5BT5A

Crystal structure of brd2 second bromodomain in complex with sgc-cbp30 chemical probe
Total Genus 43
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
43
sequence length
110
structure length
110
Chain Sequence
LSEQLKHCNGILKELLSKKHAAYAWPFYKPVDASALGLHDYHDIIKHPMDLSTVKRKMENRDYRDAQEFAADVRLMFSNCYKYNPPDHDVVAMARKLQDVFEFRYAKMPD
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Crystal structure of BRD2 second bromodomain in complex with a 3,5-dimethylisoxazol ligand
rcsb
molecule keywords Bromodomain-containing protein 2
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription
total genus 43
structure length 110
sequence length 110
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-06-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5bt5A00
5CUGA 2E7OA 5ENHA 5LUUA 4MENA 3Q2EA 4LDFA 4N3WA 5EVAA 5E3GA 2E7NA 2YQDA 3I3JA 5C89A 4CUPA 2FSAA 4HBYA 4UIUA 4BW3A 5I86A 4O72A 5HQ6A 2E3KA 4RVRA 4XY8A 5E7DA 5LKZA 3JVKA 1F68A 5I7XA 4YYKA 1ZS5A 2OUOA 4OGIA 5FG5A 5LJ2A 2R0YA 5A5QA 2WP2A 5F5ZA 4ALGA 4CURA 5LJ0A 5ENBA 3U5JA 5ENIA 4Y03A 4A9LA 5FFVA 5DYUA 2L84A 5DKCA 2D9EA 5FE9A 5CPEA 4O77A 5IBNA 4GPJA 4O7BA 5FB0A 5C8GA 5EI4A 5EGUA 5HFQA 5FG6A 2F6NA 4O7FA 3U5PA 4QEUA 5FBXA 4O71A 4YY4A 4UYFB 3UV2A 3U5LA 5D7XA 4ALHA 5ENFA 4NUDA 4IORA 5I88A 4HBWA 5ACYA 5D3SA 2I7KA 5CQ3A 5FE0A 4CUSA 3JVJA 5CQ4A 4MEOA 3P1CA 5D3PA 4UIVA 4YBSA 4CUQA 3P1EA 5DLXA 4UYEA 4IR4A 5HQ7A 5KTWA 4TQNA 4NYVA 5I7YA 4YYHA 5EWVA 5D3TA 5EWHA 5DYCA 4TS8A 4BW1A 2RNYA 5H1VA 4YY6A 4HXMA 5E9KA 5IGMA 4YATA 5C7NA 2RNXA 5I80A 4UYDA 5L97A 5CQ7A 3UVXA 5CUAA 5FE1A 4QSTA 5E74A 5L8TA 5F3AA 5DKHA 4YC9A 3O33A 4HBXA 2R0SA 4NR4A 4QSUA 4HXLA 3ONIA 5EPSA 2R0VA 5EQ1A 1X0JA 4LZ2A 5KTXA 5EPRA 2KTBB 4J0RA 4QR3A 5A7CA 4PTBA 4YYDA 2DWWA 4WHUA 3P1DA 5ETBA 4NYXA 4QYLA 5A85A 5A83A 4QUTA 5LVQA 2DVVA 4MEPA 5F25A 5ENJA 5I89A 