The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.
Total Genus |
66
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sequence length |
209
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structure length |
185
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Chain Sequence |
QEMGTYLRFIVSRMKEVDVPTIQEKVNEGKYRSYEEFKADAQLLLHNTVIFYGADSEQADIARMLYKDTCHELDELQLCKNCFYLSNARPDNWFCYPCIPNHELVWAKMKGFGFWPAKVMQKEDNQVDVRFFGHHHQRAWIPSENIQDITVNIHRLHVKRSMGWKKACDELELHQRFLREGRFWK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.
After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.
publication title |
Crystal structure of human BS69 Bromo-ZnF-PWWP reveals its role in H3K36me3 nucleosome binding.
pubmed doi rcsb |
molecule keywords |
Zinc finger MYND domain-containing protein 11
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molecule tags |
Transcription regulator
|
source organism |
Homo sapiens
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total genus |
66
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structure length |
185
|
sequence length |
209
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ec nomenclature | |
pdb deposition date | 2013-11-28 |
chain | Pfam Accession Code | Pfam Family Identifier | Pfam Description |
---|---|---|---|
A | PF00439 | Bromodomain | Bromodomain |
A | PF00855 | PWWP | PWWP domain |
cath code
| Class | Architecture | Topology | Homology | Domain |
---|---|---|---|---|---|
Mainly Alpha | Up-down Bundle | Histone Acetyltransferase; Chain A | Bromodomain-like | ||
Mainly Beta | Roll | SH3 type barrels. | SH3 type barrels. |
#chains in the Genus database with same CATH superfamily 2YEL A; 4O72 A; 4A9N A; 2RJE A; 5LKX A; 5A5Q A; 3UV4 A; 2G4A A; 5DFD A; 3DWY A; 5FFY A; 3I3J A; 4IOQ A; 2R5A A; 3UVW A; 3LQJ A; 5DFC A; 4CUP A; 3U5K A; 5HQ7 A; 3NXB A; 4LYI A; 4CUS A; 3NTK A; 2HQX A; 2LDM A; 2P0K A; 3JVL A; 5LJ1 A; 4TT4 A; 5D3P A; 5HEM A; 2E5Q A; 2YDW A; 2R0V