5CRZA

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with benzo[cd]indol-2(1h)-one ligand
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
133
structure length
133
Chain Sequence
HHHHHLVPRGSNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title Discovery of Benzo[cd]indol-2(1H)-ones as Potent and Specific BET Bromodomain Inhibitors: Structure-Based Virtual Screening, Optimization, and Biological Evaluation
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
molecule tags Signaling protein/inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 43
structure length 133
sequence length 133
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-07-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5crzA01
4QSUA 5DKCA 5EISA 5ENBA 4QYDA 3MB3A 5FE4A 5L8UA 4UITA 2YDWA 2R0YA 4TU4A 2RNYA 3JVJA 4BW1A 5LKUA 5E9KA 3HMFA 3O33A 4UYDA 3GG3A 5EWCA 4MEPA 5KO4A 3P1FA 4N3WA 5EU1A 4YYKA 5BT4A 4HXPA 4TYLA 4YH4A 5CUCA 4MR3A 4O7AA 5CQ3A 4MR4A 5E0RA 4YYJA 4UYGA 2N9GA 4NR6A 4O7BA 4UIXA 5DYAA 4LDFA 5CUBA 3TLPA 5HQ6A 3HMHA 4UIZA 4HBVA 2L84A 2RNXA 4Z1SA 4HXOA 5E9LA 4O77A 5A82A 5DYUA 5HQ7A 5F1HA 4XYAA 2WP2A 2D9EA 4XY8A 4TT2A 5C4QA 5FH7A 5FE1A 4O72A 2RNWA 5ENFA 5LKZA 4QUUA 4YBSA 4O7CA 5CUGA 3SVFA 4HXSA 3QZVA 4PKLA 5EWVA 5FH6A 4A9IA 4YYGA 4A9EA 4CFKA 2YW5A 4NR5A 5FE8A 4LZRA 5DW2A 3D7CA 4PCEA 5A81A 3MULA 3U5LA 3JVLA 4Q0NA 4YYIA 4LYIA 5FDZA 4NR7A 3U5OA 4ZC9A 5A5OA 1JM4B 5F36A 4QC1A 5EPRA 4IOQA 2F6JA 5LVQA 4UIVA 5FB1A 5TB6A 5FE5A 3LQJA 4ZQLA 4NYWA 5F25A 5F62A 4YADA 4J0SA 5I40A 2F6NA 4UIWA 5I80A 1WUGA 5A5RA 5J0DA 4TT4A 5DYCA 5F5ZA 2H60A 3K2JA 5D3LA 5A5SA 5A85A 4NQMA 5HJCA 2YYNA 4NR8A 5D0CA 5FBXA 4O71A 2E3KA 4A9KA 5LJ2A 3JVKA 1JSPB 4LYWA 3UV5A 4WIVA 2GRCA 4NYXA 2DVSA 5EK9A 5FE7A 5I86A 5EA1A 5COIA 5FFYA 1X0JA 4OGJA 5FH8A 4CUSA 5EPSA 3UVXA 4QBMA 5E9IA 3AADA 4Z6HA 5DY7A 4MR6A 