4BW3A

The first bromodomain of human brd4 in complex with 3,5 dimethylisoxaxole ligand
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 4
publication title Naphthyridines as Novel Bet Family Bromodomain Inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription
total genus 41
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-06-29

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4bw3A01
2DVQA 4UIYA 5FE0A 5LVRA 3P5OA 2YW5A 4HXKA 4O70A 5HCLA 5FH8A 4ALHA 4N4HA 3FKMX 4O78A 5EPBA 5C7NA 4TTEA 4O71A 2D82A 4UYFA 4O75A 4QSQA 4A9NA 5DYUA 5HENA 3UVDA 1F68A 5I1QA 5ENFA 2R0YA 4UIWA 3LQJA 5FE9A 1X0JA 5A5PA 5C85A 4ZQLA 2F6JA 3HMFA 5F2PA 4WIVA 2DATA 3P1FA 1E6IA 4BW4A 4O7CA 4UYFB 4HXNA 4CUQA 4QC1A 4XY8A 4N4FA 5A82A 5EISA 4HXPA 5HM0A 4BJXA 5D0CA 4NRCA 5HLSA 5E9LA 4NUEA 5DW2A 4NR7A 4CUPA 5CTLA 2L5EA 4HBYA 4NUDA 5KHMA 4Q0OA 4MENA 4Z93A 2L85A 5C8GA 4KV4A 4QR5A 5CZGA 5E3GA 5EU1A 4HXRA 2KTBB 5A5RA 2R10A 4LZSA 3UW9A 5F25A 5EWVA 5K29A 5F63A 3P1EA 3IU5A 3MULA 5TCMA 4TU6A 4N4GA 5TB6A 4HXOA 5ACYA 4OGIA 2LSPB 4QSTA 5E74A 5H1UA 5I7XA 5FH6A 5I40A 4X2IA 2YELA 4NYXA 4Z6IA 4OGJA 5EK9A 2GRCA 5CGPA 4QSVA 3MB4A 4A9HA 3ZYUA 2RNWA 4ALGA 4Z1SA 5LJ2A 3UV2A 4UITA 3LXJA 5LJ0A 3GG3A 4NR4A 4QSRA 4MEQA 4HBVA 5EGUA 3U5JA 4O74A 5CUAA 5ENCA 4CUUA 5DLXA 3HMEA 3Q2EA 4MR3A 3JVKA 4MR6A 4UIVA 4YC9A 5II1A 3U5OA 4A9LA 5KTXA 5EI4A 4NR6A 4YBSA 5LKXA 4J0RA 5BT3A 5II2A 4QEVA 4OUFA 5ENHA 4BW2A 4WHWA 4IR5A 4PCEA 5DKDA 4YADA 2WP1A 5CQ4A 4TT6A 4CFLA 2R0SA 3U5KA 5A81A 2RNXA 2E7OA 5CRZA 3O34A 5FE8A 2MJVB 5KTWA 5D24A 4LR6A 3QZTA 4NXJA 4TYLA 4A9EA 2E7NA 4QB3A 4YBMA 4YY4A 5FE2A 4E96A 4UYEA 4QC3A 5CQ8A 5FE6A 4FLPA 5AD3A 4C66A 5A5OA 4YH4A 4UIXA 5D25A 5ENGA 4LYSA 4NRBA 3U5MA 4IORA 5EICA 5CUCA 3UVYA 5HELA 4YYHA 4LZ2A 4XY9A 3Q2FA 4IR3A 