1JM4B

Nmr structure of p/caf bromodomain in complex with hiv-1 tat peptide
Total Genus 28
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
28
sequence length
118
structure length
118
Chain Sequence
GSHMSKEPRDPDQLYSTLKSILQQVKSHQSAWPFMEPVKRTEAPGYYEVIRFPMDLKTMSERLKNRYYVSKKLFMADLQRVFTNCKEYNPPESEYYKCANILEKFFFSKIKEAGLIDK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase
molecule keywords HIV-1 Tat Peptide
publication title Structural basis of lysine-acetylated HIV-1 Tat recognition by PCAF bromodomain
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 28
structure length 118
sequence length 118
ec nomenclature ec 2.3.1.48: Histone acetyltransferase.
pdb deposition date 2001-07-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 1jm4B00
4HXRA 4NRCA 5EGUA 5HFRA 5CZGA 2F6JA 4QSXA 4BJXA 5A81A 4YBSA 3LQHA 4HBVA 5F2PA 3ZYUA 5FFYA 4NUCA 4IOOA 5EICA 5FE7A 4XY8A 4HXNA 2RNWA 5I88A 4UIVA 4QZSA 3O36A 4AKNA 4O7CA 4TYLA 5L98A 5CQAA 2E7OA 5CP5A 4O7EA 5D3SA 4QEVA 4QYDA 5D26A 5D3JA 4YH4A 5EPRA 2DVQA 4CL9A 4YABA 4TT4A 5DY7A 3P1FA 2R0VA 5EVAA 4YATA 2E3KA 4O70A 4UIYA 4N4GA 4Z93A 5HQ7A 4YYNA 4UYDA 5FH6A 5EQ1A 4QSTA 1WUMA 4TZ8A 5LKUA 4CFLA 4IR6A 4MR4A 5IGKA 5CGPA 4QSVA 3ONIA 4O7BA 4BW1A 3JVMA 2DATA 5I80A 5FB1A 5D25A 5HENA 5L97A 3UW9A 4UIZA 3UVWA 3P5OA 3DWYA 5D3NA 5FE5A 4IR4A 5E3DA 4YYIA 5EU1A 1X0JA 4HXPA 4ALHA 5JWMA 2FSAA 5EPBA 5I83A 5D3LA 5CTLA 5LKXA 4HXSA 5F5ZA 4O74A 2YYNA 5E74A 4YBTA 5EV9A 4Z1SA 4ZQLA 4LYSA 5IGNA 3TLPA 3LXJA 5F36A 4LRGA 4C67A 4N4FA 4QC3A 3S91A 5ENBA 3JVLA 4TS8A 3O37A 4O77A 4TU6A 5DW2A 5TB6A 5HRXA 5F62A 4OUFA 5HEMA 5D0CA 5L8UA 5CU8A 3U5OA 5FFWA 2YW5A 3Q2EA 5EI4A 4IR3A 1WUGA 4DONA 5EISA 3S92A 4N4IA 5KHMA 5DKDA 5LKTA 4QBMA 5CRMA 4QUUA 4FLPA 5CQ7A 4F3IA 5ENFA 2D82A 4QSUA 4KV4A 4GPJA 4HXMA 4PTBA 5H1VA 2NXBA 3O33A 2RNXA 3GG3A 4QSSA 4XUAA 4YK0A 4YYDA 5C89A 1JSPB 3MULA 4NR7A 5FG5A 2DWWA 4UYFB 2YQDA 4HBXA 4QUTA 5II1A 1F68A 4QY4A 2DKWA 4MR6A 5A5SA 4YY6A 4CUQA 3MB3A 5KTUA 5E0RA 4NYWA 2RNYA 4Z6IA 4IORA 2RO1A 4NUEA 5AMFA 3LQJA 5FE0A 5I7YA 