4BW3A

The first bromodomain of human brd4 in complex with 3,5 dimethylisoxaxole ligand
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transcription
molecule keywords BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 4
publication title Naphthyridines as Novel Bet Family Bromodomain Inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 41
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-06-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4bw3A01
4A9NA 4YH4A 3MB3A 3FKMX 5EI4A 5EA1A 5KTWA 5EVAA 4NS5A 4NYXA 4A9FA 5EWHA 5EGUA 5CUBA 3D7CA 5D24A 5I80A 5I88A 4O7AA 4IR6A 3MQMA 3JVMA 5D7XA 3JVKA 5FE5A 5DKDA 4YY6A 4NR4A 5D3NA 3UV5A 5LJ0A 3O37A 3O33A 4YADA 5CFWA 5L97A 4YATA 5I7YA 5FFYA 2FSAA 2L5EA 5E73A 5EWCA 5IGKA 4CFLA 3LXJA 4O71A 2L84A 5EU1A 4O74A 2DWWA 4NR8A 4HBVA 1JSPB 2YELA 4PS5A 4QEVA 2R0SA 3HMFA 1F68A 4QEWA 2KTBB 5LKUA 5CQ4A 3TLPA 4LYWA 5HJCA 4CUTA 5LKZA 5FH6A 2RS9B 4Z6HA 4XYAA 5D26A 4Z1SA 4YBTA 5DYAA 5EICA 4O75A 4MEQA 4YABA 2DVVA 2N9GA 5HCLA 4NUCA 1ZS5A 5CUDA 5E9IA 4QR5A 2RNWA 2MJVB 3HMHA 4O72A 5ENGA 4UIWA 4YBMA 3MXFA 5I89A 2NXBA 5HELA 4QEUA 4UIXA 3O36A 4QB3A 3UVWA 4UITA 5ETDA 5A5NA 5DFBA 4HXLA 1EQFA 4QZSA 4PTBA 5DKHA 4X2IA 5COIA 2E7NA 3JVLA 4A9LA 4YH3A 5ENCA 5A5RA 4Z93A 3UV4A 4J1PA 4QSTA 3GG3A 4J0RA 5F63A 5AMEA 5C85A 4TTEA 1WUGA 5EK9A 4UIUA 5ENEA 5E0RA 4UYFB 5E9VA 4QUUA 4NYVA 5HQ7A 3SVGA 5FE7A 4XUAA 5CGPA 4TU6A 5CQ8A 4N4FA 5DW2A 4MR6A 3UVXA 4E96A 5IBNA 5H85A 4LDFA 5DYCA 4NXJA 5CQ6A 4O77A 4A9HA 5L8TA 4N4HA 5I86A 2OSSA 4J3IA 5FFVA 4XUBA 2L85A 4O76A 2WP2A 4BHWA 3ZYUA 2E3KA 4NQNA 4YK0A 5HEMA 5CQ7A 4QSSA 5FG6A 4MEPA 4ZW1A 4ZC9A 5DW1A 5EV9A 4CUQA 3UVYA 5AD2A 5I40A 2RO1A 4CURA 3QZTA 5ACYA 4J0SA 5A5PA 5H1TA 3DWYA 4Y03A 3DAIA 5CUCA 5DBMA 5CRMA 5TCMA 4KCXA 4TZ2A 4MR5A 3JVJA 3AQAA 4Z1QA 4QSWA 3P1CA 3LQHA 5G4SA 5F25A 4C67A 3LQIA 5CS8A 5FH7A 5HRVA 4QYDA 4UYHA 5D3LA 5F1HA 5D3HA 4AKNA 5EWDA 4KV4A 5CPEA 4OGJA 5FE2A 5ENBA 5CZGA 4CUSA 5CP5A 4PCIA 4PKLA 5KO4A 3IU5A 5F36A 5CQAA 5HFQA 4HXPA 4YYJA 5LJ1A 4QSUA 4BJXA 5L99A 4NRAA 4HXKA 4O78A 5I83A 4YC9A 4KV1A 3MULA 5DYUA 5C87A 3SVHA 