4YYIA 4YK0A 4RVRA 5D3NA 4YBTA 4QEUA 3UV4A 2RFJA 3O35A 4TZ8A 5CY9A 4O77A 4YYGA 4KV1A 5F1LA 4QSWA 4A9JA 5KTUA 5LUUA 4O7EA 5FG5A 5L98A 5DBMA 3O37A 5CQTA 4O7AA 4IOQA 4KCXA 4YYKA 5A5SA 4LRGA 5FBXA 4Z6HA 4J1PA 2YDWA 1JSPB 5EWCA 4QSPA 4CUTA 3G0JA 5LKZA 5DYAA 5FDZA 5CPEA 4NYVA 4MEPA 2YEMA 4O7FA 2RNYA 2I7KA 5FH7A 2E3KA 3S92A 2G4AA 5F61A 4TT4A 4BW3A 4HXLA 4O76A 5IBNA 2RO1A 5EQ1A 4QUTA 4PY6A 5CQ3A 5CFWA 4YYJA 5I7YA 5EP7A 5CQ6A 5DFBA 5DKHA 5A7CA 3HMHA 5E7DA 5HJCA 5F36A 1N72A 2DVRA 4PCIA 5EM3A 4ZW1A 5DY7A 4UYDA 4N3WA 3QZVA 2FSAA 3JVJA 4QR3A 4CUSA 1WUMA 5H1TA 3S91A 5I88A 5EVAA 5FE3A 5HQ7A 3SVFA 4MR4A 4IOOA 4HBXA 3P1DA 3UVWA 4A9MA 5L97A 5DYXA 4LYIA 5E9YA 4TQNA 5DW1A 3O36A 5D3RA 2DVVA 5A5QA 4NUCA 5FG6A 2OSSA 4NQNA 4CL9A 5AMEA 3MUKA 5DKCA 5ETDA 5HFQA 4YH3A 5EA1A 5DX4A 5L99A 4QSSA 4YAXA 5CP5A 5F3AA 3UVXA 5KU3A 3IU6A 2F6NA 5C87A 3MQMA 4Z1QA 5HRXA 5CQAA 5CUEA 5FG4A 4XYAA 5IIDA 4HXSA 4QYLA 5FE1A 3O33A 4QBMA 5FB0A 4QY4A 5AMFA 4LC2A 5H1VA 3SVHA 5ENEA 4TT2A 5DFCA 5D26A 5FE5A 5F60A 5HRWA 5F1HA 2DKWA 2OUOA 4AKNA 4PTBA 5FE7A 1EQFA 5EPRA 5A85A 5COIA 5D7XA 3LJWA 4YY6A 5FFWA 3I3JA 4Q0NA 5C89A 5LKTA 4J3IA 4PS5A 5E9KA 3DWYA 3G0LA 4J0SA 5FB1A 5G4SA 2L84A 5A5NA 1WUGA 5HFRA 5A83A 5LVQA 5EWWA 5LJ1A 5IGNA 4HXMA 5HQ6A 4TS8A 4UYGA 4A9FA 5BT4A 2DWWA 5CQ5A 5IGKA 4HBWA 4PKLA 5E3DA 5HEMA 5ETBA 3MB3A 4IR6A 5E9VA 5ENJA 2R0VA 5CUGA 4QYDA 3RCWA 2YEKA 5FFYA 5CQ7A 5FE4A 3AADA 5HQ5A 5IGLA 5D3SA 3NXBA 3LQIA 5E9IA 5FFVA 5C4QA 1JM4B 4O7BA 5HRVA 4BHWA 3UV5A 4A9OA 4XUBA 4LZRA 4LDFA 2DVSA 5L8UA 4CURA 4NQMA 5IG6A 4ZC9A 3D7CA 5ENIA 4XUAA 4QEWA 5AD2A 4NS5A 5EWHA 4C67A 5F62A 5I29A 4YYDA 4YYMA 4QSXA 4UIUA 5D3JA 5D3HA 5EWDA 3MXFA 2H60A 4CFKA 4YATA 5G4RA 2D9EA 4LYWA 5F5ZA 5DYCA 4GPJA 4NR9A 2NXBA 4NYWA 4NRAA 5H85A 4CLBA 5EPSA 4DONA 5ENBA 5I89A 