4LYWA

Crystal structure of brd4(1) bound to inhibitor xd14
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
AMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Protein binding/inhibitor
source organism Homo sapiens
publication title 4-Acyl pyrroles: mimicking acetylated lysines in histone code reading.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
total genus 40
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-07-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4lywA01
5FE6A 5CFWA 5FFWA 4QB3A 4NQNA 2DVVA 5DYAA 2L84A 4XYAA 5L98A 5ENEA 3U5OA 5FE8A 4QY4A 4O7AA 4CUUA 5E0RA 4J0SA 4WHUA 5DKDA 4UIZA 5D3HA 5CGPA 5F36A 4Z1QA 5HLSA 4HBWA 4TT2A 4O72A 4A9HA 2RNWA 1WUGA 4LZ2A 2G4AA 4XUBA 5H1UA 5EWWA 5DBMA 5EGUA 5F61A 4HBVA 4Y03A 4O74A 4QYLA 4UYGA 3RCWA 5I7YA 2R10A 4QC3A 4OGJA 4A9LA 5AD3A 4MEQA 5DKCA 5KTXA 4NXJA 4HXLA 4QSPA 4UIXA 5D0CA 2D82A 5IBNA 5ACYA 4HBXA 4UIUA 5DYXA 2KTBB 5I7XA 3MQMA 5F1HA 5FE2A 2NXBA 5EV9A 5FBXA 4NRCA 3Q2FA 4A9JA 3ONIA 4O71A 4UYEA 4F3IA 3HMHA 5ENIA 1F68A 5F62A 3SVFA 5C8GA 2RNYA 5CS8A 5HEMA 3TLPA 4MR5A 4Q0NA 3UVWA 3JVKA 2R0SA 4X2IA 5FG5A 2H60A 4AKNA 2RNXA 4J3IA 4BW1A 5EWHA 5D7XA 3JVLA 5DY7A 4YY4A 4QSSA 3LQHA 4LC2A 4O7EA 4QR3A 5KO4A 2RS9B 2YQDA 5DFBA 5A85A 4TU4A 4YC9A 4QEWA 5CQAA 4QSUA 2L5EA 4HBYA 4QSXA 3UV2A 4HXPA 5LKZA 5CRMA 5HJCA 3P1DA 5COIA 2DVRA 5H85A 3LJWA 5L97A 4QZSA 4MEPA 4YY6A 5CRZA 5CQ6A 3S92A 5G4RA 5CTLA 4NYWA 5E9KA 4A9IA 5G4SA 5CUGA 5L8TA 5CU8A 2N9GA 4O78A 2D9EA 4XY8A 5L99A 5TCMA 4MR4A 5D3LA 4BJXA 5CQ5A 4QSRA 4A9KA 5A5NA 2F6NA 2DVQA 4BHWA 3ZYUA 5I86A 5C85A 3UV5A 4QEUA 5F2PA 4N4IA 5E9MA 5L96A 4TQNA 4QR5A 3I3JA 1N72A 4O70A 5DKHA 4YBTA 4J0RA 2DWWA 5LJ0A 4QSVA 4YYMA 5FE9A 4CUPA 1JSPB 2I7KA 4N4GA 4WIVA 5HELA 5HQ7A 4CUSA 5CUAA 2OSSA 5E9LA 5LUUA 5CUBA 3AADA 4UIYA 