5LJ0A

Crystal structure of human atad2 bromodomain in complex with 8-(((3r,4r,5s)-3-((4,4-difluorocyclohexyl)methoxy)-5-methoxypiperidin-4-yl)amino)-3-methyl-5-(5-methylpyridin-3-yl)-1,7-naphthyridin-2(1h)-one
Total Genus 54
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
54
sequence length
130
structure length
130
Chain Sequence
SMQEEDTFRELRIFLRNVTHRLAIDKRFRVFTKPVDPDEVPDYVTVIKQPMDLSSVISKIDLHKYLTVKDYLRDIDLICSNALEYNPDRDPGDRLIRHRACALRDTAYAIIKEELDEDFEQLCEEIQESR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Transcription
molecule keywords ATPase family AAA domain-containing protein 2
publication title A Chemical Probe for the ATAD2 Bromodomain.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 54
structure length 130
sequence length 130
ec nomenclature ec 3.6.1.3: Adenosinetriphosphatase.
pdb deposition date 2016-07-17

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5lj0A00
4UYEA 5DFCA 3O34A 5J0DA 4CUSA 4Z6HA 5IIDA 4XY8A 5COIA 4O7FA 2D9EA 5EICA 4Z6IA 3U5JA 3S91A 3K2JA 4QY4A 5IBNA 4LZRA 2YQDA 5D25A 5E9LA 2RNWA 3Q2FA 5FH6A 4A9KA 3ZYUA 5LUUA 4IR5A 5E74A 3D7CA 2R0YA 5FH8A 5A81A 3U5OA 5K29A 4DONA 3IU6A 4TU4A 4YAXA 5FDZA 4HXNA 4QC1A 5HCLA 4TU6A 4BW2A 4O78A 5LKTA 5CRMA 5CS8A 5A5OA 2L5EA 5A5PA 4QSQA 4OUFA 5DFBA 3U5KA 4N4HA 4HBWA 3MQMA 2YDWA 4MEOA 4LYIA 5CTLA 3S92A 4ALGA 4O75A 5DW2A 4PCEA 3JVMA 1JM4B 5F60A 4NRAA 5H1VA 4NR4A 5BT3A 5ENFA 4NQNA 3MB3A 4QR3A 5DLZA 5TB6A 4YH3A 4NUEA 3O36A 5F36A 4HXSA 5D3PA 4NQMA 5L98A 4A9EA 5A5SA 5D3RA 1JSPB 5FFVA 3P5OA 1ZS5A 4O74A 3QZVA 5IG6A 4NUDA 5DBMA 2DVVA 5L96A 5EI4A 3MXFA 5BT4A 4E96A 4N3WA 5A5NA 4PCIA 5D7XA 5F1HA 4YBSA 5EP7A 3O35A 5EV9A 4O72A 5F2PA 5I86A 5EK9A 4HXRA 3UW9A 5FE6A 5EWHA 4TT4A 2RNYA 4CUQA 5E9VA 5ETBA 5HFRA 5HJCA 5I83A 3HMEA 4OGIA 4A9LA 4QSPA 5ENBA 5EGUA 5EWDA 5F61A 5JI8A 5I88A 5CQ3A 5LVQA 5II2A 2YELA 2L84A 5CRZA 5IGKA 5F25A 3LQHA 4QR4A 2FSAA 4YYMA 5DYCA 3GG3A 5HRVA 2YW5A 4NUCA 3FKMX 3JVLA 4CFKA 4BJXA 4HBVA 4XYAA 4HXMA 3QZSA 2G4AA 5FBXA 4UIYA 4C67A 4OGJA 5HQ7A 4TYLA 5D3LA 5EISA 4WIVA 3DAIA 4Z1SA 2OSSA 5FE7A 4TTEA 4A9IA 