4MR3A

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with a quinazolinone ligand (rvx-oh)
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title RVX-208, an inhibitor of BET transcriptional regulators with selectivity for the second bromodomain.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription/transcription inhibitor
total genus 41
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-09-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4mr3A01
5EK9A 5HRXA 5EPRA 4QR5A 5FBXA 5HELA 5EA1A 5ENGA 4A9FA 3ONIA 4TT2A 4QC1A 3TLPA 4YYNA 4O77A 4HXPA 4N4GA 5EP7A 3AADA 4LZ2A 5L96A 2DVSA 3O35A 5LVQA 3HMFA 5E9KA 5CGPA 4CL9A 4QEUA 4RVRA 3IU6A 5F2PA 5HJCA 4LZSA 4CUQA 2R10A 4C66A 4A9OA 5C85A 5FE6A 2RNYA 4LR6A 4A9HA 4UITA 5II2A 1F68A 5FE7A 3MULA 4QSUA 4YATA 4Z93A 5KHMA 5C8GA 4O7FA 5I7XA 1N72A 3UV5A 5AMEA 2YELA 3MUKA 3S92A 4NRBA 5FH8A 5A7CA 5FE2A 4OUFA 3NXBA 5HEMA 4IR5A 3K2JA 4QNSA 2E7OA 4TTEA 4CUUA 4UYEA 3SVGA 4IR6A 5DFBA 3P1FA 4XYAA 5EV9A 5FE9A 3P1EA 3O33A 4O7CA 2DKWA 5E3GA 5DKCA 4AKNA 5C4QA 5DYXA 4LYIA 4QZSA 5FDZA 4UYFB 5CS8A 2MJVB 5D24A 3D7CA 5EQ1A 4HXSA 5F62A 5EM3A 2WP1A 5HRVA 4PS5A 5CQ8A 3QZSA 5DKDA 2E3KA 4YYKA 5FE0A 2DWWA 4UIZA 5LUUA 5ENCA 4PKLA 4O75A 2GRCA 2WP2A 5IGLA 4O7AA 5COIA 5L97A 4NQMA 5EICA 5K29A 3LJWA 5HQ6A 4HBYA 5KTUA 3U5MA 4YYMA 4OGJA 5KTXA 5CQ5A 5I89A 5CQTA 4ZW1A 5A83A 5EISA 4O74A 2OSSA 5ENFA 5HRWA 2RNWA 2R0VA 4TQNA 5I40A 5FE1A 5TCMA 2R0YA 3MB3A 4HBVA 4A9LA 1JSPB 5E9YA 4UIYA 5JWMA 4N4HA 4NYXA 5IGNA 4YBSA 4TU6A 2DVRA 3AQAA 3GG3A 5FE8A 4XUBA 5HM0A 5L8UA 5FFWA 3P5OA 5H1UA 5I29A 4TYLA 5D3SA 3UW9A 5HQ7A 5IG6A 4CLBA 4YAXA 4LYWA 4NRCA 2DVVA 5LJ2A 5CRZA 1WUGA 4CUPA 4QSXA 5LVRA 5E0RA 5CQ6A 5L98A 4QSWA 5ENEA 5CRMA 3IU5A 4XY9A 4YK0A 4YBMA 5CUGA 3SVHA 4HXOA 5I88A 2RS9B 5CZGA 4NR8A 2L5EA 4TS8A 5D3PA 5CQAA 2OUOA 4HBWA 5CPEA 4PCEA 4YYIA 4J0SA 5FH7A 5A85A 2LSPB 4Z6IA 5BT3A 5IGKA 5D26A 5DX4A 4BW3A 4NYVA 4QSQA 5EI4A 4YYHA 5I86A 3O36A 5CQ3A 4QYDA 5KO4A 4HXLA 4ALGA 