3LXJA

Crystal structure of the bromodomain of human aaa domain containing 2b (atad2b)
Total Genus 49
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
49
sequence length
135
structure length
135
Chain Sequence
SMEDQEENTLRELRLFLRDVTKRLATDKRFNIFSKPVDIEEVSDYLEVIKEPMDLSTVITKIDKHNYLTAKDFLKDIDLICSNALEYNPDKDPGDKIIRHRACTLKDTAHAIIAAELDPEFNKLCEEIKEARIKR
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Histone recognition and large-scale structural analysis of the human bromodomain family.
pubmed doi rcsb
molecule keywords ATPase family AAA domain-containing protein 2B
molecule tags Hydrolase
source organism Homo sapiens
total genus 49
structure length 135
sequence length 135
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature
pdb deposition date 2010-02-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 3lxjA00
5FE1A 5C8GA 5LKXA 4ZQLA 3UW9A 5DY7A 5I83A 2E7NA 2KTBB 4YH4A 4Z6IA 3GG3A 5H85A 4MR6A 5EK9A 2RFJA 4QUUA 5D25A 5I40A 2DWWA 4CLBA 2YYNA 3UV4A 4BHWA 5CQ6A 2I8NA 5FH6A 5A5SA 4YBTA 3LJWA 5LVRA 4YH3A 5D7XA 5F5ZA 5IBNA 5IGKA 5EISA 4UYFB 4LYSA 4QSXA 5II2A 4O75A 4TZ8A 4TT4A 4YAXA 5FDZA 2DVSA 4LYIA 5DLZA 5EI4A 5IGLA 3HMEA 4YYMA 4A9EA 5FBXA 4IR3A 5DYAA 3UV2A 5IGNA 2MJVB 5CRZA 5D3RA 2LSPB 5FE5A 4NQNA 5HCLA 4QC3A 4UIUA 5E9MA 4O78A 5D3LA 1WUGA 4TU6A 5EU1A 4XUBA 4TTEA 2I7KA 5FFVA 4UITA 5HRWA 5EA1A 4F3IA 5CUDA 5EWCA 5EQ1A 4PKLA 5AD2A 5DKHA 3IU6A 5CRMA 4IR5A 4NUCA 5ENIA 4XY9A 4A9JA 2WP1A 5L98A 5H1VA 5AD3A 4YADA 5EWHA 3U5JA 1ZS5A 4UYHA 2F6JA 5FE9A 3P1DA 4Q0OA 3G0LA 2NXBA 5CGPA 4QSWA 4QR4A 5EGUA 5LJ1A 4NR7A 5A5OA 3UVYA 3O34A 5HRVA 5TB6A 5LVQA 4HXNA 4O7EA 5EWDA 3G0JA 4CUPA 5FE7A 3SVGA 3MB3A 3DAIA 2YW5A 2DVVA 2E7OA 5ENGA 3RCWA 5F61A 4NRAA 2YEKA 5A82A 5EPRA 1WUMA 5A5RA 5CUAA 4QUTA 4TU4A 5I1QA 5ENHA 4QC1A 3LQJA 4A9IA 2OO1A 3JVMA 4YY6A 3QZVA 4O7FA 5CQ7A 5KTUA 4IOOA 5EWVA 5DLXA 3MXFA 