4LYWA

Crystal structure of brd4(1) bound to inhibitor xd14
Total Genus 40
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
40
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
AMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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publication title 4-Acyl pyrroles: mimicking acetylated lysines in histone code reading.
pubmed doi rcsb
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
molecule tags Protein binding/inhibitor
source organism Homo sapiens
total genus 40
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-07-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4lywA01
4O72A 5EGUA 4O70A 4QNSA 5I88A 5G4RA 5FH8A 2DVVA 5IIDA 5AD2A 4A9HA 5D3SA 5C87A 4HBXA 5II1A 5HENA 4YADA 5FFVA 5G4SA 4YBSA 4OUFA 4HXNA 5EQ1A 5II2A 2R0SA 5FG6A 4QR5A 5F5ZA 4OGJA 4TS8A 4CLBA 4UYDA 4YYDA 2D9EA 4AKNA 5BT3A 4QSWA 4HXPA 5CRZA 2DVRA 5EISA 5H1UA 4LRGA 4J0RA 4QUUA 4IOOA 5E9LA 5HRVA 5F36A 5AMFA 4CUQA 5L96A 5EA1A 4UYHA 2E3KA 3SVFA 5CQ5A 5A85A 4CFKA 4QSTA 5E7DA 2YDWA 2NXBA 4HXMA 2L84A 4A9EA 4C66A 5BT5A 4CUTA 5CQ4A 3K2JA 4NR6A 4QEVA 3UV2A 4PCEA 4NXJA 4J0SA 5ETBA 4QB3A 2YELA 4QSUA 5FE8A 2FSAA 4MEOA 4N4IA 5CQ3A 5CUGA 4PKLA 3U5MA 5IBNA 4NR4A 4YH3A 5I29A 5KTWA 4NR9A 5DYXA 5E9MA 5IGKA 5ENJA 5I1QA 4ZC9A 4UIVA 5LUUA 5FE7A 4XUBA 5EVAA 5FE0A 4LZ2A 4O76A 4O7FA 4IOQA 3UVYA 2E7NA 2DVSA 4YC9A 2RS9B 3ONIA 3ZYUA 3MXFA 4A9LA 4QEUA 2L85A 2R0YA 3U5JA 5D3PA 4A9MA 5CU8A 2F6JA 4YH4A 5EV9A 3DAIA 4YYGA 4HBWA 4O7BA 4HBYA 5CGPA 4CUSA 1WUGA 5LVQA 5FB1A 4YYMA 4TT6A 5EP7A 5F1LA 5DLZA 5EM3A 5KU3A 3UV4A 4HXRA 3LQHA 3O35A 3G0JA 5F2PA 2RI7A 5DYAA 4BJXA 3LQIA 4BHWA 4A9FA 1E6IA 4A9IA 3IU5A 3D7CA 5CUEA 4QSVA 4NRBA 4YYNA 5CUAA 4ALHA 1JSPB 4QSXA 3SVGA 5E9KA 4RVRA 4YATA 4MENA 2YYNA 3AQAA 5DYUA 4LYWA 5D3RA 5C8GA 3MB4A 3HMHA 5EWCA 5I40A 5CUCA 3P1CA 4O74A 5L99A 5A81A 4TZ2A 4KCXA 5C89A 5CP5A 3UVXA 5A83A 4QSPA 1N72A 3LXJA 5LJ2A 3SVHA 5D26A 5FBXA 4LR6A 4NRCA 5HQ5A 4CUPA 4J1PA 5DKDA 4CL9A 5F63A 5TCMA 2YQDA 5HM0A 