5BT5A 3UV4A 3S92A 5HRVA 4A9FA 3U5KA 5D7XA 4UYEA 5DBMA 5FFVA 4A9JA 4YBMA 4O76A 4CUTA 4O7FA 5IGLA 5ETDA 4LZ2A 5DKHA 4OUFA 5D3RA 5G4RA 3SVGA 5HQ5A 4UYFA 4QB3A 5EWWA 5HLSA 4O7EA 5LUUA 4WHUA 4Z6IA 5EWDA 5ENHA 5CQAA 3U5PA 5D3PA 4O70A 5IIDA 4WHWA 3QZSA 5C85A 4A9MA 3I3JA 5CQTA 4NUCA 2DVRA 3DAIA 4J3IA 2E7NA 5F2PA 4TZ8A 3Q2EA 5DLZA 5DYXA 4LZSA 5I83A 4YYHA 5K29A 5L96A 3UVWA 4Z1QA 4KV1A 5LVRA 3ONIA 4ALGA 4QSXA 1E6IA 5FG5A 2NXBA 5A83A 3O34A 5CRMA 3LXJA 4TT6A 5D3HA 3G0LA 1ZS5A 2YEKA 4O75A 5CU8A 5ENGA 4BHWA 4Y03A 4CURA 5CS8A 5KTXA 5EV9A 4LRGA 5FE0A 2D82A 3S91A 5LJ0A 4CL9A 3MB4A 4HXMA 5AMEA 5CUDA 2DVVA 3MQMA 4IR5A 5DFDA 4CUUA 4LC2A 5F60A 5AMFA 1F68A 5AD2A 2L85A 3JVMA 5HFRA 2DATA 3MUKA 5EGUA 2E7OA 4YAXA 2LSPB 3DWYA 4QR4A 4IR4A 5DX4A 5H1TA 5I1QA 5EM3A 4J0RA 3U5MA 4YY4A 4NQNA 5FFWA 4BW3A 3UVYA 4LR6A 4Q0OA 3LQIA 5KTUA 5D26A 4QYLA 2RI7A 4QSRA 3P1EA 5CUEA 4QSTA 3P1CA 2OO1A 4KV4A 4AKNA 4UYHA 3O36A 5I88A 4BW2A 4O74A 5HEMA 5AD3A 4CLBA 5C8GA 5EQ1A 5FE9A 4CFLA 4YYMA 5FG6A 5FE2A 4GPJA 2I7KA 2G4AA 4QEVA 5C89A 5DLXA 4RVRA 5H85A 5TCMA 4YYNA 5ENEA 5ENJA 5I29A 2RO1A 5CP5A 2OUOA 5KU3A 3P1DA 4IOOA 5G4SA 2R0VA 5HRXA 5L97A 4QNSA 5L8TA 4YBTA 1WUMA 2L5EA 4UYFB 4NXJA 4NUDA 2MJVB 5L99A 2RS9B 4NR4A 5E3GA 4HXRA 3UW9A 3Q2FA 4YABA 5A5PA 4QZSA 5E73A 4OGIA 5D3NA 5BT3A 5KTWA 5D3TA 5DW1A 5FG4A 4QUTA 4N4GA 4QR5A 5F63A 4ALHA 4IR3A 5CPEA 4A9LA 3U5NA 2R0SA 5IGMA 4QSQA 5C87A 5FE3A 2WP1A 4TQNA 3LJWA 5CGPA 4HBYA 5ENCA 5A5NA 4QSPA 4IR6A 2DWWA 4NYVA 5II2A 4C67A 5E9VA 1N72A 2YEMA 4XUAA 5IGNA 3O37A 5LKTA 4TTEA 5JI8A 4FLPA 5C7NA 5D3JA 2RFJA 4NRCA 5E9MA 4NUEA 5CY9A 5HCLA 4HXLA 5ENIA 5I7XA 4A9HA 5LKXA 3ZYUA 4J1PA 5EICA 3G0JA 4QSSA 4N4IA 3QZTA 5EI4A 5E9YA 2I8NA 4HBXA 3AQAA 4DONA 4BW4A 3FKMX 4QEUA 4TS8A 5HFQA 4QY4A 4QSVA 3UVDA 5LJ1A 4NS5A 4QC3A 4ZW1A 4X2IA 4YYDA 4MEOA 4HXKA 5CQ4A 5E74A 5II1A 5EP7A 4O78A 4YATA 4TU6A 