4A9NA 4YYGA 4QEWA 4A9FA 4Z93A 4BHWA 5IGMA 5EPRA 4MENA 2R0VA 3U5LA 5DYAA 5EU1A 2L85A 3UVDA 3U5PA 2YEMA 5D24A 4YBTA 5I7XA 4UYDA 4IR4A 5C89A 4IR3A 5DY7A 5D3HA 4QNSA 5KTXA 4ZQLA 5FE8A 5FB1A 5DKDA 2DKWA 5C87A 2RFJA 4NS5A 3JVJA 5L8UA 5FH7A 4XY9A 4NR6A 4WHUA 4NRCA 5DKCA 4YK0A 3HMFA 4YYIA 4UYGA 3MB4A 5LKZA 5DFDA 2I7KA 4PKLA 3U5MA 5E9YA 5A82A 4O71A 4PS5A 3I3JA 4QC3A 3ONIA 4J0RA 5H1TA 5LVRA 3Q2EA 5KTUA 4A9JA 4IOQA 3UVYA 4F3IA 2WP2A 5D26A 2YEKA 4CUPA 2OUOA 5CUDA 2E7NA 2DATA 5I80A 5DYXA 5KO4A 2YYNA 5ENJA 5HQ6A 4ZW1A 4YYDA 4J1PA 1X0JA 1E6IA 4LDFA 5FE9A 5CY9A 5E7DA 4LYWA 4QEUA 4O7BA 4UIZA 4QSSA 5KHMA 5L97A 4TZ2A 5F1LA 3G0JA 5I1QA 5HRXA 1N72A 4HXKA 3JVKA 4YADA 5L8TA 2OO1A 5DKHA 4YYJA 5FG6A 5CUEA 5HM0A 5I29A 4O76A 4QSTA 5C85A 4Q0OA 5DLXA 4PY6A 2D82A 5E9KA 4A9OA 4QR5A 5E3GA 5AD3A 4NRBA 5ETDA 5DW1A 5EPBA 5FB0A 5AD2A 2RI7A 5CUBA 3LQIA 4GPJA 3G0LA 4QEVA 5D3JA 4QZSA 5G4RA 4TT2A 4YYHA 5KTWA 4J3IA 4Q0NA 4CFLA 3U5NA 5E9MA 3UV5A 5F63A 4UIXA 5AMEA 4RVRA 4LZSA 4YY6A 5EVAA 4BW4A 4Z1QA 2RS9B 3LQJA 4TS8A 4BW3A 4IOOA 4CURA 4MEQA 3P1DA 5CUAA 5DX4A 5CQ7A 4TZ8A 4NXJA 4QUUA 4MR5A 5HEMA 4KV4A 4LRGA 4QSWA 5CUCA 1WUGA 5EWWA 5CPEA 4QYDA 4YC9A 5CQ6A 5D0CA 5F5ZA 4YYKA 4CL9A 5FFWA 3SVFA 2DVQA 1WUMA 4MR4A 5E0RA 4KCXA 4WHWA 5IGLA 5II1A 2R10A 5EQ1A 4BW1A 5HRWA 4Y03A 5EWCA 2KTBB 3LXJA 4IORA 5H1UA 5AMFA 4YABA 5ACYA 4ALHA 4UYFB 4UYFA 3UVXA 2MJVB 4A9MA 5A5RA 3O37A 4KV1A 4UIVA 5HFQA 3RCWA 5HLSA 3AQAA 5ENIA 5CZGA 5FE3A 5KU3A 5LJ1A 5LKUA 2R0SA 4QYLA 5EWVA 3SVHA 4N4GA 5ENEA 5CFWA 4IR6A 4YATA 3MULA 4QSVA 4TQNA 5A7CA 4PTBA 3AADA 4UYHA 2F6JA 4NR9A 5IGNA 3DWYA 4LR6A 1F68A 3IU5A 4O77A 5LJ2A 4XUBA 3SVGA 5I40A 3LJWA 4QUTA 4UIUA 2N9GA 2DWWA 5ENCA 4NYVA 4UITA 5FE5A 3TLPA 4TT6A 5A5QA 4FLPA 4AKNA 2H60A 4NYWA 4NR7A 5D3NA 5HENA 3QZTA 3MUKA 5G4SA 3P1EA 5C8GA 5CQAA 4N4FA 5F3AA 5CUGA 5E9IA 4ZC9A 5CQ8A 3HMHA 5EPSA 4HXPA 4O7EA 5CGPA 3O33A 5CU8A 5D3SA 4YYNA 5C7NA 4MR3A 2RO1A 5FE2A 2LSPB 5E73A 5E3DA 5HELA 3P1CA 5FFYA 4O70A 2WP1A 2RNXA 3UV4A 3NXBA 4QSXA 5CQ5A 5BT5A 4X2IA 5HQ5A 5FE4A 2NXBA 3UVWA 4QBMA 4CLBA 5A83A 2E7OA 5JWMA 5F62A 4J0SA 4NR8A 4HBYA 