3DAIA

Crystal structure of the bromodomain of the human atad2
Total Genus 52
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
52
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
SMQEEDTFRELRIFLRNVTHRLAIDKRFRVFTKPVDPDEVPDYVTVIKQPMDLSSVISKIDLHKYLTVKDYLRDIDLICSNALEYNPDRDPGDRLIRHRACALRDTAYAIIKEELDEDFEQLCEEIQESR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Histone recognition and large-scale structural analysis of the human bromodomain family.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ATPase family AAA domain-containing protein 2
source organism Homo sapiens
molecule tags Signaling protein
total genus 52
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.6.1.3: Adenosinetriphosphatase.
pdb deposition date 2008-05-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 3daiA00
5A5QA 4O7EA 4CFLA 2RNWA 5FFWA 4HBWA 3MQMA 5I89A 4A9HA 5BT3A 3D7CA 4NRBA 3O35A 5EVAA 5IIDA 4YH4A 3UVWA 4DONA 5AD2A 5CQ4A 2YEKA 3DWYA 2DVQA 4QSQA 4Z6HA 5FE9A 4YK0A 2YQDA 5F1LA 5A5RA 5E9KA 5E9LA 5KTXA 3UVXA 4NYXA 5ENEA 5CTLA 4ALGA 5EWDA 4PTBA 5D26A 5ETBA 4LYIA 4MEPA 2R0VA 5DYXA 2D82A 3LXJA 5CQ5A 4PCEA 4HXLA 3G0JA 4YYJA 4YAXA 4J0RA 4QEUA 5CUAA 5LUUA 4HXRA 5FFVA 5HEMA 4TQNA 4NUDA 4TZ8A 5FH7A 2YEMA 5CQ3A 5IBNA 4TT6A 1EQFA 4KV1A 5IGKA 5FE5A 5BT4A 4NR6A 4UITA 5L98A 5AMFA 5CUCA 5L8UA 2RI7A 2E7OA 3U5MA 4QC3A 3U5JA 3AQAA 4YADA 5D24A 2WP1A 5FE2A 5A7CA 5HRVA 4CUUA 5DYCA 5CQ6A 1E6IA 4YYKA 2I8NA 5L8TA 5EM3A 4IOQA 2DVRA 4QY4A 5FG4A 4OUFA 5LVRA 5E9YA 4NRAA 5H1TA 5JWMA 5EICA 4O72A 5ENHA 5CUDA 5DW1A 4UYDA 4BW1A 5E7DA 4O74A 4ALHA 5C89A 3JVJA 5EWWA 5KU3A 5LVQA 3LQJA 5EISA 3LQHA 4XY9A 5DW2A 5CQAA 5EWCA 5DX4A 5J0DA 5DLZA 3JVKA 4QSRA 2H60A 4UIVA 5A5NA 5DFBA 2OSSA 5I80A 4ZQLA 5C4QA 5L97A 4TT4A 5CP5A 2F6NA 4YYHA 4TYLA 3Q2EA 5EU1A 3AADA 5AMEA 5CU8A 4NS5A 4NYVA 3I3JA 5IGLA 5EP7A 4NR5A 4OGJA 4J3IA 4LC2A 4MEQA 5D3NA 4Z1QA 2RO1A 4QSXA 3FKMX 5DLXA 5AD3A 4CUQA 4UIWA 3Q2FA 4HBYA 5ENGA 3O34A 3O36A 4QSVA 4LZ2A 5II2A 4XUBA 5D3PA 4UIXA 5FE8A 3DAIA 3QZVA 5D3RA 4A9KA 4CURA 4YY4A 4PS5A 2WP2A 2RS9B 