5EV9A

Crystal structure of the human brpf1 bromodomain in complex with seed15
Total Genus 41
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
41
sequence length
112
structure length
112
Chain Sequence
MQLTPFLILLRKTLEQLQEKDTGNIFSEPVPLSEVPDYLDHIKKPMDFFTMKQNLEAYRYLNFDDFEEDFNLIVSNCLKYNAKDTIFYRAAVRLREQGGAVLRQARRQAEKM
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Dna binding protein
source organism Homo sapiens
publication title Twenty Crystal Structures of Bromodomain and PHD Finger Containing Protein 1 (BRPF1)/Ligand Complexes Reveal Conserved Binding Motifs and Rare Interactions.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Peregrin
total genus 41
structure length 112
sequence length 112
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-11-19

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5ev9A00
4HBXA 5EWCA 5L98A 4TTEA 5CP5A 4QR3A 4A9NA 3O34A 5EWWA 5CQ7A 3SVGA 5CQ5A 5I89A 2RS9B 4QYDA 5IGKA 3P1CA 5FG5A 5FH8A 4BW1A 5CQTA 4YYMA 5E9IA 2DVVA 3FKMX 5CUEA 4NQNA 5L99A 5FFYA 4QSXA 5D24A 4KV4A 2RO1A 5LJ1A 5K29A 4UYFB 3O37A 4NXJA 4Z6IA 5F3AA 4UYGA 2YDWA 4QUUA 5FE8A 5EVAA 5D3JA 5I80A 3G0JA 3QZVA 3U5MA 2YEMA 4O7FA 5CUGA 5ENCA 3JVLA 5D3HA 3DAIA 4NUCA 4LZSA 5E73A 3UV4A 5A82A 5HQ6A 4TT2A 4YY6A 5LJ2A 1F68A 2DVRA 3DWYA 3U5LA 4C66A 3NXBA 4QY4A 4MR3A 5DLZA 4N4HA 5FH6A 4NUDA 4Z1QA 3U5PA 5H85A 2E3KA 5II2A 5D3LA 5HRXA 3K2JA 4IR3A 4YADA 5KO4A 2WP2A 5FH7A 4UYFA 4CFKA 4UYEA 4MEQA 5FG6A 3RCWA 3U5JA 2DWWA 2I7KA 3UV2A 4QEWA 1N72A 5A5NA 4YY4A 5IGMA 5CUAA 4QSVA 4QNSA 5HEMA 5EU1A 4YABA 3UW9A 3P1FA 3I3JA 3MB4A 5H1TA 2OO1A 2R0VA 2D82A 3GG3A 4QSSA 5DKCA 5HFQA 2E7OA 5HLSA 5HM0A 5FG4A 5DFCA 5C7NA 2GRCA 5EGUA 5E74A 4N4FA 4NYXA 5CPEA 2DVQA 5D3RA 5D25A 5DW2A 5CQ4A 5KHMA 2L5EA 4QEUA 3IU6A 2WP1A 4A9MA 4CFLA 1JM4B 4TYLA 5A81A 3G0LA 2YW5A 4QC1A 4XY8A 5CGPA 5FE4A 4ZQLA 5ENFA 5G4RA 