1JM4B

Nmr structure of p/caf bromodomain in complex with hiv-1 tat peptide
Total Genus 28
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
28
sequence length
118
structure length
118
Chain Sequence
GSHMSKEPRDPDQLYSTLKSILQQVKSHQSAWPFMEPVKRTEAPGYYEVIRFPMDLKTMSERLKNRYYVSKKLFMADLQRVFTNCKEYNPPESEYYKCANILEKFFFSKIKEAGLIDK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transferase
molecule keywords HIV-1 Tat Peptide
publication title Structural basis of lysine-acetylated HIV-1 Tat recognition by PCAF bromodomain
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 28
structure length 118
sequence length 118
ec nomenclature ec 2.3.1.48: Histone acetyltransferase.
pdb deposition date 2001-07-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
B PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 1jm4B00
5CUAA 5F63A 5H1TA 5KU3A 3JVJA 4QUTA 5ENFA 5A5NA 2MJVB 5ACYA 4F3IA 2L5EA 5FB0A 4NQNA 1ZS5A 5CFWA 4QSSA 1WUMA 5CUEA 3Q2FA 4UYHA 4NR7A 4NR4A 3DWYA 5DFDA 2YYNA 5DKCA 2GRCA 4NS5A 5D3TA 5A5RA 4UYDA 4ZQLA 5DW2A 5EISA 3O35A 3UVXA 5EK9A 5HFRA 5DFBA 4QSRA 4NRAA 4N3WA 3DAIA 5C85A 4ALGA 4MR3A 4IR5A 4TU6A 2R10A 2R0VA 5FBXA 5DYUA 5LKUA 4O7AA 3UW9A 5BT5A 2WP2A 5ENCA 4DONA 4QNSA 4YAXA 5CS8A 5COIA 4TYLA 4O7EA 5F3AA 5H1UA 5D3NA 5D3LA 2FSAA 4O75A 5L96A 4YABA 4CUTA 4TQNA 4A9HA 4X2IA 5D25A 5D3SA 5FG5A 5FE7A 4TTEA 3SVGA 2RNYA 5IBNA 5DX4A 3G0JA 4NUDA 4KV1A 5EPRA 4TT2A 4E96A 5DKDA 4LDFA 4O7FA 2N9GA 4A9JA 4MENA 4YYMA 4FLPA 3U5PA 5CQ6A 4A9KA 5EPBA 4J0SA 4YC9A 4YY6A 4HXLA 2RI7A 4A9MA 4C67A 4MEQA 1X0JA 5D3PA 5FH6A 4O76A 4N4IA 4A9NA 2NXBA 5K29A 4O77A 4LRGA 5DYCA 4PTBA 5J0DA 4TZ2A 5CZGA 4J3IA 5IGMA 4HXNA 4QEUA 4YH3A 5EV9A 5FG6A 1JSPB 3G0LA 4OUFA 3HMEA 5FE1A 2DKWA 5F36A 3SVHA 5A82A 3FKMX 5KTXA 5I88A 4UYFA 4YH4A 2WP1A 5CY9A 5DBMA 3ONIA 4NUEA 5E0RA 4YBTA 4CUPA 5CP5A 3U5KA 4HXSA 5CPEA 4QBMA 4Q0NA 5EU1A 2H60A 2YW5A 1N72A 2L84A 5LUUA 3ZYUA 5LJ0A 2KTBB 5LKTA 4N4FA 4XUAA 4O74A 3IU5A 3LQHA 5A83A 4QSQA 3P1FA 4O78A 4UIWA 4Z93A 5JI8A 4MEPA 4NR9A 5FFWA 5EP7A 4HXKA 4Z1QA 4QSVA 5KHMA 4C66A 