5E73A

Crystal structure of baz2b bromodomain in complex with acetylindole compound uzh47
Total Genus 38
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
38
sequence length
116
structure length
116
Chain Sequence
SMSVKKPKRDDSKDLALCSMILTEMETHEDAWPFLLPVNLKLVPGYKKVIKKPMDFSTIREKLSSGQYPNLETFALDVRLVFDNCETFNEDDSDIGRAGHNMRKYFEKKWTDTFKV
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title The "Gatekeeper" Residue Influences the Mode of Binding of Acetyl Indoles to Bromodomains.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bromodomain adjacent to zinc finger domain protein 2B
molecule tags Transcription
source organism Homo sapiens
total genus 38
structure length 116
sequence length 116
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-10-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5e73A00
5KHMA 4QSVA 5DKCA 5EICA 4XUAA 5FDZA 5EA1A 4UIUA 5IGNA 5EWDA 3SVFA 4MENA 4Q0OA 5H1TA 5CGPA 5FH6A 4QC1A 4BW2A 5CUBA 4CLBA 4MEPA 3UV4A 1ZS5A 3O34A 5II2A 5I40A 4BHWA 5EQ1A 4QZSA 5CQAA 3U5PA 5L99A 5FE2A 3O33A 4LZ2A 4MEOA 1F68A 5HLSA 5ENBA 3ONIA 3SVGA 4TTEA 5F62A 4O77A 4BW4A 4YYKA 4YY6A 2DKWA 2L85A 5CQ5A 4CUQA 2WP1A 4YYHA 2DVQA 5E9VA 4RVRA 5H1VA 5A5QA 2LSPB 5ENIA 2DATA 3Q2FA 5I88A 5A7CA 4ZC9A 5EWHA 2DVRA 5EPSA 5IGLA 4NYWA 5CUAA 4YK0A 2MJVB 4O7CA 2YW5A 5LKTA 4XY8A 5FE4A 3P1EA 4HXKA 2RO1A 4BJXA 5DFBA 4Z93A 3QZTA 2RNXA 4Y03A 4QSXA 5FB0A 3G0LA 4YBTA 5K29A 5ENJA 2E7OA 1N72A 3P1FA 3SVHA 5EM3A 4QSTA 4UYFB 5BT3A 4C67A 4OGJA 4LYWA 5I7XA 3MB4A 4QYLA 3MQMA 5AMFA 5D7XA 5HFRA 5EWCA 5CUDA 4A9OA 2H60A 4FLPA 5ENEA 4A9NA 4YBSA 2DVVA 5TCMA 3S91A 5ENGA 3GG3A 4A9FA 3JVJA 4N3WA 5FH8A 5CTLA 4KCXA 4NQMA 4N4HA 4NYXA 4UIXA 4YYNA 5AD3A 5C89A 3IU5A 4N4GA 5DYXA 5FE3A 5D26A 4QBMA 4UYGA 3D7CA 3U5OA 4NR5A 2RNWA 5E7DA 4O71A 2RI7A 5E9MA 5HCLA 4PKLA 2DWWA 5LKUA 5J0DA 4O70A 4OUFA 4A9EA 3JVLA 4TZ8A 5L8UA 4YY4A 4QEVA 2GRCA 5D3LA 4WHWA 2E3KA 5CU8A 4LR6A 4NXJA 4YYDA 4QSWA 4N4IA 5E73A 5CQ3A 3IU6A 3UVXA 5F60A 5E3DA 3O37A 5A81A 5I1QA 5JI8A 5ENCA 5F1LA 5CS8A 5AMEA 5CUCA 5FE9A 4LC2A 5F61A 2I7KA 