5F61A 5EGUA 5L8TA 4BJXA 5A82A 4GPJA 5CFWA 3O34A 3P1CA 5ENJA 5TB6A 5FFVA 3LQHA 2RNXA 5HQ5A 4NXJA 5E73A 2YEMA 5H1VA 5J0DA 4NR4A 4MEOA 4LDFA 5CY9A 3ZYUA 3QZVA 5CUEA 5CUAA 3U5OA 4XY8A 5D3TA 4PY6A 2I7KA 1X0JA 2YDWA 5CUCA 4O7BA 4NRAA 5A5QA 4TZ8A 3G0LA 4HXNA 5HENA 3DWYA 2L85A 3Q2EA 4KCXA 5EWWA 5EWVA 2KTBB 5ACYA 4OGIA 4O76A 4KV1A 1WUMA 4PTBA 4MR6A 4NQNA 5F1HA 5C89A 4O71A 4UIWA 5FE4A 5EWCA 5DLZA 4N4IA 5LJ1A 4BHWA 4NUEA 2E7NA 4QSTA 4CUSA 5DFDA 5C87A 4YYGA 5FE5A 3MB4A 4YH4A 5E9LA 5FG4A 4NYWA 5E9MA 5EVAA 4A9MA 3MQMA 4YYJA 4UIXA 4QC3A 4IOOA 3UVXA 5A5RA 4LYSA 5II1A 5CP5A 2DVQA 5HFQA 4QB3A 5FG6A 4MEPA 3JVJA 2RO1A 2L84A 4O70A 4YADA 2YEKA 2YYNA 4WHUA 5CUDA 4XUAA 4QR3A 1E6IA 5D7XA 3UVDA 5EPBA 5JI8A 3UV2A 5A5OA 5F3AA 5EWHA 5D3HA 5E9VA 3LQIA 5CUBA 2G4AA 4UYHA 4N3WA 4YYDA 5F36A 4YABA 4QUUA 5HLSA 5ENIA 5D3NA 3DAIA 4E96A 5ENHA 2YQDA 4IORA 4QBMA 5ETDA 4Z6HA 5IBNA 4BW4A 4CURA 4ZQLA 5CU8A 5LJ0A 5CQ7A 5E9IA 4MR4A 5I80A 5AMFA 3LQJA 4DONA 4NUDA 5FB1A 2D82A 5IIDA 2FSAA 5H1TA 5BT5A 2DATA 5FG5A 4A9NA 5LKXA 4Q0OA 4BW1A 4F3IA 4NS5A 5FB0A 5LKZA 4HBXA 5DW1A 5E7DA 4QY4A 4LZRA 5A5SA 4A9IA 4YC9A 5DY7A 4WHWA 4FLPA 3JVLA 3U5PA 5F63A 5FFYA 4Z1QA 4HXKA 3RCWA 4MR5A 5A5PA 4LRGA 5D3JA 3LXJA 5E74A 3UVWA 3UV4A 5G4RA 5KTWA 5F25A 3SVFA 5HCLA 2D9EA 2F6NA 5I1QA 5DYUA 1ZS5A 4BW2A 4MR3A 5CTLA 4QSPA 5DKHA 5E3DA 4MENA 5D0CA 5CQ4A 3HMHA 5I7YA 3U5KA 4CFLA 5DYAA 3JVMA 4UIUA 5DW2A 5EWDA 4NUCA 2I8NA 3UVYA 5DFCA 5EPSA 4A9JA 4WIVA 1JM4B 4LC2A 4QSSA 5DLXA 4QYLA 4J0RA 4QUTA 3U5JA 4ZC9A 4QSVA 2H60A 4QR4A 3G0JA 2R0SA 1EQFA 4TT6A 4MEQA 2RI7A 5A5NA 5FH6A 4ALHA 3FKMX 5ETBA 3O37A 3JVKA 4N4FA 4YY4A 4YY6A 5F60A 2N9GA 4HXRA 4UYFA 5ENBA 5DYCA 5AD2A 2YW5A 4Z1SA 4IOQA 4NR5A 4J1PA 4UYGA 5D3RA 4A9KA 4TU4A 5H85A 5FE3A 3Q2FA 5KU3A 4CFKA 4UYDA 5BT4A 5LKUA 4O72A 4QSRA 3HMEA 5F1LA 4QEVA 4IR4A 5G4SA 4QEWA 4TZ2A 4YBTA 5AD3A 5D25A 5A81A 4C67A 4HXMA 3MXFA 4O7EA 5I83A 3P1DA 4IR3A 4NR7A 4NR9A 4A9EA 4NR6A 4O78A 4YH3A 5D3LA 5HFRA 5L99A 4TT4A 2RFJA 5F5ZA 2NXBA 