2D9EA

Solution structure of the bromodomain of peregrin
Total Genus 27
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
27
sequence length
121
structure length
121
Chain Sequence
GSSGSSGFLILLRKTLEQLQEKDTGNIFSEPVPLSEVPDYLDHIKKPMDFFTMKQNLEAYRYLNFDDFEEDFNLIVSNCLKYNAKDTIFYRAAVRLREQGGAVLRQARRQAEKMGSGPSSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transcription
source organism Homo sapiens
publication title Solution structure of the Bromodomain of Peregrin
rcsb
molecule keywords Peregrin
total genus 27
structure length 121
sequence length 121
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-12-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 2d9eA00
4MR6A 5D0CA 4MR3A 5A5SA 5CPEA 4Z93A 2YELA 4MEPA 5HEMA 3UV5A 3O37A 5F1HA 4UIYA 3QZTA 4QC1A 4Q0OA 4YBSA 4CFLA 4RVRA 5CUEA 2WP1A 4QSRA 5EQ1A 4BJXA 5HRVA 4O70A 4HXRA 5FE3A 5DFDA 4HBXA 2L5EA 5HCLA 5HM0A 5BT5A 4O78A 3HMFA 2RFJA 5II2A 5ENJA 5FE0A 4IR6A 4WHUA 4X2IA 3P1EA 4O71A 5EPSA 5LUUA 5FH6A 3SVHA 4LC2A 3O34A 4J0RA 5A85A 4KV4A 4YH4A 5ENFA 2R0YA 4LDFA 5FG4A 3MUKA 4TQNA 4TZ8A 5ETDA 3IU6A 3MQMA 5AMEA 5IIDA 5J0DA 3P1FA 5CUDA 5C89A 3LQIA 5C87A 5DFCA 5IG6A 5DKHA 4LZSA 5TCMA 5KTUA 4A9LA 2N9GA 1E6IA 5HENA 1WUGA 4NS5A 2LSPB 4NQNA 5ENGA 4LYIA 5HFRA 4YYJA 2RNXA 4O7BA 4PKLA 4UYEA 4IR5A 4OGJA 3QZVA 5IGLA 4MEOA 5CUAA 3JVMA 4QSUA 4YYDA 4UIUA 5A81A 4N4GA 2OUOA 5E7DA 5CQ8A 4YY4A 4CUQA 5FE6A 5D3TA 3FKMX 5TB6A 4A9NA 3G0JA 5E9YA 5EWHA 4KCXA 4N4IA 4MR5A 5ETBA 5A5RA 5E9MA 4NR5A 4UYDA 3AQAA 3AADA 4QNSA 4YADA 5HRWA 4QSWA 4ALHA 3S91A 5KTXA 5E3DA 4O7CA 5I1QA 4HXOA 4UIVA 5ENIA 4YYIA 5JI8A 4Z1QA 5F5ZA 5L99A 1JSPB 4QSPA 4UIZA 5C7NA 4UYHA 5FE4A 4LZ2A 4NR7A 2G4AA 4LR6A 4QSVA 5ENCA 2FSAA 5FH8A 4O7EA 1N72A 4CL9A 2L85A 4YYHA 2YYNA 4UITA 4UYGA 4YYNA 4QBMA 4XYAA 4QUUA 4BW2A 2I8NA 5LKXA 4QC3A 1F68A 4NUDA 5CQ3A 5L96A 1JM4B 5F3AA 4A9FA 2E3KA 3LQHA 3HMHA 5A5QA 5CQAA 5EK9A 5H85A 4IOOA 4O72A 2DATA 5JWMA 4O74A 4NR4A 5FE8A 5A5PA 5F36A 4HBYA 3RCWA 5FFYA 3UVXA 4HXNA 5CQ5A 5EGUA 5KO4A 5I7YA 4QYLA 5D7XA 5L97A 