2OO1A 5E73A 5HRXA 5EWHA 3S91A 3P1FA 3U5KA 1F68A 3TLPA 4IR6A 2WP1A 2MJVB 4UIWA 1WUMA 4TTEA 5ENBA 5A82A 5CUDA 4C67A 3MQMA 4UIXA 5FE1A 4YYJA 4IORA 5DX4A 5ACYA 5ENCA 5H85A 3GG3A 5LVRA 2N9GA 5I89A 2OSSA 5F61A 5CS8A 3O37A 4XY9A 4QBMA 3UVWA 4MR4A 5I83A 5DW1A 5D24A 4TT2A 5C7NA 2DWWA 5HCLA 3JVJA 5BT4A 4NQMA 5DKHA 4XY8A 4BW4A 4NRAA 4NYXA 3LQJA 4Q0NA 5ENEA 4O7AA 5C4QA 5HFRA 5HQ7A 3HMEA 5C85A 2L5EA 4Z6IA 4NR7A 4IR5A 4QYDA 2YEKA 5HEMA 5LJ1A 4CURA 5CQAA 4QUTA 4YBMA 5L97A 4YY6A 4BW1A 5E0RA 2OUOA 5ENIA 5ENHA 5CY9A 2R0VA 4YK0A 5A7CA 4MR5A 3IU6A 4QEWA 5KO4A 5E3GA 5EWVA 4IR3A 5FE2A 5CQ7A 3MUKA 5FDZA 5EK9A 5HLSA 5DW2A 4UYFA 5F3AA 3I3JA 4LZRA 5D3NA 5EWDA 5AD3A 4O7EA 5FFYA 4YYKA 3P1DA 2RO1A 3JVMA 3O36A 2KTBB 4QC3A 5DKCA 3S92A 4LYIA 5IGNA 5CRMA 4NR8A 5LKTA 5HELA 4HBVA 4MEQA 5FH6A 5D25A 2YEMA 5A5PA 4LZSA 4O78A 5COIA 2R10A 4QR3A 3U5LA 4HXSA 4NR5A 4HXLA 5E9VA 3AADA 4KV1A 3JVKA 5CQTA 5FE4A 3O33A 5A5OA 5A5SA 5DBMA 4WIVA 4UIYA 4PTBA 4BW3A 5CPEA 3DWYA 4TT4A 4NYVA 3LJWA 3MB3A 3Q2EA 1ZS5A 4FLPA 4UYEA 2RNXA 5E3DA 3Q2FA 4ZQLA 4O71A 4YY4A 4TYLA 4YABA 2YW5A 4MR3A 5DY7A 4YAXA 4O7CA 5F25A 5CQ6A 4IR4A 5H1TA 3G0LA 3U5PA 4NUEA 4NS5A 4LYSA 5L8UA 5E9IA 5ENFA 4LDFA 4ALGA 4Z6HA 5DFBA 5HQ6A 3JVLA 4XUAA 2RNWA 5F60A 5HFQA 5LKUA 5EI4A 5ETDA 4QSSA 3U5NA 5CQ8A 2I8NA 3FKMX 5CUBA 2RNYA 5EPRA 4BW2A 5EPBA 5FE5A 5KTUA 1JM4B 4A9NA 4TZ8A 3P5OA 4UIZA 3MULA 3UVDA 1EQFA 4QC1A 4NYWA 5D3JA 5A5NA 4QSRA 4Z1SA 5EU1A 3QZSA 4YYHA 4UITA 5IGMA 5D7XA 4N3WA 5EICA 4UYFB 5H1VA 5A5QA 4Z93A 5JI8A 5FE9A 4DONA 4TQNA 5DLXA 4PCIA 5E9YA 2RFJA 4N4GA 4PS5A 4E96A 3HMFA 5JWMA 5K29A 5E74A 2I7KA 5D3LA 2DATA 2D82A 4YBTA 4Y03A 4QYLA 5KHMA 5LKXA 4HXOA 5HJCA 5DFCA 4Q0OA 5TB6A 3U5OA 5I7XA 2WP2A 5FE3A 4YYIA 5FE6A 2G4AA 5DFDA 5J0DA 5EWWA 3O34A 4NUCA 5L8TA 5IGLA 5FG5A 3NXBA 4ZW1A 5ENGA 5IG6A 5KTXA 5D3HA 4UYGA 5DYCA 4QZSA 4TU4A 4QY4A 5FB0A 5AMEA 4GPJA 4X2IA 5CFWA 4MR6A 4WHUA 4F3IA 5A5RA 4XYAA 5D3TA 3RCWA 5I86A 5I80A 1X0JA 4LC2A 5EPSA 2E7OA 4TU6A 4CFLA 2F6NA 4J3IA 2GRCA 4QR4A 5F62A 5HRWA 3QZTA 2H60A 5FG4A 