4PCIA 2F6JA 5IGMA 3U5NA 4UIVA 4Q0NA 3S91A 4X2IA 5LKTA 5DBMA 4KV4A 5EU1A 4J3IA 4Y03A 3I3JA 3U5LA 2OO1A 4CUTA 3QZTA 5C7NA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5EK9A 5HRXA 5EPRA 4QR5A 5FBXA 5HELA 5EA1A 5ENGA 4A9FA 3ONIA 4TT2A 4QC1A 3TLPA 4YYNA 4O77A 4HXPA 4N4GA 5EP7A 3AADA 4LZ2A 5L96A 2DVSA 3O35A 5LVQA 3HMFA 5E9KA 5CGPA 4CL9A 3D1DA 4QEUA 4RVRA 3IU6A 5F2PA 5HJCA 4LZSA 4CUQA 2R10A 4C66A 4A9OA 5C85A 5FE6A 2RNYA 4LR6A 4A9HA 4UITA 5II2A 1F68A 5FE7A 3MULA 4QSUA 4YATA 4Z93A 5KHMA 5C8GA 4O7FA 5I7XA 1N72A 3UV5A 5AMEA 2YELA 3MUKA 3S92A 4NRBA 5FH8A 5A7CA 5FE2A 4OUFA 3NXBA 5HEMA 4IR5A 3K2JA 4QNSA 2E7OA 4TTEA 4CUUA 4UYEA 3SVGA 4IR6A 5DFBA 3P1FA 4XYAA 5EV9A 5FE9A 3P1EA 3O33A 4O7CA 2DKWA 5E3GA 5DKCA 4AKNA 5C4QA 5DYXA 4LYIA 4QZSA 5FDZA 4UYFB 5CS8A 2MJVB 5D24A 3D7CA 5EQ1A 4HXSA 5F62A 5EM3A 2WP1A 5HRVA 4PS5A 5CQ8A 3QZSA 5DKDA 2E3KA 4YYKA 5FE0A 2DWWA 4UIZA 5LUUA 5ENCA 4PKLA 4O75A 2GRCA 2WP2A 5IGLA 4O7AA 5COIA 5L97A 4NQMA 5EICA 5K29A 3LJWA 5HQ6A 4HBYA 5KTUA 3U5MA 4YYMA 4OGJA 5KTXA 5CQ5A 5I89A 5CQTA 4ZW1A 5A83A 5EISA 4O74A 2OSSA 5ENFA 5HRWA 2RNWA 2R0VA 4TQNA 5I40A 5FE1A 5TCMA 2R0YA 3MB3A 4HBVA 4A9LA 1JSPB 5E9YA 4UIYA 5JWMA 4N4HA 4NYXA 5IGNA 4YBSA 4TU6A 2DVRA 3AQAA 3GG3A 5FE8A 4XUBA 5HM0A 5L8UA 5FFWA 3P5OA 5H1UA 5I29A 4TYLA 5D3SA 3UW9A 5HQ7A 5IG6A 4CLBA 4YAXA 4LYWA 4NRCA 2DVVA 5LJ2A 5CRZA 1WUGA 4CUPA 4QSXA 5LVRA 5E0RA 5CQ6A 5L98A 4QSWA 5ENEA 5CRMA 3IU5A 4XY9A 4YK0A 4YBMA 5CUGA 3SVHA 4HXOA 5I88A 2RS9B 5CZGA 4NR8A 2L5EA 4TS8A 5D3PA 5CQAA 2OUOA 4HBWA 5CPEA 4PCEA 4YYIA 4J0SA 5FH7A 5A85A 2LSPB 4Z6IA 5BT3A 5IGKA 5D26A 5DX4A 4BW3A 4NYVA 4QSQA 5EI4A 4YYHA 5I86A 3O36A 5CQ3A 4QYDA 5KO4A 4HXLA 4ALGA 5F61A 5EGUA 5L8TA 4BJXA 5A82A 4GPJA 5CFWA 3O34A 3P1CA 5ENJA 5TB6A 5FFVA 3LQHA 2RNXA 5HQ5A 4NXJA 5E73A 2YEMA 5H1VA 5J0DA 4NR4A 4MEOA 4LDFA 5CY9A 3ZYUA 3QZVA 5CUEA 5CUAA 3U5OA 4XY8A 5D3TA 4PY6A 2I7KA 1X0JA 2YDWA 5CUCA 4O7BA 4NRAA 5A5QA 4TZ8A 3VKGA 3G0LA 4HXNA 5HENA 3DWYA 2L85A 3Q2EA 4KCXA 5EWWA 