2I8NA

Solution structure of the second bromodomain of brd4
Total Genus 29
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
29
sequence length
108
structure length
108
Chain Sequence
EQLKCCSGILKEMFAKKHAAYAWPFYKPVDVEALGLHDYCDIIKHPMDMSTIKSKLEAREYRDAQEFGADVRLMFSNCYKYNPPDHEVVAMARKLQDVFEMRFAKMLQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Replication, transcription regulator
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Solution structure of the second bromodomain of Brd4
rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 29
structure length 108
sequence length 108
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-09-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 2i8nA00
5C85A 3FKMX 3P5OA 3HMHA 5D7XA 5FE4A 5FE8A 4KCXA 4YYDA 4O70A 2NXBA 4CL9A 5CFWA 3P1CA 5L8TA 1ZS5A 3K2JA 4NQNA 5FB1A 4YYHA 3UV4A 3JVLA 2LSPB 5AMFA 2YDWA 5HJCA 1WUMA 4QB3A 4HXMA 4E96A 5D25A 2RO1A 5CTLA 5C8GA 5DW1A 3UVXA 5LKUA 5C89A 5LJ0A 3O34A 5F63A 4MEQA 4QSQA 5D24A 4NS5A 2F6JA 3LQHA 4QSRA 5ACYA 4YABA 4QSXA 4QSSA 3O36A 4QYDA 4HXOA 5G4RA 5F60A 4HBWA 5EGUA 4BJXA 4IR6A 4QUUA 5I88A 5FE3A 4BW2A 2YEMA 5FH7A 5E3GA 5HELA 4F3IA 4DONA 2R0SA 5JI8A 5KTUA 1F68A 3IU6A 3LXJA 5A5NA 4Z93A 5FG4A 4PTBA 5TB6A 4NYXA 4BW1A 2YEKA 4TU6A 2GRCA 5AD2A 4CUTA 5HFQA 5DKDA 5L98A 5L96A 4QR4A 4A9KA 4Q0NA 4QY4A 5DFCA 5EM3A 3MB3A 4KV1A 4HXRA 4A9JA 5DYAA 5E3DA 5F3AA 5L99A 5EP7A 4Q0OA 4YH3A 4PS5A 4NQMA 5I7XA 5FFWA 3MUKA 3HMEA 4YADA 5D3JA 5H1TA 5EWVA 4LC2A 5G4SA 4CUUA 5ENHA 4LZ2A 4YH4A 5ENGA 5EPBA 4NXJA 2H60A 3U5NA 4TT6A 5A81A 5A5SA 4LR6A 5CPEA 5EVAA 4A9HA 4X2IA 2YYNA 5E73A 5ETBA 5EU1A 2OUOA 4BW4A 2RNWA 5CQ6A 4O7FA 4IOQA 5IGKA 3U5PA 3UVYA 1N72A 3SVGA 5EI4A 5CZGA 4Y03A 5HRXA 4NR7A 3LJWA 4A9MA 5L8UA 5HENA 1JSPB 4IR4A 4HBYA 4QNSA 2OO1A 4YAXA 4TTEA 5CUDA 5F1HA 4CURA 4PCIA 5CQTA 4UIXA 4YATA 5HQ6A 