3IU6A

Crystal structure of the sixth bromodomain of human poly-bromodomain containing protein 1 (pb1)
Total Genus 55
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
55
sequence length
143
structure length
142
Chain Sequence
MNVTLLIQELIHNLFVSVMSHQDDEGRYSDSLAEIPAVDPNFPNKPPLTFDIIRKNVENNRYRRLDLFQEHMFEVLERARRMNRTDSEIYEDAVELQQFFIKIRDELCKNGEILLSPALSYTTKHLHNDVEKERKEKLPKEI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transcription
molecule keywords Protein polybromo-1
publication title Histone recognition and large-scale structural analysis of the human bromodomain family.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 55
structure length 142
sequence length 143
ec nomenclature
pdb deposition date 2009-08-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 3iu6A00
5E9YA 5E9IA 5IGMA 5ACYA 5EICA 3O33A 4TTEA 4YH3A 4TT2A 5F1HA 3UVXA 5I80A 5HFRA 5D3SA 5EA1A 5BT5A 4QR4A 2LSPB 5CU8A 4BJXA 5D0CA 5CUAA 2D82A 5FBXA 5HCLA 4MR5A 4E96A 5CPEA 4NYXA 3UV2A 4X2IA 5D25A 5ENBA 4J1PA 4UYFB 5EGUA 5C8GA 5HRWA 5I29A 5D3PA 4O70A 3SVHA 4Q0OA 4CUSA 5II2A 4YY4A 5JI8A 4NR4A 5KTXA 4YYKA 4QYDA 4MR6A 4QUTA 5E9VA 4C67A 5I83A 5EWHA 3UVDA 5E0RA 5DYXA 2RFJA 5L8UA 2H60A 3U5KA 5FG4A 5H1TA 4OGJA 5I89A 4QSQA 5D7XA 4BW1A 2KTBB 5CUCA 4N4HA 4UIXA 4HXLA 4QSVA 5DLZA 5A5NA 3TLPA 4OGIA 2R10A 5H1UA 4YY6A 1ZS5A 4HXSA 3LQJA 4UIUA 4TU6A 5I88A 5CUBA 5CS8A 2NXBA 5L8TA 4IOOA 4NQNA 2RI7A 4O7CA 5FH6A 4ALHA 5HQ7A 4WIVA 5C87A 4A9FA 3DWYA 2YELA 4UYHA 4A9LA 5ETBA 5CUEA 5FDZA 3P1CA 5CP5A 5I7XA 4UYGA 2D9EA 4BW3A 5FFVA 2RO1A 5D3HA 3GG3A 3O35A 4XUAA 3O36A 4UYEA 5CUDA 4NUDA 4CUPA 4O7BA 4YAXA 5DX4A 3U5MA 2YDWA 4N4GA 4XY8A 4YBTA 2YYNA 5L97A 4PKLA 2DWWA 4BHWA 1JM4B 2GRCA 4LZSA 5DKCA 4TS8A 5EI4A 5EWCA 5FFWA 4UYDA 4PCEA 5DFBA 5F63A 4LYWA 4QBMA 5FB1A 4AKNA 4A9IA 4QB3A 5EPSA 4O77A 4TU4A 4QSRA 5FG5A 2L84A 3UVYA 