3P5OA

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with ibet inhibitor
Total Genus 44
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
44
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Suppression of inflammation by a synthetic histone mimic
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Signaling protein/inhibitor
total genus 44
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-10-09

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 3p5oA01
4A9EA 5DKDA 4IOOA 5E3DA 5DYXA 1F68A 4Z6HA 5E9KA 5FE5A 4QC3A 5L8TA 3DWYA 5FBXA 4OGIA 3U5LA 5H85A 5E9YA 5TCMA 5ENBA 4IORA 4QSRA 5F61A 4HXRA 4NYVA 4MEPA 5ENHA 3JVKA 4Y03A 5CUAA 4NXJA 4UYGA 4KV1A 4LC2A 4O77A 5D3HA 5IGKA 4BW4A 5A5SA 5C7NA 5EV9A 2H60A 4OGJA 5CUCA 4IOQA 3LXJA 4Q0NA 2R0SA 3FKMX 2KTBB 4PTBA 4CFLA 4HXPA 2RS9B 4TZ8A 5I83A 3UV4A 4A9KA 4QUUA 4FLPA 4BW1A 4CUPA 5JWMA 4YYJA 4O71A 5G4SA 3U5NA 5EICA 1N72A 5BT3A 5D3RA 5EI4A 5A5NA 4YAXA 4QEWA 4UYDA 5EWDA 2L5EA 3QZVA 5EQ1A 2OUOA 4QUTA 4HXMA 3AADA 5F1HA 5CQ5A 5FG4A 4PCEA 3O36A 5DYUA 5HEMA 5KTXA 4MR3A 5G4RA 5LVRA 4UIVA 5HCLA 4NR7A 4YH4A 2DATA 4DONA 4MR5A 5EWVA 3HMFA 4MENA 5LKXA 4N4IA 5CQ6A 4ALGA 5DLZA 3LJWA 5FFWA 5IGNA 5FB0A 4YY4A 2LSPB 5C4QA 3QZTA 4QY4A 4QNSA 3MULA 5C87A 4O7AA 5I40A 5CQTA 5EWWA 3LQHA 5A85A 5D0CA 2YDWA 3LQIA 4NR4A 4A9FA 5ENIA 5EWCA 5D3PA 5LKUA 5L8UA 4HXKA 5DKHA 5D3TA 4NYXA 5HLSA 5TB6A 5I86A 4BW2A 3U5PA 3K2JA 3SVFA 5CPEA 4WIVA 3IU5A 5E0RA 4UITA 3QZSA 5D24A 4TZ2A 5DBMA 4Q0OA 5HRXA 4QSTA 4HBWA 5FG6A 5HQ5A 1WUGA 5I80A 4QEUA 4NQNA 4YABA 5C85A 3JVMA 3P1FA 3MXFA 4QSSA 4TU4A 3UV2A 3I3JA 4HXOA 4QC1A 4O7FA 2RO1A 5A5OA 3Q2FA 4UIUA 4ZQLA 5EPBA 3G0LA 4XY9A 5IBNA 5EPSA 4PCIA 4LZ2A 4GPJA 4YATA 1JM4B 4YH3A 4NR8A 5I7XA 5A83A 4CFKA 4HXLA 4TYLA 4YYKA 5FE0A 2OSSA 4HXNA 4N3WA 4Z1SA 4XUAA 1X0JA 5L97A 5BT5A 5HJCA 3ONIA 5I1QA 4CLBA 4HXSA 5FE1A 4Z6IA 4QSVA 5D3LA 5A81A 2E7OA 5AD3A 5FH7A 5KHMA 4A9JA 4AKNA 4TT6A 4E96A 4LR6A 4IR4A 3P1EA 5L96A 3UVWA 1JSPB 4TT4A 2F6NA 