4QUTA 2YDWA 3UV4A 5EQ1A 5E73A 3MXFA 4YYDA 4YYJA 2LSPB 5F25A 4XUAA 4CLBA 5BT4A 4YADA 2GRCA 3K2JA 5H1VA 4O77A 4TT4A 5CUCA 4TU6A 4ZQLA 3SVHA 1E6IA 5EWCA 2I8NA 4YYGA 4Z6HA 5D25A 4YATA 3O33A 3U5LA 4E96A 2DATA 5ENFA 2YYNA 3DWYA 2MJVB 4YBMA 4O75A 3P1EA 5EPRA 2OO1A 3MB4A 4NRBA 5E3DA 5HCLA 5CQ7A 2WP2A 3HMEA 3LXJA 4UYFA 3U5NA 4HXMA 5TB6A 5HM0A 5CUDA 2E7OA 3P1FA 5CPEA 5EISA 5EU1A 4MR3A 3AQAA 5EWVA 4NUEA 4O76A 4Z6IA 4QYDA 5FE5A 3QZSA 5C4QA 2DVSA 2L85A 5ENBA 5EP7A 4DONA 5DFDA 4LRGA 3GG3A 5C87A 4QUUA 4PY6A 4Z93A 5CY9A 5EVAA 5I29A 4YH3A 5DX4A 5HRVA 5LVQA 5DLZA 5LVRA 4LYWA 5FFYA 1JM4B 4O7CA 1X0JA 4LYSA 5HQ5A 2R0YA 4MEOA 4J1PA 1WUMA 2YEKA 5EI4A 5F1LA 4IOQA 5FH7A 5CUEA 4YYKA 4TYLA 5D24A 5FE1A 4C67A 4CUTA 5A82A 5BT5A 4HXOA 5I40A 5FH8A 5FE7A 5CQTA 3FKMX 3IU5A 5E9IA 4YABA 5K29A 3O37A 4QBMA 3S91A 3LQJA 4HXSA 4YYIA 4UIWA 5FB1A 5I83A 4A9EA 4CFKA 3JVMA 5JWMA 5II1A 4NUDA 5A5PA 5DYUA 5IGMA 4FLPA 5E9VA 2WP1A 5A5OA 5EK9A 4LYIA 2RFJA 3UVYA 4QSQA 4MR6A 3NXBA 4QSTA 4CL9A 4LZRA 4WHWA 2E7NA 5KHMA 4NR9A 4NYVA 4IR4A 5LJ1A 4OGIA 4QC1A 4LR6A 3DAIA 4A9FA 3LQIA 4NR7A 3U5PA 2OUOA 4NR5A 3U5KA 4XY9A 5D3TA 4PCIA 5HRXA 5D3SA 4A9NA 5A81A 2RI7A 4KV4A 4OUFA 4N4HA 4YK0A 4IOOA 5C7NA 5L8UA 2YW5A 5D3PA 2E3KA 5DW1A 3SVGA 4UYFB 4LDFA 4QNSA 5KU3A 5FG4A 5FG6A 4TS8A 4PTBA 5FE3A 4MENA 4A9MA 4NR6A 5FDZA 5DLXA 5FE4A 5DYCA 4ZC9A 4TZ2A 5ENCA 4NYXA 4YYNA 5F3AA 5ENGA 4BW3A 4UYDA 5A5SA 5I80A 4YAXA 5E7DA 5IGKA 3QZVA 4IR6A 4NQMA 5EWDA 5A5QA 5ETDA 5H1TA 5EICA 4UYHA 2YEMA 2FSAA 5EA1A 5KTWA 5IGLA 3MULA 5D3NA 5EPSA 3Q2EA 5HRWA 5ENJA 4IORA 5CP5A 5HQ6A 3G0LA 5LKUA 5AMFA 5AMEA 5BT3A 4O7BA 4NRAA 2DKWA 5HFRA 5A83A 5IGNA 5I89A 4PCEA 4HXNA 3MB3A 4BW2A 5LKXA 5HFQA 5CQ8A 3P1CA 2R0VA 5ETBA 2F6JA 5E3GA 3O34A 4KCXA 4BW4A 5FFVA 5I1QA 5I88A 5C89A 5EPBA 4YYHA 2RO1A 5AD2A 4N4FA 4UITA 