2DVSA

Crystal structure analysis of the n-terminal bromodomain of human brd2 complexed with acetylated histone h4 peptide
Total Genus 26
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
26
sequence length
114
structure length
114
Chain Sequence
GRVTNQLQYLHKVVMKALWKHQFAWPFRQPVDAVKLGLPDYHKIIKQPMDMGTIKRRLENNYYWAASECMQDFNTMFTNCYIYNKPTDDIVLMAQTLEKIFLQKVASMPQEEQE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords bromodomain-containing protein 2
publication title Structural Basis for Acetylated Histone H4 Recognition by the Human BRD2 Bromodomain.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription
total genus 26
structure length 114
sequence length 114
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-08-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 2dvsA00
5H1TA 4A9EA 5A5RA 3D7CA 5KTUA 5D25A 5KU3A 2L5EA 5HENA 5C89A 5CY9A 5A85A 4YBTA 5FG4A 4A9IA 4KV1A 5AD3A 5LJ2A 3DAIA 5AD2A 5FE4A 2KTBB 5FE6A 3Q2FA 4HXSA 5BT4A 5FBXA 5CQAA 3JVLA 5ETDA 4MEPA 4NR5A 5ENHA 3P1EA 4QSRA 5DW2A 4YYIA 5EWWA 5HQ5A 4QYLA 4BW1A 4YYDA 4IR5A 4F3IA 3SVHA 5HELA 5C85A 5CQ8A 4QR4A 4YBSA 4HXMA 3QZSA 2H60A 4UYFB 5LKZA 5CQ6A 4LRGA 4UIUA 3UVDA 3SVGA 4J0SA 5D3RA 3U5KA 2RNXA 4IORA 4J1PA 5EICA 5FE1A 3S92A 4YYHA 3MXFA 3U5PA 5F1HA 4TT2A 5I83A 5C4QA 5I40A 4A9OA 2NXBA 2OSSA 4XYAA 5LKUA 5IGNA 5CUAA 4MR5A 4LR6A 2YELA 5F36A 5KTWA 3JVMA 3U5JA 5A5OA 5IG6A 3ONIA 4J3IA 5LVRA 4IR4A 2E7OA 2DVQA 5D3JA 5L8TA 2E7NA 4YC9A 5AMFA 3O36A 4XUBA 5I7XA 3Q2EA 4NRAA 4LYIA 4LZRA 5LUUA 5HFRA 1ZS5A 5A5PA 2GRCA 4UYFA 4QR5A 3TLPA 4QSUA 5I80A 4UITA 5E3GA 4PKLA 5EV9A 5ENEA 5AMEA 5DKDA 5EWHA 4QEUA 5DYXA 4XY9A 3MULA 2YEMA 5LJ1A 4NRCA 4QSTA 5TB6A 4BW4A 4NYVA 5DFBA 3SVFA 5A83A 5IGKA 5EK9A 5CFWA 5H85A 4YY4A 5DYAA 4WHUA 4UIXA 3S91A 5L8UA 2R0VA 4GPJA 4QSQA 5DW1A 2YW5A 4A9JA 4O7AA 2RO1A 4PCEA 4TU4A 4TZ8A 5FB0A 5A82A 4PY6A 5HRWA 4QSSA 5HEMA 5EA1A 4NR8A 4NUEA 2DVVA 5E3DA 3HMHA 2I7KA 4YYNA 5E9MA 3UV2A 5D26A 4YH3A 4QY4A 3U5MA 5F25A 4NYXA 5EGUA 4TT6A 4MEOA 3O34A 5E9IA 4BHWA 3JVJA 4CFLA 5CGPA 5H1UA 5DKCA 5A81A 