4O71A

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with flavopiridol
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Acetyl-lysine Binding Site of Bromodomain-Containing Protein 4 (BRD4) Interacts with Diverse Kinase Inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
molecule tags Transcription/inhibitor
total genus 40
structure length 127
sequence length 127
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-12-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4o71A01
4HXKA 3O35A 5LVQA 4CUUA 5EQ1A 5L98A 4IR3A 5EPSA 4O7CA 5EK9A 4QY4A 4TT2A 3HMEA 4MEOA 5C87A 4A9EA 5ENJA 4CUQA 5DFDA 4WHUA 4HBXA 4NR6A 4QUUA 5FB0A 5A5QA 5EVAA 4HXRA 4A9IA 4Z93A 5I7YA 5TB6A 5LJ1A 4NS5A 4QEWA 4CUSA 4NUDA 4C66A 5IIDA 4NYWA 4YYJA 4MR3A 3DWYA 4UIYA 4PCIA 3P1EA 4YC9A 5E7DA 5EGUA 4KV1A 4KCXA 5F1HA 3P1FA 3P1CA 5AD3A 4MR5A 2E3KA 4NUEA 5I86A 5EU1A 3U5JA 5CS8A 2WP1A 3JVKA 4ZQLA 4HXPA 5CFWA 5I1QA 5IGLA 4UYGA 5CP5A 2YELA 5F62A 4UYEA 4QR5A 5FH8A 4IR5A 5ENGA 3AADA 4HBYA 4LC2A 5CZGA 2YEMA 5TCMA 4XY8A 4UITA 2NXBA 4N3WA 5D0CA 5L96A 4UIXA 2YYNA 3IU5A 5IGNA 4MEQA 5I83A 4CUPA 5HRWA 2F6JA 5L8UA 5E3DA 5DYCA 2OSSA 4NR9A 4QB3A 4QYLA 4O77A 5LKZA 4PS5A 4TT6A 4Q0NA 4O72A 4QC1A 4NYVA 5CQ4A 5AMEA 4LDFA 5FE3A 5AMFA 3RCWA 4IOQA 3LQIA 4HXNA 4NRBA 4CURA 4BW1A 3SVHA 5LJ0A 4A9FA 4J3IA 3AQAA 4J0SA 4TU4A 4YBSA 4NR7A 3HMHA 2DVSA 1N72A 3QZTA 4YYNA 5HM0A 5A5RA 5G4RA 5D3LA 4A9LA 5EWWA 4Z6HA 3P1DA 4O7AA 2D9EA 2MJVB 4QEVA 4NR5A 4PY6A 3MQMA 5ENBA 3JVJA 2E7NA 4NYXA 4A9HA 5D3SA 2I8NA 5D25A 5F25A 4A9OA 3UW9A 5EISA 5EPBA 4YY6A 4O71A 3TLPA 3UVXA 5FFVA 3U5PA 4CLBA 4IR6A 3UV4A 4QBMA 4XUAA 4YYHA 4Z1SA 4HXMA 4WIVA 3ZYUA 1WUMA 5CY9A 5I89A 5LKTA 5HJCA 4N4IA 4YAXA 2R0VA 4N4FA 5LKXA 5H1VA 5KTWA 4A9NA 3U5MA 5EPRA 4QSTA 5LKUA 3Q2FA 5CQAA 4ALGA 4YYDA 3LJWA 5E9YA 3U5KA 