5A5SA 3DAIA 5F60A 5CY9A 4BW2A 5LKXA 4IR6A 3TLPA 4MR5A 5D24A 3UW9A 4N4GA 5TCMA 4NQNA 2RNWA 5BT3A 2MJVB 5H1UA 3G0JA 3MB4A 5CUCA 3S91A 4LZSA 4A9EA 5HRWA 4A9OA 3LJWA 4LYIA 3MQMA 4MR6A 5FFYA 4YABA 3UVWA 5CS8A 4A9MA 4QSPA 3IU6A 3U5KA 5L99A 4TU6A 4Q0OA 5D3LA 4QY4A 3HMHA 5L8UA 4J3IA 5D3NA 4YBTA 2L85A 4CFLA 4A9KA 5AD2A 2OSSA 5FB1A 4O7EA 5AMEA 5LJ1A 5II1A 2NXBA 4NXJA 5I1QA 4A9JA 3S92A 4NUCA 3ZYUA 5L96A 4DONA 3GG3A 2LSPB 4HXPA 5FH7A 5IGLA 4XUAA 4QSWA 4HXOA 4ZW1A 4QEWA 5FE2A 3SVHA 3AADA 4PS5A 5HELA 4QBMA 4NR5A 5FE7A 5CUBA 3UV4A 2N9GA 4OGJA 4YH3A 4BHWA 4Z6HA 2RS9B 5HENA 5DFBA 5FH8A 4TT2A 4CL9A 5E3DA 5KO4A 5KHMA 5BT5A 5F61A 4MR4A 4IOOA 2YW5A 4O7AA 5F2PA 4HXRA 4O74A 5AD3A 5HM0A 4QNSA 4KV4A 5FG4A 4YYJA 4XUBA 5CQ5A 3O35A 4O70A 5E9IA 5COIA 3DWYA 5FE6A 2DVRA 3U5NA 4MEQA 5H85A 3UVYA 5EM3A 5IG6A 3U5MA 4TU4A 5CP5A 2G4AA 4LYSA 4J0SA 4QSQA 4UIWA 5D3RA 5EICA 2F6JA 5DYAA 5FH6A 1N72A 2RO1A 4A9HA 5HQ5A 2R10A 5E9YA 4O76A 2I8NA 3Q2FA 2H60A 4QR5A 5CUDA 4UYGA 4Z1QA 4A9FA 5F1HA 5IGKA 3FKMX 5I83A 3O36A 4F3IA 4YADA 3QZTA 4Z6IA 2DKWA 4LR6A 4NRCA 4E96A 4C66A 4N4IA 5EISA 5DW1A 5FDZA 3HMFA 5D0CA 5HFRA 4YYIA 5II2A 1WUMA 5I29A 4N4HA 4YK0A 4ZQLA 5CTLA 5E9VA 5FE5A 3G0LA 5FFWA 4QUUA 3K2JA 5FE8A 2DVSA 5F62A 2YYNA 4QB3A 4LYWA 4AKNA 3LQIA 4NR7A 3D7CA 4IOQA 5A5OA 5CQAA 5A5PA 5HCLA 2DATA 2YDWA 4HBVA 4QSRA 4J1PA 5CQ6A 3O34A 3NXBA 4QEVA 4YAXA 5BT4A 3MB3A 3UV5A 5HLSA 4XYAA 5I40A 5LKTA 2L5EA 5JWMA 5G4SA 4KV1A 4UITA 5C85A 5EWCA 5FE3A 5L98A 4YH4A 5LKUA 2RFJA 4BW4A 3JVMA 5LVRA 4QSSA 5DX4A 3P1FA 3SVFA 4PCIA 5KTUA 4CUUA 5HRXA 5D25A 3O37A 2WP1A 5DLZA 2D82A 2GRCA 4YYMA 4YYNA 4WIVA 4YBMA 5CQ8A 5EV9A 4TZ2A 4O7CA 5EU1A 4NUEA 4Z1SA 5E9LA 4ZC9A 5IGNA 4LC2A 4NYWA 1WUGA 2OO1A 4NRBA 4PKLA 4NRAA 4HXSA 3IU5A 4TT4A 4CLBA 5TB6A 4QYDA 4LZRA 2YEMA 4UIZA 3P5OA 4QC3A 5CFWA 5CUEA 4BJXA 2RI7A 3MUKA 4QZSA 4NR8A 5A81A 4Q0NA 5CRMA 