4MENA 4TU6A 5F36A 4OGIA 5F62A 4XUAA 4IR3A 5BT5A 4QYLA 2KTBB 3SVGA 2R0YA 4TTEA 4O7BA 3O33A 5D3JA 4O7FA 4CLBA 5G4SA 4HXKA 3P1CA 5FB1A 5D0CA 5I83A 4O75A 3IU5A 5FH8A 3U5NA 5KO4A 4QZSA 4NRCA 4IORA 4NR4A 3GG3A 4J1PA 5CRZA 4HXNA 4HBXA 5EGUA 5DKHA 5LJ1A 5EA1A 5II1A 5FE7A 5EK9A 2RNYA 3HMFA 4A9LA 4MR6A 4UIYA 5FG5A 5LKUA 5I29A 2DKWA 5K29A 5LKXA 4HXOA 5EI4A 2YW5A 5A83A 5DY7A 4WHUA 4QR3A 4TU4A 2YDWA 4BHWA 4KV4A 4NYWA 3UV4A 5HRXA 4PKLA 2D9EA 3JVMA 3MB4A 4QSSA 4NQMA 4FLPA 5E73A 5HENA 4N4HA 4J0SA 2R10A 3QZSA 3NXBA 4O76A 5JI8A 4QBMA 5CQ7A 5HQ5A 3P1FA 4IR5A 3HMEA 4NR8A 5FFYA 4F3IA 4QYDA 5FE6A 5IG6A 5A5SA 2G4AA 5ENJA 5D7XA 3MUKA 2LSPB 5H1VA 5I86A 4A9NA 5H85A 5E3GA 5E9VA 5I7XA 2RFJA 5DYUA 5CY9A 2MJVB 4TT2A 5CUEA 4XYAA 3MB3A 5DFDA 4Q0NA 1X0JA 5FH6A 4A9JA 4YYMA 3U5KA 4NUCA 3MXFA 5F1HA 5D3TA 1ZS5A 4XY8A 2E7NA 5IGMA 5HM0A 5I1QA 4QSWA 5E3DA 4Y03A 5E9MA 5ETDA 5F25A 3RCWA 3UVDA 5FB0A 4O71A 2OO1A 1N72A 1F68A 4UYFB 2I7KA 5HFQA 3S92A 3P1DA 4UYHA 4QEVA 5CUGA 5EPSA 2YELA 5C7NA 5ENBA 4E96A 5E74A 4QB3A 5HCLA 4GPJA 4HXMA 4NR9A 3U5LA 5HFRA 5IGNA 4N3WA 4O7CA 4PCIA 4TZ2A 4N4FA 5EWHA 5D25A 4YBSA 3IU6A 2NXBA 3MULA 4QSUA 5FE1A 5CZGA 4YYNA 4A9IA 2N9GA 4LZSA 4HXSA 4YC9A 5F5ZA 4Z6IA 5DKCA 4LZRA 5D3LA 4IR6A 4UYEA 4Z93A 4UYFA 4LYSA 3LJWA 4YYGA 2L85A 5EPBA 2DATA 5D3HA 5D3SA 5EPRA 4LR6A 4NQNA 4CUSA 4AKNA 3U5OA 5A81A 3UV2A 5CS8A 4QEWA 5DBMA 4O77A 4WHWA 5ENFA 4C67A 4QR4A 5E9IA 5FE4A 5ENIA 4QUTA 5FE3A 5ENCA 3K2JA 5F61A 4O78A 3SVHA 2DWWA 4LRGA 2DVVA 4YATA 4CL9A 5F3AA 4RVRA 5EWVA 2GRCA 4YBTA 5HELA 2E3KA 5A82A 5HRWA 5F2PA 4C66A 3UVYA 5FBXA 5CGPA 2RNXA 4YYDA 2L84A 4QR5A 5EQ1A 4PY6A 4BW3A 4QSTA 4LDFA 4X2IA 3TLPA 4HBVA 5HQ7A 5COIA 5HQ6A 4HXPA 5C87A 3S91A 4YH3A 5I7YA 3SVFA 5EV9A 3QZTA 3P1EA 4BJXA 5LJ2A 4NUEA 1JSPB 4MR3A 1WUGA 2FSAA 4YYIA 4Z1SA 3HMHA 4A9OA 4IR4A 4YABA 5CFWA 3U5PA 4N4GA 5CQ8A 4LYWA 2R0SA 4Q0OA 4YBMA 5FG6A 5LKZA 4MR5A 5E0RA 3ZYUA 5TB6A 5C8GA 3JVLA 5I88A 5A5OA 1JM4B 5FE0A 5CPEA 2F6JA 5HJCA 3LQIA 4QSPA 5LJ0A 4NR7A 4A9EA 4CFKA 5H1UA 4CUTA 5DYAA 5FDZA 5ACYA 4UIZA 3G0LA 4QC1A 5G4RA 4BW4A 5CQTA 