4QB3A

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with olinone
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
b'SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE'
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Selective chemical modulation of gene transcription favors oligodendrocyte lineage progression.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription/transcription inhibitor
total genus 45
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2014-05-06

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4qb3A01
1F68A 3O37A 3Q2EA 5CUCA 4YYDA 4QC3A 5CQ5A 5CUAA 2NXBA 4O77A 2FSAA 3UV4A 4Z6HA 5HFRA 3S91A 2RFJA 3U5KA 5CU8A 5D3RA 3QZTA 4HXNA 5EU1A 5HQ5A 3DWYA 5HRWA 5F62A 4A9HA 5CUEA 5LUUA 4KCXA 4CL9A 5HRVA 5A7CA 4QBMA 4YYJA 5J0DA 5C8GA 4XUAA 5E74A 5KTWA 4E96A 4HBXA 4YATA 5JI8A 3HMHA 3O34A 5A5QA 4LRGA 5D3HA 5C4QA 4TZ2A 5E9IA 5F2PA 5CPEA 5LVRA 4QB3A 1EQFA 4UYFA 1WUMA 3MQMA 4QC1A 2DVVA 4YAXA 5K29A 5ACYA 4O75A 5ENHA 2YELA 4MENA 4YBMA 5A85A 4YY6A 3IU5A 4HXOA 3MB3A 5I29A 5A5PA 4Y03A 3JVLA 5KTXA 4Z93A 5EWVA 4CUQA 5L97A 4CUPA 4PS5A 4OGIA 2DVSA 5D3NA 5FE6A 5EK9A 5A5NA 3O35A 4UIYA 3UW9A 4O7EA 2G4AA 3LQIA 5DFBA 4FLPA 3JVKA 4O70A 2YDWA 5G4RA 4AKNA 4YYGA 5EM3A 3U5OA 5DFDA 5HM0A 2D9EA 4NR8A 5ETDA 3UVXA 5DYXA 3G0JA 5CRMA 5JWMA 4NYXA 5LJ0A 5DKCA 3LJWA 4QEWA 2RNWA 4MR5A 4NYVA 4BJXA 4YABA 5FE0A 4PCIA 4A9LA 5CQ6A 5CS8A 3UVWA 5FE7A 5CGPA 5L8TA 4MEPA 2OO1A 5FE9A 5F1LA 5FE4A 3QZVA 4YYKA 5CUGA 4NR6A 4NRBA 4LZ2A 4O7BA 5DYAA 5ENGA 5I80A 5HFQA 5FFVA 3DAIA 2DVQA 5F5ZA 3LQJA 4O76A 5EWCA 3JVMA 4HXLA 4LYSA 3SVHA 2F6JA 3O36A 5IGMA 4OGJA 4J0SA 4LYIA 4N3WA 4NR7A 4LDFA 5CZGA 2H60A 2RS9B 4J3IA 4IR4A 4YBSA 4WHWA 5TB6A 5E9KA 4QSXA 2DATA 5EWHA 2I8NA 5D26A 5F61A 4A9KA 4F3IA 4J0RA 5ENJA 4YYIA 5KTUA 4KV4A 5D3LA 5ENIA 5A5OA 5ENFA 3FKMX 5ENEA 3NXBA 4MEQA 4PTBA 5AMEA 5A5SA 5FE2A 5LKUA 4TZ8A 4UYFB 4YY4A 4O7CA 4O78A 2E3KA 5A5RA 4CLBA 4IR5A 4UYDA 4UYGA 5DBMA 4N4HA 4YADA 4YYHA 5E3GA 2KTBB 2L5EA 5EP7A 