5TCMA

First bromodomain from leishmania donovani ldbpk.091320 complexed with bi-2536
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
116
structure length
116
Chain Sequence
YFQGYNEADVAALVRSLDRAEDHHIFAVDVLETYPYLAESYTKVCPRRCDLATAAQKALEGAYSYDLRLEGLKADIALMASNCVAYNGPTSAYAETAAKFERYALEQIDAFVLEHN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Unknown function
molecule keywords Uncharacterized protein
publication title First Bromodomain from Leishmania donovani LdBPK.091320 complexed with BI-2536
rcsb
source organism Leishmania donovani (strain bpk282a1)
total genus 43
structure length 116
sequence length 116
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-09-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5tcmA00
2N9GA 4LDFA 5FE1A 4CURA 5I88A 4MEQA 4YK0A 4ALGA 5FG6A 5DYCA 4UIWA 2R0VA 5D3NA 5IBNA 5EWWA 4MEPA 4PCIA 4Z1SA 4HBVA 5JWMA 4TTEA 3MULA 3FKMX 4NR6A 5HQ5A 5EWVA 4QSVA 4OGIA 5EISA 5L98A 5D3JA 4HXMA 5IIDA 3D7CA 4TT2A 5G4RA 3HMFA 5CU8A 5HQ7A 4AKNA 4YYGA 4TU6A 5ENIA 3O33A 4CUSA 4LZSA 5EICA 5C89A 5A5PA 4MEOA 3UVXA 3DWYA 2I7KA 4HXKA 5EWCA 5KTUA 2YQDA 5E0RA 4O7EA 4BW4A 4NR9A 5D26A 4WHUA 3U5PA 3O34A 4QSQA 4NUCA 5A7CA 4UYDA 3DAIA 2RNWA 5KTWA 4OGJA 3U5NA 4MR3A 3TLPA 5A82A 5LKZA 4IR4A 5E9IA 5F36A 5IGKA 3LQJA 4X2IA 3U5JA 3SVGA 1ZS5A 2R10A 4IR5A 5CQAA 5EGUA 4UIVA 4BW3A 4O70A 4NQMA 5AMFA 4UIUA 2YEMA 4HBXA 3K2JA 4A9JA 5D0CA 1JSPB 4PCEA 5ENEA 4YYHA 5DYAA 5F62A 4XUAA 5EI4A 4WHWA 5FE2A 5DBMA 4CUQA 4NUEA 5K29A 4IR6A 5FB0A 2L5EA 5HQ6A 4KV4A 1E6IA 5F25A 4N3WA 5EWDA 5D3SA 4KV1A 4QEWA 2GRCA 5A5RA 2RI7A 5ETBA 5FH8A 5A5NA 5D3TA 4E96A 2F6NA 4QC1A 5H85A 5I7YA 5ENCA 3HMHA 4YBMA 3SVFA 5A83A 4HXSA 4CFLA 2OO1A 4YYIA 1N72A 4TT6A 5EQ1A 5I1QA 5FE8A 4KCXA 4NXJA 5ENJA 2RNYA 4QBMA 5FG4A 5CQ4A 5E9LA 5CGPA 5F3AA 2DATA 5BT5A 4A9IA 2E3KA 4LZRA 2NXBA 4ZQLA 5DYXA 4O7AA 5ENFA 5KU3A 4C66A 4RVRA 5CQ5A 2DVVA 4BJXA 5CQ8A 5C8GA 3NXBA 5CRZA 5A5SA 5II1A 5EM3A 2DKWA 3UV2A 5E3GA 5CQ3A 5D7XA 4UIXA 4UYFA 4Z1QA 2L84A 5AD3A 5L97A 5LJ1A 5E3DA 5I80A 4UYEA 5I40A 3MXFA 4UYHA 4YY6A 4QC3A 4QR5A 5LKUA 5D3LA 4QUTA 4NYXA 3P1EA 5FBXA 5HRXA 3RCWA 1X0JA 4QR3A 4O75A 3JVJA 5CY9A 5CP5A 5DFDA 5CQ7A 5FH6A 4CLBA 2RNXA 4LRGA 3JVMA 4O71A 4LYIA 4GPJA 5A5OA 2DVQA 2D82A 5CQ6A 3SVHA 4QSXA 5CTLA 5LVRA 5DW1A 5ACYA 3IU6A 4O72A 5EA1A 4Q0OA 4ALHA 4YBSA 5HLSA 4NYWA 5CUDA 5CPEA 5F63A 4YYKA 3Q2EA 5DW2A 4O7FA 4CUTA 4YYJA 5CUCA 3O35A 5EPBA 5I7XA 5DY7A 4IOQA 5CQTA 2L85A 2YDWA 5E74A 3U5LA 5I89A 4PS5A 4DONA 4Z93A 3UV4A 3UVDA 4O78A 2DVRA 5LJ2A 3MUKA 4Z6HA 5BT4A 2WP2A 5IGLA 5CFWA 4XUBA 4O7CA 4A9LA 4LC2A 5C85A 1F68A 4QSUA 2OSSA 4A9OA 3O37A 5JI8A 4HXPA 3LXJA 2R0SA 3P1CA 4C67A 4MENA 5CUEA 5I29A 4QR4A 2YEKA 5EP7A 4LYSA 3MB4A 5TCMA 4IORA 5L99A 4UIYA 5DKCA 4YBTA 5FFVA 5ENBA 4A9KA 5F2PA 5FDZA 2I8NA 4N4GA 4QY4A 