4TT6A 4CUSA 3DAIA 2YEKA 5IIDA 1JM4B 5I80A 4TZ2A 4O7FA 4CL9A 5EU1A 5A5OA 4NUDA 5E3GA 4QUTA 5FG4A 4MR4A 3TLPA 5F2PA 5IGMA 5FE0A 4PTBA 4Q0NA 5C8GA 4LZSA 5D3JA 2NXBA 3QZSA 4LRGA 3P1DA 4BW1A 4IOQA 5LVQA 5KO4A 4HXPA 5CRMA 5C7NA 5ACYA 5L96A 2FSAA 5F5ZA 3O36A 3S92A 4NR9A 3HMEA 4IOOA 5EP7A 5D3HA 5I86A 2L5EA 3G0JA 5D25A 2OO1A 4YH3A 4HBWA 4IR4A 5D3SA 2YEMA 3UVYA 5DW1A 2YELA 5DKDA 3QZVA 4ALHA 4HXOA 1WUMA 4NQNA 4UITA 4ZQLA 5CQ7A 4YATA 2F6JA 3JVKA 5HQ7A 5C4QA 5L98A 5EVAA 5HELA 3JVMA 3UW9A 4J0SA 5EI4A 4UIWA 2D9EA 1E6IA 2DVSA 2RS9B 5EWVA 5L97A 4O7AA 5G4RA 4C66A 5FG5A 5I89A 5CZGA 4QR4A 2WP2A 5DYUA 5FE8A 4YABA 5A83A 4Z1QA 4QEWA 4UIVA 5HQ6A 2L84A 5F3AA 4J3IA 4O7EA 5DLXA 4HXRA 4KV1A 4QC3A 3UV2A 4LDFA 5COIA 5ETDA 5C85A 5CY9A 4F3IA 4IR5A 4IR6A 5DBMA 5F1HA 5KTUA 4NR7A 4O72A 3AADA 4NUCA 3HMHA 5DW2A 4QNSA 3U5KA 3U5LA 4HBYA 5FH7A 4NRAA 5FFVA 4NS5A 4UYEA 4HXMA 3LJWA 3DWYA 5DLZA 5AD2A 2OSSA 4MR6A 2E7NA 3AQAA 5ETBA 5FG6A 3LQIA 3RCWA 4J0RA 5EPBA 5FE5A 4UYDA 5ENFA 5FE6A 4A9JA 4O75A 1WUGA 4IR3A 5E9KA 3LQJA 1JSPB 5DX4A 4YYJA 3MUKA 3NXBA 3P1CA 5II1A 5A5RA 4QSUA 5E9YA 3UV5A 4NR8A 5EV9A 4TT2A 3LXJA 3U5MA 4YYMA 2N9GA 5HRWA 5DYCA 5DYAA 4ALGA 2R0VA 5FE7A 5I7YA 4YBMA 4NRBA 3MXFA 4J1PA 4YAXA 5D3NA 5KU3A 4MEQA 5FFWA 4A9LA 4MR5A 4QYDA 3I3JA 4XYAA 4YYIA 5H1UA 3FKMX 4LZRA 3U5JA 4QR3A 4HXNA 3Q2EA 5F25A 4A9MA 4NR6A 5G4SA 4NUEA 3HMFA 5EPRA 5CQTA 5HQ5A 5HRVA 5A5SA 4YYGA 3P5OA 5E0RA 5DY7A 4CUPA 5I29A 3ZYUA 5D24A 4QSQA 5CUGA 5CUEA 4CUTA 4YC9A 5BT4A 5HJCA 4KV4A 4X2IA 4LYIA 4E96A 4HXSA 4QSPA 5KTWA 2F6NA 2G4AA 5DFCA 4XY9A 4QUUA 5EISA 4BW3A 2I8NA 4QEUA 2YDWA 4CUUA 4UYFA 5D3RA 5DFDA 2RNYA 4TS8A 4A9KA 3LQHA 4TU4A 2R0SA 5FB1A 5IGKA 3UVWA 2KTBB 4QR5A 5HEMA 5E9IA 4NRCA 4UIYA 5FE1A 4QSSA 5HRXA 3UVDA 5E74A 4LYSA 4Z1SA 5CQ8A 3U5NA 4PS5A 3K2JA 5LJ0A 5H85A 2R0YA 4QSRA 5LUUA 4TYLA 4PY6A 2YYNA 4O76A 4TU6A 4GPJA 4PCIA 4DONA 5JWMA 4CFKA 2OUOA 5E9LA 4IORA 4ZW1A 5EGUA 5D3PA 4QB3A 3MB3A 2R10A 5LJ2A 5IBNA 4WIVA 5CQ6A 4A9HA 5C87A 5DKHA 4OGIA 2YQDA 5TB6A 4O7BA 3O35A 5I83A 4XUBA 5EK9A 4AKNA 3MULA 5CQ4A 5D3TA 5L8TA 5A5NA 5CFWA 1X0JA 