4C66A 2YQDA 5H1VA 5CQ6A 4MEQA 4E96A 5EWHA 4QR3A 2KTBB 5L98A 5IGKA 3U5JA 4HBWA 3UV2A 3LQHA 3O35A 5D25A 1EQFA 2FSAA 4PY6A 3MXFA 4LYSA 4QEWA 2DVQA 4XY9A 4N4FA 5DFCA 4QSWA 3P5OA 5CQ5A 3IU5A 3NXBA 4YH3A 5A7CA 5FB0A 4BJXA 4YY6A 5IG6A 5CZGA 4YK0A 4YC9A 4CUPA 5F3AA 5ACYA 5CTLA 5IBNA 5CQ7A 5ETBA 4A9NA 4F3IA 4A9OA 5H1UA 5JWMA 5I89A 4XUBA 4N4HA 5KHMA 5HRWA 5CQ8A 5A5QA 2DKWA 4MENA 5D3SA 4TZ2A 2R10A 3IU6A 4MR5A 4NRBA 4KCXA 5CRZA 5F61A 2YELA 4CUQA 5EPBA 5D24A 3SVHA 5HELA 4PCIA 5FE6A 4UIUA 5HM0A 4PTBA 5DFBA 3RCWA 5EVAA 4PS5A 5I7YA 4IORA 3HMEA 5DKDA 5HENA 5E7DA 5CFWA 4NR9A 5F1LA 5CUAA 2OSSA 5E3DA 4HXNA 4UIYA 4NRAA 4Z93A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4QSUA 5DKCA 5EISA 5ENBA 4QYDA 3MB3A 5FE4A 5L8UA 4UITA 2YDWA 2R0YA 4TU4A 2RNYA 3JVJA 4BW1A 5LKUA 5E9KA 3HMFA 3O33A 4UYDA 3GG3A 5EWCA 4MEPA 5KO4A 3P1FA 4N3WA 5EU1A 4YYKA 5BT4A 4HXPA 4TYLA 4YH4A 5CUCA 4MR3A 4O7AA 5CQ3A 4MR4A 5E0RA 4YYJA 4UYGA 2N9GA 4NR6A 4O7BA 4UIXA 5DYAA 4LDFA 5CUBA 3TLPA 5HQ6A 3HMHA 4UIZA 4HBVA 2L84A 2RNXA 4Z1SA 4HXOA 5E9LA 4O77A 5A82A 5DYUA 5HQ7A 5F1HA 4XYAA 2WP2A 2D9EA 4XY8A 4TT2A 5C4QA 5FH7A 5FE1A 4O72A 2RNWA 5ENFA 5LKZA 4QUUA 4YBSA 4O7CA 5CUGA 3SVFA 4HXSA 3QZVA 4PKLA 5EWVA 5FH6A 4A9IA 4YYGA 4A9EA 4CFKA 2YW5A 4NR5A 5FE8A 4LZRA 5DW2A 3D7CA 4PCEA 5A81A 3MULA 3U5LA 3JVLA 4Q0NA 4YYIA 4LYIA 4AKHA 5FDZA 4NR7A 3U5OA 4ZC9A 5A5OA 1JM4B 5F36A 4QC1A 5EPRA 4IOQA 2F6JA 5LVQA 4UIVA 5FB1A 5TB6A 5FE5A 3LQJA 4ZQLA 4NYWA 5F25A 5F62A 4YADA 4J0SA 5I40A 2F6NA 4UIWA 5I80A 1WUGA 5A5RA 5J0DA 4TT4A 5DYCA 5F5ZA 2H60A 3K2JA 5D3LA 5A5SA 5A85A 4NQMA 5HJCA 2YYNA 4NR8A 5D0CA 5FBXA 4O71A 2E3KA 4A9KA 5LJ2A 3JVKA 1JSPB 4LYWA 3UV5A 4WIVA 2GRCA 4NYXA 2DVSA 5EK9A 5FE7A 5I86A 5EA1A 5COIA 5FFYA 1X0JA 4OGJA 5FH8A 4CUSA 5EPSA 3UVXA 4QBMA 5E9IA 3AADA 4Z6HA 5DY7A 4MR6A 5BT5A 3UV4A 3S92A 5HRVA 4A9FA 3U5KA 5D7XA 4UYEA 5DBMA 5FFVA 