5EQ1A

Crystal structure of the human brpf1 bromodomain in complex with seed12
Total Genus 39
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
39
sequence length
112
structure length
112
Chain Sequence
MQLTPFLILLRKTLEQLQEKDTGNIFSEPVPLSEVPDYLDHIKKPMDFFTMKQNLEAYRYLNFDDFEEDFNLIVSNCLKYNAKDTIFYRAAVRLREQGGAVLRQARRQAEKM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Dna binding protein
molecule keywords Peregrin
publication title Twenty Crystal Structures of Bromodomain and PHD Finger Containing Protein 1 (BRPF1)/Ligand Complexes Reveal Conserved Binding Motifs and Rare Interactions.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 39
structure length 112
sequence length 112
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-11-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5eq1A00
5IGMA 4CUSA 4MEPA 4HXSA 4Y03A 4QC3A 5KTWA 5DKDA 4A9LA 4YAXA 4N4HA 5FE4A 5F63A 5LVRA 4X2IA 4N4GA 4HBXA 2E3KA 4MENA 4UYFB 5CUDA 5F62A 5FH8A 2FSAA 4OGIA 4LZ2A 4A9HA 5A5SA 3HMHA 5L8TA 4QSTA 5H1TA 5CQ5A 4UIUA 5D26A 5FFWA 3U5MA 4QSRA 4CFLA 5EWWA 2L84A 4NYXA 4KV4A 4O7AA 4MEOA 3P1DA 5CRZA 3O36A 5F5ZA 4OUFA 4ZC9A 5ENCA 4NXJA 5FE5A 5EGUA 4ZW1A 4NUCA 4WHWA 2RNYA 4NS5A 5FE2A 5DLXA 3JVKA 4LR6A 5DKCA 5FH6A 4LYWA 2DVRA 4QUUA 4MR4A 4Z6IA 4LZSA 4YATA 4CUUA 5HRVA 3SVFA 5I7XA 3DAIA 4CUPA 5IGKA 5CQ6A 3UW9A 4O7BA 5C7NA 4QSXA 5DFCA 3HMEA 4XY8A 1JM4B 4YBSA 4TU6A 3DWYA 4A9EA 5KTXA 3UVXA 5D7XA 5G4SA 5I40A 4O77A 2KTBB 4TTEA 4RVRA 4CFKA 5LJ1A 4KV1A 5E9VA 5FB1A 5DX4A 5FG5A 5ENFA 5HLSA 1X0JA 5IIDA 3P1CA 5DW1A 5I89A 5JI8A 3HMFA 5CQAA 4AKNA 4TU4A 4CUTA 3QZTA 5E9MA 5H85A 5ETDA 3O35A 2R0SA 5E7DA 3Q2FA 5BT4A 5JWMA 5CGPA 4CL9A 4NYWA 3O34A 5FE8A 1EQFA 5L96A 4UYHA 4LYIA 4YY6A 4QY4A 5CUGA 1F68A 5DLZA 4NR9A 5D25A 3O33A 3ZYUA 5LVQA 4Z1SA 5L99A 5H1UA 5COIA 5HRWA 3NXBA 4YYDA 3G0LA 4PCIA 3U5LA 4YABA 4O75A 5C8GA 2YW5A 3G0JA 4UIZA 5KU3A 5ENBA 4FLPA 5HEMA 1ZS5A 5KTUA 4J3IA 5D3TA 5FB0A 4J0RA 5EI4A 5DYAA 5I83A 4PY6A 4YYHA 2R10A 4IR3A 5CZGA 4A9NA 3D7CA 5I80A 2F6JA 5FG6A 5A83A 5LKZA 2OSSA 2YEKA 3JVJA 5HFRA 