5CS8A 5CFWA 1WUMA 2L85A 5C89A 5A5RA 4YBSA 5F60A 4UITA 5F5ZA 4O72A 4O77A 4X2IA 5II1A 3UVDA 2YELA 5EWDA 5I1QA 4XUBA 2LSPB 5DKDA 5DYXA 4OGIA 4IR6A 5KTWA 5KTXA 4Y03A 4KCXA 5C8GA 5I29A 4O74A 2G4AA 4IOOA 4PKLA 4A9JA 4LZ2A 2DATA 3MB3A 5D3TA 5E9VA 4NUEA 5IG6A 5L97A 5H1UA 5CU8A 4HXRA 4IR5A 4NR4A 4QSTA 4NR5A 4BW4A 4YBMA 5IGLA 4YAXA 4TQNA 5F1HA 5F25A 3O35A 4FLPA 5ENEA 4NYVA 4XYAA 4MEOA 3UVXA 5E7DA 4F3IA 2KTBB 5EI4A 3O33A 4QSRA 3QZSA 4O7BA 4O71A 5I7XA 3LQIA 5AD2A 4LDFA 4YYNA 5E9MA 4YYHA 5A83A 4CLBA 4QUTA 4DONA 5CRZA 5HELA 4GPJA 2H60A 4PTBA 4HXSA 2RNWA 4Z93A 4QR5A 4J0SA 5D7XA 5KTUA 5CTLA 3U5KA 5A5OA 5FFWA 4O76A 5DFBA 5HRWA 5ETBA 5FE3A 4J3IA 5EM3A 4CL9A 3P1EA 4NS5A 4NRCA 4NYWA 4UIUA 4ALHA 2N9GA 5D3PA 4A9LA 5ENGA 5H1VA 2FSAA 3U5NA 5L8UA 4LRGA 4NRAA 2DKWA 4QSQA 4BJXA 4CUSA 4UIVA 3U5OA 4O75A 3ZYUA 4A9HA 5CQ3A 4QC3A 4XUAA 2F6NA 4TS8A 3JVKA 5ENIA 5E3GA 2RNYA 2OSSA 4BW3A 4QSPA 5L96A 4HXNA 2RNXA 5DLXA 4OGJA 5DW1A 3AQAA 5HQ7A 5D3SA 5A5SA 4TZ8A 5EICA 4NR6A 3MXFA 4WIVA 4QZSA 3S92A 3HMEA 4UIXA 4MR6A 5I40A 4TU6A 4AKNA 5ACYA 4O7CA 4E96A 5EP7A 3S91A 4XY9A 5DFDA 4O78A 2D9EA 4MEPA 4WHWA 5EK9A 4A9KA 2YYNA 4HBYA 5LKTA 4QSUA 4QSWA 5F1LA 5EQ1A 4TU4A 4HBVA 5HQ5A 3MUKA 3D7CA 3LJWA 4Q0OA 5F63A 5FFVA 5EPBA 4MR5A 5E9KA 5FE2A 5E0RA 5IBNA 4N3WA 5I86A 4CUQA 4CURA 5FDZA 4LR6A 4O7EA 3Q2FA 4MENA 5E9YA 4YYIA 4QR4A 4TT6A 5A5QA 2R0YA 4O70A 5FE0A 4LYWA 5HCLA 4A9OA 4N4GA 5ENHA 3IU5A 3UVWA 4QYLA 5JI8A 5CUCA 5D0CA 3HMHA 5CUBA 2I8NA 4NQMA 5FE9A 2YEKA 4NR9A 4YYGA 3P1DA 4IORA 5A85A 3SVFA 2L84A 5G4SA 4Q0NA 4YH3A 3QZTA 1ZS5A 5L8TA 5BT4A 4O7AA 4NR7A 4PY6A 5I83A 5HFRA 4HXMA 5CQ8A 5EISA 4LYSA 5CQ6A 2F6JA 5DYUA 5LUUA 3MQMA 5AD3A 1JSPB 5TB6A 4UIYA 5E9LA 5DKHA 4Z6HA 4UIWA 5F61A 3P5OA 4TT4A 3SVHA 5EV9A 5KU3A 5LVQA 5F2PA 5DY7A 5FE5A 5EA1A 5EWVA 5CQAA 4CUTA 5LJ0A 5TCMA 4A9EA 4QEVA 3TLPA 3LQHA 4C67A 1EQFA 5DYAA 4YYKA 4N4IA 5ENBA 