5HFQA 5D25A 3P1CA 3U5OA 4LRGA 5CFWA 4Z1SA 4J3IA 5D24A 5FG6A 3LQJA 4Y03A 5L8UA 2RNYA 5E9KA 3U5LA 5I88A 4N4FA 5EM3A 5LKUA 3ZYUA 3Q2FA 5E74A 3P5OA 2YEMA 5CZGA 2F6NA 4TYLA 5L8TA 5KHMA 4C66A 4MEQA 4NQMA 5FB1A 4NR6A 3U5MA 5BT3A 4QZSA 5I29A 5II1A 4LYWA 1ZS5A 4YBMA 5L98A 5F60A 4IOQA 3Q2EA 2R10A 4XUAA 5E9LA 4HXPA 3O35A 5FE9A 3UVWA 4XY9A 5D3NA 5CP5A 4HXKA 4TTEA 4WHWA 5EVAA 5G4SA 4NXJA 4C67A 5FE1A 4XUBA 4N3WA 5EI4A 5A7CA 2GRCA 4GPJA 5DW2A 3G0LA 4NRBA 5CU8A 4TU4A 4J0SA 4N4HA 3JVJA 5F25A 4A9EA 5I80A 4O76A 4QEUA 5I83A 5EPRA 5DFBA 3LXJA 4A9KA 5A83A 5C8GA 5DKDA 5A5OA 2NXBA 4F3IA 4QSSA 5EWVA 4O77A 5CQTA 5DKCA 2DKWA 4YYMA 2YDWA 5G4RA 2R0SA 5F63A 5E73A 2OSSA 5ACYA 5HQ6A 5DYAA 5F61A 3UV4A 5EISA 4PCEA 5EA1A 4A9IA 4YATA 4NYXA 4HBWA 5E0RA 4ZW1A 4A9JA 5I40A 4QR3A 2DVRA 2E7OA 4UIXA 5CQ4A 3O36A 3UVYA 5DX4A 5FB0A 4CUSA 3QZSA 4TT6A 4MR4A 3GG3A 4PY6A 4UYFA 4NUEA 4UYFB 4YK0A 5C4QA 5EWWA 4MENA 4OUFA 5FE7A 4QEVA 5FG5A 3ONIA 4O7FA 4IORA 5FE2A 5D26A 5KTWA 3U5NA 2D82A 3K2JA 4HXMA 5DYXA 5HQ5A 2OO1A 2RI7A 5F1LA 5LJ1A 4BW1A 4YY6A 4YBTA 4QUTA 5DBMA 4FLPA 4NYWA 4OGIA 4YH3A 3NXBA 4J1PA 5EICA 5H1TA 4HBVA 3MXFA 3MB3A 4O7AA 5A82A 4ZQLA 5FH7A 5D3HA 5F2PA 4A9MA 4DONA 5ENHA 4TZ2A 4TT2A 4QY4A 4ZC9A 4CUUA 5IBNA 5IGNA 3D7CA 5HJCA 4YYGA 3DWYA 5DYCA 4NRCA 5KU3A 5I89A 3SVGA 2DWWA 4ALGA 4CUPA 4LZRA 4E96A 3U5PA 4TS8A 5D3SA 5FDZA 4NR8A 5D3LA 4QR5A 4QSXA 5LKTA 5FFWA 5ENBA 3HMEA 4NR9A 5CRZA 5BT4A 2F6JA 5EV9A 3UW9A 2I7KA 4NYVA 5DLZA 4YABA 4NUCA 5CTLA 4O75A 2MJVB 3P1DA 5CQ6A 4CUTA 4YYKA 2DVQA 5LJ2A 4IR4A 5E9IA 4PTBA 3MULA 5H1UA 2WP2A 4YAXA 2D9EA 5H1VA 1WUMA 5EP7A 2E7NA 4HXLA 4Z6HA 5HRXA 5A5NA 2RO1A 5ENEA 4BW4A 4QR4A 5EWDA 3MB4A 4CURA 5COIA 4TT4A 3DAIA 5FBXA 2DVVA 4PCIA 4IR3A 5E9VA 5DY7A 5IGKA 5LVQA 5EPBA 4CLBA 4QSTA 3LJWA 5LKZA 3UV2A 5CUGA 5IGMA 3JVKA 5HQ7A 5HELA 3TLPA 3U5KA 2RS9B 4CFKA 3SVFA 5E3GA 4TU6A 4AKNA 5C85A 5FE5A 2R0VA 4HXSA 5CUBA 5I86A 5F62A 5AMFA 2KTBB 1EQFA 3O33A 4LYSA 4QB3A 4A9OA 2YEKA 4YC9A 5LVRA 5CY9A 4UIWA 5DLXA 5EU1A 3U5JA 2DVSA 5CQ7A 5D3PA 4QYDA 5I7XA 4XY8A 