4LC2A

Crystal structure of the bromodomain of human brpf1b
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
114
structure length
114
Chain Sequence
EMQLTPFLILLRKTLEQLQEKDTGNIFSEPVPLSEVPDYLDHIKKPMDFFTMKQNLEAYRYLNFDDFEEDFNLIVSNCLKYNAKDTIFYRAAVRLREQGGAVLRQARRQAEKMG
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

publication title Crystal structure of the bromodomain of human BRPF1B
rcsb
molecule tags Dna binding protein
source organism Homo sapiens
molecule keywords Peregrin
total genus 40
structure length 114
sequence length 114
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-06-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4lc2A00
5F60A 4Z6IA 4N3WA 3DWYA 5D3RA 4FLPA 4O7AA 5LJ2A 5C7NA 5H1TA 4J3IA 5L96A 3AQAA 3QZVA 5DX4A 3MUKA 3IU6A 4MR5A 5E3GA 5L8TA 4QR4A 4QSXA 5A83A 3UVYA 3SVFA 5L8UA 5E9LA 4LC2A 4MEOA 4QYLA 4BJXA 5LKXA 3S91A 1JM4B 5CUGA 5KTUA 5EM3A 3U5LA 5EPSA 5HRVA 5A5OA 2F6NA 4XY8A 5TCMA 5H1VA 4CLBA 4QSSA 5FE3A 4O7EA 5IG6A 5G4SA 4QSPA 5L98A 5C4QA 4QC1A 5EI4A 5DW1A 3UV4A 5D3JA 3JVKA 5DFCA 5LKUA 5DKDA 5HFQA 4HXPA 4A9MA 4UYHA 4NR6A 5EICA 2RFJA 4YY6A 2N9GA 5DYUA 4UIUA 5A5QA 2YELA 4HBWA 4E96A 4YYMA 4IOOA 5A82A 4PCIA 5DLZA 5ENGA 5F63A 5E9YA 4QSRA 5F1HA 5I80A 4TT4A 4QR5A 2GRCA 4LYIA 5HFRA 4Y03A 5A81A 5LKTA 5LJ1A 4NUCA 5D3TA 5BT5A 2R0YA 3I3JA 4BHWA 4XYAA 5D3LA 3HMEA 5DBMA 3MULA 5FE2A 4BW1A 5FH6A 3U5PA 4O72A 4NR7A 4O7BA 3S92A 5CUDA 2RNYA 4YYGA 2YEKA 4A9NA 4A9KA 5FH7A 4IR5A 4QSWA 5F1LA 5G4RA 5IBNA 3U5OA 3JVLA 5II2A 5A5PA 5I1QA 3Q2EA 5I29A 5E74A 4UIYA 4IR6A 3O36A 3RCWA 4HBYA 2DVVA 4LZRA 2R10A 4QNSA 4ALGA 5FE1A 1JSPB 4C67A 4LR6A 4ZW1A 3LQHA 5CQ6A 4Q0NA 5CQTA 4YC9A 5CQ7A 4J0SA 4MR6A 4UYDA 5CUEA 5EVAA 5L99A 5DYAA 4KCXA 1E6IA 5ENEA 4PY6A 4QSTA 4TT6A 5E73A 5HCLA 4O71A 5E0RA 5I88A 5D3HA 2L85A 3P1FA 5A7CA 3O37A 5E9IA 5JI8A 5CPEA 4BW4A 4J1PA 5C85A 5ENBA 3UVWA 4CUUA 3P1CA 4ALHA 4CURA 5HRXA 5LVRA 5CFWA 3O33A 4HXLA 4NYWA 5DW2A 4YAXA 4KV1A 4HXMA 4UIWA 5FB0A 5EU1A 4QUUA 4NQNA 3K2JA 3LXJA 4CFKA 2DKWA 5CZGA 4Z93A 5EQ1A 3LQIA 5EA1A 3DAIA 4LZSA 5DFBA 5EISA 4ZQLA 5KO4A 2RI7A 3HMHA 4DONA 4LYSA 4HXNA 4YK0A 4UYEA 4YBMA 2RO1A 4QBMA 4J0RA 4YH3A 4O76A 5C89A 2DVRA 4NRAA 5E9VA 4XUAA 4OGIA 4TS8A 5D25A 2RNXA 4PTBA 5EPBA 2YQDA 5HENA 5ETBA 