4YC9A 5EM3A 5A83A 3U5KA 4ZW1A 2R0YA 5KTWA 5G4RA 5H1TA 4KCXA 3UV2A 4NR8A 5CPEA 4A9JA 3AQAA 2WP1A 5DW1A 1E6IA 3UVXA 5EP7A 5DFCA 3JVJA 4YAXA 5II2A 5HQ6A 4YYHA 4O71A 4MEOA 3P1CA 5FE9A 3K2JA 5I1QA 5CUEA 4CLBA 4A9EA 4CFKA 4YADA 5CY9A 3UVYA 5AMEA 5CS8A 3LQIA 4HXKA 4N3WA 5E3GA 5F3AA 4BHWA 5COIA 5A85A 3P1EA 4MR3A 3SVGA 2OO1A 5I89A 5JI8A 4J0RA 4WHWA 5FE4A 5HFQA 3FKMX 3AADA 4Y03A 4LZ2A 4NXJA 5DX4A 5C85A 3SVFA 4QSPA 5ENJA 5FG4A 4A9IA 5KTXA 4QR5A 5KU3A 5D3HA 5FDZA 5AD3A 5I40A 3JVKA 4Q0OA 4NR9A 3I3JA 5FE1A 5E9YA 5HRVA 2RS9B 4XYAA 5E9IA 5ETDA 5D3TA 5K29A 5DFBA 5E9KA 3QZSA 4KV1A 3IU6A 4O76A 4CUUA 4TQNA 5I86A 5E9VA 5F25A 5EWDA 4A9OA 3O34A 5G4SA 5FE8A 4O75A 2R10A 4LZRA 5LKZA 4A9MA 4UITA 5L99A 5D3RA 4UIXA 2LSPB 5EA1A 4BW2A 5F1LA 3QZVA 5F61A 3U5JA 4MEPA 4XUBA 5LVQA 4YBMA 2YELA 3U5LA 5C8GA 5DYUA 2N9GA 5DLXA 4MENA 5CUGA 4LC2A 5DFDA 5CUDA 5IG6A 4C66A 5LJ2A 5I29A 3QZTA 5LVRA 3UV5A 2YEKA 2YDWA 4UIUA 4YYKA 2RFJA 4PCEA 4YH3A 2L84A 2WP2A 5CQ8A 3D7CA 5IGLA 5L8TA 4NUDA 4QSRA 5ENEA 4QC1A 5AD2A 5D3PA 4PY6A 5LJ1A 5DKCA 4HXLA 4NYVA 3MUKA 5FE6A 3UVDA 4ALGA 4NQNA 4UYHA 5BT4A 4QR4A 5C87A 5E9LA 4O7FA 4J3IA 4E96A 5ENHA 4TT6A 2H60A 4LYIA 4QNSA 5H85A 5ENCA 5CUCA 4O72A 3NXBA 2F6NA 5LUUA 4TU4A 3Q2FA 5KO4A 5A7CA 5EWVA 4YYMA 5IGMA 4ZC9A 5CQ6A 3MB4A 4MEQA 5EK9A 4HXOA 4QR3A 5CQTA 4A9HA 5DBMA 5CQ5A 5DYXA 4LZSA 5FE2A 2I8NA 4NS5A 4NRAA 5A5PA 4Q0NA 3HMEA 5BT3A 5HRWA 3U5NA 4CUSA 5FFVA 5H1UA 3RCWA 5CQ4A 5EWHA 4UYGA 5CRZA 4YYGA 4BW4A 5ACYA 5CUBA 4QSQA 2DVRA 3LJWA 5FH8A 5DKHA 3HMFA 2GRCA 4HBWA 4MR5A 5E9MA 5ETBA 5F1HA 2MJVB 4N4HA 4NR5A 5DLZA 5FBXA 4CUTA 3MXFA 3U5MA 5HQ5A 4YY4A 2I7KA 4UYFA 5IBNA 3G0LA 2L85A 2DVVA 4NR6A 4XY9A 2KTBB 3DAIA 3P1DA 4UYEA 5FG6A 4RVRA 5I7XA 1N72A 4BW3A 2OSSA 5C7NA 4HBYA 4NRBA 5DYAA 5FB0A 1JM4B 5IIDA 4WHUA 4Z6HA 3UV4A 4NR4A 4NYXA 4J0SA 3MQMA 4IOQA 5A5RA 4PKLA 5EWCA 5L96A 5HM0A 2E7NA 5E73A 4TZ2A 5HCLA 3G0JA 4OGJA 5CFWA 5J0DA 5FH7A 5FE3A 5HELA 5HJCA 2G4AA 4TTEA 4IR5A 4O78A 5D24A 5CQ3A 2OUOA 1EQFA 5EPSA 5A5NA 4CURA 5DYCA 5E7DA 4NQMA 4A9KA 4A9NA 5BT5A 2L5EA 4PS5A 4YYJA 4QYLA 