4QB3A 5I7YA 5CP5A 2I8NA 5FG4A 5I89A 3UV2A 4QSRA 4XUAA 5C4QA 4O7CA 2F6NA 5CQTA 3P1FA 4NR5A 2E3KA 4N4IA 5CQ4A 4HXOA 2DVRA 5FE0A 4YBMA 4UIWA 4O7AA 5ENGA 5TCMA 5ENHA 4LZ2A 5H85A 5LJ0A 4CUUA 4MEPA 4YH4A 5DYUA 5FE1A 4NYXA 5FG5A 2DVSA 1EQFA 5A85A 4YY4A 4LC2A 4HBXA 4QSUA 4HXLA 5D3TA 4CUTA 5L99A 4A9HA 5LKXA 2GRCA 5EA1A 5EM3A 4MR6A 4LYSA 4C66A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4UYEA 5DFCA 3O34A 5J0DA 4CUSA 4Z6HA 5IIDA 4XY8A 5COIA 4O7FA 2D9EA 5EICA 4Z6IA 3U5JA 3S91A 3K2JA 4QY4A 5IBNA 4LZRA 2YQDA 5D25A 5E9LA 2RNWA 3Q2FA 5FH6A 4A9KA 3ZYUA 5LUUA 4IR5A 5E74A 3VKGA 3D7CA 2R0YA 5FH8A 5A81A 3U5OA 5K29A 4AKHA 4DONA 3IU6A 4TU4A 4YAXA 5FDZA 4HXNA 4QC1A 5HCLA 4TU6A 4BW2A 4O78A 5LKTA 5CRMA 5CS8A 5A5OA 2L5EA 5A5PA 4QSQA 4OUFA 5DFBA 3U5KA 4N4HA 4HBWA 3MQMA 2YDWA 4MEOA 4LYIA 5CTLA 3S92A 4ALGA 4O75A 5DW2A 4PCEA 3JVMA 1JM4B 5F60A 4NRAA 5H1VA 4NR4A 5BT3A 5ENFA 4NQNA 3MB3A 4QR3A 5DLZA 5TB6A 4YH3A 4NUEA 3O36A 5F36A 4HXSA 4AI6A 5D3PA 4NQMA 5L98A 4A9EA 5A5SA 5D3RA 1JSPB 5FFVA 3P5OA 1ZS5A 1ZKRA 4O74A 3QZVA 5IG6A 4NUDA 5DBMA 2DVVA 5L96A 5EI4A 3MXFA 5BT4A 4E96A 4N3WA 5A5NA 4PCIA 4AKIA 5D7XA 5F1HA 4YBSA 5EP7A 3O35A 5EV9A 4O72A 5F2PA 5I86A 5EK9A 4HXRA 3UW9A 5FE6A 5EWHA 4TT4A 2RNYA 4CUQA 5E9VA 5ETBA 5HFRA 5HJCA 5I83A 3HMEA 4OGIA 4A9LA 4QSPA 5ENBA 5EGUA 5EWDA 5F61A 5JI8A 5I88A 5CQ3A 5LVQA 5II2A 2YELA 2L84A 3ERRA 5CRZA 5IGKA 5F25A 3LQHA 4QR4A 2FSAA 4YYMA 5DYCA 3GG3A 5HRVA 2YW5A 4NUCA 3FKMX 3JVLA 4CFKA 4BJXA 4HBVA 4XYAA 4HXMA 3QZSA 2G4AA 5FBXA 4UIYA 4C67A 4OGJA 5HQ7A 4TYLA 5D3LA 5EISA 4WIVA 3DAIA 4Z1SA 2OSSA 5FE7A 4TTEA 4A9IA 4A9NA 4YYGA 4QEWA 4A9FA 4Z93A 4BHWA 5IGMA 5EPRA 4MENA 2R0VA 3U5LA 5DYAA 5EU1A 2L85A 3UVDA 3U5PA 2YEMA 5D24A 4YBTA 5I7XA 4UYDA 4IR4A 5C89A 4IR3A 5DY7A 5D3HA 4QNSA 5KTXA 4ZQLA 5FE8A 5FB1A 5DKDA 2DKWA 5C87A 2RFJA 4NS5A 3JVJA 5L8UA 5FH7A 4XY9A 4NR6A 4WHUA 4NRCA 5DKCA 4YK0A 3HMFA 4YYIA 4UYGA 3MB4A 5LKZA 4AKGA 5DFDA 2I7KA 4PKLA 3U5MA 5E9YA 5A82A 4O71A 4PS5A 3I3JA 4QC3A 3ONIA 4J0RA 5H1TA 5LVRA 3Q2EA 5KTUA 4A9JA 4IOQA 3UVYA 4F3IA 2WP2A 5D26A 2YEKA 4CUPA 2OUOA 5CUDA 2E7NA 2DATA 5I80A 