3P5OA

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with ibet inhibitor
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein/inhibitor
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Suppression of inflammation by a synthetic histone mimic
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 44
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-10-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 3p5oA01
4QUUA 2RI7A 2E7NA 5ACYA 4A9EA 4O7EA 4UYFA 3HMFA 4QC3A 2DKWA 3U5NA 4X2IA 4MR6A 2KTBB 5A5RA 1WUMA 2E7OA 5A81A 4QYDA 5EICA 4LYWA 4HXSA 5FFYA 4DONA 2RO1A 3U5MA 5CQAA 5EISA 4WHUA 5FE3A 2L5EA 5D0CA 3AADA 3ONIA 5C4QA 4YADA 4TQNA 3O36A 2D82A 5D3PA 4IR5A 5EQ1A 3S92A 5D3JA 5L99A 5HCLA 4QBMA 4UYGA 5E3GA 5E9LA 4HXOA 5KTXA 2OSSA 4LYIA 5I89A 4TT2A 5CGPA 2H60A 4HXRA 4A9IA 3NXBA 2WP2A 3O33A 5DY7A 5L97A 4QSQA 5G4SA 3MB3A 5FE7A 4BW2A 4N4GA 4AKNA 3G0LA 5CUEA 2FSAA 4LC2A 3U5OA 5DYUA 2R0YA 4A9LA 5TB6A 4A9KA 5F2PA 5C8GA 3JVLA 2LSPB 5EWVA 5E3DA 4UYFB 5HLSA 4TU4A 5F25A 5ENBA 4J0RA 5ENGA 4NR5A 3IU6A 2YYNA 1JM4B 4BJXA 5CQTA 5DFCA 4ALHA 4QSRA 3O35A 5C89A 4CUPA 5CQ5A 5CY9A 5I83A 5KTUA 5IGLA 4O75A 5I1QA 4UYEA 4YBSA 5I29A 5LJ1A 4XY8A 5FE0A 4TZ2A 4YYNA 3LQIA 5E9MA 3UVWA 5LVRA 5CRMA 5IGKA 5A7CA 2R10A 4YAXA 3HMHA 5L8UA 5D3LA 3MXFA 3DWYA 4OGJA 5ETBA 4HXNA 5E9YA 4HXKA 5FH7A 5DFBA 5FE6A 5II2A 4Q0NA 4KV1A 4CUTA 4KCXA 3QZSA 4UYDA 5FFWA 5LUUA 5D3RA 5FG5A 3P5OA 4QR5A 3P1FA 4HXMA 4O70A 4O7FA 4NYVA 4N3WA 5CUCA 4UIXA 5LVQA 4HBYA 5BT4A 4CUUA 5F1LA 4LZ2A 4O77A 5CQ3A 5IG6A 2DVVA 4QSTA 3P1EA 4TYLA 4O72A 2MJVB 3JVJA 5ENIA 4QR3A 2I8NA 4MR4A 5CZGA 4QEWA 5A5OA 5HENA 4TTEA 4ALGA 5DBMA 2L84A 4YC9A 5DLXA 4QY4A 5E73A 5D3HA 4HXLA 5JWMA 4TT6A 5HM0A 4YY4A 3FKMX 4Z1SA 5HQ6A 1F68A 5FH8A 4Z1QA 5FH6A 2N9GA 4CUSA 5EWWA 2YQDA 4YY6A 1JSPB 5D24A 4TU6A 5E9VA 5IGNA 4YYMA 3Q2EA 4CFKA 3Q2FA 5E9IA 5FE5A 5HQ5A 4A9HA 4RVRA 5EWDA 5F63A 5A83A 2E3KA 5EM3A 4ZW1A 5LJ0A 5AMFA 4QSPA 2RNYA 1E6IA 4NUEA 3SVFA 4A9OA 