4QEWA 5AD2A 4QSQA 5EWCA 2L84A 5AD3A 2RNWA 5LJ0A 5CUCA 3UVDA 2YQDA 5D3JA 4Z6IA 5HLSA 1X0JA 5CGPA 4A9HA 3I3JA 3JVLA 4BHWA 5CS8A 4BW3A 5DYUA 4NRAA 5CRMA 3S92A 5FFVA 4Q0NA 4KV1A 5DW1A 2H60A 5K29A 4WIVA 3IU5A 2YW5A 4PS5A 5D3RA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4MR6A 5D0CA 4MR3A 5A5SA 5CPEA 4Z93A 2YELA 4MEPA 5HEMA 3UV5A 3O37A 5F1HA 4UIYA 3QZTA 4QC1A 4Q0OA 4YBSA 4CFLA 4RVRA 5CUEA 2WP1A 4QSRA 5EQ1A 4BJXA 5HRVA 4O70A 4AKGA 4HXRA 5FE3A 5DFDA 4HBXA 2L5EA 5HCLA 5HM0A 5BT5A 4O78A 3HMFA 2RFJA 5II2A 5ENJA 5FE0A 4IR6A 4WHUA 4X2IA 3P1EA 4O71A 5EPSA 5LUUA 5FH6A 3SVHA 4LC2A 3O34A 4J0RA 5A85A 4KV4A 4YH4A 5ENFA 2R0YA 4LDFA 5FG4A 3MUKA 4TQNA 4TZ8A 5ETDA 3IU6A 3MQMA 5AMEA 5IIDA 5J0DA 3P1FA 5CUDA 5C89A 3LQIA 5C87A 5DFCA 5IG6A 5DKHA 4LZSA 5TCMA 5KTUA 4A9LA 2N9GA 1E6IA 5HENA 1WUGA 4NS5A 2LSPB 4NQNA 5ENGA 4LYIA 5HFRA 4YYJA 2RNXA 4O7BA 4PKLA 4UYEA 4IR5A 4OGJA 3QZVA 5IGLA 4MEOA 5CUAA 3JVMA 4QSUA 4YYDA 4UIUA 5A81A 4N4GA 2OUOA 5E7DA 5CQ8A 4YY4A 4CUQA 5FE6A 5D3TA 3FKMX 5TB6A 4A9NA 3G0JA 5E9YA 5EWHA 4KCXA 4N4IA 4MR5A 5ETBA 5A5RA 5E9MA 4NR5A 4UYDA 3AQAA 3AADA 4QNSA 4YADA 5HRWA 4QSWA 4ALHA 3S91A 5KTXA 5E3DA 4O7CA 5I1QA 4HXOA 4UIVA 5ENIA 4YYIA 5JI8A 4Z1QA 5F5ZA 5L99A 1JSPB 4QSPA 4UIZA 5C7NA 4UYHA 5FE4A 4LZ2A 4NR7A 2G4AA 4LR6A 4QSVA 5ENCA 2FSAA 5FH8A 4O7EA 1N72A 4CL9A 2L85A 4YYHA 2YYNA 4UITA 4UYGA 4YYNA 4QBMA 4XYAA 4QUUA 4BW2A 2I8NA 5LKXA 4QC3A 1F68A 4NUDA 5CQ3A 5L96A 1JM4B 5F3AA 4A9FA 2E3KA 3LQHA 3HMHA 5A5QA 5CQAA 5EK9A 5H85A 4IOOA 4O72A 2DATA 5JWMA 4O74A 1PUOA 4NR4A 5FE8A 5A5PA 5F36A 4HBYA 3RCWA 5FFYA 3UVXA 4HXNA 5CQ5A 5EGUA 5KO4A 5I7YA 4QYLA 5D7XA 5L97A 5HFQA 5D25A 3P1CA 3U5OA 4LRGA 5CFWA 4Z1SA 4J3IA 5D24A 5FG6A 3LQJA 4Y03A 5L8UA 2RNYA 5E9KA 3U5LA 5I88A 4N4FA 5EM3A 5LKUA 3ZYUA 3Q2FA 5E74A 3P5OA 2YEMA 5CZGA 2F6NA 4TYLA 5L8TA 4AI6A 5KHMA 4C66A 4MEQA 4NQMA 5FB1A 4NR6A 3U5MA 5BT3A 4QZSA 5I29A 5II1A 4LYWA 1ZS5A 4YBMA 5L98A 5F60A 4IOQA 3Q2EA 2R10A 4XUAA 5E9LA 4HXPA 3O35A 5FE9A 3UVWA 4XY9A 5D3NA 5CP5A 4HXKA 4TTEA 4WHWA 5EVAA 5G4SA 4NXJA 