2DVSA

Crystal structure analysis of the n-terminal bromodomain of human brd2 complexed with acetylated histone h4 peptide
Total Genus 26
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
26
sequence length
114
structure length
114
Chain Sequence
GRVTNQLQYLHKVVMKALWKHQFAWPFRQPVDAVKLGLPDYHKIIKQPMDMGTIKRRLENNYYWAASECMQDFNTMFTNCYIYNKPTDDIVLMAQTLEKIFLQKVASMPQEEQE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Transcription
molecule keywords bromodomain-containing protein 2
publication title Structural Basis for Acetylated Histone H4 Recognition by the Human BRD2 Bromodomain.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 26
structure length 114
sequence length 114
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature
pdb deposition date 2006-08-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 2dvsA00
5EM3A 1JSPB 4FLPA 5LKZA 2E7NA 5D7XA 3QZSA 4Z1QA 4UYGA 5CRMA 4YAXA 5EPBA 4YYMA 5DLZA 5CQ5A 5C89A 3UVYA 5F60A 5FG6A 5D25A 5A82A 4CL9A 3G0JA 5CUCA 4OGIA 4BW1A 4O71A 2L85A 4ALHA 4NYWA 3P5OA 4J3IA 3FKMX 5LUUA 5CGPA 5FFVA 4BJXA 5LVQA 4UIVA 4QB3A 3MB4A 4YYGA 4BW3A 5FBXA 4A9MA 5FE7A 4HXPA 5L99A 5D3HA 4TU6A 3O35A 4HBYA 4UIYA 4ZQLA 5HELA 5EICA 5F63A 4O74A 5CRZA 4UYEA 4QUTA 4QR4A 5D3NA 3UVXA 5HLSA 5DW2A 4QSPA 4NYXA 5CUGA 5EPSA 5FFWA 4A9KA 4TU4A 3QZTA 5CUAA 5BT3A 3UV4A 4OUFA 5H85A 4PS5A 5J0DA 4TT4A 4QSVA 3UV5A 5LVRA 3LJWA 4UYDA 5D24A 5E9VA 5IGLA 4TT6A 5LJ1A 4O77A 5ENEA 4N4HA 5DKCA 4NR4A 2DATA 5CUEA 5EGUA 5F61A 3O36A 5E74A 5F3AA 3P1DA 2GRCA 2R0SA 4BW2A 3DAIA 4QNSA 4E96A 5A5SA 5AMFA 5E9LA 3UV2A 4UYHA 4IR5A 2LSPB 2YEKA 3ONIA 4CFKA 5ENCA 5D3RA 4IORA 2RI7A 4TTEA 4LYWA 5ACYA 2YYNA 4XY9A 4PCIA 4LYSA 5C8GA 5FG4A 4Z6HA 4Z6IA 4XUBA 5F36A 4NUEA 4O7FA 3MXFA 5AD2A 5A7CA 4QSWA 5CUBA 5EWDA 5LJ0A 5CQ6A 4QEUA 4YYHA 3AADA 5CFWA 2R0YA 4YC9A 3O34A 5I40A 5CPEA 3S92A 2R0VA 5D3SA 5IGMA 4ZW1A 4BW4A 1N72A 5I88A 3NXBA 5EWHA 5CUDA 1WUGA 5CQ4A 4YADA 5DYUA 4ZC9A 4UYFB 5E3GA 5FE3A 4N3WA 3QZVA 4HXSA 4HXMA 5CS8A 5F2PA 3P1CA 4IR3A 4LZSA 4TYLA 5KU3A 3LXJA 5CQ8A 5DX4A 3RCWA 5IBNA 2RNXA 