5A5OA 4WIVA 4Z1QA 3HMHA 4A9LA 3U5PA 4PCIA 4J1PA 5CUAA 4OGIA 4A9FA 4QEUA 4CUPA 4LR6A 3O35A 4UIWA 5F60A 3SVHA 4LDFA 4QSWA 4TT2A 5EWWA 2YEMA 5C4QA 5TCMA 5ENGA 5LJ0A 2DVSA 1ZS5A 4O7AA 4QEWA 5A5QA 3IU5A 5D7XA 5HLSA 4X2IA 5F63A 2R0SA 5A82A 5ENIA 4QB3A 4LYWA 2RI7A 2D9EA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4HXRA 4NRCA 5EGUA 5HFRA 5CZGA 2F6JA 4QSXA 4BJXA 5A81A 4YBSA 3LQHA 4HBVA 5F2PA 3ZYUA 4AKHA 5FFYA 4NUCA 4IOOA 5EICA 5FE7A 4XY8A 4HXNA 2RNWA 5I88A 4UIVA 4QZSA 3O36A 4AKNA 4O7CA 4TYLA 5L98A 5CQAA 2E7OA 5CP5A 4O7EA 5D3SA 4QEVA 4QYDA 5D26A 5D3JA 4YH4A 5EPRA 2DVQA 4CL9A 4YABA 4TT4A 5DY7A 3P1FA 2R0VA 5EVAA 4YATA 2E3KA 4O70A 4UIYA 4N4GA 4Z93A 5HQ7A 4YYNA 4UYDA 5FH6A 5EQ1A 4QSTA 1WUMA 4TZ8A 5LKUA 4CFLA 4IR6A 4MR4A 5IGKA 5CGPA 4QSVA 3ONIA 4O7BA 4BW1A 3JVMA 2DATA 5I80A 5FB1A 5D25A 5HENA 5L97A 3UW9A 4UIZA 3UVWA 3P5OA 3DWYA 5D3NA 5FE5A 4IR4A 5E3DA 4YYIA 5EU1A 1X0JA 4HXPA 4ALHA 5JWMA 2FSAA 5EPBA 5I83A 5D3LA 5CTLA 5LKXA 4HXSA 5F5ZA 4O74A 2YYNA 5E74A 4YBTA 5EV9A 4Z1SA 4ZQLA 4LYSA 5IGNA 3TLPA 3ERRA 3LXJA 5F36A 4LRGA 4C67A 4N4FA 4QC3A 3S91A 5ENBA 3JVLA 4TS8A 3O37A 4O77A 4TU6A 5DW2A 5TB6A 5HRXA 3D1DA 5F62A 4OUFA 5HEMA 5D0CA 5L8UA 5CU8A 3U5OA 5FFWA 2YW5A 3Q2EA 5EI4A 4IR3A 1WUGA 4DONA 5EISA 3S92A 4N4IA 5KHMA 5DKDA 5LKTA 4QBMA 5CRMA 4QUUA 4FLPA 5CQ7A 4F3IA 5ENFA 2D82A 4QSUA 4KV4A 4GPJA 4HXMA 4PTBA 5H1VA 2NXBA 3O33A 2RNXA 3GG3A 4QSSA 4XUAA 4YK0A 4YYDA 5C89A 1JSPB 3MULA 4NR7A 5FG5A 2DWWA 4UYFB 2YQDA 4HBXA 4QUTA 5II1A 4AI6A 1F68A 4QY4A 2DKWA 4MR6A 5A5SA 4YY6A 4CUQA 3MB3A 5KTUA 5E0RA 4NYWA 2RNYA 4Z6IA 4IORA 2RO1A 4NUEA 5AMFA 3LQJA 5FE0A 5I7YA 4YC9A 5EM3A 5A83A 3U5KA 4ZW1A 2R0YA 5KTWA 5G4RA 5H1TA 4KCXA 3UV2A 4NR8A 5CPEA 4A9JA 3AQAA 3VKGA 2WP1A 5DW1A 1E6IA 3UVXA 5EP7A 5DFCA 3JVJA 4YAXA 5II2A 5HQ6A 4YYHA 4O71A 4MEOA 3P1CA 3VKHA 5FE9A 3K2JA 5I1QA 5CUEA 4CLBA 4A9EA 4CFKA 4YADA 5CY9A 3UVYA 5AMEA 5CS8A 3LQIA 4HXKA 4N3WA 5E3GA 5F3AA 4BHWA 5COIA 5A85A 3P1EA 4MR3A 3SVGA 2OO1A 5I89A 5JI8A 4J0RA 4WHWA 5FE4A 5HFQA 3FKMX 3AADA 4Y03A 4LZ2A 4NXJA 5DX4A 5C85A 3SVFA 4QSPA 