4QNSA 2RS9B 4TT4A 4ALGA 5C87A 4IR6A 2R0SA 3G0JA 5CU8A 4ZC9A 3P1FA 4QC3A 2R10A 4QUTA 5LKXA 2YEKA 3LXJA 5CUBA 5A5NA 3IU5A 4QC1A 5DX4A 1JM4B 5EI4A 3RCWA 5L96A 4LC2A 5FE0A 4YYGA 4NR4A 5F1LA 5DLXA 4NQNA 4YH4A 2DVRA 1WUGA 4NXJA 5CQ3A 3GG3A 5FFYA 1EQFA 4HBVA 4N4HA 4QSVA 3NXBA 5FE3A 5E7DA 4RVRA 4HBWA 4N4GA 2G4AA 5I88A 4YYMA 4KCXA 4NUCA 5CP5A 5CQ5A 5DY7A 3QZVA 4N4FA 4A9KA 4A9MA 2I8NA 4TU6A 3UVYA 5JI8A 2L85A 3IU6A 2E3KA 4UIYA 2YYNA 3I3JA 4O70A 5BT5A 5HFQA 2LSPB 2F6NA 4HXNA 5D0CA 5F3AA 4QR3A 4QSPA 5FG6A 5FDZA 5H1VA 5EWCA 4N4IA 3AADA 3O37A 4TZ2A 3LQJA 4CUSA 2DATA 5LJ0A 5D3PA 3QZTA 4LZSA 1WUMA 3DWYA 4FLPA 4C67A 5CTLA 5E9VA 3FKMX 4HXRA 4YYKA 2DVSA 5A5QA 2D9EA 5DKHA 3MB3A 5D24A 4HXLA 5G4RA 5A7CA 3LQHA 5FH6A 4UYHA 5D7XA 5G4SA 4Y03A 3UVXA 2WP2A 5EPRA 3HMEA 4O78A 5IGLA 4Z6IA 5J0DA 2WP1A 2DKWA 2MJVB 4MR6A 5I89A 4O75A 4MR4A 3P1CA 3UVWA 2F6JA 5E74A 5EWVA 5EPBA 5DFCA 4IOQA 3U5LA 4CUTA 5IGMA 5ENGA 3O35A 4IR3A 4O72A 1N72A 4NS5A 1F68A 5FE8A 5D3TA 5I7YA 4YADA 5KHMA 4TQNA 4CUUA 5ENIA 4Z93A 4BW3A 4LZ2A 5D3NA 3LQIA 4O71A 4O7EA 5KTXA 5HQ6A 4QSWA 5F63A 4UIZA 3ZYUA 5DFDA 5HJCA 5JWMA 5LKTA 4HXOA 5D3LA 4MEQA 2RFJA 5CS8A 4ALHA 5FG5A 5DLZA 5DYCA 2D82A 4O7CA 5I86A 4Q0OA 5ETBA 2R0YA 3AQAA 5ENFA 5ENBA 5EQ1A 5L98A 4N3WA 4LYSA 4HBXA 4WHWA 5F2PA 3UV5A 5COIA 5CRMA 4HBYA 5DYUA 5FB1A 4O76A 3P1DA 5ENJA 4QB3A 3P5OA 5CUDA 5DBMA 5I1QA 4NQMA 5FFWA 4PS5A 5D3SA 5E0RA 4UYEA 4A9LA 3U5NA 4NUDA 5FE2A 3MUKA 5II1A 5E9LA 4DONA 5EISA 5CUGA 5FFVA 3O33A 5FE9A 4NR6A 4LDFA 4TYLA 4BJXA 4YBMA 2DWWA 4NRBA 5ACYA 5FE7A 5EPSA 4E96A 4O7FA 4UIWA 4A9FA 4CUPA 4Z1SA 5L99A 4YYJA 4UYGA 4HXKA 5C8GA 5F62A 2RNYA 5II2A 3U5OA 5D3HA 5HRXA 4OGJA 5CQTA 1JSPB 4TTEA 5I29A 3UV4A 5CQ4A 5ENCA 5EWDA 4A9NA 4NR7A 4CUQA 3G0LA 5HM0A 4YATA 5HLSA 4MR3A 4QEWA 4O77A 4QBMA 3MQMA 4QSXA 5HRVA 2RNWA 2OUOA 5CRZA 5C7NA 4Q0NA 3UW9A 4KV4A 4UIVA 5K29A 5EU1A 4XY8A 4YAXA 4AKNA 5L97A 5CUCA 5EP7A 4CLBA 4UYDA 4C66A 5TCMA 5A5SA 4MENA 5F5ZA 5HQ7A 4O7BA 5LVQA 4CFKA 4YY6A 4PTBA 4BW2A 3JVKA 4QEVA 1X0JA 5FE5A 4QYDA 5IIDA 5E9YA 3K2JA 4QUUA 4XUAA 4CURA 5EVAA 2YDWA 