4J0RA

Crystal structure of the first bromodomain of human brd4 in complex with a 3,5-dimethylisoxazol ligand
Total Genus 42
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
42
sequence length
127
structure length
127
Chain Sequence
SMNPPPPETSNPNKPKRQTNQLQYLLRVVLKTLWKHQFAWPFQQPVDAVKLNLPDYYKIIKTPMDMGTIKKRLENNYYWNAQECIQDFNTMFTNCYIYNKPGDDIVLMAEALEKLFLQKINELPTEE
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Signaling protein
molecule keywords Bromodomain-containing protein 4
publication title Optimization of 3,5-dimethylisoxazole derivatives as potent bromodomain ligands.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 42
structure length 127
sequence length 127
ec nomenclature
pdb deposition date 2013-01-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00439 Bromodomain Bromodomain
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
1.20.920.10 Mainly Alpha Up-down Bundle Histone Acetyltransferase; Chain A Bromodomain-like 4j0rA01
4CUSA 3HMFA 4LZRA 4XY9A 5CU8A 5C7NA 4QSUA 4WHWA 3ONIA 4NUCA 4O7CA 4ALHA 4N4IA 5FH7A 1WUMA 5D0CA 4Y03A 5I7XA 5CFWA 3MUKA 5A81A 5LKUA 4HXKA 5TB6A 3QZTA 2YYNA 2N9GA 4YYJA 5CQTA 5A82A 1JM4B 5KTXA 4MEOA 5FE1A 4ZW1A 1ZS5A 4QEWA 5EICA 5HCLA 5CQAA 4CUPA 5FE3A 5E9LA 4YYIA 5KHMA 2OO1A 4FLPA 2DATA 5D3JA 3G0JA 5ENEA 5CY9A 2F6JA 3I3JA 4UITA 5D25A 4QUTA 5E3DA 3UV4A 5FE2A 5D24A 1N72A 4TZ2A 2OSSA 4NUEA 2NXBA 5F1HA 5LKXA 5FE7A 3QZVA 4A9OA 4UYEA 5IGMA 5L98A 2GRCA 2DWWA 3LXJA 4PY6A 5A5OA 5DLZA 5D7XA 3NXBA 5CQ4A 5HQ7A 4O77A 2DVRA 5CS8A 3JVJA 5LVRA 4LYWA 4A9HA 4IR4A 5IGNA 4QSXA 2L85A 2OUOA 4LC2A 4HXOA 3AQAA 3O37A 3JVKA 3TLPA 4QYDA 5BT5A 4OGIA 3P1FA 5DKCA 4O7BA 4A9LA 4QR3A 4NS5A 5LJ2A 4YBMA 5E9IA 5CUBA 3GG3A 4CURA 5CQ6A 2E7NA 3LJWA 2YELA 4NUDA 2D9EA 4CUUA 4O75A 4Z1QA 4GPJA 4O71A 3P1CA 4XY8A 5I7YA 4LR6A 5CZGA 5D3HA 5F62A 4WIVA 2I7KA 3DWYA 4YH4A 2MJVB 5FH6A 4CFLA 3U5OA 4N4FA 5TCMA 5I89A 4NYXA 3U5JA 5E9YA 5FE4A 3U5NA 4PS5A 5EWVA 3UW9A 4HBXA 4J0SA 5FFYA 2YQDA 3FKMX 4WHUA 3SVFA 5JWMA 5C89A 4X2IA 5IG6A 5FFWA 4UIWA 2L5EA 4OUFA 2RNWA 5ACYA 5BT4A 4QSTA 3HMEA 4BW1A 5A83A 4YYDA 