5A85A

N-terminal bromodomain of human brd4 with 8-(3r,4r)-3-(cyclohexylmethoxy)piperidin-4-ylamino-3-methyl-1,2-dihydro-1,7- naphthyridin-2-one
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
126
structure length
126
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords BROMODOMAIN-CONTAINING PROTEIN 4
publication title Structure-Based Optimization of Naphthyridones Into Potent Atad2 Bromodomain Inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 45
structure length 126
sequence length 126
ec nomenclature
pdb deposition date 2015-07-11

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 5a85A01
2YEMA 5D25A 4MEPA 4O7BA 4Z1QA 4NR7A 1JSPB 3LQHA 5HRWA 5D3LA 4YABA 5FE0A 4A9MA 4CLBA 5HM0A 5CQ4A 5ETBA 5L98A 5C7NA 4YH3A 4HBVA 4YBTA 3Q2FA 2H60A 2YELA 4XUBA 5FFVA 5EP7A 4NUCA 5EWCA 3UVXA 5D3HA 4YBMA 5A7CA 4YY4A 5ENBA 4A9EA 2R0VA 2D82A 4QR3A 4UIXA 5IGLA 3O35A 4UIYA 2F6JA 5CRZA 5A83A 3SVHA 1E6IA 5DYUA 2NXBA 4IR3A 4MEQA 4HXLA 2N9GA 3MQMA 3GG3A 2OSSA 2DVQA 4XY8A 4O78A 2E7NA 5KO4A 5CPEA 5DW1A 4UIUA 5E9YA 4Q0OA 3DAIA 5FE1A 5E3DA 5DFBA 2OUOA 1X0JA 4NYXA 5EISA 5A5QA 4C67A 5FBXA 5F1HA 3UV2A 4F3IA 2E7OA 5EA1A 2FSAA 5AD3A 5HENA 5EWHA 5G4SA 4HXMA 3IU6A 4LZ2A 4KV4A 5CUDA 3U5LA 4N4IA 5H85A 4NXJA 5I89A 5E3GA 5CUBA 3JVMA 5CQAA 4X2IA 5IGNA 4LYIA 5A81A 4NR5A 2DATA 5LKTA 5A5RA 5A5SA 4NQNA 4OGIA 3SVFA 5HFQA 3TLPA 4Z6IA 4YYKA 5AMEA 3Q2EA 2YW5A 5L8TA 1JM4B 5BT3A 5LKUA 5E9KA 4HXOA 4QYLA 4MR3A 3SVGA 3U5PA 4J3IA 4O7AA 4E96A 2DVSA 5HQ5A 4OUFA 3JVJA 4PY6A 5EV9A 3ZYUA 1F68A 4J1PA 5FE7A 4NS5A 4YYDA 4QSPA 4BJXA 2RNWA 4QSRA 5F62A 5DFDA 4O7EA 4QSTA 5F63A 1WUGA 5EU1A 4NQMA 5LJ1A 5D0CA 3I3JA 5I40A 4QSWA 4UIZA 5DBMA 5C4QA 5G4RA 4XUAA 4N4FA 3JVLA 4QEUA 4BW2A 4UYEA 5D3PA 4J0RA 2G4AA 4IR4A 5HELA 5I7YA 5D3NA 2DWWA 5FB0A 5I7XA 5E7DA 4QZSA 5IIDA 4NR9A 2DVVA 5ENGA 