5FE2A 4QYDA 4CUTA 5DLZA 5J0DA 5BT4A 5A7CA 1WUGA 5CUDA 4N4HA 5CUBA 3D7CA 5H1TA 4LZSA 1E6IA 3UV2A 4NR8A 5FE8A 4TT4A 5H1UA 3FKMX 4YH4A 5HQ5A 5D3JA 5ENHA 4O7EA 3O34A 5DKCA 2L5EA 5DKDA 5ENEA 5CUGA 5EM3A 3UVYA 5E9KA 2D82A 4QSVA 4PCEA 4YADA 3ONIA 5DLXA 5E73A 3I3JA 4O74A 5D7XA 4QSWA 5E9IA 5DYUA 5HENA 5EWCA 5FG4A 5FE0A 4QNSA 5ACYA 3LQJA 2RNYA 4YYIA 5FH7A 3UVDA 5A85A 5FH6A 5D3HA 4QR4A 3U5NA 5C85A 5F1LA 2E7OA 4YYKA 4A9MA 4Z1QA 3MULA 4QEUA 4XY9A 5E9MA 3GG3A 2F6NA 5II1A 5COIA 5HLSA 5CQ7A 5EP7A 4NRCA 5FE1A 2DKWA 3G0LA 4CFLA 5CQ5A 5ETDA 5HQ6A 4YATA 4XYAA 5E9LA 3O36A 5CUCA 4FLPA 4YYMA 3O37A 5BT5A 5A82A 2L85A 1X0JA 5D3NA 4TYLA 5FFWA 2OO1A 4TZ8A 3K2JA 4QUTA 5CPEA 5CQTA 2R0YA 4CL9A 4XUBA 4UYFA 4BW2A 5CQ8A 2LSPB 5E9VA 5ENCA 4N4GA 5D3RA 5EV9A 3UV5A 2L84A 4YBTA 4YBMA 3UVWA 4X2IA 5LUUA 3IU6A 3MUKA 4HBVA 5IGKA 2DWWA 5A5SA 4HXLA 5KU3A 5CU8A 5HEMA 5HFRA 2RI7A 2WP2A 4J1PA 4LRGA 5A5NA 5BT3A 5JI8A 5E74A 1JSPB 4KV4A 5EWDA 5I29A 5IGMA 5F61A 5A5PA 3MB3A 4NRAA 3HMFA 4O78A 4UIZA 5FBXA 4ZW1A 4BJXA 4BW3A 4UIVA 3JVMA 5DFBA 2R0SA 5L97A 5FE4A 5CRZA 5FFYA 4QR3A 4Q0OA 5K29A 4F3IA 4TZ2A 3JVLA 5KHMA 5HCLA 5FDZA 5DFCA 5F63A 4PKLA 4QSSA 5DBMA 5F5ZA 4MEPA 2RFJA 3G0JA 4CFKA 5C7NA 1ZS5A 5CQ6A 5ENIA 4TS8A 4RVRA 4HXOA 5CRMA 5G4SA 4YH3A 5FG6A 4C67A 2DATA 5F3AA 4O7FA 5FB1A 3U5OA 4A9KA 5IBNA 4NR4A 4UYFB 4UIUA 4E96A 2DVVA 5CTLA 2N9GA 5DX4A 4LYIA 4LR6A 2GRCA 1F68A 5DYXA 4NQNA 4NUCA 4AKNA 4YK0A 4YABA 3P5OA 5I7XA 4TTEA 5D26A 5CUEA 5C8GA 5II2A 5CGPA 5E3GA 4BHWA 4OGJA 4IOOA 4HBWA 4Y03A 4LZRA 4NQMA 4IR4A 5C89A 5A5OA 5EICA 4UIWA 4ALHA 1EQFA 2RO1A 4GPJA 4Z6IA 5FE9A 5A81A 3SVGA 5EA1A 5EWVA 5F60A 4QSRA 3U5LA 3MXFA 5E0RA 2I7KA 3LXJA 4ZC9A 2H60A 4YY4A 2YW5A 5FE5A 2RNXA 4O70A 5LVRA 5KTUA 4MR4A 4IORA 4LYWA 4HXSA 5L8TA 4LZ2A 5FE6A 3NXBA 5HFQA 3S92A 2FSAA 3O33A 5ETBA 4NXJA 