4HXKA 5CQ3A 3D7CA 5CQ4A 5E74A 5F60A 4QEVA 4Z1SA 5A7CA 4KV1A 4YH4A 5D26A 5FE0A 3P5OA 5DFCA 4NR8A 4PKLA 4QSWA 4Q0OA 4TT6A 4NUCA 4TZ8A 5HENA 2YELA 4CFLA 3HMFA 3U5JA 3O35A 5CZGA 4C66A 5D3RA 5DW2A 3QZTA 5F63A 4NR4A 3UVDA 3IU6A 4ALHA 4O7FA 5IG6A 4HXRA 4IR3A 5FB0A 5F5ZA 1EQFA 5D3JA 4UIVA 5EM3A 5LJ2A 5ENHA 5J0DA 4YBSA 4IR5A 4GPJA 4ZW1A 4CURA 4LZSA 5FH6A 5II2A 3UW9A 3UVXA 1ZS5A 4QR4A 3MUKA 3U5MA 4TTEA 4CUQA 3JVJA 5KTUA 5IIDA 3G0JA 3O36A 4ALGA 4NS5A 5LKTA 4A9OA 5E9YA 4RVRA 4PS5A 5JI8A 5A5RA 4N3WA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
5FE6A 5CFWA 3D1BA 5FFWA 4QB3A 4NQNA 2DVVA 5DYAA 2L84A 4XYAA 5L98A 5ENEA 3U5OA 5FE8A 4QY4A 4O7AA 4CUUA 5E0RA 4J0SA 4WHUA 5DKDA 4UIZA 5D3HA 5CGPA 5F36A 4Z1QA 5HLSA 4HBWA 4TT2A 4O72A 4A9HA 2RNWA 1WUGA 4LZ2A 2G4AA 4XUBA 5H1UA 5EWWA 5DBMA 5EGUA 5F61A 4HBVA 4Y03A 4O74A 4QYLA 4UYGA 3RCWA 5I7YA 2R10A 4QC3A 4OGJA 4A9LA 5AD3A 4MEQA 5DKCA 5KTXA 4NXJA 4HXLA 4QSPA 4UIXA 5D0CA 2D82A 5IBNA 5ACYA 4HBXA 4UIUA 5DYXA 2KTBB 5I7XA 3MQMA 5F1HA 5FE2A 2NXBA 5EV9A 5FBXA 4NRCA 3Q2FA 4A9JA 3ONIA 4O71A 4UYEA 4F3IA 3HMHA 5ENIA 1F68A 5F62A 3SVFA 5C8GA 2RNYA 5CS8A 5HEMA 3TLPA 4MR5A 4Q0NA 3UVWA 3JVKA 2R0SA 4X2IA 5FG5A 2H60A 4AKNA 2RNXA 4J3IA 4BW1A 5EWHA 5D7XA 3JVLA 5DY7A 4YY4A 4QSSA 4AI6A 3LQHA 4LC2A 4O7EA 4QR3A 5KO4A 2RS9B 2YQDA 5DFBA 5A85A 4TU4A 4YC9A 4QEWA 5CQAA 4QSUA 2L5EA 4HBYA 4QSXA 3UV2A 4HXPA 5LKZA 5CRMA 5HJCA 4AKHA 3P1DA 5COIA 2DVRA 5H85A 3LJWA 5L97A 4QZSA 4MEPA 4YY6A 5CRZA 5CQ6A 3S92A 5G4RA 5CTLA 4NYWA 5E9KA 4A9IA 5G4SA 5CUGA 5L8TA 5CU8A 2N9GA 4O78A 2D9EA 4XY8A 5L99A 5TCMA 4MR4A 5D3LA 4BJXA 5CQ5A 4QSRA 4A9KA 5A5NA 2F6NA 2DVQA 4BHWA 3ZYUA 5I86A 5C85A 3UV5A 4QEUA 5F2PA 4N4IA 5E9MA 5L96A 4TQNA 4QR5A 3I3JA 1N72A 4O70A 5DKHA 4YBTA 4J0RA 2DWWA 5LJ0A 4QSVA 4YYMA 5FE9A 4CUPA 1JSPB 2I7KA 4N4GA 