5HRXA

Crystal structure of the fifth bromodomain of human pb1 in complex with 1-butylisochromeno[3,4-c]pyrazol-5(2h)-one) compound
Total Genus 37
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
37
sequence length
110
structure length
110
Chain Sequence
YMTPMQQKLNEVYEAVKNYTDKRGRRLSAIFLRLPSRSELPDYYLTIKKPMDMEKIRSHMMANKYQDIDSMVEDFVMMFNNACTYNEPESLIYKDALVLHKVLLETRRDL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transcription
source organism Homo sapiens
publication title Discovery and Optimization of a Selective Ligand for the Switch/Sucrose Nonfermenting-Related Bromodomains of Polybromo Protein-1 by the Use of Virtual Screening and Hydration Analysis.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Protein polybromo-1
total genus 37
structure length 110
sequence length 110
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-01-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5hrxA00
3QZTA 4DONA 5AMFA 5E9VA 5FFVA 5FE1A 5JWMA 3MXFA 4LYIA 4NUCA 4NR8A 4ZW1A 4MR6A 3UV2A 5CUBA 2YEKA 4Z93A 4O7BA 4OGIA 5CPEA 4HXSA 5DYXA 5L97A 5CUEA 2E3KA 4CL9A 2RFJA 5L98A 4Y03A 5L8TA 2DVSA 5D3PA 3GG3A 5DW2A 2L85A 4O71A 5EGUA 4NR5A 3LQIA 5FE7A 4N4FA 5LKZA 3JVLA 4QYLA 5D3NA 4UIYA 5E7DA 5FH7A 5E0RA 5FE0A 4QSQA 5CP5A 5D26A 4QSXA 4YY6A 4HBXA 4LR6A 4O76A 5LUUA 5FH8A 3AADA 5DYAA 4LDFA 1WUMA 4O72A 5E73A 3SVFA 5EWVA 1X0JA 5FFYA 4XUBA 3TLPA 5A5PA 3DWYA 3P1DA 4TU4A 5E9KA 5HJCA 5FE4A 5A5RA 5CZGA 5CQ6A 5I88A 5I89A 4YYMA 5EISA 3O33A 3LQJA 3RCWA 5CFWA 3UVXA 4CURA 1ZS5A 4WHUA 4X2IA 4YYGA 5D3LA 4HXPA 5I80A 3DAIA 5LKXA 5CU8A 4KV1A 5EWWA 5CS8A 4YC9A 4A9HA 5E9MA 4IR6A 5AD2A 5D7XA 4HBVA 5EK9A 4XY8A 5D0CA 4HXLA 5DYCA 4MR5A 2R0YA 5KTUA 4TT6A 5EQ1A 5IIDA 5H1TA 4QEUA 5LKUA 5L99A 4O7EA 4YABA 2RNWA 5FE8A 3SVHA 4QR4A 4UIUA 5CUCA 5EPBA 3K2JA 4QZSA 5KTXA 1JM4B 3P1CA 4UIWA 3HMFA 4PCEA 5DFCA 4ALGA 5KTWA 4QUTA 5ENEA 3O34A 4A9IA 4A9EA 4MEPA 4KCXA 5CTLA 4LZSA 5EPSA 5FG5A 5HQ6A 2NXBA 3U5JA 4NQMA 4PTBA 5FE3A 4A9FA 4YYHA 4N4HA 2MJVB 5DKDA 4QEVA 5EPRA 5HELA 4LRGA 5FDZA 5CUAA 3P1FA 5KHMA 5EP7A 2RS9B 4BW3A 4NYXA 5HRVA 4YYIA 