5DKHA 4HXMA 3UVYA 4OGJA 5C87A 2E7OA 4HXLA 5IGLA 4QEUA 3LQHA 3IU6A 5A85A 4UIXA 2RI7A 4QSQA 4TQNA 4QB3A 5CQ3A 5D3SA 4NRAA 5FDZA 5BT5A 4Z1QA 3IU5A 4MR5A 4BW4A 4A9MA 2RFJA 4HXOA 3JVLA 4HXRA 4TS8A 3AADA 2DVVA 4NUDA 5F1LA 4N4IA 2YYNA 5FE6A 3RCWA 5HCLA 4BW2A 4NYVA 2L5EA 4TT2A 3FKMX 4QSPA 5EV9A 4HXNA 4BW3A 5EWCA 4UIVA 4KCXA 4UYDA 4HBWA 4MR3A 5II1A 5F36A 2F6NA 5F3AA 3U5JA 5LKUA 2RO1A 5D3LA 3QZVA 4O71A 5E3GA 4O7CA 4YY4A 5EK9A 4LC2A 3GG3A 5DYCA 2L85A 5ENJA 4YYNA 4TYLA 5HENA 4NUEA 5EU1A 5E74A 5A5OA 2YDWA 4LZRA 5ENEA 4UIWA 5EICA 5FH7A 4NQNA 4BHWA 4QYDA 2N9GA 4A9KA 5EWDA 5F60A 5A7CA 5A5PA 2GRCA 4QYLA 5E9LA 4QR3A 5E3DA 2I7KA 3ONIA 5FE0A 4IOOA 5EP7A 4QSUA 5E9IA 4YYKA 5KO4A 4J0SA 5ACYA 4A9FA 3QZSA 5C4QA 3SVGA 4BW1A 4NR5A 5EM3A 5F2PA 5HELA 5HJCA 4QSSA 5FBXA 4QR5A 4A9IA 4YBTA 5A5RA 5CQ7A 4TZ8A 4Z6HA 5EPRA 5A5NA 4UIYA 5CQ4A 4QBMA 5CUCA 5CFWA 3S92A 5L97A 3MQMA 5HRXA 4YH4A 4IR6A 2G4AA 4UYEA 4YADA 5HQ6A 1JSPB 5LKXA 2H60A 3MXFA 4QR4A 4C66A 3LJWA 4MEQA 5I86A 3MUKA 4TZ2A 5EWVA 5AD2A 2DVQA 5CUEA 2YELA 4ALGA 5DW2A 2YQDA 5I7YA 5IGNA 3SVHA 4YYGA 1E6IA 4O7EA 4DONA 5I88A 5AD3A 2DATA 1WUGA 5A5QA 2E7NA 2RNWA 5C85A 2R0YA 2YEMA 5EVAA 5EWHA 5CPEA 4NR6A 4QUTA 5CQ8A 4YK0A 5CUBA 4A9OA 5F61A 5CTLA 4NR7A 4YH3A 3O37A 5A82A 3Q2EA 4HXPA 5LJ2A 5DY7A 4UYFA 5I29A 4HBYA 4O72A 5D3JA 2OUOA 3MB3A 4TT4A 4Q0NA 2OO1A 5DYXA 4PCEA 2NXBA 5ENGA 4A9JA 4GPJA 4YYMA 4WIVA 4PTBA 3UV4A 4ALHA 3MULA 4LRGA 4PKLA 2MJVB 4QNSA 2DWWA 4BJXA 5CS8A 5DFBA 2DVSA 4CLBA 4IR4A 3U5PA 5D3NA 3P5OA 3K2JA 5F1HA 4PS5A 5HFQA 4NQMA 3UVWA 4IORA 4NRBA 1N72A 5FG4A 5FE3A 5FE1A 5FFVA 4CUQA 4QEVA 5G4RA 4XYAA 3UV5A 5D3PA 4O78A 3MB4A 5AMFA 5E73A 4YYIA 4LDFA 5D24A 5D3HA 5CU8A 5AMEA 4IR5A 4QZSA 5K29A 5DFDA 3UV2A 5TB6A 4NR4A 2LSPB 3U5KA 3I3JA 5E0RA 5DBMA 4O7FA 5D0CA 4NRCA 5IG6A 2D82A 5FFYA 4HBVA 4O76A 5ENHA 5L8UA 3U5NA 4UYGA 2WP2A 4YC9A 5I1QA 4F3IA 5DYUA 4HXKA 5CP5A 4WHUA 4IOQA 5EA1A 2R0VA 5E9KA 4N3WA 3S91A 4C67A 4XUAA 4E96A 4YBMA 5C89A 5CY9A 3LQIA 5F25A 4Q0OA 4XUBA 5HQ7A 5FE7A 3LXJA 3UVDA 2RNXA 5EQ1A 2DKWA 5TCMA 5EPSA 4CURA 5FE9A 5KHMA 4J1PA 5L98A 