5E9IA 5HRWA 5FE1A 5EISA 5FDZA 4YYJA 4MEPA 5FG5A 2KTBB 5CQAA 5TCMA 4QSXA 4YH4A 4Q0OA 4J0SA 4YABA 5FE5A 2YQDA 5FE8A 4Q0NA 4YATA 5A5OA 5HFRA 4QUUA 4LR6A 4NRCA 5A81A 4HXOA 4XYAA 4A9OA 4HBXA 5II2A 4PCEA 4HXKA 5EPRA 4Z1SA 4TZ8A 4KV1A 5D3LA 3O37A 2YEMA 1WUMA 5HQ6A 4J1PA 5L8TA 4N4IA 4CUUA 5EWVA 4QYLA 4MR4A 5CU8A 4C66A 3UVDA 4HXRA 4AKNA 4NQMA 5E9MA 3DWYA 4GPJA 4MR5A 4LRGA 5F25A 3JVKA 4NXJA 4QC1A 5CP5A 5KTXA 4NR8A 4YBMA 5EQ1A 1ZS5A 3AQAA 4NRAA 4WHWA 2F6JA 5DFDA 5EV9A 4QBMA 5EA1A 2N9GA 4DONA 5I86A 5HCLA 2DVSA 1JM4B 2YW5A 5FE0A 5F5ZA 5I80A 5LKTA 5DYCA 5HFQA 3LQHA 4MENA 5FH7A 5FE4A 4A9HA 4UIUA 4MEOA 4QZSA 4LDFA 4QSSA 2DVQA 5CZGA 4UITA 2RO1A 4HBWA 4IR4A 3Q2FA 2R10A 5ENFA 4NR6A 5C87A 3SVFA 5I7XA 4A9LA 5ETBA 3S91A 4IOOA 3LQJA 4PY6A 5C4QA 3SVHA 1EQFA 5HRVA 5DLXA 5A83A 4O72A 5D0CA 3P1FA 5L98A 5HM0A 4MEQA 4N4FA 4CFLA 2G4AA 2I7KA 5TB6A 5I1QA 5LJ2A 5FE9A 5JWMA 2DKWA 5L97A 4N4GA 5CQ7A 5L8UA 3HMEA 3HMHA 5ENHA 4QSTA 4OGJA 4YK0A 5DFCA 3SVGA 5H1TA 4XUAA 2I8NA 2YDWA 5H1UA 3Q2EA 4TZ2A 4O78A 2FSAA 4NUCA 4YH3A 5ENBA 3D7CA 4TQNA 2DVRA 5DYAA 3TLPA 4IR6A 4CURA 4NYVA 4YYDA 5DW1A 4NR9A 5A5RA 3P1EA 4MR6A 5HENA 5I29A 5CQTA 5KHMA 4YBSA 3U5OA 4O76A 5CTLA 5L96A 5LKXA 5FH6A 4UIZA 2MJVB 5D26A 5DYXA 2E7OA 5JI8A 4QR5A 4YY4A 4QY4A 5A5NA 4X2IA 2RNYA 4WHUA 5C85A 5II1A 5LKUA 4HXNA 4NRBA 5HEMA 5D3PA 3U5KA 4LZ2A 5AMEA 5F62A 4ALGA 4YYNA 3IU5A 2OSSA 5EVAA 4UIWA 4CUQA 2H60A 5I89A 5FFYA 3O33A 4O7AA 5HQ7A 5KTWA 4NR5A 4NS5A 4PTBA 5DFBA 5BT4A 2OO1A 5CY9A 5HRXA 4NQNA 3MUKA 4TT2A 5FB0A 2RFJA 5EU1A 4QR3A 3GG3A 5IG6A 5I83A 4A9NA 4QYDA 4HXLA 5FB1A 4CLBA 4Y03A 2E3KA 4O7BA 4YYIA 5E0RA 3K2JA 3MQMA 4Z93A 3G0LA 4A9FA 5DKHA 5D3TA 5A85A 4O7CA 4TS8A 5K29A 5AD3A 4HBVA 4O75A 5E3DA 5DY7A 5DKDA 4LZRA 3ZYUA 3U5PA 5A5PA 3JVMA 4F3IA 5E9YA 5ENJA 4WIVA 4QSQA 5CQ3A 5BT5A 4O7EA 4UYFA 4XY8A 5H1VA 4A9EA 2YELA 4QEVA 2OUOA 4BHWA 5FH8A 2L84A 2F6NA 3MB3A 4QSRA 5E9KA 4QEWA 2D82A 4RVRA 5EI4A 4O70A 4YY6A 1X0JA 4MR3A 4LC2A 3JVLA 5A5QA 2NXBA 2WP1A 5ENGA 2L5EA 4A9IA 5E73A 3IU6A 4CUPA 4CUSA 5F1LA 5ENIA 5KTUA 3U5MA 5C7NA 2D9EA 5DBMA 5EWWA 5IIDA 3JVJA 