2YQDA

Solution structure of the fifth bromodomain from mouse polybromo-1
Total Genus 29
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
29
sequence length
120
structure length
120
Chain Sequence
GSSGSSGKKSKYMTPMQQKLNEVYEAVKNYTDKRGRRLSAIFLRLPSRSELPDYYLTIKKPMDMEKIRSHMMANKYQDIDSMVEDFVMMFNNACTYNEPESLIYKDALVLHKVLLETRRD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Gene regulation
molecule keywords POLYBROMO-1
publication title Solution structure of the fifth bromodomain from mouse polybromo-1
rcsb
source organism Mus musculus
total genus 29
structure length 120
sequence length 120
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-03-30

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 2yqdA00
5EU1A 5D3SA 4UIUA 5CP5A 4NUEA 2R0YA 3MXFA 5AD2A 4YYHA 3UV5A 2G4AA 4Z1SA 4HXKA 4O7AA 4E96A 5HQ6A 3JVMA 3UV4A 5LJ2A 4QYDA 5F62A 4ZC9A 5LJ0A 4HXSA 5FBXA 5I80A 2RNYA 5FE1A 4NYXA 4QSQA 4CL9A 1WUGA 5D3HA 2R0VA 4J1PA 4UITA 4MEOA 4Z6IA 4J0RA 4QSWA 5DY7A 5HCLA 3JVLA 3ONIA 3D7CA 4UYDA 5CUEA 4IR4A 5D7XA 3DAIA 4YYNA 4YADA 5FH6A 4LYSA 5IGMA 5H1TA 5LVRA 2DVVA 2E7OA 5FE6A 4AKNA 3P1FA 4YH3A 5BT3A 2OO1A 5E3GA 4NRCA 2N9GA 3QZVA 4N4IA 2DVQA 4O7FA 5E9LA 4BW1A 5KTXA 3FKMX 4O7EA 5HJCA 2RO1A 2RNWA 3G0JA 3UVYA 4IR5A 4LYIA 4C66A 5I29A 5IGLA 4YC9A 5F25A 4HBVA 5DKCA 3MB3A 5A85A 5D0CA 4LZRA 4UIYA 4O77A 4MR6A 5CUAA 5IG6A 5FG6A 5D24A 4TZ8A 4N3WA 4ZQLA 1ZS5A 4BJXA 5CQ7A 4NQNA 4YATA 2YDWA 5CPEA 5I89A 5CFWA 4XUAA 4NXJA 5CUBA 5I88A 5EWVA 4N4HA 5L97A 2H60A 2F6JA 4TQNA 4MEQA 4O70A 4LC2A 3AADA 4CUTA 5H85A 5FFVA 5KTUA 4O75A 5ENJA 5A5OA 5TB6A 3NXBA 5CZGA 1X0JA 4QC3A 2R10A 2RNXA 5KTWA 5EWWA 5FG5A 4XY8A 4CUSA 4UYFA 4A9NA 5DYAA 4QNSA 2YEMA 5BT4A 5LJ1A 4O7CA 5AMEA 4IR3A 4LZ2A 5FFWA 4LZSA 2I8NA 5ETDA 3U5PA 3O37A 4Q0OA 4QBMA 5AD3A 5EA1A 4HXLA 4QUTA 5KHMA 4CUUA 3I3JA 4MR4A 4Y03A 1JM4B 5FG4A 5J0DA 4CFLA 5DYXA 4OUFA 2YELA 4QSVA 5F63A 5ENFA 4QZSA 5DX4A 3SVGA 4WHWA 5DBMA 3G0LA 3UV2A 5C4QA 3U5JA 5FFYA 5FE9A 2I7KA 4NR5A 5HQ7A 5LKZA 3S92A 2LSPB 4PCIA 5IBNA 5EVAA 3O36A 4O7BA 