4LC2A

Crystal structure of the bromodomain of human brpf1b
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
114
structure length
114
Chain Sequence
EMQLTPFLILLRKTLEQLQEKDTGNIFSEPVPLSEVPDYLDHIKKPMDFFTMKQNLEAYRYLNFDDFEEDFNLIVSNCLKYNAKDTIFYRAAVRLREQGGAVLRQARRQAEKMG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Dna binding protein
molecule keywords Peregrin
publication title Crystal structure of the bromodomain of human BRPF1B
rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 40
structure length 114
sequence length 114
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4lc2A00
5IBNA 3NXBA 5E9YA 5ENIA 5A85A 4A9LA 4CUSA 2L85A 4YBMA 5HELA 4QSQA 4QUUA 5I7YA 4N4GA 4N4HA 3K2JA 3HMEA 4QR4A 4CFLA 5I7XA 3Q2FA 4TZ8A 4QSXA 5FE6A 5ENGA 4BHWA 4O7FA 3UV4A 4Y03A 3MB4A 4QSTA 3U5LA 4BW4A 4UIYA 5DKCA 5ENFA 5LKZA 5HQ7A 4NS5A 3MUKA 4MR5A 4YY4A 5KTXA 4LZSA 5EI4A 5EPSA 4QR5A 5FDZA 2YEMA 4N4IA 4Z6HA 5H1UA 4LZ2A 5D3TA 4NUCA 4Q0OA 4WHUA 5KO4A 2R10A 4HXNA 3TLPA 4A9HA 4YC9A 5D3LA 3IU5A 4PTBA 5LKXA 5LJ2A 3JVKA 2I7KA 3LQIA 2E7OA 4QEVA 5HEMA 4LR6A 3O33A 4YYNA 4O78A 4BW1A 5F5ZA 3IU6A 5A7CA 5L99A 3JVJA 5FFWA 4UYFB 2RS9B 3UVYA 5CUBA 5CQ5A 5EGUA 5F2PA 5FG5A 5DYUA 3UVXA 4J0SA 4YH4A 5IIDA 4ZW1A 2RNXA 4J0RA 5E9LA 5A83A 4C67A 4NR4A 5KTWA 3UV5A 5L8UA 5KTUA 3DAIA 4QEUA 4QY4A 4XY9A 4UIZA 2R0YA 4HXSA 5BT3A 3P5OA 5E0RA 5IGKA 4TYLA 2YW5A 5COIA 5HFQA 4HXLA 4FLPA 5HQ5A 5CZGA 4DONA 3U5JA 2F6JA 4QSUA 5CQTA 5FE8A 5DKHA 3G0JA 2OO1A 5DFBA 3AQAA 5A5OA 4QYLA 5FE9A 5G4SA 4HBXA 3MULA 4NYXA 3LQHA 5H1VA 3GG3A 2R0VA 5FE0A 5FE1A 3UVDA 4GPJA 5HRVA 5TB6A 4IOQA 4J1PA 5FFYA 4CL9A 4QBMA 5EPRA 2DKWA 4PS5A 4IR6A 2D9EA 4NRAA 4QYDA 4TQNA 5DBMA 4ALHA 5BT5A 4O76A 4QZSA 5D24A 4O7EA 3UV2A 5DLZA 3MB3A 4O77A 4CUUA 4TT4A 5DYAA 4QUTA 5CQ4A 3SVHA 3P1EA 2DWWA 5CQ6A 5D3NA 4TS8A 5E3GA 5IG6A 5FB0A 4MR4A 4NXJA 4LC2A 5KHMA 2MJVB 3UW9A 4UITA 4Z1QA 4F3IA 5HQ6A 5DKDA 4CLBA 4Z93A 4TT2A 5DY7A 5DLXA 2F6NA 2D82A 5E9KA 3SVGA 5FH7A 2YDWA 4TT6A 3MXFA 5ETDA 5AD2A 1WUMA 5CY9A 