4YBSA 4YYJA 5D24A 4KV4A 5HRXA 5JWMA 4QC3A 4LZ2A 5FFYA 2G4AA 4YBMA 2DVRA 4LR6A 4RVRA 4UIYA 5DKHA 2OSSA 5DYUA 5EQ1A 4HXNA 5CZGA 5A83A 4C66A 4PCIA 5LKUA 5EV9A 5DW2A 4NYVA 4QUUA 3S91A 5COIA 4J3IA 4IORA 4QSUA 5BT4A 5HJCA 3RCWA 5A85A 5LVRA 4WHUA 2DATA 5IG6A 5I1QA 3MUKA 3HMEA 3P5OA 5AD3A 2DVVA 4J0SA 5H85A 4KCXA 4QEWA 3K2JA 4F3IA 4Z93A 5DFDA 5HEMA 5EWWA 5EU1A 4HXKA 4LZRA 5F60A 5AD2A 4NXJA 2N9GA 5CQ7A 2YQDA 5AMEA 5FB0A 5FE2A 5E74A 2R0SA 4PTBA 5ENHA 3UV5A 3JVJA 4IOQA 5LJ1A 4A9MA 2WP1A 5BT3A 4IR6A 4XY9A 3NXBA 5A5OA 3D7CA 5F62A 5HFQA 5DBMA 4YYDA 5E3DA 2DKWA 4CFKA 3U5JA 5DW1A 3UVWA 4NR8A 5CQ6A 4HBYA 5CQ4A 5IGLA 3UW9A 2YEMA 4QY4A 3ZYUA 5LJ0A 4QC1A 5EWDA 4TT4A 5CGPA 1F68A 3S92A 3Q2EA 4QSXA 5F61A 3MULA 4CUQA 3LXJA 3Q2FA 5I40A 2YEKA 4N4IA 4ZC9A 5C4QA 5CQAA 2L85A 5FH8A 4HXOA 5LUUA 4QSWA 4YATA 4ZW1A 2R0YA 5CQ8A 4CUUA 4XUBA 3MXFA 3P1FA 5DFCA 5ENEA 5CQ3A 5CFWA 5LJ2A 4MR4A 5FE7A 4O7FA 4UIZA 5D3RA 4Z6HA 5A5RA 5G4SA 4NR6A 4YYMA 4PY6A 4QSPA 3P1EA 5HLSA 4MR3A 5F25A 4O71A 4XYAA 4QSTA 5A81A 1WUMA 1X0JA 3JVKA 4UIVA 3HMHA 3JVLA 4LDFA 4UIWA 3IU6A 4IR5A 5CRMA 2E7NA 5D26A 4PS5A 4NR9A 4Z6IA 5C89A 2I7KA 1N72A 3DAIA 4BW2A 4QEVA 4ZQLA 5LKTA 3QZVA 4FLPA 5ENCA 4NQMA 5FH7A 4WHWA 4QEUA 5L99A 3ONIA 4NS5A 4TZ8A 2RNXA 5DLXA 2OUOA 5FE6A 3MQMA 1JSPB 4YADA 3P1DA 5C85A 3AADA 3FKMX 2YW5A 4NUCA 4YH4A 4IR3A 5HELA 4MEPA 4NRBA 5CQTA 4YYNA 5D3LA 4MEQA 5DY7A 4OUFA 4HXPA 4YABA 5HQ5A 4QZSA 4YC9A 4N3WA 4A9OA 3O34A 5CUGA 2MJVB 5TCMA 4N4FA 5II1A 3LQIA 3QZTA 5I86A 4HBXA 3U5NA 4NRAA 4LYSA 5FE4A 4HXRA 4O7AA 3MB3A 4ALGA 1E6IA 1WUGA 4A9NA 5FE9A 4Z1SA 2WP2A 5EWVA 5L98A 3U5OA 2RNYA 2FSAA 2DVSA 4A9EA 5EPBA 4O72A 4TT6A 3LJWA 5IGNA 4KV1A 4NR5A 5DKDA 4UITA 5C7NA 3O37A 4QSSA 1EQFA 5EISA 5FE1A 5G4RA 5I7YA 5ENJA 5KTWA 4YYGA 3UV4A 5IBNA 4MEOA 5EVAA 3U5LA 5DYCA 5A5PA 4DONA 4NUEA 3G0LA 3LQHA 5A5QA 4O75A 2RNWA 3SVFA 4HBVA 4CL9A 5EK9A 