4WIVA 5HELA 5HQ7A 4CUSA 5CUAA 2OSSA 5E9LA 5LUUA 5CUBA 3AADA 4UIYA 4QUTA 2YDWA 3UV4A 5EQ1A 5E73A 3MXFA 3ERRA 4YYDA 4YYJA 2LSPB 5F25A 4XUAA 4CLBA 5BT4A 4YADA 2GRCA 3K2JA 5H1VA 4O77A 4TT4A 5CUCA 4TU6A 4ZQLA 3SVHA 1E6IA 5EWCA 2I8NA 4YYGA 4Z6HA 5D25A 3D1DA 4YATA 3O33A 3U5LA 4E96A 2DATA 5ENFA 2YYNA 3DWYA 2MJVB 4YBMA 4O75A 3P1EA 5EPRA 2OO1A 3MB4A 4NRBA 5E3DA 5HCLA 5CQ7A 2WP2A 3HMEA 3LXJA 4UYFA 3U5NA 4HXMA 5TB6A 5HM0A 5CUDA 4AKGA 2E7OA 3P1FA 5CPEA 5EISA 1ZKRA 5EU1A 4MR3A 3AQAA 5EWVA 4NUEA 4O76A 4Z6IA 4QYDA 5FE5A 3QZSA 5C4QA 2DVSA 2L85A 5ENBA 5EP7A 4DONA 5DFDA 4LRGA 3GG3A 5C87A 4QUUA 4PY6A 4Z93A 5CY9A 5EVAA 5I29A 4YH3A 5DX4A 5HRVA 5LVQA 5DLZA 5LVRA 4LYWA 5FFYA 1JM4B 4O7CA 1X0JA 4LYSA 5HQ5A 2R0YA 4MEOA 4J1PA 1WUMA 2YEKA 5EI4A 5F1LA 4IOQA 5FH7A 5CUEA 4YYKA 4TYLA 5D24A 5FE1A 4C67A 4CUTA 5A82A 5BT5A 4HXOA 5I40A 5FH8A 5FE7A 5CQTA 3FKMX 3IU5A 5E9IA 4YABA 5K29A 3O37A 4QBMA 3S91A 3LQJA 4HXSA 4YYIA 4UIWA 5FB1A 5I83A 4A9EA 4CFKA 3JVMA 5JWMA 5II1A 4NUDA 5A5PA 5DYUA 5IGMA 4FLPA 5E9VA 2WP1A 5A5OA 5EK9A 4LYIA 2RFJA 3UVYA 4QSQA 4MR6A 3NXBA 4QSTA 4CL9A 4LZRA 4WHWA 2E7NA 5KHMA 4NR9A 4NYVA 4IR4A 5LJ1A 4OGIA 4QC1A 3VKGA 4LR6A 3DAIA 4A9FA 3LQIA 4NR7A 3U5PA 2OUOA 4NR5A 3U5KA 4XY9A 5D3TA 4PCIA 5HRXA 5D3SA 4A9NA 5A81A 2RI7A 4KV4A 4OUFA 4N4HA 4YK0A 4IOOA 5C7NA 5L8UA 2YW5A 5D3PA 2E3KA 5DW1A 3SVGA 4UYFB 4LDFA 4QNSA 5KU3A 5FG4A 5FG6A 4TS8A 4PTBA 5FE3A 4MENA 4A9MA 4NR6A 5FDZA 5DLXA 5FE4A 5DYCA 4ZC9A 4TZ2A 5ENCA 4NYXA 4YYNA 5F3AA 5ENGA 4BW3A 4UYDA 5A5SA 5I80A 4YAXA 5E7DA 5IGKA 3QZVA 4IR6A 4NQMA 5EWDA 5A5QA 5ETDA 5H1TA 5EICA 4UYHA 2YEMA 2FSAA 5EA1A 5KTWA 5IGLA 3MULA 5D3NA 5EPSA 3Q2EA 5HRWA 5ENJA 4IORA 5CP5A 5HQ6A 3G0LA 5LKUA 5AMFA 5AMEA 5BT3A 4O7BA 4NRAA 2DKWA 5HFRA 5A83A 5IGNA 5I89A 4PCEA 4HXNA 3MB3A 4BW2A 5LKXA 5HFQA 5CQ8A 3P1CA 2R0VA 