5EWWA 5HENA 4NR4A 5D0CA 4HBXA 4TT4A 4O78A 4YH4A 5BT5A 4TQNA 5IG6A 4HXLA 5LVRA 5LKZA 4CURA 4UYHA 4HBVA 5CPEA 5F63A 2D82A 5CRZA 5A82A 4QY4A 5A5PA 5LJ1A 4Z6HA 5A85A 5HM0A 5KTXA 4Z6IA 5LKXA 4NYVA 4YADA 1EQFA 4UIZA 5HFQA 4CFLA 4N4FA 5ENHA 4WHUA 4O74A 4MR3A 5FBXA 4PCEA 5FFYA 5F36A 5CP5A 2RFJA 4A9IA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5KHMA 4QSVA 5DKCA 5EICA 4XUAA 5FDZA 5EA1A 4UIUA 5IGNA 5EWDA 3SVFA 4MENA 4Q0OA 5H1TA 5CGPA 5FH6A 4QC1A 4BW2A 5CUBA 4CLBA 4AKGA 4MEPA 3VKGA 3UV4A 1ZS5A 3O34A 5II2A 5I40A 4BHWA 5EQ1A 4QZSA 5CQAA 3U5PA 5L99A 5FE2A 3O33A 4LZ2A 4MEOA 1F68A 5HLSA 5ENBA 3ONIA 3SVGA 4TTEA 5F62A 4O77A 4BW4A 4YYKA 4YY6A 2DKWA 2L85A 5CQ5A 4CUQA 2WP1A 4YYHA 2DVQA 5E9VA 4RVRA 5H1VA 5A5QA 2LSPB 5ENIA 2DATA 3Q2FA 5I88A 5A7CA 4ZC9A 5EWHA 2DVRA 5EPSA 5IGLA 4NYWA 5CUAA 4YK0A 2MJVB 4O7CA 2YW5A 5LKTA 4XY8A 5FE4A 3P1EA 4HXKA 2RO1A 4BJXA 5DFBA 4Z93A 3QZTA 2RNXA 4Y03A 4QSXA 5FB0A 3G0LA 4YBTA 5K29A 5ENJA 2E7OA 1N72A 3P1FA 3SVHA 5EM3A 4QSTA 4UYFB 5BT3A 4C67A 4OGJA 4LYWA 5I7XA 3MB4A 4QYLA 3MQMA 5AMFA 5D7XA 5HFRA 5EWCA 5CUDA 4A9OA 2H60A 4FLPA 5ENEA 4A9NA 4YBSA 2DVVA 5TCMA 3S91A 5ENGA 3GG3A 4A9FA 3JVJA 4N3WA 5FH8A 5CTLA 4KCXA 4NQMA 4N4HA 4NYXA 4UIXA 4YYNA 5AD3A 5C89A 3IU5A 4N4GA 5DYXA 5FE3A 5D26A 4QBMA 4UYGA 3D7CA 3U5OA 4NR5A 3VKHA 2RNWA 5E7DA 4O71A 2RI7A 5E9MA 5HCLA 4PKLA 2DWWA 5LKUA 5J0DA 4O70A 4OUFA 4A9EA 3JVLA 4TZ8A 5L8UA 4YY4A 4QEVA 2GRCA 5D3LA 4WHWA 3ERRA 2E3KA 5CU8A 4LR6A 4NXJA 4YYDA 4QSWA 4N4IA 5E73A 5CQ3A 3IU6A 3UVXA 2EJNA 5F60A 5E3DA 3O37A 5A81A 5I1QA 5JI8A 5ENCA 5F1LA 5CS8A 5AMEA 5CUCA 5FE9A 4LC2A 5F61A 2I7KA 4TT6A 4CUSA 3DAIA 2YEKA 5IIDA 1JM4B 5I80A 4TZ2A 4O7FA 4CL9A 5EU1A 5A5OA 4NUDA 5E3GA 4QUTA 5FG4A 4MR4A 3TLPA 5F2PA 5IGMA 5FE0A 4PTBA 4Q0NA 5C8GA 4LZSA 5D3JA 2NXBA 3QZSA 4LRGA 3P1DA 4BW1A 4IOQA 5LVQA 5KO4A 4HXPA 5CRMA 5C7NA 5ACYA 5L96A 2FSAA 5F5ZA 3O36A 3S92A 4NR9A 3HMEA 4IOOA 5EP7A 5D3HA 5I86A 2L5EA 3G0JA 5D25A 2OO1A 4YH3A 4HBWA 4IR4A 5D3SA 2YEMA 3UVYA 5DW1A 2YELA 5DKDA 3QZVA 4ALHA 4HXOA 1WUMA 4NQNA 4UITA 4ZQLA 5CQ7A 4YATA 2F6JA 3JVKA 5HQ7A 