5F63A 4OUFA 3RCWA 5JI8A 3SVGA 4A9IA 3LQJA 1JSPB 5IIDA 4NR6A 5D26A 4TT6A 5EP7A 5E73A 5HEMA 4LRGA 4PCEA 4QR4A 4C67A 5K29A 5H1TA 4UYFA 5E0RA 4NQMA 4HXNA 4QSXA 5A5RA 5CU8A 3UVDA 5KU3A 5ENEA 5HRVA 4QSVA 5EWWA 5DFDA 5G4RA 4O75A 4KCXA 5C87A 4X2IA 4UIYA 5J0DA 5EA1A 5CRZA 2YEKA 3JVLA 3AQAA 5ENGA 4HXKA 5D3HA 5HJCA 4NS5A 4CFKA 5E9MA 5A82A 4Z93A 4UYHA 5DW2A 3LQHA 4IR3A 3MXFA 3LXJA 5DYXA 4IR5A 5EPBA 5EWDA 5C4QA 3QZSA 5F36A 4QC1A 1E6IA 3MULA 4PY6A 5CZGA 5DBMA 5ENCA 4CUTA 4FLPA 1JM4B 5DY7A 4WHWA 4NR9A 4TTEA 4N4FA 5D3JA 5DKDA 2YELA 2DVQA 5FE4A 5F1LA 5AMFA 4O78A 5ETDA 3U5OA 4XY9A 5A5NA 4UIXA 3HMEA 4TYLA 4A9NA 4MR3A 4YYGA 5CGPA 3QZVA 5DFCA 5EK9A 1EQFA 5CQTA 4TZ8A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5CUGA 2E7OA 5ENHA 5LUUA 4MENA 3Q2EA 4LDFA 4N3WA 5EVAA 5E3GA 2E7NA 2YQDA 3I3JA 5C89A 4AKIA 4CUPA 2FSAA 4HBYA 4UIUA 4BW3A 5I86A 4O72A 5HQ6A 2E3KA 4RVRA 4XY8A 5E7DA 5LKZA 3JVKA 1F68A 5I7XA 4YYKA 1ZS5A 2OUOA 4OGIA 5FG5A 5LJ2A 2R0YA 5A5QA 2WP2A 5F5ZA 4ALGA 4CURA 5LJ0A 5ENBA 3U5JA 5ENIA 4Y03A 4A9LA 5FFVA 5DYUA 2L84A 5DKCA 2D9EA 5FE9A 5CPEA 4O77A 5IBNA 4GPJA 4O7BA 5FB0A 5C8GA 5EI4A 5EGUA 5HFQA 5FG6A 2F6NA 4O7FA 3U5PA 4QEUA 5FBXA 4O71A 4YY4A 4UYFB 3UV2A 3U5LA 5D7XA 4ALHA 5ENFA 4NUDA 4IORA 5I88A 4HBWA 5ACYA 5D3SA 2I7KA 5CQ3A 5FE0A 4AKHA 4CUSA 3JVJA 5CQ4A 4MEOA 3P1CA 5D3PA 4UIVA 4YBSA 4CUQA 3P1EA 5DLXA 4UYEA 4IR4A 5HQ7A 5KTWA 4TQNA 4NYVA 5I7YA 4YYHA 5EWVA 5D3TA 5EWHA 5DYCA 4TS8A 4BW1A 2RNYA 5H1VA 4YY6A 4HXMA 5E9KA 5IGMA 4YATA 5C7NA 2RNXA 5I80A 4UYDA 5L97A 5CQ7A 3UVXA 5CUAA 5FE1A 4QSTA 3D1DA 5E74A 5L8TA 5F3AA 5DKHA 4YC9A 3O33A 4HBXA 2R0SA 4NR4A 4QSUA 4HXLA 3ONIA 5EPSA 2R0VA 5EQ1A 1X0JA 4LZ2A 5KTXA 5EPRA 2KTBB 4J0RA 4QR3A 5A7CA 3VKGA 1PUOA 4PTBA 4YYDA 2DWWA 4WHUA 3P1DA 5ETBA 4NYXA 4QYLA 5A85A 5A83A 4QUTA 5LVQA 2DVVA 4MEPA 5F25A 5ENJA 5I89A 5A5SA 3DAIA 5F60A 5CY9A 4BW2A 