3P1EA 4ZQLA 5EISA 3U5OA 5HQ5A 5LJ0A 2WP1A 4O70A 3TLPA 2D9EA 5HM0A 5CRMA 5LKTA 4Z93A 5LUUA 4QSWA 5CQTA 5IBNA 4QEWA 4LYSA 5A81A 4YYJA 5D3RA 4XY9A 4MR6A 3LQJA 4QC1A 5CUAA 4TT6A 4UITA 3JVMA 5ENIA 5BT3A 5E9YA 5J0DA 2I8NA 5H1VA 5ETBA 3AQAA 4O74A 5EPBA 4N4FA 4NR8A 1WUMA 5II2A 4QSVA 2RS9B 3P1FA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5IGMA 4CUSA 4MEPA 4HXSA 4Y03A 4QC3A 5KTWA 5DKDA 4A9LA 4YAXA 4N4HA 5FE4A 5F63A 5LVRA 4X2IA 4N4GA 4HBXA 2E3KA 3VKGA 4MENA 4UYFB 5CUDA 5F62A 5FH8A 2FSAA 4OGIA 4LZ2A 4A9HA 5A5SA 3HMHA 5L8TA 4QSTA 5H1TA 5CQ5A 4UIUA 5D26A 5FFWA 4AKHA 3U5MA 4QSRA 4CFLA 5EWWA 2L84A 4NYXA 4KV4A 4O7AA 4MEOA 3P1DA 5CRZA 3O36A 5F5ZA 4OUFA 4ZC9A 5ENCA 4NXJA 5FE5A 5EGUA 4ZW1A 4NUCA 4WHWA 2RNYA 4NS5A 5FE2A 5DLXA 3JVKA 4LR6A 5DKCA 5FH6A 4LYWA 2DVRA 4QUUA 4MR4A 4Z6IA 4LZSA 4YATA 4CUUA 5HRVA 3SVFA 5I7XA 3DAIA 4CUPA 5IGKA 5CQ6A 3UW9A 4O7BA 5C7NA 4QSXA 5DFCA 3HMEA 4XY8A 1JM4B 4YBSA 4TU6A 3DWYA 4A9EA 5KTXA 3UVXA 5D7XA 5G4SA 5I40A 4O77A 2KTBB 4TTEA 2EJNA 4RVRA 4CFKA 1PUOA 5LJ1A 4KV1A 5E9VA 5FB1A 5DX4A 5FG5A 5ENFA 5HLSA 1X0JA 5IIDA 3P1CA 5DW1A 5I89A 5JI8A 3HMFA 5CQAA 4AKNA 4TU4A 4CUTA 3QZTA 5E9MA 5H85A 5ETDA 3O35A 2R0SA 5E7DA 3Q2FA 5BT4A 5JWMA 5CGPA 4CL9A 4NYWA 3O34A 5FE8A 1EQFA 5L96A 4UYHA 4LYIA 4YY6A 4QY4A 5CUGA 1F68A 5DLZA 4NR9A 5D25A 3O33A 3ZYUA 5LVQA 4Z1SA 5L99A 5H1UA 5COIA 5HRWA 3NXBA 4YYDA 3G0LA 4PCIA 3U5LA 4YABA 4O75A 5C8GA 2YW5A 3G0JA 4UIZA 5KU3A 5ENBA 4FLPA 5HEMA 1ZS5A 5KTUA 4J3IA 5D3TA 5FB0A 4J0RA 5EI4A 5DYAA 5I83A 4PY6A 4YYHA 2R10A 4IR3A 5CZGA 4A9NA 3D7CA 5I80A 4AKGA 2F6JA 5FG6A 5A83A 5LKZA 2OSSA 2YEKA 3ERRA 3JVJA 5DKHA 5HFRA 4HXMA 3UVYA 4OGJA 5C87A 2E7OA 4HXLA 5IGLA 4QEUA 3LQHA 3IU6A 5A85A 4UIXA 2RI7A 4QSQA 4TQNA 4QB3A 5CQ3A 5D3SA 4NRAA 5FDZA 5BT5A 4Z1QA 3IU5A 4MR5A 4BW4A 4A9MA 2RFJA 4HXOA 3JVLA 4HXRA 4TS8A 3AADA 2DVVA 4NUDA 5F1LA 4N4IA 2YYNA 5FE6A 3RCWA 5HCLA 4BW2A 4NYVA 2L5EA 4TT2A 3FKMX 4QSPA 5EV9A 4HXNA 4BW3A 5EWCA 4UIVA 4KCXA 4UYDA 4HBWA 4MR3A 5II1A 5F36A 2F6NA 5F3AA 3U5JA 5LKUA 2RO1A 5D3LA 3QZVA 4O71A 5E3GA 4O7CA 4YY4A 5EK9A 4LC2A 3GG3A 