4UYHA 5D3RA 5F60A 4C67A 5EISA 2OSSA 5FH8A 2WP2A 2WP1A 4HXRA 5DLZA 5A5QA 5D3JA 2DVRA 3P5OA 3GG3A 4YY6A 4O76A 5FE4A 3LQJA 5L8TA 3HMFA 5KO4A 4J0SA 4MEPA 3Q2FA 4QSRA 5E74A 4CURA 5FE5A 5C87A 5D3TA 5D3NA 5FE7A 4HXPA 5HELA 4Z93A 3JVKA 4QR4A 4N4GA 4N4FA 4OGIA 5ENHA 5G4RA 4HBXA 4NR7A 4LDFA 4TS8A 5A5PA 4BW2A 4CUQA 5COIA 4IOQA 5FB0A 5FE0A 4QSUA 2YQDA 5F1HA 5I7XA 4NUDA 4TTEA 2KTBB 3JVJA 3K2JA 5DFDA 2RFJA 3RCWA 5L98A 5FDZA 2D82A 2F6NA 5JWMA 3LXJA 5E9MA 5IGKA 5G4SA 4BW4A 5DW2A 4A9MA 5EWCA 2D9EA 4TT2A 5C7NA 4F3IA 5LKXA 3IU6A 4QC1A 5AMFA 5A81A 5CTLA 4QEUA 4QR3A 5DKDA 5BT5A 5EV9A 4Z6HA 4YABA 5CQ3A 5DFBA 3HMHA 4YK0A 4LR6A 3U5NA 4PTBA 5FH7A 4GPJA 4O78A 4UYFB 4KV1A 1EQFA 4Q0NA 4BHWA 3ZYUA 5I86A 4RVRA 4O72A 5A7CA 5HFQA 3MQMA 4HBYA 5L99A 3U5MA 3UW9A 4NUCA 4YYDA 3Q2EA 5DW1A 2GRCA 1E6IA 5I1QA 5ENCA 5I83A 5F61A 4TT6A 2R0SA 5CRMA 4J3IA 4HBWA 5E9KA 5CUDA 5A5SA 2DATA 3SVHA 4QY4A 4PS5A 3IU5A 5CS8A 5HRVA 2YYNA 4Z1QA 5E73A 4ALGA 4CLBA 2OUOA 3UVDA 4YH4A 2DKWA 5LUUA 5ENGA 5FE3A 3MULA 4HXNA 4XYAA 4YBTA 4OGJA 4QYLA 5H1UA 2YEKA 4TU6A 5A5RA 4LRGA 2RS9B 3P1CA 4TYLA 3QZTA 3O33A 5F36A 5HENA 3U5KA 4UYGA 5ENEA 1WUMA 3UVXA 5DKHA 5EICA 4NRAA 5F5ZA 3O34A 4QSPA 3AQAA 4HXOA 5CQAA 5DLXA 3U5OA 5EK9A 5I40A 4TU4A 2NXBA 5CUGA 4NR9A 3LQHA 4UIVA 1N72A 4YYGA 4TZ2A 4A9KA 5EP7A 5II2A 5TCMA 5D26A 5CUCA 5II1A 5ETBA 4PKLA 5IIDA 4QUUA 5EI4A 4CUPA 5DYUA 5KU3A 5HQ5A 4A9HA 3HMEA 4O71A 4A9FA 4IR6A 5DYCA 5HLSA 5DFCA 4NR6A 5HRXA 2DWWA 5EPBA 4QEVA 4NRBA 4YY4A 4BW3A 5A83A 4DONA 5D3PA 5CQ8A 5E9YA 5CRZA 4YYJA 5CQ6A 4NQMA 2L5EA 5CGPA 4MR3A 2FSAA 4ALHA 3O35A 5ACYA 5D3LA 2L84A 3QZSA 5E7DA 5C89A 5CU8A 5CQ5A 4HXMA 1JSPB 4QSXA 5E9IA 4QR5A 4TT4A 4ZW1A 4X2IA 2E7NA 5EPRA 4QEWA 4PCEA 3MB4A 4LYWA 5EM3A 5F1LA 5E9VA 2L85A 5E0RA 5HRWA 4UYEA 4QSTA 5HEMA 4UIWA 4QB3A 5H1VA 3SVFA 2MJVB 5F3AA 3P1EA 5JI8A 4XUBA 5IGNA 1F68A 4QSSA 5K29A 4NYVA 4FLPA 5A82A 4YAXA 5D25A 5C8GA 4A9OA 5EWHA 2E3KA 5L96A 4CFKA 4KV4A 3LJWA 5CQ4A 5L8UA 5CY9A 4PY6A 4YBMA 5I7YA 4YYKA 5A5NA 5LKTA 3DWYA 3S91A 4NYWA 5LKUA 2RI7A 5FE2A 4UIZA 5HM0A 3LQIA 