5JWMA

Bivalent bet bromodomain inhibition
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
110
structure length
110
Chain Sequence
VSEQLKCCSGILKEMFAKKHAAYAWPFYKPVDVEALGLHDYCDIIKHPMDMSTIKSKLEAREYRDAQEFGADVRLMFSNCYKYNPPDHEVVAMARKLQDVFEMRFAKMPD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transcription/transcription inhibitor
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Design and characterization of bivalent BET inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 38
structure length 110
sequence length 110
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-05-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5jwmA00
3P1FA 5L96A 4HXMA 4O7AA 5HQ7A 4NR7A 5D3PA 5EI4A 4UIXA 5KTUA 5CRZA 4NR5A 5EPSA 2N9GA 5DBMA 4MR4A 1EQFA 4NS5A 5ETBA 5CQ5A 5FDZA 4YYKA 3HMFA 4BJXA 4J1PA 4ALGA 4CURA 5F60A 4BHWA 4TQNA 5D7XA 5D3LA 4QR5A 2DVSA 5JWMA 4CFKA 5F62A 2RNYA 4YYNA 5CUAA 4QC3A 5DKHA 5A5OA 4HXLA 4QSWA 5CQ6A 2RNWA 4ZQLA 5E3GA 5C4QA 2RO1A 4CUQA 2D82A 5A7CA 4YK0A 4QSXA 5CU8A 5I88A 4UYFA 5C87A 2RI7A 4O70A 5C89A 2RFJA 5FE3A 5FE2A 5ENGA 5D0CA 4Z6IA 4QSTA 5HELA 4O77A 4YY4A 4YYMA 5IG6A 4BW3A 5DX4A 4BW2A 5LKZA 5A5RA 3UV4A 4Z1QA 3MULA 5FB0A 5HRWA 4LDFA 5LKXA 4IR6A 4LYWA 4NQMA 4NUDA 5EA1A 2E7OA 5F63A 4F3IA 4ZC9A 4N4FA 4HBVA 3IU6A 5E9VA 4A9IA 5LKTA 4UITA 4O78A 4NR8A 5F36A 4YYJA 4YADA 5A83A 4WHWA 4TU4A 1X0JA 5BT4A 2OO1A 5FE8A 4QZSA 5CQ8A 4XY8A 5EGUA 4O75A 4IR3A 5CUEA 5CUBA 3O35A 3P1DA 5A5QA 4QEUA 2KTBB 4YATA 5DYAA 3DAIA 5AMFA 5IIDA 2GRCA 4UYFB 4NYVA 2E7NA 4YYGA 4LZRA 5FH7A 2D9EA 3UV5A 3ZYUA 3QZSA 5IBNA 5IGKA 5II2A 5E9KA 3UV2A 3Q2EA 4A9KA 3P1EA 5L99A 5AD3A 5FE7A 4LZSA 4YBTA 5HCLA 4O71A 5I80A 4UYEA 2YELA 5I1QA 3SVFA 5D25A 4CUPA 4Y03A 5COIA 4MEOA 5I7YA 4Z6HA 4BW4A 5I40A 4YYDA 4XYAA 4A9NA 3LQIA 5E9IA 4LR6A 5ENEA 4A9JA 5FE5A 5HQ6A 4MEQA 3U5KA 4NYWA 1WUGA 2FSAA 4YBSA 5I29A 3DWYA 5FE6A 3HMHA 4A9OA 3TLPA 3U5MA 4NQNA 5DLZA 3AADA 4QSPA 2R0YA 4QEVA 5F25A 5EWVA 5FE1A 4MR6A 5E9YA 5E0RA 1ZS5A 5F1HA 4QYLA 4UIUA 3G0LA 2L84A 5CTLA 