4QSPA 3ZYUA 2FSAA 5II1A 5LJ2A 5DYAA 3AQAA 3IU6A 5KU3A 2WP1A 2F6JA 2R10A 5II2A 5DW1A 2I8NA 5I29A 4LZSA 4WHUA 5EVAA 5FE9A 4QBMA 5DKCA 4ALHA 5FFYA 4IR5A 3Q2EA 4QSXA 5ETBA 3HMEA 2YW5A 4YBMA 5F1LA 5AMFA 5FE4A 4YYNA 4YC9A 4A9HA 4N4GA 5DLXA 4LRGA 5FB1A 3MB3A 4NR6A 4QR4A 5EA1A 5F5ZA 5H1VA 4UYHA 5DY7A 4MR4A 1ZS5A 4HBVA 4O7EA 5CTLA 5LVQA 5HQ7A 4O7BA 3S92A 5E9IA 5ENEA 5COIA 5LUUA 5FE3A 4J3IA 5EISA 3SVHA 4O75A 4BHWA 5CRZA 4A9LA 5EK9A 5CP5A 4X2IA 5IIDA 5F25A 5D3SA 5KTUA 3U5MA 3S91A 5EWHA 3MB4A 4QYDA 4TQNA 5A5QA 5HENA 4QSWA 5CQAA 5FE6A 4LZRA 4O7CA 5F36A 3JVJA 5CUGA 2WP2A 4UYFA 4CL9A 5DW2A 4QYLA 5FH8A 4A9NA 2L85A 4BJXA 4QR3A 5ACYA 3GG3A 2NXBA 4UIYA 5ENJA 3P1DA 2RNYA 5A5RA 5L99A 4PY6A 2RNWA 3MUKA 4WHWA 3U5JA 5AMEA 4XY8A 4UIWA 4ZC9A 5LJ1A 4QEVA 5DFDA 5IGMA 5ENGA 5HFQA 2MJVB 2DKWA 5EM3A 4MR6A 5FE2A 5DYCA 3P5OA 3NXBA 4YYHA 3U5OA 4N4HA 4O74A 2YEMA 5LJ0A 3TLPA 3UV5A 4HBYA 4NR5A 5D25A 5D3JA 4OUFA 3RCWA 5FG5A 3LQJA 4YBTA 4O76A 3P1CA 5EPRA 2E3KA 3HMHA 4IR6A 4N4FA 5FE7A 4Z1QA 5A82A 3U5KA 2YQDA 5E73A 2N9GA 5CUBA 2RFJA 4CUTA 5FE8A 4CUSA 2DVSA 1EQFA 2RNXA 3MQMA 5F2PA 5FH6A 5JI8A 5I88A 5FFVA 2D9EA 5DFBA 4LYIA 4PS5A 5CRMA 5ENFA 5FDZA 5CS8A 2G4AA 5CQ7A 4UIZA 2DVQA 3UVDA 4F3IA 4IR3A 4NUEA 4TU6A 4O70A 4Z93A 5J0DA 4HBXA 5HFRA 5HQ6A 5ENCA 4RVRA 5F60A 4YYMA 4ZW1A 4A9OA 3D7CA 4YADA 2GRCA 5IG6A 5AD2A 3UVYA 5CZGA 3DAIA 2YEKA 3G0JA 5E3GA 5EGUA 4LYSA 2R0VA 5LKTA 1WUMA 2R0YA 5LKZA 5CQ8A 5CQ3A 4NRAA 5DX4A 4YYIA 5F63A 5KO4A 4QSUA 5DFCA 4J0RA 2DVRA 5E9MA 4NRCA 3O35A 4O72A 4LDFA 4UYFB 4TS8A 5E74A 5E7DA 5IGLA 4O78A 5EU1A 4TTEA 4QB3A 5KTWA 2E7NA 3JVLA 4NYWA 2I7KA 5CY9A 5CFWA 4QR5A 4NR9A 1E6IA 4CURA 4MEOA 5F3AA 3UW9A 2D82A 5H1TA 4J1PA 5F62A 4YK0A 5C89A 2RI7A 5HELA 3O37A 4A9IA 2DWWA 4NUCA 4NS5A 4XUBA 2YELA 4C66A 3SVGA 5K29A 2OO1A 4CUUA 4YYGA 4NUDA 4MEQA 5I7YA 5D26A 3O33A 4QSQA 4TT2A 4BW3A 4YBSA 4LYWA 4YYDA 5D3NA 4C67A 5CQ4A 2DVVA 5I89A 4CUQA 4NQMA 4YY6A 5CU8A 2L84A 5A5PA 5CGPA 4KV4A 4UYEA 4KCXA 5HRWA 5EP7A 4UIXA 5CUDA 