5LJ1A 2E7OA 2WP1A 4LC2A 4QSWA 4TT6A 3K2JA 4PKLA 3RCWA 2F6NA 5E73A 5L98A 5H85A 4O74A 5CRZA 4MR6A 3AQAA 3MXFA 5COIA 4YYNA 3Q2FA 5IBNA 5HQ6A 5EGUA 5CQTA 5D7XA 5ENCA 5CUDA 5DFCA 4QZSA 5HLSA 2MJVB 2WP2A 4YBTA 5L96A 5FE5A 2I7KA 3GG3A 5ENBA 3SVGA 4A9MA 1E6IA 5E9YA 4Q0NA 3ZYUA 5C7NA 5H1UA 5I1QA 2RI7A 5EQ1A 4NQMA 4YH3A 5D3SA 4HXRA 5D3TA 5II1A 4TU6A 4ALGA 4BW1A 4QUUA 5DKDA 4QUTA 5I7YA 4TQNA 4J1PA 4TT4A 4UITA 5EV9A 5HJCA 3U5LA 4YK0A 5EWWA 3S92A 4CURA 5E7DA 4QSTA 5FE8A 4TT2A 5EICA 5DYCA 4HBYA 4PCEA 5EWDA 5F25A 2E7NA 5IGLA 1JSPB 3HMEA 5E9VA 4HBVA 4QEUA 4UYHA 4Z1SA 5HEMA 5IIDA 5LKTA 5FB0A 5I88A 2OSSA 4QSUA 2OUOA 4Q0OA 5E9LA 3SVFA 4N4FA 5C87A 3LXJA 5II2A 4A9FA 5HENA 5DY7A 4HBWA 4QSRA 4TTEA 5FBXA 5TCMA 1WUGA 4NUDA 4DONA 2N9GA 4A9NA 3G0LA 4NYWA 4A9OA 4CFKA 5E3DA 3UVYA 3D7CA 4UIZA 2L84A 5KHMA 4NRCA 4NR4A 5CQ4A 4C66A 5KO4A 3U5PA 5D25A 3MUKA 4QSSA 4YH4A 5L99A 4MEOA 4N4IA 5A81A 4XUBA 3P1CA 5EVAA 5CFWA 5D24A 1JM4B 5CY9A 3O33A 1ZS5A 4XY8A 5CUBA 5IG6A 5KU3A 4Z6IA 4QYDA 4QY4A 4C67A 4LZSA 4WIVA 5BT5A 4NXJA 3MB4A 2R0SA 3TLPA 4NUCA 3MULA 4IOQA 5DX4A 4IR6A 5FE1A 2YYNA 3U5JA 1N72A 5CP5A 5I89A 3U5NA 5G4SA 4GPJA 4UIXA 4QEVA 2YQDA 3P1FA 4NQNA 2YEKA 4QSQA 5E9MA 5I83A 5LKXA 4QSPA 5DLXA 5ETBA 5EPRA 5HELA 5F3AA 4O7FA 5EISA 2D82A 5EA1A 5FG6A 3UV5A 3ONIA 5BT4A 4QR5A 4X2IA 4O72A 5AD3A 5FG4A 4XY9A 4TU4A 4IOOA 5E0RA 4BW2A 4OUFA 4ZQLA 2R0YA 4MR3A 4KV1A 4CUTA 4UIVA 5CQAA 2LSPB 5DW2A 2YEMA 4ZC9A 4LZRA 4A9IA 5L8UA 5DKHA 5EPBA 4LYWA 3P1DA 5EPSA 4CUSA 5F63A 5C85A 5I40A 3HMFA 5CTLA 4HXMA 5D0CA 3JVJA 4Z1QA 4UIUA 5FE3A 5FH7A 4CFLA 5CQ7A 3AADA 5BT3A 5FDZA 2R10A 5F60A 4TYLA 5F1HA 5HRXA 3P1EA 4NS5A 5A82A 4QSVA 4ZW1A 5H1TA 5DW1A 5DYUA 4UIWA 5IGNA 5FB1A 5HQ7A 4XYAA 5CQ8A 4QYLA 2RNYA 4QNSA 4BHWA 5FG5A 4IORA 4LR6A 5I86A 3UV2A 4HXPA 5C89A 4N4GA 4BW3A 2GRCA 3QZSA 4WHUA 5A83A 4A9EA 4NUEA 5LJ2A 5AD2A 3P5OA 5DLZA 4O71A 5FFYA 4CUUA 3LQHA 4YC9A 5FH8A 4A9JA 2YW5A 4NR5A 2DVRA 4YYMA 5H1VA 5HCLA 4HXKA 5LKZA 4HXSA 4TS8A 4ALHA 2R0VA 2RO1A 4UYEA 5LVQA 4BW4A 3IU6A 5D3PA 5AMFA 2L85A 5F36A 4MR4A 4QR3A 5D3JA 2DWWA 2RNXA 5CQ3A 5FFWA 4O7AA 3U5MA 2DKWA 4RVRA 4IR3A 4NRAA 5I7XA 5IGKA 3UVDA 5EI4A 4NR9A 3I3JA 4QR4A 4PY6A 5FH6A 1X0JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