5C4QA 5L98A 5EVAA 5HELA 3JVMA 3UW9A 4J0SA 5EI4A 4UIWA 2D9EA 1E6IA 2DVSA 2RS9B 5EWVA 5L97A 4O7AA 5G4RA 4C66A 5FG5A 5I89A 5CZGA 4QR4A 2WP2A 5DYUA 5FE8A 4YABA 5A83A 4Z1QA 4QEWA 4UIVA 5HQ6A 2L84A 5F3AA 4J3IA 4O7EA 5DLXA 4HXRA 4KV1A 4QC3A 3UV2A 4LDFA 5COIA 5ETDA 5C85A 5CY9A 4F3IA 4IR5A 4IR6A 5DBMA 5F1HA 5KTUA 4NR7A 4O72A 3AADA 4NUCA 3HMHA 5DW2A 4QNSA 3U5KA 3U5LA 4HBYA 5FH7A 4NRAA 5FFVA 4NS5A 4UYEA 4HXMA 3LJWA 3DWYA 5DLZA 5AD2A 2OSSA 4MR6A 3D1BA 2E7NA 3AQAA 5ETBA 5FG6A 3LQIA 3RCWA 4J0RA 5EPBA 5FE5A 4UYDA 5ENFA 5FE6A 4A9JA 4O75A 1WUGA 4IR3A 5E9KA 3LQJA 1JSPB 5DX4A 4YYJA 3MUKA 3NXBA 3P1CA 5II1A 5A5RA 4QSUA 5E9YA 3UV5A 4NR8A 5EV9A 4TT2A 3LXJA 3U5MA 4YYMA 2N9GA 5HRWA 5DYCA 5DYAA 4ALGA 2R0VA 5FE7A 5I7YA 4YBMA 4NRBA 3MXFA 4J1PA 4YAXA 5D3NA 5KU3A 4MEQA 5FFWA 4A9LA 4MR5A 4QYDA 3I3JA 4XYAA 4YYIA 5H1UA 3FKMX 4LZRA 3U5JA 1PUOA 4QR3A 4HXNA 3Q2EA 5F25A 4A9MA 4NR6A 5G4SA 4NUEA 3HMFA 5EPRA 5CQTA 5HQ5A 5HRVA 5A5SA 4YYGA 3P5OA 5E0RA 5DY7A 4CUPA 5I29A 3ZYUA 5D24A 4QSQA 5CUGA 5CUEA 4CUTA 4YC9A 5BT4A 5HJCA 4KV4A 4X2IA 4LYIA 4E96A 4HXSA 4QSPA 5KTWA 2F6NA 2G4AA 5DFCA 4XY9A 4QUUA 3D1DA 5EISA 4BW3A 2I8NA 4QEUA 2YDWA 4CUUA 4UYFA 5D3RA 5DFDA 2RNYA 4TS8A 4A9KA 3LQHA 4TU4A 2R0SA 5FB1A 4AKIA 5IGKA 3UVWA 2KTBB 4QR5A 5HEMA 5E9IA 4NRCA 4UIYA 5FE1A 4QSSA 5HRXA 3UVDA 5E74A 4LYSA 4Z1SA 5CQ8A 3U5NA 4PS5A 3K2JA 5LJ0A 5H85A 2R0YA 4QSRA 5LUUA 4TYLA 4PY6A 2YYNA 4O76A 4TU6A 4GPJA 4PCIA 4DONA 5JWMA 4CFKA 2OUOA 5E9LA 4IORA 4ZW1A 5EGUA 5D3PA 4QB3A 3MB3A 2R10A 5LJ2A 4AKHA 5IBNA 4WIVA 5CQ6A 4A9HA 5C87A 1ZKRA 5DKHA 4OGIA 2YQDA 5TB6A 4O7BA 3O35A 5I83A 4XUBA 5EK9A 4AKNA 3MULA 5CQ4A 5D3TA 5L8TA 5A5NA 5CFWA 1X0JA 5EWWA 4AI6A 5HENA 4NR4A 5D0CA 4HBXA 4TT4A 4O78A 4YH4A 5BT5A 4TQNA 5IG6A 4HXLA 5LVRA 5LKZA 4CURA 4UYHA 4HBVA 5CPEA 5F63A 2D82A 5CRZA 5A82A 4QY4A 5A5PA 5LJ1A 4Z6HA 5A85A 5HM0A 5KTXA 4Z6IA 5LKXA 4NYVA 4YADA 1EQFA 4UIZA 5HFQA 4CFLA 4N4FA 5ENHA 4WHUA 4O74A 4MR3A 5FBXA 4PCEA 5FFYA 5F36A 5CP5A 2RFJA 4A9IA
chains in the Genus database with same CATH topology
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