A; 2RHY A; 4BDY A; 2DWW A; 4LRG A; 3UVY A; 4MR3 A; 3OB9 A; 3DLM A; 5D3S A; 4QVZ A; 4LYS A; 4Z1Q A; 4E7K A; 3LX7 A; 3K2J A; 4NXJ A; 2YEK A; 3S92 A; 5F1L A; 3Q1J A; 2K3X A; 5L98 A; 4MEN A; 2D9T A; 4QYD A; 5F5Z A; 5KH6 A; 5IBN A; 3MUK A; 4XY8 A; 4YYJ A; 3OQ5 A; 3DAI A; 5EI4 A; 3OYE A; 4IR3 A; 3QII A; 3OS2 A; 2LSP B; 4MR4 A; 4QB3 A; 2YW5 A; 4NR6 A; 5A82 A; 2RI5 A; 2RHI A; 3L2W A; 4J1P A; 3HMF A; 5CRM A; 5CUD A; 5FG6 A; 3OYC A; 4BE0 A; 4XYA A; 5E9L A; 5F25 A; 5DW2 A; 2R5M A; 4IR5 A; 4HXO A; 4NR4 A; 5L8T A; 4YBS A; 3LQI A; 2H60 A; 4O70 A; 3LLR A; 1EQF A; 3UVX A; 5FBX A; 4RG2 A; 4CL9 A; 5J0D A; 1OYX A; 5CGP A; 3O33 A; 4CLB A; 5D0C A; 3OYM A; 5FH7 A; 5II1 A; 5A5R A; 2RJC A; 4QQD A; 5ACY A; 5DX4 A; 5ETB A; 5EPB A; 4YK0 A; 5DYX A; 3ASK A; 4UYD A; 2RJF A; 4B9W A; 5D26 A; 3P5O A; 2X4W A; 2R0S A; 5JWM A; 3GOX A; 5CUC A; 2FSA A; 4O7B A; 3F70 A; 3MUL A; 3MB3 A; 5HQ5 A; 4UIW A; 5EWW A; 4KV1 A; 5A5P A; 4NUE A; 5BT3 A; 4O74 A; 2D82 A; 5D6W A; 5EGU A; 5LVR A; 5E3G A; 5I80 A; 2M16 A; 5FE8 A; 5CUB A; 4Y03 A; 4MR5 A; 1OZ3 A; 2DAT A; 4NR9 A; 4OGI A; 4A9O A; 5I7Y A; 3MEV A; 3PMI A; 5FE9 A; 3E9G A; 2WP2 A; 5J39 A; 2MWO A; 4IUT A; 2YEM A; 2R58 A; 4O78 A; 4Z6H A; 2L5E A; 4QSR A; 4UIU A; 5FE3 A; 3P8H A; 3MQM A; 5C6S A; 3EAE A; 4NYW A; 5A81 A; 4YY6 A; 5L8U A; 5HFR A; 5EVA A; 1WUM A; 5D3T A; 4QNS A; 3OYK A; 3C4S A; 3P1C A; 3UW9 A; 1ZS5 A; 3U5N A; 2DVS A; 4RVR A; 3U5L A; 4HXN A; 4YC9 A; 5DY7 A; 4HBY A; 5E9I A; 4UIT A; 4O76 A; 4YAT A; 5D3L A; 5E7D A; 4NYV A; 5CUE A; 5HEL A; 5FE5 A; 4TZ8 A; 4C5G A; 3BDL A; 3ZYU A; 5E9M A; 5ENG A; 3KUF A; 3S91 A; 5LJ0 A; 5CY9 A; 4YYI A; 3H6Z A; 5JI8 A; 2R0Y A; 2N9G A; 5I88 A; 3DB4 A; 5KTW A; 1WJQ A; 5A83 A; 4YH4 A; 4O77 A; 2EQM A; 3OS0 A; 5ENH A; 4TTE A; 4L59 A; 3U5O A; 4C66 A; 4YBT A; 4PS5 A; 5KE3 A; 2YRV A; 4HXL A; 5IGN A; 3OMC A; 5FRM A; 4PLL A; 2RJD A; 1OZ2 A; 4OVA A; 2BIV A; 1JM4 B; 2DKW A; 4E7H A; 4NQN A; 4QQ6 A; 4B9X A; 4WIV A; 2RO0 A; 4CRI A; 3MP8 A; 4ZTJ A; 5C87 A; 2CKK A; 5CZG A; 4HCZ A; 3MEW A; 4QY4 