4UYDA 5D3PA 4NUEA 4QSSA 5DFCA 5EK9A 5CPEA 5CU8A 5EVAA 5C87A 4O70A 2R0SA 5H85A 3O36A 4LDFA 5C4QA 4A9KA 4OGJA 4UYGA 4Z1SA 5HENA 4NR9A 4MR3A 4YATA 5DW1A 4QR3A 4O75A 5CP5A 5IGLA 5D26A 4Q0NA 4A9FA 4HXPA 5FG6A 5II2A 4NUDA 5E7DA 3O34A 5LUUA 5FH8A 4NRCA 5HFRA 4LYSA 5DYXA 5A81A 5IGNA 5E9MA 5FBXA 4YBSA 4QSVA 5I83A 5AD3A 2LSPB 3UVWA 5LJ1A 4XY8A 4NR8A 4HBWA 4MR6A 4CUPA 2G4AA 3U5KA 5CUEA 5LJ0A 4NQNA 3ZYUA 1JM4B 5E73A 4CFKA 4NR7A 4A9NA 5CGPA 3LXJA 3ONIA 5F1HA 5CQ7A 4MEQA 4CURA 2YYNA 2FSAA 3P1FA 3P1CA 4PKLA 5D0CA 5HRXA 5LKTA 5EV9A 5D25A 2L84A 4YYHA 5DX4A 5HRWA 5HJCA 5FB1A 2RFJA 4NR5A 4BW2A 5K29A 2L5EA 2I8NA 5DW2A 4AKNA 4QB3A 4TZ2A 5A5RA 1N72A 4A9MA 1WUGA 4IR5A 5EWCA 5AMFA 3LJWA 4ZQLA 3Q2EA 4BW3A 5CQ3A 5E9VA 4YYGA 3G0LA 2DVSA 4O7BA 4UIUA 5F25A 5TCMA 5ENBA 4WIVA 2E7NA 5D3JA 4UYHA 4O7AA 1X0JA 5D7XA 4MENA 4YYDA 4O74A 4A9OA 2GRCA 3U5NA 5FG4A 4HXMA 3QZTA 4YY6A 4XUAA 4HBYA 5C89A 5L96A 5F63A 5EM3A 4BJXA 4HXKA 4ALGA 3FKMX 4OUFA 4PY6A 4IR4A 5HCLA 5II1A 5BT4A 3S91A 4LZRA 4XYAA 5F60A 4YK0A 3HMHA 5ENHA 4QSWA 4MEPA 4HXRA 5EICA 5I40A 2OUOA 3LQJA 5CUGA 2RI7A 4LYWA 5FE7A 3DWYA 4QSRA 5F1LA 5EP7A 5LVRA 3I3JA 2DVRA 5L98A 2DATA 5A5SA 4J3IA 4O72A 5A5QA 3U5PA 5LKUA 4WHWA 2DVVA 4UIVA 4O71A 5FH6A 2E3KA 3U5OA 4CUTA 4LYIA 2WP2A 4UIXA 1F68A 5EISA 5HLSA 5HM0A 4QNSA 5EWWA 4E96A 5ENCA 4NR6A 5G4RA 3QZSA 4XUBA 4A9EA 4QC3A 5EQ1A 5CS8A 3P1DA 4YABA 2OSSA 4KV4A 4C66A 4QC1A 5F3AA 5F36A 2RNYA 4O7CA 4YBTA 4A9JA 5FE5A 1ZS5A 5A82A 4LRGA 2YELA 4YH3A 5AMEA 4ZC9A 5ACYA 3MQMA 4TU6A 2RO1A 5C7NA 5FE4A 5D3HA 5H1TA 5EA1A 4IOOA 4PCIA 3O35A 5CRZA 1E6IA 5EWDA 5FFVA 5I86A 4YADA 4YYMA 4YYKA 2KTBB 4MEOA 4N3WA 4KV1A 5I29A 1EQFA 5F61A 2DVQA 5EWHA 5CUAA 5KU3A 5CQ8A 2WP1A 4TTEA 5CUDA 5I80A 4IR3A 4X2IA 4IORA 2N9GA 5EU1A 2RNWA 5A5PA 5E3DA 3U5MA 5F62A 4QSPA 4UYFA 5CTLA 3HMFA 5CRMA 4NRBA 1JSPB 4OGIA 2YEKA 2H60A 3O37A 3S92A 3D7CA 5CFWA 2NXBA 5ENEA 5DFDA 4NYWA 5CQAA 4TU4A 5JI8A 5L8TA 4HXOA 5LVQA 3SVFA 3JVLA 3RCWA 5ENJA 4UYEA 4Z6IA 4HBVA 5D3RA 4YYJA 4RVRA 4UIWA 5A5NA 5EWVA 5FE3A 