3LQJA 4A9FA 5AMEA 5FE7A 5DYCA 4HBWA 1X0JA 5I7YA 4IR4A 4OUFA 4LYIA 5CY9A 3JVJA 1E6IA 5F62A 4HXKA 5JWMA 2MJVB 5A7CA 5EWHA 5D3NA 4RVRA 5LKZA 3UV5A 2RFJA 5DX4A 3ONIA 4A9IA 5A5PA 5D26A 4MR4A 5LVRA 3Q2EA 5HJCA 5LKUA 4YH4A 4UIZA 5FE1A 4PCIA 5BT3A 2YQDA 5EPRA 4CUUA 5CZGA 5EPSA 5FB0A 4YC9A 2DVSA 3MULA 3O36A 5AMFA 4QBMA 4HXPA 4HXLA 5FE6A 5C85A 5ENJA 5IGNA 4YBTA 3JVMA 4UYDA 5FB1A 4KV1A 2RI7A 4WHUA 5I88A 4J1PA 5LKXA 5BT5A 5FBXA 4J0RA 5HRVA 4IOQA 5E3DA 4YATA 4Z1SA 3LXJA 4PCEA 4NR8A 4QB3A 4PS5A 5HENA 3AADA 4ALGA 2R0SA 5ETDA 2NXBA 5CRMA 5COIA 4NRBA 5C4QA 3UVYA 5F36A 4ZW1A 4UYHA 4YK0A 4YYDA 4ZC9A 4YYJA 5C87A 4LC2A 2E7NA 4HXOA 3HMFA 5J0DA 5CUDA 4LZRA 4BHWA 2R10A 4BW2A 1WUGA 4TZ2A 4CUPA 2OUOA 5IIDA 5DBMA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4HBXA 5EWCA 5L98A 4TTEA 5CP5A 4QR3A 4A9NA 3O34A 5EWWA 5CQ7A 3SVGA 5CQ5A 5I89A 2RS9B 4QYDA 5IGKA 3P1CA 5FG5A 5FH8A 4BW1A 5CQTA 4YYMA 5E9IA 2DVVA 3FKMX 5CUEA 4NQNA 5L99A 5FFYA 4QSXA 5D24A 4KV4A 2RO1A 5LJ1A 5K29A 4UYFB 3O37A 4NXJA 4Z6IA 5F3AA 4UYGA 4AI6A 2YDWA 4QUUA 5FE8A 5EVAA 5D3JA 5I80A 3G0JA 3QZVA 3U5MA 2YEMA 4O7FA 5CUGA 5ENCA 3JVLA 5D3HA 3DAIA 4NUCA 4LZSA 5E73A 3UV4A 5A82A 5HQ6A 3VKGA 4TT2A 4YY6A 5LJ2A 1F68A 2DVRA 3DWYA 3U5LA 4C66A 3NXBA 4QY4A 4MR3A 5DLZA 4N4HA 2EJNA 5FH6A 4NUDA 4Z1QA 3U5PA 5H85A 2E3KA 5II2A 5D3LA 5HRXA 3K2JA 4IR3A 4YADA 5KO4A 2WP2A 5FH7A 4UYFA 4CFKA 4UYEA 4MEQA 5FG6A 3RCWA 3U5JA 2DWWA 2I7KA 1PUOA 3UV2A 4QEWA 1N72A 5A5NA 4YY4A 5IGMA 5CUAA 4QSVA 4QNSA 5HEMA 5EU1A 4YABA 3UW9A 3P1FA 3I3JA 3MB4A 5H1TA 2OO1A 2R0VA 2D82A 3GG3A 4QSSA 5DKCA 5HFQA 2E7OA 5HLSA 5HM0A 5FG4A 5DFCA 5C7NA 2GRCA 5EGUA 5E74A 4N4FA 4NYXA 5CPEA 2DVQA 5D3RA 5D25A 5DW2A 5CQ4A 5KHMA 2L5EA 4QEUA 3IU6A 2WP1A 4A9MA 4CFLA 1JM4B 4TYLA 5A81A 3G0LA 2YW5A 4QC1A 4XY8A 5CGPA 5FE4A 4ZQLA 5ENFA 5G4RA 5CS8A 5CFWA 1WUMA 2L85A 5C89A 5A5RA 4YBSA 4AKHA 5F60A 4UITA 