5DYXA 5KO4A 2YYNA 5ENJA 5HQ6A 4ZW1A 4YYDA 4J1PA 1X0JA 1E6IA 4LDFA 5FE9A 5CY9A 5E7DA 4LYWA 4QEUA 4O7BA 4UIZA 4QSSA 5KHMA 5L97A 4TZ2A 5F1LA 3G0JA 5I1QA 5HRXA 1N72A 4HXKA 3JVKA 4YADA 5L8TA 2OO1A 5DKHA 4YYJA 5FG6A 5CUEA 5HM0A 5I29A 4O76A 4QSTA 5C85A 4Q0OA 5DLXA 4PY6A 2D82A 5E9KA 4A9OA 4QR5A 5E3GA 5AD3A 4NRBA 1PUOA 5ETDA 5DW1A 5EPBA 5FB0A 5AD2A 3VKHA 2RI7A 5CUBA 3LQIA 4GPJA 3G0LA 4QEVA 5D3JA 4QZSA 5G4RA 4TT2A 4YYHA 5KTWA 4J3IA 4Q0NA 4CFLA 3U5NA 5E9MA 3UV5A 5F63A 4UIXA 5AMEA 4RVRA 4LZSA 4YY6A 5EVAA 4BW4A 4Z1QA 2RS9B 3D1BA 3LQJA 4TS8A 4BW3A 4IOOA 4CURA 4MEQA 3P1DA 5CUAA 5DX4A 5CQ7A 4TZ8A 4NXJA 4QUUA 4MR5A 5HEMA 4KV4A 4LRGA 4QSWA 5CUCA 1WUGA 5EWWA 5CPEA 4QYDA 4YC9A 5CQ6A 5D0CA 5F5ZA 4YYKA 4CL9A 5FFWA 3SVFA 2DVQA 1WUMA 4MR4A 5E0RA 4KCXA 4WHWA 5IGLA 5II1A 2R10A 5EQ1A 4BW1A 5HRWA 4Y03A 5EWCA 2KTBB 3LXJA 4IORA 5H1UA 5AMFA 4YABA 5ACYA 4ALHA 2EJNA 4UYFB 4UYFA 3UVXA 2MJVB 4A9MA 5A5RA 3O37A 4KV1A 4UIVA 5HFQA 3RCWA 5HLSA 3AQAA 5ENIA 3D1DA 5CZGA 5FE3A 5KU3A 5LJ1A 5LKUA 2R0SA 4QYLA 5EWVA 3SVHA 4N4GA 5ENEA 5CFWA 4IR6A 4YATA 3MULA 4QSVA 4TQNA 5A7CA 4PTBA 3AADA 4UYHA 2F6JA 4NR9A 5IGNA 3DWYA 4LR6A 1F68A 3IU5A 4O77A 5LJ2A 4XUBA 3SVGA 5I40A 3LJWA 4QUTA 4UIUA 2N9GA 2DWWA 5ENCA 4NYVA 4UITA 5FE5A 3TLPA 4TT6A 5A5QA 4FLPA 4AKNA 2H60A 4NYWA 4NR7A 5D3NA 5HENA 3QZTA 3MUKA 5G4SA 3P1EA 5C8GA 5CQAA 4N4FA 5F3AA 5CUGA 5E9IA 4ZC9A 5CQ8A 3HMHA 5EPSA 4HXPA 4O7EA 5CGPA 3O33A 5CU8A 5D3SA 4YYNA 5C7NA 4MR3A 2RO1A 5FE2A 2LSPB 5E73A 5E3DA 5HELA 3P1CA 5FFYA 4O70A 2WP1A 2RNXA 3UV4A 3NXBA 4QSXA 5CQ5A 5BT5A 4X2IA 5HQ5A 5FE4A 2NXBA 3UVWA 4QBMA 4CLBA 5A83A 2E7OA 5JWMA 5F62A 4J0SA 4NR8A 4HBYA 4QB3A 5I7YA 5CP5A 2I8NA 5FG4A 5I89A 3UV2A 4QSRA 4XUAA 5C4QA 4O7CA 2F6NA 5CQTA 3P1FA 4NR5A 2E3KA 4N4IA 5CQ4A 4HXOA 2DVRA 5FE0A 4YBMA 4UIWA 4O7AA 5ENGA 5TCMA 5ENHA 4LZ2A 5H85A 5LJ0A 4CUUA 4MEPA 4YH4A 5DYUA 5FE1A 4NYXA 5FG5A 2DVSA 1EQFA 5A85A 4YY4A 4LC2A 4HBXA 4QSUA 4HXLA 5D3TA 4CUTA 5L99A 4A9HA 5LKXA 2GRCA 5EA1A 5EM3A 4MR6A 4LYSA 4C66A
chains in the Genus database with same CATH topology
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