4HBWA 5FE8A 5F5ZA 5F2PA 4CLBA 4MENA 5KU3A 5D3JA 5KTUA 2OO1A 5HENA 4QNSA 5F1LA 4QR3A 4YK0A 4GPJA 2I8NA 5EM3A 2E7OA 5AMFA 5ENGA 2R0VA 2DVQA 4LYIA 4NR7A 4Z1QA 5EP7A 4Y03A 5HQ6A 5FG6A 5CQ5A 5J0DA 5E73A 5FE0A 4NRCA 5FE5A 4A9HA 5LKXA 5E9KA 4TZ2A 4J0RA 3I3JA 4O74A 4NYWA 5KHMA 5CRZA 5KO4A 5F36A 5ETDA 5K29A 5LVQA 4O78A 5A5SA 5HM0A 3G0JA 5FE3A 4UYFA 4Q0NA 4CFLA 5A82A 2L5EA 3QZSA 2RS9B 3AQAA 5F3AA 5E9MA 2E3KA 5ENFA 4CURA 4QYLA 3SVGA 5A7CA 3JVMA 4A9JA 3MB4A 2F6NA 4O7EA 5LKZA 4LRGA 5TB6A 4HXMA 5D3TA 4CUTA 4YYIA 5H1VA 5CTLA 4A9KA 5E7DA 4O76A 5DYAA 5D3NA 4TYLA 5IIDA 4YYHA 3HMFA 4IR4A 5CY9A 5ENIA 5E3GA 4QR5A 2F6JA 5E9LA 3U5PA 5EPRA 5IGKA 3IU5A 4BW4A 4LC2A 5L96A 4TQNA 5HRVA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5E9YA 5E9IA 5IGMA 5ACYA 5EICA 3O33A 4TTEA 4YH3A 4TT2A 5F1HA 3UVXA 5I80A 5HFRA 5D3SA 5EA1A 5BT5A 4QR4A 2LSPB 5CU8A 4BJXA 5D0CA 5CUAA 2D82A 5FBXA 5HCLA 3D1BA 4MR5A 4E96A 5CPEA 4NYXA 3UV2A 4X2IA 5D25A 5ENBA 4J1PA 4UYFB 5EGUA 5C8GA 5HRWA 5I29A 5D3PA 4O70A 3SVHA 4Q0OA 4CUSA 5II2A 4YY4A 5JI8A 4NR4A 5KTXA 4YYKA 4QYDA 4MR6A 4QUTA 5E9VA 4C67A 5I83A 5EWHA 3UVDA 5E0RA 5DYXA 2RFJA 5L8UA 2H60A 3U5KA 5FG4A 5H1TA 4OGJA 5I89A 4QSQA 5D7XA 4BW1A 2KTBB 5CUCA 4N4HA 4UIXA 4HXLA 4QSVA 5DLZA 5A5NA 3TLPA 4OGIA 2R10A 5H1UA 4YY6A 1ZS5A 4HXSA 3LQJA 4UIUA 4TU6A 5I88A 5CUBA 5CS8A 2NXBA 5L8TA 4IOOA 4NQNA 2RI7A 4O7CA 5FH6A 4ALHA 5HQ7A 4WIVA 5C87A 4A9FA 3DWYA 3ERRA 2YELA 4UYHA 4A9LA 5ETBA 5CUEA 1PUOA 5FDZA 3P1CA 5CP5A 5I7XA 4UYGA 2D9EA 4BW3A 5FFVA 2RO1A 5D3HA 3GG3A 3O35A 4XUAA 3O36A 4UYEA 5CUDA 4NUDA 4CUPA 4O7BA 4YAXA 5DX4A 3U5MA 2YDWA 4N4GA 4XY8A 4YBTA 2YYNA 5L97A 4PKLA 2DWWA 4BHWA 1JM4B 2GRCA 4LZSA 5DKCA 4TS8A 5EI4A 5EWCA 5FFWA 4UYDA 4PCEA 5DFBA 5F63A 4LYWA 4QBMA 5FB1A 4AKNA 4A9IA 4QB3A 5EPSA 4O77A 4TU4A 4QSRA 5FG5A 2L84A 3UVYA 4YBSA 4YYJA 5D24A 4KV4A 5HRXA 5JWMA 4QC3A 4LZ2A 5FFYA 