5CY9A 3MUKA 4NXJA 5L97A 4YYGA 5D24A 5E74A 2RNWA 4Z1QA 5E9LA 4WHUA 4E96A 4YY4A 4GPJA 5E73A 4LDFA 5HFQA 5LKTA 5F62A 3SVFA 4UIZA 5CPEA 5HJCA 5I29A 5CUBA 5DYXA 2YEMA 5DYCA 4UYDA 5DX4A 4O77A 4J0SA 4WIVA 5FG4A 5C89A 4UIYA 4QSRA 5CUEA 4RVRA 3O36A 4NS5A 4NYXA 4KV4A 5CS8A 4A9NA 4Z93A 5AMEA 5LKUA 4QSPA 2YELA 4N4IA 4NUEA 5TCMA 3K2JA 5A81A 4YATA 3S92A 3I3JA 5E9IA 5FE3A 3IU5A 4N4FA 4MEOA 3DWYA 4TT6A 4N4HA 5I86A 5CQ4A 5FH8A 3UVDA 4HXMA 5COIA 3UVWA 5C7NA 3P1FA 3JVLA 2OSSA 4CUTA 4A9OA 4QSSA 5EP7A 5A7CA 5ENBA 3ZYUA 5CZGA 4YYDA 5G4RA 4NR6A 4X2IA 3MB4A 4UYGA 5CU8A 4CL9A 3HMFA 4TZ2A 4AKNA 4QR5A 4IORA 5C4QA 4Z1SA 5FE8A 5A85A 1E6IA 3U5NA 5EICA 4NYWA 4OGJA 5IGMA 5BT3A 5KU3A 5L96A 5A5QA 4QR3A 4O71A 5E0RA 4PY6A 4BW3A 4HXLA 5HQ6A 4QSVA 5F60A 1F68A 4PCIA 4QEWA 2E3KA 4LC2A 4BJXA 5G4SA 5IG6A 4MR5A 4PS5A 5FE2A 5KO4A 4LR6A 5ENEA 2RNXA 4A9KA 4CUSA 5CUCA 4UIWA 3NXBA 4Y03A 2WP2A 4CURA 3FKMX 4PCEA 2FSAA 5EPSA 5HM0A 4QYDA 4HBXA 4HBWA 5CP5A 4O7AA 4QYLA 3D7CA 4BW2A 5EWWA 4QY4A 3U5MA 2R0YA 5E3GA 5I88A 3U5OA 5CQTA 5LUUA 3O35A 4IR6A 4ALGA 5FE6A 3O33A 2RI7A 5A5NA 2N9GA 5DW2A 2R10A 4QZSA 4Z6HA 5HQ7A 1X0JA 4O7CA 4DONA 5HRXA 3SVHA 3JVKA 4CFKA 5AMFA 5FB1A 5IIDA 5E9YA 2G4AA 3MQMA 5D3HA 5HLSA 4CUQA 5E3DA 5EV9A 3QZSA 5F36A 5E9KA 4HXOA 4NUDA 2RNYA 5F2PA 4HXSA 4LZRA 4NR8A 5F1LA 5HFRA 5JI8A 4QSTA 5L8TA 4PTBA 4HXRA 4UIVA 4QB3A 3AQAA 4KCXA 5FH7A 4N3WA 5DW1A 5J0DA 4A9FA 3U5PA 4IR4A 4BW4A 5D0CA 2F6NA 4NRBA 4A9HA 5D26A 2DATA 3LQIA 4NRCA 4YYNA 4CFLA 4MEPA 5DFDA 3QZTA 4YC9A 5DKDA 2GRCA 5LKZA 5FB0A 4YYKA 5CTLA 1EQFA 1N72A 5KHMA 5BT5A 3AADA 4YBSA 5HQ5A 4QEUA 2H60A 3P1EA 4QNSA 4ALHA 5ENJA 4N4GA 3LQHA 2DVRA 2RO1A 4ZC9A 5D3PA 5CQAA 5D3NA 5HELA 2DKWA 5D3SA 3LXJA 2L5EA 4XY8A 5CUGA 3Q2EA 5A5PA 4QSUA 5E7DA 3TLPA 5FG6A 4MEQA 4YYIA 4OGIA 5KTXA 5BT4A 5F25A 5FE0A 4NR5A 4O74A 4HBVA 5ACYA 5L8UA 4QSQA 4TS8A 5CFWA 4O7BA 4QBMA 5CQ8A 5A83A 4TQNA 5E9VA 