5LKXA 4IR6A 3TLPA 4MR5A 5D24A 3UW9A 4N4GA 5TCMA 4NQNA 2RNWA 5BT3A 2MJVB 5H1UA 3G0JA 3MB4A 5CUCA 3S91A 4LZSA 4A9EA 5HRWA 4A9OA 3LJWA 4LYIA 3MQMA 4MR6A 5FFYA 4YABA 3UVWA 5CS8A 4A9MA 4QSPA 3IU6A 3U5KA 5L99A 4TU6A 4Q0OA 5D3LA 4QY4A 3HMHA 5L8UA 3ERRA 4J3IA 5D3NA 4YBTA 2L85A 4CFLA 4A9KA 5AD2A 2OSSA 5FB1A 4O7EA 5AMEA 5LJ1A 5II1A 2NXBA 4NXJA 5I1QA 4A9JA 3S92A 4NUCA 3ZYUA 5L96A 4DONA 3GG3A 2LSPB 4HXPA 5FH7A 5IGLA 4XUAA 4QSWA 4HXOA 4ZW1A 4QEWA 5FE2A 3SVHA 3AADA 4PS5A 5HELA 4QBMA 4NR5A 5FE7A 5CUBA 3UV4A 2N9GA 4OGJA 4YH3A 4BHWA 4Z6HA 2RS9B 5HENA 5DFBA 5FH8A 4TT2A 4CL9A 5E3DA 5KO4A 5KHMA 5BT5A 5F61A 4MR4A 4IOOA 2YW5A 4O7AA 5F2PA 4HXRA 4O74A 5AD3A 5HM0A 4QNSA 4KV4A 5FG4A 4YYJA 4XUBA 5CQ5A 3O35A 4O70A 5E9IA 5COIA 3DWYA 5FE6A 2DVRA 3U5NA 4MEQA 5H85A 3UVYA 5EM3A 5IG6A 3U5MA 4TU4A 5CP5A 2G4AA 4LYSA 4J0SA 4QSQA 4UIWA 5D3RA 5EICA 2F6JA 5DYAA 5FH6A 1N72A 2RO1A 4A9HA 5HQ5A 2R10A 5E9YA 4O76A 2I8NA 3Q2FA 2H60A 4QR5A 5CUDA 4UYGA 4Z1QA 4A9FA 5F1HA 5IGKA 3FKMX 5I83A 3O36A 4F3IA 4YADA 3QZTA 4Z6IA 2DKWA 4LR6A 4NRCA 4E96A 4C66A 4N4IA 5EISA 5DW1A 5FDZA 3HMFA 5D0CA 5HFRA 4YYIA 5II2A 1WUMA 5I29A 4N4HA 4YK0A 4ZQLA 5CTLA 5E9VA 5FE5A 3G0LA 5FFWA 4QUUA 3K2JA 5FE8A 2DVSA 5F62A 2YYNA 4QB3A 4LYWA 4AKNA 3LQIA 4NR7A 3D7CA 4IOQA 5A5OA 5CQAA 5A5PA 5HCLA 2DATA 2YDWA 4HBVA 4QSRA 4J1PA 5CQ6A 3O34A 3NXBA 4QEVA 4YAXA 5BT4A 3MB3A 3UV5A 5HLSA 4XYAA 5I40A 5LKTA 2L5EA 5JWMA 5G4SA 4KV1A 4UITA 5C85A 5EWCA 5FE3A 5L98A 4YH4A 5LKUA 2RFJA 4BW4A 3JVMA 5LVRA 4QSSA 5DX4A 3P1FA 3SVFA 4PCIA 5KTUA 4CUUA 5HRXA 5D25A 3O37A 2WP1A 4AI6A 5DLZA 2D82A 2GRCA 4YYMA 4YYNA 4WIVA 4YBMA 5CQ8A 5EV9A 4TZ2A 4O7CA 5EU1A 4NUEA 3D1BA 4Z1SA 5E9LA 4ZC9A 5IGNA 4LC2A 4NYWA 1WUGA 2OO1A 4NRBA 4PKLA 4NRAA 4HXSA 3IU5A 4TT4A 4CLBA 5TB6A 4QYDA 1ZKRA 4LZRA 2YEMA 4UIZA 3P5OA 4QC3A 5CFWA 5CUEA 4BJXA 2RI7A 3MUKA 4QZSA 4NR8A 5A81A 4Q0NA 5CRMA 5F63A 