5FDZA 5I80A 4IORA 4N4IA 4C66A 3AQAA 4HXLA 5FG6A 2MJVB 3O33A 5E9VA 3ONIA 5DX4A 4O7BA 2WP1A 2RS9B 5C4QA 3GG3A 5EPRA 5A7CA 5ENBA 5FB0A 4QUTA 3P1EA 2D9EA 4HXKA 5CS8A 5EICA 4HXPA 4NR6A 5LKTA 4Z1QA 4QYLA 5D0CA 5I89A 5E9KA 4QR5A 5FE7A 4XUBA 5CQ7A 4QBMA 4QEVA 4HXNA 5CUAA 5LVQA 4HXSA 4FLPA 5IGNA 4IR3A 4CUSA 4HBXA 4QR3A 4ZQLA 5FE5A 4NYWA 4MR5A 5II2A 5HRVA 4MEPA 3U5LA 3P1FA 5DLZA 5D3TA 5IGMA 4YYIA 3MB4A 5CGPA 5D26A 4QC3A 4LYWA 5AMEA 2RI7A 1X0JA 5LUUA 5LJ2A 4UYHA 5EA1A 4UYFB 3QZSA 5FFYA 3LQJA 4LZRA 3S91A 5F61A 2YELA 5D3LA 5ENIA 5DW2A 4WHUA 4YY4A 2DKWA 4MR6A 4YBTA 5F5ZA 4TS8A 5FE6A 5EV9A 1WUGA 5J0DA 5KTXA 5DFDA 5IGLA 3UV2A 4N3WA 3UW9A 4UIWA 5AD3A 2E7NA 2DATA 5CUGA 4QSVA 5HFRA 2D82A 4UYGA 4A9IA 3NXBA 1JM4B 4A9FA 5FFVA 4XYAA 2R0YA 4YK0A 4CFLA 3O35A 4TT2A 5I7YA 5CY9A 1EQFA 5FH8A 4NUCA 2RNYA 3ZYUA 5E9IA 4QEWA 3QZVA 4A9LA 5CUEA 5LKZA 4YY6A 4YYNA 4UIYA 4ZW1A 5EISA 4UIUA 5E9LA 5A82A 5DFBA 3MXFA 5K29A 4ALHA 2L5EA 5EWHA 4CUPA 3UVDA 5JWMA 5II1A 5DYCA 4Z6HA 4Z6IA 5HM0A 5CQAA 3LQIA 5DKHA 5D3NA 4YYMA 5HQ5A 5DKCA 4RVRA 4TT4A 5CUBA 2F6NA 4O71A 5D3HA 5C87A 2YQDA 5A5RA 3Q2FA 4TZ2A 5I29A 4UYFA 5FE2A 5LJ1A 3MULA 5DLXA 5D3RA 4CFKA 2DVSA 3IU5A 5H1UA 4AKNA 5I83A 5F2PA 5KTWA 4UITA 5KU3A 4J3IA 5ENCA 3D7CA 4MENA 4MR3A 2WP2A 5CQ8A 5H85A 2I8NA 3QZTA 5TCMA 4IOOA 4ZC9A 5HLSA 5EWWA 3G0LA 4QSUA 5BT4A 2DVRA 4YYJA 4O7EA 3SVFA 2DVVA 5KO4A 4QC1A 5IG6A 1E6IA 2KTBB 3HMFA 4YBSA 2L85A 4TYLA 2RFJA 4NUEA 5I86A 4NRAA 4OGJA 3AADA 4QEUA 2OSSA 4CLBA 5DYUA 4NR5A 2I7KA 2DWWA 4O7AA 4XY9A 5A5PA 4TQNA 4MEOA 5CQ3A 5H1VA 4WHWA 5CQ5A 5COIA 5F25A 3DWYA 4NYVA 5ENFA 5HRWA 3Q2EA 4C67A 4XY8A 4GPJA 5E9MA 4BHWA 4N4FA 4NUDA 4NR4A 4LDFA 2E3KA 4Z1SA 5FE1A 4YYKA 5ETDA 4LZSA 4MR4A 5EWCA 4QSPA 4O7CA 3JVJA 4NRCA 4YC9A 4O74A 4NR9A 4BW3A 4PY6A 2E7OA 4O76A 4OGIA 4UIVA 4QSTA 2FSAA 4IR5A 5EQ1A 3UV5A 2DVQA 5FBXA 4QZSA 4XUAA 4A9EA 3JVKA 