A; 2QQR A; 4C67 A; 5KHM A; 4A9L A; 2OUO A; 5K29 A; 4XUB A; 3H8Z A; 2L8D A; 1N72 A; 1WGS A; 5AME A; 2D9E A; 5IAY A; 5EWV A; 4QSS A; 3LQH A; 4E7J A; 5I7X A; 2RFJ A; 5G4S A; 2R57 A; 4C5I A; 5EPR A; 5IGL A; 4UYF B; 5ENE A; 5CRZ A; 4IUV A; 2EQK A; 3LGL A; 4A4G A; 4YYD A; 2IG0 A; 3S3N A; 5HQ6 A; 5CQ3 A; 4AKN A; 3OS1 A; 5LVQ A; 2LTO A; 4O7F A; 3MB4 A; 5EU1 A; 3LJW A; 5HJC A; 5AD3 A; 2M1H A; 5DYA A; 5C0M A; 4A9F A; 4A4E A; 4HBX A; 4EDU A; 5IGK A; 3MEU A; 3LYI A; 3S6W A; 5D6Y A; 3HMH A; 4NYX A; 4LC2 A; 4OUF A; 1WUG A; 3OYH A; 4A9M A; 5E0R A; 4YAD A; 4J0S A; 3IU5 A; 4QR5 A; 5D7X A; 4CUQ A; 4UIY A; 5D3J A; 4GY5 A; 4PL6 A; 4LDF A; 5BT4 A; 2M0O A; 5C85 A; 4PCE A; 4NR7 A; 4QC3 A; 4TT2 A; 5EWD A; 5FFV A; 3Q2E A; 5TCM A; 4IUQ A; 5DLX A; 2FHD A; 4QW2 A; 4LZS A; 4UYH A; 5D25 A; 4N4I A; 2YQD A; 5I89 A; 3JVK A; 4A9H A; 5CIU A; 5DYU A; 4NS5 A; 2DAQ A; 5EWH A; 5I29 A; 5ENJ A; 3PFS A; 4BE1 A; 2RI7 A; 4HBW A; 5KE2 A; 3LXJ A; 3MXF A; 4X34 A; 4DON A; 3OYI A; 3AAD A; 5C4Q A; 2VYT A; 5F1H A; 4CFK A; 4YYK A; 3G0L A; 2MWP A; 4NQM A; 5FE2 A; 3OYD A; 3OYF A; 4LD6 A; 4UYG A; 5HRW A; 2F6N A; 1JSP B; 3ZEH A; 4TT6 A; 5HRX A; 4PCI A; 3MEA A; 4IR4 A; 4ALH A; 1N27 A; 5E9K A; 5DYC A; 5C7N A; 5L96 A; 1RI0 A; 2G3R A; 3L2V A; 4A9E A; 4J3I A; 2RHX A; 4PY6 A; 5DKD A; 4UYE A; 1WJS A; 3QKJ A; 5CFW A; 5FE1 A; 3L2U A; 2EQU A; 4LZ2 A; 3FEO A; 5ENB A; 5F62 A; 2E6N A; 2EKO A; 2XDP A; 2X4Y A; 5CQ8 A; 4LZR A; 3P8D A; 2HQE A; 5D3N A; 4BE2 A; 3GG3 A; 2RO1 A; 1XNI A; 4PLI A; 4O7E A; 2I8N A; 4NRA A; 5F63 A; 5BT5 A; 4IKF A; 4IOO A; 5II2 A; 5KU3 A; 4YY4 A; 5ETD A; 4NRC A; 3FLG A; 4HXP A; 4Z6I A; 4ZC9 A; 3OA6 A; 5A5O A; 2GFU A; 3CEY A; 4QUT A; 4YYM A; 3TLP A; 2RHZ A; 4UIV A; 3U5J A; 5KO4 A; 5CQ6 A; 4HXR A; 5CS8 A; 3O34 A; 1X0J A; 4F3I A; 5HRV A; 4KCX A; 3UVD A; 1KHC A; 5KCH A; 3SVF A; 4CUU A; 5LUU A; 5IID A; 3OYJ A; 5KTU A; 2O4X B; 5C8G A; 2K3Y A; 2MJV B; 4Q0N A; 3FKM X; 5KTX A; 5FG5 A; 4KV4 A; 4YAB A; 4QYL A; 4TS8 A; 4BW4 A; 3E9F A; 4QSU A; 4O7C A; 5E74 A; 1SSF A; 4UYF