3JVKA 5COIA 5FE3A 4PTBA 5EI4A 5D3RA 5II1A 4MR5A 4QSSA 4HXKA 5A5NA 4A9LA 4NR8A 4MR6A 5E73A 5FE8A 3HMFA 4UYFB 5CP5A 5CQ5A 4TS8A 2GRCA 2OO1A 4CUUA 4ZW1A 5LVRA 5F1LA 4QNSA 4YC9A 5FE5A 4FLPA 5DKDA 4UIWA 4YYGA 4MR4A 5DLXA 5EWDA 3P5OA 5D3TA 4O72A 5DYAA 3P1FA 5ENIA 4J0SA 5EPRA 4O77A 4TQNA 4BHWA 5F36A 5I88A 3LQJA 5CQ3A 2KTBB 4O75A 5A85A 3LQIA 3FKMX 4QUUA 5FG4A 4O7CA 3MB3A 2RS9B 5IGKA 4CL9A 5D7XA 4HXSA 5CUAA 5F3AA 4Z6HA 4NUEA 4O71A 5C8GA 4LZRA 5CZGA 3HMEA 5CUEA 5DLZA 5C87A 4CUQA 4HXPA 5DYCA 4QB3A 5E9IA 4QC3A 5A5OA 3AQAA 5F5ZA 3U5JA 2WP2A 4O74A 3P1EA 5KTXA 4UYGA 2DVRA 4MENA 4A9FA 4LYWA 3UVDA 5LKXA 5DW2A 5A5PA 2YQDA 5CU8A 4QC1A 2RNYA 5IG6A 4OGJA 4IOOA 4TT4A 3S92A 3UV4A 4QSQA 3D7CA 4TZ8A 4YYIA 4BW1A 4YK0A 5E74A 2I8NA 5L97A 5CFWA 4KCXA 2RFJA 5LUUA 3U5MA 5DKCA 5E9VA 3MULA 4RVRA 5EK9A 4PCIA 4YAXA 5CQ8A 5EWWA 3AADA 4A9HA 5KU3A 3G0JA 4A9NA 4HXNA 5C85A 5K29A 3O37A 3LXJA 5EGUA 3P1CA 5FE6A 5JWMA 5HCLA 3G0LA 3UVWA 4YATA 5ENJA 4LRGA 5ENCA 4NYVA 5F60A 4PS5A 5KTWA 5DX4A 5FH6A 5ACYA 5FDZA 4CFKA 4O70A 4QEWA 3U5OA 4QR5A 5I1QA 5BT5A 4MEOA 2MJVB 4NR4A 5H1UA 2F6NA 4XY9A 5HRXA 5CQ7A 5ENEA 5EPBA 4CURA 4AKNA 3UVYA 4CFLA 5IBNA 4NUDA 3UW9A 3RCWA 5I29A 4NR6A 4CUTA 5AMFA 4QSXA 4HXRA 5IGMA 5HJCA 4WHWA 2DKWA 4QUTA 5DY7A 4IR5A 5HRVA 4Z93A 4TTEA 4TZ2A 1EQFA 3U5NA 4UYDA 2YDWA 5L99A 4UYFA 4TT6A 3U5KA 5I80A 4IOQA 4Q0NA 4YYNA 5LJ0A 2R10A 5DKHA 3IU5A 5E9LA 2I7KA 5L96A 1ZS5A 4WHUA 3K2JA 4TU6A 4LDFA 4NRCA 4N4HA 4ALGA 5CS8A 5AD2A 5H1VA 2L5EA 5D3SA 5CTLA 5I86A 5LVQA 4YYMA 3O33A 3HMHA 4YYJA 3MUKA 4CUSA 4DONA 4IORA 3ONIA 4HBWA 4QSUA 5HFRA 1WUMA 5EM3A 5FG6A 5FH7A 5L8UA 3UV5A 2LSPB 4XYAA 5BT4A 3QZSA 5ETDA 4ALHA 5F61A 5CUGA 5HQ6A 5FE4A 5F25A 1N72A 5FE9A 5FB1A 5DFCA 2L85A 3O34A 2R0SA 5II2A 4YH4A 3QZTA 5H1TA 4TT2A 4N4GA 3QZVA 5FG5A 5TB6A 5C89A 5LKZA 2RNXA 4QBMA 4BW4A 4QEVA 4QY4A 4C66A 4QR4A 