2H60A 5FG4A 5EQ1A 3MUKA 3K2JA 3U5LA 4TQNA 5EM3A 2F6JA 4XY8A 4QYLA 4O7EA 4A9MA 5F61A 4YYKA 4O7BA 5E9MA 5KTUA 5HRXA 4PCEA 5C7NA 5CUGA 4A9OA 4BW1A 5FE0A 4LRGA 4F3IA 3UV2A 4TU4A 4QSXA 4QC1A 4XY9A 4CLBA 5ENIA 5FE1A 4NR6A 3HMEA 2DVSA 4BW2A 3S91A 4MENA 4UYGA 3Q2FA 5CQ3A 4UYFA 5BT3A 5C8GA 2RFJA 2DVQA 4ALGA 4N4GA 5LKXA 5D3SA 2RI7A 3P5OA 5HENA 5II2A 4YYGA 4Z6IA 1N72A 5CUEA 4O7FA 5EWVA 5F62A 5ENFA 5HRWA 4IR4A 5TB6A 5G4RA 5A82A 3I3JA 1WUMA 4LR6A 5BT4A 5D3PA 3U5MA 3S92A 2D9EA 5CRZA 4LZ2A 2YQDA 5DLXA 4ZQLA 5E3GA 3UW9A 5LVRA 5E74A 4TS8A 4HXRA 4TT2A 5FE8A 3RCWA 4YYMA 4QR4A 5BT5A 5HQ6A 3SVFA 5II1A 5LJ2A 4PY6A 3P1FA 5FB0A 2E7OA 5DLZA 4BW3A 4TZ8A 5A5OA 2YDWA 5CUAA 1E6IA 2G4AA 5CTLA 5FB1A 4A9JA 5HLSA 3U5OA 5IGLA 5EISA 3LJWA 5A83A 4QR3A 5AD3A 5I1QA 5IIDA 5L8UA 4MR3A 2OO1A 3P1DA 4LC2A 5KTXA 5LKTA 3O34A 4N3WA 4IOOA 4ALHA 5EPBA 5A7CA 4NRCA 5IGMA 3ONIA 4A9EA 2RNYA 5HFRA 4LYIA 4N4IA 2LSPB 4Q0OA 2RNXA 3G0LA 4NR7A 5H1VA 4NYWA 5LUUA 5ETBA 4WHWA 5EP7A 4MEOA 4QUTA 4GPJA 3NXBA 5D3TA 5AMFA 5A85A 3UVDA 5J0DA 4NRBA 4O7CA 4HXNA 5JI8A 5EWWA 4YYDA 4CUUA 5D0CA 4O70A 4RVRA 5DYXA 4CL9A 4TYLA 4MR4A 5A5SA 5A5QA 5IG6A 5DKCA 4YY4A 4LZRA 5E9YA 5FE6A 3P1EA 3U5KA 5EPRA 5D3JA 4YYIA 5E3DA 5DX4A 2YEKA 1X0JA 5KHMA 4BW4A 2DKWA 4WHUA 4QC3A 5DY7A 5FBXA 5FE3A 4HXOA 5CU8A 3QZSA 5FH8A 4Q0NA 5IGNA 3AADA 4TT4A 4UIYA 5F2PA 5L98A 4UIVA 3QZVA 2R0YA 1JM4B 5CQTA 4IR5A 5EPSA 4HBYA 5FE4A 2DVRA 5DFCA 4IORA 4QSVA 4DONA 4NQMA 2R10A 5FG5A 3U5PA 2F6NA 4OGIA 5KU3A 4C66A 4FLPA 4IOQA 2DATA 4IR3A 5H1UA 2I7KA 4QSRA 3LQJA 2YYNA 4YYNA 3MB4A 3G0JA 4QBMA 4HBWA 4QY4A 5I7XA 2D82A 3U5JA 4UIZA 4LZSA 5ENJA 4NUDA 5FDZA 5CY9A 5F3AA 2R0VA 5FFWA 4A9IA 2GRCA 3O35A 4CFKA 5I29A 2YW5A 4LYSA 2YEMA 5F5ZA 5DFDA 5D3RA 5K29A 5F60A 4YYHA 5D25A 4NUEA 4QNSA 4NR9A 3IU6A 4UYEA 5FE9A 2I8NA 5HQ5A 4CUPA 4YBSA 5CQ5A 4QSQA 2WP1A 4A9KA 5ENHA 4WIVA 4HXSA 5JWMA 3U5NA 4NR5A 4UYDA 5A81A 5E7DA 3Q2EA 4TT6A 5E9KA 5C89A 4HBXA 4YAXA 5L96A 5C4QA 4OUFA 2OUOA 5F1LA 4QSPA 5HM0A 4HXMA 5E9LA 5LVQA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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