5COIA 5G4SA 3UVWA 3U5LA 5HJCA 4IOQA 3U5NA 4PKLA 1F68A 2DWWA 4KCXA 5F1HA 4NUDA 4CUTA 5FE2A 4YBTA 5FE6A 4NR7A 5I7YA 3U5JA 3LQIA 5EWCA 5KO4A 4C67A 5ETDA 5EP7A 4UIXA 5IGKA 5EK9A 1E6IA 2DVVA 3HMFA 4J0RA 2RS9B 4QSUA 4YYKA 2RNWA 4KV4A 4QC3A 5IGNA 2WP2A 5G4RA 4A9JA 3MULA 5HQ5A 5E7DA 5D3JA 3UW9A 4LYIA 3I3JA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5EM3A 1JSPB 4FLPA 5LKZA 2E7NA 5D7XA 3QZSA 4Z1QA 4UYGA 5CRMA 4YAXA 5EPBA 4YYMA 3D1DA 5DLZA 5CQ5A 5C89A 3UVYA 5F60A 5FG6A 5D25A 5A82A 4CL9A 3G0JA 5CUCA 4OGIA 4BW1A 4O71A 2L85A 4ALHA 4NYWA 3P5OA 4J3IA 3FKMX 5LUUA 5CGPA 5FFVA 4BJXA 5LVQA 4UIVA 4QB3A 3MB4A 4YYGA 4BW3A 5FBXA 4A9MA 5FE7A 4HXPA 5L99A 5D3HA 4TU6A 3O35A 4HBYA 4UIYA 4ZQLA 5HELA 5EICA 5F63A 4O74A 5CRZA 4UYEA 4QUTA 4QR4A 5D3NA 3UVXA 5HLSA 5DW2A 4QSPA 4NYXA 5CUGA 5EPSA 5FFWA 4A9KA 4TU4A 4AKGA 3QZTA 5CUAA 5BT3A 3UV4A 1ZKRA 4OUFA 5H85A 4PS5A 5J0DA 4TT4A 4QSVA 3UV5A 5LVRA 3LJWA 4UYDA 5D24A 5E9VA 5IGLA 4TT6A 5LJ1A 4O77A 5ENEA 4N4HA 5DKCA 4NR4A 2DATA 5CUEA 5EGUA 5F61A 3O36A 5E74A 5F3AA 3P1DA 2GRCA 2R0SA 4BW2A 3DAIA 4QNSA 2EJNA 4E96A 5A5SA 5AMFA 5E9LA 3UV2A 4UYHA 4IR5A 2LSPB 2YEKA 3ONIA 4CFKA 5ENCA 5D3RA 4IORA 2RI7A 4TTEA 4LYWA 5ACYA 2YYNA 4XY9A 4PCIA 4LYSA 5C8GA 3D1BA 3VKHA 5FG4A 4Z6HA 4Z6IA 4XUBA 5F36A 4NUEA 4O7FA 3MXFA 5AD2A 5A7CA 4QSWA 5CUBA 5EWDA 5LJ0A 5CQ6A 4QEUA 4YYHA 3AADA 5CFWA 2R0YA 4YC9A 3O34A 5I40A 5CPEA 3S92A 2R0VA 5D3SA 5IGMA 4ZW1A 4BW4A 1N72A 5I88A 3NXBA 5EWHA 5CUDA 1WUGA 5CQ4A 4YADA 5DYUA 4ZC9A 4UYFB 5E3GA 5FE3A 4N3WA 3QZVA 4HXSA 4HXMA 5CS8A 5F2PA 3P1CA 4IR3A 4LZSA 4TYLA 5KU3A 3LXJA 5CQ8A 5DX4A 3RCWA 3ERRA 2RNXA 5IBNA 5E9IA 5HRWA 5FE1A 5EISA 5FDZA 4YYJA 4MEPA 5FG5A 2KTBB 5CQAA 5TCMA 4QSXA 4YH4A 4Q0OA 4J0SA 1PUOA 4YABA 5FE5A 2YQDA 5FE8A 4Q0NA 4YATA 5A5OA 5HFRA 4QUUA 4LR6A 4NRCA 5A81A 4HXOA 4XYAA 4A9OA 4HBXA 5II2A 4PCEA 4HXKA 5EPRA 4Z1SA 4TZ8A 4KV1A 5D3LA 3O37A 2YEMA 1WUMA 5HQ6A 4J1PA 5L8TA 4N4IA 4CUUA 5EWVA 4QYLA 4MR4A 5CU8A 4C66A 3UVDA 4HXRA 4AI6A 4AKNA 4NQMA 5E9MA 3DWYA 4GPJA 4MR5A 4LRGA 5F25A 3JVKA 4NXJA 4QC1A 5CP5A 5KTXA 4NR8A 4YBMA 5EQ1A 1ZS5A 