4YYHA 4O76A 4ZQLA 5LJ2A 5KTUA 3DWYA 5A82A 3P1DA 5E9MA 5I83A 5F2PA 4GPJA 5FFYA 3NXBA 4HBXA 5FE2A 5E0RA 5EVAA 3MB4A 2E3KA 2YEKA 5CGPA 4PKLA 5ENFA 3O36A 4TU4A 4LR6A 4Y03A 5CRMA 5EICA 4Z1SA 5DYXA 4QSVA 4A9IA 4TYLA 5D3JA 4BW3A 4NRAA 2WP1A 5EPSA 5CQ6A 2RI7A 5D24A 4QYDA 5EQ1A 2D9EA 4WIVA 3LJWA 5HQ7A 5J0DA 4IR6A 5HLSA 4YY6A 4PCEA 5KHMA 4ZC9A 2L84A 4NRBA 4UYHA 4N3WA 4A9KA 2RO1A 2YYNA 4A9OA 5D26A 5CUCA 4A9JA 3MXFA 4NYWA 5FH8A 5JI8A 3S91A 4LZSA 5CY9A 5TCMA 5CQTA 4UIVA 4YADA 4KV1A 4O7FA 4LYSA 5FFWA 5EWVA 4LC2A 5ENHA 4HBYA 5HEMA 4CUPA 4UITA 4YBSA 2R0YA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
2YEMA 5D25A 4MEPA 4O7BA 2EJNA 4NR7A 4Z1QA 1JSPB 3LQHA 5HRWA 5D3LA 4YABA 5FE0A 4A9MA 4CLBA 5HM0A 5CQ4A 5ETBA 5L98A 5C7NA 4YH3A 4HBVA 4YBTA 3Q2FA 2H60A 2YELA 4XUBA 5FFVA 5EP7A 4NUCA 5EWCA 3UVXA 5D3HA 4YBMA 5A7CA 4YY4A 5ENBA 4A9EA 2R0VA 2D82A 4QR3A 4UIXA 5IGLA 3O35A 4UIYA 2F6JA 5CRZA 5A83A 3SVHA 1E6IA 5DYUA 2NXBA 4IR3A 4MEQA 4HXLA 2N9GA 3MQMA 3GG3A 2OSSA 2DVQA 4XY8A 4O78A 2E7NA 5KO4A 5CPEA 5DW1A 4UIUA 5E9YA 4Q0OA 3DAIA 5FE1A 5E3DA 5DFBA 2OUOA 1X0JA 4NYXA 5EISA 3D1DA 5A5QA 4C67A 5FBXA 5F1HA 3UV2A 4F3IA 2E7OA 5EA1A 2FSAA 5AD3A 5HENA 5EWHA 5G4SA 4HXMA 3IU6A 4LZ2A 4KV4A 5CUDA 3U5LA 4N4IA 5H85A 4NXJA 5I89A 5E3GA 5CUBA 3JVMA 5CQAA 4X2IA 5IGNA 4LYIA 5A81A 4NR5A 2DATA 5LKTA 5A5RA 5A5SA 4NQNA 4OGIA 3SVFA 5HFQA 3TLPA 4Z6IA 4YYKA 5AMEA 3Q2EA 2YW5A 5L8TA 1JM4B 5BT3A 5LKUA 5E9KA 4HXOA 4AKHA 4QYLA 4MR3A 3SVGA 3U5PA 4J3IA 4O7AA 4E96A 2DVSA 4AKGA 5HQ5A 4OUFA 3JVJA 4PY6A 5EV9A 3ZYUA 1F68A 4J1PA 5FE7A 4NS5A 4YYDA 4QSPA 4BJXA 2RNWA 4QSRA 5F62A 5DFDA 4O7EA 4QSTA 5F63A 1WUGA 5EU1A 4NQMA 5LJ1A 5D0CA 3I3JA 5I40A 4QSWA 4UIZA 5DBMA 5C4QA 5G4RA 4XUAA 4N4FA 3JVLA 4QEUA 4BW2A 4UYEA 5D3PA 4J0RA 2G4AA 4IR4A 5HELA 5I7YA 5D3NA 2DWWA 5FB0A 5I7XA 5E7DA 4QZSA 5IIDA 4NR9A 2DVVA 5ENGA 