A; 4IUU A; 4N4G A; 4QSX A; 4QUU A; 2EFI A; 3M9Q A; 3RCW A; 4X2I A; 4IOR A; 3L2R A; 5I83 A; 1E6I A; 4UIX A; 2NLU A; 5FRO A; 5CQ5 A; 3AQA A; 2BKD N; 3D7C A; 3LGF A; 4MEQ A; 4QC1 A; 5LKT A; 3LH0 A; 5COI A; 3OYG A; 5E3D A; 4FL6 A; 3UV2 A; 2LVM A; 2RI2 A; 5EPS A; 5LKU A; 4YAX A; 4LR6 A; 5DKH A; 5CTL A; 2RHU A; 2DIG A; 2JZ2 A; 4GPJ A; 4N4H A; 2E7N A; 4A9I A; 2DIQ A; 5CUG A; 4ZQL A; 4IUP A; 4QSW A; 2WAC A; 4QQG A; 3QZT A; 4A9J A; 4TYL A; 2OO1 A; 2PQW A; 5ENI A; 5A5N A; 3Q2F A; 4N3W A; 4BHW A; 4TU6 A; 2LCC A; 3OYB A; 4BAC A; 3O8V A; 5CQ7 A; 5F60 A; 5CU8 A; 4MEP A; 5CUA A; 5DKC A; 5EM3 A; 2I7K A; 4ALG A; 2B8A A; 3S3O A; 5FFW A; 5G4R A; 4YYG A; 3QJ6 A; 4IUR A; 5F61 A; 5EK9 A; 4OGJ A; 2R10 A; 4FLP A; 5DLZ A; 4QBM A; 5LKZ A; 3SVH A; 5EP7 A; 4Z93 A; 4CUR A; 3O37 A; 2WP1 A; 5E9V A; 2RNY A; 5EA1 A; 4IR6 A; 5IGM A; 3MP6 A; 4NRB A; 2EQJ A; 5D6X A; 2BUD A; 5FE4 A; 4YBM A; 3U5M A; 4PTB A; 5A5S A; 5I86 A; 5L99 A; 5F3A A; 4C5E A; 4E7I A; 4C5H A; 4ZW1 A; 5CP5 A; 3O35 A; 5HFQ A; 3PNW C; 4YYN A; 4A4H A; 5FDZ A; 3SVG A; 3JVJ A; 5HEN A; 5FE0 A; 4Z02 A; 2RS9 B; 5F2P A; 4Z1S A; 3FC3 A; 5ENF A; 3UWN A; 5FG4 A; 5CPE A; 3NTI A; 4HXM A; 3O36 A; 5FE6 A; 2RNW A; 4NUC A; 2F5K A; 3JVM A; 2XK0 A; 2DVR A; 2L89 A; 3HME A; 3ONI A; 4QEU A; 5H1T A; 3S3M A; 4XUA A; 3QBY A; 5FH6 A; 4N4F A; 5HLS A; 2DVQ A; 4TU4 A; 5C89 A; 2QQS A; 5D3H A; 5TB6 A; 3L42 A; 3OY9 A; 4HBV A; 5EIC A; 4MR6 A; 4QR3 A; 5FB0 A; 4FU6 A; 4PKL A; 4QSP A; 3U5P A; 3P1E A; 5I1Q A; 3NTH A; 4BW3 A; 5IG6 A; 5FE7 A; 4WHU A; 2L84 A; 5FRN A; 5KCO A; 5CQT A; 5DFB A; 5H1U A; 4O7A A; 3MO8 A; 4BW2 A; 2E3K A; 3P1F A; 3SD4 A; 2DVV A; 3FDR A; 4YH3 A; 1WJR A; 5LJ2 A; 5A7C A; 1OI1 A; 4E7L A; 3G0J A; 5HCL A; 2RI3 A; 4NUD A; 3OMG A; 5E73 A; 4LYW A; 4BDZ A; 2O4X A; 3DB3 A; 4YYH A; 4TQN A; 2X4X A; 2GRC A; 4CFL A; 5IN1 A; 4QEV A; 4UIZ A; 3OYL A; 3MP1 A; 5DW1 A; 2F6J A; 5H1V A; 4J0R A; 5J26 A; 4HXS A; 1F68 A; 3OYN A; 3IU6 A; 5FB1 A; 3QZS A; 4BD3 A; 4QST A; 4QR4 A; 2GF7 A; 3P1D A; 5EV9 A; 5CQ4 A; 5HM0 A; 2E7O A; 