5F5ZA 4O72A 4O77A 4X2IA 5II1A 3UVDA 2YELA 5EWDA 5I1QA 4XUBA 2LSPB 5DKDA 5DYXA 4OGIA 4IR6A 5KTWA 5KTXA 4Y03A 4KCXA 5C8GA 5I29A 4O74A 2G4AA 4IOOA 4PKLA 4A9JA 4LZ2A 2DATA 3MB3A 5D3TA 5E9VA 4NUEA 5IG6A 5L97A 5H1UA 5CU8A 4HXRA 4IR5A 4NR4A 4QSTA 4NR5A 1ZKRA 4BW4A 4YBMA 5IGLA 4YAXA 4TQNA 5F1HA 5F25A 3O35A 4FLPA 5ENEA 4NYVA 4XYAA 4MEOA 3UVXA 3VKHA 5E7DA 4F3IA 2KTBB 5EI4A 3O33A 4QSRA 3QZSA 4O7BA 4O71A 5I7XA 3LQIA 5AD2A 4LDFA 4YYNA 5E9MA 4YYHA 5A83A 4CLBA 4QUTA 4DONA 5CRZA 5HELA 4GPJA 2H60A 4PTBA 4HXSA 2RNWA 4Z93A 4QR5A 4J0SA 5D7XA 5KTUA 5CTLA 3U5KA 5A5OA 5FFWA 4O76A 5DFBA 5HRWA 5ETBA 5FE3A 4J3IA 5EM3A 4CL9A 3P1EA 4NS5A 4NRCA 4NYWA 4UIUA 4ALHA 2N9GA 5D3PA 4A9LA 3D1DA 5ENGA 5H1VA 2FSAA 3ERRA 3U5NA 5L8UA 4LRGA 4NRAA 2DKWA 4QSQA 4BJXA 4CUSA 4UIVA 3U5OA 4O75A 3ZYUA 4A9HA 5CQ3A 4QC3A 4XUAA 2F6NA 4TS8A 3JVKA 5ENIA 5E3GA 2RNYA 2OSSA 4BW3A 4QSPA 5L96A 4HXNA 2RNXA 5DLXA 4OGJA 5DW1A 3AQAA 5HQ7A 5D3SA 5A5SA 4TZ8A 5EICA 4NR6A 3MXFA 4WIVA 4QZSA 3S92A 3HMEA 4UIXA 4MR6A 5I40A 4TU6A 4AKNA 5ACYA 4O7CA 4E96A 5EP7A 3S91A 4XY9A 5DFDA 4O78A 2D9EA 4MEPA 4WHWA 5EK9A 4A9KA 2YYNA 4HBYA 3D1BA 4QSUA 5LKTA 4QSWA 5F1LA 5EQ1A 4TU4A 4HBVA 5HQ5A 3MUKA 3D7CA 3LJWA 4Q0OA 5F63A 5FFVA 5EPBA 4MR5A 5E9KA 5FE2A 5E0RA 5IBNA 4N3WA 5I86A 4CUQA 4CURA 5FDZA 4LR6A 4O7EA 3Q2FA 4MENA 5E9YA 4YYIA 4QR4A 4TT6A 5A5QA 2R0YA 4O70A 5FE0A 4LYWA 5HCLA 4A9OA 4N4GA 5ENHA 3IU5A 3UVWA 4QYLA 5JI8A 5CUCA 5D0CA 3HMHA 5CUBA 2I8NA 4NQMA 5FE9A 2YEKA 4NR9A 4YYGA 3P1DA 4IORA 5A85A 3SVFA 2L84A 5G4SA 4Q0NA 4YH3A 3QZTA 1ZS5A 5L8TA 5BT4A 4O7AA 4NR7A 4PY6A 5I83A 5HFRA 4HXMA 5CQ8A 5EISA 4LYSA 5CQ6A 2F6JA 5DYUA 5LUUA 3MQMA 5AD3A 1JSPB 5TB6A 4UIYA 5E9LA 5DKHA 4Z6HA 4UIWA 5F61A 3P5OA 4TT4A 3SVHA 5EV9A 5KU3A 5LVQA 5F2PA 5DY7A 5FE5A 5EA1A 5EWVA 5CQAA 4CUTA 5LJ0A 5TCMA 4A9EA 4QEVA 3TLPA 3LQHA 4C67A 1EQFA 5DYAA 4YYKA 4N4IA 5ENBA 3LQJA 4A9FA 5AMEA 5FE7A 5DYCA 