5E9KA 5CGPA 5J0DA 5F60A 4Z6HA 5EPSA 5CRZA 5H1VA 5F2PA 4XUBA 4QSWA 4HXRA 4QB3A 4OGJA 5FG4A 4C67A 4QSVA 4PCIA 5LKZA 4A9IA 4YBTA 5D3TA 3O33A 5KO4A 4MEPA 5CP5A 4HXNA 4A9FA 4TT6A 5IBNA 3UV5A 3SVGA 5EA1A 5DY7A 5CQ7A 4QSQA 3MXFA 4QUUA 2R10A 5DW1A 2YEMA 4LRGA 2I8NA 4QY4A 2RI7A 3U5LA 5DYUA 4YADA 4BW2A 5K29A 4IR6A 3MULA 4A9KA 5EV9A 3LQHA 3JVMA 4TU4A 4O7EA 5A5RA 5I80A 4O72A 4UYFB 5EVAA 5LJ1A 5HENA 4O7FA 5HFRA 4UYGA 5L8UA 5D3PA 4LZSA 4N4GA 5HQ5A 2DVVA 5DBMA 3O36A 4NYVA 4ZC9A 5D26A 3UVXA 4QSSA 5A7CA 5JI8A 5DFCA 4HXLA 5D3LA 4QSPA 3O34A 5FB0A 5ENBA 4NQMA 3P5OA 4QYLA 4UYHA 5CUGA 5E7DA 3JVLA 2KTBB 4LDFA 5ENCA 5FFVA 5CUAA 2DVQA 2RFJA 2FSAA 5ETDA 5EU1A 5F1LA 5AMEA 2L84A 5KTUA 5EM3A 5EI4A 5KU3A 4LYSA 5H85A 4UIYA 5L99A 3P1DA 5I29A 4MR4A 4N3WA 5L97A 5LVQA 3Q2FA 5F61A 5C8GA 2R0SA 4NYWA 2H60A 4NQNA 4NR7A 5D3SA 5LUUA 3U5KA 5HJCA 4ZQLA 5E74A 5EP7A 4CFKA 5DLXA 1E6IA 5IGLA 5CUDA 5LKTA 5ENFA 4XUAA 4QZSA 2G4AA 5CPEA 5L96A 4BHWA 4Z1SA 5FBXA 4UIXA 5EISA 5C4QA 3MB4A 4HXMA 5FE6A 2RS9B 4A9JA 4HBWA 5CTLA 5II1A 5FDZA 4MR6A 4NRCA 4TTEA 3UVDA 4O7AA 5ENGA 5COIA 1EQFA 5L8TA 4IOOA 4NXJA 5E3GA 4HBYA 5CQ8A 4MEQA 4YAXA 5G4RA 4UYDA 5F25A 2WP2A 5HLSA 2RO1A 4J3IA 2R0YA 3AADA 4YY6A 4YYNA 4QR4A 5DW2A 3UV2A 5EPRA 4QBMA 5FE0A 3SVHA 5FE8A 2LSPB 4QR5A 3D7CA 4PKLA 4QC1A 4PCEA 5A5NA 4YBSA 5C85A 4J1PA 3UVYA 5FH8A 5DFBA 5HQ6A 5HM0A 4O74A 4YYGA 3IU5A 5IIDA 4UIUA 4BW4A 5LJ0A 4HBVA 3LQJA 3O35A 5ENIA 5H1TA 5D3RA 4YYHA 5I40A 4YY4A 5HRVA 4QEVA 5FE5A 4TU6A 4PTBA 5CQ5A 5G4SA 4IORA 4IR3A 4C66A 2YDWA 2DVSA 5ETBA 4RVRA 2YW5A 4Z93A 5II2A 5HRWA 5HRXA 5H1UA 4F3IA 5EWHA 3RCWA 4QSRA 5AMFA 5BT3A 4A9MA 4YATA 4XYAA 5CUEA 4E96A 5CUCA 4A9EA 4KV1A 4UIVA 5A85A 4J0RA 5I86A 4YH3A 1WUGA 4Z6IA 3DAIA 5DYCA 3U5MA 3G0LA 3ZYUA 5I88A 3MQMA 4CLBA 5EWCA 2D82A 3QZSA 5CQ3A 2DKWA 2R0VA 3U5PA 1X0JA 4CL9A 4NR6A 2F6NA 4A9NA 5F5ZA 4QNSA 4MENA 5F63A 2WP1A 4UIZA 5EPBA 5HELA 3P1EA 5AD2A 3HMHA 4KV4A 5HFQA 4BW3A 4YYMA 5A5SA 4NR9A 4HXSA 4LYIA 4NR8A 5FG5A 4CUQA 5FG6A 5DKDA 4MR5A 3Q2EA 5AD3A 5F3AA 4Q0NA 5ENHA 4UYFA 5IGKA 5E9MA 4AKNA 5C87A 5EGUA 5A5QA 4KCXA 4O78A 3K2JA 4NRBA 4NRAA 4QC3A 5EWWA 