2G4AA 4YBMA 2DVRA 4LR6A 4RVRA 4UIYA 5DKHA 2OSSA 5DYUA 5EQ1A 4HXNA 5CZGA 5A83A 4C66A 4PCIA 5LKUA 5EV9A 5DW2A 4NYVA 4QUUA 3S91A 5COIA 4J3IA 4IORA 4QSUA 5BT4A 5HJCA 3RCWA 5A85A 5LVRA 4WHUA 2DATA 5IG6A 5I1QA 3MUKA 3HMEA 3P5OA 5AD3A 2DVVA 4J0SA 5H85A 4KCXA 4QEWA 3K2JA 4F3IA 4Z93A 5DFDA 5HEMA 5EWWA 5EU1A 4HXKA 4LZRA 5F60A 5AD2A 4NXJA 2N9GA 5CQ7A 2YQDA 5AMEA 5FB0A 5FE2A 5E74A 2R0SA 4PTBA 5ENHA 3UV5A 3JVJA 4IOQA 5LJ1A 4A9MA 2WP1A 5BT3A 4IR6A 4XY9A 3NXBA 5A5OA 3D7CA 5F62A 5HFQA 5DBMA 4YYDA 5E3DA 2DKWA 4CFKA 3U5JA 5DW1A 3UVWA 4NR8A 5CQ6A 4HBYA 5CQ4A 5IGLA 3UW9A 2YEMA 4QY4A 3ZYUA 5LJ0A 4QC1A 5EWDA 4TT4A 3VKGA 5CGPA 1F68A 3S92A 3Q2EA 4QSXA 5F61A 3MULA 4CUQA 4AKIA 3LXJA 3Q2FA 5I40A 2YEKA 4N4IA 4ZC9A 5C4QA 5CQAA 2L85A 5FH8A 4HXOA 5LUUA 4QSWA 4YATA 4ZW1A 2R0YA 5CQ8A 4CUUA 4XUBA 3MXFA 3P1FA 5DFCA 5ENEA 5CQ3A 5CFWA 5LJ2A 4MR4A 5FE7A 4O7FA 4UIZA 5D3RA 4Z6HA 5A5RA 5G4SA 4NR6A 4YYMA 4PY6A 4QSPA 3P1EA 5HLSA 4MR3A 5F25A 4O71A 4XYAA 4QSTA 5A81A 1WUMA 1X0JA 3JVKA 4UIVA 3HMHA 3JVLA 4LDFA 4UIWA 3IU6A 4IR5A 5CRMA 4AI6A 2E7NA 5D26A 4PS5A 4NR9A 4Z6IA 5C89A 2I7KA 1N72A 3DAIA 4BW2A 4QEVA 4ZQLA 5LKTA 3QZVA 4FLPA 5ENCA 4NQMA 5FH7A 4WHWA 4QEUA 5L99A 3D1DA 3ONIA 4NS5A 4TZ8A 2RNXA 5DLXA 2OUOA 5FE6A 3MQMA 4AKGA 1JSPB 4YADA 3P1DA 5C85A 3AADA 3FKMX 2YW5A 4NUCA 3VKHA 4YH4A 4IR3A 5HELA 4MEPA 4NRBA 5CQTA 4YYNA 5D3LA 4MEQA 5DY7A 4OUFA 4HXPA 4YABA 5HQ5A 1ZKRA 4QZSA 4YC9A 4N3WA 4A9OA 3O34A 5CUGA 2MJVB 5TCMA 4N4FA 5II1A 3LQIA 3QZTA 5I86A 4HBXA 3U5NA 4NRAA 4LYSA 5FE4A 4HXRA 4O7AA 3MB3A 4ALGA 1E6IA 1WUGA 4A9NA 5FE9A 4Z1SA 2WP2A 5EWVA 5L98A 3U5OA 2RNYA 2FSAA 2DVSA 4A9EA 5EPBA 4O72A 4TT6A 4AKHA 3LJWA 5IGNA 4KV1A 4NR5A 5DKDA 4UITA 5C7NA 3O37A 4QSSA 1EQFA 5EISA 5FE1A 5G4RA 5I7YA 5ENJA 5KTWA 4YYGA 3UV4A 5IBNA 4MEOA 5EVAA 3U5LA 5DYCA 5A5PA 4DONA 4NUEA 3G0LA 3LQHA 5A5QA 4O75A 2RNWA 3SVFA 2EJNA 4HBVA 4CL9A 