4HBWA 1X0JA 5I7YA 4IR4A 4OUFA 4LYIA 5CY9A 3JVJA 1E6IA 5F62A 4HXKA 5JWMA 2MJVB 5A7CA 5EWHA 5D3NA 4RVRA 5LKZA 3UV5A 2RFJA 5DX4A 3ONIA 4A9IA 5A5PA 5D26A 4MR4A 5LVRA 3Q2EA 5HJCA 5LKUA 4YH4A 4UIZA 5FE1A 4PCIA 5BT3A 2YQDA 5EPRA 4CUUA 5CZGA 5EPSA 5FB0A 4YC9A 4AKGA 2DVSA 3MULA 3O36A 5AMFA 4QBMA 4HXPA 4HXLA 5FE6A 5C85A 5ENJA 5IGNA 4YBTA 3JVMA 4UYDA 5FB1A 4KV1A 2RI7A 4WHUA 5I88A 4J1PA 5LKXA 5BT5A 5FBXA 4J0RA 5HRVA 4IOQA 5E3DA 4YATA 4Z1SA 3LXJA 4PCEA 4NR8A 4QB3A 4PS5A 5HENA 3AADA 4ALGA 2R0SA 5ETDA 2NXBA 5CRMA 5COIA 4NRBA 5C4QA 3UVYA 5F36A 4ZW1A 4UYHA 4YK0A 4YYDA 4ZC9A 4YYJA 5C87A 4LC2A 2E7NA 4HXOA 3HMFA 5J0DA 5CUDA 4LZRA 4BHWA 2R10A 4AKIA 4BW2A 1WUGA 4TZ2A 4CUPA 2OUOA 5IIDA 5DBMA
chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4HBX A;  5EWC A;  5L98 A;  4TTE A;  5CP5 A;  4QR3 A;  4A9N A;  3O34 A;  5EWW A;  5CQ7 A;  3SVG A;  5CQ5 A;  5I89 A;  2RS9 B;  4QYD A;  5IGK A;  3P1C A;  5FG5 A;  5FH8 A;  4BW1 A;  5CQT A;  4YYM A;  5E9I A;  2DVV A;  3FKM X;  5CUE A;  4NQN A;  5L99 A;  5FFY A;  4QSX A;  5D24 A;  4KV4 A;  2RO1 A;  5LJ1 A;  5K29 A;  4UYF B;  3O37 A;  4NXJ A;  4Z6I A;  5F3A A;  4UYG A;  2YDW A;  4QUU A;  5FE8 A;  5EVA A;  5D3J A;  5I80 A;  3G0J A;  3QZV A;  3U5M A;  2YEM A;  4O7F A;  5CUG A;  5ENC A;  3JVL A;  5D3H A;  3DAI A;  4NUC A;  4LZS A;  5E73 A;  3UV4 A;  5A82 A;  5HQ6 A;  4TT2 A;  4YY6 A;  5LJ2 A;  1F68 A;  2DVR A;  3DWY A;  3U5L A;  4C66 A;  3NXB A;  4QY4 A;  4MR3 A;  5DLZ A;  4N4H A;  5FH6 A;  4NUD A;  4Z1Q A;  3U5P A;  5H85 A;  2E3K A;  5II2 A;  5D3L A;  5HRX A;  3K2J A;  4IR3 A;  4YAD A;  5KO4 A;  2WP2 A;  5FH7 A;  4UYF A;  4CFK A;  4UYE A;  4MEQ A;  5FG6 A;  3RCW A;  3U5J A;  2DWW A;  2I7K A;  3UV2 A;  4QEW A;  1N72 A;  5A5N A;  4YY4 A;  5IGM A;  5CUA A;  4QSV A;  4QNS A;  5HEM A;  5EU1 A;  4YAB A; 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