5D7XA 5E9LA 5HRVA 4A9MA 5A7CA 4NRBA 5HM0A 4XYAA 4QZSA 5E9VA 5H1UA 5L98A 5ETDA 3UVXA 4PKLA 3O34A 2YYNA 5BT4A 5C8GA 4J0SA 5CUEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4A9EA 5DKDA 4IOOA 5E3DA 5DYXA 1F68A 4Z6HA 5E9KA 5FE5A 4QC3A 5L8TA 3DWYA 5FBXA 4OGIA 3U5LA 5H85A 5E9YA 5TCMA 5ENBA 4IORA 4QSRA 5F61A 4HXRA 4NYVA 4MEPA 5ENHA 3JVKA 3ERRA 4Y03A 5CUAA 4NXJA 4UYGA 4KV1A 4LC2A 4O77A 5D3HA 3D1BA 5IGKA 4BW4A 5A5SA 5C7NA 5EV9A 2H60A 4OGJA 5CUCA 4IOQA 3LXJA 4Q0NA 2R0SA 3FKMX 2KTBB 4PTBA 4CFLA 4HXPA 2RS9B 4TZ8A 5I83A 3UV4A 4A9KA 4QUUA 4FLPA 4BW1A 4CUPA 5JWMA 4YYJA 4O71A 5G4SA 3U5NA 5EICA 1N72A 5BT3A 5D3RA 5EI4A 5A5NA 4YAXA 4QEWA 4AKIA 4UYDA 5EWDA 2L5EA 3QZVA 5EQ1A 2OUOA 4QUTA 4HXMA 3AADA 5F1HA 5CQ5A 5FG4A 4PCEA 3O36A 5DYUA 5HEMA 5KTXA 4MR3A 5G4RA 5LVRA 4UIVA 5HCLA 4NR7A 4YH4A 2DATA 4DONA 4MR5A 5EWVA 3HMFA 4MENA 5LKXA 4N4IA 5CQ6A 4ALGA 5DLZA 3LJWA 5FFWA 5IGNA 5FB0A 4YY4A 2LSPB 5C4QA 3QZTA 4QY4A 4QNSA 3MULA 5C87A 4O7AA 5I40A 5CQTA 5EWWA 3LQHA 5A85A 5D0CA 2YDWA 3LQIA 4NR4A 4A9FA 5ENIA 5EWCA 5D3PA 5LKUA 5L8UA 4HXKA 5DKHA 5D3TA 4NYXA 5HLSA 5TB6A 5I86A 4BW2A 3U5PA 3K2JA 3SVFA 5CPEA 4WIVA 3IU5A 5E0RA 4UITA 3QZSA 5D24A 4TZ2A 5DBMA 1ZKRA 4Q0OA 5HRXA 4QSTA 4HBWA 5FG6A 5HQ5A 1WUGA 5I80A 4QEUA 4NQNA 4YABA 5C85A 3JVMA 3P1FA 3MXFA 4QSSA 4TU4A 3UV2A 3I3JA 4HXOA 4QC1A 4O7FA 2RO1A 5A5OA 3Q2FA 4UIUA 4ZQLA 5EPBA 3G0LA 4XY9A 5IBNA 5EPSA 4PCIA 4LZ2A 4GPJA 4YATA 1JM4B 4YH3A 4NR8A 5I7XA 5A83A 4AI6A 3VKGA 4CFKA 4HXLA 4TYLA 4YYKA 5FE0A 2OSSA 4HXNA 4N3WA 4Z1SA 4XUAA 1X0JA 5L97A 5BT5A 5HJCA 3ONIA 5I1QA 4CLBA 4HXSA 5FE1A 4Z6IA 4QSVA 5D3LA 5A81A 2E7OA 5AD3A 5FH7A 5KHMA 4A9JA 4AKNA 4TT6A 4AKGA 4E96A 4LR6A 4IR4A 3P1EA 5L96A 3UVWA 1JSPB 4TT4A 2F6NA 4QSPA 3ZYUA 2FSAA 5II1A 5LJ2A 5DYAA 3AQAA 3IU6A 5KU3A 2WP1A 2F6JA 2R10A 5II2A 5DW1A 2I8NA 5I29A 4LZSA 4WHUA 5EVAA 3D1DA 5FE9A 4QBMA 1PUOA 5DKCA 4ALHA 5FFYA 4IR5A 3Q2EA 4QSXA 5ETBA 3HMEA 2YW5A 4YBMA 5F1LA 5AMFA 5FE4A 4YYNA 4YC9A 4A9HA 4N4GA 5DLXA 4LRGA 5FB1A 3MB3A 