5EGUA 4PKLA 4NXJA 4NYXA 2L85A 5F1LA 3SVFA 4XY8A 5LJ1A 2YELA 2RNXA 5FE6A 4YYDA 5C7NA 5I80A 4CUSA 3O36A 3RCWA 3MXFA 5CRZA 5D24A 3U5OA 4YYKA 2DVVA 4Z6IA 3U5NA 4LZSA 5FE8A 5C87A 5HRXA 4AKNA 3GG3A 5A5PA 5E3GA 4QY4A 4IORA 5DW1A 4LC2A 3JVKA 5LKZA 3MUKA 5FE9A 5I7YA 5HLSA 5KTWA 4TZ8A 5IGNA 5FE4A 2I7KA 5CQTA 4QC1A 4A9EA 4UIUA 5FE0A 5CRMA 5DKHA 1WUGA 5ENBA 4UIVA 4QR5A 4WHWA 5F60A 4BW3A 5HQ6A 4J0RA 5EWVA 4PCIA 4YYJA 5CUBA 2YEKA 5ETDA 5E74A 4CLBA 2OUOA 3MB3A 5EQ1A 5EI4A 5CQ3A 4HBVA 4A9LA 4GPJA 5L97A 5HRWA 4KV4A 2F6NA 3U5MA 1JM4B 2DVSA 5C89A 5DLZA 5I29A 5CUDA 1E6IA 4UIXA 5A85A 4LZ2A 4QSPA 4A9FA 3AQAA 4XY9A 5AD2A 3K2JA 3AADA 2D82A 5F2PA 4UITA 5E73A 4A9IA 3O34A 4PY6A 5CGPA 4IR3A 4A9OA 2E7NA 4YBMA 4BW1A 5II1A 3MQMA 5EICA 4O71A 4YYIA 4TT4A 5E9LA 4MR6A 5CU8A 3P1CA 4N4HA 4YYHA 4CUUA 5A5QA 5CUGA 5HFQA 4NR8A 5TB6A 4QYLA 2RNWA 5BT3A 2R0YA 3UVDA 5EWCA 5HELA 4ALHA 5EA1A 3MULA 4BW2A 5TCMA 5L98A 4MR4A 4OGJA 5D0CA 5I83A 5DY7A 5C8GA 5CTLA 5HQ5A 5II2A 4HXMA 4QSTA 5FFYA 5HEMA 5AD3A 5HCLA 5ENJA 3U5LA 5HM0A 5G4RA 5A5SA 4Q0OA 4YBSA 2YQDA 4QEWA 3U5JA 2DVQA 3UVWA 4HBWA 5IGLA 5LKXA 3P5OA 2LSPB 4CUQA 4IR4A 5IG6A 3Q2EA 5G4SA 4UYGA 5HQ7A 4MEOA 5IIDA 4HXOA 4LYWA 3UV5A 5E3DA 5LVRA 5CQ7A 3LJWA 5ETBA 5F1HA 5CQ5A 5AMFA 5FB1A 5KO4A 5ENIA 3D7CA 5JWMA 4HBYA 4CL9A 4BJXA 2G4AA 4UYFB 5CUCA 4QR4A 1EQFA 5I89A 5KTUA 4NYWA 5HENA 5I7XA 2E3KA 4XUBA 3UV2A 3TLPA 4UIYA 4Z6HA 4LR6A 5C4QA 4CFLA 5ENGA 5DYXA 5EM3A 5H85A 4O7BA 3JVMA 4CURA 4O70A 5BT4A 4IOOA 3I3JA 3HMHA 4KCXA 2D9EA 4QYDA 4RVRA 3O33A 4PS5A 5HJCA 4QB3A 5E9VA 5FG4A 5E7DA 5L8UA 4MR5A 4NYVA 5A7CA 5F62A 5F5ZA 4QEVA 2F6JA 3QZSA 5ENHA 3MB4A 5HRVA 5EWHA 2OSSA 5FDZA 4O72A 4NUCA 5D26A 5I1QA 4CFKA 5D7XA 3LQIA 5EWWA 3P1EA 2YEMA 5D3JA 5E9KA 5FE3A 3JVLA 5IGKA 5LJ2A 4XYAA 4YYNA 4NRBA 5EPSA 2YDWA 4TU4A 5FE2A 4NQMA 4HXPA 4HXRA 3NXBA 4YY4A 5F61A 5DFCA 2RO1A 3S92A 5FFVA 5E9YA 5FH7A 5EWDA 5FE5A 2I8NA 3P1DA 5I86A 5CQAA 3QZVA 4UYEA 5D3HA 3S91A 4QUUA 3QZTA 4QSUA 4LYSA 4TT6A 5L8TA 5DYAA 4BW4A 5ENEA 4QSWA 4QC3A 4TS8A 4QSXA 5F25A 4YATA 3LQJA 2RFJA 3LXJA 4O7CA 4PCEA 2R0SA 1F68A 5A81A 