2L5EA 4XUBA 2NXBA 5BT3A 5CFWA 4O76A 4A9FA 4Z1SA 2YEKA 5J0DA 4OGJA 4NRCA 4N4IA 5D3TA 5ENCA 4O7CA 3MB4A 4TS8A 5H1UA 4MENA 5LUUA 4CL9A 4YH4A 5IGMA 5CUCA 5KTXA 5DYXA 5DFDA 3LJWA 4UIWA 4GPJA 4PKLA 4CUUA 5DW2A 3I3JA 5TCMA 4NUEA 4QBMA 3JVMA 5CGPA 1N72A 3UVXA 4QNSA 2F6JA 5EVAA 5A82A 4J0RA 2H60A 4TTEA 1E6IA 4WHUA 4LZ2A 5FB1A 4QEWA 4TYLA 4PCEA 4HXPA 5D3NA 2L85A 3QZTA 5E9LA 5C85A 5A5NA 5HLSA 4YYHA 3JVLA 4TT4A 4QC1A 4X2IA 5AD2A 4QR4A 5TB6A 3LXJA 2DWWA 5D26A 4PCIA 2DKWA 5HENA 4TZ8A 3G0JA 5JI8A 4TT2A 5H1TA 5D3JA 5F5ZA 5IGNA 5CQTA 4PS5A 4QR3A 2OSSA 5A5PA 5HQ5A 5DKCA 4KV1A 2DVQA 5G4SA 5C8GA 5DLXA 5KU3A 4KV4A 4BW1A 3Q2FA 5HM0A 5DYUA 5FH6A 3K2JA 5EWWA 5HFRA 5CP5A 5EWDA 2G4AA 3U5PA 5EU1A 5KTWA 5L8TA 4NRAA 5ENIA 5LJ2A 4YABA 4NR4A 5CZGA 5E74A 3SVGA 5DFCA 4TZ2A 3UVWA 5DFBA 5D3RA 4O7FA 4HXOA 4QUUA 4HXSA 2I8NA 3QZVA 4CLBA 4ALHA 5BT5A 4RVRA 5ENBA 5EISA 3HMEA 3O33A 4LRGA 4XUAA 3U5OA 3U5LA 2YDWA 5II1A 2E3KA 5E73A 4A9MA 5H85A 3LQHA 3JVKA 2WP2A 4UIYA 4MEPA 5ETDA 5ACYA 2R0SA 4N4GA 5FH8A 2DATA 4YYIA 4XY9A 5HRXA 5CUGA 3MB3A 4O7BA 4C67A 1WUMA 4QB3A 4J0SA 5EV9A 5HJCA 5C7NA 5CY9A 1JSPB 5CS8A 5FFYA 5A85A 5KO4A 4NR6A 2YW5A 4OGIA 4YBMA 5DW1A 3MXFA 5LVRA 5A5SA 4CUTA 4HXNA 3SVHA 2RNXA 5D3HA 2WP1A 5ENFA 4WIVA 5FE4A 2DVRA 5DY7A 5CQ4A 5L97A 3ONIA 3O37A 5DYCA 5F2PA 1JM4B 5F61A 4O72A 5EP7A 5CQAA 3MQMA 2YYNA 5ENHA 4UYHA 4J3IA 4E96A 4LYSA 4AKNA 4IORA 2R10A 5CQ3A 5D3SA 5CRMA 2OUOA 4YH3A 5FBXA 3S92A 5CQ7A 5FFWA 3FKMX 4IR4A 2YEMA 4QSUA 5I83A 4UIVA 3O36A 4QSRA 5FFVA 5G4RA 3UVDA 5K29A 5EWHA 4UIZA 5DKDA 4OUFA 4A9LA 3P1CA 5E7DA 5EWCA 5FE0A 4UYDA 4QY4A 5ENJA 5I7XA 4IOOA 5IGLA 4PY6A 4HBWA 4CFLA 2LSPB 4NXJA 4A9HA 5EPBA 5FG4A 5LVQA 5I89A 1F68A 5KHMA 4Q0OA 4NR9A 4Z93A 5LJ0A 4HBYA 4FLPA 3MUKA 4Q0NA 2I7KA 4HXRA 4NYXA 2YQDA 5A81A 4NUCA 5H1VA 5EQ1A 4ZW1A 4QSQA 3U5NA 4MR5A 3D7CA 5EM3A 4LYIA 5FG5A 4QSSA 4DONA 3GG3A 3U5JA 4C66A 5E3DA 5HFQA 4YC9A 4YY6A 5FE9A 5LJ1A 4TU6A 2R0VA 5CUDA 5F1LA 5I86A 3UVYA 2DVVA 4QYDA 3AQAA 3S91A 5EPRA 4UYGA 5E9MA 5D24A 5CPEA 2RS9B 5HEMA 4IR5A 5L8UA 4O7EA 