4NR6A 4QR4A 5EA1A 5F5ZA 5H1VA 4UYHA 5DY7A 4MR4A 1ZS5A 4HBVA 4O7EA 5CTLA 5LVQA 5HQ7A 4O7BA 3S92A 5E9IA 5ENEA 5COIA 5LUUA 5FE3A 4J3IA 5EISA 3SVHA 4O75A 4BHWA 5CRZA 4A9LA 5EK9A 5CP5A 4X2IA 5IIDA 5F25A 5D3SA 5KTUA 3U5MA 3S91A 5EWHA 3MB4A 4QYDA 4TQNA 5A5QA 5HENA 4QSWA 5CQAA 5FE6A 4LZRA 4O7CA 5F36A 3JVJA 5CUGA 2WP2A 4UYFA 4CL9A 5DW2A 4QYLA 5FH8A 4A9NA 2L85A 4BJXA 4QR3A 5ACYA 3GG3A 2NXBA 4UIYA 5ENJA 3P1DA 2RNYA 5A5RA 5L99A 4PY6A 2RNWA 3MUKA 4WHWA 3U5JA 5AMEA 4XY8A 4UIWA 4ZC9A 5LJ1A 4QEVA 5DFDA 5IGMA 5ENGA 5HFQA 2MJVB 2DKWA 5EM3A 4MR6A 5FE2A 5DYCA 3P5OA 3NXBA 4YYHA 3U5OA 4N4HA 4O74A 2YEMA 5LJ0A 3TLPA 3UV5A 4HBYA 4NR5A 5D25A 5D3JA 4OUFA 3RCWA 5FG5A 3LQJA 4YBTA 4O76A 3P1CA 5EPRA 2E3KA 3HMHA 4IR6A 4N4FA 5FE7A 4Z1QA 4AKHA 5A82A 3U5KA 2YQDA 5E73A 2N9GA 5CUBA 2RFJA 4CUTA 5FE8A 4CUSA 2DVSA 1EQFA 2RNXA 3MQMA 5F2PA 5FH6A 5JI8A 5I88A 5FFVA 2D9EA 5DFBA 4LYIA 4PS5A 5CRMA 5ENFA 5FDZA 5CS8A 2G4AA 5CQ7A 4UIZA 2DVQA 3UVDA 4F3IA 4IR3A 4NUEA 4TU6A 4O70A 4Z93A 5J0DA 4HBXA 5HFRA 5HQ6A 5ENCA 4RVRA 5F60A 4YYMA 4ZW1A 4A9OA 3D7CA 4YADA 2GRCA 5IG6A 5AD2A 3UVYA 5CZGA 3DAIA 2YEKA 3G0JA 5E3GA 5EGUA 4LYSA 2R0VA 5LKTA 1WUMA 2EJNA 2R0YA 5LKZA 5CQ8A 5CQ3A 4NRAA 5DX4A 4YYIA 5F63A 5KO4A 3VKHA 4QSUA 5DFCA 4J0RA 2DVRA 5E9MA 4NRCA 3O35A 4O72A 4LDFA 4UYFB 4TS8A 5E74A 5E7DA 5IGLA 4O78A 5EU1A 4TTEA 4QB3A 5KTWA 2E7NA 3JVLA 4NYWA 2I7KA 5CY9A 5CFWA 4QR5A 4NR9A 1E6IA 4CURA 4MEOA 5F3AA 3UW9A 2D82A 5H1TA 4J1PA 5F62A 4YK0A 5C89A 2RI7A 5HELA 3O37A 4A9IA 2DWWA 4NUCA 4NS5A 4XUBA 2YELA 4C66A 3SVGA 5K29A 2OO1A 4CUUA 4YYGA 4NUDA 4MEQA 5I7YA 5D26A 3O33A 4QSQA 4TT2A 4BW3A 4YBSA 4LYWA 4YYDA 5D3NA 4C67A 5CQ4A 2DVVA 5I89A 4CUQA 4NQMA 4YY6A 5CU8A 2L84A 5A5PA 5CGPA 4KV4A 4UYEA 4KCXA 5HRWA 5EP7A 4UIXA 5CUDA 5D7XA 5E9LA 5HRVA 4A9MA 5A7CA 4NRBA 5HM0A 4XYAA 4QZSA 5E9VA 5H1UA 5L98A 5ETDA 3UVXA 4PKLA 3O34A 2YYNA 5BT4A 5C8GA 4J0SA 5CUEA
chains in the Genus database with same CATH topology
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