4YADA 2E7OA 5E9MA 2DVRA 5E9IA 4Z1SA 2RS9B 2DWWA 4IOQA 4YYGA 3UVYA 5AMEA 4QR3A 4Y03A 5EVAA 4ZW1A 4N4GA 5D3RA 2DATA 4IR6A 4NRCA 4WIVA 5LVQA 2OO1A 4WHUA 5FH8A 5CQ4A 5CQ8A 3IU6A 5DLXA 3UV4A 4J1PA 5L99A 3HMFA 3O37A 4LZRA 4YK0A 4UIZA 4LYIA 5H1VA 4HBXA 4NR6A 4NR5A 4OGIA 4ZC9A 5A5OA 4QZSA 4BHWA 5I40A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5CUAA 5F63A 5H1TA 5KU3A 3JVJA 4QUTA 5ENFA 5A5NA 2MJVB 5ACYA 4F3IA 2L5EA 5FB0A 4NQNA 1ZS5A 5CFWA 4QSSA 1WUMA 5CUEA 3Q2FA 4UYHA 4NR7A 4NR4A 3DWYA 5DFDA 2YYNA 5DKCA 2GRCA 4NS5A 5D3TA 5A5RA 4UYDA 4ZQLA 5DW2A 5EISA 3O35A 3UVXA 5EK9A 5HFRA 5DFBA 4QSRA 4NRAA 4N3WA 3DAIA 5C85A 4ALGA 4MR3A 4IR5A 4TU6A 2R10A 2R0VA 5FBXA 5DYUA 3D1BA 5LKUA 4O7AA 3UW9A 5BT5A 2WP2A 5ENCA 4DONA 4QNSA 4YAXA 5CS8A 5COIA 4TYLA 4O7EA 5F3AA 5H1UA 5D3NA 5D3LA 2FSAA 4O75A 5L96A 4YABA 4CUTA 4TQNA 4A9HA 4X2IA 5D25A 5D3SA 5FG5A 5FE7A 4TTEA 3SVGA 2RNYA 5IBNA 5DX4A 3G0JA 4NUDA 4KV1A 5EPRA 4TT2A 4E96A 5DKDA 4LDFA 4O7FA 2N9GA 4A9JA 4MENA 4YYMA 4FLPA 3ERRA 3U5PA 5CQ6A 4A9KA 5EPBA 4J0SA 4YC9A 4YY6A 4HXLA 2RI7A 4A9MA 4C67A 4MEQA 1X0JA 5D3PA 5FH6A 4O76A 4N4IA 4A9NA 2NXBA 5K29A 4O77A 4LRGA 5DYCA 4PTBA 5J0DA 4TZ2A 5CZGA 4J3IA 5IGMA 4HXNA 4QEUA 4YH3A 4AI6A 5EV9A 5FG6A 1JSPB 3G0LA 4OUFA 3HMEA 5FE1A 2DKWA 5F36A 3SVHA 5A82A 3FKMX 5KTXA 5I88A 4UYFA 4YH4A 2WP1A 5CY9A 5DBMA 3ONIA 4NUEA 5E0RA 4YBTA 4CUPA 5CP5A 3U5KA 4HXSA 5CPEA 4QBMA 4Q0NA 5EU1A 2H60A 2YW5A 1N72A 2L84A 4AKGA 5LUUA 3ZYUA 5LJ0A 4AKIA 2KTBB 5LKTA 4N4FA 4XUAA 4O74A 3IU5A 3LQHA 5A83A 2EJNA 4QSQA 3P1FA 4O78A 4UIWA 4Z93A 5JI8A 4MEPA 3VKHA 4NR9A 5FFWA 5EP7A 4HXKA 4Z1QA 4QSVA 5KHMA 4C66A 5EGUA 4PKLA 4NXJA 4NYXA 2L85A 5F1LA 3SVFA 4XY8A 5LJ1A 2YELA 2RNXA 5FE6A 4YYDA 5C7NA 5I80A 4CUSA 3O36A 3RCWA 3MXFA 5CRZA 5D24A 3U5OA 4YYKA 2DVVA 4Z6IA 3U5NA 4LZSA 3D1DA 5FE8A 5C87A 5HRXA 1PUOA 4AKNA 3GG3A 5A5PA 5E3GA 4QY4A 4IORA 5DW1A 4LC2A 3JVKA 5LKZA 3MUKA 5FE9A 5I7YA 5HLSA 5KTWA 4TZ8A 5IGNA 5FE4A 2I7KA 5CQTA 4QC1A 4A9EA 4UIUA 5FE0A 5CRMA 5DKHA 1WUGA 5ENBA 4UIVA 4QR5A 4WHWA 5F60A 4BW3A 5HQ6A 4J0RA 5EWVA 4PCIA 4YYJA 5CUBA 2YEKA 