3O37A 5H1VA 2L85A 4XUAA 2G4AA 4YABA 4IOOA 5KU3A 3D7CA 2D9EA 4YATA 4QNSA 5I7XA 5FBXA 3O34A 5KHMA 5ENCA 4NR8A 5DW1A 4NR4A 5EI4A 5H1TA 5I86A 2YW5A 4PCIA 4PCEA 4IR6A 4E96A 5DX4A 3UW9A 5I88A 4O78A 5CQ7A 3MQMA 5DLZA 4NUCA 5FB1A 4YYIA 5IBNA 4ZC9A 4WIVA 4MEQA 5HRXA 4MR3A 3UVXA 4BW1A 4LDFA 4Y03A 2F6JA 5EPBA 5II1A 4YYHA 4QSXA 4YH4A 5DYAA 5E9KA 4LR6A 4MEPA 5FG4A 4BW4A 4NUDA 5D26A 3LJWA 5HEMA 3UV5A 2RNXA 4N4HA 4YBTA 4N4FA 5AMEA 4UIWA 2RNWA 5EK9A 5F1HA 4PKLA 2I7KA 3P1DA 5C7NA 3DAIA 5ENEA 3AQAA 5LJ2A 3JVKA 5E7DA 5F60A 1ZS5A 5FG6A 4Z93A 5A5QA 5IGMA 3RCWA 4PS5A 4MR5A 5HJCA 3TLPA 4F3IA 5ETDA 4HBVA 2DVRA 5I7YA 3U5JA 4BW3A 2R0SA 4N4IA 5C85A 5LKXA 3UV4A 4A9FA 5D3SA 5L8TA 5LKZA 5ENJA 3JVMA 5FFVA 3IU5A 5K29A 4MEOA 4QEUA 5FE4A 3U5LA 2DATA 4O71A 5CUGA 5F5ZA 2DVSA 4CURA 4NRCA 5H1UA 5CRZA 5F36A 5DFDA 4O7AA 3SVGA 4UIZA 4LZSA 5EVAA 4IORA 5F62A 4UITA 4BHWA 5FE1A 5EA1A 5HRVA 5FE9A 4PTBA 3SVHA 4TZ8A 4QB3A 4YYKA 4QR4A 5EGUA 5CTLA 5D7XA 5G4RA 4UYHA 5E74A 4YYJA 4LRGA 4QSSA 4YK0A 4NQNA 4KV4A 3S91A 4QYLA 4MENA 5HFQA 5CU8A 5D3NA 4YH3A 4NQMA 5DKHA 5FE2A 2YDWA 4FLPA 4NRBA 5J0DA 4NRAA 4NXJA 5ENFA 5FE8A 3GG3A 5CS8A 4A9MA 3QZVA 4O7CA 1WUGA 5EWHA 4OGIA 2YEMA 4NR6A 4Q0OA 5EWCA 4CLBA 2YELA 5L96A 5L98A 3LQJA 5HQ7A 4J0SA 5ENHA 5A5NA 4LYSA 5AD2A 5F61A 4QUTA 5DW2A 4O7BA 4IR3A 4IOQA 5DKDA 4NYXA 1EQFA 4YYGA 4Z6HA 4QSVA 5EV9A 4TS8A 5LKTA 4XYAA 5A5SA 2NXBA 5CQ4A 5CQ8A 3U5KA 5FDZA 5H85A 4J3IA 4NR9A 2GRCA 4TT4A 2OUOA 5DYXA 5DKCA 4A9NA 4XUBA 4YYDA 5F3AA 5KO4A 3LQHA 3K2JA 3QZTA 4QZSA 4O76A 5FB0A 5BT5A 5E0RA 5KTWA 3UVYA 4HXPA 4GPJA 4UIYA 5HFRA 5EPRA 2R0VA 3MUKA 4OUFA 5D3TA 3LXJA 4C66A 4CL9A 4HBXA 2RFJA 4QSWA 4WHWA 5A82A 5IIDA 5CUBA 5BT3A 3P1CA 4IR4A 5CP5A 4ZQLA 5CUDA 3U5PA 3MULA 4HBWA 4NS5A 4CFLA 5DYCA 5CFWA 4O74A 5C87A 4QEVA 2F6NA 4A9JA 2YEKA 4NYWA 5EU1A 5I40A 4CUQA 5COIA 3MB4A 4LZRA 4YBMA 4QSUA 4Z6IA 4J1PA 5EP7A 5A5PA 4UIUA 5CUAA 5AD3A 5I80A 3G0JA 5D25A 5EPSA 5TCMA 3UV2A 1X0JA 5HELA 4NR7A 5CPEA 4QC1A 2WP1A 3UVDA 