5L98A 4YAXA 4LC2A 3P5OA 4O74A 4KCXA 3RCWA 3UW9A 3O34A 4PTBA 4TT6A 3JVJA 3NXBA 4N3WA 5FG6A 2MJVB 4HXKA 4MR3A 5EK9A 5EICA 4HBXA 4NRBA 5F3AA 4IOQA 3IU5A 5HRVA 4N4HA 4QSVA 2F6NA 4A9EA 3LQJA 4CUSA 5AMEA 4QUTA 5LKUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3P1FA 5L96A 4HXMA 4O7AA 5HQ7A 4NR7A 5D3PA 5EI4A 4UIXA 5KTUA 5CRZA 4NR5A 5EPSA 2N9GA 5DBMA 4MR4A 1EQFA 4NS5A 5ETBA 5CQ5A 5FDZA 4YYKA 3HMFA 4BJXA 4J1PA 4ALGA 4CURA 5F60A 4BHWA 4TQNA 5D7XA 5D3LA 4QR5A 2DVSA 5JWMA 4AKIA 4CFKA 5F62A 2RNYA 4YYNA 5CUAA 4QC3A 5DKHA 5A5OA 4HXLA 4QSWA 5CQ6A 2RNWA 4ZQLA 5E3GA 5C4QA 2RO1A 4CUQA 2D82A 5A7CA 4YK0A 4QSXA 5CU8A 5I88A 4UYFA 5C87A 2RI7A 4O70A 5C89A 2RFJA 5FE3A 5FE2A 5ENGA 5D0CA 4Z6IA 4QSTA 5HELA 4O77A 4YY4A 4YYMA 5IG6A 4BW3A 5DX4A 4BW2A 5LKZA 5A5RA 3UV4A 4Z1QA 3MULA 5FB0A 5HRWA 4LDFA 5LKXA 4IR6A 4LYWA 4NQMA 4NUDA 5EA1A 2E7OA 5F63A 2EJNA 4F3IA 4ZC9A 4N4FA 4HBVA 3IU6A 5E9VA 4A9IA 5LKTA 4UITA 4O78A 4NR8A 5F36A 4YYJA 4YADA 5A83A 4WHWA 4TU4A 1X0JA 5BT4A 2OO1A 5FE8A 4QZSA 5CQ8A 4XY8A 5EGUA 4O75A 4IR3A 5CUEA 5CUBA 3O35A 3P1DA 5A5QA 4QEUA 2KTBB 4YATA 5DYAA 3DAIA 5AMFA 5IIDA 2GRCA 4UYFB 4NYVA 2E7NA 4YYGA 4LZRA 5FH7A 2D9EA 3UV5A 3ZYUA 3QZSA 5IBNA 5IGKA 5II2A 5E9KA 3UV2A 3Q2EA 4A9KA 3P1EA 5L99A 5AD3A 5FE7A 4LZSA 4YBTA 5HCLA 4O71A 5I80A 4UYEA 2YELA 5I1QA 3SVFA 5D25A 4CUPA 4Y03A 5COIA 4MEOA 5I7YA 4Z6HA 4BW4A 5I40A 4YYDA 4XYAA 4A9NA 3LQIA 5E9IA 4LR6A 5ENEA 4A9JA 5FE5A 5HQ6A 4MEQA 3U5KA 4NYWA 1WUGA 2FSAA 4YBSA 5I29A 3DWYA 5FE6A 3HMHA 3D1DA 4A9OA 3TLPA 3U5MA 4NQNA 5DLZA 3AADA 4QSPA 2R0YA 4QEVA 5F25A 5EWVA 5FE1A 4MR6A 5E9YA 5E0RA 1ZS5A 5F1HA 4QYLA 4UIUA 3G0LA 2L84A 5CTLA 2L5EA 4XUBA 4AKHA 2NXBA 5BT3A 5CFWA 4O76A 4A9FA 4Z1SA 2YEKA 5J0DA 4OGJA 4NRCA 4N4IA 5D3TA 5ENCA 4O7CA 3MB4A 4TS8A 5H1UA 4MENA 5LUUA 4CL9A 4YH4A 5IGMA 5CUCA 5KTXA 5DYXA 5DFDA 3LJWA 4UIWA 4GPJA 4PKLA 4CUUA 5DW2A 3I3JA 5TCMA 4NUEA 4QBMA 3JVMA 3VKHA 5CGPA 1N72A 3UVXA 4QNSA 2F6JA 5EVAA 5A82A 4J0RA 2H60A 4TTEA 1E6IA 4WHUA 4LZ2A 5FB1A 4QEWA 4TYLA 4PCEA 4HXPA 5D3NA 2L85A 3QZTA 