5ETDA 5E74A 4CLBA 2OUOA 3MB3A 5EQ1A 5EI4A 5CQ3A 4HBVA 4A9LA 4GPJA 5L97A 5HRWA 4KV4A 2F6NA 3U5MA 1JM4B 2DVSA 5C89A 5DLZA 5I29A 5CUDA 1E6IA 4UIXA 5A85A 4LZ2A 4QSPA 4A9FA 3AQAA 4XY9A 5AD2A 3K2JA 3AADA 2D82A 5F2PA 4UITA 5E73A 4A9IA 3O34A 4PY6A 5CGPA 4IR3A 4A9OA 2E7NA 4YBMA 4BW1A 5II1A 3MQMA 5EICA 4O71A 4YYIA 4TT4A 3VKGA 5E9LA 4MR6A 5CU8A 3P1CA 4N4HA 4YYHA 4CUUA 5A5QA 5CUGA 5HFQA 4NR8A 5TB6A 4QYLA 2RNWA 5BT3A 2R0YA 3UVDA 5EWCA 5HELA 4ALHA 5EA1A 3MULA 4BW2A 5TCMA 5L98A 4MR4A 4OGJA 5D0CA 5I83A 5DY7A 5C8GA 5CTLA 5HQ5A 5II2A 4HXMA 4AKHA 4QSTA 5FFYA 5HEMA 5AD3A 5HCLA 5ENJA 3U5LA 5HM0A 5G4RA 5A5SA 4Q0OA 4YBSA 2YQDA 4QEWA 3U5JA 2DVQA 3UVWA 4HBWA 5IGLA 5LKXA 3P5OA 2LSPB 1ZKRA 4CUQA 4IR4A 5IG6A 3Q2EA 5G4SA 4UYGA 5HQ7A 4MEOA 5IIDA 4HXOA 4LYWA 3UV5A 5E3DA 5LVRA 5CQ7A 3LJWA 5ETBA 5F1HA 5CQ5A 5AMFA 5FB1A 5KO4A 5ENIA 3D7CA 5JWMA 4HBYA 4CL9A 4BJXA 2G4AA 4UYFB 5CUCA 4QR4A 1EQFA 5I89A 5KTUA 4NYWA 5HENA 5I7XA 2E3KA 4XUBA 3UV2A 3TLPA 4UIYA 4Z6HA 4LR6A 5C4QA 4CFLA 5ENGA 5DYXA 5EM3A 5H85A 4O7BA 3JVMA 4CURA 4O70A 5BT4A 4IOOA 3I3JA 3HMHA 4KCXA 2D9EA 4QYDA 4RVRA 3O33A 4PS5A 5HJCA 4QB3A 5E9VA 5FG4A 5E7DA 5L8UA 4MR5A 4NYVA 5A7CA 5F62A 5F5ZA 4QEVA 2F6JA 3QZSA 5ENHA 3MB4A 5HRVA 5EWHA 2OSSA 5FDZA 4O72A 4NUCA 5D26A 5I1QA 4CFKA 5D7XA 3LQIA 5EWWA 3P1EA 2YEMA 5D3JA 5E9KA 5FE3A 3JVLA 5IGKA 5LJ2A 4XYAA 4YYNA 4NRBA 5EPSA 2YDWA 4TU4A 5FE2A 4NQMA 4HXPA 4HXRA 3NXBA 4YY4A 5F61A 5DFCA 2RO1A 3S92A 5FFVA 5E9YA 5FH7A 5EWDA 5FE5A 2I8NA 3P1DA 5I86A 5CQAA 3QZVA 4UYEA 5D3HA 3S91A 4QUUA 3QZTA 4QSUA 4LYSA 4TT6A 5L8TA 5DYAA 4BW4A 5ENEA 4QSWA 4QC3A 4TS8A 4QSXA 5F25A 4YATA 3LQJA 2RFJA 3LXJA 4O7CA 4PCEA 2R0SA 1F68A 5A81A 4YADA 2E7OA 5E9MA 2DVRA 5E9IA 4Z1SA 2RS9B 2DWWA 4IOQA 4YYGA 3UVYA 5AMEA 4QR3A 4Y03A 5EVAA 4ZW1A 4N4GA 5D3RA 2DATA 4IR6A 4NRCA 4WIVA 5LVQA 2OO1A 4WHUA 5FH8A 5CQ4A 5CQ8A 3IU6A 5DLXA 3UV4A 4J1PA 5L99A 3HMFA 3O37A 4LZRA 4YK0A 4UIZA 4LYIA 5H1VA 4HBXA 4NR6A 4NR5A 4OGIA 4ZC9A 5A5OA 4QZSA 4BHWA 5I40A
chains in the Genus database with same CATH topology
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