4C67A 5FE1A 4XUBA 4N3WA 5EI4A 5A7CA 2GRCA 4GPJA 3VKHA 5DW2A 3G0LA 4NRBA 5CU8A 4TU4A 4J0SA 4N4HA 3JVJA 5F25A 4AKHA 4A9EA 5I80A 4O76A 4QEUA 5I83A 5EPRA 5DFBA 3LXJA 4A9KA 5A83A 5C8GA 5DKDA 5A5OA 2NXBA 4F3IA 4QSSA 5EWVA 4O77A 5CQTA 5DKCA 2DKWA 4YYMA 2YDWA 5G4RA 2R0SA 5F63A 5E73A 2OSSA 5ACYA 5HQ6A 5DYAA 5F61A 3UV4A 5EISA 4PCEA 5EA1A 4A9IA 4YATA 4NYXA 4HBWA 5E0RA 4ZW1A 4A9JA 5I40A 4QR3A 2DVRA 2E7OA 4UIXA 5CQ4A 3O36A 1ZKRA 3UVYA 5DX4A 5FB0A 4CUSA 3QZSA 4TT6A 4MR4A 3GG3A 4PY6A 4UYFA 4NUEA 4UYFB 4YK0A 5C4QA 5EWWA 4MENA 4OUFA 5FE7A 4QEVA 5FG5A 3ONIA 4O7FA 4IORA 5FE2A 5D26A 5KTWA 3U5NA 2D82A 3K2JA 4HXMA 5DYXA 5HQ5A 2OO1A 2RI7A 5F1LA 5LJ1A 4BW1A 4YY6A 4YBTA 4QUTA 5DBMA 4FLPA 4NYWA 4OGIA 4YH3A 3NXBA 4J1PA 5EICA 5H1TA 4HBVA 3MXFA 3MB3A 4O7AA 5A82A 4ZQLA 5FH7A 5D3HA 5F2PA 4A9MA 4DONA 5ENHA 4TZ2A 4TT2A 4QY4A 4ZC9A 4CUUA 5IBNA 5IGNA 3D7CA 5HJCA 4YYGA 3DWYA 5DYCA 4NRCA 5KU3A 5I89A 3SVGA 2DWWA 4ALGA 4CUPA 4LZRA 4E96A 3ERRA 3U5PA 4TS8A 5D3SA 5FDZA 4NR8A 5D3LA 4QR5A 4QSXA 5LKTA 5FFWA 5ENBA 3HMEA 4NR9A 5CRZA 5BT4A 2F6JA 5EV9A 3UW9A 2I7KA 4NYVA 5DLZA 4YABA 4NUCA 5CTLA 4O75A 2MJVB 3D1BA 3P1DA 5CQ6A 4CUTA 4YYKA 2DVQA 5LJ2A 4IR4A 5E9IA 4PTBA 3MULA 5H1UA 2WP2A 4YAXA 2D9EA 5H1VA 1WUMA 5EP7A 2E7NA 2EJNA 4HXLA 4Z6HA 5HRXA 5A5NA 2RO1A 5ENEA 4BW4A 4QR4A 5EWDA 3MB4A 4CURA 5COIA 4TT4A 3DAIA 5FBXA 2DVVA 4PCIA 4IR3A 5E9VA 5DY7A 5IGKA 5LVQA 5EPBA 4CLBA 4QSTA 3LJWA 5LKZA 3D1DA 3UV2A 5CUGA 5IGMA 3JVKA 5HQ7A 5HELA 3TLPA 3U5KA 2RS9B 4CFKA 3SVFA 5E3GA 4TU6A 4AKNA 5C85A 5FE5A 2R0VA 4HXSA 5CUBA 5I86A 5F62A 5AMFA 2KTBB 1EQFA 3O33A 4LYSA 4QB3A 4A9OA 2YEKA 4YC9A 5LVRA 5CY9A 4UIWA 5DLXA 5EU1A 3U5JA 2DVSA 5CQ7A 5D3PA 4QYDA 5I7XA 4XY8A 3VKGA 4QEWA 5AD2A 4QSQA 5EWCA 2L84A 5AD3A 2RNWA 5LJ0A 5CUCA 3UVDA 2YQDA 5D3JA 4Z6IA 5HLSA 1X0JA 5CGPA 4A9HA 3I3JA 3JVLA 4BHWA 5CS8A 4BW3A 5DYUA 4NRAA 5CRMA 3S92A 5FFVA 4Q0NA 4KV1A 5DW1A 2H60A 5K29A 4AKIA 4WIVA 3IU5A 2YW5A 4PS5A 5D3RA
chains in the Genus database with same CATH topology
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