4QSPA 5L99A 4QC3A 3LQHA 5EI4A 5IG6A 2RS9B 5I80A 5C4QA 5JWMA 5FG5A 4DONA 4O76A 5DW1A 4LYSA 4O75A 5DY7A 4QSXA 4O7BA 2G4AA 5HELA 2OUOA 5DYAA 3MB4A 4PTBA 4TU6A 5KTXA 5A83A 5EWHA 2YQDA 5H85A 4MR6A 4J0RA 4MENA 5HQ7A 5D3TA 3QZSA 5HRXA 4TQNA 4UYDA 4WHWA 5CQ3A 5AD2A 5DW2A 4BW4A 4QSQA 5DKHA 5F36A 5D24A 4QSUA 5KO4A 4OGIA 4UYHA 2R10A 2KTBB 4A9JA 2RNWA 5F2PA 3DAIA 5HRVA 5ENFA 4OUFA 5I40A 3S91A 4QZSA 5LJ2A 5CUAA 4YYGA 2YDWA 2DVRA 3SVFA 2DVQA 3Q2EA 5I88A 2YEKA 3QZVA 5FE7A 5D3PA 1JM4B
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4HXKA 3O35A 5LVQA 4CUUA 5EQ1A 5L98A 4IR3A 5EPSA 4O7CA 5EK9A 4QY4A 4TT2A 3HMEA 4MEOA 5C87A 4A9EA 5ENJA 4CUQA 5DFDA 4WHUA 4HBXA 4NR6A 4QUUA 5FB0A 5A5QA 5EVAA 4HXRA 4A9IA 4Z93A 5I7YA 5TB6A 5LJ1A 4NS5A 4QEWA 4CUSA 4NUDA 4C66A 5IIDA 4NYWA 4YYJA 4MR3A 3DWYA 4UIYA 4PCIA 3P1EA 4YC9A 5E7DA 5EGUA 4KV1A 4KCXA 5F1HA 3P1FA 3P1CA 5AD3A 4MR5A 3VKGA 2E3KA 4NUEA 5I86A 5EU1A 3U5JA 5CS8A 2WP1A 3JVKA 4ZQLA 4HXPA 5CFWA 5I1QA 5IGLA 1PUOA 4UYGA 5CP5A 2YELA 5F62A 1ZKRA 4UYEA 4QR5A 5FH8A 4IR5A 5ENGA 3AADA 4HBYA 4LC2A 5CZGA 2YEMA 5TCMA 4XY8A 4UITA 2NXBA 4N3WA 5D0CA 5L96A 4UIXA 2YYNA 3IU5A 5IGNA 4MEQA 5I83A 4CUPA 5HRWA 2F6JA 5L8UA 5E3DA 5DYCA 2OSSA 4NR9A 4QB3A 4QYLA 4O77A 5LKZA 4PS5A 4TT6A 4Q0NA 4O72A 4QC1A 4NYVA 5CQ4A 5AMEA 4LDFA 5FE3A 5AMFA 3RCWA 4IOQA 3LQIA 4HXNA 4NRBA 4CURA 4BW1A 3SVHA 5LJ0A 4A9FA 4J3IA 3AQAA 4J0SA 4TU4A 4YBSA 4NR7A 3HMHA 2DVSA 1N72A 3QZTA 4YYNA 5HM0A 5A5RA 5G4RA 5D3LA 4A9LA 5EWWA 4Z6HA 3P1DA 4O7AA 2D9EA 2MJVB 4QEVA 4NR5A 4PY6A 3MQMA 5ENBA 3JVJA 2E7NA 4NYXA 4A9HA 5D3SA 2I8NA 5D25A 5F25A 4A9OA 3UW9A 5EISA 5EPBA 4YY6A 4O71A 3TLPA 3UVXA 5FFVA 3U5PA 4CLBA 4IR6A 3UV4A 4QBMA 4XUAA 4YYHA 4Z1SA 4HXMA 4WIVA 3ZYUA 1WUMA 5CY9A 5I89A 5LKTA 5HJCA 4N4IA 4YAXA 2R0VA 4N4FA 5LKXA 5H1VA 5KTWA 4A9NA 3U5MA 5EPRA 4QSTA 