5D0CA 5I7YA 4HXKA 5LJ0A 4NUDA 4N4HA 4OGIA 5L98A 3QZVA 5LKZA 4MEPA 2LSPB 4CUUA 4A9JA 4A9KA 4N4FA 5FFWA 4O75A 4QSQA 4KV4A 4UIUA 5F1HA 3UV5A 4Z1QA 3P1EA 5FH7A 2DVQA 4O77A 4A9OA 5CZGA 5CTLA 4PY6A 4NQNA 4WHWA 3UW9A 2DKWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4O72A 5EGUA 4O70A 4QNSA 5I88A 5G4RA 5FH8A 2DVVA 5IIDA 5AD2A 4A9HA 5D3SA 5C87A 4HBXA 5II1A 5HENA 4YADA 5FFVA 5G4SA 4YBSA 4OUFA 4HXNA 5EQ1A 5II2A 2R0SA 5FG6A 4QR5A 5F5ZA 4OGJA 4TS8A 1PUOA 4CLBA 4UYDA 4YYDA 2D9EA 4AKNA 5BT3A 4QSWA 4HXPA 3D1DA 5CRZA 2DVRA 5EISA 5H1UA 4LRGA 4J0RA 4QUUA 4IOOA 5E9LA 5HRVA 5F36A 5AMFA 4CUQA 5L96A 5EA1A 4UYHA 2E3KA 3SVFA 5CQ5A 5A85A 4CFKA 4QSTA 5E7DA 2YDWA 2NXBA 4HXMA 2L84A 4A9EA 4C66A 5BT5A 4AKHA 4CUTA 5CQ4A 3K2JA 4NR6A 4QEVA 3UV2A 4PCEA 4NXJA 4J0SA 5ETBA 4QB3A 2YELA 4QSUA 5FE8A 2FSAA 4MEOA 4N4IA 5CQ3A 5CUGA 4PKLA 3U5MA 5IBNA 4NR4A 4YH3A 5I29A 4AKGA 5KTWA 4NR9A 5DYXA 5E9MA 5IGKA 5ENJA 5I1QA 4ZC9A 4UIVA 5LUUA 5FE7A 4XUBA 5EVAA 5FE0A 4LZ2A 4O76A 4O7FA 4IOQA 3VKHA 3UVYA 2E7NA 2DVSA 4YC9A 2RS9B 3ONIA 3ZYUA 3MXFA 4A9LA 4QEUA 2L85A 2R0YA 3U5JA 5D3PA 4A9MA 5CU8A 2F6JA 4YH4A 5EV9A 3DAIA 4YYGA 1ZKRA 4HBWA 4O7BA 4HBYA 5CGPA 4CUSA 1WUGA 5LVQA 5FB1A 4YYMA 4TT6A 5EP7A 5F1LA 5DLZA 5EM3A 5KU3A 3UV4A 4HXRA 3LQHA 3O35A 3G0JA 5F2PA 2RI7A 5DYAA 4BJXA 3LQIA 4BHWA 4A9FA 1E6IA 4A9IA 3IU5A 3D7CA 5CUEA 4QSVA 4NRBA 4YYNA 5CUAA 4ALHA 1JSPB 4QSXA 3SVGA 5E9KA 4RVRA 4YATA 4MENA 2YYNA 3AQAA 5DYUA 4LYWA 5D3RA 5C8GA 3MB4A 3HMHA 5EWCA 5I40A 5CUCA 3P1CA 4O74A 5L99A 5A81A 4TZ2A 4KCXA 5C89A 5CP5A 3UVXA 5A83A 4QSPA 1N72A 3LXJA 5LJ2A 3SVHA 5D26A 5FBXA 4LR6A 4NRCA 5HQ5A 4CUPA 4J1PA 5DKDA 4CL9A 5F63A 5TCMA 2YQDA 5HM0A 2OO1A 5E73A 5HRXA 5EWHA 3S91A 3P1FA 3U5KA 1F68A 3TLPA 4IR6A 2WP1A 2MJVB 4UIWA 1WUMA 4TTEA 5ENBA 5A82A 5CUDA 4C67A 3MQMA 4UIXA 5FE1A 4YYJA 4IORA 5DX4A 5ACYA 5ENCA 5H85A 3GG3A 5LVRA 2N9GA 5I89A 2OSSA 5F61A 5CS8A 3O37A 4XY9A 4QBMA 3UVWA 4MR4A 5I83A 5DW1A 5D24A 4TT2A 5C7NA 2DWWA 5HCLA 3JVJA 5BT4A 4NQMA 5DKHA 4XY8A 4AI6A 4BW4A 4NRAA 4NYXA 3LQJA 4Q0NA 5ENEA 