2D9EA

Solution structure of the bromodomain of peregrin
Total Genus 27
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
27
sequence length
121
structure length
121
Chain Sequence
GSSGSSGFLILLRKTLEQLQEKDTGNIFSEPVPLSEVPDYLDHIKKPMDFFTMKQNLEAYRYLNFDDFEEDFNLIVSNCLKYNAKDTIFYRAAVRLREQGGAVLRQARRQAEKMGSGPSSG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Solution structure of the Bromodomain of Peregrin
rcsb
molecule keywords Peregrin
molecule tags Transcription
source organism Homo sapiens
total genus 27
structure length 121
sequence length 121
ec nomenclature
pdb deposition date 2005-12-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 2d9eA00
5A5SA 3HMFA 4QY4A 2R0VA 4CFKA 5IIDA 4TT4A 5AD3A 5D3HA 5AD2A 4QB3A 5FE1A 5EA1A 5FFYA 5F5ZA 5CP5A 2I8NA 3P5OA 4QC3A 3P1EA 5L99A 4O71A 5L97A 4NR8A 5EWCA 2DVRA 5D26A 5HENA 2H60A 4HBVA 4N4FA 3LQIA 4KCXA 5FB1A 5ENEA 4CUQA 2D82A 4IOOA 3U5LA 3I3JA 5I29A 4TT6A 4Q0OA 4YYNA 5DYCA 4N4HA 3AADA 3O35A 4TYLA 5DLZA 5DKHA 2L5EA 4LZ2A 5IBNA 4A9MA 4A9IA 4E96A 5A5NA 2RNWA 4OGJA 5DYAA 1WUGA 4YADA 5F1HA 5E9IA 2E7OA 3U5KA 5EP7A 5A7CA 5FFWA 4MEPA 5A5QA 4QNSA 4YYDA 4J1PA 5H1TA 5I40A 5CRMA 5C4QA 3JVLA 4MEQA 5F25A 3O37A 4YK0A 5L98A 5EM3A 4J0SA 2RNYA 3DWYA 4OUFA 5EU1A 5L8TA 4N4IA 5C89A 4FLPA 4QYLA 4YYHA 3K2JA 5KO4A 4YYMA 5LJ2A 3LQJA 5F62A 5DKCA 5I7YA 2F6NA 4A9KA 4J3IA 4NUCA 5E9KA 3AQAA 3U5OA 4NYWA 3P1FA 5CUEA 5BT5A 4NUEA 4GPJA 5E7DA 3DAIA 5A5OA 5DYXA 4YY6A 1F68A 2LSPB 3FKMX 3MQMA 2L84A 3Q2FA 5A81A 5CQ5A 5F60A 4NR5A 4BW4A 4HXSA 4O72A 4PTBA 5A5RA 4IR6A 2MJVB 4YYIA 3U5MA 5J0DA 4O7BA 5KHMA 2DVVA 4OGIA 3UV2A 5FE4A 2F6JA 5F63A 5I86A 3O36A 4QC1A 5CUCA 5CZGA 4TQNA 5E9MA 5CRZA 5E9YA 4BW3A 3IU5A 5C85A 4NR9A 4O76A 2YELA 5D3SA 3P1CA 4NYXA 4RVRA 5CQAA 5ENJA 5E0RA 3U5PA 5I80A 1X0JA 5ENHA 4QSPA 5I83A 3NXBA 3UVYA 4ZW1A 3G0JA 4QR4A 5C7NA 4HXPA 4HXRA 3U5NA 3ONIA 4F3IA 2R10A 5D3RA 4IR3A 3RCWA 5HCLA 5H1VA 4HXLA 3G0LA 4UIYA 5D3JA 5DY7A 3HMEA 5FH8A 5A5PA 5FDZA 5EQ1A 3U5JA 5CUBA 3Q2EA 3SVFA 5FFVA 2R0YA 5FE6A 5LKUA 4TU6A 4LZRA 3S92A 4NR7A 4YC9A 4YYKA 4QBMA 4QSSA 4J0RA 2DWWA 5F61A 5EWDA 4QSTA 2YDWA 4MR3A 4QEWA 4C66A 4UIXA 4Y03A 4N4GA 4YAXA 5E73A 4LYIA 4HBYA 4UITA 4QSUA 5EI4A 