3P5OA 4QYDA 4YBSA 4Z6HA 5DLXA 2RI7A 3S91A 5C85A 4BHWA 4CFLA 5CQAA 4Z1SA 4YK0A 5K29A 5F25A 4HXKA 4WIVA 4QSSA 3AQAA 4PKLA 5FE9A 5CQ4A 5D3RA 5E3DA 4F3IA 4LZ2A 4QSPA 5FFWA 5LJ1A 2DVRA 4AKNA 4YYJA 4YH3A 5ACYA 2OO1A 4XYAA 4NRCA 2WP2A 3G0LA 4YYKA 5EVAA 1E6IA 4CUQA 5EWCA 5DX4A 5EICA 5I83A 5CY9A 5HEMA 4O78A 4LYSA 3U5LA 4N4GA 5CRZA 4HBYA 1JSPB 5EWDA 5FB1A 2N9GA 4NR6A 4IR3A 5CRMA 4A9JA 3I3JA 2F6JA 2L5EA 3JVKA 3UVDA 4NYVA 2I8NA 5I29A 5TB6A 5ENJA 5COIA 2H60A 5F2PA 5E9IA 5II1A 4IR4A 5ENBA 2YYNA 3UV4A 4PY6A 4N3WA 4UITA 4HXRA 5H1VA 5HENA 5I86A 5FG6A 4GPJA 2DVQA 4MENA 4UYFA 5ENGA 4MEOA 5EV9A 4UYGA 5F5ZA 4A9MA 5HQ5A 3MULA 4UYEA 3JVJA 4YBTA 4CUUA 5H1UA 5LKTA 5BT4A 4HBWA 3HMHA 5CUGA 4TT2A 5DW1A 4QR3A 4LZRA 4YAXA 2YEMA 5D3TA 3U5MA 3SVGA 5HRWA 5ENCA 5F62A 5II2A 4YADA 4TS8A 4QB3A 5F1LA 2G4AA 4PCIA 4YYNA 5F61A 5IBNA 4LYWA 5AMEA 2F6NA 5L96A 4IOQA 5CQ7A 2R10A 5G4RA 4NRAA 5I7YA 5D25A 5C87A 4IR5A 4QSTA 5KU3A 4NS5A 3ZYUA 4ZQLA 4CLBA 5IGKA 5BT5A 2YW5A 2KTBB 5A81A 4CUSA 5CGPA 3FKMX 4NR4A 4MEQA 4Z6IA 4QY4A 4NXJA 1EQFA 4TT4A 5LVRA 2L84A 4A9KA 2RNXA 4NR9A 4YH4A 5E9LA 3O36A 4BW1A 5A5NA 3D7CA 3P1EA 5C89A 4LC2A 3U5KA 3IU5A 5DBMA 5FH6A 3G0JA 2OSSA 5AD3A 4UYFB 5F63A 2E7NA 4O75A 5DFDA 5LVQA 4NYWA 4Q0OA 4RVRA 5HQ7A 5E74A 4QSWA 5DLZA 3UVWA 5HLSA 4MR4A 4C67A 3IU6A 4NQNA 4TZ8A 3MB3A 4ALHA 2YQDA 4HXMA 4NRBA 5EA1A 4YBMA 2RNYA 5F60A 2DVVA 5FG4A 4HXNA 5A7CA 4O7FA 5F36A 5D3JA 5DY7A 2DWWA 4J3IA 4UIVA 4YY4A 3JVMA 5HFQA 5CQ5A 4NUEA 3ONIA 3UW9A 3MQMA 4UYHA 5DFBA 5A85A 2OUOA 3Q2FA 5FE2A 5EI4A 4TZ2A 4MR3A 4TYLA 5E3GA 3UV5A 5C4QA 5LJ0A 4A9NA 3LXJA 2R0VA 2YELA 4XY9A 5EM3A 2YDWA 4A9OA 4OUFA 4QNSA 5HM0A 4ZC9A 4TQNA 4NR7A 3NXBA 4O77A 5J0DA 5FE5A 4QR5A 2LSPB 3Q2EA 5D24A 4A9LA 5I40A 3UVYA 5HRXA 4O74A 4UIZA 4QBMA 2I7KA 4N4IA 5F1HA 4O7AA 4QSRA 5A83A 5A5OA 5C7NA 4CUPA 4OGJA 4QSVA 4CFKA 4FLPA 5H85A 5A5QA 5BT3A 3LQHA 3U5OA 4YATA 5E9YA 4J0RA 2GRCA 4J0SA 1N72A 4TTEA 4QC3A 5ENIA 3O35A 2WP1A 5CUDA 4IOOA 2D82A 3LJWA 5TCMA 4J1PA 5IGLA 2R0SA 1WUGA 5EWHA 4UYDA 3O37A 3MB4A 5G4SA 5HCLA 5JI8A 4BW4A 5D3HA 5ETDA 2DKWA 5HFRA 5IG6A 5I1QA 4Z1QA 5L8UA 2RO1A 