4TU4A 2I8NA 5D3TA 5LKUA 5E73A 5DFDA 5CRMA 5DLZA 3JVMA 5D3PA 2WP2A 2N9GA 5E9MA 4QUUA 4NR8A 4QZSA 4A9KA 5L96A 5CUDA 4YYNA 1ZS5A 4NR5A 4UYHA 4TZ2A 4O72A 3U5NA 4QR4A 4N4IA 3K2JA 4WHUA 5I83A 4IR4A 4YABA 5D3LA 5IGMA 3QZSA 5J0DA 2YQDA 2OO1A 2YYNA 4Y03A 4QNSA 5CU8A 5E0RA 5KO4A 4MEOA 5JWMA 3U5LA 3TLPA 5CS8A 3SVGA 2RS9B 4A9IA 4BW1A 5I86A 5L8TA 5EV9A 3U5PA 2RI7A 4QSUA 5JI8A 4UIZA 5I80A 4MR5A 3DAIA 3LQHA 5CUBA 3P1CA 3ONIA 4F3IA 3JVLA 3AQAA 5BT5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2DVQA 4UIYA 5FE0A 5LVRA 3P5OA 2YW5A 4HXKA 4O70A 5HCLA 5FH8A 4ALHA 4N4HA 3FKMX 4O78A 5EPBA 5C7NA 4TTEA 4O71A 2D82A 4UYFA 4O75A 4QSQA 4A9NA 5DYUA 5HENA 3UVDA 1F68A 5I1QA 5ENFA 2R0YA 4UIWA 3LQJA 5FE9A 1X0JA 5A5PA 5C85A 4ZQLA 2F6JA 3HMFA 5F2PA 4WIVA 2DATA 3P1FA 1E6IA 4BW4A 4O7CA 4UYFB 4HXNA 4CUQA 4QC1A 4XY8A 4N4FA 5A82A 5EISA 4HXPA 5HM0A 4BJXA 5D0CA 3D1BA 4NRCA 5HLSA 5E9LA 4NUEA 5DW2A 4NR7A 4CUPA 5CTLA 2L5EA 4HBYA 4NUDA 5KHMA 4Q0OA 4MENA 4Z93A 2L85A 5C8GA 4KV4A 4QR5A 5CZGA 5E3GA 5EU1A 4HXRA 2KTBB 5A5RA 2R10A 4LZSA 3UW9A 5F25A 5EWVA 5K29A 5F63A 3P1EA 3IU5A 3MULA 5TCMA 4TU6A 4N4GA 5TB6A 4HXOA 5ACYA 4OGIA 2LSPB 4QSTA 5E74A 5H1UA 5I7XA 5FH6A 5I40A 4X2IA 2YELA 4NYXA 4Z6IA 4OGJA 5EK9A 2GRCA 5CGPA 4QSVA 3MB4A 4A9HA 3ZYUA 2RNWA 4ALGA 4Z1SA 5LJ2A 3UV2A 4UITA 3LXJA 5LJ0A 3GG3A 4NR4A 4QSRA 4MEQA 4HBVA 5EGUA 3U5JA 4O74A 5CUAA 5ENCA 4CUUA 5DLXA 3HMEA 3Q2EA 4MR3A 3JVKA 4MR6A 4UIVA 4YC9A 5II1A 3U5OA 4A9LA 5KTXA 5EI4A 4NR6A 4YBSA 5LKXA 4J0RA 5BT3A 5II2A 4QEVA 4OUFA 5ENHA 4BW2A 4WHWA 4IR5A 4PCEA 5DKDA 4YADA 2WP1A 5CQ4A 4TT6A 4CFLA 2R0SA 3U5KA 5A81A 2RNXA 2E7OA 5CRZA 3O34A 5FE8A 2MJVB 5KTWA 5D24A 4LR6A 3QZTA 4NXJA 4TYLA 4A9EA 2E7NA 4QB3A 4YBMA 4YY4A 5FE2A 4E96A 4UYEA 4QC3A 5CQ8A 5FE6A 4FLPA 5AD3A 4C66A 5A5OA 4YH4A 4UIXA 