4UIVA 5A85A 2OO1A 5HRWA 2DWWA 4C67A 5LKUA 1N72A 3I3JA 3ZYUA 3HMEA 4PY6A 5JI8A 2DVQA 2RS9B 5CQ6A 4XY9A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4QUUA 2RI7A 2E7NA 5ACYA 4A9EA 4O7EA 4UYFA 3HMFA 4QC3A 2DKWA 3U5NA 4X2IA 4MR6A 2KTBB 5A5RA 1WUMA 2E7OA 5A81A 4QYDA 5EICA 4AKGA 4LYWA 4HXSA 5FFYA 4DONA 2RO1A 3U5MA 5CQAA 5EISA 4WHUA 5FE3A 2L5EA 1ZKRA 5D0CA 3AADA 3ONIA 5C4QA 4YADA 4TQNA 3O36A 2D82A 5D3PA 4IR5A 5EQ1A 3S92A 5D3JA 5L99A 5HCLA 4QBMA 4UYGA 5E3GA 5E9LA 4HXOA 5KTXA 2OSSA 4LYIA 5I89A 4TT2A 5CGPA 2H60A 4HXRA 4A9IA 3NXBA 2WP2A 3O33A 5DY7A 5L97A 4QSQA 5G4SA 3MB3A 5FE7A 4BW2A 4N4GA 4AKNA 3G0LA 5CUEA 2FSAA 4LC2A 3U5OA 5DYUA 2R0YA 4A9LA 5TB6A 4A9KA 5F2PA 5C8GA 3JVLA 2LSPB 5EWVA 5E3DA 4UYFB 5HLSA 4TU4A 5F25A 5ENBA 4J0RA 5ENGA 4NR5A 3IU6A 2YYNA 1JM4B 4BJXA 5CQTA 5DFCA 4ALHA 4QSRA 3O35A 5C89A 4CUPA 5CQ5A 5CY9A 5I83A 5KTUA 5IGLA 4O75A 5I1QA 4UYEA 4YBSA 5I29A 5LJ1A 4XY8A 5FE0A 4TZ2A 4YYNA 3LQIA 5E9MA 3UVWA 5LVRA 5CRMA 5IGKA 5A7CA 2R10A 4YAXA 3HMHA 5L8UA 5D3LA 3MXFA 3DWYA 4OGJA 5ETBA 4HXNA 5E9YA 3ERRA 4HXKA 5FH7A 5DFBA 5FE6A 5II2A 4Q0NA 4KV1A 4CUTA 4KCXA 3QZSA 4UYDA 5FFWA 5LUUA 5D3RA 5FG5A 3P5OA 4QR5A 3P1FA 4HXMA 4O70A 4O7FA 4NYVA 4N3WA 5CUCA 4UIXA 5LVQA 4HBYA 5BT4A 4CUUA 5F1LA 4LZ2A 4O77A 5CQ3A 5IG6A 2DVVA 4QSTA 3P1EA 4TYLA 4O72A 2MJVB 3JVJA 5ENIA 4QR3A 2I8NA 4MR4A 5CZGA 4QEWA 5A5OA 5HENA 4TTEA 4ALGA 5DBMA 2L84A 4YC9A 5DLXA 4QY4A 5E73A 5D3HA 4HXLA 5JWMA 4TT6A 1PUOA 5HM0A 4YY4A 3FKMX 4Z1SA 5HQ6A 1F68A 5FH8A 4Z1QA 5FH6A 2N9GA 3D1BA 4CUSA 5EWWA 2YQDA 4YY6A 1JSPB 5D24A 4TU6A 5E9VA 5IGNA 4YYMA 3Q2EA 4CFKA 3Q2FA 5E9IA 5FE5A 5HQ5A 4A9HA 4RVRA 5EWDA 5F63A 5A83A 2E3KA 5EM3A 4ZW1A 4AKIA 5LJ0A 5AMFA 4QSPA 2RNYA 1E6IA 4NUEA 3SVFA 4A9OA 3O37A 5H1VA 2L85A 4XUAA 2G4AA 4YABA 4IOOA 5KU3A 3D7CA 2D9EA 4YATA 4QNSA 5I7XA 5FBXA 3O34A 5KHMA 5ENCA 4NR8A 5DW1A 4NR4A 5EI4A 5H1TA 5I86A 2YW5A 4PCIA 4PCEA 4IR6A 4E96A 5DX4A 3UW9A 5I88A 4O78A 5CQ7A 3MQMA 5DLZA 4NUCA 5FB1A 4YYIA 5IBNA 4ZC9A 4WIVA 