2FSAA 3U5PA 1F68A 3U5NA 5DYUA 4QEWA 5EU1A 3HMEA 5FBXA 4QUUA 5CQ3A 4O70A 5ETBA 5IGMA 5ENHA 5C8GA 5D3SA 5IGNA 5A5SA 4TU6A 4BW2A 3S92A 5ENFA 4QC1A 2D9EA 2E7OA 5F3AA 4HXOA 5FE6A 4KV4A 5KO4A 4C66A 5DKCA 5DKHA 4WHWA 3QZSA 5CQ8A 5I7XA 4XUAA 5FB0A 3MUKA 4IORA 4Q0NA 2DATA 5CQTA 4QSUA 4YYDA 4E96A 4CUTA 4O7CA 3QZVA 5A82A 4UIXA 4NUDA 4BJXA 4PS5A 5LJ2A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
3QZTA 4DONA 5AMFA 5E9VA 5FFVA 5FE1A 5JWMA 3MXFA 4LYIA 4NUCA 4NR8A 4ZW1A 4MR6A 3UV2A 5CUBA 2YEKA 4Z93A 4O7BA 4OGIA 5CPEA 4HXSA 5DYXA 5L97A 5CUEA 2E3KA 4CL9A 2RFJA 5L98A 4Y03A 5L8TA 2DVSA 5D3PA 3GG3A 5DW2A 2L85A 4O71A 5EGUA 4NR5A 3LQIA 5FE7A 4N4FA 5LKZA 3JVLA 4QYLA 5D3NA 4UIYA 5E7DA 5FH7A 5E0RA 5FE0A 4QSQA 5CP5A 5D26A 4QSXA 4YY6A 4HBXA 4LR6A 4O76A 5LUUA 5FH8A 3AADA 5DYAA 4LDFA 1WUMA 4O72A 5E73A 3SVFA 5EWVA 1X0JA 5FFYA 4XUBA 3TLPA 5A5PA 3DWYA 3P1DA 4TU4A 5E9KA 5HJCA 5FE4A 5A5RA 5CZGA 5CQ6A 5I88A 5I89A 4YYMA 5EISA 3O33A 3LQJA 3RCWA 5CFWA 3UVXA 4CURA 1ZS5A 4WHUA 4X2IA 4YYGA 5D3LA 4HXPA 5I80A 3DAIA 5LKXA 5CU8A 4KV1A 5EWWA 5CS8A 4YC9A 4A9HA 5E9MA 4IR6A 5AD2A 5D7XA 4HBVA 5EK9A 4XY8A 5D0CA 4HXLA 5DYCA 4MR5A 2R0YA 5KTUA 4TT6A 5EQ1A 5IIDA 5H1TA 4QEUA 5LKUA 5L99A 4O7EA 4YABA 2RNWA 5FE8A 3SVHA 4QR4A 4UIUA 5CUCA 5EPBA 3K2JA 4QZSA 5KTXA 1JM4B 3P1CA 4UIWA 3HMFA 4PCEA 5DFCA 4ALGA 5KTWA 4QUTA 5ENEA 3O34A 4A9IA 4A9EA 4MEPA 4KCXA 5CTLA 4LZSA 5EPSA 5FG5A 5HQ6A 2NXBA 3U5JA 4NQMA 4PTBA 5FE3A 4A9FA 4YYHA 4N4HA 2MJVB 5DKDA 4QEVA 5EPRA 5HELA 4LRGA 5FDZA 4AKIA 5CUAA 3P1FA 5KHMA 5EP7A 2RS9B 4BW3A 4NYXA 5HRVA 4YYIA 3P5OA 4QYDA 4YBSA 4Z6HA 5DLXA 2RI7A 3S91A 5C85A 4BHWA 4CFLA 5CQAA 4Z1SA 4YK0A 5K29A 5F25A 4HXKA 4WIVA 4QSSA 1ZKRA 3AQAA 4PKLA 5FE9A 5CQ4A 5D3RA 5E3DA 4F3IA 4LZ2A 4QSPA 5FFWA 5LJ1A 2DVRA 4AKNA 4YYJA 4YH3A 5ACYA 2OO1A 4XYAA 4NRCA 2WP2A 3G0LA 4YYKA 5EVAA 1E6IA 4CUQA 5EWCA 5DX4A 5EICA 5I83A 5CY9A 5HEMA 4O78A 4LYSA 3U5LA 4N4GA 5CRZA 4HBYA 1JSPB 5EWDA 5FB1A 2N9GA 4NR6A 4IR3A 5CRMA 4A9JA 3I3JA 2F6JA 2L5EA 3JVKA 3UVDA 4NYVA 2I8NA 5I29A 5TB6A 5ENJA 5COIA 2H60A 5F2PA 5E9IA 5II1A 4IR4A 5ENBA 2YYNA 4AKGA 3UV4A 4PY6A 2EJNA 