5D25A 5ENGA 4LYSA 4NRBA 3U5MA 4IORA 5EICA 5CUCA 3UVYA 5HELA 4YYHA 4LZ2A 4XY9A 3Q2FA 4IR3A 4YYIA 4YK0A 4RVRA 5D3NA 4YBTA 4QEUA 3UV4A 2RFJA 3O35A 4TZ8A 5CY9A 4O77A 4YYGA 4KV1A 5F1LA 4QSWA 4A9JA 5KTUA 5LUUA 4O7EA 5FG5A 5L98A 5DBMA 3O37A 5CQTA 4O7AA 4IOQA 4KCXA 4YYKA 5A5SA 4LRGA 5FBXA 4Z6HA 4J1PA 2YDWA 1JSPB 5EWCA 4QSPA 4CUTA 3G0JA 5LKZA 5DYAA 5FDZA 5CPEA 4NYVA 4MEPA 2YEMA 4O7FA 2RNYA 2I7KA 5FH7A 2E3KA 3S92A 2G4AA 5F61A 4TT4A 4BW3A 4HXLA 4O76A 5IBNA 2RO1A 5EQ1A 4QUTA 4PY6A 5CQ3A 5CFWA 4YYJA 5I7YA 5EP7A 5CQ6A 5DFBA 5DKHA 5A7CA 3HMHA 5E7DA 5HJCA 5F36A 1PUOA 1N72A 2DVRA 4PCIA 5EM3A 4ZW1A 3VKGA 5DY7A 4UYDA 4N3WA 3QZVA 4AI6A 2FSAA 3JVJA 4QR3A 4CUSA 1WUMA 5H1TA 3S91A 5I88A 5EVAA 5FE3A 5HQ7A 3SVFA 4MR4A 4IOOA 4HBXA 3P1DA 3UVWA 4A9MA 5L97A 5DYXA 4LYIA 5E9YA 4TQNA 3ERRA 5DW1A 3O36A 5D3RA 2DVVA 5A5QA 4NUCA 5FG6A 2OSSA 4NQNA 4CL9A 5AMEA 3MUKA 5DKCA 5ETDA 5HFQA 4YH3A 5EA1A 5DX4A 5L99A 4QSSA 4YAXA 5CP5A 5F3AA 3UVXA 5KU3A 3IU6A 2F6NA 5C87A 3MQMA 4Z1QA 5HRXA 5CQAA 5CUEA 5FG4A 4XYAA 5IIDA 4HXSA 4QYLA 5FE1A 3O33A 4QBMA 5FB0A 4QY4A 5AMFA 4LC2A 5H1VA 3SVHA 5ENEA 4TT2A 5DFCA 5D26A 5FE5A 5F60A 5HRWA 5F1HA 2DKWA 2OUOA 4AKNA 1ZKRA 2EJNA 4PTBA 5FE7A 1EQFA 5EPRA 5A85A 5COIA 5D7XA 3LJWA 4YY6A 5FFWA 3I3JA 4Q0NA 5C89A 5LKTA 4J3IA 4PS5A 5E9KA 3DWYA 3G0LA 4J0SA 5FB1A 5G4SA 2L84A 5A5NA 1WUGA 5HFRA 5A83A 5LVQA 5EWWA 5LJ1A 5IGNA 4HXMA 5HQ6A 3VKHA 4TS8A 4UYGA 4A9FA 5BT4A 2DWWA 5CQ5A 5IGKA 4HBWA 4PKLA 5E3DA 5HEMA 5ETBA 3MB3A 4IR6A 5E9VA 5ENJA 2R0VA 5CUGA 4QYDA 3RCWA 2YEKA 5FFYA 5CQ7A 5FE4A 3AADA 5HQ5A 5IGLA 5D3SA 3NXBA 3LQIA 5E9IA 5FFVA 5C4QA 1JM4B 4O7BA 4AKIA 5HRVA 4BHWA 3UV5A 4A9OA 4XUBA 4LZRA 4LDFA 2DVSA 5L8UA 4CURA 4NQMA 5IG6A 4ZC9A 3D7CA 5ENIA 4XUAA 4QEWA 5AD2A 4NS5A 5EWHA 4C67A 5F62A 5I29A 4YYDA 4YYMA 4QSXA 4UIUA 