3AQAA 4NRAA 4WHWA 2F6JA 5DFDA 5EV9A 4QBMA 5EA1A 2N9GA 4DONA 5I86A 5HCLA 2DVSA 1JM4B 2YW5A 5FE0A 5F5ZA 5I80A 5LKTA 5DYCA 5HFQA 4AKIA 3LQHA 4MENA 5FH7A 5FE4A 4A9HA 4UIUA 4MEOA 4QZSA 4LDFA 4QSSA 2DVQA 5CZGA 4UITA 2RO1A 4HBWA 4IR4A 3Q2FA 2R10A 5ENFA 4NR6A 5C87A 3SVFA 5I7XA 4A9LA 5ETBA 3S91A 4IOOA 3LQJA 4PY6A 5C4QA 3SVHA 1EQFA 5HRVA 5DLXA 5A83A 4O72A 5D0CA 3P1FA 5L98A 5HM0A 4MEQA 4N4FA 4CFLA 2G4AA 2I7KA 5TB6A 5I1QA 5LJ2A 5FE9A 5JWMA 2DKWA 5L97A 4N4GA 5CQ7A 5L8UA 3HMEA 3HMHA 5ENHA 4QSTA 4OGJA 4YK0A 5DFCA 3SVGA 5H1TA 4XUAA 2I8NA 2YDWA 5H1UA 3Q2EA 4TZ2A 4O78A 2FSAA 4NUCA 4YH3A 5ENBA 3D7CA 4TQNA 2DVRA 5DYAA 3TLPA 4IR6A 4CURA 4NYVA 4YYDA 5DW1A 4NR9A 5A5RA 3P1EA 4MR6A 5HENA 5I29A 5CQTA 5KHMA 4YBSA 3U5OA 4O76A 5CTLA 5L96A 5LKXA 5FH6A 4UIZA 2MJVB 5D26A 5DYXA 2E7OA 5JI8A 4QR5A 4YY4A 4QY4A 5A5NA 4X2IA 2RNYA 4WHUA 5C85A 5II1A 5LKUA 4HXNA 4NRBA 5HEMA 5D3PA 3U5KA 4LZ2A 5AMEA 5F62A 4ALGA 4YYNA 3IU5A 2OSSA 5EVAA 4UIWA 4CUQA 2H60A 5I89A 5FFYA 3O33A 4O7AA 5HQ7A 5KTWA 4NR5A 4NS5A 4PTBA 5DFBA 5BT4A 2OO1A 4AKHA 5CY9A 5HRXA 4NQNA 3MUKA 4TT2A 5FB0A 2RFJA 5EU1A 4QR3A 3GG3A 5IG6A 5I83A 4A9NA 4QYDA 4HXLA 5FB1A 4CLBA 4Y03A 2E3KA 4O7BA 4YYIA 5E0RA 3K2JA 3MQMA 4Z93A 3G0LA 4A9FA 5DKHA 5D3TA 5A85A 4O7CA 4TS8A 5K29A 5AD3A 4HBVA 4O75A 5E3DA 5DY7A 5DKDA 4LZRA 3ZYUA 3U5PA 5A5PA 3JVMA 4F3IA 5E9YA 5ENJA 4WIVA 4QSQA 5CQ3A 5BT5A 4O7EA 4UYFA 4XY8A 5H1VA 4A9EA 2YELA 4QEVA 2OUOA 4BHWA 5FH8A 2L84A 2F6NA 3MB3A 4QSRA 5E9KA 4QEWA 2D82A 4RVRA 5EI4A 4O70A 4YY6A 1X0JA 4MR3A 4LC2A 3JVLA 5A5QA 2NXBA 2WP1A 5ENGA 2L5EA 4A9IA 5E73A 3IU6A 4CUPA 4CUSA 5F1LA 5ENIA 5KTUA 3U5MA 5C7NA 2D9EA 5DBMA 5EWWA 5IIDA 3JVJA 5COIA 3VKGA 5G4SA 3UVWA 3U5LA 5HJCA 4IOQA 3U5NA 4PKLA 1F68A 2DWWA 4KCXA 5F1HA 4NUDA 4CUTA 5FE2A 4YBTA 5FE6A 4NR7A 5I7YA 3U5JA 3LQIA 5EWCA 5KO4A 4C67A 5ETDA 5EP7A 4UIXA 5IGKA 5EK9A 1E6IA 2DVVA 3HMFA 4J0RA 2RS9B 4QSUA 4YYKA 2RNWA 4KV4A 4QC3A 5IGNA 2WP2A 5G4RA 4A9JA 3MULA 5HQ5A 5E7DA 5D3JA 3UW9A 4LYIA 3I3JA
chains in the Genus database with same CATH topology
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