5LKUA 3Q2FA 5CQAA 4ALGA 4YYDA 3LJWA 5E9YA 3U5KA 5FE2A 4QYDA 4CUTA 5DLZA 5J0DA 5BT4A 5A7CA 1WUGA 5CUDA 4N4HA 5CUBA 3D7CA 5H1TA 4AI6A 4LZSA 1E6IA 3UV2A 3D1BA 4NR8A 4TT4A 5FE8A 5H1UA 3FKMX 4YH4A 3ERRA 5HQ5A 5D3JA 5ENHA 4O7EA 3O34A 5DKCA 2L5EA 5DKDA 5ENEA 5CUGA 5EM3A 3UVYA 5E9KA 2D82A 4QSVA 4PCEA 4YADA 3ONIA 5DLXA 5E73A 3I3JA 4O74A 5D7XA 4QSWA 5E9IA 5DYUA 5HENA 5EWCA 5FG4A 5FE0A 4QNSA 5ACYA 3LQJA 2RNYA 4YYIA 5FH7A 3UVDA 5A85A 5FH6A 5D3HA 4AKHA 4QR4A 3U5NA 5C85A 5F1LA 2E7OA 4YYKA 4A9MA 4Z1QA 3MULA 4QEUA 4XY9A 4AKGA 5E9MA 3GG3A 2F6NA 5II1A 5COIA 5HLSA 5CQ7A 5EP7A 4NRCA 5FE1A 2DKWA 3G0LA 4CFLA 5CQ5A 5ETDA 5HQ6A 4YATA 4XYAA 5E9LA 3O36A 5CUCA 4FLPA 4YYMA 3O37A 5BT5A 5A82A 2L85A 1X0JA 5D3NA 4TYLA 5FFWA 2OO1A 4TZ8A 3K2JA 4QUTA 5CPEA 5CQTA 2R0YA 4CL9A 4XUBA 4UYFA 4BW2A 5CQ8A 2LSPB 5E9VA 5ENCA 4N4GA 5D3RA 5EV9A 3UV5A 2L84A 4YBTA 4YBMA 3UVWA 4X2IA 5LUUA 4AKIA 3IU6A 3MUKA 4HBVA 5IGKA 2DWWA 5A5SA 4HXLA 5KU3A 5CU8A 5HEMA 5HFRA 2RI7A 2WP2A 4J1PA 4LRGA 5A5NA 5BT3A 5JI8A 5E74A 1JSPB 4KV4A 5EWDA 5I29A 5IGMA 5F61A 5A5PA 3MB3A 4NRAA 3HMFA 4O78A 4UIZA 5FBXA 4ZW1A 4BJXA 4BW3A 4UIVA 3JVMA 5DFBA 2R0SA 5L97A 5FE4A 5CRZA 5FFYA 4QR3A 4Q0OA 5K29A 4F3IA 4TZ2A 3JVLA 5KHMA 5HCLA 5FDZA 5DFCA 5F63A 3D1DA 4PKLA 4QSSA 5DBMA 5F5ZA 4MEPA 2RFJA 3G0JA 4CFKA 5C7NA 1ZS5A 5CQ6A 5ENIA 4TS8A 4RVRA 4HXOA 5CRMA 5G4SA 4YH3A 5FG6A 4C67A 2DATA 5F3AA 4O7FA 5FB1A 3U5OA 4A9KA 5IBNA 4NR4A 4UYFB 4UIUA 4E96A 2DVVA 5CTLA 2N9GA 5DX4A 4LYIA 4LR6A 2GRCA 1F68A 5DYXA 4NQNA 4NUCA 4AKNA 4YK0A 4YABA 3P5OA 5I7XA 4TTEA 3VKHA 5D26A 5CUEA 5C8GA 5II2A 5CGPA 5E3GA 4BHWA 4OGJA 4IOOA 4HBWA 4Y03A 4LZRA 4NQMA 4IR4A 5C89A 5A5OA 5EICA 4UIWA 4ALHA 1EQFA 2RO1A 4GPJA 4Z6IA 5FE9A 5A81A 3SVGA 5EA1A 5EWVA 5F60A 4QSRA 3U5LA 3MXFA 5E0RA 2I7KA 3LXJA 4ZC9A 2H60A 4YY4A 2YW5A 5FE5A 2RNXA 4O70A 5LVRA 