1F68A 3O37A 3Q2EA 5CUCA 4YYDA 4QC3A 5CQ5A 5CUAA 2NXBA 4O77A 2FSAA 3UV4A 4Z6HA 5HFRA 3S91A 2RFJA 3U5KA 5CU8A 5D3RA 3QZTA 4HXNA 5EU1A 5HQ5A 3DWYA 5HRWA 5F62A 4A9HA 5CUEA 5LUUA 4KCXA 4CL9A 5HRVA 5A7CA 4QBMA 4YYJA 5J0DA 5C8GA 4XUAA 5E74A 5KTWA 4E96A 4HBXA 4YATA 5JI8A 3HMHA 3O34A 5A5QA 4LRGA 5D3HA 5C4QA 4TZ2A 5E9IA 5F2PA 5CPEA 5LVRA 4QB3A 1EQFA 4UYFA 1WUMA 3MQMA 4QC1A 2DVVA 4YAXA 5K29A 5ACYA 4O75A 5ENHA 2YELA 4MENA 4YBMA 5A85A 4YY6A 3IU5A 4HXOA 3MB3A 5I29A 5A5PA 4Y03A 3JVLA 5KTXA 4Z93A 5EWVA 4CUQA 5L97A 4CUPA 4PS5A 4OGIA 2DVSA 5D3NA 5FE6A 5EK9A 5A5NA 3O35A 4UIYA 3UW9A 3VKGA 4O7EA 2G4AA 3LQIA 5DFBA 4FLPA 3JVKA 4O70A 2YDWA 5G4RA 4AKNA 3VKHA 4YYGA 5EM3A 3U5OA 5DFDA 5HM0A 2D9EA 4NR8A 5ETDA 3UVXA 5DYXA 3G0JA 5CRMA 5JWMA 4NYXA 5LJ0A 5DKCA 3LJWA 4QEWA 2RNWA 4MR5A 4NYVA 4BJXA 4YABA 1PUOA 5FE0A 4PCIA 4A9LA 5CQ6A 5CS8A 3UVWA 5FE7A 5CGPA 5L8TA 4MEPA 2OO1A 5FE9A 5F1LA 5FE4A 3ERRA 3QZVA 4YYKA 5CUGA 4NR6A 4NRBA 3D1BA 4LZ2A 4O7BA 5DYAA 5ENGA 5I80A 5HFQA 5FFVA 3DAIA 2DVQA 5F5ZA 3LQJA 4O76A 5EWCA 3JVMA 4HXLA 4LYSA 3SVHA 2F6JA 3O36A 5IGMA 4OGJA 4J0SA 4AKGA 4AI6A 4LYIA 4N3WA 4NR7A 4LDFA 5CZGA 2H60A 2RS9B 4J3IA 4IR4A 4YBSA 4WHWA 5TB6A 5E9KA 4QSXA 2DATA 5EWHA 2I8NA 5D26A 5F61A 4A9KA 4F3IA 4J0RA 5ENJA 4YYIA 5KTUA 4KV4A 5D3LA 5ENIA 5A5OA 5ENFA 3FKMX 5ENEA 3NXBA 4MEQA 4PTBA 5AMEA 5A5SA 5FE2A 5LKUA 4TZ8A 4UYFB 4YY4A 4O7CA 4O78A 2E3KA 5A5RA 4CLBA 4IR5A 4UYDA 4UYGA 5DBMA 4N4HA 4YADA 4YYHA 5E3GA 2KTBB 2L5EA 5EP7A 5LJ1A 2E7OA 2WP1A 4LC2A 4QSWA 4TT6A 3K2JA 4PKLA 3RCWA 2F6NA 1ZKRA 5E73A 5L98A 5H85A 4O74A 5CRZA 4MR6A 3AQAA 3MXFA 5COIA 4YYNA 3Q2FA 5IBNA 5HQ6A 5EGUA 5CQTA 5D7XA 5ENCA 5CUDA 5DFCA 4QZSA 5HLSA 2MJVB 2WP2A 4YBTA 5L96A 5FE5A 2I7KA 3GG3A 5ENBA 3SVGA 4A9MA 1E6IA 5E9YA 4Q0NA 3ZYUA 5C7NA 5H1UA 5I1QA 2RI7A 