5JWMA 4QEWA 5CUCA 5E9IA 3AADA 4KCXA 4YYIA 5I89A 5FE2A 4A9IA 5L97A 5IGMA 4NYVA 5E74A 4CUQA 2YQDA 3JVMA 5EPBA 5ETBA 4NQMA 4YAXA 4PCEA 5I88A 5C8GA 5I1QA 5J0DA 5C85A 3QZVA 4N4FA 5DYCA 5D3SA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5IBNA 3NXBA 5E9YA 5ENIA 5A85A 4A9LA 4CUSA 2L85A 4YBMA 5HELA 4QSQA 4QUUA 5I7YA 4N4GA 4N4HA 3K2JA 3HMEA 4QR4A 4CFLA 5I7XA 3Q2FA 4TZ8A 4QSXA 5FE6A 5ENGA 4BHWA 4O7FA 3UV4A 4Y03A 3MB4A 4QSTA 3U5LA 4BW4A 4UIYA 5DKCA 5ENFA 5LKZA 3VKHA 5HQ7A 4NS5A 3MUKA 4MR5A 4YY4A 5KTXA 4LZSA 5EI4A 5EPSA 4QR5A 5FDZA 2YEMA 4N4IA 4Z6HA 5H1UA 4LZ2A 5D3TA 4NUCA 4Q0OA 4WHUA 5KO4A 2R10A 4HXNA 3TLPA 4A9HA 4YC9A 5D3LA 3IU5A 4PTBA 5LKXA 5LJ2A 3JVKA 2I7KA 3LQIA 2E7OA 4QEVA 5HEMA 4LR6A 3O33A 4YYNA 4O78A 4BW1A 5F5ZA 3IU6A 5A7CA 5L99A 3JVJA 5FFWA 4UYFB 2RS9B 3UVYA 5CUBA 5CQ5A 5EGUA 5F2PA 5FG5A 5DYUA 3UVXA 4J0SA 4YH4A 5IIDA 4ZW1A 2RNXA 4J0RA 5E9LA 5A83A 4C67A 4NR4A 5KTWA 3UV5A 5L8UA 5KTUA 3DAIA 4QEUA 4QY4A 4XY9A 4AKIA 4UIZA 4AKHA 2R0YA 4HXSA 5BT3A 3P5OA 5E0RA 5IGKA 4TYLA 2YW5A 5COIA 5HFQA 4HXLA 4FLPA 5HQ5A 5CZGA 4DONA 3U5JA 2F6JA 4QSUA 5CQTA 5FE8A 3D1BA 3G0JA 2OO1A 5DKHA 5DFBA 3AQAA 5A5OA 4QYLA 5FE9A 5G4SA 4HBXA 3MULA 4NYXA 3LQHA 5H1VA 3GG3A 2R0VA 5FE0A 5FE1A 3UVDA 4GPJA 5HRVA 5TB6A 4IOQA 4J1PA 5FFYA 4CL9A 4QBMA 5EPRA 3D1DA 2DKWA 4PS5A 4IR6A 2D9EA 4NRAA 4QYDA 4TQNA 5DBMA 4ALHA 5BT5A 4O76A 4QZSA 5D24A 4O7EA 3UV2A 5DLZA 3MB3A 4O77A 4CUUA 4TT4A 5DYAA 4QUTA 5CQ4A 3SVHA 3P1EA 2DWWA 5CQ6A 5D3NA 4TS8A 5E3GA 5IG6A 5FB0A 4MR4A 4NXJA 4LC2A 5KHMA 2MJVB 3UW9A 4UITA 4Z1QA 4F3IA 5HQ6A 5DKDA 4CLBA 4Z93A 4TT2A 5DY7A 5DLXA 2F6NA 2D82A 5E9KA 3SVGA 5FH7A 2YDWA 4TT6A 3MXFA 5ETDA 5AD2A 1WUMA 5CY9A 4UYDA 5D3PA 4NUEA 4QSSA 5DFCA 5EK9A 5CPEA 5CU8A 5EVAA 5C87A 4O70A 2R0SA 5H85A 3O36A 4LDFA 5C4QA 4A9KA 4OGJA 4UYGA 4Z1SA 5HENA 4NR9A 4MR3A 4YATA 5DW1A 4QR3A 4O75A 5CP5A 5IGLA 5D26A 4AI6A 4Q0NA 4A9FA 4HXPA 5FG6A 5II2A 4NUDA 5E7DA 3O34A 5LUUA 5FH8A 4NRCA 5HFRA 4LYSA 5DYXA 5A81A 5IGNA 5E9MA 5FBXA 4YBSA 4QSVA 5I83A 5AD3A 2LSPB 3UVWA 5LJ1A 