5DYCA 2L85A 5ENJA 4YYNA 4TYLA 5HENA 4NUEA 5EU1A 5E74A 4AKIA 5A5OA 2YDWA 4LZRA 5ENEA 4UIWA 5EICA 5FH7A 4NQNA 3VKHA 4BHWA 4QYDA 2N9GA 4A9KA 5EWDA 5F60A 5A7CA 5A5PA 2GRCA 4QYLA 5E9LA 4QR3A 5E3DA 2I7KA 3ONIA 5FE0A 4IOOA 5EP7A 4QSUA 5E9IA 4YYKA 5KO4A 4J0SA 3D1BA 5ACYA 4A9FA 3QZSA 5C4QA 3SVGA 4BW1A 4NR5A 5EM3A 5F2PA 5HELA 5HJCA 4QSSA 5FBXA 4QR5A 4A9IA 4YBTA 5A5RA 5CQ7A 4TZ8A 4Z6HA 5EPRA 5A5NA 4UIYA 5CQ4A 4QBMA 5CUCA 5CFWA 3S92A 5L97A 3MQMA 5HRXA 4YH4A 4IR6A 2G4AA 4UYEA 4YADA 5HQ6A 1JSPB 5LKXA 2H60A 3MXFA 4QR4A 4C66A 3LJWA 4MEQA 5I86A 3MUKA 4TZ2A 5EWVA 5AD2A 2DVQA 5CUEA 2YELA 4ALGA 5DW2A 2YQDA 5I7YA 5IGNA 3SVHA 4YYGA 1E6IA 4O7EA 4DONA 5I88A 5AD3A 2DATA 1WUGA 5A5QA 2E7NA 2RNWA 5C85A 2R0YA 2YEMA 5EVAA 5EWHA 5CPEA 4NR6A 4QUTA 5CQ8A 4YK0A 5CUBA 4A9OA 5F61A 5CTLA 4NR7A 4YH3A 3O37A 5A82A 3Q2EA 4HXPA 5LJ2A 5DY7A 1ZKRA 4UYFA 5I29A 4HBYA 4O72A 5D3JA 2OUOA 3MB3A 4TT4A 4Q0NA 2OO1A 5DYXA 4PCEA 2NXBA 5ENGA 4A9JA 4GPJA 4YYMA 4WIVA 4PTBA 3UV4A 4ALHA 3MULA 4LRGA 4PKLA 2MJVB 4QNSA 2DWWA 4BJXA 5CS8A 5DFBA 2DVSA 4CLBA 4IR4A 3U5PA 5D3NA 3P5OA 3K2JA 5F1HA 4PS5A 5HFQA 4NQMA 3UVWA 4IORA 4NRBA 1N72A 5FG4A 5FE3A 5FE1A 5FFVA 4CUQA 4QEVA 5G4RA 4XYAA 3UV5A 5D3PA 4O78A 3MB4A 5AMFA 5E73A 4YYIA 4LDFA 5D24A 5D3HA 5CU8A 5AMEA 4IR5A 4QZSA 5K29A 5DFDA 3UV2A 5TB6A 4NR4A 2LSPB 3U5KA 3I3JA 5E0RA 5DBMA 4O7FA 5D0CA 4NRCA 5IG6A 2D82A 5FFYA 4HBVA 4O76A 5ENHA 5L8UA 3U5NA 4UYGA 2WP2A 4YC9A 5I1QA 3D1DA 4F3IA 5DYUA 4HXKA 5CP5A 4WHUA 4IOQA 5EA1A 2R0VA 5E9KA 4N3WA 3S91A 4C67A 4XUAA 4E96A 4YBMA 5C89A 5CY9A 3LQIA 5F25A 4Q0OA 4XUBA 5HQ7A 5FE7A 3LXJA 3UVDA 2RNXA 5EQ1A 2DKWA 5TCMA 5EPSA 4CURA 5FE9A 5KHMA 4J1PA 5L98A 3P1EA 4ZQLA 5EISA 3U5OA 5HQ5A 5LJ0A 2WP1A 4O70A 3TLPA 2D9EA 5HM0A 5CRMA 5LKTA 4Z93A 5LUUA 4QSWA 5CQTA 5IBNA 4QEWA 4LYSA 5A81A 4YYJA 5D3RA 4XY9A 4MR6A 3LQJA 4QC1A 5CUAA 4TT6A 4UITA 3JVMA 5ENIA 5BT3A 5E9YA 5J0DA 2I8NA 4AI6A 5H1VA 5ETBA 3AQAA 4O74A 5EPBA 4N4FA 4NR8A 1WUMA 5II2A 4QSVA 2RS9B 3P1FA
chains in the Genus database with same CATH topology
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