4WIVA 4NS5A 5EPSA 3U5LA 4A9LA 5HFRA 4O74A 4IORA 4A9IA 5F2PA 5E3DA 4UIXA 5FB1A 3UVWA 4NR4A 3TLPA 4XY9A 4MENA 4IOOA 4MR5A 5ENBA 4A9EA 5CQTA 2YW5A 4YYIA 4YBSA 5C85A 3MUKA 5EWDA 4YYMA 3P1DA 5ENIA 4A9JA 5LVQA 2DVSA 4KCXA 4NR8A 5EGUA 5EQ1A 5FE8A 4WHUA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5EU1A 5D3SA 4UIUA 5CP5A 4NUEA 2R0YA 3MXFA 5AD2A 4YYHA 3UV5A 2G4AA 4Z1SA 4HXKA 4O7AA 4E96A 5HQ6A 3JVMA 3UV4A 5LJ2A 4QYDA 5F62A 4ZC9A 5LJ0A 4HXSA 5FBXA 5I80A 2RNYA 5FE1A 4NYXA 4QSQA 4CL9A 1WUGA 5D3HA 2R0VA 4J1PA 4UITA 4MEOA 4Z6IA 4J0RA 4QSWA 5DY7A 5HCLA 3JVLA 3ONIA 3D7CA 4UYDA 5CUEA 4IR4A 5D7XA 3DAIA 4YYNA 4YADA 5FH6A 4LYSA 5IGMA 5H1TA 5LVRA 2DVVA 2E7OA 5FE6A 4AKNA 3P1FA 4YH3A 5BT3A 2OO1A 5E3GA 4NRCA 2N9GA 3QZVA 4N4IA 2DVQA 4O7FA 5E9LA 4BW1A 5KTXA 3FKMX 4O7EA 5HJCA 2RO1A 2RNWA 3G0JA 3UVYA 4IR5A 4LYIA 4C66A 5I29A 5IGLA 4YC9A 5F25A 4HBVA 5DKCA 3MB3A 5A85A 5D0CA 4LZRA 4UIYA 4O77A 4MR6A 5CUAA 5IG6A 5FG6A 5D24A 4TZ8A 4N3WA 4ZQLA 1ZS5A 4BJXA 5CQ7A 4NQNA 4YATA 2YDWA 5CPEA 5I89A 5CFWA 4XUAA 4NXJA 5CUBA 5I88A 5EWVA 4N4HA 5L97A 2H60A 2F6JA 4TQNA 4MEQA 4O70A 4LC2A 3AADA 4CUTA 5H85A 5FFVA 5KTUA 4O75A 5ENJA 5A5OA 5TB6A 3NXBA 5CZGA 1X0JA 4QC3A 2R10A 2RNXA 5KTWA 5EWWA 5FG5A 4XY8A 4CUSA 4UYFA 4A9NA 5DYAA 4QNSA 2YEMA 5BT4A 5LJ1A 4O7CA 5AMEA 4IR3A 4LZ2A 5FFWA 1PUOA 4LZSA 2I8NA 5ETDA 3U5PA 3O37A 4Q0OA 4QBMA 5AD3A 5EA1A 4HXLA 4QUTA 5KHMA 4CUUA 3I3JA 4MR4A 4Y03A 1JM4B 5FG4A 5J0DA 3ERRA 4CFLA 5DYXA 4OUFA 2YELA 4QSVA 5F63A 5ENFA 4QZSA 4AKGA 5DX4A 3SVGA 4WHWA 5DBMA 3G0LA 3UV2A 5C4QA 3U5JA 5FFYA 5FE9A 3D1BA 2I7KA 4NR5A 4AI6A 5HQ7A 5LKZA 3S92A 2LSPB 4PCIA 5IBNA 5EVAA 3O36A 4O7BA 4UYHA 5D3RA 5F60A 4C67A 5EISA 2OSSA 5FH8A 2WP2A 2WP1A 4HXRA 5DLZA 5A5QA 5D3JA 2DVRA 3P5OA 3GG3A 4YY6A 4O76A 5FE4A 3LQJA 5L8TA 3HMFA 5KO4A 4J0SA 4MEPA 3Q2FA 4QSRA 5E74A 4CURA 5FE5A 5C87A 5D3TA 5D3NA 5FE7A 4HXPA 5HELA 4Z93A 3JVKA 4QR4A 4N4GA 4N4FA 4OGIA 5ENHA 5G4RA 4HBXA 4NR7A 4LDFA 4TS8A 5A5PA 4BW2A 4CUQA 5COIA 4IOQA 5FB0A 5FE0A 4QSUA 2YQDA 5F1HA 5I7XA 4NUDA 4TTEA 2KTBB 3JVJA 3K2JA 5DFDA 2RFJA 