4O7AA 5C4QA 5HFRA 5HQ7A 3HMEA 5C85A 2L5EA 4Z6IA 4NR7A 4IR5A 4QYDA 2YEKA 5HEMA 5LJ1A 4CURA 5CQAA 4QUTA 4YBMA 5L97A 4YY6A 4BW1A 5E0RA 2OUOA 5ENIA 5ENHA 5CY9A 2R0VA 4YK0A 5A7CA 4MR5A 3IU6A 4QEWA 5KO4A 5E3GA 5EWVA 4IR3A 5FE2A 5CQ7A 3MUKA 5FDZA 5EK9A 5HLSA 5DW2A 4UYFA 5F3AA 3I3JA 4LZRA 5D3NA 5EWDA 5AD3A 4O7EA 5FFYA 4YYKA 3P1DA 2RO1A 3JVMA 3O36A 2KTBB 4QC3A 5DKCA 3S92A 4LYIA 5IGNA 5CRMA 4NR8A 5LKTA 5HELA 4HBVA 4MEQA 5FH6A 5D25A 2YEMA 5A5PA 4LZSA 4O78A 5COIA 2R10A 4QR3A 3U5LA 4HXSA 4NR5A 4HXLA 5E9VA 3AADA 4KV1A 3JVKA 5CQTA 5FE4A 3O33A 5A5OA 5A5SA 5DBMA 4WIVA 4UIYA 4PTBA 4BW3A 5CPEA 3D1BA 3DWYA 4TT4A 4NYVA 3LJWA 3MB3A 3Q2EA 1ZS5A 4FLPA 4UYEA 2RNXA 5E3DA 3Q2FA 3ERRA 4ZQLA 4O71A 4YY4A 4TYLA 4YABA 2YW5A 4MR3A 5DY7A 4YAXA 4O7CA 5F25A 5CQ6A 4IR4A 5H1TA 3G0LA 3U5PA 4NUEA 4NS5A 4LYSA 5L8UA 5E9IA 5ENFA 4LDFA 4ALGA 4Z6HA 5DFBA 5HQ6A 3JVLA 4XUAA 2RNWA 5F60A 5HFQA 5LKUA 5EI4A 5ETDA 4QSSA 3U5NA 5CQ8A 2I8NA 3FKMX 5CUBA 2RNYA 5EPRA 4BW2A 5EPBA 5FE5A 5KTUA 1JM4B 4A9NA 4TZ8A 3P5OA 4UIZA 3MULA 3UVDA 1EQFA 4QC1A 4NYWA 5D3JA 5A5NA 4QSRA 4Z1SA 5EU1A 3QZSA 4YYHA 4UITA 5IGMA 5D7XA 4N3WA 5EICA 4UYFB 5H1VA 5A5QA 4Z93A 5JI8A 5FE9A 4DONA 4TQNA 5DLXA 4PCIA 5E9YA 2RFJA 4N4GA 4PS5A 4E96A 3HMFA 5JWMA 5K29A 5E74A 2I7KA 5D3LA 2DATA 2D82A 4YBTA 4Y03A 4QYLA 5KHMA 5LKXA 4HXOA 4AKIA 5HJCA 5DFCA 4Q0OA 5TB6A 3U5OA 5I7XA 2WP2A 5FE3A 4YYIA 5FE6A 2G4AA 5DFDA 5J0DA 5EWWA 3O34A 4NUCA 5L8TA 5IGLA 5FG5A 3NXBA 4ZW1A 5ENGA 5IG6A 5KTXA 5D3HA 4UYGA 5DYCA 4QZSA 4TU4A 4QY4A 5FB0A 5AMEA 4GPJA 4X2IA 5CFWA 4MR6A 3VKGA 4WHUA 4F3IA 5A5RA 4XYAA 5D3TA 3RCWA 5I86A 5I80A 1X0JA 4LC2A 5EPSA 2E7OA 4TU6A 4CFLA 2F6NA 4J3IA 2GRCA 4QR4A 5F62A 5HRWA 3QZTA 2H60A 5FG4A 5D0CA 5I7YA 4HXKA 5LJ0A 4NUDA 4N4HA 4OGIA 5L98A 3QZVA 5LKZA 4MEPA 2LSPB 4CUUA 4A9JA 4A9KA 4N4FA 5FFWA 4O75A 4QSQA 4KV4A 4UIUA 5F1HA 3UV5A 4Z1QA 3P1EA 5FH7A 2DVQA 4O77A 4A9OA 5CZGA 5CTLA 4PY6A 4NQNA 2EJNA 4WHWA 3UW9A 2DKWA
chains in the Genus database with same CATH topology
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