5EWVA 2KTBB 5ACYA 4OGIA 4O76A 4KV1A 1WUMA 4PTBA 4MR6A 4NQNA 5F1HA 5C89A 4O71A 4UIWA 5FE4A 5EWCA 5DLZA 4N4IA 5LJ1A 4BHWA 4NUEA 2E7NA 4QSTA 4CUSA 5DFDA 1ZKRA 5C87A 4YYGA 5FE5A 3MB4A 4YH4A 5E9LA 5FG4A 4NYWA 5E9MA 5EVAA 4A9MA 2EJNA 3MQMA 4YYJA 4UIXA 4QC3A 4IOOA 3UVXA 5A5RA 4LYSA 5II1A 5CP5A 2DVQA 5HFQA 4QB3A 5FG6A 4MEPA 3JVJA 2RO1A 2L84A 4O70A 4YADA 2YEKA 2YYNA 4WHUA 5CUDA 4XUAA 4QR3A 1E6IA 5D7XA 4AKHA 3UVDA 5EPBA 5JI8A 3UV2A 5A5OA 5F3AA 5EWHA 5D3HA 5E9VA 3LQIA 5CUBA 2G4AA 4UYHA 4N3WA 4YYDA 5F36A 4YABA 4QUUA 5HLSA 5ENIA 5D3NA 3DAIA 4E96A 5ENHA 2YQDA 4IORA 4QBMA 5ETDA 4Z6HA 5IBNA 4BW4A 4CURA 4ZQLA 5CU8A 5LJ0A 5CQ7A 5E9IA 4MR4A 5I80A 4AKGA 5AMFA 3LQJA 4DONA 4NUDA 5FB1A 2D82A 5IIDA 2FSAA 5H1TA 5BT5A 2DATA 5FG5A 4A9NA 5LKXA 4Q0OA 4BW1A 4F3IA 4NS5A 5FB0A 5LKZA 4HBXA 3ERRA 5DW1A 5E7DA 4QY4A 4LZRA 5A5SA 4A9IA 3D1BA 4YC9A 5DY7A 4WHWA 4FLPA 3JVLA 3U5PA 5F63A 5FFYA 4Z1QA 4HXKA 3RCWA 4MR5A 5A5PA 4LRGA 5D3JA 3LXJA 5E74A 3UVWA 3UV4A 5G4RA 5KTWA 5F25A 3SVFA 5HCLA 2D9EA 2F6NA 5I1QA 5DYUA 1ZS5A 4BW2A 4MR3A 3VKHA 5CTLA 4QSPA 5DKHA 5E3DA 4MENA 5D0CA 5CQ4A 3HMHA 5I7YA 3U5KA 4CFLA 5DYAA 3JVMA 4UIUA 5DW2A 5EWDA 4NUCA 2I8NA 3UVYA 5DFCA 5EPSA 4A9JA 4WIVA 1JM4B 4LC2A 4QSSA 5DLXA 4QYLA 4J0RA 4QUTA 3U5JA 4ZC9A 4QSVA 2H60A 4QR4A 3G0JA 2R0SA 1EQFA 4TT6A 4MEQA 2RI7A 5A5NA 5FH6A 4ALHA 3FKMX 5ETBA 3O37A 3JVKA 4N4FA 4YY4A 4YY6A 5F60A 2N9GA 4HXRA 4UYFA 5ENBA 5DYCA 5AD2A 4AI6A 2YW5A 4Z1SA 4IOQA 4NR5A 4J1PA 4UYGA 5D3RA 4A9KA 4TU4A 5H85A 5FE3A 3Q2FA 5KU3A 4CFKA 4UYDA 5BT4A 4AKIA 5LKUA 1PUOA 4O72A 4QSRA 3HMEA 5F1LA 4QEVA 4IR4A 5G4SA 4QEWA 4TZ2A 4YBTA 5AD3A 5D25A 5A81A 4C67A 4HXMA 3MXFA 4O7EA 5I83A 3P1DA 4IR3A 4NR7A 4NR9A 4A9EA 4NR6A 4O78A 4YH3A 5D3LA 5HFRA 5L99A 4TT4A 2RFJA 5F5ZA 2NXBA 4PCIA 2F6JA 5IGMA 3U5NA 4UIVA 4Q0NA 3S91A 4X2IA 5LKTA 5DBMA 4KV4A 5EU1A 4J3IA 4Y03A 3I3JA 3U5LA 2OO1A 4CUTA 3QZTA 5C7NA
chains in the Genus database with same CATH topology
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