4MEQA 5HRXA 4MR3A 3UVXA 4BW1A 4LDFA 4Y03A 2F6JA 5EPBA 5II1A 4YYHA 4QSXA 4YH4A 5DYAA 5E9KA 4LR6A 4MEPA 5FG4A 2EJNA 4BW4A 4NUDA 5D26A 3LJWA 5HEMA 3UV5A 2RNXA 4N4HA 4YBTA 4N4FA 5AMEA 4UIWA 2RNWA 5EK9A 5F1HA 4PKLA 2I7KA 3P1DA 5C7NA 3DAIA 5ENEA 3AQAA 5LJ2A 3JVKA 5E7DA 5F60A 1ZS5A 5FG6A 4Z93A 5A5QA 5IGMA 3RCWA 4PS5A 4MR5A 5HJCA 3TLPA 4F3IA 5ETDA 4HBVA 2DVRA 5I7YA 3U5JA 4BW3A 2R0SA 4N4IA 5C85A 5LKXA 3UV4A 4A9FA 5D3SA 5L8TA 5LKZA 5ENJA 3JVMA 5FFVA 3IU5A 5K29A 4MEOA 4QEUA 5FE4A 3U5LA 2DATA 4O71A 5CUGA 5F5ZA 2DVSA 4CURA 4NRCA 5H1UA 5CRZA 5F36A 5DFDA 4O7AA 3SVGA 4UIZA 4LZSA 5EVAA 4IORA 5F62A 4UITA 4BHWA 5FE1A 5EA1A 5HRVA 5FE9A 4PTBA 3SVHA 4TZ8A 4QB3A 4YYKA 4QR4A 5EGUA 5CTLA 5D7XA 5G4RA 4UYHA 5E74A 4YYJA 4LRGA 4QSSA 4YK0A 4NQNA 4KV4A 3S91A 4QYLA 4MENA 5HFQA 5CU8A 5D3NA 4YH3A 4NQMA 5DKHA 5FE2A 2YDWA 4FLPA 4NRBA 5J0DA 4NRAA 4NXJA 5ENFA 5FE8A 3GG3A 5CS8A 4A9MA 3QZVA 4O7CA 1WUGA 5EWHA 4OGIA 2YEMA 4NR6A 4Q0OA 5EWCA 4CLBA 2YELA 5L96A 5L98A 3LQJA 5HQ7A 4J0SA 5ENHA 5A5NA 4LYSA 5AD2A 5F61A 4QUTA 5DW2A 4O7BA 4AKHA 4IR3A 4IOQA 5DKDA 4NYXA 1EQFA 4YYGA 4Z6HA 4QSVA 5EV9A 4TS8A 5LKTA 4XYAA 5A5SA 2NXBA 5CQ4A 5CQ8A 3U5KA 4AI6A 5FDZA 5H85A 4J3IA 4NR9A 2GRCA 4TT4A 2OUOA 5DYXA 5DKCA 4A9NA 4XUBA 4YYDA 5F3AA 5KO4A 3LQHA 3K2JA 3QZTA 4QZSA 4O76A 5FB0A 5BT5A 5E0RA 5KTWA 3UVYA 4HXPA 4GPJA 4UIYA 5HFRA 5EPRA 2R0VA 3MUKA 3VKHA 4OUFA 5D3TA 3LXJA 3VKGA 4C66A 4CL9A 4HBXA 2RFJA 4QSWA 4WHWA 5A82A 5IIDA 5CUBA 5BT3A 3P1CA 4IR4A 5CP5A 4ZQLA 5CUDA 3D1DA 3U5PA 3MULA 4HBWA 4NS5A 4CFLA 5DYCA 5CFWA 4O74A 5C87A 4QEVA 2F6NA 4A9JA 2YEKA 4NYWA 5EU1A 5I40A 4CUQA 5COIA 3MB4A 4LZRA 4YBMA 4QSUA 4Z6IA 4J1PA 5EP7A 5A5PA 4UIUA 5CUAA 5AD3A 5I80A 3G0JA 5D25A 5EPSA 5TCMA 3UV2A 1X0JA 5HELA 4NR7A 5CPEA 4QC1A 2WP1A 3UVDA 4UIVA 5A85A 2OO1A 5HRWA 2DWWA 4C67A 5LKUA 1N72A 3I3JA 3ZYUA 3HMEA 4PY6A 5JI8A 2DVQA 2RS9B 5CQ6A 4XY9A
chains in the Genus database with same CATH topology
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