4IOOA 5A85A 4CUPA 3O37A 5F60A 4UIUA 5KTUA 5TCMA 5I40A 4O70A 4NXJA 4BW2A 2DVSA 3P5OA 3ONIA 5CRMA 5DKDA 4YY6A 4ZC9A 4N4IA 3UV5A 4O7AA 5KHMA 2L5EA 5L99A 5CUBA 4QUUA 4MR4A 5DFCA 4A9FA 2OUOA 5L96A 4UYGA 4A9MA 4MEOA 5F63A 4QNSA 4KCXA 3UW9A 4ZW1A 1WUMA 5A5PA 5HLSA 5LKTA 4TS8A 5C85A 5KTWA 2YYNA 4WIVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5A5QA 4O7EA 4CFLA 2RNWA 5FFWA 4HBWA 3MQMA 5I89A 4A9HA 5BT3A 3D7CA 4NRBA 3O35A 5EVAA 5IIDA 1PUOA 4YH4A 3UVWA 4DONA 5AD2A 5CQ4A 2YEKA 3DWYA 2DVQA 4QSQA 4Z6HA 5FE9A 4YK0A 2YQDA 5F1LA 5A5RA 5E9KA 5E9LA 5KTXA 3UVXA 4NYXA 5ENEA 5CTLA 4ALGA 5EWDA 4PTBA 5D26A 5ETBA 4LYIA 4MEPA 2R0VA 5DYXA 4AI6A 2D82A 3LXJA 5CQ5A 4PCEA 4HXLA 3G0JA 4YYJA 4YAXA 4J0RA 4QEUA 5CUAA 5LUUA 4HXRA 5FFVA 5HEMA 4TQNA 4NUDA 4TZ8A 5FH7A 2YEMA 5CQ3A 5IBNA 4TT6A 1EQFA 4KV1A 5IGKA 5FE5A 5BT4A 4NR6A 4UITA 5L98A 5AMFA 5CUCA 5L8UA 2RI7A 2E7OA 3U5MA 4QC3A 3U5JA 3AQAA 4YADA 5D24A 2WP1A 5FE2A 5A7CA 5HRVA 4CUUA 5DYCA 5CQ6A 1E6IA 4YYKA 2I8NA 5L8TA 5EM3A 4IOQA 2DVRA 4QY4A 5FG4A 4OUFA 5LVRA 4AKHA 5E9YA 4NRAA 5H1TA 5JWMA 5EICA 4O72A 5ENHA 5CUDA 5DW1A 4UYDA 4BW1A 5E7DA 4O74A 4ALHA 5C89A 3JVJA 5EWWA 5KU3A 5LVQA 3LQJA 5EISA 3LQHA 4XY9A 5DW2A 5CQAA 5EWCA 5DX4A 5J0DA 5DLZA 3JVKA 4QSRA 2H60A 4UIVA 5A5NA 5DFBA 2OSSA 5I80A 4ZQLA 5C4QA 5L97A 4TT4A 5CP5A 3VKHA 2F6NA 4YYHA 4TYLA 3Q2EA 5EU1A 3AADA 5AMEA 5CU8A 4NS5A 4NYVA 3I3JA 5IGLA 5EP7A 4NR5A 4OGJA 4J3IA 4LC2A 4MEQA 5D3NA 4Z1QA 2RO1A 4QSXA 3FKMX 5DLXA 5AD3A 4CUQA 4UIWA 3Q2FA 4HBYA 5ENGA 3O34A 3O36A 4QSVA 4LZ2A 5II2A 4XUBA 5D3PA 4UIXA 5FE8A 3DAIA 3QZVA 5D3RA 4A9KA 3VKGA 4CURA 1ZKRA 4YY4A 4PS5A 2WP2A 2RS9B 4MENA 4TU6A 5F36A 4OGIA 5F62A 4XUAA 4IR3A 5BT5A 4QYLA 2KTBB 3SVGA 2R0YA 4TTEA 4O7BA 3O33A 5D3JA 4O7FA 4CLBA 5G4SA 4HXKA 3P1CA 5FB1A 5D0CA 5I83A 4O75A 3IU5A 5FH8A 3U5NA 5KO4A 4QZSA 4NRCA 4IORA 4NR4A 3GG3A 4J1PA 5CRZA 4HXNA 4HBXA 5EGUA 5DKHA 5LJ1A 5EA1A 5II1A 5FE7A 5EK9A 2EJNA 2RNYA 3HMFA 4A9LA 4MR6A 4UIYA 5FG5A 5LKUA 5I29A 2DKWA 5K29A 5LKXA 4HXOA 5EI4A 2YW5A 5A83A 5DY7A 4WHUA 4QR3A 4TU4A 2YDWA 4BHWA 4KV4A 4NYWA 3UV4A 5HRXA 4PKLA 