4OUFA 3RCWA 5JI8A 2EJNA 3SVGA 4A9IA 3LQJA 1JSPB 5IIDA 4NR6A 5D26A 4TT6A 5EP7A 5E73A 5HEMA 4LRGA 4PCEA 4QR4A 4C67A 5K29A 5H1TA 4UYFA 5E0RA 4NQMA 4HXNA 4QSXA 5A5RA 5CU8A 3UVDA 5KU3A 5ENEA 5HRVA 4QSVA 5EWWA 5DFDA 5G4RA 4O75A 4KCXA 4AKGA 5C87A 4X2IA 4UIYA 5J0DA 5EA1A 5CRZA 2YEKA 3JVLA 3AQAA 5ENGA 4HXKA 5D3HA 5HJCA 4NS5A 4CFKA 5E9MA 5A82A 4Z93A 4UYHA 5DW2A 3LQHA 4IR3A 3MXFA 3LXJA 5DYXA 4IR5A 5EPBA 5EWDA 5C4QA 3QZSA 5F36A 4QC1A 1E6IA 3MULA 4PY6A 5CZGA 5DBMA 5ENCA 4CUTA 4FLPA 1JM4B 5DY7A 4WHWA 4NR9A 4TTEA 4N4FA 5D3JA 5DKDA 2YELA 2DVQA 5FE4A 3VKHA 5F1LA 5AMFA 4O78A 5ETDA 3U5OA 4XY9A 5A5NA 4UIXA 3HMEA 4TYLA 4A9NA 4MR3A 4YYGA 5CGPA 3QZVA 5DFCA 5EK9A 1EQFA 5CQTA 4TZ8A
chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5CUG A;  2E7O A;  5ENH A;  5LUU A;  4MEN A;  3Q2E A;  4LDF A;  4N3W A;  5EVA A;  5E3G A;  2E7N A;  2YQD A;  3I3J A;  5C89 A;  4CUP A;  2FSA A;  4HBY A;  4UIU A;  4BW3 A;  5I86 A;  4O72 A;  5HQ6 A;  2E3K A;  4RVR A;  4XY8 A;  5E7D A;  5LKZ A;  3JVK A;  1F68 A;  5I7X A;  4YYK A;  1ZS5 A;  2OUO A;  4OGI A;  5FG5 A;  5LJ2 A;  2R0Y A;  5A5Q A;  2WP2 A;  5F5Z A;  4ALG A;  4CUR A;  5LJ0 A;  5ENB A;  3U5J A;  5ENI A;  4Y03 A;  4A9L A;  5FFV A;  5DYU A;  2L84 A;  5DKC A;  2D9E A;  5FE9 A;  5CPE A;  4O77 A;  5IBN A;  4GPJ A;  4O7B A;  5FB0 A;  5C8G A;  5EI4 A;  5EGU A;  5HFQ A;  5FG6 A;  2F6N A;  4O7F A;  3U5P A;  4QEU A;  5FBX A;  4O71 A;  4YY4 A;  4UYF B;  3UV2 A;  3U5L A;  5D7X A;  4ALH A;  5ENF A;  4NUD A;  4IOR A;  5I88 A;  4HBW A;  5ACY A;  5D3S A;  2I7K A;  5CQ3 A;  5FE0 A;  4CUS A;  3JVJ A;  5CQ4 A;  4MEO A;  3P1C A;  5D3P A;  4UIV A;  4YBS A;  4CUQ A;  3P1E A;  5DLX A;  4UYE A;  4IR4 A;  5HQ7 A;  5KTW A;  4TQN A;  4NYV A;  5I7Y A;  4YYH A;  5EWV A;  5D3T A;  5EWH A;  5DYC A;  4TS8 A;  4BW1 A; 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