3U5NA 5F25A 4N4FA 5F3AA 1EQFA 2I8NA 4QEWA 3MXFA 5ENJA 5FDZA 5LUUA 5HEMA 2OSSA 5F62A 2MJVB 4N4GA 5CUCA 5EWHA 4QSQA 4A9JA 2R0VA 2YYNA 3UVXA 4CUQA 4OUFA 5EWDA 5KU3A 5CU8A 4MEPA 3Q2FA 5IGMA 4NUEA 2I7KA 2H60A 5D26A 3HMFA 3SVHA 4N4IA 5D3PA 5EWVA 4LDFA 2OO1A 5EK9A 5CS8A 5H85A 5II1A 5CY9A 3U5MA 4A9OA 5EV9A 1WUGA 5CUAA 5FFYA 5FE7A 5FH8A 4MEQA 3JVJA 5CTLA 5EWWA 4NYXA 4YH4A 4CL9A 5K29A 4O70A 4NQMA 5HRWA 3UV5A 4YY4A 4Z1SA 4UYGA 4YADA 3LQJA 2KTBB 4YYKA 5FG5A 2DWWA 3SVGA 4KV4A 5EGUA 4QSVA 4TZ8A 5KHMA 2G4AA 5CQ3A 4QSUA 5I89A 5FE8A 5CQ5A 5FFWA 4NR9A 5FG4A 2R0SA 2L84A 3NXBA 1X0JA 3D7CA 5HQ7A 4UYFA 2WP2A 4QZSA 5I7YA 5CRMA 4PKLA 1ZS5A 5E3DA 4ZC9A 4PCEA 5ENHA 5E7DA 2DATA 5COIA 5EPRA 2E7OA 4HBVA 4YYNA 4O74A 2YDWA 4QB3A 4QYDA 2YW5A 4YYIA 5HELA 4HXRA 4LRGA 5A5SA 5I40A 4QEVA 4O77A 2WP1A 4Q0OA 5AMEA 5FE0A 5IGKA 5ENCA 2FSAA 4F3IA 5A5RA 4YATA 2L5EA 5A85A 5E9MA 4Z6HA 5JWMA 2E7NA 5C87A 4C66A 4XY9A 5IIDA 3G0JA 4AKNA 4NUDA 5IGNA 5BT4A 3U5JA 4A9IA 4X2IA 5AD2A 3GG3A 1F68A 4LYWA 4MENA 4NS5A 4UITA 5FB1A 3QZTA 5ENFA 5FE6A 5L97A 5AMFA 5HM0A 4RVRA 2OUOA 4TYLA 4HXOA 4CUPA 4NRBA 5FE9A 5HQ6A 4A9LA 5KTXA 4O78A 2D82A 4PS5A 3UVDA 5I83A 4OGJA 1WUMA 3ONIA 4QUTA 4N4HA 4NR5A 5F36A 2DVQA 3P1DA 4CFLA 5H1UA 4WHUA 4NXJA 4O75A 4YBSA 4A9EA 4HXSA 5FG6A 4TU6A 5IGLA 4MR4A 5E9KA 2DVSA 4LZ2A 5LVQA 5CP5A 5HJCA 3MQMA 3MB4A 3QZSA 5C8GA 3U5KA 5EP7A 2RNWA 4CUSA 4IR4A 5CQ4A 5KTWA 5D7XA 2F6JA 4Z1QA 5TB6A 5F2PA 5DFDA 4NR4A 3UV2A 4CUTA 5HLSA 3P1EA 4UYFB 5AD3A 4A9FA 4TZ2A 4BW2A 2RS9B 4BW3A 4QC3A 4UIXA 5FFVA 4YBTA 3LJWA 5FE4A 3IU5A 3O35A 5CQAA 5I7XA 5HQ5A 4A9HA 4IORA 5DLXA 3O34A 2E3KA 5F5ZA 5LJ0A 3G0LA 4WIVA 4HBXA 5ETDA 4XUBA 3JVMA 4NYVA 4YYHA 4YYDA 3P5OA 4TQNA 4UIVA 5DKHA 5J0DA 3TLPA 3ZYUA 4NRCA 5DYCA 5EWCA 1N72A 5CQ8A 3AADA 2NXBA 4O7FA 4UIZA 4QR3A 4WHWA 4MR3A 4TT2A 5I86A 2YEMA 3FKMX 4QEUA 5ACYA 4IOQA 4HXKA 4TTEA 5A5NA 5CUBA 3UW9A 4YABA 5D0CA 5LKZA 4TU4A 5D3SA 5DY7A 5DYXA 4QY4A 4GPJA 5D3NA 4IR3A 5D24A 4O7CA 2LSPB 5FBXA 5BT3A 2D9EA 4YYJA 3MB3A 5CRZA 4NR8A 5F61A 5ENIA 5DKCA 5CGPA 5FE5A
chains in the Genus database with same CATH superfamily
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chains in the Genus database with same CATH topology
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