4XY8A 4NR8A 4HBWA 4MR6A 4CUPA 2G4AA 3U5KA 5CUEA 5LJ0A 4NQNA 3ZYUA 1JM4B 5E73A 4CFKA 4NR7A 4A9NA 5CGPA 3LXJA 3ONIA 5F1HA 5CQ7A 4MEQA 4CURA 2YYNA 2FSAA 3P1FA 3P1CA 4PKLA 5D0CA 5HRXA 5LKTA 5EV9A 5D25A 2L84A 4YYHA 5DX4A 5HRWA 5HJCA 5FB1A 2RFJA 4NR5A 4BW2A 5K29A 2L5EA 2I8NA 5DW2A 4AKNA 4QB3A 4TZ2A 5A5RA 1N72A 4A9MA 1WUGA 4IR5A 5EWCA 5AMFA 3LJWA 4ZQLA 3Q2EA 4BW3A 5CQ3A 5E9VA 4YYGA 3G0LA 2DVSA 4O7BA 4UIUA 5F25A 5TCMA 5ENBA 4WIVA 2E7NA 5D3JA 4UYHA 4O7AA 1X0JA 5D7XA 4MENA 4YYDA 4O74A 4A9OA 2GRCA 3U5NA 5FG4A 4HXMA 3QZTA 3VKGA 4YY6A 4XUAA 4HBYA 5C89A 5L96A 5F63A 5EM3A 4BJXA 4HXKA 4ALGA 3FKMX 4OUFA 4PY6A 4IR4A 5HCLA 5II1A 5BT4A 3S91A 4LZRA 4XYAA 5F60A 4YK0A 3HMHA 5ENHA 4QSWA 4MEPA 4HXRA 5EICA 5I40A 2OUOA 3LQJA 5CUGA 2RI7A 4LYWA 5FE7A 3DWYA 4QSRA 5F1LA 5EP7A 5LVRA 3I3JA 2DVRA 5L98A 2DATA 5A5SA 4J3IA 4O72A 5A5QA 3U5PA 5LKUA 4WHWA 2DVVA 4UIVA 4O71A 5FH6A 2E3KA 3U5OA 4CUTA 4LYIA 2WP2A 4UIXA 1F68A 5EISA 5HLSA 5HM0A 4QNSA 5EWWA 4E96A 5ENCA 4NR6A 5G4RA 3QZSA 4XUBA 4A9EA 4QC3A 5EQ1A 5CS8A 3P1DA 4YABA 2OSSA 4KV4A 4C66A 4QC1A 5F3AA 5F36A 2RNYA 4O7CA 4YBTA 4A9JA 5FE5A 1ZS5A 5A82A 4LRGA 2YELA 4YH3A 5AMEA 4ZC9A 5ACYA 3MQMA 4TU6A 2RO1A 5C7NA 5FE4A 5D3HA 5H1TA 5EA1A 4IOOA 4PCIA 3O35A 5CRZA 1E6IA 5EWDA 5FFVA 5I86A 4YADA 4YYMA 4YYKA 2KTBB 4MEOA 4N3WA 4KV1A 5I29A 1EQFA 5F61A 2DVQA 5EWHA 5CUAA 5KU3A 5CQ8A 2WP1A 4TTEA 4AKGA 5CUDA 5I80A 4IR3A 4X2IA 4IORA 2N9GA 5EU1A 2RNWA 5A5PA 5E3DA 3U5MA 5F62A 4QSPA 4UYFA 5CTLA 3HMFA 5CRMA 1PUOA 4NRBA 1JSPB 4OGIA 2YEKA 2H60A 3O37A 3S92A 3D7CA 5CFWA 3ERRA 2NXBA 5ENEA 5DFDA 4NYWA 5CQAA 4TU4A 5JI8A 5L8TA 4HXOA 5LVQA 3SVFA 3JVLA 3RCWA 5ENJA 4UYEA 4Z6IA 4HBVA 5D3RA 1ZKRA 4YYJA 4RVRA 4UIWA 5A5NA 5EWVA 2EJNA 5FE3A 5JWMA 4QEWA 5CUCA 5E9IA 3AADA 4KCXA 4YYIA 5I89A 5FE2A 4A9IA 5L97A 5IGMA 4NYVA 5E74A 4CUQA 2YQDA 3JVMA 5EPBA 5ETBA 4NQMA 4YAXA 4PCEA 5I88A 5C8GA 5I1QA 5J0DA 5C85A 3QZVA 4N4FA 5DYCA 5D3SA
chains in the Genus database with same CATH topology
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