5FB1A 3S92A 4YABA 5DKHA 4O76A 5ENJA 3LQIA 1JSPB 4IR5A 4TYLA 4TZ8A 2YEKA 5I1QA 5E0RA 2RNYA 4NR4A 4LZ2A 5F36A 4IOQA 5DYXA 4YYKA 4N4HA 4YK0A 4NR5A 5DFDA 4TQNA 4MR3A 5E73A 4QEUA 5EQ1A 4TT2A 5CRMA 1F68A 2E3KA 3IU6A 2E7OA 5DYAA 3UVWA 4YC9A 4Q0OA 5E9VA 4TT4A 5D3NA 5DX4A 5EK9A 5EWDA 4ALGA 4TS8A 4DONA 4CUTA 4O70A 4BJXA 2RNXA 4HXPA 5HEMA 3S91A 5I83A 5FE9A 5A5PA 3MB3A 5KTWA
chains in the Genus database with same CATH superfamily
4CUSA 3HMFA 4LZRA 4XY9A 5CU8A 5C7NA 4QSUA 4WHWA 3ONIA 4NUCA 4O7CA 4ALHA 4N4IA 5FH7A 1WUMA 5D0CA 4Y03A 5I7XA 5CFWA 3MUKA 5A81A 5LKUA 4HXKA 5TB6A 3QZTA 2YYNA 2N9GA 4YYJA 5CQTA 5A82A 1JM4B 5KTXA 4MEOA 5FE1A 4ZW1A 1ZS5A 4QEWA 5EICA 5HCLA 5CQAA 4CUPA 5FE3A 5E9LA 4YYIA 5KHMA 2OO1A 4FLPA 2DATA 5D3JA 3G0JA 5ENEA 5CY9A 2F6JA 3I3JA 4UITA 5D25A 4QUTA 5E3DA 3UV4A 5FE2A 5D24A 1N72A 4TZ2A 2OSSA 4NUEA 2NXBA 5F1HA 5LKXA 5FE7A 3QZVA 4A9OA 4UYEA 5IGMA 5L98A 2GRCA 2DWWA 3LXJA 4PY6A 5A5OA 5DLZA 3D1DA 5D7XA 3NXBA 5CQ4A 5HQ7A 4O77A 2DVRA 5CS8A 3JVJA 5LVRA 4LYWA 4A9HA 4IR4A 5IGNA 4QSXA 2L85A 2OUOA 4LC2A 4HXOA 3AQAA 3O37A 3JVKA 3TLPA 4QYDA 5BT5A 4OGIA 3P1FA 5DKCA 4O7BA 4A9LA 4QR3A 4NS5A 5LJ2A 4YBMA 5E9IA 5CUBA 3GG3A 4CURA 5CQ6A 2E7NA 3LJWA 2YELA 4NUDA 2D9EA 4CUUA 4O75A 4Z1QA 4GPJA 4O71A 3P1CA 4XY8A 5I7YA 4LR6A 5CZGA 5D3HA 5F62A 4WIVA 3VKGA 3VKHA 2I7KA 3DWYA 4YH4A 2MJVB 5FH6A 4CFLA 3U5OA 4N4FA 5TCMA 5I89A 4NYXA 3U5JA 5E9YA 5FE4A 3U5NA 4PS5A 5EWVA 3UW9A 4HBXA 4J0SA 5FFYA 2YQDA 3FKMX 4WHUA 3SVFA 5JWMA 5C89A 4X2IA 5IG6A 5FFWA 4UIWA 2L5EA 4OUFA 2RNWA 5ACYA 5BT4A 4QSTA 3HMEA 4BW1A 5A83A 4YYDA 5E9KA 5CGPA 5J0DA 5F60A 4Z6HA 5EPSA 5CRZA 5H1VA 5F2PA 4XUBA 4QSWA 4HXRA 4QB3A 4OGJA 5FG4A 4C67A 4QSVA 4PCIA 5LKZA 4A9IA 4YBTA 5D3TA 3O33A 5KO4A 4MEPA 5CP5A 4HXNA 4A9FA 4TT6A 5IBNA 3UV5A 3SVGA 5EA1A 5DY7A 5CQ7A 4QSQA 3MXFA 4QUUA 2R10A 5DW1A 2YEMA 4LRGA 2I8NA 4QY4A 2RI7A 2EJNA 3U5LA 5DYUA 4YADA 4BW2A 5K29A 4IR6A 3MULA 4A9KA 5EV9A 3LQHA 3JVMA 4TU4A 4AKHA 1PUOA 4O7EA 5A5RA 5I80A 4O72A 4UYFB 5EVAA 5LJ1A 5HENA 4O7FA 5HFRA 4UYGA 5L8UA 5D3PA 4LZSA 4N4GA 5HQ5A 2DVVA 5DBMA 3O36A 4NYVA 4ZC9A 5D26A 3UVXA 4QSSA 5A7CA 5JI8A 5DFCA 