5DKCA 2R0SA 5C87A 2YQDA 4LZ2A 4NR9A 5H1UA 5CQ5A 1JM4B 4J3IA 4YK0A 4UYFA 3O37A 5JWMA 4HXKA 5KTWA 4HXPA 4WHWA 4ZW1A 2L84A 5EM3A 4YBMA 4FLPA 2R0VA 5CQ3A 3U5LA 4LYWA 4BW1A 4QEVA 5LJ0A 5EVAA 4LZSA 5I7YA 5DBMA 3UV5A 5H1TA 4XYAA 5I89A 2D82A 4LRGA 5F63A 5LJ2A 4A9MA 5C85A 5L99A 4O76A 2D9EA 4TT2A 5I7XA 5HENA 4OUFA 3P5OA 3Q2FA 3S91A 5I80A 5ETDA 4NQMA 2L85A 4CUUA 5HEMA 5ENCA 4UYEA 4Q0NA 4YYJA 3P1CA 4MR4A 5DFCA 2YDWA 5II1A 4O72A 4O70A 4UIXA 4IOQA 5FFYA 3ONIA 4NR4A 4TYLA 4C66A 2OUOA 3U5KA 3HMHA 5ETBA 3JVJA 4KV1A 2RS9B 4J1PA 5F3AA 5F1HA 5FE4A 5FFWA 5DYUA 5D3TA 5FG5A 4A9LA 5EPBA 4C67A 4YYHA 4MR3A 4J0RA 5ENFA 4MENA 4NYVA 1JSPB 3UVXA 5K29A 5D3JA 5DFBA 2DVQA 3MULA 4HBYA 4XUAA 4YABA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4AKGA 5FE1A 5C8GA 5LKXA 4ZQLA 3UW9A 5DY7A 5I83A 2E7NA 2KTBB 4YH4A 4Z6IA 3GG3A 5H85A 4MR6A 4AI6A 5EK9A 2RFJA 4QUUA 3D1DA 5D25A 5I40A 2DWWA 4CLBA 2YYNA 3UV4A 4BHWA 5CQ6A 2I8NA 3D1BA 5FH6A 5A5SA 4YBTA 3LJWA 5LVRA 4YH3A 5D7XA 5F5ZA 5IBNA 5IGKA 5EISA 4UYFB 4LYSA 4QSXA 5II2A 4O75A 4TZ8A 4TT4A 4YAXA 5FDZA 2DVSA 4LYIA 5DLZA 5EI4A 5IGLA 3HMEA 4YYMA 4A9EA 5FBXA 4IR3A 5DYAA 3UV2A 5IGNA 2MJVB 5CRZA 5D3RA 2LSPB 5FE5A 4NQNA 5HCLA 4QC3A 4UIUA 5E9MA 4O78A 5D3LA 1WUGA 4TU6A 5EU1A 4XUBA 4TTEA 2I7KA 5FFVA 4UITA 5HRWA 5EA1A 4F3IA 5CUDA 5EWCA 5EQ1A 4PKLA 5AD2A 5DKHA 3IU6A 5CRMA 4IR5A 4NUCA 5ENIA 4XY9A 1PUOA 4A9JA 2WP1A 5L98A 5H1VA 5AD3A 4YADA 5EWHA 3U5JA 1ZS5A 4UYHA 2F6JA 5FE9A 3P1DA 4Q0OA 3G0LA 2NXBA 5CGPA 4QSWA 4QR4A 5EGUA 5LJ1A 4NR7A 5A5OA 3UVYA 3O34A 5HRVA 5TB6A 5LVQA 4HXNA 4O7EA 5EWDA 3G0JA 4CUPA 5FE7A 3SVGA 3MB3A 3DAIA 2YW5A 2DVVA 2E7OA 5ENGA 3RCWA 5F61A 4NRAA 2YEKA 5A82A 5EPRA 1WUMA 5A5RA 5CUAA 4QUTA 4TU4A 5I1QA 5ENHA 4QC1A 3LQJA 4A9IA 2OO1A 3JVMA 4YY6A 3QZVA 4O7FA 5CQ7A 5KTUA 4IOOA 5EWVA 5DLXA 3MXFA 5CY9A 3MUKA 4NXJA 5L97A 4YYGA 5D24A 5E74A 2RNWA 4Z1QA 5E9LA 4WHUA 4E96A 4YY4A 