5IIDA 4O72A 3MQMA 4J0RA 4N4GA 5FG5A 3SVHA 2RNXA 4QSWA 3JVMA 5DYXA 3RCWA 5EPSA 4TZ8A 5HQ7A 5IBNA 5LVRA 5F1LA 5I40A 5LKXA 5EWDA 4O78A 4TU4A 3G0JA 5E7DA 4ALGA 5FE0A 4WIVA 4OUFA 4NR8A 5L97A 5CQ4A 5BT3A 5A83A 4A9NA 3O37A 5D3SA 4LYIA 3S92A 2L84A 5F36A 4O77A 4UYDA 5CRMA 4NRBA 2R10A 3P1DA 5ENJA 5DY7A 5E9YA 3U5OA 4UYEA 5A85A 5DBMA 5ENEA 4YBMA 5EK9A 4CUQA 5E74A 2YW5A 3U5MA 5HCLA 5A5QA 3UVWA 4PCEA 5C7NA 4YYGA 4J1PA 5HEMA 3U5KA 5A5OA 5BT5A 5KHMA 5F62A 4N4HA 4LYSA 2G4AA 4HBVA 5E0RA 5FE9A 5I1QA 5FH6A 3I3JA 4A9OA 4KV4A 2R0VA 3TLPA 5CU8A 4LRGA 4UIZA 5CRZA 4PKLA 4J0SA 4O75A 3DAIA 5CP5A 5CUCA 5D3PA 3U5JA 2N9GA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5C85A 3FKMX 3P5OA 3HMHA 5D7XA 5FE4A 5FE8A 4KCXA 4YYDA 4O70A 2NXBA 4CL9A 5CFWA 3P1CA 5L8TA 1ZS5A 3K2JA 4NQNA 5FB1A 4YYHA 3UV4A 3JVLA 2LSPB 5AMFA 2YDWA 5HJCA 1WUMA 4QB3A 4HXMA 3VKGA 4E96A 5D25A 2RO1A 5CTLA 5C8GA 5DW1A 3UVXA 5LKUA 5C89A 5LJ0A 3O34A 5F63A 4MEQA 4QSQA 5D24A 4NS5A 2F6JA 3LQHA 4QSRA 5ACYA 4YABA 4QSXA 4QSSA 3O36A 4QYDA 4HXOA 5G4RA 5F60A 4HBWA 5EGUA 4BJXA 4IR6A 4QUUA 5I88A 5FE3A 4BW2A 2YEMA 5FH7A 5E3GA 5HELA 4F3IA 4DONA 2R0SA 5JI8A 5KTUA 1F68A 3IU6A 3LXJA 5A5NA 4Z93A 5FG4A 4PTBA 5TB6A 4NYXA 4BW1A 2YEKA 4TU6A 2GRCA 5AD2A 4CUTA 5HFQA 5DKDA 5L98A 5L96A 4QR4A 4A9KA 4Q0NA 4QY4A 5DFCA 5EM3A 3MB3A 4KV1A 4HXRA 4A9JA 5DYAA 5E3DA 5F3AA 5L99A 5EP7A 4Q0OA 4YH3A 4PS5A 4NQMA 5I7XA 5FFWA 3MUKA 3HMEA 4YADA 5D3JA 5H1TA 5EWVA 4LC2A 5G4SA 4CUUA 5ENHA 4LZ2A 4YH4A 5ENGA 5EPBA 4NXJA 2H60A 3U5NA 4AKIA 4TT6A 5A81A 5A5SA 4LR6A 5CPEA 1PUOA 5EVAA 4A9HA 4X2IA 2YYNA 5E73A 5ETBA 5EU1A 2OUOA 4BW4A 2RNWA 5CQ6A 4O7FA 4IOQA 5IGKA 3U5PA 3UVYA 1N72A 3SVGA 5EI4A 5CZGA 4Y03A 5HRXA 4NR7A 3LJWA 4A9MA 5L8UA 5HENA 1JSPB 4IR4A 4HBYA 4QNSA 2OO1A 4YAXA 4TTEA 5CUDA 5F1HA 4CURA 4PCIA 5CQTA 4UIXA 4YATA 5HQ6A 5FDZA 5I80A 4IORA 4N4IA 4C66A 3AQAA 4HXLA 