5E9LA 5C85A 5A5NA 5HLSA 4YYHA 3JVLA 4TT4A 4QC1A 4X2IA 5AD2A 4QR4A 5TB6A 3LXJA 2DWWA 5D26A 4PCIA 2DKWA 5HENA 4TZ8A 3G0JA 5JI8A 4TT2A 5H1TA 5D3JA 1PUOA 5F5ZA 5CQTA 5IGNA 4PS5A 4QR3A 2OSSA 5A5PA 5HQ5A 5DKCA 4KV1A 2DVQA 5G4SA 5C8GA 5DLXA 5KU3A 4KV4A 4BW1A 1ZKRA 3Q2FA 5HM0A 5DYUA 5FH6A 3K2JA 5EWWA 3D1BA 5HFRA 5CP5A 5EWDA 2G4AA 3U5PA 5EU1A 5KTWA 5L8TA 4NRAA 5ENIA 5LJ2A 4YABA 4NR4A 5CZGA 5E74A 3SVGA 5DFCA 4TZ2A 3UVWA 5DFBA 5D3RA 4O7FA 4HXOA 4QUUA 4HXSA 2I8NA 3QZVA 4CLBA 4ALHA 5BT5A 4RVRA 5ENBA 5EISA 3HMEA 3O33A 4LRGA 4XUAA 3U5OA 3U5LA 2YDWA 5II1A 2E3KA 5E73A 4A9MA 5H85A 3LQHA 3JVKA 2WP2A 4UIYA 4MEPA 5ETDA 5ACYA 2R0SA 4N4GA 5FH8A 2DATA 4YYIA 4XY9A 5HRXA 5CUGA 3MB3A 4O7BA 4C67A 1WUMA 4QB3A 4J0SA 5EV9A 5HJCA 5C7NA 5CY9A 1JSPB 5CS8A 5FFYA 5A85A 5KO4A 4NR6A 2YW5A 4OGIA 4YBMA 5DW1A 3MXFA 5LVRA 5A5SA 4CUTA 4HXNA 3SVHA 2RNXA 5D3HA 2WP1A 5ENFA 4WIVA 5FE4A 2DVRA 5DY7A 5CQ4A 5L97A 3ONIA 3O37A 5DYCA 5F2PA 1JM4B 5F61A 4O72A 5EP7A 5CQAA 3MQMA 2YYNA 5ENHA 4UYHA 4J3IA 4E96A 4LYSA 4AKNA 4IORA 2R10A 5CQ3A 5D3SA 5CRMA 2OUOA 3VKGA 4YH3A 5FBXA 3S92A 5CQ7A 5FFWA 3FKMX 4IR4A 2YEMA 4QSUA 5I83A 4UIVA 3O36A 4QSRA 5FFVA 5G4RA 3UVDA 5K29A 5EWHA 4UIZA 5DKDA 4OUFA 4A9LA 3P1CA 5E7DA 5EWCA 5FE0A 4UYDA 4QY4A 5ENJA 3ERRA 5I7XA 4IOOA 5IGLA 4PY6A 4HBWA 4AI6A 4CFLA 2LSPB 4NXJA 4A9HA 5EPBA 5FG4A 5LVQA 5I89A 1F68A 5KHMA 4Q0OA 4NR9A 4Z93A 5LJ0A 4HBYA 4FLPA 3MUKA 4Q0NA 2I7KA 4HXRA 4NYXA 2YQDA 5A81A 4NUCA 5H1VA 5EQ1A 4ZW1A 4QSQA 3U5NA 4MR5A 3D7CA 5EM3A 4LYIA 5FG5A 4QSSA 4DONA 3GG3A 3U5JA 4C66A 5E3DA 5HFQA 4YC9A 4YY6A 5FE9A 4AKGA 5LJ1A 4TU6A 2R0VA 5CUDA 5F1LA 5I86A 3UVYA 2DVVA 4QYDA 3AQAA 3S91A 5EPRA 4UYGA 5E9MA 5D24A 5CPEA 2RS9B 5HEMA 4IR5A 5L8UA 4O7EA 5L98A 4YAXA 4LC2A 3P5OA 4O74A 4KCXA 3RCWA 3UW9A 3O34A 4PTBA 4TT6A 3JVJA 3NXBA 4N3WA 5FG6A 2MJVB 4HXKA 4MR3A 5EK9A 5EICA 4HBXA 4NRBA 5F3AA 4IOQA 3IU5A 5HRVA 4N4HA 4QSVA 2F6NA 4A9EA 3LQJA 4CUSA 5AMEA 4QUTA 5LKUA
chains in the Genus database with same CATH topology
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