4X2IA 3MB4A 5IBNA 4PCIA 5FH8A 5BT3A 4HXPA 5E73A 4ZW1A 2FSAA 4NR9A 2N9GA 4CL9A 5HCLA 4Z1QA 2YQDA 4OGIA 4TS8A 2RI7A 3LJWA 4YK0A 5FH7A 2L84A 3HMFA 5CZGA 4WIVA 4ZQLA 2OO1A 4Z6HA 4YABA 5KO4A 5CPEA 4NYWA 4A9HA 4O74A 4IOOA 4OUFA 4QZSA 5E9KA 4LYWA 5EM3A 4J0RA 5F61A 5F60A 1E6IA 5CQ7A 5CUEA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5H1TA 4A9EA 5A5RA 3D7CA 5KTUA 5D25A 5KU3A 2L5EA 5HENA 5C89A 5CY9A 5A85A 4YBTA 5FG4A 4A9IA 4KV1A 5AD3A 5LJ2A 3DAIA 5AD2A 5FE4A 2KTBB 5FE6A 3Q2FA 4HXSA 5BT4A 5FBXA 5CQAA 3JVLA 5ETDA 4MEPA 4NR5A 5ENHA 3P1EA 4QSRA 5DW2A 4YYIA 5EWWA 5HQ5A 4QYLA 4BW1A 4YYDA 4IR5A 4F3IA 3SVHA 5HELA 5C85A 5CQ8A 4QR4A 4YBSA 4HXMA 3QZSA 2H60A 4UYFB 5LKZA 5CQ6A 4LRGA 4UIUA 3UVDA 3SVGA 4J0SA 5D3RA 3U5KA 2RNXA 4IORA 4J1PA 5EICA 5FE1A 3S92A 4YYHA 3MXFA 3U5PA 5F1HA 4TT2A 5I83A 5C4QA 5I40A 4A9OA 2NXBA 2OSSA 4XYAA 5LKUA 5IGNA 5CUAA 4MR5A 4LR6A 2YELA 5F36A 5KTWA 3JVMA 3U5JA 5A5OA 5IG6A 3ONIA 4J3IA 5LVRA 4IR4A 2E7OA 2DVQA 5D3JA 5L8TA 2E7NA 4YC9A 5AMFA 3O36A 4XUBA 5I7XA 3Q2EA 4NRAA 4LYIA 4LZRA 5LUUA 5HFRA 1ZS5A 5A5PA 2GRCA 4UYFA 4QR5A 3TLPA 3D1DA 4QSUA 5I80A 4UITA 5E3GA 4PKLA 5EV9A 5ENEA 5AMEA 5DKDA 5EWHA 4QEUA 2EJNA 5DYXA 4XY9A 3MULA 2YEMA 5LJ1A 4NRCA 4QSTA 5TB6A 4BW4A 4NYVA 5DFBA 3SVFA 4AI6A 5A83A 5IGKA 5EK9A 5CFWA 5H85A 4YY4A 5DYAA 4WHUA 4UIXA 3S91A 5L8UA 2R0VA 4GPJA 4QSQA 5DW1A 2YW5A 4A9JA 4O7AA 2RO1A 4PCEA 4TU4A 4TZ8A 5FB0A 5A82A 4PY6A 5HRWA 4QSSA 5HEMA 5EA1A 4NR8A 4NUEA 2DVVA 5E3DA 3HMHA 2I7KA 4YYNA 5E9MA 3UV2A 5D26A 4YH3A 4QY4A 3U5MA 5F25A 4NYXA 5EGUA 4TT6A 4MEOA 3O34A 5E9IA 4BHWA 3JVJA 4CFLA 5CGPA 5H1UA 5DKCA 5A81A 4QNSA 2RS9B 4TT4A 4ALGA 5C87A 4IR6A 2R0SA 3G0JA 5CU8A 4ZC9A 3P1FA 4QC3A 2R10A 4QUTA 5LKXA 2YEKA 3LXJA 5CUBA 5A5NA 3IU5A 4QC1A 5DX4A 1JM4B 5EI4A 3RCWA 5L96A 4LC2A 5FE0A 4YYGA 4NR4A 5F1LA 5DLXA 4NQNA 4YH4A 2DVRA 1WUGA 4NXJA 5CQ3A 3GG3A 5FFYA 1EQFA 4HBVA 4N4HA 4QSVA 3NXBA 5FE3A 5E7DA 4RVRA 4HBWA 4N4GA 4AKGA 2G4AA 5I88A 4YYMA 4KCXA 4NUCA 5CP5A 5CQ5A 5DY7A 3QZVA 4N4FA 4A9KA 4A9MA 2I8NA 3ERRA 4TU6A 3UVYA 5JI8A 2L85A 3IU6A 2E3KA 4UIYA 2YYNA 