA 5HELA 5CZGA 3D7CA 5ENEA 5G4SA 4XYAA 4YYMA 3VKHA 4NRBA 3O37A 5L8TA 4UYDA 2N9GA 4YADA 5E3DA 4IORA 5H1TA 4XY8A 4YY6A 4BW3A 4QC3A 2DVQA 4NXJA 4J0RA 4QSUA 5EPBA 3K2JA 4O7CA 4MENA 5CQ6A 4NR6A 5A5NA 4YBTA 4LZRA 2RO1A 3G0LA 5II2A 5L99A 5D26A 3U5NA 4HXMA 3JVJA 5AMFA 3D1DA 5FH7A 2G4AA 5HLSA 5IGMA 4NR7A 5I86A 3JVLA 5LKTA 5CRZA 4NYXA 5DFBA 5CQ7A 3HMHA 4MR6A 5EU1A 3RCWA 5EWCA 4O72A 3VKGA 5FE6A 2RI7A 3LJWA 5DYCA 4UITA 4UIWA 4A9MA 5EI4A 5FE4A 2DKWA 4QEUA 4QYDA 4LZSA 5F2PA 2WP1A 3P1DA 3QZTA 4LZ2A 3HMEA 5LJ1A 4TZ8A 5D25A 4QEVA 5E74A 4NS5A 3MB4A 4QYLA 5EWWA 5E7DA 5K29A 3ERRA 4QSTA 3LXJA 4TU6A 3JVMA 3NXBA 4PCIA 4CUQA 5ENGA 3G0JA 4YYNA 4RVRA 5IIDA 4AKHA 3U5PA 5I1QA 2GRCA 4A9IA 4OGIA 4C67A 5CU8A 3S91A 2FSAA 5EICA 4A9FA 5E0RA 3SVFA 4YY4A 3UV5A 4TZ2A 4LDFA 4CUUA 5KTXA 5EP7A 2F6JA 5I83A 2DATA 4TYLA 4J0SA 3QZSA 5EA1A 4YYKA 2EJNA 4O77A 3O35A 4UYGA 4DONA 4A9JA 4HBYA 4IOQA 4N4HA 1WUMA 5CP5A 1N72A 3MB3A 4WHWA 5CRMA 5ETBA 2MJVB 4QSSA 5FE7A 4QBMA 2DVSA 4YH4A 5G4RA 4HXOA 3MUKA 2D82A 1PUOA 3QZVA 4MEPA 4BHWA 4HBWA 5D0CA 5FG6A 4HXNA 4Z93A 3U5KA 4TT4A 4QY4A 4NQMA 4YYGA 3P1FA 5DFCA 4NUDA 4CFKA 5C87A 4WIVA 5LJ0A 4NR5A 5DY7A 4IR4A 5FB0A 3Q2FA 4LYIA 5D3LA 5J0DA 4O7AA 5I80A 4AKGA 3UV4A 5HFQA 5EWHA 4Z6IA 5HQ7A 2RNYA 4AI6A 5FFWA 5KO4A 5D24A 5F36A 2RS9B 4CUPA 5D7XA 4CUTA 5HRVA 3DAIA 4FLPA 4QNSA 4BJXA 3LQJA 4ZQLA 5I29A 5JI8A 5ENCA 5LKZA 3Q2EA 2NXBA 3UVWA 5BT3A 5F1LA 5DX4A 4N4IA 4NR8A 4TTEA 3UVXA 5CUBA 4O74A 5I40A 4N4GA 4UYEA 5CUDA
chains in the Genus database with same CATH topology
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