3MB3A 4BHWA 4YATA 5A5QA 4Q0NA 5HELA 5L8TA 4PTBA 2DVSA 5LUUA 4ZC9A 4NQNA 5FE4A 4PY6A 4F3IA 4YYNA 2RFJA 3IU5A 5F1LA 5D24A 4A9EA 4O7BA 5E9YA 5J0DA 5FFWA 2H60A 5HENA 3P5OA 3QZVA 4QSTA 3G0LA 1EQFA 5LVQA 4UITA 5F60A 3LQHA 4N4IA 5E7DA 4IOOA 4QSPA 4UYFB 4J1PA 5DLZA 3U5OA 2OUOA 4NS5A 5ETDA 4OUFA 5C87A 4QYLA 4QSWA 2E7NA 4TYLA 5L8UA 3AADA 5DLXA 2F6JA 5D3RA 4TS8A 5DKDA 5EV9A 5EWHA 5FE3A 4QZSA 4N4HA 4TU4A 5FE9A 4J0RA 5DFBA 5KO4A 5EVAA 4TZ2A 4Z6IA 5A85A 4CUUA 5CUBA 3UV5A 4CL9A 3JVKA 1WUMA 5E9VA 4A9FA 5C7NA 5H1UA 4QEVA 5E9MA 5LKXA 4XYAA 4QEUA 5IG6A 4BW2A 5HFRA 5DX4A 5AD2A 4YY4A 2YW5A 4O77A 4NYVA 5EU1A 2MJVB 5HRVA 5IGNA 5CS8A 4NR8A 3GG3A 4J3IA 5FH7A 5ENGA 5HCLA 5F1HA 3UVWA 5EPRA 5HJCA 1WUGA 3LJWA 5H1TA 4QUUA 5CUAA 4LR6A 5CUGA 3AQAA 4NR4A 4YC9A 4CUPA 5D3PA 3G0JA 4NRBA 5I83A 2E7OA 4HBWA 4O74A 4HXRA 4XY8A 4BW1A 5LKTA 5FE6A 4QNSA 5FE0A 4NUDA 2WP1A 2D9EA 3QZSA 5FFYA 4NRCA 3U5MA 5DFCA 5BT3A 4MR4A 3ONIA 5CZGA 2LSPB 4HXLA 2RS9B 4UIZA 4TZ8A 5A81A 3P1DA 5LJ0A 3P1FA 4HBYA 5G4SA 3I3JA 4CFKA 5FB1A 4J0SA 4NRAA 5FE7A 2G4AA 5COIA 3S92A 5I86A 4HXOA 5HFQA 3ZYUA 4Y03A 4YAXA 5DYUA 5L96A 5II2A 4QSRA 4QYDA 5HRWA 5IGMA 3O36A 3S91A 3Q2FA 2FSAA 2RO1A 5C4QA 5HM0A 4NR5A 4A9MA 4O76A 4UYGA 5E73A 1JM4B 4LZ2A 3LQIA 2KTBB 4PKLA 4YADA 5D25A 4TQNA 5D3HA 3HMEA 5KHMA 5AMEA 3MQMA 3UW9A 4TT4A 4YH4A 2DWWA 3UVYA 5H1VA 4QB3A 5EK9A 5KTXA 4MR6A 5ENHA 4YYMA 4IR3A 5E9KA 5DKHA 4QSSA 4ZW1A 4YYDA 2YYNA 4FLPA 4HXNA 4YABA 3JVLA 5TB6A 2YELA 5EPSA 4MR5A 4WIVA 5CRMA 4YH3A 4XY9A 5FE5A 3U5KA 4A9NA 4LYWA 5F5ZA 5F61A 4NR7A 4N4FA 2R0YA 3QZTA 4A9HA 5HEMA 5FG5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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 2N9G A;  4LDF A;  5FE1 A;  4CUR A;  5I88 A;  4MEQ A;  4YK0 A;  4ALG A;  5FG6 A;  5DYC A;  4UIW A;  2R0V A;  5D3N A;  5IBN A;  5EWW A;  4MEP A;  4PCI A;  4Z1S A;  4HBV A;  5JWM A;  4TTE A;  3MUL A;  3FKM X;  4NR6 A;  5HQ5 A;  5EWV A;  4QSV A;  4OGI A;  5EIS A;  5L98 A;  5D3J A;  4HXM A;  5IID A;  3D7C A;  4TT2 A;  5G4R A;  3HMF A;  5CU8 A;  5HQ7 A;  4AKN A;  4YYG A;  4TU6 A;  5ENI A;  3O33 A;  4CUS A;  4LZS A;  5EIC A;  5C89 A;  5A5P A;  4MEO A;  3UVX A;  3DWY A;  2I7K A;  4HXK A;  5EWC A;  5KTU A;  2YQD A;  5E0R A;  4O7E A;  4BW4 A;  4NR9 A;  5D26 A;  4WHU A;  3U5P A;  3O34 A;  4QSQ A;  4NUC A;  5A7C A;  4UYD A;  3DAI A;  2RNW A;  5KTW A;  4OGJ A;  3U5N A;  4MR3 A;  3TLP A;  5A82 A;  5LKZ A;  4IR4 A;  5E9I A;  5F36 A;  5IGK A;  3LQJ A;  4X2I A;  3U5J A;  3SVG A;  1ZS5 A;  2R10 A;  4IR5 A;  5CQA A;  5EGU A;  4UIV A;  4BW3 A;  4O70 A;  4NQM A;  5AMF A;  4UIU A;  2YEM A;  4HBX A;  3K2J A;  4A9J A;  5D0C A;  1JSP B;  4PCE A;  5ENE A;  4YYH A;  5DYA A;  5F62 A;  4XUA A;  5EI4 A;  4WHW A;  5FE2 A; 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