3I3JA 4O70A 5BT5A 5HFQA 2LSPB 2F6NA 4HXNA 5D0CA 5F3AA 4QR3A 4QSPA 5FG6A 5FDZA 5H1VA 5EWCA 4N4IA 3AADA 3O37A 4TZ2A 3LQJA 4CUSA 2DATA 5LJ0A 5D3PA 3QZTA 4LZSA 1WUMA 3DWYA 4FLPA 4C67A 5CTLA 5E9VA 3FKMX 4HXRA 4YYKA 1ZKRA 2DVSA 5A5QA 2D9EA 5DKHA 3MB3A 5D24A 4HXLA 5G4RA 5A7CA 3LQHA 5FH6A 4UYHA 5D7XA 5G4SA 4Y03A 3UVXA 2WP2A 5EPRA 3HMEA 4O78A 5IGLA 4Z6IA 5J0DA 2WP1A 2DKWA 3VKHA 2MJVB 4MR6A 5I89A 4O75A 4MR4A 3P1CA 3UVWA 2F6JA 5E74A 5EWVA 5EPBA 5DFCA 4IOQA 3U5LA 4CUTA 5IGMA 5ENGA 3O35A 4IR3A 4O72A 1N72A 4NS5A 1F68A 5FE8A 5D3TA 5I7YA 4YADA 5KHMA 4TQNA 4CUUA 5ENIA 4Z93A 4BW3A 4LZ2A 5D3NA 3LQIA 4O71A 4O7EA 5KTXA 5HQ6A 4QSWA 5F63A 3D1BA 4UIZA 3ZYUA 5DFDA 5HJCA 5JWMA 5LKTA 4HXOA 5D3LA 4MEQA 2RFJA 5CS8A 4ALHA 5FG5A 5DLZA 5DYCA 2D82A 4O7CA 5I86A 4Q0OA 5ETBA 2R0YA 3AQAA 5ENFA 5ENBA 5EQ1A 5L98A 4N3WA 4LYSA 4HBXA 4WHWA 5F2PA 3UV5A 5COIA 5CRMA 4HBYA 5DYUA 5FB1A 4O76A 3P1DA 5ENJA 4QB3A 3P5OA 5CUDA 5DBMA 5I1QA 4NQMA 5FFWA 4PS5A 5D3SA 5E0RA 4AKHA 4UYEA 4A9LA 3U5NA 4NUDA 5FE2A 3MUKA 5II1A 5E9LA 4DONA 5EISA 5CUGA 5FFVA 3O33A 5FE9A 4NR6A 4LDFA 4TYLA 4BJXA 4YBMA 2DWWA 4NRBA 5ACYA 5FE7A 5EPSA 4E96A 4O7FA 4UIWA 4A9FA 4CUPA 4Z1SA 5L99A 4YYJA 4UYGA 4HXKA 5C8GA 5F62A 2RNYA 5II2A 3U5OA 5D3HA 5HRXA 4OGJA 5CQTA 1JSPB 4TTEA 5I29A 3UV4A 5CQ4A 5ENCA 5EWDA 4A9NA 4NR7A 4CUQA 3G0LA 5HM0A 4YATA 5HLSA 4MR3A 4QEWA 4O77A 4QBMA 3MQMA 4QSXA 5HRVA 2RNWA 2OUOA 5CRZA 5C7NA 4Q0NA 3UW9A 4KV4A 4UIVA 5K29A 5EU1A 4XY8A 4YAXA 1PUOA 4AKNA 5L97A 5CUCA 5EP7A 4CLBA 4UYDA 4C66A 5TCMA 3VKGA 5A5SA 4MENA 5F5ZA 5HQ7A 4O7BA 5LVQA 4CFKA 4YY6A 4PTBA 4BW2A 3JVKA 4QEVA 1X0JA 5FE5A 4QYDA 5IIDA 5E9YA 3K2JA 4QUUA 4XUAA 4CURA 5EVAA 2YDWA 4X2IA 3MB4A 5IBNA 4PCIA 5FH8A 4AKIA 5BT3A 4HXPA 5E73A 4ZW1A 2FSAA 4NR9A 2N9GA 4CL9A 5HCLA 4Z1QA 2YQDA 4OGIA 4TS8A 2RI7A 3LJWA 4YK0A 5FH7A 2L84A 3HMFA 5CZGA 4WIVA 4ZQLA 2OO1A 4Z6HA 4YABA 5KO4A 5CPEA 4NYWA 4A9HA 4O74A 4IOOA 4OUFA 4QZSA 5E9KA 4LYWA 5EM3A 4J0RA 5F61A 5F60A 1E6IA 5CQ7A 5CUEA
chains in the Genus database with same CATH topology
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