5ENJA 5FG4A 4A9IA 5KTXA 4AKGA 4QR5A 5KU3A 5D3HA 5FDZA 5AD3A 5I40A 3JVKA 4Q0OA 4NR9A 3I3JA 5FE1A 5E9YA 5HRVA 2RS9B 4XYAA 5E9IA 5ETDA 5D3TA 5K29A 5DFBA 5E9KA 3QZSA 4KV1A 3IU6A 4O76A 4CUUA 4TQNA 5I86A 5E9VA 5F25A 5EWDA 4A9OA 3O34A 5G4SA 5FE8A 4O75A 2R10A 4LZRA 5LKZA 4A9MA 4UITA 5L99A 5D3RA 4UIXA 2LSPB 5EA1A 4BW2A 5F1LA 3QZVA 5F61A 3U5JA 4MEPA 4XUBA 5LVQA 4YBMA 2YELA 3U5LA 5C8GA 5DYUA 2N9GA 5DLXA 4MENA 5CUGA 4LC2A 5DFDA 5CUDA 5IG6A 4C66A 5LJ2A 5I29A 3QZTA 5LVRA 3UV5A 2YEKA 2YDWA 4UIUA 4YYKA 2RFJA 4PCEA 4YH3A 2L84A 2WP2A 5CQ8A 3D7CA 5IGLA 5L8TA 4NUDA 4QSRA 5ENEA 4QC1A 5AD2A 5D3PA 4PY6A 5LJ1A 2EJNA 5DKCA 4HXLA 4NYVA 3MUKA 5FE6A 3UVDA 4ALGA 4NQNA 4UYHA 5BT4A 4QR4A 5C87A 5E9LA 4O7FA 4J3IA 4E96A 5ENHA 4TT6A 2H60A 4LYIA 1ZKRA 4QNSA 5H85A 5ENCA 5CUCA 4O72A 3NXBA 2F6NA 5LUUA 4TU4A 3Q2FA 5KO4A 5A7CA 5EWVA 4YYMA 5IGMA 4ZC9A 5CQ6A 3MB4A 4MEQA 5EK9A 4HXOA 4QR3A 5CQTA 4A9HA 5DBMA 5CQ5A 5DYXA 4LZSA 5FE2A 2I8NA 4NS5A 4NRAA 5A5PA 4Q0NA 3HMEA 5BT3A 5HRWA 3U5NA 4CUSA 5FFVA 5H1UA 3RCWA 5CQ4A 5EWHA 4UYGA 5CRZA 4YYGA 4BW4A 5ACYA 5CUBA 4QSQA 2DVRA 3LJWA 5FH8A 5DKHA 3HMFA 2GRCA 4HBWA 4MR5A 5E9MA 3D1BA 5ETBA 5F1HA 2MJVB 4N4HA 4NR5A 5DLZA 5FBXA 4CUTA 3MXFA 3U5MA 5HQ5A 4YY4A 2I7KA 4UYFA 5IBNA 3G0LA 2L85A 2DVVA 4NR6A 4XY9A 2KTBB 3DAIA 3P1DA 4UYEA 5FG6A 4RVRA 5I7XA 1N72A 4BW3A 2OSSA 5C7NA 4HBYA 4NRBA 5DYAA 5FB0A 1JM4B 5IIDA 4WHUA 4Z6HA 3UV4A 4NR4A 4NYXA 4J0SA 3MQMA 4IOQA 5A5RA 4PKLA 5EWCA 5L96A 5HM0A 2E7NA 5E73A 4TZ2A 5HCLA 3G0JA 4OGJA 5CFWA 5J0DA 5FH7A 5FE3A 5HELA 5HJCA 2G4AA 4TTEA 4IR5A 4O78A 5D24A 1PUOA 5CQ3A 2OUOA 1EQFA 5EPSA 5A5NA 4AKIA 4CURA 5DYCA 5E7DA 4NQMA 4A9KA 4A9NA 5BT5A 2L5EA 4PS5A 4YYJA 4QYLA 5A5OA 4WIVA 4Z1QA 3HMHA 4A9LA 3U5PA 4PCIA 4J1PA 5CUAA 4OGIA 4A9FA 4QEUA 4CUPA 4LR6A 3O35A 4UIWA 5F60A 3SVHA 4LDFA 4QSWA 4TT2A 5EWWA 2YEMA 5C4QA 5TCMA 5ENGA 5LJ0A 2DVSA 1ZS5A 4O7AA 4QEWA 5A5QA 3IU5A 5D7XA 5HLSA 4X2IA 5F63A 2R0SA 5A82A 5ENIA 4QB3A 4LYWA 2RI7A 2D9EA
chains in the Genus database with same CATH topology
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