5FG6A 2MJVB 3O33A 5E9VA 3ONIA 5DX4A 3VKHA 4O7BA 2WP1A 2RS9B 5C4QA 3GG3A 5EPRA 5A7CA 5ENBA 5FB0A 4QUTA 3P1EA 2D9EA 4HXKA 5CS8A 5EICA 4HXPA 4NR6A 5LKTA 4Z1QA 4QYLA 5D0CA 5I89A 5E9KA 4QR5A 5FE7A 4XUBA 5CQ7A 4QBMA 4QEVA 4HXNA 5CUAA 5LVQA 4HXSA 4FLPA 5IGNA 4IR3A 4CUSA 4HBXA 4QR3A 4ZQLA 5FE5A 4NYWA 4MR5A 5II2A 5HRVA 4MEPA 3U5LA 3P1FA 5DLZA 5D3TA 5IGMA 4YYIA 3MB4A 5CGPA 4AKHA 5D26A 4QC3A 4LYWA 5AMEA 2RI7A 1X0JA 5LUUA 5LJ2A 4UYHA 5EA1A 4UYFB 3QZSA 5FFYA 3LQJA 4LZRA 3S91A 5F61A 2YELA 5D3LA 5ENIA 5DW2A 4WHUA 4YY4A 2DKWA 4MR6A 4YBTA 5F5ZA 4TS8A 5FE6A 5EV9A 1WUGA 5J0DA 5KTXA 5DFDA 5IGLA 1ZKRA 3UV2A 4N3WA 3UW9A 4UIWA 5AD3A 2E7NA 2DATA 5CUGA 4QSVA 5HFRA 2D82A 4UYGA 4A9IA 3NXBA 1JM4B 4A9FA 5FFVA 4XYAA 2R0YA 4YK0A 4CFLA 3O35A 4TT2A 5I7YA 5CY9A 1EQFA 5FH8A 4NUCA 2RNYA 3ZYUA 5E9IA 4QEWA 3QZVA 4A9LA 5CUEA 5LKZA 4YY6A 4YYNA 4UIYA 4ZW1A 5EISA 4UIUA 5E9LA 5A82A 5DFBA 3MXFA 5K29A 4ALHA 2L5EA 5EWHA 4CUPA 3UVDA 5JWMA 5II1A 5DYCA 3ERRA 4Z6HA 4Z6IA 5HM0A 5CQAA 3LQIA 5DKHA 5D3NA 4YYMA 5HQ5A 5DKCA 4RVRA 4TT4A 5CUBA 2F6NA 4O71A 5D3HA 5C87A 2YQDA 5A5RA 4AKGA 3Q2FA 4TZ2A 5I29A 4UYFA 5FE2A 5LJ1A 3MULA 5DLXA 5D3RA 4CFKA 2DVSA 3IU5A 5H1UA 4AKNA 5I83A 5F2PA 5KTWA 4UITA 5KU3A 4J3IA 5ENCA 3D7CA 4MENA 4MR3A 2WP2A 5CQ8A 5H85A 2I8NA 3QZTA 5TCMA 4IOOA 4ZC9A 5HLSA 5EWWA 3G0LA 4QSUA 5BT4A 2DVRA 4YYJA 4O7EA 3SVFA 2DVVA 5KO4A 4QC1A 5IG6A 1E6IA 2KTBB 3HMFA 4YBSA 2L85A 4TYLA 2RFJA 4NUEA 5I86A 4NRAA 4OGJA 3AADA 4QEUA 2OSSA 4CLBA 5DYUA 4NR5A 2I7KA 2DWWA 4O7AA 4XY9A 5A5PA 4TQNA 4MEOA 5CQ3A 5H1VA 4WHWA 5CQ5A 5COIA 5F25A 3DWYA 4NYVA 5ENFA 5HRWA 3Q2EA 4C67A 4XY8A 4GPJA 5E9MA 4BHWA 4N4FA 4NUDA 4NR4A 4LDFA 2E3KA 4Z1SA 5FE1A 4YYKA 5ETDA 4LZSA 4MR4A 5EWCA 4QSPA 4O7CA 3JVJA 4NRCA 4YC9A 4O74A 4NR9A 4BW3A 4PY6A 2E7OA 4O76A 4OGIA 4UIVA 4QSTA 2FSAA 4IR5A 5EQ1A 3UV5A 2DVQA 3D1BA 4QZSA 4XUAA 5FBXA 4A9EA 3JVKA 5IIDA 