3JVKA 5COIA 5FE3A 4PTBA 5EI4A 5D3RA 5II1A 4MR5A 4QSSA 4HXKA 5A5NA 4A9LA 4NR8A 4MR6A 5E73A 5FE8A 3HMFA 4UYFB 5CP5A 5CQ5A 4TS8A 2GRCA 2OO1A 4CUUA 4ZW1A 5LVRA 5F1LA 4QNSA 4YC9A 5FE5A 4FLPA 5DKDA 4UIWA 4YYGA 4MR4A 5DLXA 5EWDA 3P5OA 5D3TA 4O72A 5DYAA 3P1FA 5ENIA 4J0SA 5EPRA 4O77A 4TQNA 4BHWA 5F36A 5I88A 3LQJA 5CQ3A 2KTBB 4O75A 5A85A 3LQIA 3FKMX 4QUUA 5FG4A 4O7CA 3MB3A 2RS9B 5IGKA 4CL9A 5D7XA 4HXSA 5CUAA 5F3AA 4Z6HA 4NUEA 4O71A 5C8GA 4LZRA 5CZGA 3HMEA 5CUEA 5DLZA 5C87A 4CUQA 4HXPA 5DYCA 4QB3A 5E9IA 4QC3A 5A5OA 3AQAA 5F5ZA 3U5JA 2WP2A 4O74A 3P1EA 5KTXA 4UYGA 2DVRA 4MENA 4A9FA 4LYWA 3UVDA 5LKXA 5DW2A 5A5PA 2YQDA 5CU8A 3D1BA 4QC1A 2RNYA 5IG6A 4OGJA 4IOOA 4TT4A 3S92A 3UV4A 4QSQA 3D7CA 4TZ8A 4YYIA 4BW1A 4YK0A 5E74A 2I8NA 5L97A 5CFWA 4KCXA 2RFJA 5LUUA 3U5MA 5DKCA 5E9VA 3MULA 4RVRA 5EK9A 4PCIA 4YAXA 5CQ8A 5EWWA 3AADA 4A9HA 5KU3A 3G0JA 4A9NA 4HXNA 5C85A 5K29A 3O37A 3LXJA 5EGUA 3P1CA 5FE6A 5JWMA 5HCLA 3G0LA 3UVWA 4YATA 5ENJA 4LRGA 5ENCA 4AKIA 4NYVA 5F60A 4PS5A 5KTWA 5DX4A 5FH6A 5ACYA 5FDZA 4CFKA 4O70A 4QEWA 3U5OA 4QR5A 5I1QA 5BT5A 4MEOA 2MJVB 4NR4A 5H1UA 2F6NA 4XY9A 5HRXA 3ERRA 5CQ7A 5ENEA 5EPBA 4CURA 4AKNA 3UVYA 4CFLA 5IBNA 4NUDA 3UW9A 3RCWA 5I29A 4NR6A 4CUTA 5AMFA 4QSXA 4HXRA 5IGMA 5HJCA 4WHWA 2DKWA 4QUTA 5DY7A 4IR5A 5HRVA 4Z93A 4TTEA 4TZ2A 1EQFA 3U5NA 4UYDA 2YDWA 5L99A 4UYFA 4TT6A 3U5KA 5I80A 4IOQA 4Q0NA 4YYNA 5LJ0A 2R10A 5DKHA 3IU5A 5E9LA 2I7KA 5L96A 1ZS5A 4WHUA 3K2JA 4TU6A 4LDFA 4NRCA 4N4HA 4ALGA 5CS8A 5AD2A 5H1VA 2L5EA 5D3SA 5CTLA 5I86A 5LVQA 4YYMA 3O33A 3HMHA 4YYJA 3MUKA 4CUSA 4DONA 4IORA 3ONIA 4HBWA 4QSUA 5HFRA 1WUMA 5EM3A 5FG6A 5FH7A 5L8UA 3UV5A 2LSPB 4XYAA 5BT4A 3QZSA 5ETDA 4ALHA 5F61A 5CUGA 5HQ6A 5FE4A 5F25A 1N72A 5FE9A 5FB1A 5DFCA 2L85A 3O34A 3VKGA 2R0SA 5II2A 4YH4A 3QZTA 5H1TA 4TT2A 4N4GA 3QZVA 5FG5A 5TB6A 5C89A 5LKZA 2RNXA 4QBMA 4BW4A 