5KTUA 4MR4A 4IORA 4LYWA 4HXSA 5L8TA 4LZ2A 5FE6A 3NXBA 5HFQA 3S92A 2FSAA 3O33A 5ETBA 4NXJA 4QSPA 5L99A 4QC3A 3LQHA 5EI4A 5IG6A 2RS9B 5I80A 5C4QA 5JWMA 5FG5A 4DONA 4O76A 5DW1A 4LYSA 4O75A 5DY7A 4QSXA 4O7BA 2G4AA 5HELA 2OUOA 5DYAA 3MB4A 4PTBA 4TU6A 5KTXA 5A83A 5EWHA 2YQDA 5H85A 4MR6A 4J0RA 4MENA 5HQ7A 5D3TA 3QZSA 5HRXA 4TQNA 4UYDA 4WHWA 5CQ3A 5AD2A 5DW2A 2EJNA 4BW4A 4QSQA 5DKHA 5F36A 5D24A 4QSUA 5KO4A 4OGIA 4UYHA 2R10A 2KTBB 4A9JA 2RNWA 5F2PA 3DAIA 5HRVA 5ENFA 4OUFA 5I40A 3S91A 4QZSA 5LJ2A 5CUAA 4YYGA 2YDWA 2DVRA 3SVFA 2DVQA 3Q2EA 5I88A 2YEKA 3QZVA 5FE7A 5D3PA 1JM4B
chains in the Genus database with same CATH topology
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 4HXK A;  3O35 A;  5LVQ A;  4CUU A;  5EQ1 A;  5L98 A;  4IR3 A;  5EPS A;  4O7C A;  5EK9 A;  4QY4 A;  4TT2 A;  3HME A;  4MEO A;  5C87 A;  4A9E A;  5ENJ A;  4CUQ A;  5DFD A;  4WHU A;  4HBX A;  4NR6 A;  4QUU A;  5FB0 A;  5A5Q A;  5EVA A;  4HXR A;  4A9I A;  4Z93 A;  5I7Y A;  5TB6 A;  5LJ1 A;  4NS5 A;  4QEW A;  4CUS A;  4NUD A;  4C66 A;  5IID A;  4NYW A;  4YYJ A;  4MR3 A;  3DWY A;  4UIY A;  4PCI A;  3P1E A;  4YC9 A;  5E7D A;  5EGU A;  4KV1 A;  4KCX A;  5F1H A;  3P1F A;  3P1C A;  5AD3 A;  4MR5 A;  2E3K A;  4NUE A;  5I86 A;  5EU1 A;  3U5J A;  5CS8 A;  2WP1 A;  3JVK A;  4ZQL A;  4HXP A;  5CFW A;  5I1Q A;  5IGL A;  4UYG A;  5CP5 A;  2YEL A;  5F62 A;  4UYE A;  4QR5 A;  5FH8 A;  4IR5 A;  5ENG A;  3AAD A;  4HBY A;  4LC2 A;  5CZG A;  2YEM A;  5TCM A;  4XY8 A;  4UIT A;  2NXB A;  4N3W A;  5D0C A;  5L96 A;  4UIX A;  2YYN A;  3IU5 A;  5IGN A;  4MEQ A;  5I83 A;  4CUP A;  5HRW A;  2F6J A;  5L8U A;  5E3D A;  5DYC A;  2OSS A;  4NR9 A;  4QB3 A;  4QYL A;  4O77 A;  5LKZ A;  4PS5 A;  4TT6 A;  4Q0N A;  4O72 A;  4QC1 A; 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