4O7EA 5LJ0A 4QYDA 2YYNA 5D3LA 5DFDA 5LJ1A 1EQFA 5KTUA 4O78A 5COIA 5I1QA 1WUMA 4LYWA 4UIUA 5F3AA 2OO1A 4QSRA 4BW2A 4YATA 5G4SA 4BHWA 5CUAA 3O34A 5AMEA 4XY9A 1JM4B 2YW5A 5C87A 4NR4A 3O33A 2RNXA 3TLPA 5CTLA 5CQ3A 5ENIA 4ZQLA 2YEMA 4YBSA 5CUDA 4LC2A 3MB4A 5FG4A 5FBXA 2L85A 5EVAA 2D9EA 3MULA 5E3DA 4XUAA 4O74A 5DFBA 4UYHA 2RS9B 5HRVA 5DW2A 4HBWA 4YBMA 5ENFA 4N3WA 4UYFB 5K29A 3UVWA 4UYGA 3JVMA 5BT4A 4MR6A 4QUUA 5EV9A 4LYSA 4PY6A 5KTXA 2WP2A 2DATA 5HQ6A 4UYEA 4BJXA 4MENA 5FE5A 4WIVA 4Z6IA 5LUUA 2DKWA 4NXJA 4ALGA 5AMFA 4QEVA 5II1A 4XY8A 5IGKA 3SVGA 4CFLA 2OUOA 2RO1A 5CGPA 2I7KA 4QEUA 2YEKA 4YY4A 4UIVA 5CQ8A 5CQ7A 5E3GA 4NUDA 1E6IA 4LDFA 5DLXA 1JSPB 4TTEA 4QR3A 4X2IA 4YH4A 5HJCA 5E9VA 4CURA 4NRCA 5HFRA 3QZTA 4IOQA 4TS8A 5LVQA 4MR5A 4HXKA 5EWHA 5CFWA 4QR5A 5EPRA 2RFJA 5HLSA 5A82A 3S91A 5LKZA 5DBMA 3LQHA 4MEOA 5HELA 4AKNA 5HQ5A 4KV1A 4CUPA 4PCEA 5ETDA 4C67A 5BT3A 2N9GA 5LKTA 4HXNA 4A9OA 4IR4A 5D3PA 5F1LA 3JVKA 5KTWA 4IORA 5DX4A 4HXOA 4UIWA 5D24A 5ENCA 5ACYA 2KTBB 3D7CA 5A83A 5FE3A 4YBTA 5CPEA 4TZ8A 5EWVA 5H85A 4NYVA 4YH3A 5D7XA 5ETBA 3UW9A 4CUSA 5LKXA 5IGMA 2G4AA 4O7CA 2OSSA 4HXMA 2YQDA 3MXFA 5HRWA 5F36A 5CQ4A 4Z1QA 2R0SA 3UVXA 5FE9A 3UV5A 5IG6A 4YABA 4NRBA 5TB6A 4QSQA 5II2A 3ZYUA 2GRCA 2FSAA 4LZSA 5EPSA 3MUKA 4UYDA 3UVDA 5FH6A 5JI8A 5FH7A 5C8GA 4O77A 5FB0A 5HQ7A 4PCIA 5DYUA 4UYFA 3SVHA 3IU6A 4A9EA 4HBXA 5EISA 4NQNA 4Z6HA 5L96A 5HM0A 4IR5A 4WHUA 4XUBA 4QSXA 5I88A 4Q0NA 5CU8A 2DVSA 5DFCA 5FE0A 4PS5A 5D3NA 5FE8A 3JVJA 5I89A 5EGUA 5JWMA 5DKDA 4NQMA 5EICA 4NR6A 5FG5A 5I7XA 2E7NA 2WP1A 5G4RA 2NXBA 4CUUA 3P1DA 4A9HA 4ZC9A 3QZVA 4QSVA 4NS5A 5E9LA 4YYJA 4QSWA 4O7FA 4A9LA 5F2PA 5EPBA 4YYGA 5KU3A 5A85A 3QZSA 4ALHA 4CLBA 4A9FA 3GG3A 3LXJA 5CQ6A 5D25A 4O7AA 5IGNA 4PKLA 4TT2A 4O70A 5CS8A 5E74A 5IGLA 5CQTA 4CUTA 3LJWA 4NRAA 5ENGA 4LRGA 4DONA 3MB3A 4LR6A 5ENBA 5TCMA 5HRXA 5LVRA 4TU4A 4TZ2A 5HEMA 4A9JA 5EK9A 5FE2A 4Z1SA 5FG6A 3UV4A 5CY9A 2DVQA 1N72A 5CUGA 5DW1A 3HMHA 4KV4A 4A9NA 4Z93A 4MR4A 4O75A 4UIZA 4WHWA 2RI7A 5D0CA 4QZSA 4QUTA 4XYAA 5HFQA 5H1UA 5FE7A 2E3KA 4CL9A 5L8UA 5EWWA 1ZS5A 4BW1A 5D3TA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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