3RCWA 5L98A 5FDZA 2D82A 2F6NA 5JWMA 3LXJA 4AKIA 5E9MA 5IGKA 5G4SA 4BW4A 5DW2A 4A9MA 4AKHA 5EWCA 2D9EA 4TT2A 5C7NA 4F3IA 5LKXA 3IU6A 4QC1A 5AMFA 5A81A 5CTLA 4QEUA 4QR3A 5DKDA 5BT5A 5EV9A 4Z6HA 4YABA 5CQ3A 5DFBA 3HMHA 4YK0A 4LR6A 3U5NA 4PTBA 5FH7A 4GPJA 4O78A 4UYFB 4KV1A 1EQFA 4Q0NA 4BHWA 3ZYUA 5I86A 4RVRA 4O72A 5A7CA 5HFQA 3MQMA 4HBYA 5L99A 3U5MA 3UW9A 4NUCA 3VKGA 4YYDA 3Q2EA 5DW1A 2GRCA 1E6IA 5I1QA 5ENCA 5I83A 5F61A 4TT6A 2R0SA 5CRMA 4J3IA 4HBWA 5E9KA 5CUDA 5A5SA 2DATA 3SVHA 4QY4A 4PS5A 3IU5A 5CS8A 5HRVA 2YYNA 4Z1QA 5E73A 4ALGA 4CLBA 2OUOA 3UVDA 4YH4A 2DKWA 5LUUA 5ENGA 5FE3A 3MULA 4HXNA 4XYAA 4YBTA 4OGJA 4QYLA 5H1UA 2YEKA 4TU6A 5A5RA 4LRGA 2RS9B 3P1CA 4TYLA 3QZTA 1ZKRA 3O33A 5F36A 5HENA 3U5KA 4UYGA 5ENEA 1WUMA 3UVXA 5DKHA 5EICA 4NRAA 5F5ZA 3O34A 4QSPA 3AQAA 4HXOA 5CQAA 5DLXA 3U5OA 5EK9A 5I40A 4TU4A 2NXBA 5CUGA 4NR9A 3LQHA 4UIVA 1N72A 4YYGA 4TZ2A 4A9KA 5EP7A 5II2A 3VKHA 5TCMA 5D26A 5CUCA 5II1A 5ETBA 4PKLA 5IIDA 4QUUA 5EI4A 4CUPA 5DYUA 5KU3A 5HQ5A 2EJNA 4A9HA 3HMEA 4O71A 4A9FA 4IR6A 5DYCA 5HLSA 5DFCA 4NR6A 5HRXA 2DWWA 5EPBA 4QEVA 4NRBA 4YY4A 4BW3A 5A83A 4DONA 5D3PA 5CQ8A 5E9YA 5CRZA 4YYJA 5CQ6A 4NQMA 2L5EA 5CGPA 4MR3A 2FSAA 4ALHA 3O35A 5ACYA 5D3LA 2L84A 3QZSA 5E7DA 5C89A 5CU8A 5CQ5A 4HXMA 1JSPB 4QSXA 5E9IA 4QR5A 4TT4A 4ZW1A 4X2IA 2E7NA 5EPRA 4QEWA 4PCEA 3MB4A 4LYWA 5EM3A 5F1LA 5E9VA 2L85A 5E0RA 5HRWA 4UYEA 4QSTA 5HEMA 4UIWA 4QB3A 5H1VA 3SVFA 2MJVB 5F3AA 3P1EA 5JI8A 4XUBA 5IGNA 1F68A 4QSSA 5K29A 4NYVA 4FLPA 5A82A 4YAXA 5D25A 5C8GA 4A9OA 5EWHA 2E3KA 5L96A 4CFKA 4KV4A 3LJWA 5CQ4A 5L8UA 5CY9A 4PY6A 4YBMA 5I7YA 4YYKA 5A5NA 5LKTA 3DWYA 3S91A 4NYWA 5LKUA 2RI7A 5FE2A 4UIZA 5HM0A 3LQIA 4WIVA 4NS5A 3D1DA 5EPSA 3U5LA 4A9LA 5HFRA 4O74A 4IORA 4A9IA 5F2PA 5E3DA 4UIXA 5FB1A 3UVWA 4NR4A 3TLPA 4XY9A 4MENA 4IOOA 4MR5A 5ENBA 4A9EA 5CQTA 2YW5A 4YYIA 4YBSA 5C85A 3MUKA 5EWDA 4YYMA 3P1DA 5ENIA 4A9JA 5LVQA 2DVSA 4KCXA 4NR8A 5EGUA 5EQ1A 5FE8A 4WHUA
chains in the Genus database with same CATH topology
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