4O72A 3MQMA 4J0RA 4N4GA 5FG5A 3SVHA 2RNXA 4QSWA 3JVMA 5DYXA 3RCWA 5EPSA 4TZ8A 5HQ7A 5IBNA 5LVRA 5F1LA 5I40A 5LKXA 5EWDA 4O78A 4TU4A 3G0JA 5E7DA 4ALGA 5FE0A 4WIVA 4OUFA 4NR8A 5L97A 5CQ4A 5BT3A 5A83A 4A9NA 2EJNA 3O37A 5D3SA 4LYIA 3S92A 2L84A 5F36A 4O77A 4UYDA 5CRMA 3D1DA 4NRBA 2R10A 3P1DA 5ENJA 5DY7A 5E9YA 3U5OA 4UYEA 5A85A 5DBMA 5ENEA 4YBMA 5EK9A 4CUQA 5E74A 2YW5A 3U5MA 5HCLA 5A5QA 3UVWA 4PCEA 5C7NA 4YYGA 4J1PA 5HEMA 3U5KA 5A5OA 5BT5A 5KHMA 5F62A 4N4HA 4LYSA 2G4AA 4HBVA 5E0RA 5FE9A 5I1QA 5FH6A 3I3JA 4A9OA 4KV4A 2R0VA 3TLPA 5CU8A 4LRGA 4UIZA 5CRZA 4PKLA 4J0SA 4O75A 3DAIA 5CP5A 5CUCA 5D3PA 4AI6A 3U5JA 2N9GA
chains in the Genus database with same CATH topology
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 5C85 A;  3FKM X;  3P5O A;  3HMH A;  5D7X A;  5FE4 A;  5FE8 A;  4KCX A;  4YYD A;  4O70 A;  2NXB A;  4CL9 A;  5CFW A;  3P1C A;  5L8T A;  1ZS5 A;  3K2J A;  4NQN A;  5FB1 A;  4YYH A;  3UV4 A;  3JVL A;  2LSP B;  5AMF A;  2YDW A;  5HJC A;  1WUM A;  4QB3 A;  4HXM A;  4E96 A;  5D25 A;  2RO1 A;  5CTL A;  5C8G A;  5DW1 A;  3UVX A;  5LKU A;  5C89 A;  5LJ0 A;  3O34 A;  5F63 A;  4MEQ A;  4QSQ A;  5D24 A;  4NS5 A;  2F6J A;  3LQH A;  4QSR A;  5ACY A;  4YAB A;  4QSX A;  4QSS A;  3O36 A;  4QYD A;  4HXO A;  5G4R A;  5F60 A;  4HBW A;  5EGU A;  4BJX A;  4IR6 A;  4QUU A;  5I88 A;  5FE3 A;  4BW2 A;  2YEM A;  5FH7 A;  5E3G A;  5HEL A;  4F3I A;  4DON A;  2R0S A;  5JI8 A;  5KTU A;  1F68 A;  3IU6 A;  3LXJ A;  5A5N A;  4Z93 A;  5FG4 A;  4PTB A;  5TB6 A;  4NYX A;  4BW1 A;  2YEK A;  4TU6 A;  2GRC A;  5AD2 A;  4CUT A;  5HFQ A;  5DKD A;  5L98 A;  5L96 A;  4QR4 A;  4A9K A;  4Q0N A;  4QY4 A;  5DFC A;  5EM3 A;  3MB3 A;  4KV1 A;  4HXR A;  4A9J A;  5DYA A;  5E3D A;  5F3A A;  5L99 A;  5EP7 A;  4Q0O A;  4YH3 A;  4PS5 A;  4NQM A; 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