5EK9A 4HBWA 5FE8A 5F5ZA 5F2PA 4CLBA 4MENA 5KU3A 5D3JA 5KTUA 2OO1A 5HENA 4QNSA 5F1LA 4QR3A 4YK0A 4GPJA 2I8NA 5EM3A 2E7OA 5AMFA 5ENGA 2R0VA 2DVQA 4LYIA 4NR7A 4Z1QA 5EP7A 4Y03A 5HQ6A 5FG6A 5CQ5A 5J0DA 5E73A 5FE0A 4NRCA 5FE5A 4A9HA 5LKXA 5E9KA 4TZ2A 4J0RA 3I3JA 4O74A 4NYWA 5KHMA 5CRZA 5KO4A 5F36A 5ETDA 5K29A 5LVQA 4O78A 5A5SA 5HM0A 3G0JA 5FE3A 4UYFA 4Q0NA 4CFLA 5A82A 2L5EA 3QZSA 2RS9B 3AQAA 5F3AA 5E9MA 2E3KA 5ENFA 4CURA 4QYLA 3SVGA 5A7CA 3JVMA 4A9JA 3MB4A 2F6NA 4O7EA 5LKZA 4LRGA 5TB6A 4HXMA 5D3TA 4CUTA 4YYIA 5H1VA 5CTLA 4A9KA 5E7DA 4O76A 5DYAA 5D3NA 4TYLA 5IIDA 4YYHA 3HMFA 4IR4A 5CY9A 5ENIA 5E3GA 4QR5A 2F6JA 5E9LA 3U5PA 5EPRA 5IGKA 3IU5A 4BW4A 4LC2A 5L96A 4TQNA 5HRVA
chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5E9Y A;  5E9I A;  5IGM A;  5ACY A;  5EIC A;  3O33 A;  4TTE A;  4YH3 A;  4TT2 A;  5F1H A;  3UVX A;  5I80 A;  5HFR A;  5D3S A;  5EA1 A;  5BT5 A;  4QR4 A;  2LSP B;  5CU8 A;  4BJX A;  5D0C A;  5CUA A;  2D82 A;  5FBX A;  5HCL A;  4MR5 A;  4E96 A;  5CPE A;  4NYX A;  3UV2 A;  4X2I A;  5D25 A;  5ENB A;  4J1P A;  4UYF B;  5EGU A;  5C8G A;  5HRW A;  5I29 A;  5D3P A;  4O70 A;  3SVH A;  4Q0O A;  4CUS A;  5II2 A;  4YY4 A;  5JI8 A;  4NR4 A;  5KTX A;  4YYK A;  4QYD A;  4MR6 A;  4QUT A;  5E9V A;  4C67 A;  5I83 A;  5EWH A;  3UVD A;  5E0R A;  5DYX A;  2RFJ A;  5L8U A;  2H60 A;  3U5K A;  5FG4 A;  5H1T A;  4OGJ A;  5I89 A;  4QSQ A;  5D7X A;  4BW1 A;  2KTB B;  5CUC A;  4N4H A;  4UIX A;  4HXL A;  4QSV A;  5DLZ A;  5A5N A;  3TLP A;  4OGI A;  2R10 A;  5H1U A;  4YY6 A;  1ZS5 A;  4HXS A;  3LQJ A;  4UIU A;  4TU6 A;  5I88 A;  5CUB A;  5CS8 A;  2NXB A;  5L8T A;  4IOO A;  4NQN A;  2RI7 A;  4O7C A;  5FH6 A;  4ALH A;  5HQ7 A;  4WIV A;  5C87 A;  4A9F A;  3DWY A;  2YEL A;  4UYH A;  4A9L A;  5ETB A;  5CUE A;  5FDZ A;  3P1C A; 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