4A9JA 4YBMA 4O76A 4CUTA 4O7FA 5IGLA 5ETDA 4LZ2A 5DKHA 4OUFA 5D3RA 5G4RA 3SVGA 5HQ5A 4UYFA 4QB3A 5EWWA 5HLSA 4O7EA 5LUUA 4WHUA 4Z6IA 5EWDA 5ENHA 5CQAA 3U5PA 5D3PA 4O70A 5IIDA 4WHWA 3QZSA 5C85A 4A9MA 3I3JA 3D1DA 5CQTA 4NUCA 2DVRA 3DAIA 4J3IA 2E7NA 5F2PA 4TZ8A 3Q2EA 5DLZA 5DYXA 4LZSA 5I83A 4AI6A 4YYHA 5K29A 5L96A 3UVWA 4Z1QA 4KV1A 5LVRA 3ONIA 4ALGA 4QSXA 1E6IA 5FG5A 2NXBA 5A83A 3O34A 5CRMA 3LXJA 4TT6A 5D3HA 3G0LA 1ZS5A 2YEKA 4O75A 5CU8A 5ENGA 4AKIA 4BHWA 4Y03A 4CURA 5CS8A 5KTXA 1ZKRA 5EV9A 4LRGA 5FE0A 2D82A 3S91A 5LJ0A 4CL9A 3MB4A 4HXMA 5AMEA 5CUDA 2DVVA 3MQMA 4IR5A 5DFDA 4CUUA 4LC2A 5F60A 5AMFA 1F68A 5AD2A 2L85A 3JVMA 5HFRA 4AKGA 2DATA 3MUKA 5EGUA 2E7OA 4YAXA 2LSPB 3DWYA 4QR4A 4IR4A 5DX4A 5H1TA 5I1QA 5EM3A 4J0RA 3U5MA 4YY4A 4NQNA 5FFWA 4BW3A 3UVYA 4LR6A 4Q0OA 3LQIA 5KTUA 2EJNA 5D26A 4QYLA 2RI7A 4QSRA 3P1EA 5CUEA 4QSTA 3P1CA 2OO1A 4KV4A 4AKNA 4UYHA 3O36A 5I88A 4BW2A 4O74A 5HEMA 5AD3A 4CLBA 5C8GA 5EQ1A 5FE9A 4CFLA 4YYMA 5FG6A 5FE2A 4GPJA 2I7KA 2G4AA 4QEVA 5C89A 5DLXA 4RVRA 5H85A 5TCMA 4YYNA 5ENEA 5ENJA 5I29A 2RO1A 5CP5A 2OUOA 5KU3A 3P1DA 4IOOA 5G4SA 2R0VA 5HRXA 5L97A 4QNSA 5L8TA 4YBTA 1WUMA 2L5EA 4UYFB 4NXJA 4NUDA 2MJVB 5L99A 2RS9B 4NR4A 5E3GA 4HXRA 3UW9A 3ERRA 3Q2FA 4YABA 5A5PA 4QZSA 5E73A 4OGIA 5D3NA 5BT3A 5KTWA 5D3TA 5DW1A 5FG4A 3VKGA 4QUTA 4N4GA 4QR5A 5F63A 4ALHA 4IR3A 5CPEA 4A9LA 3U5NA 3D1BA 2R0SA 5IGMA 4QSQA 5C87A 5FE3A 2WP1A 3VKHA 4TQNA 3LJWA 5CGPA 4HBYA 5ENCA 5A5NA 4QSPA 4IR6A 2DWWA 4NYVA 5II2A 4C67A 5E9VA 1N72A 2YEMA 4XUAA 5IGNA 3O37A 5LKTA 4TTEA 5JI8A 4FLPA 5C7NA 5D3JA 2RFJA 4NRCA 5E9MA 4NUEA 5CY9A 5HCLA 4HXLA 5ENIA 5I7XA 4A9HA 5LKXA 3ZYUA 4J1PA 5EICA 3G0JA 4QSSA 4N4IA 3QZTA 5EI4A 5E9YA 2I8NA 4HBXA 3AQAA 4DONA 4BW4A 1PUOA 3FKMX 4QEUA 4TS8A 5HFQA 4QY4A 4QSVA 3UVDA 5LJ1A 4NS5A 4QC3A 4ZW1A 4X2IA 4YYDA 4MEOA 4HXKA 5CQ4A 5E74A 5II1A 5EP7A 4O78A 4YATA 