4N3WA 4UITA 4HXRA 5H1VA 5HENA 5I86A 5FG6A 4GPJA 2DVQA 4MENA 4UYFA 5ENGA 4MEOA 5EV9A 4UYGA 5F5ZA 4A9MA 5HQ5A 3MULA 4UYEA 3JVJA 4YBTA 4CUUA 5H1UA 5LKTA 5BT4A 4HBWA 3HMHA 5CUGA 4TT2A 5DW1A 4QR3A 4LZRA 4YAXA 2YEMA 5D3TA 3U5MA 3SVGA 5HRWA 5ENCA 5F62A 5II2A 4YADA 4TS8A 4QB3A 5F1LA 2G4AA 4PCIA 4YYNA 5F61A 5IBNA 4LYWA 5AMEA 2F6NA 5L96A 4IOQA 5CQ7A 2R10A 5G4RA 4NRAA 5I7YA 5D25A 5C87A 4IR5A 4QSTA 5KU3A 4NS5A 3ZYUA 4ZQLA 4CLBA 5IGKA 5BT5A 2YW5A 3D1BA 3D1DA 2KTBB 5A81A 4CUSA 5CGPA 3FKMX 4NR4A 4MEQA 4Z6IA 4QY4A 4NXJA 1EQFA 4TT4A 5LVRA 2L84A 4A9KA 2RNXA 4NR9A 4YH4A 5E9LA 3O36A 4BW1A 5A5NA 3D7CA 3P1EA 5C89A 4LC2A 3U5KA 3IU5A 5DBMA 5FH6A 3G0JA 2OSSA 5AD3A 4UYFB 5F63A 2E7NA 4O75A 5DFDA 5LVQA 4NYWA 4Q0OA 4RVRA 5HQ7A 5E74A 1PUOA 4QSWA 5DLZA 3UVWA 5HLSA 4MR4A 4C67A 3ERRA 3IU6A 4NQNA 4TZ8A 3MB3A 4ALHA 2YQDA 4HXMA 4NRBA 5EA1A 4YBMA 2RNYA 5F60A 2DVVA 5FG4A 4HXNA 5A7CA 4O7FA 5F36A 5D3JA 5DY7A 2DWWA 4J3IA 4UIVA 4YY4A 3JVMA 5HFQA 5CQ5A 4NUEA 3ONIA 3UW9A 3MQMA 4UYHA 5DFBA 5A85A 2OUOA 3Q2FA 5FE2A 5EI4A 4TZ2A 4MR3A 4TYLA 5E3GA 3UV5A 5C4QA 5LJ0A 4A9NA 3LXJA 2R0VA 2YELA 4XY9A 5EM3A 2YDWA 4A9OA 4OUFA 4QNSA 5HM0A 4ZC9A 4TQNA 4NR7A 3NXBA 4O77A 5J0DA 5FE5A 4QR5A 2LSPB 3Q2EA 5D24A 4A9LA 5I40A 3UVYA 5HRXA 4O74A 4UIZA 4QBMA 2I7KA 4N4IA 5F1HA 4O7AA 3VKGA 4QSRA 5A83A 5A5OA 5C7NA 4CUPA 4OGJA 4QSVA 4CFKA 4FLPA 5H85A 5A5QA 5BT3A 3LQHA 3U5OA 4YATA 5E9YA 4J0RA 2GRCA 4J0SA 1N72A 4TTEA 4QC3A 5ENIA 3O35A 2WP1A 5CUDA 4IOOA 2D82A 3LJWA 5TCMA 4J1PA 5IGLA 2R0SA 1WUGA 5EWHA 4UYDA 3O37A 3MB4A 5G4SA 5HCLA 5JI8A 4BW4A 5D3HA 5ETDA 2DKWA 4AI6A 5HFRA 5IG6A 5I1QA 4Z1QA 5L8UA 2RO1A 2FSAA 3VKHA 3U5PA 1F68A 3U5NA 5DYUA 4QEWA 5EU1A 3HMEA 5FBXA 4QUUA 5CQ3A 4O70A 5ETBA 5IGMA 5ENHA 5C8GA 5D3SA 5IGNA 5A5SA 4TU6A 4BW2A 3S92A 5ENFA 4QC1A 2D9EA 2E7OA 5F3AA 4HXOA 5FE6A 4KV4A 5KO4A 4C66A 5DKCA 5DKHA 4WHWA 3QZSA 5CQ8A 5I7XA 4XUAA 5FB0A 3MUKA 4IORA 4Q0NA 2DATA 5CQTA 4QSUA 4YYDA 4E96A 4CUTA 4O7CA 3QZVA 5A82A 4UIXA 4NUDA 4BJXA 4PS5A 5LJ2A 4AKHA
chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
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