2D9EA 3JVMA 3MB4A 4QSSA 4NQMA 4FLPA 5E73A 5HENA 4N4HA 4J0SA 2R10A 3QZSA 3NXBA 4O76A 5JI8A 4QBMA 3ERRA 5CQ7A 5HQ5A 3P1FA 4IR5A 3HMEA 4NR8A 5FFYA 4F3IA 4QYDA 5FE6A 5IG6A 5A5SA 2G4AA 5ENJA 5D7XA 3MUKA 2LSPB 5H1VA 5I86A 4A9NA 5H85A 5E3GA 5E9VA 5I7XA 2RFJA 5DYUA 5CY9A 2MJVB 4TT2A 5CUEA 4XYAA 3MB3A 5DFDA 4Q0NA 1X0JA 5FH6A 4A9JA 4YYMA 3U5KA 4NUCA 3MXFA 5F1HA 5D3TA 1ZS5A 4XY8A 2E7NA 5IGMA 5HM0A 5I1QA 4QSWA 5E3DA 4Y03A 5E9MA 5ETDA 5F25A 3RCWA 3UVDA 5FB0A 4O71A 2OO1A 3D1BA 1N72A 1F68A 4UYFB 2I7KA 5HFQA 3S92A 3P1DA 4UYHA 4QEVA 5CUGA 5EPSA 2YELA 5C7NA 5ENBA 4E96A 5E74A 4QB3A 5HCLA 4GPJA 4HXMA 4NR9A 3U5LA 5HFRA 5IGNA 4N3WA 4O7CA 4PCIA 4TZ2A 4N4FA 5EWHA 5D25A 4YBSA 3IU6A 2NXBA 3MULA 4QSUA 5FE1A 5CZGA 4YYNA 4A9IA 2N9GA 4LZSA 4HXSA 4YC9A 5F5ZA 4Z6IA 5DKCA 4LZRA 5D3LA 4IR6A 4UYEA 4Z93A 4UYFA 4LYSA 3LJWA 4YYGA 2L85A 5EPBA 2DATA 5D3HA 5D3SA 5EPRA 4LR6A 4NQNA 4CUSA 4AKNA 3U5OA 5A81A 3UV2A 5CS8A 4QEWA 5DBMA 4O77A 4WHWA 5ENFA 4C67A 4QR4A 5E9IA 5FE4A 5ENIA 4QUTA 5FE3A 5ENCA 3K2JA 5F61A 4O78A 3SVHA 2DWWA 4LRGA 2DVVA 4YATA 4CL9A 5F3AA 4RVRA 5EWVA 2GRCA 4YBTA 5HELA 2E3KA 5A82A 5HRWA 5F2PA 4C66A 3UVYA 4AKIA 5FBXA 5CGPA 2RNXA 4YYDA 2L84A 4QR5A 5EQ1A 4PY6A 4BW3A 4QSTA 4LDFA 4X2IA 3TLPA 4HBVA 5HQ7A 5COIA 5HQ6A 4HXPA 5C87A 3S91A 4YH3A 5I7YA 3SVFA 5EV9A 3QZTA 3P1EA 4BJXA 5LJ2A 4NUEA 1JSPB 4MR3A 1WUGA 2FSAA 4YYIA 4Z1SA 3HMHA 4A9OA 4IR4A 4YABA 5CFWA 3U5PA 4N4GA 5CQ8A 4LYWA 2R0SA 4Q0OA 4YBMA 5FG6A 5LKZA 4MR5A 5E0RA 3ZYUA 5TB6A 5C8GA 3JVLA 5I88A 5A5OA 1JM4B 5FE0A 5CPEA 2F6JA 5HJCA 3LQIA 4QSPA 5LJ0A 4NR7A 4A9EA 4CFKA 5H1UA 4CUTA 5DYAA 5FDZA 5ACYA 4UIZA 3G0LA 4QC1A 5G4RA 4BW4A 5CQTA 4IOOA 5A85A 4CUPA 4AKGA 3O37A 5F60A 4UIUA 5KTUA 5TCMA 5I40A 4O70A 4NXJA 4BW2A 2DVSA 3P5OA 3ONIA 5CRMA 5DKDA 4YY6A 4ZC9A 4N4IA 3UV5A 4O7AA 5KHMA 2L5EA 5L99A 5CUBA 4QUUA 4MR4A 5DFCA 4A9FA 2OUOA 5L96A 4UYGA 4A9MA 4MEOA 5F63A 4QNSA 4KCXA 3UW9A 4ZW1A 1WUMA 5A5PA 5HLSA 5LKTA 3D1DA 4TS8A 5C85A 5KTWA 2YYNA 4WIVA
chains in the Genus database with same CATH topology
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