4TU6A 4C66A 2YQDA 5H1VA 5CQ6A 4MEQA 4E96A 5EWHA 4QR3A 2KTBB 5L98A 5IGKA 3U5JA 4HBWA 3UV2A 3LQHA 3O35A 5D25A 1EQFA 2FSAA 4PY6A 3MXFA 4LYSA 4QEWA 2DVQA 4XY9A 4N4FA 5DFCA 4QSWA 3P5OA 5CQ5A 3IU5A 3NXBA 4YH3A 5A7CA 5FB0A 4BJXA 4YY6A 5IG6A 5CZGA 4YK0A 4YC9A 4CUPA 5F3AA 5ACYA 5CTLA 5IBNA 5CQ7A 5ETBA 4A9NA 4F3IA 4A9OA 5H1UA 5JWMA 5I89A 4XUBA 4N4HA 5KHMA 5HRWA 5CQ8A 5A5QA 2DKWA 4MENA 5D3SA 4TZ2A 2R10A 3IU6A 4MR5A 4NRBA 4KCXA 5CRZA 5F61A 2YELA 4CUQA 5EPBA 5D24A 3SVHA 5HELA 4PCIA 5FE6A 4UIUA 5HM0A 4PTBA 5DFBA 3RCWA 5EVAA 4PS5A 5I7YA 4IORA 3HMEA 5DKDA 5HENA 5E7DA 5CFWA 4NR9A 5F1LA 5CUAA 2OSSA 5E3DA 4HXNA 4UIYA 4NRAA 4Z93A
chains in the Genus database with same CATH topology
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 4QSU A;  5DKC A;  5EIS A;  5ENB A;  4QYD A;  3MB3 A;  5FE4 A;  5L8U A;  4UIT A;  2YDW A;  2R0Y A;  4TU4 A;  2RNY A;  3JVJ A;  4BW1 A;  5LKU A;  5E9K A;  3HMF A;  3O33 A;  4UYD A;  3GG3 A;  5EWC A;  4MEP A;  5KO4 A;  3P1F A;  4N3W A;  5EU1 A;  4YYK A;  5BT4 A;  4HXP A;  4TYL A;  4YH4 A;  5CUC A;  4MR3 A;  4O7A A;  5CQ3 A;  4MR4 A;  5E0R A;  4YYJ A;  4UYG A;  2N9G A;  4NR6 A;  4O7B A;  4UIX A;  5DYA A;  4LDF A;  5CUB A;  3TLP A;  5HQ6 A;  3HMH A;  4UIZ A;  4HBV A;  2L84 A;  2RNX A;  4Z1S A;  4HXO A;  5E9L A;  4O77 A;  5A82 A;  5DYU A;  5HQ7 A;  5F1H A;  4XYA A;  2WP2 A;  2D9E A;  4XY8 A;  4TT2 A;  5C4Q A;  5FH7 A;  5FE1 A;  4O72 A;  2RNW A;  5ENF A;  5LKZ A;  4QUU A;  4YBS A;  4O7C A;  5CUG A;  3SVF A;  4HXS A;  3QZV A;  4PKL A;  5EWV A;  5FH6 A;  4A9I A;  4YYG A;  4A9E A;  4CFK A;  2YW5 A;  4NR5 A;  5FE8 A;  4LZR A;  5DW2 A;  3D7C A;  4PCE A;  5A81 A;  3MUL A;  3U5L A;  3JVL A;  4Q0N A;  4YYI A;  4LYI A;  5FDZ A;  4NR7 A;  3U5O A;  4ZC9 A;  5A5O A;  1JM4 B;  5F36 A;  4QC1 A;  5EPR A;  4IOQ A; 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