4QEVA 4QY4A 4C66A 4QR4A 4YYHA 4O76A 4ZQLA 5LJ2A 5KTUA 3DWYA 5A82A 3P1DA 5E9MA 5I83A 5F2PA 1PUOA 4GPJA 5FFYA 3NXBA 4HBXA 5FE2A 5E0RA 4AI6A 5EVAA 3MB4A 2E3KA 1ZKRA 2YEKA 5CGPA 4PKLA 5ENFA 3O36A 4TU4A 4LR6A 4Y03A 5CRMA 5EICA 4Z1SA 5DYXA 4QSVA 4A9IA 4TYLA 5D3JA 4BW3A 4NRAA 2WP1A 5EPSA 5CQ6A 2RI7A 5D24A 4QYDA 5EQ1A 2D9EA 3VKHA 4WIVA 3LJWA 5HQ7A 5J0DA 4IR6A 5HLSA 4YY6A 4PCEA 5KHMA 4ZC9A 2L84A 4NRBA 4UYHA 4N3WA 4A9KA 2RO1A 2YYNA 4A9OA 5D26A 5CUCA 4A9JA 3MXFA 4NYWA 5FH8A 5JI8A 3S91A 4LZSA 5CY9A 5TCMA 5CQTA 4UIVA 4YADA 4KV1A 4O7FA 4LYSA 5FFWA 5EWVA 4LC2A 5ENHA 4HBYA 5HEMA 4CUPA 4UITA 4YBSA 2R0YA
chains in the Genus database with same CATH topology
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 2YEM A;  5D25 A;  4MEP A;  4O7B A;  4Z1Q A;  4NR7 A;  1JSP B;  3LQH A;  5HRW A;  5D3L A;  4YAB A;  5FE0 A;  4A9M A;  4CLB A;  5HM0 A;  5CQ4 A;  5ETB A;  5L98 A;  5C7N A;  4YH3 A;  4HBV A;  4YBT A;  3Q2F A;  2H60 A;  2YEL A;  4XUB A;  5FFV A;  5EP7 A;  4NUC A;  5EWC A;  3UVX A;  5D3H A;  4YBM A;  5A7C A;  4YY4 A;  5ENB A;  4A9E A;  2R0V A;  2D82 A;  4QR3 A;  4UIX A;  5IGL A;  3O35 A;  4UIY A;  2F6J A;  5CRZ A;  5A83 A;  3SVH A;  1E6I A;  5DYU A;  2NXB A;  4IR3 A;  4MEQ A;  4HXL A;  2N9G A;  3MQM A;  3GG3 A;  2OSS A;  2DVQ A;  4XY8 A;  4O78 A;  2E7N A;  5KO4 A;  5CPE A;  5DW1 A;  4UIU A;  5E9Y A;  4Q0O A;  3DAI A;  5FE1 A;  5E3D A;  5DFB A;  2OUO A;  1X0J A;  4NYX A;  5EIS A;  5A5Q A;  4C67 A;  5FBX A;  5F1H A;  3UV2 A;  4F3I A;  2E7O A;  5EA1 A;  2FSA A;  5AD3 A;  5HEN A;  5EWH A;  5G4S A;  4HXM A;  3IU6 A;  4LZ2 A;  4KV4 A;  5CUD A;  3U5L A;  4N4I A;  5H85 A;  4NXJ A;  5I89 A;  5E3G A;  5CUB A;  3JVM A;  5CQA A;  4X2I A;  5IGN A;  4LYI A;  5A81 A;  4NR5 A;  2DAT A;  5LKT A;  5A5R A;  5A5S A; 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