5EQ1A 4NQMA 4YH3A 5D3SA 4HXRA 5D3TA 5II1A 4TU6A 4ALGA 4BW1A 4QUUA 5DKDA 4QUTA 5I7YA 4TQNA 4J1PA 4TT4A 4UITA 5EV9A 5HJCA 3U5LA 4YK0A 5EWWA 3S92A 4CURA 5E7DA 4QSTA 5FE8A 4TT2A 5EICA 5DYCA 4HBYA 4PCEA 5EWDA 5F25A 2E7NA 5IGLA 1JSPB 3HMEA 5E9VA 3D1DA 4HBVA 4QEUA 4UYHA 5HEMA 4Z1SA 5IIDA 5FB0A 5LKTA 5I88A 2OSSA 4QSUA 2OUOA 4Q0OA 5E9LA 3SVFA 4N4FA 5C87A 3LXJA 5II2A 4A9FA 5HENA 5DY7A 4HBWA 4QSRA 4TTEA 5FBXA 4AKIA 5TCMA 1WUGA 4AKHA 4NUDA 4DONA 2N9GA 4A9NA 3G0LA 4NYWA 4A9OA 4CFKA 5E3DA 3UVYA 3D7CA 4UIZA 2L84A 5KHMA 4NRCA 4NR4A 5CQ4A 4C66A 5KO4A 3U5PA 5D25A 3MUKA 4QSSA 4YH4A 5L99A 4MEOA 4N4IA 5A81A 4XUBA 3P1CA 5EVAA 5CFWA 5D24A 1JM4B 5CY9A 3O33A 1ZS5A 4XY8A 5CUBA 5IG6A 5KU3A 4Z6IA 4QYDA 4QY4A 4C67A 4LZSA 4WIVA 5BT5A 4NXJA 3MB4A 2R0SA 3TLPA 4NUCA 3MULA 4IOQA 5DX4A 4IR6A 5FE1A 2YYNA 3U5JA 1N72A 5CP5A 5I89A 3U5NA 5G4SA 4GPJA 4UIXA 4QEVA 2YQDA 3P1FA 4NQNA 2YEKA 4QSQA 5E9MA 5I83A 5LKXA 4QSPA 5DLXA 5ETBA 5EPRA 5HELA 5F3AA 4O7FA 5EISA 2D82A 5EA1A 5FG6A 3UV5A 3ONIA 5BT4A 4QR5A 4X2IA 4O72A 5AD3A 5FG4A 4XY9A 2EJNA 4TU4A 4IOOA 5E0RA 4BW2A 4OUFA 4ZQLA 2R0YA 4MR3A 4KV1A 4CUTA 4UIVA 5CQAA 2LSPB 5DW2A 2YEMA 4ZC9A 4LZRA 4A9IA 5L8UA 5DKHA 5EPBA 4LYWA 3P1DA 5EPSA 4CUSA 5F63A 5C85A 5I40A 3HMFA 5CTLA 4HXMA 5D0CA 3JVJA 4Z1QA 4UIUA 5FE3A 5FH7A 4CFLA 5CQ7A 3AADA 5BT3A 5FDZA 2R10A 5F60A 4TYLA 5F1HA 5HRXA 3P1EA 4NS5A 5A82A 4QSVA 4ZW1A 5H1TA 5DW1A 5DYUA 4UIWA 5IGNA 5FB1A 5HQ7A 4XYAA 5CQ8A 4QYLA 2RNYA 4QNSA 4BHWA 5FG5A 4IORA 4LR6A 5I86A 3UV2A 4HXPA 5C89A 4N4GA 4BW3A 2GRCA 3QZSA 4WHUA 5A83A 4A9EA 4NUEA 5LJ2A 5AD2A 3P5OA 5DLZA 4O71A 5FFYA 4CUUA 3LQHA 4YC9A 5FH8A 4A9JA 2YW5A 4NR5A 2DVRA 4YYMA 5H1VA 5HCLA 4HXKA 5LKZA 4HXSA 4TS8A 4ALHA 2R0VA 2RO1A 4UYEA 5LVQA 4BW4A 3IU6A 5D3PA 5AMFA 2L85A 5F36A 4MR4A 4QR3A 5D3JA 2DWWA 2RNXA 5CQ3A 5FFWA 4O7AA 3U5MA 2DKWA 4RVRA 4IR3A 4NRAA 5I7XA 5IGKA 3UVDA 5EI4A 4NR9A 3I3JA 4QR4A 4PY6A 5FH6A 1X0JA
chains in the Genus database with same CATH topology
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