4HXLA 5D3LA 4QSPA 3O34A 5FB0A 5ENBA 4NQMA 3P5OA 4QYLA 4UYHA 5CUGA 5E7DA 3JVLA 2KTBB 4LDFA 5ENCA 5FFVA 5CUAA 2DVQA 2RFJA 2FSAA 5ETDA 5EU1A 5F1LA 5AMEA 2L84A 5KTUA 5EM3A 5EI4A 5KU3A 4LYSA 5H85A 4UIYA 5L99A 3P1DA 5I29A 4MR4A 4AI6A 4N3WA 5L97A 5LVQA 3Q2FA 5F61A 5C8GA 2R0SA 4NYWA 2H60A 4NQNA 4NR7A 5D3SA 5LUUA 3U5KA 5HJCA 4ZQLA 5E74A 5EP7A 4CFKA 5DLXA 1E6IA 5IGLA 5CUDA 5LKTA 5ENFA 4XUAA 4QZSA 2G4AA 5CPEA 5L96A 4BHWA 4Z1SA 5FBXA 4UIXA 3D1BA 5EISA 5C4QA 3MB4A 4HXMA 5FE6A 2RS9B 4A9JA 4HBWA 5CTLA 5II1A 5FDZA 4MR6A 4NRCA 4TTEA 3UVDA 4O7AA 5ENGA 5COIA 1EQFA 5L8TA 4IOOA 4NXJA 5E3GA 4HBYA 5CQ8A 4MEQA 4YAXA 5G4RA 4UYDA 5F25A 2WP2A 5HLSA 2RO1A 4J3IA 2R0YA 3AADA 4YY6A 4YYNA 4QR4A 5DW2A 3UV2A 5EPRA 4QBMA 5FE0A 3SVHA 5FE8A 2LSPB 4QR5A 3D7CA 4PKLA 4QC1A 4PCEA 5A5NA 4YBSA 5C85A 4J1PA 3UVYA 5FH8A 5DFBA 5HQ6A 5HM0A 4O74A 4YYGA 3IU5A 5IIDA 4UIUA 4BW4A 5LJ0A 4HBVA 3LQJA 3O35A 5ENIA 5H1TA 5D3RA 4YYHA 5I40A 4YY4A 5HRVA 4QEVA 5FE5A 4TU6A 4PTBA 5CQ5A 5G4SA 4IORA 4IR3A 4C66A 2YDWA 2DVSA 5ETBA 4RVRA 2YW5A 3ERRA 4Z93A 5II2A 5HRWA 5HRXA 5H1UA 4F3IA 5EWHA 3RCWA 4QSRA 5AMFA 5BT3A 4AKIA 4A9MA 4YATA 4XYAA 5CUEA 4E96A 5CUCA 4A9EA 4KV1A 4UIVA 5A85A 4J0RA 5I86A 4YH3A 1WUGA 4Z6IA 3DAIA 5DYCA 3U5MA 3G0LA 3ZYUA 5I88A 3MQMA 4CLBA 5EWCA 2D82A 3QZSA 5CQ3A 2DKWA 2R0VA 3U5PA 1X0JA 4CL9A 4NR6A 2F6NA 4A9NA 5F5ZA 4QNSA 4MENA 5F63A 2WP1A 4UIZA 5EPBA 5HELA 3P1EA 5AD2A 3HMHA 4KV4A 5HFQA 4BW3A 4YYMA 5A5SA 4NR9A 4HXSA 4LYIA 4NR8A 5FG5A 4CUQA 5FG6A 5DKDA 4MR5A 3Q2EA 5AD3A 5F3AA 4Q0NA 5ENHA 4UYFA 5IGKA 5E9MA 4AKNA 5C87A 5EGUA 5A5QA 4KCXA 4O78A 3K2JA 4NRBA 4NRAA 4QC3A 5EWWA 5FB1A 3S92A 4YABA 5DKHA 4O76A 5ENJA 3LQIA 1JSPB 4AKGA 4IR5A 4TYLA 4TZ8A 2YEKA 5I1QA 5E0RA 2RNYA 4NR4A 4LZ2A 5F36A 4IOQA 5DYXA 4YYKA 4N4HA 4YK0A 4NR5A 5DFDA 4TQNA 4MR3A 5E73A 4QEUA 5EQ1A 4TT2A 5CRMA 1F68A 2E3KA 3IU6A 2E7OA 5DYAA 3UVWA 4YC9A 4Q0OA 5E9VA 4TT4A 5D3NA 5DX4A 5EK9A 5EWDA 1ZKRA 4ALGA 4TS8A 4DONA 4CUTA 4O70A 4BJXA 2RNXA 4HXPA 5HEMA 3S91A 5I83A 5FE9A 5A5PA 3MB3A 5KTWA
chains in the Genus database with same CATH topology
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