5D3JA 5D3HA 5EWDA 3MXFA 2H60A 4CFKA 4YATA 4AKGA 5G4RA 2D9EA 4LYWA 5F5ZA 5DYCA 4GPJA 4NR9A 2NXBA 4NYWA 4NRAA 5H85A 4CLBA 5EPSA 4DONA 5ENBA 5I89A 4TU4A 2I8NA 5D3TA 5LKUA 5E73A 5DFDA 5CRMA 5DLZA 3JVMA 5D3PA 2WP2A 2N9GA 5E9MA 3D1DA 4QUUA 4NR8A 4QZSA 4A9KA 5L96A 5CUDA 4YYNA 1ZS5A 4UYHA 4NR5A 4TZ2A 4O72A 3U5NA 4QR4A 4N4IA 3K2JA 4WHUA 5I83A 4IR4A 4YABA 5D3LA 5IGMA 4AKHA 3QZSA 5J0DA 2YQDA 2OO1A 2YYNA 4Y03A 4QNSA 5CU8A 5E0RA 5KO4A 4MEOA 5JWMA 3U5LA 3TLPA 5CS8A 3SVGA 2RS9B 4A9IA 4BW1A 5I86A 5L8TA 5EV9A 3U5PA 2RI7A 4QSUA 5JI8A 4UIZA 5I80A 4MR5A 3DAIA 3LQHA 5CUBA 3P1CA 3ONIA 4F3IA 3JVLA 3AQAA 5BT5A
chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2DVQ A;  4UIY A;  5FE0 A;  5LVR A;  3P5O A;  2YW5 A;  4HXK A;  4O70 A;  5HCL A;  5FH8 A;  4ALH A;  4N4H A;  3FKM X;  4O78 A;  5EPB A;  5C7N A;  4TTE A;  4O71 A;  2D82 A;  4UYF A;  4O75 A;  4QSQ A;  4A9N A;  5DYU A;  5HEN A;  3UVD A;  1F68 A;  5I1Q A;  5ENF A;  2R0Y A;  4UIW A;  3LQJ A;  5FE9 A;  1X0J A;  5A5P A;  5C85 A;  4ZQL A;  2F6J A;  3HMF A;  5F2P A;  4WIV A;  2DAT A;  3P1F A;  1E6I A;  4BW4 A;  4O7C A;  4UYF B;  4HXN A;  4CUQ A;  4QC1 A;  4XY8 A;  4N4F A;  5A82 A;  5EIS A;  4HXP A;  5HM0 A;  4BJX A;  5D0C A;  4NRC A;  5HLS A;  5E9L A;  4NUE A;  5DW2 A;  4NR7 A;  4CUP A;  5CTL A;  2L5E A;  4HBY A;  4NUD A;  5KHM A;  4Q0O A;  4MEN A;  4Z93 A;  2L85 A;  5C8G A;  4KV4 A;  4QR5 A;  5CZG A;  5E3G A;  5EU1 A;  4HXR A;  2KTB B;  5A5R A;  2R10 A;  4LZS A;  3UW9 A;  5F25 A;  5EWV A;  5K29 A;  5F63 A;  3P1E A;  3IU5 A;  3MUL A;  5TCM A;  4TU6 A;  4N4G A;  5TB6 A;  4HXO A;  5ACY A;  4OGI A;  2LSP B;  4QST A;  5E74 A;  5H1U A;  5I7X A;  5FH6 A;  5I40 A;  4X2I A;  2YEL A;  4NYX A;  4Z6I A;  4OGJ A; 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