4GPJA 5E73A 4LDFA 5HFQA 5LKTA 5F62A 3SVFA 4UIZA 5CPEA 5HJCA 5I29A 5CUBA 5DYXA 2YEMA 5DYCA 4UYDA 5DX4A 4O77A 4J0SA 4WIVA 5FG4A 5C89A 4UIYA 4QSRA 5CUEA 4RVRA 3O36A 4NS5A 4NYXA 4KV4A 5CS8A 4A9NA 4Z93A 5AMEA 5LKUA 4QSPA 2YELA 4N4IA 4NUEA 5TCMA 3K2JA 5A81A 4YATA 3S92A 3I3JA 5E9IA 5FE3A 3IU5A 4N4FA 4MEOA 3DWYA 4TT6A 4N4HA 5I86A 5CQ4A 5FH8A 3UVDA 4HXMA 5COIA 3UVWA 5C7NA 3P1FA 3JVLA 2OSSA 4CUTA 4A9OA 4QSSA 5EP7A 5A7CA 5ENBA 3ZYUA 5CZGA 4YYDA 5G4RA 4NR6A 4X2IA 3MB4A 4UYGA 5CU8A 4CL9A 3HMFA 4TZ2A 4AKNA 4QR5A 4IORA 5C4QA 4Z1SA 5FE8A 5A85A 1E6IA 3U5NA 5EICA 4NYWA 4OGJA 5IGMA 5BT3A 5KU3A 5L96A 5A5QA 4QR3A 4O71A 2EJNA 4PY6A 5E0RA 4HXLA 4BW3A 5HQ6A 4QSVA 5F60A 1F68A 4PCIA 4QEWA 2E3KA 4LC2A 4BJXA 5G4SA 5IG6A 4MR5A 4PS5A 5FE2A 5KO4A 4LR6A 5ENEA 2RNXA 4A9KA 4CUSA 5CUCA 4UIWA 3NXBA 4Y03A 2WP2A 4CURA 3FKMX 4PCEA 2FSAA 5EPSA 5HM0A 4QYDA 4HBXA 4HBWA 5CP5A 4O7AA 4QYLA 3D7CA 4BW2A 5EWWA 4QY4A 3U5MA 2R0YA 5E3GA 5I88A 3U5OA 5CQTA 5LUUA 3O35A 4IR6A 4ALGA 5FE6A 3O33A 2RI7A 5A5NA 2N9GA 5DW2A 2R10A 4QZSA 4Z6HA 5HQ7A 1X0JA 4O7CA 4DONA 5HRXA 3SVHA 3JVKA 4CFKA 5AMFA 5FB1A 5IIDA 5E9YA 2G4AA 3MQMA 5D3HA 5HLSA 4CUQA 5E3DA 5EV9A 3QZSA 5F36A 5E9KA 4HXOA 4NUDA 2RNYA 5F2PA 4HXSA 4LZRA 4NR8A 5F1LA 5HFRA 5JI8A 4QSTA 5L8TA 4PTBA 4HXRA 3ERRA 4UIVA 4QB3A 3AQAA 4KCXA 5FH7A 4AKIA 4N3WA 5DW1A 5J0DA 4A9FA 3U5PA 4IR4A 4BW4A 5D0CA 2F6NA 4NRBA 4A9HA 5D26A 2DATA 3LQIA 4NRCA 4YYNA 4CFLA 4MEPA 5DFDA 3QZTA 4YC9A 5DKDA 2GRCA 5LKZA 5FB0A 4YYKA 5CTLA 1EQFA 1N72A 5KHMA 5BT5A 3AADA 4YBSA 5HQ5A 4QEUA 2H60A 3P1EA 4QNSA 4ALHA 5ENJA 4N4GA 3LQHA 2DVRA 2RO1A 4ZC9A 5D3PA 5CQAA 5D3NA 5HELA 2DKWA 5D3SA 3LXJA 2L5EA 4XY8A 5CUGA 3Q2EA 5A5PA 4QSUA 5E7DA 3TLPA 5FG6A 4MEQA 4YYIA 4OGIA 5KTXA 5BT4A 5F25A 5FE0A 4NR5A 4O74A 4HBVA 5ACYA 5L8UA 4QSQA 4TS8A 5CFWA 4O7BA 4QBMA 5CQ8A 5A83A 4TQNA 5E9VA 5DKCA 2R0SA 5C87A 2YQDA 4LZ2A 4NR9A 5H1UA 5CQ5A 1JM4B 4J3IA 