5AD2 A; 2X35 A; 3QZV A; 4Q0O A; 4II1 A; 1H3Z A; 4WHW A; 4XY9 A; 1G5V A; 5E9Y A; 5AMF A; 4O75 A; 2YYN A; 5M9O A; 2LRQ A; 4QEW A; 5A85 A; 4Q5W A; 2RNX A; 4A9K A; 2NXB A; 2OSS A; 4HXK A; 5I40 A; 4TZ2 A; 4BJX A; 3PMT A; 3L2Q A; 3OYA A; 1MHN A; 4BW1 A; 4QSV A; 5D3R A; 5D24 A; 4MEO A; 5CQA A; 5F36 A; 5L97 A; 3UV5 A; 4QZS A; 3MET A; 4O71 A; 5ENC A; 5EWC A; 4A4F A; 4CUT A; 2L3R A; 4ZTF A; 4UC4 A; 4NR5 A; 4NR8 A; 5H85 A; 5FH8 A; 5DBM A; 3ME9 A; 3UT1 A; 5EIS A; 4E96 A; 2GFA A; 5EQ1 A; 2KTB B; 2L85 A; 4QSQ A; 2JTF A; #chains in the Genus database with same CATH topology 4N0A A; 3EFR A; 5LKX A; 4Z8A A; 1LNX A; 2CUB A; 2ZPI B; 2ENM A; 3I3J A; 4NL3 A; 3LQJ A; 2E5K A; 5DFC A; 4CUP A; 1Z9Z A; 3NXB A; 3NTK A; 1I81 A; 1H3H A; 2Y4Y A; 3TEE A; 2P0K A; 5LJ1 A; 2CP0 A; 4EMK A; 2JVV A; 3I56 T; 1NEB A; 1Y7X A; 2DWW A; 4J9E A; 4MR3 A; 2ZGW A; 1B3Q A; 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4YY6 A; 2ECZ A; 4Z89 A; 3INZ A; 1WUM A; 5D3T A; 5FU7 B; 2DVS A; 3U5L A; 4HXN A; 4YC9 A; 5E7D A; 4NYV A; 5A0G A; 1YHQ T; 1I5L A; 2PVG B; 5EG2 A; 2A7Y A; 1WIE A; 5LJ0 A; 2K2V A; 2HD0 A; 1K9M U; 2L3Q A; 2JTM A; 3CC4 Q; 2ABL A; 1V1C A; 3JCM J; 2MK5 A; 5A83 A; 4O77 A; 2EQM A; 2V1R A; 1OU8 A; 4TTE A; 4L59 A; 1TWB A; 4PS5 A; 5KE3 A; 3EFS A; 1VQ4 T; 4O6J A; 4M75 C; 2DRK A; 3OBY A; 2BIV A; 3VUB A; 1NJI U; 2YRD A; 4J5Y A; 4LDU A; 4NQN A; 4ZNX A; 2K6D A; 3MP8 A; 2FPD A; 4HCZ A; 1VQM Q; 5KHM A; 5K29 A; 2LX7 A; 2QXF A; 1UJY A; 2L8D A; 5AME A; 3BE3 A; 1Y0M A; 2RM4 A; 5CAI A; 5EWV A; 2VGN A; 4QSS A; 4DBH A; 3LQH A; 2JT4 A; 4YTL A; 1Q81 R; 2H3E B; 4C5I A; 2JXB A; 1KHI A; 1M27 C; 3RMQ A; 4UYF B; 3G7Z A; 1JXO A; 3V8L A; 3TRE A; 1WHJ A; 2ESW A; 1JU5 C; 4M75 A; 2YSQ A; 3OS1 A; 3MB4 A; 3HTR A; 3I5R A; 1VQP T; 5C0M A; 1YN8 A; 3GIB A; 4FYW B; 3CCQ Q; 2AT1 B; 5IGK A; 1VQO Q; 2CDT A; 3VS1 A; 4OUF A; 1YBY A; 1WUG A; 4AMC A; 4A9M A; 5E0R A; 2O9S A; 2XIC A; 4YAD A; 1WHG A; 3AT1 B; 5D7X A; 2NUP B; 1IRE B; 4PL6 A; 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