5ETBA 2F6JA 5E3GA 3O34A 4KCXA 4BW4A 5FFVA 5I1QA 5I88A 5C89A 5EPBA 4YYHA 2RO1A 5AD2A 4N4FA 4UITA 4HXKA 5CQ3A 3D7CA 5CQ4A 1PUOA 2EJNA 5E74A 5F60A 4QEVA 4Z1SA 5A7CA 4KV1A 4YH4A 5D26A 5FE0A 3P5OA 5DFCA 4NR8A 4PKLA 4QSWA 4Q0OA 4TT6A 4NUCA 4TZ8A 5HENA 2YELA 4CFLA 3HMFA 3U5JA 3O35A 5CZGA 4C66A 5D3RA 5DW2A 3QZTA 5F63A 4NR4A 3UVDA 3IU6A 4ALHA 4O7FA 5IG6A 4HXRA 4IR3A 5FB0A 5F5ZA 1EQFA 5D3JA 4UIVA 5EM3A 5LJ2A 5ENHA 5J0DA 4YBSA 4IR5A 4GPJA 4ZW1A 4CURA 4LZSA 5FH6A 5II2A 3UW9A 3UVXA 1ZS5A 4QR4A 3MUKA 3U5MA 4TTEA 4CUQA 3JVJA 5KTUA 5IIDA 4AKIA 3G0JA 3VKHA 3O36A 4ALGA 4NS5A 5LKTA 4A9OA 5E9YA 4RVRA 4PS5A 5JI8A 5A5RA 4N3WA
chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5FE6 A;  5CFW A;  5FFW A;  4QB3 A;  4NQN A;  2DVV A;  5DYA A;  2L84 A;  4XYA A;  5L98 A;  5ENE A;  3U5O A;  5FE8 A;  4QY4 A;  4O7A A;  4CUU A;  5E0R A;  4J0S A;  4WHU A;  5DKD A;  4UIZ A;  5D3H A;  5CGP A;  5F36 A;  4Z1Q A;  5HLS A;  4HBW A;  4TT2 A;  4O72 A;  4A9H A;  2RNW A;  1WUG A;  4LZ2 A;  2G4A A;  4XUB A;  5H1U A;  5EWW A;  5DBM A;  5EGU A;  5F61 A;  4HBV A;  4Y03 A;  4O74 A;  4QYL A;  4UYG A;  3RCW A;  5I7Y A;  2R10 A;  4QC3 A;  4OGJ A;  4A9L A;  5AD3 A;  4MEQ A;  5DKC A;  5KTX A;  4NXJ A;  4HXL A;  4QSP A;  4UIX A;  5D0C A;  2D82 A;  5IBN A;  5ACY A;  4HBX A;  4UIU A;  5DYX A;  2KTB B;  5I7X A;  3MQM A;  5F1H A;  5FE2 A;  2NXB A;  5EV9 A;  5FBX A;  4NRC A;  3Q2F A;  4A9J A;  3ONI A;  4O71 A;  4UYE A;  4F3I A;  3HMH A;  5ENI A;  1F68 A;  5F62 A;  3SVF A;  5C8G A;  2RNY A;  5CS8 A;  5HEM A;  3TLP A;  4MR5 A;  4Q0N A;  3UVW A;  3JVK A;  2R0S A;  4X2I A;  5FG5 A;  2H60 A;  4AKN A;  2RNX A;  4J3I A;  4BW1 A;  5EWH A;  5D7X A;  3JVL A;  5DY7 A;  4YY4 A;  4QSS A;  3LQH A;  4LC2 A;  4O7E A; 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