4YK0A 4UYFA 3O37A 5JWMA 4HXKA 5KTWA 4HXPA 4WHWA 4ZW1A 2L84A 5EM3A 4YBMA 4FLPA 2R0VA 5CQ3A 3U5LA 4LYWA 4BW1A 4QEVA 5LJ0A 5EVAA 4LZSA 5I7YA 5DBMA 3UV5A 5H1TA 4XYAA 5I89A 2D82A 4LRGA 5F63A 5LJ2A 4A9MA 5C85A 5L99A 4O76A 1ZKRA 2D9EA 4TT2A 5I7XA 5HENA 4OUFA 3P5OA 3Q2FA 3S91A 5I80A 5ETDA 4NQMA 2L85A 4CUUA 5HEMA 5ENCA 4UYEA 4Q0NA 4YYJA 3P1CA 4MR4A 5DFCA 2YDWA 5II1A 4O72A 4O70A 4AKHA 4UIXA 4IOQA 5FFYA 3ONIA 4NR4A 3VKHA 4TYLA 4C66A 2OUOA 3U5KA 3HMHA 5ETBA 3JVJA 4KV1A 2RS9B 4J1PA 5F3AA 5F1HA 3VKGA 5FE4A 5FFWA 5DYUA 5D3TA 5FG5A 4A9LA 5EPBA 4C67A 4YYHA 4MR3A 4J0RA 5ENFA 4MENA 4NYVA 1JSPB 3UVXA 5K29A 5D3JA 5DFBA 2DVQA 3MULA 4HBYA 4XUAA 4YABA
chains in the Genus database with same CATH topology
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 5FE1 A;  5C8G A;  5LKX A;  4ZQL A;  3UW9 A;  5DY7 A;  5I83 A;  2E7N A;  2KTB B;  4YH4 A;  4Z6I A;  3GG3 A;  5H85 A;  4MR6 A;  5EK9 A;  2RFJ A;  4QUU A;  5D25 A;  5I40 A;  2DWW A;  4CLB A;  2YYN A;  3UV4 A;  4BHW A;  5CQ6 A;  2I8N A;  5FH6 A;  5A5S A;  4YBT A;  3LJW A;  5LVR A;  4YH3 A;  5D7X A;  5F5Z A;  5IBN A;  5IGK A;  5EIS A;  4UYF B;  4LYS A;  4QSX A;  5II2 A;  4O75 A;  4TZ8 A;  4TT4 A;  4YAX A;  5FDZ A;  2DVS A;  4LYI A;  5DLZ A;  5EI4 A;  5IGL A;  3HME A;  4YYM A;  4A9E A;  5FBX A;  4IR3 A;  5DYA A;  3UV2 A;  5IGN A;  2MJV B;  5CRZ A;  5D3R A;  2LSP B;  5FE5 A;  4NQN A;  5HCL A;  4QC3 A;  4UIU A;  5E9M A;  4O78 A;  5D3L A;  1WUG A;  4TU6 A;  5EU1 A;  4XUB A;  4TTE A;  2I7K A;  5FFV A;  4UIT A;  5HRW A;  5EA1 A;  4F3I A;  5CUD A;  5EWC A;  5EQ1 A;  4PKL A;  5AD2 A;  5DKH A;  3IU6 A;  5CRM A;  4IR5 A;  4NUC A;  5ENI A;  4XY9 A;  4A9J A;  2WP1 A;  5L98 A;  5H1V A;  5AD3 A;  4YAD A;  5EWH A;  3U5J A;  1ZS5 A;  4UYH A;  2F6J A;  5FE9 A;  3P1D A;  4Q0O A;  3G0L A;  2NXB A;  5CGP A;  4QSW A; 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